/Manuale_Pubmed_ProgettoASCO by Iacopo Cricelli

La ricerca in MedLine A cura del dott. Alessandro Battaggia EQM SIMG

Se non sai cosa e come cercare.. non vai da nessuna parte Prima versione : Luglio 2002 Revisione: Dicembre 2005

Introduzione Pubmed è un servizio di ricerca su banche di dati elettroniche. Il sistema utilizza il software Entrez. Pubmed consente l’ accesso a due tipi di banche dati: a. Banche dati di tipo biomedico (Meldine e preMedline ) b. Banche dati di biologia molecolare (NCBI’s Entrez) L’ accesso è libero e non occorre password : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi Pubmed è un potentissimo sistema di ricerca , con grandi potenzialità. Ha però alcuni difetti che a parere di chi scrive appesantiscono il rapporto con l’ utente e incoraggiano l’ improvvisazione e il dilettantismo a scapito della qualità della ricerca: a. Pulsanti di comando ridondanti in alcune pagine, poco accessibili in altre b. Pagine superflue c. Pagine poco visualizzabili (spesso in più facciate) d. Alcuni passaggi forzati in tappe lente che rendono greve l’ utilizzo e. Una grafica pessima: contiene testo esplicativo (essenziale) commisto a informazioni spesso inutili che confondono il lettore e che in alcuni punti somigliano ad annunci pubblicitari ; alcuni pulsanti sono poco visibili Questo manuale è dedicato a lettori principianti Verranno descritti solo i comandi essenziali. La tecnica di consultazione proposta è grosso modo quella utilizzata dall’ autore ed è ovviamente perfettibile. Perché il lettore possa meglio comprendere i concetti basilari della ricerca sui data base elettronici, comuni a Pubmed come ad altri motori , in molti passaggi ho evitato volutamente l’ utilizzo di alcune funzioni automatiche del programma, che all’ inizio potrebbero solo confondere anziché facilitare l’ inesperto. Una volta addestrato sui concetti di base il Collega stesso potrà approfondire in autonomia (ma stavolta con qualche base metodologica) l’ utilizzo di Pubmed per la ricerca in MedLine .Verranno descritti moti esempi pratici , riconoscibili per la stampa in caratteri diversi Courier New da quelli usati nelle parti descrittive (Arial). La sintassi della query (ossia della frase con cui l’ utente fornisce al programma istruzioni per la ricerca) viene tradotta ogni volta dal computer in modi diversi. In alcuni esempi la traduzione della query operata dal computer sarà preceduta da --viene tradotta in--> Esempio: Sintassi della query: death [mh] --viene tradotta in-->

“Death”[MeSH Terms]

Nella esposizione del testo per i vocaboli in lingua inglese si utilizzerà la grammatica inglese Esempio: record (singolare) records (plurale) L’ autore dott. Alessandro Battaggia 2

PUBMED Il principale servizio di accesso a MedLine Tabella 1 Alcune raccomandazioni di base Raccomandazioni essenziali per una buona strategia di ricerca

I pasticci più comuni dell’ utente inesperto

Cosa invece si dovrebbe fare

Devi avere le idee chiare su cosa stai cercando

Esempio: un medico vuole cercare in Internet se ci sono novità sulla terapia del colesterolo :digita sulla stringa di ricerca ‘cholesterol therapy’ e si sofferma sugli articoli più recenti (fine)

Pianifica sempre il quesito per iscritto: devi aver ben chiari quali aspetti della terapia sul colesterolo ti interessano altrimenti sarai sommerso da informazioni inutili (vedi oltre)

Il meccanismo che deve essere alla base della tua ricerca bibliografica consiste nell’ utilizzare molte strategie di ricerca all’ inizio e di assemblarle alla fine con gli operatori boleani

Quando vede che una singola stringa di ricerca porta al reperimento di un numero enorme di articoli considera subito inefficace questa strategia e ne improvvisa un’ altra

Non avere paura delle migliaia di articoli trovati nelle tappe intermedie: nella selezione finale l’ assembramento delle singole strategie di ricerca produrrà poche decine di articoli

Fase finale della ricerca bibliografica: usa gli operatori boleani AND, OR, NOT per assemblare le singole strategie utilizzate nelle tappe intermedie

Utilizza fin dall’ inizio i comandi boleani, a volte in sintassi complicate, produce risultati ambigui e improvvisa subito un’ altra confusa strategia di ricerca

Nelle tappe intermedie usa assolutamente una strategia per volta: sarà memorizzata automaticamente dal programma e potrai recuperarla attraverso il menù ‘History’ (vedi oltre). Solo l’ utente esperto può pensare di utilizzare la sintassi boleana fin dall’ inizio(vedi oltre)

Fa largo uso dell’ operatore boleano AND, trascurando l’ operatore OR

L’ operatore OR serve per ampliare la ricerca mentre l’ operatore AND restringe la ricerca: deve essere utilizzato solo nel momento finale (vedi oltre)

L’ esempio raffigurato nella figura 1 raffigura una ricerca bibliografica in cui all’ inizio sono stati estratti dal data base di Medline centinaia di migliaia di articoli. Il prodotto finale della ricerca è costituito da cinque sole metanalisi. Tempo necessario a questa ricerca: 12 minuti

Figura I- Esempio generale di strategia di ricerca

100

Drug therapy

Dislipidemie

[mh]

[mh OR free-text]

43038 records

AND

322081records

1702 records Meta-Analisys [pt]

