化学＆生命科学ニューズレター 2022 年 6 月

化学＆生命科学ニューズレター 2022 年 6 月

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そして全てはビッグバンか ら始まった！ ― 配列表に関 する新WIPO基準（ST.26)

And it all Started with a Big Bang! – The New WIPO Standard for Sequence Listings (ST.26)

特許出願に開示された生物学的配列 （DNA、RNA、ペプチドなど）は、 適用されるWIPO基準に準拠する配 列表により提出しなければなりませ ん。このような情報の国際標準化の 目的は、各IPOによる調査を円滑に進 め、出願人にとって手続を分かりや すくし、配列を一般に公開できるよ うにすることです。

There is a requirement that biological sequences (e.g., DNA, RNA, peptides) disclosed in patent applications be provided in a sequence listing, which conforms with the applicable WIPO standard. The international standardisation of this information is intended to facilitate searching by IPOs, simplify filing for applicants and allow sequences to be shared with the public.

現行の基準ST.25は、1998年に採用 されて以来ずっと施行されてきまし た。しかしこの基準は、国際塩基配 列データベース（INSDC）要件に適 合していないため、公開データベー スに登録する際にデータが失われる 可能性があります。また、今日では 一般的な配列型（ヌクレチオド類似 体、D-アミノ酸、分岐配列など） も、ST.25の対象ではないため、検索 可能なデータベースには存在しませ ん。

The current standard, ST.25, was adopted in 1998 and has been in force ever since.

However, this standard is not compliant with the International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) requirements meaning that data may be lost when entered into public databases. Further, sequence types that are common today (such as nucleotide analogs, D-amino acids, branched sequences) are also not covered by ST.25 and therefore are not present in searchable databases.

新しい基準ST.26は、これらの問題を 改善します。

The new standard, ST.26, will remedy these issues.

ビッグバン（制度改革）の日

The Big Bang Date

「ビッグバン」の日として指定され た2022年7月1日から、新基準ST.26 がST.25に取って代わります。詳しく は、 ここを参照。

From 1 July 2022, denoted the “Big Bang” date, ST.25 will be replaced with new standard ST.26, which can be found here.

移行期間は設定されていないた め、2022年7月1日以降に提出される 配列情報を含む新規出願は、ST.26フ ォーマットを遵守する必要がありま す。 優先権主張出願も、優先出願の出願 日が2022年7月1日より前であって も、2022年7月1日以降に提出される 配列表はST.26に準拠しなければなり ません。 分割出願と広域／国内段階移行につ いては、特許庁によって新基準の実 施方法が異なる可能性があります。 例を以下に示します。 2

There is no transition period between the standards, so new applications comprising sequence information filed on or after 1 July 2022 will need to comply with the ST.26 format.

Priority-claiming applications will also require ST.26 compliant sequence listings filed after 1 July 2022, even if the priority application has a filing date prior to 1 July 2022.

For divisional applications and regional/ national phase entry, implementation of the new standard may vary between patent offices. For example: The EPO has indicated that they WILL require ST.26 compliant sequence listings www.hlk-ip.jp

EPOは、親出願の出願日が2022年7月 1日より前であっても、2022年7月1日

以降に提出される分割出願の配列表は ST.26に準拠しなければならないと表明 しています。 一方、英国のUKIPOは、親出願の出願 日が2022年7月1日より前であれば、分 割出願の配列表はST.26に準拠しなくて もよいと表明しました。 また、PCT出願の出願日が2022年7月1 日より前であれば、広域／国内段階移 行時における配列表はST.26に準拠しな くてもよいというのが、EPOとUKIPO 双方の立場です。 旧基準から新基準へ INSDC要件との互換性や配列型の追加

だけでなく、他の多くの改訂が行われ ています。主要な変更の一部を以下に 示します。 •

ST.25で要求されたTXTフォーマッ トではなく、XMLフォーマットが

for divisional applications filed after 1 July 2022, even if the parent application has a filing date before 1 July 2022.

