El Plan de Trabajo Trienal del ISAGS (2012-2015) se desarrollaró a partir de las prioridades delineadas en el Plan Quinquenal de Unasur (2010-2015). Se propone que el ISAGS enfoque sus Programas de Acción según tres Grandes Áreas de Concentración: Determinación Social de Salud; Sistemas Universales de Salud, y Economía Política de Salud.
El documento plantea intervenciones, estrategias y programas de acción, además de los resultados esperados de su desarrollo.