Prodotto finale della ricerca: 5 metanalisi

Come funziona una base di dati? Una base di dati è formata da un insieme di unità informative chiamate Records. Ogni singolo Record corrisponde ad una singola citazione bibliografica. Ogni citazione bibliografica è identificata da un insieme di informazioni (descrittori) che servono a recuperarla dalla base di dati. Tutti i descrittori che esprimono uno stesso concetto sono classificati in aree chiamate campi. Esempio: 'Smith A' è una informazione (descrittore) inseribile nel campo 'Authors' Ogni ‘campo’ contiene quindi un insieme omogeneo di informazioni utilizzate per ‘indicizzare’ la citazione bibliografica Cosa significa ‘indicizzare’? Una volta che gli autori sottomettono l’ articolo all’ attenzione dell’ organizzazione che gestisce la base di dati, un insieme di esperti della base di dati provvede a classificare l’ articolo attribuendo ad esso dei 'descrittori', che rappresentano come visto delle vere e proprie ‘chiavi di ricerca’ . Ogni descrittore corrisponde ad un’ area di informazione chiamata 'campo' (in inglese: field) Questo processo viene definito ‘indicizzazione’. L’ indicizzazione è un lavoro umano e purtroppo è soggetto ad errori. Questi errori sono responsabili di grosse difficoltà di reperimento. Negli ultimi anni l’ indicizzazione in MedLine ha fatto un grosso salto di qualità in quanto esperti della Cochrane Library riesaminando centinaia di migliaia di record in MedLine hanno provveduto a correggere la gran parte degli errori che negli anni pregressi hanno creato difficoltà, ad esempio, nel reperire i trial randomizzati e controllati. I campi dei Record Cominciamo a chiarire una grossa fonte di confusione. La definizione d’ ‘Campo’ è : 'insieme omogeneo di dati utilizzato per indicizzare l’ articolo' . Molte ricerche per campi si possono effettuare in Pubmed anche attraverso scorciatoie (utilities) che permettono di by-passare la procedura manuale. Una di queste per esempio è la funzione 'Limits' (vedi oltre) Esempio per ricercare in MedLine tutte le referenze di studi randomizzati e controllati (RCT) che contengono il termine MeSH “heart” A) possiamo usare (vedi oltre) il comando manuale: 1. digitare il descrittore ‘Randomized Controlled Trial’ seguito dalla sigla del campo pt (=Publication Type) racchiusa tra parentesi quadre Sintassi della query: Randomized Controlled Trial[pt] Esito: 208869 records 2. digitare il descrittore ‘heart’ seguito dalla sigla del campo mh (MeSH Terms) racchiusa tra parentesi quadre Sintassi: heart [mh] --viene tradotta in--> "heart"[MeSH Terms] Esito: 308120 Records 3. associare le due ricerche con l’ operatore boleano AND Sintassi: #1 AND #2 --viene tradotta in--> Randomized Controlled Trial[pt] AND “Heart” [MeSH Terms] 5

Esito: 2642 Records B) La stessa ricerca potrà essere fatta utilizzando durante la ricerca con il termine MeSH “heart” l’ utility Limits: Sintassi: heart [mh] Ulitizzo di Limits Menù Publication Types --> scelta Randomized Controlled Trial --viene tradotta in--> heart [mh] Field: All Fields, Limits: Randomized Controlled Trial Esito: 2092 Records Figura II - i campi del record

E’ possibile recuperare articoli full-text tramite Pubmed? I record di Meline non sono articoli ‘Full text’ : sono citazioni bibliografiche che contengono informazioni in grado di identificare l’ articolo. Queste informazioni consentiranno al lettore di recuperarlo presso una biblioteca. Gli articoli pubblicati dal 1975 in poi hanno anche un abstract. Gli articoli vengono forniti ‘full text’ solo a pagamento: questa operazione si può eseguire anche tramite Pubmed ma sono le biblioteche che possiedono l’ articolo a ricevere il compenso. Alcune biblioteche forniscono gli articoli ‘Full text’ gratuitamente (purtroppo non sono molte): in questo caso si possono recuperare attraverso Pubmed tramite appositi links che si trovano accanto alle singole citazioni. 6

Come incominciare una ricerca Se non sai cosa stai cercando non vai da nessuna parte! La Tabella 2 dimostra come esempio quanto sia importante specificare i dettagli di una ricerca bibliografica sulla terapia delle dislipidemie Devi abituarti a programmare per iscritto la tua ricerca ! Per ogni ricerca devi programmare ognuno di questi punti: a) tipo di argomento (disease) b) tipo di partecipanti c) tipo di intervento d) tpo di outcome e) tipo di disegno (tipo di pubblicazione)

Tabella 2 - Come impostare una ricerca bibliografica

TIPO DI STUDIO

OUTCOME

INTERVENTI

PARTECIPANTI

DISEASE

Item

natura del problema Una terapia medica o chirurgica Un intervento di prevenzione Un test diagnostico La valutazione di una prognosi Caratteristica dell’ unità oggetto di studio

Caratteristica dell’ evento i cui effetti costituiscono l’ oggetto dello studio

esempio 1- Una terapia farmacologia dell’ Ipercolesterolemia o una terapia chirurgica dell’ Arteriopatia Coronarica 2- Uno screening per il k mammario 3- Un nuovo test per la diagnosi di Infezione da Hp 4- Una valutazione della mortalità dei pazienti sottoposti a Trapianto Cardiaco 1- Caratteristiche anagrafiche e età cliniche di Pazienti sottoposti sesso ad una determinata terapia Condizioni fisiologiche medica o chirurgica Condizioni patologiche Cotrattamenti 2- Medici di medicina generale coinvolti in un programma di screening 3- Pazienti sottoposti a Breath test con isotopi radioattivi 4-Pazienti sottoposti ad un intervento di trapianto cardiaco 1- Somministrazione di una Statina o di un intervento di duplice By-Pass Aortocoronarico 2- Reclutamento di pazienti candidabili verso lo Screening mammografico 3- Confronto del Breath Test con un golden standard (istologia) 4-Registrazione dei decessi per rigetto in un follow-up di 10 anni

Risultato degli effetti dell’ intervento 1- Riduzione dei valori di Colesterolemia (outcome surrogato) o riduzione della Mortalità per Reinfarto (outcome maggiore) 2- Percentuale di pazienti candidabili sottoposte alla mammografia rispetto all’ anno precedente 3- Calcolo della Sensibilità e della Specificità del breath test 4-Sopravvivenza a 10 anni dei pazienti sottoposti a trapianto cardiaco 1- RCT prima scelta per gli studi dove si valuta l’ efficacia di un Tipologia dei disegni degli studi che più si adattano all’ argomento intervento in oggetto 2- Before- After studio delle modifiche prima-poi di una variabile 3- Cross- sectional prima scelta per gli studi dove si valuta un test diagnostico 4- Cohort prima scelta per gli studi dove si valuta una prognosi 5- Case-Control prima scelta se si studia una etiologia

Strategie di ricerca La finestra di dialogo (text box) in Homepage permette la ricerca in MedLine attraverso la query (Figura III).