The UKIPO however, has indicated that they WILL NOT require ST.26 compliant sequence listings for divisional applications if the parent application has a filing date before 1 July 2022.

Both the EPO and UKIPO have indicated that they WILL NOT require a ST.26 compliant sequence listing at regional/ national phase entry, if the PCT application has a filing date before 1 July 2022.

Out with the old and in with the new In addition to compatibility with INSDC requirements and inclusion of additional sequence types, many other updates have been made. Some key changes include: •

The requirement of an XML format as opposed to the TXT format required for ST.25

•

Sequences with < 10 nucleotides or < 4 amino acids can no longer be included

•

Sequence identifiers can now be more precisely defined with the mandatory mol_type qualifier (e.g., RNA can now be annotated as mRNA, tRNA etc.)

•

Some changes made to the nomenclature for the mandatory “organism” qualifier (“artificial sequence” renamed “synthetic construct”, “unknown” renamed “unidentified”)

•

“T” to be used to represent both uracil in RNA and thymine in DNA

•

Amino acid sequences will now be represented by one letter abbreviations

•

Mixed mode sequences are no longer allowed (i.e. separated sequences must be submitted for an amino acid sequence and the corresponding nucleotide sequence)

•

Further options/qualifiers for

要求される。 •

10個未満のヌクレオチドまたは4個 未満のアミノ酸の配列を含めるこ とが禁止される。

•

必須のmol_type qualifierにより、配 列識別子をより正確に定義づける ことが可能になる（例えば、RNA にmRNA、tRNAなどの注釈をつけ ることが可能になる）。

•

•

必須の「生物名」qualifierの呼称 がいくつか変更される（「artificial sequence」（人工配列）が 「synthetic construct」（合成構築 物）に変更され、「unknown」（ 未知）は「unidentified」（未確 認）に変更される）。 RNAのウラシルとDNAのチミン双

方を表すために「t」が用いられ る。

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•

アミノ酸配列は、1文字の略語で表 されるようになる。

•

混合モード配列は認められなくな る（即ち、分離された配列は、ア

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ミノ酸配列および対応する塩基配 列に関して提出しなければならな い）。

•

“x” or “n” no longer need to be defined and have a default value (e.g., n is T, A, G, C and x is any natural amino acid) The sequence listing can now only include details of one applicant and details of the earliest claimed priority.

•

配列の注釈に関する追加の選択 肢／qualifierが利用可能である。

•

「x」または「n」は定義づける必 要がなくなり、デフォルト値を有 する（例えば、nはT、A、G、Cで あり、xはあらゆる天然アミノ酸 である）。

•

配列表には、1名の出願人の詳細 と、主張された最も早い優先権の 詳細のみを含めることができる。

For example, Annex IV provides an extensive list of sequence examples with detailed comments on their representation in an ST.26 compliant sequence listing. Annex VII provides useful information on the conversion of ST.25 sequence listings to ST.26 compliant sequence listings.

•

ST.26には、この新基準の参考となる

複数の付属書も添付されています。

例えば、付属書IVは、配列例の包括 的リストを提供しており、ST.26準拠 配列表における各表示に関する詳細 なコメントが示されています。付属 書VIIは、ST.25配列表からST.26準拠 配列表への変換に関する有益な情報 を提供しています。 WIPO Sequence ST.26の実施に伴い、WIPOはWIPO Sequenceという新しいソフトウェア

を公開しました。これは配列表を編 集し、ST.26に準拠するXMLファイル を作成できる唯一のソフトウェアで す。さらにST.25 TXTファイルをST.26 XMLファイルに変換する、変換機能 も備えています（ただし、双方のフ ォーマットには多少の非互換性が存 在するため、手作業によるチェック を強く推奨します）。

この新しいソフトウェアは、WIPOウ ェブサイトからダウンロードできま す。詳細なユーザーマニュアルとテ スト用配列も提供されています（こ こを参照）。新基準に関する詳細な ウェビナーに加えて、この新ソフト ウェアに関する多言語で利用できる オンラインウェビナーも、WIPOによ り公開されました。詳しい情報が必 要であれば、このウェビナーへのリ ンクがここに示されています。 4

annotation of sequences are available

ST.26 also has a number of Annexes that provide guidance on the new standard.

