El Diario del Juicio brinda reflexiones y testimonios sobre el desarrollo del tercer juicio por delitos de lesa humanidad cometidos en la ESMA, el centro clandestino de detención, tortura y exterminio en el que hubo alrededor de 5.000 detenidos-desaparecidos y donde nacieron bebés en cautiverio. Se investigan los casos de 789 víctimas e están imputados 64 represores, ex miembros (en su mayoría retirados) de la Policía Federal Argentina, la Armada, el Servicio Penitenciario Federal, la Prefectura Naval Argentina, el Ejército y tres civiles.