Tai lieu chia se mien phi tai: wWw.SinhHoc.edu.vn Phương pháp xử lý trình tự nucleotide bằng phần mềm BioEdit (Đại học Bắc Carolina) Đây là chương trình xử lý trình tự nucleotide và amino acid, phiên bản free v5.0.9, sử dụng trực tiếp, không cần cài đặt. Khởi động chương trình từ file BioEdit.exe trong thư mục BioEdit.
I. CÁC CÔNG CỤ CƠ BẢN CỦA BIOEDIT 1. Giao diện chính của màn hình
1
8
2
3
4
5
6
7
9
(1): Menu File: bao gồm một số submenu chính như sau: + New Alignment: tạo file trình tự mới + Open ...: mở file: BioEdit hỗ trợ đọc và xử lý một số file có dạng mở rộng: *.ab1, *.abi (định dạng có kèm đồ thị quang phổ trình tự nucleotide; *.fas (định dạng fasta, đây là định dạng rất phổ biến, có thể dùng trực tiếp để BLAST so sánh trình tự online), *.txt, *.rtf (các file text và Rich text của chương trình MS Word)... Khi mở tìm file trong thư mục đã biết mà chưa rõ phần mở rộng của file thì nên chọn All Files (*.*) (như hình bên) để hiện tất cả các định dạng file hiện có. + New from Clipboard: Tạo một file mới tự động paste ngay trình tự vừa được copy vào clipboard của Windows (bằng lệnh Ctrl+C hoặc lệnh Copy). + New text: Tạo một file mới dưới dạng Text như của Windows.
Tai lieu chia se mien phi tai: wWw.SinhHoc.edu.vn
lý trình tự bằng phần mềm BioEdit Tai lieu chia se mien phi tai: Xử wWw.SinhHoc.edu.vn
(2): Menu World Wide Web: Bao gồm các chương trình tiện ích và các phần mềm online như Ngân hàng trình tự protein; Thiết kế primer, BLAST (NCBI)... Chương trình sẽ tạo kết nối tới các trang Web thực hiện các chương trình này. (3): Menu Accesory Application: Bao gồm các ứng dụng bổ sung của BioEdit như BLAST nội bộ và qua Internet, Tự động tìm kiếm các contig trình tự cắt giới hạn RFLP, Thiết lập cây phát sinh chủng loại ... (4): Menu RNA: các tiện ích xử lý trình tự RNA. (5): Menu Options: Có các thông tin về các loại enzyme cắt giới hạn theo nhà sản xuất, dò tìm các codon, các mã tương ứng của protein ... (6): Menu Window: Quản lý các cửa sổ đang chạy của chương trình, có thể chọn Title (phóng to một của sổ) hoặc Cascade(hiện cùng lúc nhiều cửa sổ). (7): Menu Help: Menu này rất quan trọng khi mới làm quen với chương trình, trong đây có tất cả các thông tin hướng dẫn các bước thực hiện một phân tích nào đó và giải quyết các vấn đề trục trặc gặp phải với chương trình (trong Help chọn Contents: đánh vào trong Box của content những từ liên quan đến nội dung cần tìm kiếm, trang sẽ tự động tìm đến hướng dẫn chi tiết có hình minh họa). (8): Icon Open: là icon tắt (shortcut) của lệnh mở file. (9): Icon New: là icon tắt của lệnh tạo file mới. Đây là giao diện của chương trình ở trạng thái inactive, khi đang mở file thì giao diện sẽ chuyển thành dạng active có một số thay đổi: các menu sẽ mở rộng thêm các submenu và xuất hiện thêm các menu, submenu mới tùy thuộc file và loại công việc đang thực hiện.