Homepage Figura III - Homepage e Query

Query L’ insieme di parole utilizzate per identificare i concetti della ricerca viene definito query Due sono le possibilità: organizzare una ricerca sensibile od organizzare una ricerca precisa La tipologia di una ricerca bibliografica viene defnita infatti dalla sensibilità e dalla precisione La sensibilità esprime il rapporto tra gi articoli utili trovati e gli articoli utili potenzialmente rintracciabili nella base di dati. La precisione esprime il rapporto tra gli articoli utili trovati e tutti gli articoli trovati. Dato che non conosciamo la quantità totale degli articoli utili al nostro scopo potenzialmente rintracciabili nella base di dati è evidente che per aumentare la sensibilità l’ unico rimedio è rappresentato dall’ aumentare il numero degli articoli trovati, perché alcuni di essi saranno sicuramente utili. In questo modo però aumentiamo il numero che sta al denominatore del rapporto che esprime la precisione della ricerca, abbassando la precisione. Una ricerca sensibile, in altri termini, è una ricerca poco precisa. Figura IV - Sensibilità e Precisione

in ricerca bibliografica:

Sensibilità Utili trovati Utili trovabili

Questa è una incognita

Precisione Utili trovati Trovati

Possiamo agire solo qui

La ricerca in Free Text La strategia di ricerca in Free Text permette di trovare moltissimi articoli: in altri termini aumenta la sensibilità della ricerca Lo scotto che si paga è rappresentato da una minor precisione. La strategie generali per ricerche ‘sensibili’ e ricerche ‘precise, saranno specificate più avanti. La ricerca in free text andrebbe limitata ai campi “Titolo e Abstract”. Per esempio: una ricerca in free text del vocabolo “heart” (tab 3) può fornire risultati diversi a seconda che sia ricercata nell’ intero record o in altri campi (nell’ esempio: anche 10 autori si chiamavano ‘cuore’ e ben 18.521 erano reperibili ad indirizzi che contenevano la parola ‘cuore’ es: ‘via Sacro Cuore n..’) Tabella 3 - Ricerca in Free text vocabolo

Campo di ricerca

Query

n. citazioni trovate

Heart Heart Heart Heart

Intero record Titolo e abstract Autori Istituzione

“Heart” [all] Heart [tiab] Heart [au] Heart [af]

721501 398893 13 755960

Digita quindi , nella stringa di ricerca in home page (Figura III) (la prima schermata che appare entrando in Pubmed) la parola cercata; specifica che la ricerca in free text deve essere eseguita nei campi ‘Titolo’ e ‘Abstract’ aggiungendo la sigla fra parentesi quadre [tiab]. Quindi schiaccia il pulsante ‘GO’ Figura V - prodotto della ricerca in Free -Text

Query : Parola cercata [tiab]

Procedi con la ricerca ignorando l’ elenco delle pubblicazioni trovate (tutto viene memorizzato dalla funzione History (vedi oltre) 9

Esempio: cholesterol[tiab] 113.097 Records La ricerca in free-text permette di utilizzare anche le stesse parole chiave che sono state utilizzate dall’ autore dell’ articolo (che non coincidono la maggior parte dei casi con i campi di ricerca MeSH della base di dati : vedi oltre). Questa strategia è utile sprattutto quando un nuovo oggetto di ricerca biblografica non è stato ancora classificato come concetto -quindi come termine MeSH (vedi oltre)- da parte del personale di MedLine Elementi chiave della ricerca in Free-Text sono alcuni accorgimenti assolutamente essenziali a. Utilizzo dei plurali Uno stesso concetto può essere espresso in un articolo utilizzando un plurale Esempio cancer / cancers b. Utilizzo di sinonimi

Elementi della ricerca in Free text: a. b. c. d. e.

Plurali Sinonimi Spelling Concetti affini Utilizzo del carattere jolly *

Uno stesso concetto può essere espresso in un articolo utilizzando un plurale anziche un singolare Esempio cancer / cancers ; neoplasm / neoplasms; tumor / tumors Un limite di Pubmed è costituito dall’ assenza di un dizionario di sinonimi, che altri motori di ricerca (es. IGM) invece posseggono c. Utilizzo di una diversa tecnica di spelling: Esempio esophageal / oesophageal d. Utilizzo di concetti affini Esempio Nutrition / Nutritional / Nutriment / Nutritive / Nutritious e. Utilizzo dei caratteri Jolly Ti può essere estremamente d’ aiuto l’ utilizzo del carattere jolly *, che consente di operare ricerche di vocaboli ‘per radici’ Esempio nutri* al posto di Nutrition / Nutritional / Nutriment / Nutritive / Nutritious

Vocabolo in free text cholesterol[tiab] hypercholesterolemic[tiab] hypercholesterolemics[tiab] hypercholesterolemia[tiab] hypercholesterolemias[tiab] hypercholesterolaemia[tiab] hypercholesterolaemias[tiab] hyperlipidemia[tiab] hyperlipidemias[tiab] hyperlipidaemia[tiab] hyperlipidaemias[tiab] dislipidemic[tiab] dislipidemics[tiab] dislipidaemic[tiab] dislipidaemics[tiab] hypercholesterol*[tiab] hyperlipid*[tiab] hyperlipidae*[tiab] dislipid*[tiab] dislipidae*[tiab] hypercholesterolae*[tiab]

razionale

Concetto affine Suo Plurale Concetto affine Suo Plurale Diverso Spelling Suo plurale Concetto affine Suo Plurale Diverso Spelling Suo Plurale Concetto affine Suo Plurale Diverso Spelling Suo Plurale Radice Radice Radice Radice Radice Radice

n. records 113097 3970 59 11930 30 2937 14 8562 438 2199 111 13 1 4 0 17663 13309 2572 110 18 3384

