Εξεταζόμενος: G13
Εισαγωγή στο τεστ Πολυγονιδιακού Δείκτη Κινδύνου (PRS- Polygenic Risk Score) Για τις περισσότερες χρόνιες ασθένειες, η κληρονόμηση συγκεκριμένων παραλλαγών ενός γονιδίου συνεισφέρει μόνο μερικώς στον κίνδυνο εκδήλωσης μιας ασθένειας. Άλλες παράμετροι που δεν σχετίζονται με τη γενετική σας σύσταση, όπως το περιβάλλον στο οποίο ζείτε και ο τρόπος ζωής σας, συνεισφέρουν επίσης στο κίνδυνο εκδήλωσης σύνθετων ασθενειών. Γι’ αυτό το λόγο, αυτού του τύπου οι ασθένειες ονομάζονται και πολυπαραγοντικές, καθώς εκδηλώνονται εξαιτίας συνδυασμού γενετικών και μη γενετικών παραγόντων. Το μέγεθος της συνεισφοράς των γενετικών παραγόντων ποικίλει σε κάθε ασθένεια: σε κάποιες περιπτώσεις τα γονίδιά σας (δηλ. το DNA σας) καθορίζουν σε μεγάλο βαθμό τον κίνδυνο εκδήλωσης της ασθένειας, ενώ σε άλλες προδιαθέτουν σε μικρότερο βαθμό. Η εξέταση που εκτελέσατε υπολογίζει για εσάς πόσο περισσότερο ή λιγότερο προδιαθέτει η γενετική σας σύσταση την εκδήλωση συγκεκριμένων ασθενειών, σε σχέση με έναν μέσο άνθρωπο Καυκάσιας καταγωγής (περιγράφεται με τον όρο «γενετικό ρίσκο»). Σε κάποιες ειδικές περιπτώσεις μπορεί να υπολογιστεί και η συνδυαστική συνεισφορά γονιδιακών και μη–γονιδιακών παραγόντων (δίνεται με τον όρο «απόλυτος κίνδυνος»). Εάν έχετε υψηλή γενετική προδιάθεση για την εκδήλωση μιας ασθένειας, αυτό δεν σημαίνει πως θα εκδηλώσετε την ασθένεια με βεβαιότητα, αλλά μόνο πως η δική σας προδιάθεση είναι υψηλότερη από το μέσο όρο του πληθυσμού. Αντίστοιχα, μέτρια ή χαμηλή γενετική προδιάθεση για την εκδήλωση μιας ασθένειας δεν συνεπάγεται πως αποκλείεται να εκδηλώσετε τη ασθένεια. Σε κάθε περίπτωση, θα χρειαστεί να απευθυνθείτε στο γιατρό σας ή σε ειδικό της επιλογής σας, ο οποίος θα αξιολογήσει για εσάς τις πληροφορίες αυτής της αναφοράς $ (π.χ αλλαγή τρόπου ζωής, περαιτέρω εξειδικευμένες προληπτικές εξετάσεις κτλ.) προκειμένου να αποτρέψετε την εκδήλωση μιας ασθένειας.