2. Giao diện mở rộng hay giao diện hoạt động 1
2
3
4
5
Tai lieu chia se mien phi tai: wWw.SinhHoc.edu.vn
2
lý trình tự bằng phần mềm BioEdit Tai lieu chia se mien phi tai: Xử wWw.SinhHoc.edu.vn
Trong giao diện này, có một số Menu và Submenu quan trọng sau: (1) Menu File: + Open as Text: mở tất cả các file trình tự dưới dạng Text (như trong chương trình DNAstar). + Save và Save As... : lưu file lại dưới dạng có phần mở rộng bất kỳ của BioEdit (lựa chọn ở box dưới box ghi tên, nên để dạng phổ biến là *.fas). + Export: trích xuất file dưới các dạng file mở rộng khác như file trình tự amino acid, trình tự BLAST, Raw text (để đọc trực tiếp bằng Word hay Notepad)... + Import: nạp trực tiếp các trình tự khác, bổ sung trực tiếp vào Alignment đang hoạt động (thay vì phải mở file rồi copy, paste...). + Graphic view: dạng đồ họa so sánh trình tự hay các tác vụ khác, chuyển sang dạng này để chỉnh sửa các thức thể hiện các tác vụ này, ví dụ như thể hiện bảng so sánh trình tự, trong phần này có thể tinh chỉnh bằng các Option để có hiệu quả hình ảnh đẹp nhất, phục vụ báo cáo, viết báo... + Print Alignment as Text: in trực tiếp trình tự đang xử lý dưới dạng văn bản text, không cần chuyển sang Word. (2) Menu Edit: + Copy, Paste, Cut, Delete: các công cụ cơ bản như Windows, trừ công cụ Copy, còn lại 3 công cụ chỉ hoạt động đối với cửa sổ tên trình tự bên trái(sẽ nói ở phần sau). + Copy sequence(s), Paste sequence(s), Cut sequence(s), Delete sequence(s): thao tác được cùng lúc tất cả các sequence có mặt trong Alignment đang hoạt động. + Search: tìm các đoạn trình tự mong muốn hay các ORF (tùy lựa chọn). (3) Menu Sequence: trong màn hình giao diện BioEdit có các đơn vị hình thành các cửa sổ nhỏ là Alignment, trong mỗi Alignment có nhiều Sequence, mỗi Sequence có tên (bên trái) nằm ở cửa sổ tên và trình tự nằm trong cửa sổ trình tự (bên phải), tất cả được hiển thị trong SubWindow Alignment. Dưới đây là các submenu của Sequence: + New sequence và Edit sequence: bổ sung và xử lý một sequence ở bảng Alignment, dùng lệnh New sequence sẽ xuất hiện một cửa sổ mới.
Tai lieu chia se mien phi tai: wWw.SinhHoc.edu.vn
3
lý trình tự bằng phần mềm BioEdit Tai lieu chia se mien phi tai: Xử wWw.SinhHoc.edu.vn
Trong cửa sổ này, chỉ có thể đánh tên trình tự trong Box được chỉ trong hình, định dạng trình tự ở Box nhỏ bên phải (ở đây là DNA), chọn kích cỡ font (10), cách thức ghi trình tự (Insert: chèn trình tự, bình thường nên chọn kiểu này; Overwrite: ghi đè, nếu không để ý khi xử lý trình tự bị ghi đè sẽ mất nu) và paste một trình tự từ Clipboard chứ không thể đánh các trình tự bằng bàn phím. Sau khi đặt các thiết lập, chọn Apply and Close. Khi dùng lệnh Edit sequence thì có thể đánh trực tiếp trình tự hoặc sửa chữa một trình tự đã có (như hình trên). Chọn một trình tự để Edit thì click chuột trái vào tên trình tự đó trong cửa sổ Alignment rồi chọn Edit sequence. + Select positions: có thể chọn một đoạn nhất định trên trình tự đang lựa chọn bằng lệnh này khi đã biết vị trí đầu và cuối của đoạn trình tự đó. Điền vị trí đầu vào cuối vào box, đoạn trình tự sẽ tự động được bôi đen, sau đó có thể thực hiện các lệnh Copy, Edit... + Sort: sắp xếp các trình tự trong bảng Alignment theo các trường khác nhau như theo tên ABC của trình tự, theo reference, comment đăng kí của trình tự... + Manipulations: chỉnh một số định dạng của trình tự như kí hiệu in hoa sang in thường và ngược lại, đảo trình tự. +*Nucleic acid: đây là một submenu rất quan trọng,có một số lệnh như sau: - Nucleotide composition: thành phần các loại nu của trình tự đang chọn, có bảng thống kê chiều dài phân đoạn, khối lượng phân tử, %G-C, A-T và biểu đồ minh họa thành phần nucleotide. - Complement và Reverse complement: biến đổi trình tự đang chọn thành trình tự bổ sung hoặc trình tự đảo ngược bổ sung. Trước khi thực hiện phải chọn
