ENVEJECIMIENTO EN BACTERIAS EN WEB OF SCIENCE, PUBMED Y SCOPUS by Layla Michan

BÚSQUEDA DE LITERATURA ACERCA DEL ENVEJECIMIENTO EN BACTERIAS EN WEB OF SCIENCE, PUBMED Y SCOPUS

Meztlli O Gaytán E. Trabajo realizado en la materia: e-investigación bibliográfica en Ciencias Biomédicas, semestre 2010-2, de la Licenciatura en Investigación Biomédica Básica, UNAM. Profesoras: Layla Michán y Lyssania Macias

INTRODUCCION: Se ha argumentado que el envejecimiento es solamente aplicable a organismos con un soma distinto a la línea germinal, con esta definición, las bacterias quedan excluidas de los organismos que envejecen, sin embargo, no son inmortales. Cuando las bacterias entran a un estado no proliferativo (fase estacionaria) debido a la carencia de nutrientes, pierden gradualmente su habilidad de dividirse. Estas células se mantienen intactas por un tiempo pero eventualmente pierden la integridad de sus membranas y la actividad biológica que les permite seguir vivas decae. A este proceso se le conoce como “senescencia condicional” y es provocado por el arresto en el crecimiento. Estudios recientes acerca de la senescencia condicional han revelado similitudes con el proceso de envejecimiento en organismos superiores. Los genes que se inducen (tempranamente) al momento del arresto del crecimiento de las bacterias son los más importantes en la lucha contra la senescencia inducida por éste. Muchos de estos genes codifican para proteínas involucradas en la protección de las células contra el estrés provocado por el medio (calor, oxidantes y altas presiones osmóticas). Las células que se encuentran en este estado son muy resistentes a gran variedad de estreses (protección cruzada inducida por la fase estacionaria); Esta protección cruzada depende, en su gran mayoría, del factor sigma S ( s), en condiciones de inanición y estrés éste factor de transcripción une y dirige a la RNA polimerasa a mas de 50 genes específicos. Lo que llevó a pensar a los investigadores que en las bacterias también se lleva a cabo el proceso del envejecimiento es el hecho de que la casada de regulación que comienza en la fase estacionaria promovida por el factor  s, es similar a la de los genes regulados por daf-16 en Caenorhabditis elegans. La sobreexpresión de daf-16 aumenta la esperanza de vida en nematodos adultos, mientras que la inactivación acelera el envejecimiento; este mismo fenotipo se ha observado para mutantes de Escherichia coli en s.

Base de datos

Query de búsqueda

Aging Web of Science

Aging

PubMed Aging AND Bacteriolog y

Límites de la búsqueda

Numero de registros

• Campos de búsqueda: topic • Área: microbiología • Años de publicación: todos • Base de dato de citación: Science citation index expanded • Campos de búsqueda : titulo • Área: microbiología • Años de publicación: todos • Base de dato de citación: Science citation index expanded • Campos de búsqueda: todos • Años de publicación:

282

Tipo de registros extraídos Año Autor

% que representan del total. 100% 33%

Institución de Afiliación.

45.4%

Revista

68.8%

100% Año 121 52% Autor Institución de Afiliación.

57.9% 85.9%

Revista 93.8% Año 3095 44.1% Autor

todos • Tipo de publicación: todos Scopus

Aging AND Bacteriolog y

45% Revista

• Campos de búsqueda: todos • Años de publicación: todos • Tipo de publicación: todos • Áreas: Ciencias de la vida y la salud

Año 15487

Autor

90.9% 10.7% * 46.4%

Institución de Afiliación Revista

46.9%

* No se pudieron extraer más datos para tener como mínimo el 33%.