WIPO Sequence In conjunction with the implementation of ST.26, WIPO has released a new software, WIPO Sequence, which is the only software that can be used to compile sequence listings and generate XML files that are ST.26 compliant. The software also provides a conversion feature, which converts an ST.25 TXT file into a ST.26 XML file (however, manual checking is strongly recommended, as there are some incompatibilities between the two formats).

The new software can be downloaded from the WIPO website. A detailed user manual and test sequences are also provided (see here). An online webinar, available in multiple languages, on the new software has also been released by WIPO, in addition to further webinars on the new standard. A link to this webinar can be found here, if you require further information.

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EPOにおける生物学的配列ク

レームの解釈 ― カンナビノ イド事例研究

Interpreting Biological Sequence Claims at the EPO – a Cannabinoid Case Study

次の記事では、大麻に関連する発明の 特許取得について、カンナビノイド経 路における主要な中間体を生成する、 またはエンドカンナビノイド自体を生 成する、遺伝子組換え植物または宿主 生物の領域における工業バイオテクノ ロジーの成長に注目していきます。

In this next article looking at patenting cannabis-related inventions, our focus is on the growth in industrial biotechnology in this area: genetically modifying plants or host organisms to produce key intermediates in the cannabinoid pathway, or end cannabinoids themselves.

従来よりカンナビノイドへの商業的お よび医学的関心が増すにつれて、各種 技術とその特許出願は、大麻草抽出物 から適切なカンナビノイドを抽出する 方法論に焦点を絞ってきました。この ような方法は、大麻草により自然にも たらされる活性化合物またはその前駆 体の量によって、内在的に制限されま す。つまり植物物質の十分な量の供給 が需要に追いつかなければならない一 方で、安全な環境でのみ大麻草を育て なければならないという制約に加え、 大麻草を育て、カンナビノイド生成物 を分離するには大量のエネルギーと水 が必要であるということです。 カンナビノイド経路の利用 天然のカンナビノイドの生合成は図1 に示されています。これには、主要 な中間体であるカンナビゲロール酸 （CBGA）を生成するために、酵素であ るオリベトール酸シクラーゼとプレニ ルトランスフェラーゼが含まれていま す。CBGAはその後、カンナビノイドシ ンターゼにより中間体であるΔ9-THCA またはCBDAに変換され、さらに非酵素 的にΔ9-テトラヒドロカンビノール（ 大麻の精神活性成分）およびカンナビ ジオールにそれぞれ変換されます。 Genomatica およびGinkgo Bioworksと

いった企業は、これらの経路に沿った 変異酵素、およびこれら酵素を発現す る組換え細胞に関わる包括的な特許ポ ートフォリオを開発しています。近年 では、GenomaticaのWO2020/214951 、WO2020/247741、WO2021/211611お よびWO2021/046367 が公開されてお 5

Historically, as commercial and medical interest in cannabinoids increased, technologies, and resulting patent filings, focussed on methodologies for extracting relevant cannabinoids from cannabis plant extracts. Such techniques are inherently limited by the quantities of active compounds, or their precursors, naturally produced by the plants: supply of sufficient levels of plant materials has to keep up with the demand, while being constrained by the requirement to only grow plants in a secure environment, and the large quantities of energy and water required to grow the plants and isolate the cannabinoid products.

In a world concerned with climate change and energy demand, interest has therefore naturally turned to more industrial processes, in particular, the use of genetic engineering to increase enzymatic turnover within the cannabinoid pathway, either in cannabis plants for increased yield after extraction, or in host systems such as E.coli or yeast.