Tai lieu chia se mien phi tai: wWw.SinhHoc.edu.vn
4
lý trình tự bằng phần mềm BioEdit Tai lieu chia se mien phi tai: Xử wWw.SinhHoc.edu.vn
trình tự bằng click chuột trái vào tên trình tự hoặc chọn Select positions hay bôi đen bằng chuột trái trình tự ở nửa màn hình bên phải. - DNA → RNA và RNA → DNA: biến đổi trình tự DNA thành RNA và ngược lại. - Translate: Dịch mã sang trình tự amino acid của trình tự vùng chọn hoặc các ORF trong đoạn trình tự. - Find next ORF: tìm kiếm các khung đọc mở (ORF) trên trình tự. - Create plasmid from sequence: tạo dạng plasmid từ trình tự chọn, một cửa sổ mới sẽ hiện ra, vẽ lại trình tự dưới dạng mạch vòng, có thể hiển thị các thông tin cần thiết tùy lựa chọn. - Restriction map: lập bản đồ enzyme cắt giới hạn của trình tự chọn (danh sách RE của BioEdit không thật nhiều nên một số RE hiếm và mới không có, cần so sánh với chương trình khác). (4) Menu Alignment: có hai lệnh quan trọng là Sequence Identity matrix: (thiết lập ma trận độ tương đồng với hai trình tự được chọn trở lên) và lệnh Create consensus sequence (tạo một trình tự mới gồm các nucleotide giống nhau của các trình tự được chọn theo đúng thứ tự xuất hiện). (5) Menu View: điều chỉnh các thông số đồ họa như kí tự đậm, nhạt hay nghiêng, thẳng, có màu hay không, màu nền, màu các nucleotide. Có hai lệnh Split window vertically và Split window horizontally: chia màn hình theo chiều dọc hay chiều ngang thành 2 màn hình, để tiện theo dõi các đoạn rất xa nhau của cùng một trình tự hoặc giữa hai trình tự xa nhau trong bảng Sequence của Alignment.
3. Cửa sổ Alignment Đây là cửa sổ hoạt động chính của chương trình, các thành phần chính của cửa sổ này như sau: (1): Icon Save: lưu Alignment đang làm việc. (2): Icon Print: Print trực tiếp (chọn lệnh này sẽ hiện ra một bảng lựa chọn mới với các cách thể hiện trình tự khác nhau như in hoa, in thường, nghiêng, đậm... (3), (4), (5): Các lựa chọn về font chữ thể hiện trình tự. (6): Bảng tên trình tự, có thể đổi tên trình tự trực tiếp trên bảng này bằng nháy đúp chuột trái vào tên trình tự.
Tai lieu chia se mien phi tai: wWw.SinhHoc.edu.vn
5
lý trình tự bằng phần mềm BioEdit Tai lieu chia se mien phi tai: Xử wWw.SinhHoc.edu.vn
1 2
4
3
6
7
5
8 9 10
11
12 13
14
(7): Bảng trình tự: bảng này không dùng để chỉnh sửa trình tự trực tiếp, tuy nhiên có thể thực hiện một số thao tác như chuyển một đoạn trình tự sang vị trí khác hay ghi chú đoạn trình tự với ghi chú riêng, hay đánh dấu tất cả các nu đang lựa chọn bằng một kí hiệu nào đó... (8): Biểu thị các nu theo màu quang phổ đọc trình tự (màu của chữ). (9): Tương tự (8) nhưng là màu nền của chữ. (10): Thể hiện các nu với thang màu xám khác nhau. (11): Lựa chọn để các nu có màu hay đen trắng. (12): Thể hiện các nu tương đồng bằng kí hiệu nhất định như dấu (.), loại dấu này được lựa chọn trong (13). (14): Thanh trượt của hai màn hình Alignment chính.