Nota interessante: la ricerca in free-text ti permette di rintracciare recods con errori di ortografia. Per esempio digitando hypercolesterol*[tiab] si trovano 17 records in cui il vocabolo colesteolo è stato scritto senza ch

Nota : se vuoi cercare in free-text due parole assieme delimitale con le virgolette Esempio: “cholesterol therapy” [tiab] Attenzione: Pubmed troverà le due parole sono se sono inserite in un elenco di frasi fatte memorizzate nel programma Attenzione: se esegui una ricerca in Free Text utilizzando solo il tuo termine e senza aggiungere [tiab] o altro Esempio: cholesterol Pubmed ricerca la parola in Automatic Term Mapping (una complessa strategia di ricerca memorizzata dal programma, che in pratica toglie a te qualsiasi possibilità gestionale e che ti porta fuori strada se, come adesso, stai imparando) Ti sconsiglio questa opzione fino a che non avrai sviluppato una certa esperienza. La metodologia semplice descritta si ispira a concetti generali esportabili in tutti gli altri motori di ricerca e devi sforzarti di comprenderne i principi generali.

La ricerca tramite Thesaurus Un Thesaurus è un vocabolario di ‘descrittori’ collegati reciprocamente da una rete gerarchica e relazionale (Fig 4) . Questi descrittori sono chiamati 'termini MeSH' (Medical Subjet Heading) I ‘descrittori’ MeSH sono vere e proprie ‘parole chiave’ utilizzate da chi gestisce il database per indicizzare gli articoli in base a criteri logici. Nella fattispecie si utilizzano per identificare il contenuto scientifico dell’ articolo. Purtroppo ogni data base ha i propri descrittori, anche se è in progetto una iniziativa mirata a creare un linguaggio comune (Metathesaurus). Il Thesaurus della National Library of Medicine è quello più utilizzato dalla comunità scientifica internazionale, ed è anche quello utilizzato nei database della Cochrane Library . Per una ricerca in MeSH occorre lanciare la query utilizzando il termine MeSH registrato nel Thesaurus di MedLine. Però non lo conosciamo: prima di lanciare la ricerca occorre cercarlo. Per accedere al Thesaurus di MedLIne utilizza la funzione MeSH Data Base della Home page Figura VI - Accesso al Thesaurus

Per accedere al Thesaurus

Una volta aperta la schermata (Figura VII) il programma offre una serie di definizioni con cui ha tradotto il termine da te proposto. Attenzione: ora non sei più nella pagina principale di Pubmed ma sei nel Thesaurus: quindi qualsiasi query prodotta in questa sede serve esclusivamente a cercare i termini MesH adatti alla ricerca nel Thesaurus. All' inizio è molto facile sbagliare e non accorgersi di non essere nella pagina principale. Ciò è dovuto alla pessima grafica di Pubmed (sarebbe bastato cambiare il colore della pagina da blu a verde)

Scegli il termine che ritieni più adatto. Prima di <lanciare> la ricerca dei record contenente il termine MeSH (vedi oltre) occorre che tu abbia ben chiare altre caratteristiche della ricerca in MeSH. Questo argomento viene trattato nei prossimi paragrafi I termini MeSH : cosa sono? A differenza della ricerca in ‘free text’, dove il programma cerca i record solo in base a criteri semantici, la ricerca tramite Thesaurus consente di associare l’ articolo a determinati concetti logici. I descrittori in questo caso sono sono chiamati ‘Termini MeSH’ (Medical Subject Heading’). La ricerca in MeSH fornisce meno articoli della ricerca in Free-text in quanto applica criteri di selezione più restrittivi In altri termini è una ricerca più precisa ma meno sensibile Figura VII - Il Thesaurus dei termini MeSH

Thesaurus termine MesH proposto

termini MesH restituiti da Pubmed

Per esplorare le caratteristiche dei termini MeSH clicca sul termine MeSH restituito da Pubmed che a te pare più adatto agli scopi della tua ricerca (Figura VIII) Per fare un esempio cerca in Thesaurus utilizzando la tua definizione 'Coronary Heart Disease' Pubmed la tradurrà in 'Coronary Disease'. Clicca su 'Coronary disease' Si apre una pagina in cui puoi osservare a) i <Subheadings> correlati al termine MeSH (vedi oltre) b) il comando per restringere la ricerca ai termini <MeSH major> (vedi oltre) c) il comando per disinserire la funzione di <esplosione> (vedi oltre) 13

d) il <Tree> (albero) in cui è inserito il termine MeSH (vedi il prossimo paragrafo). NB: per visualizzare il <Tree>, che non si vede all' apertura della pagina, fai scorrere in basso la pagina entro cui ti trovi I Trees dei termini MeSH La rete gerarchica che correla i termini MeSH tra loro è visualizzata nei cosiddetti ‘alberi’ gerarchicorelazionali (tree), che Pubmed permette di esaminare (vedi oltre) . Un esempio è raffigurato nella figura VIII Un termine MeSH può essere inserito contemporaneamente in più alberi. Figura VIII - I Trees, i Subheadings, i comandi per i MeSH Majors e per la Non Esplosione

