La fermentación natural es una de las etapas más importantes y delicadas del proceso, esta consiste en la degradación del mucílago a una sustancia soluble.
Como el mucílago es un material gelatinoso insoluble en el agua (hidrogel), es necesario solubilizarlo para convertirio en un material de fácil remoción en el lavado (hidrosol) en tanques o pilas, en un período de 6 a 48 horas dependiendo de las condiciones climatológicas, capacidad de drenaje de las pilas, altura de la masa de café, calidad del agua utilizada, madurez del fruto y los microorganismos presentes. Asimismo, si el despulpado se realiza en seco, va a depender también del reciclaje de las aguas, la utilización de enzimas, productos químicos, levaduras, si es a través de una fermentación aeróbica, anaeróbica o bien combinada, en seco o bajo agua.