II. CÁC BƯỚC XỬ LÝ TRÌNH TỰ NUCLEOTIDE Trình tự nhận được thường có hai dạng file: *.ab1 và *.seq. File *.seq chỉ có trình tự thể hiện bằng chữ cái, file *.ab1 có đồ thị quang phổ. Để sửa các lỗi do máy đọc trình tự không xác định được, cần mở file *.ab1 để sửa dựa trên đồ thị. Khi mở 1 file, sẽ có 2 cửa sổ phụ hiện ra, một cửa sổ là trình tự dạng chữ cái, một là dạng đồ thị.
Tai lieu chia se mien phi tai: wWw.SinhHoc.edu.vn
6
lý trình tự bằng phần mềm BioEdit Tai lieu chia se mien phi tai: Xử wWw.SinhHoc.edu.vn
Hình dưới là cửa sổ quang phổ màu ABI (ABI Chromatography): (1): thanh trượt dọc làm thay đổi chiều cao của Pic quang phổ; (2) thanh trượt ngang: làm tăng khoảng cách giữa các vị trí nu, cũng làm các Pic quang phổ dễ theo dõi hơn; (3) tọa độ con trỏ: (a,b:c) = (tọa độ trục hoành, tọa độ trục tung: vị trí nu); (4): thanh trượt vị trí: kéo thanh trượt này để quan sát các vị trí khác nhau. Chế độ mặc định của cửa sổ này là không thể chỉnh sửa (non-editable) nhưng có thể chỉnh sửa được bằng cách chọn menu View → Editable sequence (như hình dưới). Bây giờ muốn thay đổi nu nào chỉ cần click vào nu đó.
1
2
3
4 1. Xác định vị trí đoạn chèn trên vector Nếu sử dụng vector pBT và đọc trình tự bằng primer M13F thì đoạn chèn sẽ nằm trong khoảng base thứ 39-42. Để kiểm tra, cần có trình tự primer F và primer R: Mở file trình tự bằng lệnh Open.
Lựa chọn primer bằng click chuột trái vào tên trình tự, tên trình tự sẽ được bôi đen như trên hình. Tiếp theo là chọn lấy phần nào của trình tự. Có 2 cách: (1): bôi đen trình tự tương ứng ở cửa sổ bên phải (như hình dưới); (2): trên menu chính,
Tai lieu chia se mien phi tai: wWw.SinhHoc.edu.vn
7
lý trình tự bằng phần mềm BioEdit Tai lieu chia se mien phi tai: Xử wWw.SinhHoc.edu.vn
vào mục Sequence rồi chọn Select positions, sau đó điền vào vị trí đầu và vị trí cuối (trong hình minh họa là 1 - 20), trình tự cũng sẽ được tự động bôi đen. Sau đó thực hiện lệnh copy (bằng tổ hợp phím tắt Ctrl+C hoặc vào mục Edit chọn Copy). Trình tự sẽ được copy ra clipboard, lúc này có thể paste vào nhiều trình ứng dụng khác nhau.
Lưu ý: Vì chưa biết là primer M13F sẽ gắn vào đầu nào nên có thể trình tự nhận được sẽ trùng với trình tự primer hoặc đảo ngược bổ sung. Nếu tìm trình tự primer trên trình tự nhận được mà không thấy thì phải đảo ngược bổ sung trình tự primer: thực hiện các bước chọn trình tự như trên rồi vào mục Sequence → Nucleic acid → Reverse complement, nếu trình tự đang chọn thay đổi là được, còn nếu không thì phải save file trình tự primer lại, tắt file trình tự này rồi mở lai, lúc này sẽ đảo trình tự được (đây là do lỗi của BioEdit). Sau đó chọn lại trình tự và copy.