WEB OF SCIENCE BUSQUEDA (Topic): Ingresamos a la pagina www. isiknowledge.com; una vez ahí se seleccionó la pestaña “Web of Science”, en el campo “Search for” se escribió la palabra aging, y se seleccionó que realizara la búsqueda en “Topic”. Límites de la búsqueda: se seleccionaron todos los años, pero la base de datos en la cual se realizó la búsqueda se delimitó a: Science Citation Index Expanded (SCIEXPANDED)--1899-present. La búsqueda arrojó más de 100 000 resultados, sin embargo se refinó al área de Microbiología y los resultados se redujeron a 212. Para realizar el análisis se seleccionó el icono de la parte superior derecha que dice: Analyze results, y los registros de la búsqueda que se analizaron fueron: Autor, Titulo de la revista, Institución de afiliación y Año; las primeras tres se delimitaron a 25 resultados para poder graficar (todos los registros representan más del 33% del total de datos extraídos), para año se tomaron los 26 registros de arroja que van de 1983 a la fecha.

RESULTADOS:

Fig.1 Se graficó el nombre del Autor vs el número de publicaciones (record count) encontradas en la búsqueda antes descrita.

Fig. 2. Gráfica del número de publicaciones por Revista (resultado de la búsqueda realizada en la base de datos Web of Science). TITULO DE LA REVISTA CLINICAL INFECTIOUS DISEASES APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY JOURNAL OF BACTERIOLOGY YEAST FEMS YEAST RESEARCH APPLIED BIOCHEMISTRY AND MICROBIOLOGY CURRENT OPINION IN MICROBIOLOGY INTERNATIONAL JOURNAL OF FOOD MICROBIOLOGY CANADIAN JOURNAL OF MICROBIOLOGY FEMS MICROBIOLOGY LETTERS JOURNAL OF MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY CURRENT MICROBIOLOGY EUROPEAN JOURNAL OF PROTISTOLOGY FOLIA MICROBIOLOGICA MICROBIOLOGY ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY CLINICAL AND DIAGNOSTIC LABORATORY IMMUNOLOGY 5

TITULO DE LA REVISTA ABREVIADO (ISO) Clin. Infect. Dis. Appl. Environ. Microbiol. J. Bacteriol. Yeast FEMS Yeast Res. Appl. Biochem. Microbiol. Curr. Opin. Microbiol. Int. J. Food Microbiol. Can. J. Microbiol. FEMS Microbiol. Lett. J. Microbiol. Biotechnol. Curr. Microbiol. Eur. J. Protistol. Folia Microbiol. Microbiology Antimicrob. Agents Chemother. Clin. Vaccine Immunol.

CURRENT TOPICS IN MICROBIOLOGY AND IMMUNOLOGY EUKARYOTIC CELL HELICOBACTER JOURNAL OF EUKARYOTIC MICROBIOLOGY MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY REVIEWS ORAL MICROBIOLOGY AND IMMUNOLOGY ZEITSCHRIFT FUR MIKROSKOPISCHANATOMISCHE FORSCHUNG ANNUAL REVIEW OF MICROBIOLOGY Tabla 1. Titulo abreviado (ISO) de las revistas.

Curr.Top.Microbiol.Immunol. Eukaryot. Cell Helicobacter J. Eukaryot. Microbiol. Microbiol. Mol. Biol. Rev. Oral Microbiol. Immunol. Z Mikrosk Anat Forsch Annu. Rev. Microbiol.

Fig. 3. Número de publicaciones acerca del envejecimiento (delimitado a Microbiología) por Institución.

