ANÁLISIS BIBLIOMÉTRICO Y USO DE HERRAMIENTAS DE MINERIA DE TEXTOS PARA EL ESTUDIO DEL ENVEJECIMIENTO DE CÉLULAS DENDRÍTICAS. Por Fernando Galicia
Trabajo realizado en la materia: e-investigación bibliográfica en Ciencias Biomédicas, semestre 2010-2,
de
la
Licenciatura
en
Investigación
Biomédica
Básica,
UNAM.
Profesoras: Layla Michán y Lyssania Macías Introducción El envejecimiento de un organismo es un proceso natural en el que las capacidades y respuestas fisiológicas del mismo disminuyen con el paso del tiempo (1). De entre estos cambios, uno de los sistemas fisiológicos más afectados, es el sistema inmunitario (2). Recientemente, diversos grupos de investigación alrededor del mundo han estudiado la relación entre el sistema inmune y el envejecimiento, haciendo descubrimientos sorprendentes. Entre ellos, la relación entre la vejez, el sistema inmune (y en específico con el tipo celular dendrítico) y diversas patologías crónicas como el cancer, diabetes, artritis y enfermedades neuro-degenerativas (3) (4). Con el fin de entender la forma en que los trabajos científicos sobre este tema se han desarrollado a lo largo de los últimos años, se realizo un análisis bibliométrico de los resultados obtenidos al realizar una búsqueda en las bases de datos MedLine, Scopus y Web of Knowledge. Adicionalmente, se usaron las aplicaciones ArrowSmith, FACTA y AliBABA para ejemplificar el uso y utilidad de las herramientas de minería de textos en el estudio de este tema. Metodología Se busco en la página de Web of knowledge en las bases de datos Science Citation Index y Conference Proceedings Citation Index- Science con los términos de búsqueda: aging AND “dendritic cells”. Los resultados fueron restringidos al tema “Inmunología”. Para la búsqueda en MedLine se usó la apliación de Pubmed con los mismos términos de búsqueda, sin restringir los resultados. En el caso de Scopus la
1
búsqueda fue similar a la de Pubmed.
Resultados Se obtuvieron los siguientes resultados, los cuales son presentados ordenados por Autor, Revista, Año e Institución (sólo se muestra los 30 registros con valores más altos). Análisis bibliométrico en Web of Sciences: Autor:
Revista:
2
MI LTON, MK
MA LETTO, B
KO VA CS, EJ
IKEHARA , S
GRIZZLE , WE
GOLDBERG, GL
FIKRI G, E
DOMING UEZ, AL
CAMPBE LL, D
BE LKAID, Y
TEW, JG
J LUSTGA RTEN,
BA LOGH, P
AGRAWAL, S
LINTON, PJ
4.5 4 3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0
A帽o: INTERNATIONAL IMMUNOLOGY
IMMUNOLOGY LETTERS
HUMAN IMMUNOLOGY
CURRENT OPINION IN IMMUNOLOGY
CRITICAL REVIEWS IN IMMUNOLOGY
CELLULAR & MOLECULAR IMMUNOLOGY
VACCINE
SEMINARS IN IMMUNOLOGY
JOURNAL OF CLINICAL IMMUNOLOGY
INFECTION AND IMMUNITY
IMMUNOLOGICAL REVIEWS
INTERNATIONAL JOURNAL OF IMMUNOPATHOLOGY AND PHARMACOLOGY
: TRENDS IN IMMUNOLOGY
JOURNAL OF LEUKOCYTE BIOLOGY
JOURNAL OF IMMUNOLOGY
16
12
8
4
0
16
14
12
10
8
6
4
2
0 1986 1994 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
Instituci贸n:
3
ABBOTT LABS
Análisis bibliométrico en Pubmed.