Exploiting the cannabinoid pathway The biosynthesis of cannabinoids in nature is shown in Figure 1, and includes the enzymes olivetolic acid cyclase and prenyltransferase, to make the key intermediate cannabigerolic acid (CBGA). CBGA is then converted by cannabinoid synthases to either Δ9THCA or CBDA, intermediates which are non-enzymatically converted to Δ9tetrahydrocannabinol (the psychoactive component of cannabis) and cannabidiol respectively. www.hlk-ip.jp

オリベトール酸 オリベトール 酸シクラーゼ （OAC）

ヘキサ CoA ノ CoA Cイル 3 x マロニルCoA

ゲラニル二リン酸 THCシンターゼ

芳香族プレニルトランス フェラーゼ

CBDAシンターゼ 非酵素的変換 (-CO2)

Figure 1: Cannabinoid Pathway 図1: カンナビノイド経路

り、それぞれオリベトールシンターゼ 変異体、オリベトール酸シクラーゼ変 異体、カンナビノイドシンターゼ変異 体、およびプレニルトランスフェラー ゼ変異体に関するものです。 Ginkgo Bioworksの最近の公開出願に は、WO2021/195520（変異末端シン ターゼに関する）、WO2021/257915

（オリベトール酸シクラーゼ変異体 に関する）、WO2022/011175（変異 末端シンターゼに関する）、および WO2022/081615（プレニルトランスフ ェラーゼ変異体および関連するキメラ 型プレニルトランスフェラーゼと融合 ポリペプチドに関する）が含まれてい ます。 変異体の保護 この分野では、とりわけ米国企業によ る特許取得活動が活発になる中、特許 出願人は、欧州において商業的に有用 で広範な保護を獲得する可能性を最大 限に引き出すために、特許出願の準備 段階で何を考慮する必要があるでしょ うか？ 広範な地理的範囲の保護を獲得する最 も費用対効果の高い方法は、もちろん 欧州特許庁（EPO）に欧州特許出願を提 出することです。しかし、米国仮出願 またはPCT出願を提出する前のちょっと した配慮と計画によって、欧州で有用 6

Companies such as Genomatica and Ginkgo Bioworks are developing extensive patent portfolios around variant enzymes along these pathways, and engineered cells which express these enzymes. In recent years, Genomatica’s WO2020/214951, WO2020/247741, WO2021/211611, and WO2021/046367 have published, directed to olivetol synthase variants, olivetolic acid cyclase variants, cannabinoid synthase variants, and prenyltransferase variants respectively.

Ginkgo Bioworks’ recent publications include WO2021/195520 (directed to variant terminal synthases), (WO2021/257915 (directed to olivetolic acid cyclase variants), WO2022/011175 (directed to variant terminal synthases, and WO2022/081615 (directed to prenyltransferase variants and related chimeric prenyltransferases and fusion polypeptides).

Protecting variants With so much patenting activity in this area, notably from US companies, what do patent applicants need to think about when preparing patent applications, to maximise their chances of obtaining broad, commercially useful protection in Europe?

The most cost-effective way of obtaining broad geographical coverage is of course via a European patent application at the www.hlk-ip.jp

かつ広範な範囲のクレームを取得する 可能性を高めることができるのです。 EPOでは、遺伝子配列は産業上の利用

が可能である場合に限り特許可能であ るという基本的要件がありますが、こ の要件はほとんどの場合、とりわけ活 性化合物の工業生産を必要とする認定 された治療用途が存在するカンナビノ イド分野においては、容易に満たすこ とができます。明細書において産業上 の利用可能性を簡単に陳述するだけで 通常は十分です。 遺伝子組換え生物の分野における特許 クレームは通常、変異酵素のポリペプ チド配列、およびその変異酵素をコー ドする遺伝子の対応する塩基配列に関 するものであり、特許出願の一部とし て、または特許出願と一緒に提出され た配列表に開示された、1つまたはそ れ以上の特定の配列を参照して定義さ れたクレームを伴っています。このよ うなクレームの例を以下に示します。 配列番号1と少なくとも80％同一であ る配列を有する核酸であって、オリベ トール酸シクラーゼ活性を有するポリ ペプチドをコードする、核酸。 配列番号2と少なくとも80％同一／類 似である配列を含むポリペプチド。 配列番号2に対して少なくとも80％の 相同性を含むポリペプチド。 配列同一性 ― そもそもどういう意味 か？ 「配列同一性」とは、所定のアライン メントにおける規定の長さに対して2 つの異なる配列が正確に一致するヌク レオチド／アミノ酸の数または割合を 指し、「配列類似性」とは、2つの配 列を比較した際の類似性を指します。 上記に例示したクレームのオー プンランゲージ（「having」、 「comprising」、「including」）に基 づき、配列同一性は、例えば対象配列 とクエリ配列の長さが同じか異なる か、またはそれらの配列の整列方法な どに応じて、様々な方法で決定するこ とができます。クレームや明細書にお 7

