Con respecto a la estructura interna, el poema se puede dividir en cuatro partes. La primera, que abarca desde “De un clérigo leemos...” hasta “...xxxxxxxxxxxxxx”, esto es, los ____ primeros versos, corresponde a la presentación del personaje; la segunda, que va desde “” hasta “”, conforma el nudo o desarrollo de la historia, en la que, tras el asesinato del clérigo a manos de sus compañeros y su enterramiento fuera del convento, la Virgen ordena a un compañero que lo entierren dentro, a través de un sueño; la tercera parte, comprendida entre los versos xº y yº, expone el desenlace de la historia, no del poema, ya que la última cuaderna vía, cuarta y última parte del poema, sirve de conclusión, en tanto que expone una enseñanza moral de carácter universal. La devoción mariana redime al clérigo. La fe a la Virgen María salva el alma del monje. La Virgen misericordiosa es intercesora del clérigo devoto ante sus compañeros. Gracias a la fe que el clérigo tiene a la Virgen, su cuerpo es enterrado dentro del convento.