1
Εξεταζόμενος: G13
Tα Aποτελέσματά σας με μια Mατιά
Νόσος Αλτσχάιμερ - To Γενετικό σας Ρίσκο σε σύγκριση με το μέσο όρο του πληθυσμού
Πίνακας Περιεχομένων
4 φορές υψηλότερο ρίσκο
Σελίδα
Περίληψη Αποτελεσμάτων και Ορισμοί
3
Νόσος Αλτσχάϊμερ: Υπολογισμός Γενετικού Ρίσκου
4
ΟΡΟΙ ΑΠΟΠΟΙΗΣΗΣ ΕΥΘΥΝΗΣ /DISCLAIMER
6
References
8
Technical Information
10
2
Εξεταζόμενος: G13
Περίληψη Αποτελεσμάτων και Ορισμοί Δείγμα
Ημερομηνία Αναφοράς: 23/01/2021
Τύπος: SNP Array Κωδικός: G13
Νόσος
PRS Εκατοστημόριο
Ισόβιο Γενετικό Ρίσκο
Ισόβιο Γενετικό Ρίσκο του μέσου πληθυσμού
Το Γενετικό σας Ρίσκο * σε σύγκριση με το μέσο όρο του πληθυσμού
98ο
1.6%
0.4%
4 φορές υψηλότερο ρίσκο
Νόσος Αλτσχάιμερ
* Μια μεταβολή υψηλότερη του 1 σημαίνει αυξημένο ρίσκο σε σύγκριση με τον μέσο όρο του πληθυσμού. Μια μεταβολή χαμηλότερη του 1 σημαίνει μειωμένο ρίσκο σε σύγκριση με τον μέσο όρο του πληθυσμού
Ορισμός
Περιγραφή
Εκατοστημόριο του Πολυγονιδιακού Δείκτη Κινδύνου (PRS)
Δίνει το ποσοστό του γενικού πληθυσμού που έχει μικρότερο γενετικό ρίσκο από εσάς. Όσο μικρότερος είναι αυτός ο αριθμός, τόσο χαμηλότερο είναι το ρίσκο να εμφανίσετε την ασθένεια
Ισόβιο Γενετικό Ρίσκο
Είναι το δικό σας ρίσκο να αναπτύξετε την ασθένεια έως το 75ο έτος της ηλικίας, λαμβάνοντας υπόψη μόνο τις γενετικές πληροφορίες
Ισόβιο Γενετικό Ρίσκο του μέσου πληθυσμού
Είναι το ρίσκο ενός μέσου ατόμου να αναπτύξει την ασθένεια έως το 75ο έτος της ηλικίας, λαμβάνοντας υπόψη μόνο τις γενετικές πληροφορίες
Το Γενετικό σας Ρίσκο σε σύγκριση με το μέσο όρο του πληθυσμού
Πώς συγκρίνεται το δικό σας Ισόβιο Γενετικό Ρίσκο με εκείνο ενός μέσου ατόμου
3
Εξεταζόμενος: G13
Νόσος Αλτσχάιμερ: Υπολογισμός Γενετικού Ρίσκου Κατανομή PRS του Πληθυσμού
Νόσος Νόσος Αλτσχάιμερ
Το Γενετικό σας Ρίσκο σε σύγκριση με το μέσο όρο του πληθυσμού
Αριθμός SNPs*
Αναφορά
4 φορές υψηλότερο ρίσκο
377,113
[2]
* Αριθμός γενετικών παραλλαγών που χρησιμοποιήθηκαν για τον υπολογισμό του κινδύνου σας
4
Εξεταζόμενος: G13
Νόσος Αλτσχάιμερ: Υπολογισμός Γενετικού Ρίσκου Το Γενετικό σας Ρίσκο σε Σύγκριση με τον Πληθυσμό
Το σκορ σας
Εξήγηση
Το PRS Εκατοστημόριό σας: 98o
98% του πληθυσμού έχει μικρότερο γενετικό ρίσκο από εσάς
Το Ισόβιο Γενετικό σας Ρίσκο: 1.6%
Το 98ο PRS Εκατοστημόριό σας αντιστοιχεί σε 1.6% Ισόβιο Γενετικό Ρίσκο
5
Εξεταζόμενος: G13
ΟΡΟΙ ΑΠΟΠΟΙΗΣΗΣ ΕΥΘΥΝΗΣ /DISCLAIMER Αυτή η εξέταση έχει σχεδιαστεί για την ανίχνευση των συγκεκριμένων κλινικά επικυρωμένων γονιδιακών πολυμορφισμών (παραλλαγών) που αναφέρονται σε αυτήν την αναφορά και σχετίζονται με τη συγκεκριμένη ασθένεια. Είναι πιθανό ότι υπάρχουν και άλλοι τύποι πολυμορφισμών οι οποίοι συνδέονται με τη συγκεκριμένη ασθένεια αλλά δεν διερευνήθηκαν στο συγκεκριμένο τεστ. Αυτή η γονιδιακή εξέταση δεν προορίζεται για τη διάγνωση μιας ασθένειας, τον προσδιορισμό της, τη θεραπεία ή την ενημέρωση του ατόμου για την τρέχουσα κατάσταση της υγείας του. Αυτό το τεστ έχει ως στόχο να παρέχει στους εξεταζόμενους τις γενετικές τους πληροφορίες για να ενημερώσουν τον γιατρό τους ή άλλο επαγγελματία υγείας. Οποιεσδήποτε αποφάσεις διάγνωσης ή θεραπείας πρέπει να βασίζονται σε εξετάσεις ή / και άλλες πληροφορίες που ο θεράπων ιατρό σας κρίνει ότι είναι κατάλληλες για εσάς. Η Βιοιατρική δεν παρέχει συγκεκριμένες ή εξατομικευμένες ιατρικές συμβουλές ή ιατρικές υπηρεσίες υγείας. Αυτή η αναφορά δεν προορίζεται να αντικαταστήσει οποιαδήποτε ιατρική πράξη.