European Patent Office (EPO). However, a little forethought and planning before filing a US provisional application, and/ or a PCT application, can increase the chances of obtaining allowance of claims with a usefully broad scope in Europe.

While there is a basic requirement at the EPO that a gene sequence is only patentable if it is capable of industrial application, this is easily met for most cases – particularly in the cannabinoid sector – in which there is a recognised therapeutic application requiring industrial production of active compounds: a simple statement in the specification setting out the industrial applicability usually suffices.

Patent claims in the field of genetically modified organisms are typically directed to polypeptide sequences of variant enzymes, and corresponding nucleotide sequences of the genes that encode the variant enzymes, with the claims defined by reference to one or more specific sequences disclosed in a sequence listing filed as part of or with the patent application. Examples of such claims are: A nucleic acid having a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO:1 and wherein the nucleic acid encodes a polypeptide having olivetolic acid cyclase activity.

A polypeptide comprising a sequence that is at least 80% identical / similar to SEQ ID NO:2.

A polypeptide including at least 80% homology to SEQ ID NO:2.

Sequence identity – what does it even mean?

“Sequence identity” refers to the number or percentage of nucleotides/amino acids that match exactly between two different sequences over a defined length in a given alignment, while “sequence similarity” refers to a resemblance between two sequences when compared.

Based on the open language of the above example claims (“having”, “comprising”, “including”), the sequence identity can be determined in different ways, depending,

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いてこの同一性をどのように定義づけ るかによって、そのクレームの新規性 評価の結果が全く異なる場合もありま す。また、このようなクレームは不明 瞭であるため認可できないと、EPOが 判断する可能性もあります。 図2は、用いたアルゴリズムを明記する こと、またはせめて同一性の定義方法 を明記することが、必須ではないにし ろ、推奨される理由を示しています。 図2における仮説の例を見ると、200塩

for example, on whether the subject and query sequences have the same length or different lengths, or how the sequences are aligned. How this is defined in the claims and specification can lead to very different results when it comes to assessing novelty of such a claim. In addition, the EPO may also consider such claims unclear and thus not allowable.

Figure 2 shows why it is advisable, if not essential, to specify the algorithm used, or at the very least how the identity is to be defined:

アラインメント－200 ntのうち4つが不一致

クエリ： 300 nt

対象：400 nt

Figure 2: A sequence alignment 図2: 配列アラインメント

基配列のアラインメントだけに関して 同一性が定義される場合、その同一性 比は98％（(200-4)/200 = 98%）と計 算されます。 しかし、同一性が300塩基のクエリ配 列（例えば、アルゴリズムに入力され た配列）に関して定義される場合、104 の不一致が存在し、そのクエリに対す る同一性比は65％に下がります。さ らに同一性が400塩基の対象配列（即 ち、そのアルゴリズム配列データベー スでヒットしたもの）に関して定義さ れる場合、204の不一致があるため、 その対象配列に対する同一性比は49％ にまで低下します。 FastAおよびBLASTのようなアルゴリ

ズムは、最適なローカルアライン メントに対する同一性を示す一方 で、GLSearchはクエリ配列に対する同 一性を示し、GSSearchは対象配列に対 する同一性を示し、GGsearchはグロー バルアラインメントに対する同一性を 示します。 EPOの審査ガイドラインは F-IV, 4.24 に

おいて、「配列同一性」と「配列類似 性」の解釈方法について説明すると共 に、出願において何らかのアルゴリズ 8

Looking at the hypothetical example in Figure 2, if the identity is defined with reference just to the alignment over the 200 nt sequence, then the percentage identity is calculated as being 98% (with the calculation being (200-4)/200 = 98%).

