Nel regno di Imperial esistono due classi di persone: i cittadini comuni e coloro i quali sono dotati di particolati abilità, i Masters. Esiste anche una legge che deve essere rispettata da ogni cittadino: “Tutti i Masters che non appartengono a corpi militari non devono usare le loro abilità, altrimenti diverranno ricercati e saranno severamente puniti. Inoltre, chi li aiuterà riceverà lo stesso trattamento.” La storia di Crossing Masters inizia con Kain, un ragazzo senza abilità master, che vive in un remoto villaggio lontano dalla capitale, che si ribella alle leggi imperiali. Supportato dalla sua amica di infanzia Melinda, combatterà per la sua libertà e per quella di tutti i Masters, partendo per ritrovare una persona a loro cara scomparsa molto tempo prima...