Bước tiếp theo là tìm vị trí primer: Trong cửa sổ biểu đồ quang phổ, dùng tổ hợp phím tắt Ctrl+F để tìm trình tự (hình trên), sau đó ấn Crtl+V để paste trình tự primer từ clipboard → click Find next. Nếu có trình tự primer thì đoạn trình tự tương ứng sẽ được bôi đen (trong trường hợp tìm các trình tự khác thì Find next sẽ chỉ ra các trình tự theo thứ tự từ gần cho tới xa tính từ vị trí con trỏ, nên nếu đang ở giữa trình tự thì nên kéo thanh trượt ngang về đầu trình tự để bắt đầu dò tìm, tránh tìm sót các trình tự ở trước con trỏ).
Tai lieu chia se mien phi tai: wWw.SinhHoc.edu.vn
8
lý trình tự bằng phần mềm BioEdit Tai lieu chia se mien phi tai: Xử wWw.SinhHoc.edu.vn
Trong trường hợp vector pBT, primer M13F thì quan sát ở vị trí quanh nu thứ 40, nếu tìm không thấy trình tự primer thì xem kỹ có vị trí nu nào bị hỏng từ sau nu thứ 40 không, sửa lại nu đó rồi tìm lại (bằng cả trình tự gốc và đảo ngược bổ sung). Còn vị trí primer ngược lại (chưa biết là primer xuôi hay ngược) cũng có thể gặp phải lỗi trong vùng tương ứng với trình tự primer nên không tìm thấy. Lúc này có thể ước tính vị trí của primer bằng cách cộng từ vị trí primer đầu với kích thước lý thuyết của đoạn DNA, sau đó sửa lại các nu sai trong khu vực đó và tìm lại. Sau khi đã xác định điểm đầu và điểm cuối của trình tự cần tìm, tiến hành sửa lại tất cả các nu bị sai. Nếu trình tự ngắn có thể kéo thanh trượt ngang, kiểm tra từng vị trí. Nếu trình tự dài thì lần lượt tìm các vị trí có K, M, R, S, Y, W bằng công cụ tìm kiếm (Ctrl+F) rồi sửa lần lượt.
2. Sửa các vị trí lỗi Kéo các thanh trượt ngang và dọc ở bên góc trái bên trên của cửa sổ, sao cho hình dạng các Pic màu dễ nhìn nhất như trên hình (thanh trượt ngang sẽ làm giãn các vị trí, nên kéo ngay thanh trượt này từ đầu vì khi đã lựa chọn một khu vực xác
Tai lieu chia se mien phi tai: wWw.SinhHoc.edu.vn
9
lý trình tự bằng phần mềm BioEdit Tai lieu chia se mien phi tai: Xử wWw.SinhHoc.edu.vn
định, kéo thanh trượt này sẽ làm lệch sang vị trí khác, để di chuyển giữa các vị trí cho nhanh thì kéo thanh trượt ngang ở dưới cùng cửa sổ). Trong trường hợp như hình minh họa, có 3 vị trí liên tục bị lỗi là R S R. Trường hợp này có thể sửa lại thành A C G. Vị trí R thứ nhất chương trình không phân biệt được giữa Pic của A và G nhưng khi so sánh, chúng ta chọn Pic của nu nào có dạng điển hình hơn (dạng đường cong chuẩn, có đỉnh và chiều lên, xuống rõ ràng, nhọn) hoặc cùng là các dạng điển hình thì ưu tiên các Pic cao ngang với Pic trung bình của các vị trí đã được xác định ở gần đó. Vị trí S, chúng ta nên sửa lại là C vì rõ ràng Pic C rất rõ ràng và cao ngang các Pic trung bình khác. Trường hợp của vị trí R thứ hai thì ưu tiên Pic có dạng điển hình hơn là G.