Revista:
4
JUNTENDO UNIV
JULIUS MAXIMILIANS UNIV
IST RIC CODIVILLA PUTTI
INT MED CTR JAPAN
INST PASTEUR
INNSBRUCK UNIV
IMMUNEX CORP
HOSP UNIV REINA SOFIA
HOSP UNIV MARQUES DE VALDECILLA
GEORGE WASHINGTON UNIV
FORSCHUNGZENTRUM BORSTEL
FDN MARQUES DE VALDECILLA
EMORY UNIV
EASTERN VIRGINIA MED SCH
DEPT VET AFFAIRS MED CTR
DARTMOUTH COLL
CORNELL UNIV
COLUMBIA UNIV
COLUMBIA COLL CHICAGO
CLIN PRAIRIE
CISA INIA
CINCINNATI CHILDRENS HOSP
CHILDRENS HOSP RES FDN
CHILDRENS HOSP
BIOMATH & STAT SCOTLAND
BAYLOR COLL MED
AUSTRIAN ACAD SCI
ALBERT EINSTEIN COLL MED
2.5
2
1.5
1
0.5
0
GRUBECK-LOEBENSTEIN B TAKAI T KIKUCHI T NUKIWA T NAKAMURA A SZAKAL AK TEW JG ROMANI N SAIJO Y AGRAWAL A AGRAWAL S AKIYAMA K GOLDSTEIN DR GUPTA S SUZUKI T VEGA JA ANDARINI S AYDAR Y BALOGH P BIRAGYN A ENDO S FUJIHASHI K GARCIA-SUAREZ O SAURWEIN-TEISSL M SCHULER G THOMSON AW WICK G BONDADA S BURTON GF CASTLE SC EBIHARA S J Immunol J Invest Dermatol Exp Gerontol Immunology Mech Ageing Dev Eur J Immunol Transplantation J Allergy Clin Immunol Blood Cell Tissue Res Trends Immunol Clin Exp Immunol Diabetes J Leukoc Biol Proc Natl Acad Sci U S A Arch Oral Biol Br J Dermatol J Dermatol Sci J Exp Med Nat Immunol Semin Immunol Aging Cell Am J Physiol Lung Cell Mol Physiol Ann N Y Acad Sci Arterioscler Thromb Vasc Biol Arthritis Res Ther Autoimmunity Br J Haematol Cancer Res Cell Immunol
40
35
30
25
20
15
10
5
0
Autor:
12
10
8
6
4
2
0
A単o:
5
6
TIMOR
TAIWAN
PORTUGAL
NORWAY
KOREA
ISRAEL
FINLAND
COLOMBIA
ARGENTINA
SWITZERLAND
SERBIA
DENMARK
BRAZIL
BELGIUM
SWEDEN
NETHERLANDS
CANADA
AUSTRALIA
CHINA
SPAIN
FRANCE
ITALY
UNITED KINGDOM
GERMANY
AUSTRIA
JAPAN
UNITED STATES
2010 2009 2008 2007 2006 2005 2004 2003 2002 2001 2000 1999 1998 1997 1996 1995 1994 1993 1992 1991 1990 1989 1988 1987 1986 1985 1984
40
35
30
25
20
15
10
5
0
País:
120
100
80
60
40
20
0
Autor
7 1973
1980
1984
1985
1986
1987
1988
1989
1990
1991
1992
1993
1994
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
20
2002
30
2003
40
2004
50
2005
60
2006
70
2007
80
2008
Año:
Journal of Immunology Journal of Investigative Dermatology Experimental Gerontology Journal of Neuroscience Immunology Transplantation Mechanisms of Ageing and Development Neuroscience Trends in Immunology Neurobiology of Aging Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America Journal of Allergy and Clinical Immunology Cell and Tissue Research Blood European Journal of Immunology Journal of Leukocyte Biology Journal of Virology Neuroscience Letters Immunity and Ageing Journal of Neurophysiology Annals of the New York Academy of Sciences Cerebral Cortex Infection and Immunity Science Journal of Experimental Medicine Vaccine European Journal of Neuroscience Clinical and Experimental Immunology Diabetes Aging Cell Journal of Comparative Neurology
90
2009
2010
Análisis bibliométrico en Scopus.
Revista:
50
40
30
20
10
0
10
0
8
Institución
20
15
10
5
0 Yung, R.L.
Saida, K.
Schuler, G.
Kalady, M.F.
Grolleau-Julius, A.
Kosco, M.H.
Tesar, B.M.
Shultz, L.D.
Stossel, H.
Gupta, S.
Thomson, A.W.
Caudle, M.R.
Aydar, Y.
Burton, G.F.
Hannestad, J.
Keenan, J.A.
Pawelec, G.
Naves, F.J.
Castle, S.C.
Wimalasena, J.
Balogh, P.
Pabst, R.
Esteban, I.
Agrawal, A.
Agrawal, S.
Romani, N.
Garcia-Suarez, O.
Vega, J.A.
Szakal, A.K.
Tew, J.G.
Grubeck-Loebenstein, B.