Subheadings

termine MeSH inserito nel suo Tree

I MeSH Major Topic La ricerca può essere limitata ai soli termini MeSH ‘principali’ ; infatti esiste una gerarchia tra gli stessi termini MeSH che si trattano un determinato argomento. Un articolo può contenere vari argomenti e quindi può essere indicizzato con parecchi termini MeSH; uno di essi (major) rappresenta l' argomento principale. L’ utilizzo dei Major MeSH aumenta quindi la precisione della ricerca in MeSH in quanto restringe i criteri di inclusione Come conseguenza ovvia riduce la sensibilità della ricerca in MeSH. Per selezionare i Mesh Major Topic digita dopo la tua chiave di ricerca [majr] Esempio: Coronary Disease [mh] è un termine mesh: la ricerca in Pumbed (lanciata come verrà spiegato oltre) produce 152517 records. Utilizzando il termine Coronary Disease [majr] la ricerca viene ristretta ai records in cui Coronary Disease rappresenta solo l' argomento principale: produce infatti un numero minore di records (115250) L’ ‘esplosione’ dei termini MeSH Il termine ‘esplosione’ è utilizzato nelle basi di dati per esprimere il passaggio da in descrittore generico ad una serie di descrittori più specifici, che vengono utilizzati assieme al descrittore generico nella ricerca dell’ articolo. In altri termini con l’ “esplosione” vengono ricercati tutti i record contenenti oltre al termine MeSH ‘non esploso’ tutti i termini MeSH posti distalmente nel rispettivo ‘tree’ (figura VIII) L’ esplosione riduce la precisione della ricerca in MeSH in quanto aumenta il numero dei criteri di selezione introducendo i termini MeSH posti distalmente al termine non esploso Coerentemente, la sensibilità della ricerca in MeSH viene aumentata. Nota bene: mentre in altri data base (es: quello della Cochrane Library) l’ ‘esplosione’ del termine viene eseguita solo a richiesta, in Pubmed essa si realizza per default. Se non si desidera l’ esplosione, in altri termini, occorre specificarlo espressamente (vedi sopra) Puoi decidere l’ esplosione o no del termine osservando l’ albero (o gli alberi) che contengono il termine MeSH da te cercato. Questi alberi (‘tree’) sono visibili al fondo della pagina in cui ti trovi . Esempio: 15

Coronary Disease [mh] è un termine MeSH: la ricerca in Pumbed (lanciata come verrà spiegato oltre) produce 152517 records. Come sono stati cercati?

Pubmed esplode per default: quindi la ricerca è stata estesa in tal caso a tutti i records indicizzati con: Coronary disease, Angina pectoris, Coronary aneurism, Coronary Atherosclerosis, Coronary stenosis, Coronary Thrombosis, Coronary Vasospasm e anche a quelli indicizzati con altri MeSH subordinati ad alcuni di essi nella scala gerarchica del tree (Angina unstable, Microvascular Angina, Coronary restenosis, Angina pectoris Variant -vedi figura VIII)

Utilizzando invece il termine non esploso, cioè Coronary Disease [mh:noexp] la ricerca viene ristretta ai soli records indicizzati esattamente con Coronary disease: produce 110664 Records I Subheadings I ‘Subheadings’ sono descrittori secondari associati ai termini MeSH da un passaggio logico. Essi servono a selezionare le citazioni che nell’ ambito di una ricerca eseguita tramite un termine MeSH trattano aspetti particolari dell’ argomento identificato dal termine MeSH. I ‘Subheadings’ per il termine MeSH 'Coronary Disease' sono d esempio sono raffigurati in fig VIII E’ da notare che l’ abbinamento di un Subheading ad un termine MeSH obbedisce sempre ad un passaggio logico. Quindi non tutti i ‘Subheading’ sono adattabili a tutt i termini MeSH. Pubmed associa automaticamente ad ogni termine MeSH nella ricerca in Thesaurus solo i subheadings giusti.

Per esempio: il Subheading ‘Drug therapy’ può essere associato al MeSH ‘Convulsion’ ma non al MeSH ‘Diazepam’. L' utilizzo dei suheading rende la ricerca più selettiva: quindi meno sensibile e più precisa. Esempio: Coronary Disease [mh] è un termine mesh: la ricerca in Pumbed (lanciata come verrà spiegato oltre) produce 152517 records. Immaginiamo di voler restringere la ricerca ai soli records che trattano della terapia medica delle arteriopatie coronariche: clicchiamo il subheading 'drug therapy' Pubmed tradurrà la ricerca in "Coronary Disease/drug therapy"[MeSH]producendo 19811 records Come lanciare in Pubmed la ricerca dei record indicizzati con il termine MeSH prescelto Il termine MeSH da te scelto dovrà dopo tutte queste operazioni essere <lanciato> in Pubmed per la ricerca effettiva dei record indicizzati con le tue istruzioni . I passaggi sono un pò legnosi ci si può facilmente confondere Li riassumiamo: I) clicca sui quadratini relativi a tutte le opzioni sul termine MeSH che i interessano e marcale (vedi figura VIII: esse sono: eventuale scelta di un subheading; eventuale non esplosione, eventuale restrizione della ricerca ai termini MeSH major). 16

II) apro il menù: 'Send To' e scegli 'Search Box with AND' (figura IX) : si aprirà un BOX con la restituzione del tuo termine da parte di Pubmed, al fine di poter controllare la sua esattezza (figura X). III) clicca quindi sul pulsante 'Search Pubmed': il programma lancerà la ricerca: automaticamente uscirà dal Thesaurus e ti produrrà la ricerca mella pagina principale di Pubmed, a cui tornerà (figura XI). A questo punto ti comparirà la lista degli articoli trovati da Pubmed associati al termine Mesh da te scelto (esploso o non esploso, con subheading o senza subheading a seconda delle opzioni selezionate in precedenza). Figura IX - lancio in Pubmed della ricerca in meSH (step 1)

La tabella 5 sintetizza come modificare entro l' ambito di una ricerca in MeSH la sensibilità e la precisione dellla strategia. In ordine crescenti di strategia e in prdine crescente di sensibilità 1- ricerca in MeSH di default (esplosione) 2- ricerca in MeSH major di default (esplosione) 3- ricerca in MeSH senza esplosione 4- ricerca in MeSH major senza esplosione 5- ricerca in MeSH/subheading di default (esplosione) 6- ricerca in MeSH/subheading major di default (esplosione) 17

7- ricerca in MeSH/subheading senza esplosione 8- ricerca in MeSH/subheading major senza esplosione

Tabella 5 - Sinossi esplicativa della ricerca in MeSH : grading sensibilitĂ e precisione Elemento della Query

tipo di filtro applicato

coronary disease[mh]

