Bệnh ung thư đầu cổ thường bắt đầu trong các tế bào vảy lót ẩm ướt, bề mặt niêm mạc bên trong đầu và cổ. Loại ung thư tế bào vảy thường được gọi là ung thư biểu mô tế bào vảy ở đầu và cổ. Ung thư đầu cổ cũng có thể bắt đầu ở các tuyến nước bọt, nhưng ung thư tuyến nước bọt là tương đối phổ biến. Tuyến nước bọt có chứa nhiều loại tế bào khác nhau mà có thể trở thành ung thư, do đó, có rất nhiều loại ung thư khác nhau của ung thư tuyến nước bọt. Nguy cơ yếu tố gây ung thư vùng đầu cổ Sử dụng rượu và thuốc lá là hai yếu tố quan trọng nhất đối với ung thư đầu cổ đặc biệt là ung thư khoang miệng, hầu họng, hầu dưới và thanh quản. Có khoảng 75% ung thư đầu cổ được gây ra bởi thuốc là và rượu. Những người sử dụng cả thuốc lá và rượu có nguy cơ phát triển các bệnh ung thư hơn những người sử dụng rượu hoặc thuốc lá đơn thuần.
Virut HPV, đặc biệt là HPV 16 cũng là một yếu tố nguy cơ đối với một số loại ung thư đầu cổ, đặc biệt là ung thư hầu họng có liên quan đến các amidan hoặc đáy lưỡi. Phơi nhiễm từ môi trường. tiếp xúc với bụi gỗ là một yếu tố nguy cơ ung thư mũi họng. Một số phơi nhiễm công nghiệp bao gồm tiếp xúc với sợi amiang và tổng hợp, có liên quan đến ung thư thanh quản. Những người làm việc trong xây dụng, kim loại, dệt may, gốm sứ, gỗ và các ngành công nghiệp thực phẩm có thể làm tăng nguy cơ mắc bệnh ung thanh quản. Tiếp xúc với vông nghiệp gỗ hoặc niken bụi
hoặc formaldehyde là một yếu tố nguy cơ đối với ung thư xoang cạnh mũi và xoang mũi. Hiện nay nguyên nhân bệnh ung thư đầu cổ chưa được phát hiện, nhưng những tác nhân gây nên bệnh thì lại được tìm ra. Virut Epstein – Barr được phát hiện lần đầu tiên vào năm 1958 trong khối u lympho.