Geografi sk visualisering til COVID19overvågning

Geografisk visualisering til COVID-19-overvågning

Danmarks COVID-19-testresultater samles i en database. Herfra bliver de anvendt til adskillige formål. Når testresultaterne kobles med yderligere data, herunder med x- og y-koordinater, kan data indgå i geografiske analyser eller illustrationer.

AF JONAS KÄHLER, STATENS SERUM INSTITUT

COVID19 står for: “Coronavirus Disease 2019”. Statens Serum Institut (SSI) er ansvarlig for overvågningen af COVID19 i Danmark. COVID19 testresultater fra både private og offentlige leverandører samles i den Danske Mikrobiologiske Database (MiBa) og bliver herfra anvendt til adskillige formål, herunder smitteopsporing, forskning, rapportering til det nationale beredskab, overvågning i dashboards på SSI’s hjemmeside, analyser af forskellige genåbningsscenarier (Modelgruppen), samt lokale indsatser fx i kommunerne.

MiBa og COVID-line-list

Dataintegrations og Analysesekretariatet (DIAS) på SSI har ansvaret for at udvikle og drifte det automatiske overvågningssystem for COVID19. MiBa er hoveddatakilden bag COVID19overvågningen. COVID19testresultater fra MiBa samles i COVIDlinelisten, der er en database, som indeholder alle relevante variable, som anvendes ifm. overvågningen, herunder positive, negative eller inkonklusive testresultater. Data kobles med yderligere data fra en række andre datakilder bl.a. CPRregistret for information om bopælsadresse og x og ykoordinater til anvendelse i forbindelse med geografiske analyser eller illustrationer.

GIS og epidemier

Geografisk visning har altid været centralt i overvågning og bekæmpelse af smitsomme sygdomme. Informationen om sygdom, tid og sted er yderst relevant, når det kommer til overvågning af infektionssygdomme fx i forbindelse med udbrudshåndtering, forskning og lignende.

Ekstra medvind til GIS

COVID19pandemien medførte lige fra starten et stort behov for at få offentliggjort relevant data til borgere, regioner og kommuner. Anvendelsen af GIS i forbindelse med overvågningen fik i den forbindelse ekstra medvind. Dels har der været efterspørgsel på kort, der viser smittetal (incidens, positiv procent) eller testaktivitet (testincidens) som generel formidling til offentligheden.

Der har også været et behov bl.a. i kommunerne for at få vist deres smittetal på et mere detaljeret niveau. For bedre at kunne vurdere smitteniveau og effekt af indsatser lokalt har kommunerne haft behov for at få data for både udvalgte geografiske områder og for mere generelle geografier såsom kvadratnet.

Ydermere har SSI anvendt detaljerede kortvisninger på individniveau til overvågning af udbrud og opsporing af smittekæder i forbindelse med COVID19pandemien.

SSI valgte at bruge ESRIs Coronavirus Response package, som er en tjeneste til statslige og offentlige myndigheder. Pakken giver SSI adgang til både ArcGIS online og ArcGIS Pro. Yderligere kunne SSI via pakken følge med i, hvordan andre statslige sundhedsmyndigheder anvender det samme software til præsentation af deres nationale COVID19overvågning.

COVID-19 dashboards

I august 2020 lancerede SSI det første COVID 19 dashboard med nøgletal, kort og figurer vedr. COVID19pandemien i Danmark på kommunalt >>

FME ER GOD TIL ALLE TYPER DATA - IKKE KUN BIM- OG GEODATA

FME er værktøjet, du skal benytte, når du har brug for at kombinere data på nye måder. FME er det foretrukne værktøj for rigtig mange, når det handler om dataintegration. Corona har givet helt nye behov for indsamling, verificering, behandling og udstilling af data. Vi ser gode eksempler på, hvor data fra mange forskellige kilder samles og konverteres til information i databaser, GIS systemer og dashboards. FME spiller ofte en vigtig rolle i organisationer, som ønsker at udstille data. Det bruges i kommuner, styrelser samt i Det Europæiske Center for Forebyggelse af og Kontrol med Sygdomme, ECDC. Kontakt vores eksperter for at høre om, hvordan løsninger hos andre kunder også kan benyttes i din virksomhed.

Sweco er FME partner med Safe Software, og vi har certificerede medarbejdere, som forhandler, supporterer og uddanner i FME. Du finder webinarer, kurser og inspiration på https://dataflow.center

Kontaktperson: Mik Wulff Thomsen mikwulff.thomsen@sweco.dk

Figur 1. COVID-19-dashboard på kommunalt niveau.

niveau, se fi gur 1. I den efterfølgende tid lancerede SSI et COVID19dashboard på regionalt niveau, hvorefter der kom fl ere opdateringer med nye vinkler på COVID19pandemien i forhold til nye tests (private leverandører, antigen, PCR, etc.), sundhedsspor (tests udført i regionerne af kliniske mikrobiologiske laboratorier) og samfundsspor (tests udført i Testcenter Danmark).

I februar 2021 lanceredes yderligere to dash boards vedr. vaccinationer (et kommunalt og et regionalt). I løbet af maj forventes yderligere et dashboard i forbindelse med vaccinationsover vågningen fordelt på målgrupper på regionalt niveau.