MeSH esploso

coronary disease[mj] coronary disease[mh:noexp] coronary disease[mj:noexp] coronary disease/drug therapy[mh] coronary disease/drug therapy[mj] coronary disease/drug therapy[mh:noexp] coronarydisease/drug therapy[mj:noexp]

MeSH major esploso MeSH non esploso MeSH major non esploso MeSH/subheading esploso MeSH/subheading major esploso MeSH/subheading non esploso MeSH/subheading major non esploso

n. records

sensibilitĂ

precisione

152517

++++++++

115250 110664 81543 19811 12488 10056 6059

+++++++ ++++++ +++++ ++++ +++ ++ +

++ +++ ++++ +++++ ++++++ +++++++ ++++++++

Figura X- lancio in Pubmed della ricerca in meSH (2 step)

La funzione History E' estremamente importante tenere a mente questo concetto principale: le ricerche dei vari componenti della query (partecipanti, interventi, outcome, tipo di studi) devono essere eseguite singolarmente (una per una) e accorpate nella sintassi finale della query solo alla fine (vedi oltre in che modo). La funzione History permette di memorizzare tutti i passaggi eseguiti . Per accedere alla funzione Hystory cliccare dove segnalato nella figura XI. Figura XI - Prodotto della ricerca in MeSH nella pagina principale

Esempio Immaginiamo di dover fare una ricerca bibliografica in MeSH su questo argomento: <mortalità in pazienti anziani sottoposti a terapia farmacologica per asma bronchiale> ricercando nel database di MedLine solo studi randomizzati e controllati. Scomponiamo la query nei suoi componenti ricercando questi ultimi come termini MeSH attraverso il Thesaurus: 1- partecipanti: pazienti di età superiore a 65 anni: il termine MeSH è "Aged[mh]" 2- interventi: terapia farmacologica: è molto utile in questo caso accorpare il disease (asthma) con l' intervento (drug therapy) utilizzando la ricerca in MeSH con subheadings: "Asthma/Drug Therapy[mh]" 3- outcome: Mortality[mh] 4- tipo di studi: Randomized Controlled Trials[mh] Cliccando su Hystory vengono sintetizzati tutti questi passi (figura XII)

Figura XII - Funzione Hystory

Ora sei quasi un esperto : sei in grado cioè di eseguire ricerche in free-text e ricerche in MeSH e hai capito le caratteristiche di queste due strategie. L’ uso degli operatori boelani per accorpare gli elementi della query L’ utilizzo degli operatori boleani (OR, AND, NOT) è un passaggio importante e critico. In genere i medici non hanno ben chiaro tutto ciò; un errore frequente è come detto un abuso dell’ operatore AND. Fino ad ora hai imparato come ricercare i record nel data base ma adesso devi assemblare correttamente in una sintesi finale tutte le ricerche singole che hai finora eseguito . Gli operatori boleani servono a ciò. Ti consiglio di iniziare ad impratichirti sull' utilizzo degli operatori AND, OR o NOT solo attraverso la funzione History. Un errore frequente è infatti quello di tentare fin dal primo momento sintassi complicate nel query box della Home page: il principiante non va -così- da nessuna parte. Uso di OR L’ operatore boleano OR consente di eseguire una ricerca in cui vengono trovate tutte le pubblicazioni in cui esiste o uno oppure l’ altro termine oggetto di ricerca. L’ operatore boleano OR consente quindi di estendere la ricerca rispetto alla condizioni di partenza e aumenta il numero di pubblicazioni trovate. E’ importante capire bene questi concetti osservando le fig XIII e riferendoci ad un esempio : supponiamo di aver trovato una serie di articoli utilizzando il termine ‘seizures, febrile’ e un’ altra serie utilizzando il termne ‘diazepam’ (figura XVI) OR aumenta quindi la sensibilità della ricerca mentre ne riduce la precisione

Figura XIII - OPERATORE OR

Uso di AND L’ operatore boleano AND consente di limitare la ricerca alle pubblicazioni in cui esistono contemporaneamente i due oggetti di ricerca. Ciò limita il numero di articoli trovati AND aumenta quindi la precisione della ricerca e ne riduce la sensibilità Figura XIV - OPERATORE AND

Uso di NOT 21

L’ operatore boleano NOT consente di limitare la ricerca alle pubblicazioni dove esiste uno dei termini ma NON l’ altro Figura XV - OPERATORE NOT

Figura XVI- Uso di AND, OR, NOT

Istruzioni operative per l’ utilizzo degli operatori boleani Una volta entrato nella pagina aperta dal comando History puoi vedere come già detto il frutto della tua ricerca. Precisamente le tue ricerche sono numerate dal basso verso l’ alto con numeri preceduti da un asterisco. Per fare un esempio se hai eseguito tre ricerche esse saranno riassunte sotto la denominazione ‘Search’ in questo modo: 22

# 3 Search (criterio di ricerca 3) # 2 Search (criterio di ricerca 2) # 1 Search (criterio di ricerca 1) Ora puoi associare queste ricerche con i comandi boleani OR, AND o NOT semplicemente digitando i numeri corrispondenti ai singoli criteri di ricerca e associandoli con gli operatori. Ad esempio per utilizzare il termine OR per associare le ricerche 1 e 3: #1 OR #3

Un ulteriore esempio è fornito dalla figura XII Nota bene: nel caso non siano inserite parentesi le operazioni eseguite attraverso gli operatori boleani saranno eseguite da sinistra a destra. Se non si tiene conto di ciò il senso logico della ricerca viene completamente sovvertito. E’ quindi altamente consigliabile che il principiante eviti di utlilizzare direttamente la sintassi boleana ; è consigliabile invede eseguire ricerche elementari assemblandole in un tempo successivo (utilizzando la funzione History come sopra descritto). Esempio (Figura XVII) Volendo eseguire una ricerca bibliografica sugli effetti collaterali fatali della terapia farmacolgica dell’ asma (estendiamo la ricerca dell' outcome con l' accorpamento di 'death' e 'mortality') digitando: asthma/drug therapy[mh] AND "death"[mh]) OR "mortality"[mh] la query dell’ utente viene tradotta in: ((asthma/drug therapy[mh] AND "death"[MeSH Terms]) OR "mortality"[MeSH Terms]) 162327 Records Una query appropriata è invece rappresentata da: asthma/drug therapy[mh] AND ("death"[mh]) OR "mortality"[mh]) che viene tradotta correttamente da Pubmed in: (asthma/drug therapy[mh] AND ("death"[MeSH Terms] OR "mortality"[MeSH Terms])) 161 Record