ΕΠΙΣΗΜΑΝΣΕΙΣ / ΠΡΟΕΙΔΟΠΟΙΗΣΕΙΣ Αυτή η εξέταση δεν ανιχνεύει όλους τους γενετικούς πολυμορφισμούς που σχετίζονται με μια δεδομένη ασθένεια και η απουσία ενός πολυμορφισμού που εξετάστηκε δεν αποκλείει την παρουσία άλλων γενετικών πολυμορφισμών που μπορεί να σχετίζονται με την ασθένεια. Άλλες εταιρείες που προσφέρουν παρόμοια τεστ γενετικών πολυμορφισμών μπορεί να ανιχνεύουν διαφορετικούς γενετικούς πολυμορφισμούς για την ίδια ασθένεια, οπότε ο εξεταζόμενος μπορεί να πάρει διαφορετικά αποτελέσματα χρησιμοποιώντας ένα τεστ από μια διαφορετική εταιρεία. Περιβαλλοντικοί παράγοντες καθώς και παράγοντες κινδύνου που προκύπτουν από τον τρόπο ζωής και τις συνθήκες διαβίωσης ενός ανθρώπου μπορεί να επηρεάσουν τον κίνδυνο ανάπτυξης μιας δεδομένης ασθένειας. Αυτό το τεστ δεν υποκαθιστά τις επισκέψεις σε γιατρό ή επαγγελματία υγείας. Οι εξεταζόμενοι πρέπει να συμβουλευτούν το γιατρό τους ή άλλο επαγγελματία υγείας εάν έχουν οποιαδήποτε ερώτηση ή ανησυχία σχετικά με τα αποτελέσματα αυτού του τεστ ή την τρέχουσα κατάσταση της υγείας τους. Αυτό το τεστ δεν έχει σκοπό να διαγνώσει μια ασθένεια, να σας ενημερώσει για την τρέχουσα κατάσταση της υγείας σας ή να χρησιμοποιηθεί κατ’ αποκλειστικότητα για τη λήψη ιατρικών αποφάσεων, συμπεριλαμβανομένου του εάν πρέπει ή όχι να παίρνετε ένα φάρμακο ή πόσα φάρμακα πρέπει να πάρετε.
6
Εξεταζόμενος: G13
Ασθενείς που είχαν υποβληθεί σε αλλογενή μεταμόσχευση αίματος ή μυελού ή που έχουν λάβει ετερόλογη μετάγγιση αίματος τον τελευταίο μήνα, μπορεί να έχουν ανακριβή αποτελέσματα γενετικών εξετάσεων λόγω παρουσίας ξένου DNA (DNA του δότη). Οι ασθενείς που έχουν υποβληθεί σε μεταμόσχευση ήπατος μπορεί επίσης να έχουν ανακριβή αποτελέσματα γενετικών εξετάσεων. Παρερμηνεία των αποτελεσμάτων μπορεί να προκύψει εάν οι παρεχόμενες πληροφορίες είναι ανακριβείς ή ελλιπείς.