However, if the identity is defined with reference to a 300 nt query sequence (e.g., the sequence inputted into the algorithm), then there are 104 mismatches, and the % identity over the query drops to 65%. Further still, if the identity is defined with reference to a 400 nt subject sequence (i.e., hits within the algorithm sequence database), then there are 204 mismatches and the % identity over the subject sequence drops further to 49%.

Algorithms such as FastA and BLAST provide identity over the best local alignment, whereas GLSearch provides identity over the query sequence, GSSearch provides identity over the subject sequence and GGsearch identity over a global alignment.

The EPO’s Guidelines for Examination at F-IV, 4.24 explain how “sequence identity” and “sequence similarity” are interpreted, and unequivocally state that if no algorithm, calculation method or similarity-scoring matrix is provided or defined in the www.hlk-ip.jp

ム、計算方法または類似性スコアリン グマトリックスが提示または定義され ていない場合、該当する出願日に公知 であった合理的なアルゴリズム、計算 方法またはマトリックスを用いて、こ れらの用語の最も広い解釈が適用され ると、明確に述べています。 さらに、類似性または相同性がクレー ムの主題を先行技術から区別する唯一 の特徴である場合、出願時の明細書に 相同性の割合の決定または計算が明確 に定義されていない限り、EPOは明瞭 性の拒絶を提起します。 上記の例で言えば、特許出願人が意図 するもの（例えば、BLASTローカルア ラインメント）と、EPOが調査するも の（より大きな対象配列のアラインメ ント）との間に同一性がない場合、 より高い収率、より速い代謝回転、ま たはより高いエナンチオ選択性を有す る組換え酵素または変異酵素は、後の 産業環境において求められ、保護す る必要のある商品または資産となりま す。欧州における競争優位性を確保し たいのであれば、特許出願人は、塩基 配列またはアミノ酸配列により定義さ れたバイオテクノロジー発明に関する 欧州特許庁の審査実務について、目配 りを怠ってはならないことが重要です （実際、配列表の作成に関するST.26が 2022年7月1日に発効します ― ここを参 照）。 当事務所の 生命科学＆医療チームは常 に、この分野における特許取得の落と し穴を見抜いてクライアントの皆さま をガイドいたします。ご質問がありま したら、お気軽にお問い合わせくださ い。

連絡先

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application, the broadest interpretation of these terms will be applied, using any reasonable algorithm, calculation method or matrix known at the relevant filing date.

In addition, if the similarity or homology is the only feature to distinguish the subjectmatter of a claim from the prior art, the EPO will raise a clarity objection unless the determination or calculation of the percentage of homology is clearly defined in the application as filed.

Using the above example, loss of identity between what a patent applicant intends (for example BLAST local alignment) and what the EPO might search (alignment over a larger subject sequence) could result in a variant sequence being considered to lack novelty and/or be unclear if no algorithm was defined. As a result, without suitable fallback positions (e.g., to the algorithm, or the length of sequence) included at the drafting stage it may not be possible to amend the claims to restore novelty.

Engineered or mutant enzymes that have higher yields, faster turnover, or higher enantioselectivity are sought after in any industrial setting and are commodities or assets that need to be protected. It is important that patent applicants do not lose sight of the European Patent Office’s examination practices for biotechnological inventions defined by nucleotide or amino acid sequence (or, indeed, the entry into force on 1 July 2022 of ST26 relating to the preparation of sequence listings – see here) if a competitive edge in Europe is to be secured.

Our Life Sciences and Healthcare team are always on hand to guide you through the pitfalls of patenting in this area. Feel free to reach out to us with any questions you might have.

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Magnus Johnston パートナー mjohnston@hlk-ip.com

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