Figura XVII - Uso appropriato della sintassi

Utilizzo della funzione Limits Publication type Nei menù Limits è possibile selezionare ulteriormente le pubblicazioni trovate in base alla tipologia dei disegni dei loro studi e in base ad altre caratteristiche (tabella 6 e figura XVIII)

Systematic reviews Come puoi vedere non è contemplata nel menù ‘Publication type’ la selzione di revisioni sistematiche non metanalitiche (è possibile applicare il filtro solo per le metanalisi).. Questo rappresenta una grave lacuna di Pubmed. Di recente è stata offerta come soluzione una opzione aggiuntiva (che non si ritrova nel menù ‘Publication Type’ ma nel menù ‘Clinical Queries’ a sinistra nella Home page). Questa opzione, come afferma l’ help di Pubmed, aiuta il lettore a trovare revisioni sistematiche e articoli similari a chi interessa un determinato problema clinico. La funzione, se può essere utile nella pratica professionale, non possiede certo la sensibilità e la precisione richiesta per una ricerca importante. Tabella 6 - Publication Type

Tipologia dei disegni degli studi originali

Publication Type [pt]

dettagli

Randomized Controlled Trial

Trial randomizzati e controllati

Controlled Clinical Trial

Trial con gruppo di controllo ( anche quelli non randomizzati) Trial (anche senza gruppo di controllo)

Clinical Trial

Tipologia della pubblicazione

Editorial Letter Meta-Analysis

Metanalisi

Review

Revisioni della letteratura (anche quelle noin sistematiche)

Numero di Centri coinvolti

Multicenter Study

Linee Guida

Practice Guidelines

Altre funzioni di Limits Si noti che il metodo di selezione del tipo di studio (uno degli elementi fondamentali della query) in cui viene usata la funzione Limits è molto più veloce del metodo che abbiamo visto prima sulla ricerca bibliografica relativa alla mortalità nell' asma, dove avevamo inserito nella query per la selezione degli RCT il termine MeSH 'Randomized Controlled Trials[mh]'. Parimenti la funzione Limits ci può essere molto utile per selezionare alcuni tipi di partecipanti (ad esempio gli anziani) attraverso il menu Ages. Una nota estremamente importante: abituati ad utilizzare la funzione Limits solo alla fine della ricerca, vale a dire come filtro finale. Un errore frequente è infatti dimenticarsi di averlo inserito eseguendo tutta una serie di ricerche con questo filtro applicato (Pubmed evidenzia in giallo l' applicazione del filtro ma ciò è poco visibile). Figura XVIII- Limits

Sintesi delle tecniche per orientare sensibilità e precisione Ricerche ad alta sensibilità Una ricerca ad alta sensibilità (HSS, per Hig Sensibility Strategy ) si propone di trovare il più grande numero possibile di articoli su un determinato argomento. Un esempio è rappresentato dal lavoro dei metanalisti Cochrane, il cui obiettivo è organizzare ricerche tanto sensibili tali da mantenere sotto il 5% il livello di precisione. Hai appreso dalle pagine precedenti alcuni trucchi per aumentare la sensibilità della ricerca: vengono qui riassunte 1 ricerca su molti data base (non solo MredLine) 2 organizza la strategia su pochi concetti chiave: partecipanti + intervento 3 usa molti termini in Free-Text 4 utilizza molto i simboli jolly di troncamento* 5 utilizza tutti i termini MeSH, sia principali che secondari 6 esplodi i termini MeSH 7 Non utilizzare i SubHeading 8 Fai un largo uso di OR 9 Non usare limitazioni di linguaggio Ricerche ad alta precisione Una ricerca ad alta precisione si propone di trovare solo gli articoli più significativi. Può essere utile pertanto a chi si propone di risolvere un determinato quesito per la sua pratica professionale. Sono elencate di seguito le tecniche che puoi utilizzare per strategie ad alta precisione 1 ricerca su pochi data base (es: solo su MedLIne) 2 organizza la strategia su parecchi concetti chiave: partecipanti + intervento + outcome + tipo di studi usa pochi termini in Free-Text 3 utilizza poco i simboli jolly di troncamento* 4 utilizza soprattutto i termini MeSH principali 5 non esplodere i termini MeSH 6 Utilizza molto i SubHeading 7 Fai un largo uso di AND 8 Limita la ricerca a campi specifici (PT, PY, PD, LA) 9 Usa i MeSH ‘Check-Tags (Human/Animal; Invitro; Male/Female; Age Come accorpare gli elementi di una query I singoli elementi della sono come detto: -partecipanti -interventi -outcome -tipo di studio Come regola generale: accorpa con OR tutti i sottocomponenti di un singolo elemento accorpa con AND e solo alla fine dutti gli elementi Un esempio e le tabelle che seguono chiariranno questi concetti

Esempio: immagina di aver costruito questa query: Effetti della terapia con warfarin (intervento 1)nella prevenzione primaria dello stroke ischemico (outcome1)ed effetti collaterali del warfarin (outcome 2)in pazienti anziani (partecipanti)affetti da fibrillazione atriale (disease):ricerca di studi randomizzati e controllati (tipo di studi) confrontati con placebo (intervento 2) Costruisci una tabella dove le colonne rappresentino i singoli elementi della query e dove le righe rappresentino i sottocomponenti di ogni elemento. L' operatore boeano OR sarà utilizzato per accorpare i sottocomponenti di ciascun elemento . L' operatore boleano AND sarà utilizzato per accorpare gli elementi della query (partecipanti, interventi, outcome, tipo di studio) Nota come il disease è stato accorpato all' outcome 1 e come l' intervento è stato accorpato all' outcome 2; solo l' esperienza ti suggerirà come utilizzare in modo efifcace questi accorgimenti DISEASE + OUTCOME 1