ΕΝΗΜΕΡΩΣΗ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΕΞΕΡΓΑΣΙΑ ΠΡΟΣΩΠΙΚΩΝ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ H BIOIATΡΙΚΗ ΙΔΙΩΤΙΚΟ ΠΟΛΥΙΑΤΡΕΙΟ ΙΑΤΡΙΚΗ Α.Ε (ΒΙΟΙΑΤΡΙΚΗ), μέλος του Ομίλου «ΒΙΟΙΑΤΡΙΚΗ» συλλέγει και επεξεργάζεται τα προσωπικά σας δεδομένα σεβόμενη την ευρωπαϊκή και εθνική υφιστάμενη νομοθεσία για την Προστασία των Προσωπικών Δεδομένων. Η ΒΙΟΙΑΤΡΙΚΗ δεσμεύεται για την προστασία της εμπιστευτικότητας των δεδομένων σας σύμφωνα με τον Γενικό Κανονισμό Προστασίας Δεδομένων (ΕΕ) 679/2016 και το ν. 4624/2019 όπως ισχύει, καθώς και τις Αποφάσεις, Οδηγίες και Γνωμοδοτήσεις της Αρχής Προστασίας Δεδομένων Προσωπικού Χαρακτήρα και λαμβάνει τα κατάλληλα τεχνικά και οργανωτικά μέτρα για την ασφαλή επεξεργασία των προσωπικών δεδομένων.
7
Εξεταζόμενος: G13
References [1] Khera, Amit V., et al. "Genome-wide polygenic scores for common diseases identify individuals with risk equivalent to monogenic mutations." Nature genetics 50.9 (2018): 1219 [2] Bolli, Alessandro, Paolo Di Domenico, and Giordano Bottà. "Software as a Service for the Genomic Prediction of Complex Diseases." bioRxiv (2019): 763722. [3] T. A.o. M. Sciences, “Our data-driven future in healthcare”, no. November, 2018. [Online]. Available: https://acmedsci.ac.uk/file-download/74634438. [4] S. F. Weng, J. Reps, J. Kai, J. M. Garibaldi, and N. Qureshi, “Can machine-learning improve cardiovascular risk prediction using routine clinical data?”, PLoS ONE, vol. 12, no. 4, e0174944, 2017. [5] M. Thomas, K. De Brabanter, J. A. Suykens, and B. De Moor, “Predicting breast cancer using an expression values weighted clinical classifier”, BMC Bioinformatics, vol. 15, p. 411, 2014. [6] A. M. Alaa, T. Bolton, E. Di Angelantonio, J. H. F. Rudd, and M. van der Schaar, “Cardiovascular disease risk prediction using automated machine learning: A prospective study of 423,604 UK Biobank participants”, PLoS ONE, vol. 14, no. 5, e0213653, 2019. [7] C. Bycroft, L. T. Elliott, A. Young, et al., “The UK Biobank resource with deep phenotyping and genomic data”, Nature, vol. 562, no. 7726, pp. 203–209, 2018, ISSN: 0028-0836. DOI: 10.1038/s41586-018-0579-z. [Online]. Available: https://www.nature.com/articles/ s41586-018-0579-zhttp://www.nature.com/articles/s41586-018-0579-z. [8] M. Nikpay, A. Goel, H. H. Won, et al., “A comprehensive 1000 Genomes-based genomewide association meta-analysis of coronary artery disease”, eng, Nature Genetics, vol. 47, no. 10, pp. 1121–1130, Oct. 2015, ISSN: 15461718. DOI: 10.1038/ng.3396. [9] F. R. Schumacher, A. A. Al Olama, S. I. Berndt, et al., “Association analyses of more than 140,000 men identify 63 new prostate cancer susceptibility loci”, Nat. Genet., vol. 50, no. 7, pp. 928–936, Jul. 2018. [10] K. Michailidou, S. Lindström, J. Dennis, et al., “Association analysis identifies 65 new breast cancer risk loci”, eng, Nature, vol. 551, no. 7678, pp. 92–94, 2017, ISSN: 14764687. DOI: 10.1038/nature24284. [16] I. E. Christophersen, M. Rienstra, C. Roselli, et al., “Large-scale analyses of common and rare variants identify 12 new loci associated with atrial fibrillation”, Nat. Genet., vol. 49, no. 6, pp. 946–952, 2017. [11] R. A. Scott, L. J. Scott, R. Magi, et al., “An Expanded Genome-Wide Association Study of Type 2 Diabetes in Europeans”, Diabetes, vol. 66, no. 11, pp. 2888–2902, Nov. 2017. [12] N. R. Wray, S. H. Lee, D. Mehta, et al., “Research Review: Polygenic methods and their application to psychiatric traits”, en, Journal of Child Psychology and Psychiatry and Allied Disciplines, vol. 55, no. 10, pp. 1068–1087, 2014, ISSN: 14697610. DOI: 10.1111/jcpp. 12295. [Online]. Available: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/jcpp.12295.