Fig. 4. Número de publicaciones por año en el tema Envejecimiento, delimitado al área de Microbiología. ANALISIS DE RESULTADOS: En cuanto al autor, pocas publicaciones se asocian a un mismo autor, el máximo fue 9 publicaciones para Nystrom T, el tiempo que lleva la investigación acerca del envejecimiento en el campo de la microbiología es poco, solo 27 años (fig. 4), quizá esa sea una de las razones por las cuales aun no se ven grupos definidos (con alto número de publicaciones por autor) dedicados a la investigación en este campo. De las revistas en las que más se publica está “Clinical Infectious Diseases” (fig. 2) ya que la mayoría de las publicaciones hacen referencia a las enfermedades infecciosas asociadas a la edad. Lo que llama la atención es que aparecen también revistas como Yeast, FEMS Yeast Research y otras que refieren a microorganismos eucariontes (ya que aunque la búsqueda se delimitó al área de microbiología, esta engloba hongos, arqueas, bacterias, entre otros), al incluir dichas revistas esperaría que el número de publicaciones encontradas en la búsqueda (212) hubiese sido más grande ya que la investigación en ese campo es mucho más amplia sin embargo no fue así. Las instituciones en las cuales se realiza investigación acerca del tema son variadas (fig. 3), Russian Academy of Science es la que mas publicaciones tiene, no concuerda la nacionalidad del autor con mas publicaciones (Nystrom T) con la Institución, sin embargo 7

a lo largo de su carrera los Autores cambian de Instituciones por lo que intentar relacionarlo de esta manera no es tan efectivo, aun así, la universidad (GOTHENBURG) en la que se encuentra el autor aparece dentro de la búsqueda. Por último en la figura 4 se puede apreciar que la investigación en el campo (envejecimiento en microorganismos) va en aumento. BUSQUEDA (Title): Ingresamos a la pagina www. isiknowledge.com; una vez ahí se seleccionó la pestaña “Web of Science”, en el campo “Search for” se escribió la palabra aging, y se seleccionó que realizara la búsqueda en “Title”. Límites de la búsqueda: se seleccionaron todos los años, pero la base de datos en la cual se realizó la búsqueda se delimitó a: Science Citation Index Expanded (SCIEXPANDED)--1899-present. La búsqueda arrojó 50 715 resultados, sin embargo se refinó la búsqueda al área de Microbiología y los resultados se redujeron a 121. Para realizar el análisis se seleccionó el icono de la parte superior derecha que dice: Analyze results, y los registros de la búsqueda que se analizaron fueron: Autor, Titulo de la revista, Institución y Año; las primeras tres se delimitaron a 25 resultados para poder graficar. RESULTADOS:

Fig.5. Grafica de las publicaciones por autor de la búsqueda de Envejecimiento (Título) delimitada al área de Microbiología en la base de datos Web of Science.

Fig.6. Grafica de las publicaciones por revista de la búsqueda de Envejecimiento (Título) delimitada al área de Microbiología en la base de datos Web of Science. TITULO DE LA REVISTA JOURNAL OF BACTERIOLOGY CLINICAL INFECTIOUS DISEASES YEAST CANADIAN JOURNAL OF MICROBIOLOGY ARCHIVES OF MICROBIOLOGY CURRENT OPINION IN MICROBIOLOGY FOLIA MICROBIOLOGICA ZEITSCHRIFT FUR MIKROSKOPISCH-ANATOMISCHE FORSCHUNG APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY BOLLETTINO DELL ISTITUTO SIEROTERAPICO MILANESE PATHOLOGIA ET MICROBIOLOGIA ZEITSCHRIFT FUR ZELLFORSCHUNG UND 9

TITULO DE LA REVISTA ABREVIADO (ISO) J. Bacteriol. Clin. Infect. Dis. Yeast Can. J. Microbiol. Arch. Microbiol. Curr. Opin. Microbiol. Folia Microbiol. Z Mikrosk Anat Forsch Appl. Environ. Microbiol. Boll Ist Sieroter Milan Pathol Microbiol Z Zellforsch Mikrosk Anat

MIKROSKOPISCHE ANATOMIE FEMS YEAST RESEARCH ANNUAL REVIEW OF MICROBIOLOGY ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY ASM NEWS CELL HOST & MICROBE INTERNATIONAL JOURNAL OF ANTIMICROBIAL AGENTS JOURNAL OF APPLIED BACTERIOLOGY MICROBIOS ACTA MICROBIOLOGICA ACADEMIAE SCIENTIARUM HUNGARICAE ACTA PATHOLOGICA ET MICROBIOLOGICA SCANDINAVICA ANNALS OF MICROBIOLOGY ANTIBIOTIKI I MEDITSINSKAYA BIOTEKHNOLOGIYA ANTONIE VAN LEEUWENHOEK INTERNATIONAL JOURNAL OF GENERAL AND MOLECULAR MICROBIOLOGY Tabla 2. Titulo abreviado (ISO) de las revistas.