Persondatabeskyttelse fylder rigtigt meget i vores arbejde med at udvikle dashboards og også i forbindelse med øvrige dataleverancer til fx kommunerne. Når dashboards gøres interaktive med mulighed for at kombinere og opgøre data på forskellige parametre, er det en konstant balance gang mellem at udstille data så detaljeret som muligt uden at gå på kompromis med gældende diskretioneringsregler.

Lokale indsatser

Ud over dashboards har der også, specielt fra kommunerne, været stor efterspørgsel efter geografi ske analyser, som ikke bare følger administrative inddelinger. Kommuner med høje COVIDincidenser, som gerne vil lave lokale tiltag såsom en målrettet øgning i testaktiviteten i udvalgte områder, kan få leveret data til understøttelse af sådanne formål. Vi har bl.a. arbejdet tæt sammen med Københavns og Ishøj Kommune i forbindelse med lokale indsatser. Opgaverne er blevet koordineret sammen med Styrelsen for Patientsikkerhed (STPS).

Som oftest efterspørges antal COVID19tilfælde og/eller testede personer pr. en eller anden geografi . Det kan være en geografi , som giver speciel mening for kommunen fx et geografi sk område inden for hvilket, man har mistanke om, at der er høj smitte evt. lav testincidens. SSI kan afhængigt af behovet desuden levere data på forskellige kvadratnet fx 100 x 100 m.

Af hensyn til persondatabeskyttelse er det desværre ikke muligt for os at levere data som punkter tilbage til kommunerne.

Geografi ske analyser af COVID-19

Data på COVID19tilfælde trækkes ud fra COVID linelisten. Hvis en kommune har behov for at vide noget om, hvordan det går med at få testet befolkningen inden for et bestemt område, hentes yderligere data fra testgrunddata via SAS (Statistical Analysis Software).

Personer, som ikke allerede er blevet geokodet, geokodes via CPRregisteret og adresseregisteret ved kobling med dato, kommune, vej og vejnummer.

Herefter anvendes ArcGIS til at lave geografi ske koblinger (punkter til polygoner), beregning af indikatorer og dannelse af shapefi ler, som kan sendes til kommunens GISafdeling. Som oftest efterspørges COVID19incidenser fx pr. 1.000 >>

DANSK ESRI KONFERENCE 2021

30. SEPTEMBER - 1. OKTOBER

Gå ikke glip af denne konference, hvor flere hundrede ArcGIS-entusiaster fra hele landet mødes og får seneste nyt om ArcGIS. Du kan bl.a. møde danske eksperter i Esri-teknologi og eksperter fra Esri, USA, som vil stille deres viden til rådighed.

Du er sikker på at komme hjem med masser af nye ideer, viden og et udbygget netværk “

BLIV UDSTILLER PÅ DIN EGEN STAND

Som udstiller får du din egen stand, hvor du kan vise dit GIS-projekt frem overfor nogle af Danmarks dygtigste GIS-professionelle.

BIDRAG MED ET ABSTRACT

Som oplægsholder har du mulighed for at få vist dit arbejde overfor kolleger i GIS-verdenen.

Husk deadline den 25. juni. HOLD ØJE MED PROGRAMMET

Programmet opdateres løbende med nye oplæg og talere, der helt sikkert vil sende dig videre med ny viden og inspiration.

FOR YDERLIGERE INFORMATION OG TILMELDING SE: WWW.GEOINFO.DK/EVENTS

Figur 2. COVID-19-smittede i Ishøj Kommune vist som heat map.

borgere og testincidenser pr. 1.000 borgere, se eksemplerne i fi gur 2 og 3. Baggrunden for de befolkningsdata, der anvendes til beregningerne, er et geokodet CPRregister, som bliver koblet til et kvadratnet og summeret pr. kvadratnet.

Genåbningen kræver GIS

Opgaven med at levere COVID19 data på et mere lokalt plan end administrative grænser skal skaleres op til at dække alle kommuner i Danmark, så kommunerne kan se, hvordan det går med smitten på et lokalt plan. Hertil kommer en lang række andre dataleverancer på kommune og sogneniveau. Den seneste større opgave har været at understøtte genåbningen af samfundet, som også omfattede en model med automatisk nedlukning af kommuner og sogne ud fra faste kriterier. Hertil leverer vi forskellige datapakker: En overvågningspakke med smittetal for alle kommuner og sogne svarende til de aftalte nedlukningskriterier. Desuden leveres en indsatspakke til håndtering af lokale udbrud og skolelukninger, som er meget højt prioriteret af STPS og Sundhedsministeriet.

Vi forventer stigende efterspørgsel efter geografi ske løsninger i forbindelse med COVID19overvågningen og derfor opskaleres der i øjeblikket på SSI på både GISekspertise, software og hardware, som kan bidrage til at imødekomme den stigende efterspørgsel.

Figur 3. COVID-19-incidenser (periode på 11 dage) pr. 100 x 100 m kvadratnet (Ishøj Kommune). Kvadratnet med mindre end 20 personer er udeladt (jo mørkere farve, jo højere incidens).