3.4.2. Xây dựng phân tử

- Thanh công cụ

3.4.2. Xây dựng phân tử

Bật chế độ làm việc: Chọn File/Start log.

3.4.2.1. Vẽ phân tử Bước 1: Chọn nguyên tố - Click chuột trái vào menu: Build/Default element

Allow Arbitrary: vẽ số liên kết lớn hơn hóa trị của nguyên tố của nó. Explicit Hydrogens: tự động thêm H liên kết vào nguyên tử cho đến bão hòa hóa trị. Properties: cho biết thuộc tính nguyên tố. - Chọn nguyên tố, muốn thay đổi nguyên tố: Select →Atom.

Chú thích:

Để sử dụng nguyên tố có nhiều liên kết hơn hoá trị của nó, đánh dấu hộp Allow Arbitrary. Để ngầm định nguyên tố ngoài cùng là Hyđro, đánh dấu hộp Explicit Hydrogens. Bước 2: Vẽ cấu trúc phân tử - Click đúp chuột vào biểu tượng trên màn hình tạo nguyên tử ban đầu. - Giữ chuột trái và kéo chuột tới một vị trí hoặc 1 nguyên tử nào đó để vẽ liên kết đơn. - Tạo liên kết bội bằng cách nhắp đúp chuột vào liên kết. - Xoá liên kết hoặc nguyên tử bằng cách nhắp đúp chuột phải vào liên kết hoặc nguyên tử đó. - Bổ sung Hidro bổ sung H và tối ưu cấu trúc gần đúng của phân tử bằng cách vào Menu Build/Add Hidrogens. Bước 3: Chỉnh sửa phân tử ➢ Thay thế nguyên tố Click đúp lần chuột trái vào công cụ vẽ trên thanh công cụ. Bảng nguyên tố sẽ hiện ra. Chọn nguyên tố muốn thay thế. Click chuột trái vào nguyên tử muốn thay thế trong phân tử đã vẽ.

➢ Quay phân tử Click nút để quay phân tử trong mặt phẳng màn hình. Click nút để quay phân tử trong không gian ba chiều. Cách quay:Click trái chuột lên màn hình dịch chuyển chuột để quay phân tử tới một góc độ cần thiết. ➢ Phóng to, thu nhỏ phân tử Click vào nút sau đó giữ và rê chuột trái để phóng to, thu nhỏ phân tử trên màn hình. ➢ Dịch chuyển phân tử Click vào nút sau đó giữ và rê chuột trái để dịch chuyển phân tử trên màn hình. Lặp lại các bước cho đến khi hoàn thiện được khung phân tử.

3.4.2.2. Tối ưu hoá cấu trúc

- Click chuột trái vào Select sau đó chọn tất cả nguyên tử. - Click chuột trái vào menu: Setup/Molecular Mechanich chọn trường lực MM+/Options/Atomic charges. - Click chuột trái vào menu: Compute/Geometry optimization/Polak Riviere RMS gradient = 0,1 →OK. Khi máy báo Conv= Yes là được.

3.4.2.3. Hóa học tính toán Các phương pháp lượng tử gần đúng bao gồm các phương pháp không kinh nghiệm (phương pháp Ab – initio) và các phương pháp bán kinh nghiệm (CNDO, INDO, MNDO, AM1, PM3, TNDO,...) Bước 1: Chọn phương pháp tính - Setup/Semi-empirical/AM1/Options Đặt Convergence limit (độ tụ): 0,01 Iteration limit (giới hạn độ tụ): 50 UHF →OK.

- Compute/Geometry Optimization/Polak - Ribiere: Chọn thủ thuật giải lập: Algorihm – Polak – Ribiere Điều kiện biên số: Temination Condition RMS: 0,01 Số vòng lặp tối đa: 200 Chọn OK để thực hiện quá trình tối ưu Khi máy báo Conv = Yes là được Bước 2: Tính điểm đơn Chọn Menu Compute/Single point. - Xem kết quả: + Năng lượng nguyên tử: Giá trị năng lượng nguyên tử nào thì click chuột vào nút rồi sau đó chỉ hoặc click chuột trái vào nguyên tử cần xem. + Độ dài liên kết trên phân tử: click chuột trái vào biểu tượng rồi sau đó nhấn chuột trái vào 2 nguyên tử ở liên kết cần xem. + Góc liên kết: click biểu tượng , rồi sau đó nhấn chuột trái vào 3 nguyên tử tạo góc cần xem.

+ Đo góc vặn: Click chuột trái vào công cụ trên thanh công cụ. Click chuột trái vào nguyên từ đầu rê đến nguyên tử thứ tư trong 4 phân tử tạo nên góc vặn rồi giải phóng chuột. + Hiển thị thuộc tính trên nguyên tử:Vào Menu Display/Labels. Hộp thoại Labels hiện ra với các lựa chọn khác nhau:

Atoms Nguyên tử

None Bỏ tất cả các nhãn Symbol Biểu tượng nguyên tử C,H,O,N,... Name Tên của nguyên tử theo ngân hàng dữ liệu Number Số thứ tự tạo nguyên tử Type Kiểu nguyên tử theo các tác kiểu nguyên tử theo tác động của trường lực Charge Điện tích thực của nguyên tử Spin Population Tổng spin thực (alpha-beta) của một nguyên tử Mass Khối lượng nguyên tử Basis set Tập hợp hàm cơ bản áp dụng cho nguyên tử Chirality R hoặc S RMS Gradient Giá trị vô hướng của Vectơ biến thiên mô tả trường lực của một nguyên tử Custom Đặt tùy chọn

Residues Hợp phần

None Bỏ tất cả các nhãn Name Tên hợp phần Sequence Thứ tự hợp phần từ hợp phần đuôi N Name +Seq Cả tên và thứ tự PDB Seq Cấu trúc phân tử sinh học Sec. Structure Trình tự tín hiệu

Bond Liên kết

None Bỏ tất cả các nhãn Bond length Độ dài liên kết Bond Order Bậc liên kết

Giá trị góc bạn hiển thị cho trong dòng trạng thái ở dưới. Bước 3: Xác định thông số QSAR Vào Menu Compute/QSAR properties