A atividade de “fiscalização” da APA pode ser vista em duas perspetivas:
uma “formal”, no âmbito da qual a APA tem competências legais de fiscalização em matéria de água através das Administrações de Região Hidrográfica (ARH), e uma perspetiva “informal”, sendo a APA entidade que apoia tecnicamente autoridades inspetivas (IGAMAOT, SEPNA-GNR, CCDR, ICNF e Autoridade Marítima).
O exercício da atividade fiscalizadora promovida pela APA em 2018 seguiu mais uma vez a estratégia de planeamento definida para o Plano Nacional de Fiscalização e Inspeção Ambiental (PNFIA), sob coordenação da IGAMAOT.