INTER-VENTO 1 + OUTCOME 2

PARTECIPANTI , TIPO DI STUDI

INTERVENTO 2

Warfarin\ adverse effects [mh]

Warfarin\ therapeutic use [mh]

AND

Placebo [tiab]

LIMITS Aged 65+years

OR AND

AND

Atrial Fibrillation\ mortality [mh]

Placebos[ mh]

Atrial Fibrillation\ complications [mh]

LIMITS: Publication TypeÆRandomized, Controlled, Trials

Filtri

Figura XIX - Accorpamento degli elementi e dei loro sottocomponenti in una query

Figura XX - Altro esempio di Accorpamento degli elementi e dei loro sottocomponenti in una query

Terapia dietetica OR Farmacologica

Interventi

AND Outcome Mortalità coronarica OR Mortalità generale

Terapia dell’ ipercolesterolemia

AND Tipo di studi

Partecipanti Ipercolesterolemia Aged: 65+ years

AND

RCT OR Systematic reviews

TABELLA 7: SCHEMA GENERALE DELLA RICERCA IN PUBMED PARTECIPANTI

AND

vocab* [tiab] sinon* [tiab]

AND

vocabolo/subheading [mh:noexp] sinonimo/subheading [mh:noexp]

AND

[pt]

vocabolo [tiab] sinonimo [tiab]

AND

[pt]

vocabolo/subheading [mh] sinonimo/subheading [mh]

AND

[pt]

AND

vocabolo [majr:noexp] sinonimo [majr:noexp]

AND

[pt]

vocabolo [mh] sinonimo [mh]

AND

vocabolo/subheading [majr] sinonimo/subheading [majr]

vocabolo [majr] sinonimo [majr]

AND

[pt]

vocabolo [mh:noexp] sinonimo [mh:noexp]

AND

[pt]

vocabolo [mh:noexp] sinonimo [mh:noexp]

AND

[pt]

AND

vocabolo [majr] sinonimo [majr]

AND

vocabolo [mh] sinonimo [mh]

AND

[pt]

vocab* [tiab] sinon* [tiab]

vocabolo [majr:noexp] sinonimo [majr:noexp]

AND

vocabolo/subheading [majr:noexp] sinonimo/subheading [majr:noexp]

vocabolo [tiab] sinonimo [tiab]

AND

[pt]

AND

vocabolo [tiab] sinonimo [tiab]

AND

vocabolo [mh] sinonimo [mh]

AND

vocabolo [mh:noexp] sinonimo [mh:noexp]

AND

vocabolo [majr] sinonimo [majr]

AND

vocabolo/subheading [mh] sinonimo/subheading [mh]

vocabolo [majr:noexp] sinonimo [majr:noexp]

AND

vocabolo/subheading [mh:noexp] sinonimo/subheading [mh:noexp]

vocabolo/subheading [mh] sinonimo/subheading [mh]

AND

vocabolo/subheading [majr] sinonimo/subheading [majr]

vocabolo/subheading [mh:noexp] sinonimo/subheading [mh:noexp]

AND

sinonimo/subheading [majr:noexp] vocabolo/subheading [majr:noexp]

vocabolo/subheading [majr] sinonimo/subheading [majr]

AND

TIPO DI STUDI

OUTCOME

vocabolo/subheading [majr:noexp] sinonimo/subheading [majr:noexp]

<-------------------------------------------- SENSIBILITA’

PRECISIONE---------------------------------------------Æ

INTERVENTI

vocab* [tiab] sinon* [tiab]

AND

[pt]

APPENDICE - LE SIGLE (TAG) CHE DEFINISCONO I CAMPI DI MEDLINE (VERSIONE ORIGINALE INGLESE) Tag

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Abstract

Abstract.

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Institutional affiliation and address of the first author, and grant numbers.

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Cites the original article needing the correction.

EIN

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FAU

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Full Author Names.

Gene Symbol

Abbreviated gene names (used 1991 through 1996).

Identification Number

Research grant numbers, contract numbers, or both that designate financial support by any agency of the US PHS (Public Health Service).

Issue

The number of the issue, part, or supplement of the journal in which the article was published.

ISSN

International Standard Serial Number of the journal.

Journal Title Code

MEDLINE unique three-character code for the journal.

CON

DCOM DEP

JID

NLM Unique ID

Unique journal ID in NLM's catalog of books, journals, and audiovisuals.

Language

The language in which the article was published.

Last Revision Date

The date a change was made to the record during a maintenance procedure.

MeSH Terms

NLM's controlled vocabulary.

MeSH Date

The date MeSH terms were added to the citation. The MeSH date is the same as the Entrez date until MeSH are added.

ORI

Original Report In

Displays on Patient Summary. Cites original article associated with the patient summary.

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The full pagination of the article.

PHST

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History status date.

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Personal Name as Subject

Individual is the subject of the article.

Publication Status

Publication status.

Publication Type

The type of material the article represents.

Number of References

Number of bibliographic references for Review articles.

RIN

Retraction In

Retraction of the article.

EC/RN Number

Number assigned by the Enzyme Commission to designate a particular enzyme or by the Chemical Abstracts Service for Registry Numbers.

ROF

Retraction Of

Article being retracted.

RPF

Republished From

Original article.

RPI

Republished In

Corrected and republished article.

Subset

Jounral/Citation Subset values representing various topic areas.

Secondary Source Identifier

Identifies a secondary source that supplies information, e.g., other data sources, databanks and accession numbers of molecular sequences discussed in articles.

Summary For Patients In

Cites a patient summary article.

Source

Composite field containing bibliographic information.

Journal Title Abbreviation

Standard journal title abbreviation.

MHDA

PST

SPIN

Title

The title of the article.

Transliterated / Vernacular Title

Non-Roman alphabet language titles are transliterated.

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UIN

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UOF

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The article being updated.

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