8
Εξεταζόμενος: G13
[13] F. Dudbridge, “Power and predictive accuracy of polygenic risk scores”, PLoS Genet., vol. 9, no. 3, e1003348, 2013. 39 / 43 available under aCC-BY-NC-ND 4.0 International license. was not certified by peer review) is the author/funder, who has granted bioRxiv a license to display the preprint in perpetuity. It is made bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/763722; this version posted September 27, 2019. The copyright holder for this preprint is the author/funder, who has granted bioRxiv a license to display the preprint in perpetuity. It is made available under a CC-BY-NC-ND 4.0 International license. [14] F. Privé, B. J. Vilhjálmsson, H. Aschard, and M. G. B. Blum, “Making the most of Clumping and Thresholding for polygenic scores”, bioRxiv, p. 653 204, Jan. 2019. DOI: 10.1101/ 653204. [Online]. Available: abstract. [15] M. Inouye, G. Abraham, C. P. Nelson, et al., “Genomic Risk Prediction of Coronary Artery Disease in 480,000 Adults: Implications for Primary Prevention”, eng, Journal of the American College of Cardiology, vol. 72, no. 16, pp. 1883–1893, Oct. 2018, ISSN: 15583597. DOI: 10.1016/j.jacc.2018.07.079. [16] F. R. Schumacher, A. A. Al Olama, S. I. Berndt, et al., “Association analyses of more than 140,000 men identify 63 new prostate cancer susceptibility loci”, eng, Nature Genetics, vol. 50, no. 7, pp. 928–936, 2018, ISSN: 15461718. DOI: 10.1038/s41588-018-0142-8. [17] N. Mavaddat, K. Michailidou, J. Dennis, et al., “Polygenic Risk Scores for Prediction of Breast Cancer and Breast Cancer Subtypes”, eng, American Journal of Human Genetics, vol. 104, no. 1, pp. 21–34, Jan. 2019, ISSN: 15376605. DOI: 10.1016/j.ajhg.2018.11.002. [18] A. V. Khera, C. A. Emdin, I. Drake, et al., “Genetic Risk, Adherence to a Healthy Lifestyle, and Coronary Disease”, N. Engl. J. Med., vol. 375, no. 24, pp. 2349–23558, Dec. 2016.
9
Εξεταζόμενος: G13
Technical Information - The DNA analysis has been performed by genotyping 800,000 different genetic variants through the use of Thermofisher PMDA SNP array - Bioinformatics analysis has been computed using the Allelica Medical Device G-POT (Bolli et al. 2019). - The software Beagle V.5 has been used to perform the imputation of 50 millions additional genetic variants. - The reference panel used for imputation comprises 2504 fully sequenced phased genomes belonging to phase 3 of 1000 Genomes project. - Allele risk dosages have been weighted by the corresponding effect sizes and summed into a single parameter, that represents the aggregated genetic risk for the disease. - All the polygenic risk score are build with the method described in "Software as a Service for the Genomic Prediction of Complex Diseases" - All the models are validated on the European population. Therefore the clinical information should be used only for individuals of European descent. - Distributions have been computed on a European population composed of about 300K UK Biobank participants - PRS predictive performances, as quantified by the Areas Under the Receiver Operating Curve (AUCs), were calculated through logistic regression models adjusted for genotyping array and the first four principal components of ancestry, with each PRS as predictive variable and each disease outcome as response variable.
10