Trường hợp thứ hai như hình trên, phần mềm xác định trình tự đã mắc một lỗi nghiêm trọng hơn. Bình thường thì có thể 1 nu này được xác định thành nu khác hoặc thành một nu chưa xác định, nhưng trong trường hợp này, chương trình còn xác định thừa 1 nu. Trên hình có thể thấy có 2 Pic rất cao so với các Pic trung bình ở xung quanh là C (ở đây phần mềm chỉ xác định là Y) và C. Hai Pic này đã làm nhiễu 2 Pic thật của A nằm ở dưới (các Pic này ngang Pic trung bình) nên thay vì A A, phần mềm lại xác định là Y C A. (Khi sửa nu mà cần loại bỏ nu thì chọn nu đó rồi dùng phím Space). Sửa bằng cách này có một hạn chế là không thể thêm nu, vì phần mềm cũng có thể đánh giá thiếu nu do nhiễu. Nếu cần sửa thêm nu thì sau khi lưu file dưới dạng fasta (*.fas) có thể sửa bằng Edit sequence. Nếu có nhiều clone
Tai lieu chia se mien phi tai: wWw.SinhHoc.edu.vn10
lý trình tự bằng phần mềm BioEdit Tai lieu chia se mien phi tai: Xử wWw.SinhHoc.edu.vn
thì nên so sánh các vị trí này với các clone khác để biết nu chính xác (chương trình cũng có thể xác định nhầm nu, không phải chỉ các vị trí lỗi mới là vị trí sai). 3. Lưu lại trình tự đã sửa Trình tự đã sửa lỗi có thể lưu lại theo hai cách (không save luôn trình tự vừa sửa, nên giữ lại file gốc vì có thể sửa sai): (1): bôi đen từ vị trí đầu đến vị trí cuối → Ctrl+C → mở một Alignment (Ctrl+N) → vào mục Sequence → New sequence → Ctrl+V (paste) → Apply and close (nếu muốn thêm trình tự vào một Alignment đang làm việc thì vào File → Import from Clipboard); (2): không cần bôi đen, vào mục File → Export as Fasta → đánh tên một file mới có phần mở rộng là fas (ví dụ như tên là L38.fas) → File → Open... (mở file vừa save) → chọn sequence này → Sequence → Edit sequence → delete tất cả các trình tự vector → Apply and close. 4. So sánh các trình tự Lúc này đã có các trình tự cần so sánh trong một Alignment được sắp xếp theo thứ tự các sequence và đảo chiều tất cả các sequence theo một chiều nhất định.
Chọn chế độ so sánh (chọn phím như vị trí con trỏ trên hình) và chế độ màu (phím CAT có màu), sau đó chọn trình tự chuẩn bằng cách click chuột phải vào tên trình tự đó, các trình tự so sánh sẽ thể hiện bằng dấu (.) có màu tương ứng nếu nu giống và dấu (~) nếu vị trí đó bị thiếu nu so với trình tự chuẩn, các vị trí thiếu nu chương trình không thể tự nhận ra mà người sử dụng phải xác định. Tạo các vị trí (~) như 2 hình dưới: click chuột trái vào vị trí nu cần di chuyển (nu sẽ được bôi đen), giữ chuột trái rồi di chuyển nu đó tới vị trí mong muốn, sau đó thả chuột, các vị trí thiếu nu sẽ tự đồng điền bằng (~). Khi so sánh, thao tác này rất quan trọng, vì nếu không chương trình sẽ đánh giá sai. Ví dụ như ở hai hình trên,
Tai lieu chia se mien phi tai: wWw.SinhHoc.edu.vn11
lý trình tự bằng phần mềm BioEdit Tai lieu chia se mien phi tai: Xử wWw.SinhHoc.edu.vn
nếu không tạo các vị trí ~ thì chương trình sẽ so sánh lệch tất cả các vị trí từ phía sau nu đó, trong khi thực tế là chỉ có một đột biến thêm nu hoặc mất nu giữa hai trình tự này, phần còn lại giống nhau hoàn toàn (hình thứ hai). Khi xử lý trình tự SSR cũng cần lưu ý tại vùng lặp lại, cần xác định được các trình tự biên, sau đó chỉnh lại cho trùng các vị trí biên thì có thể xác định được số lần lặp lại lệch nhau giữa các trình tự và độ tương đồng vùng bảo thủ (vùng biên).