FEMS Yeast Res. Annu. Rev. Microbiol. Antimicrob. Agents Chemother. ASM News Cell Host Microbe Int. J. Antimicrob. Agents J. Appl. Bacteriol. Microbios Acta Microbiol Acad Sci Hung Acta Pathol Microbiol Scand Ann. Microbiol. Antibiotiki i Meditsinskaya Biotekhnologiya Antonie Van Leeuwenhoek

Fig.7. Grafica de las publicaciones por institución de la búsqueda de Envejecimiento (Título) delimitada al área de Microbiología en la base de datos Web of Science.

Fig.8. Grafica de las publicaciones por año de la búsqueda de Envejecimiento (Título) delimitada al área de Microbiología en la base de datos Web of Science. ANALISIS DE RESULTADOS: En la segunda búsqueda la palabra aging se buscó en el Titulo. En la figura 5 se puede observar que la relación entre el autor y el número de publicaciones es aún menor que al realizar la búsqueda con la palabra aging en Topic, ya que en este caso nos indica las veces que un autor ha publicado artículos con la palabra aging en el título, esto va depender de varios factores (si al autor no le gusta ser repetitivo en los títulos, si su investigación se enfoca al algún aspecto especifico del envejecimiento, etc), no solo del tema de investigación de cada autor. Las revistas también son muy variadas (fig. 6), y además de las que aparecen en la primera búsqueda, al realizarla de ésta manera se registran revistas con nombre en idiomas diferentes al ingles (revistas locales), ya que la búsqueda es más específica, los resultados también lo son. Las instituciones corresponden más o menos a las revistas pues en la figura 7 se puede observar que se registran universidades fuera del continente Americano, sin embargo la mayoría de las publicaciones se asocian a universidades de EUA. En cuanto al tiempo, hay registros desde hace 71 años que relacionan la palabra aging con los microorganismos, la investigación al respecto comenzó de manera lenta (fig.8) y

ha tenido picos como en 2001, sin embargo no es constante, no va siempre para arriba ni en decaimiento, al parecer aun no es un campo de investigación muy estable.

PUBMED BUSQUEDA: El análisis se hizo mediante la aplicación PubMed PubReMiner que realiza una búsqueda dentro de PubMed y presenta los datos de manera que se puede hacer meta-análisis. El término de búsqueda fue: Aging AND Bacteriology, la búsqueda se realizó en todos los campos y no se delimito ni la fecha ni el tipo de publicación. Se obtuvieron 3095 registros de los cuales se extrajeron los siguientes datos: Año, Autor y Revista. Se graficaron el número de artículos por cada Año, Autor y Revista, esta vez no se delimito a un número especifico de registros, se busco que la mayoría representara más del 33% del total. RESULTADOS:

Fig.9 Se graficó el nombre del Autor contra el número de publicaciones encontradas en la búsqueda antes descrita. 13

Fig. 10. Gráfica del número de publicaciones por Revista.

Fig.11. Grafica de las publicaciones por año.