5. Hiển thị đồ họa các so sánh Sắp xếp các trình tự đã xử lý theo thứ tự (dùng chuột trái kéo các tên các trình tự sang vị trí mong muốn) rồi dùng chuột trái bôi đen tất cả các trình tự cần so sánh. Sau đó vào File → Graphic view. Cửa sổ mới sẽ hiện ra (hình dưới). Các lựa chọn ở bên trên có thể thay đổi tùy theo ý muốn người sử dụng. Một số lựa chọn quan trọng như: Residues per row: số nu được hiển thị trong một hàng ngang (khi chỉnh lựa chọn này cần quan tâm chỉnh chiều ngang hình ở trong mục Page Width ở góc phải bên dưới, nếu số nu một hàng quá nhiều thì sẽ bị mất các nu cuối hàng, lúc này cần tăng chiều ngang ở Page Width); Characters in titles: số âm tối đa trong tên trình tự; Blocks of 10 residues: tách trình tự thành từng nhóm 10 nu; Sequence in color: hiển thị màu các nu; Show ruler: xuất hiện thước hay không. Ngoài ra, có thể chỉnh độ đậm nhạt, chiều cao, nghiêng của các chữ cái, vị trí tên trình tự, ví trí đánh dấu số nu... bằng các lựa chọn khác. Sau khi chỉnh theo ý muốn, nhấn nút Redraw ở
Tai lieu chia se mien phi tai: wWw.SinhHoc.edu.vn12
lý trình tự bằng phần mềm BioEdit Tai lieu chia se mien phi tai: Xử wWw.SinhHoc.edu.vn
góc phải bên trên của bảng lựa chọn. Nếu muốn mở rộng màn hình để quan sát toàn bộ hay để copy hình ảnh sang một trình duyệt xử lý ảnh khác thì nhấn phím mũi tên màu đỏ ở góc trái trên cùng của bảng lựa chọn.
Nếu muốn chuyển thành file hình ảnh thì mở rộng hình bằng mũi tên, di chuyển chuột ra một góc màn hình rồi nhấn phím Print Screen/Sys Rq ở gần cuối phía trên của bàn phím (chụp ảnh màn hình), rồi mở Photoshop hoặc MS Paint, tạo file mới, sau đó dùng Ctrl+V để paste hình ảnh này vào. Nếu muốn chuyển thành file văn bản bình thường, không có các hiện thị màu thì có thể trích xuất dưới dạng Rich text (vào File → Export as Rich text). 6. Lập ma trận độ tương đồng trình tự Bôi đen tên các trình tự trong cửa sổ Alignment như phần trên → vào mục Alignment → Sequence Identity Matrix → lưu một file đệm bằng tên bất kỳ (file này sẽ mất sau khi so sánh). Bảng so sánh sẽ hiện ra như hình dưới:
Tai lieu chia se mien phi tai: wWw.SinhHoc.edu.vn13
lý trình tự bằng phần mềm BioEdit Tai lieu chia se mien phi tai: Xử wWw.SinhHoc.edu.vn
Có thể bôi đen và copy sang Word ma trận này và chuyển vào Table hoặc cũng có thể trích xuất dưới dạng file Text (File → Save). Đối với các trình tự SSR, ngoài việc so sánh theo tất cả chiều dài trình tự, cần so sánh trình tự vùng bảo thủ. Để thực hiện điều này, vào Edit sequence của từng trình tự, Delete tất cả trình tự lặp lại, bôi đen rồi nhấn tổ hợp Ctrl+C, thoát ra ngoài mà không Apply (chọn Cancel). Sau đó tạo trình tự mới (Sequence → New sequence), nhấn tổ hợp Ctrl+V để paste, sau đó Apply and close. Thực hiện các bước tương tự với tất cả các trình tự cần so sánh, sau đó lặp lại các bước so sánh như trên.
Tai lieu chia se mien phi tai: wWw.SinhHoc.edu.vn14