ANALISIS DE RESULTADOS: En la parte de autor, se requirieron mas registros (más de 200) para esta base datos comparada con web of science para tener como mínimo el 33% representado. El autor Nystrom T que aparece en primer lugar en la grafica de Web of Science (con 9 artículos) en este caso ocupa el noveno lugar con 16 artículos (Fig. 9), el de mayor número de publicaciones acerca del tema fue Riley LR con 28 artículos publicados, dicho autor no aparece en la búsqueda realizada en Web of science o Scopus. Quizá todo esto se debe tanto a la cobertura temporal como a los criterios utilizados para indexar artículos utilizados por cada base de datos. Lo que resulta sorprenden es el numero de registros por año, la cobertura comienza en 1981 con 29 artículos publicados durante ese año (Fig. 11), generalmente yo esperaría un número menor puesto que se supone son los inicios de la investigación en dicho campo (envejecimiento en bacterias), sin embargo quizá no estamos viendo los años anteriores a este a pesar de que Pubmed tiene una cobertura desde 1950 a la fecha. De manera general se ve que la investigación en este campo va en aumento. El último registro que se analizo corresponde a las revistas: Journal of Immunology resultó ser la revista a la que se asocian mas registros, 105 (Fig. 10), sin embargo, comparando este resultado con el número total de registros obtenidos, 3095, se puede observar que no representa ni el 10% del total, lo cual sugiere (y se puede comprobar con la grafica) que son muy variadas las revistas en las cuales se publica y debido a que cada una tiene 15

ciertos criterios para aceptar un articulo podríamos decir también que la investigación es multidisciplinaria ya que no solo aparecen representadas revistas especializadas en el campo de la microbiología sino también de otras áreas.

SCOPUS BUSQUEDA: Se realizo la búsqueda en la base de datos Scopus. El término de búsqueda fue: Aging AND Bacteriology, la búsqueda se realizó en todos los campos y no se delimito ni la fecha ni el tipo de publicación, sin embargo solo se busco en las siguientes áreas: ciencias de la vida y la salud. Se obtuvieron 15487 registros de los cuales se extrajeron los siguientes datos: Año, Autor, Institucion y Revista. Se graficaron el número de artículos por cada registro seleccionado, se delimito al número de registros que representara más del 33% del total. RESULTADOS:

Fig.12 Se grafic贸 el nombre del Autor contra el n煤mero de publicaciones.

Fig.13 Grafica del nĂşmero de publicaciones por revista.

Fig.14 Número de publicaciones por Institución.

Fig.15 Gráfica del número de publicaciones por año. ANALISIS DE RESULTADOS: Scopus fue la base de datos que mas registros arrojó, 15 487. En esta base de datos el autor Nystrom T vuelve a aparecer en primer lugar (Fig. 12), asociado con 27 registros, este número se acerca más al que se entró en Pubmed (16), quizá en esta base de datos hay más revistas indexadas en las que se hayan publicado trabajos de dicho autor, estos resultados nos demuestran la importancia de hacer búsquedas en distintas bases de datos ya que ciertos temas, revistas, años o demás podrían estar mejor representados en una base de datos que en otra. Scopus tiene registros desde 1823, como su cobertura temporal es mayor que la de las otras dos bases de datos analizadas se encontraron registros desde 1950 (Fig. 15), y al analizar ese periodo (1950-1980) que en el análisis de las otras bases (Web of science y Pubmed) no se pudo realizar, se observa que la investigación en este campo tuvo cierto auge entre 1960-1970, posteriormente decayó pero de 1980 en adelante, en general ha ido en aumento. En esta base de datos también encontramos gran diversidad entre las revistas en las cuales se publica (Fig. 13), esta tendencia se ha encontrado en las tres bases de datos analizadas, en este caso la revista con mayor numero de registros fue Journal of Bacteriology, una revista especializada en el área de la bacteriología, así que si lo que se

busca más que relación con otras disciplinas es aprender todo lo que se sepa solo en este campo (bacteriología), quizá Scopus sea la base de datos más adecuada en dicho caso. Por último las instituciones de afiliación de los autores también son muy variadas e internacionales entre los primeros lugar se encuentran universidades rusas, americanas y francesas (Fig. 14).