0
VA Medical Center University of Tokyo Inserm Osterreichische Akademie Der Wissenschaften Yale University School of Medicine UC Irvine Medizinische Universitat Innsbruck Medical College of Virginia University of Toronto Universität Erlangen-Nürnberg Duke University School of Medicine Universität Tübingen University of Michigan Medical School University of Washington Seattle Massachusetts General Hospital Harvard Medical School Trudeau Institute University of Pennsylvania, School of Medicine Universidad de Oviedo, Facultad de Medicina Kyoto University University of Pittsburgh Medical Center University of Pittsburgh Oregon Health and Science University University of California, San Francisco Medizinische Hochschule Hannover MHH Heinrich Heine Universität University of Connecticut Health Center Baylor College of Medicine Virginia Commonwealth University Tokyo Medical and Dental University Sidney Kimmel Cancer Center
12
10
8
6
4
2
Herramientas para Meta-análisis y Minería de Textos Ali Baba PubMed Esta aplicación sirve para crear una red entre registros de una búsqueda en PUBMED usando términos como tipos celulares, enzimas, enfermedades, proteinas, genes, etc, incluidos en estos registros (5). En la siguiente figura se muestra la red obtenida al analizar 20 registros de la búsqueda “dendritic cells” AND aging*.
9
FACTA: Finding Associated Concepts with Text Analysis Facta es una herramienta de minería de textos que nos sirve para identificar asociaciones entre conceptos mencionados en artículos de una búsqueda de PUBMED. La aplicación separa los resultados en categorías semánticas, muy útiles para identificar lo que uno esté buscando (6). Las siguientes imágenes muestras los resultados de las categorías Drug y Disease (relevantes para el tema estudiado) usando como términos de entrada “dendritic cells” AND aging*.
ArrowSmith Esta herramienta busca conceptos comunes entre dos conjuntos diferentes de artículos. En la primera búsqueda se define la literatura A, en la segunda la literatura C, a partir de ambas el programa genera
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una lista con la literatura B con un recopilado de frases y palabras claves que se encuentran en los títulos de ambas, que se ordenan por relevancia y se pueden restringir a determinadas características semánticas, como regiones anatómicas, enfermedades o fármacos (7). Aquí se muestran los resultados usando como término A: “dendritic cells” y como término C: aging.
Discusión El análisis de los resultados muestra claramente que hay poca información sobre este tema ya que como la mayoría de las áreas de investigación que requieren un enfoque multidiciplinario, son áreas de reciente interés. Pero por otro lado, observando los resultados (ver Gráficas de Años) también es evidente que es un tema de reciente creación y con una tendencia al alza. La mayoría de estos estudios han sido publicados en The Journal of Immunology, una revista especializada en temas de inmunología con un buen nivel de impacto, lo que demuestra que aunque el tema es nuevo, se le ha tomado muy en cuenta y las grandes revistas están dispuestas a invertir en ello
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y difundir los resultados sobre este tema. Las gráficas de autores e instituciones, no muestran que haya un autor o institución dominante en el tema, lo que abre posibilidades a que nuevos laboratorios e investigadores entren al área sin quedar relegados o excluidos. Como nota aparte, es digno de mencionarse que se encontró diferencia en los resultados obtenidos haciendo las búsquedas en las diferentes bases de datos. Esto puede deberse también a lo reciente del tema y a que aún no se haya establecido una forma adecuada de clasificar los documentos sobre este tema de estudio, aparte de las diferencias intrínsecas entre las bases de datos. En conjunto, estos resultados muestran que el estudio del envejecimiento del sistema inmune es un nuevo campo de estudio que ha tomado relevancia en los últimos años en el cuál puede haber muchas oportunidades de desarrollo.
Referencias: 1. Bowen RL, Atwood CS. Living and dying for sex. A theory of aging based on the modulation of cell cycle signaling by reproductive hormones. [Internet]. Gerontology. 50(5):265-90.Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15331856 2. Desai A, Grolleau-Julius A, Yung R. Leukocyte function in the aging immune system. [Internet]. Journal of leukocyte biology. 2010 ;87(6):1001-9.Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20200405 3. Bukovsky A, Caudle MR, Carson RJ, Gaytán F, Huleihel M, Kruse A, et al. Immune physiology in tissue regeneration and aging, tumor growth, and regenerative medicine. [Internet]. Aging. 2009 ;1(2):157-81.Available from: http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi? artid=2830052&tool=pmcentrez&rendertype=abstract 4. Larbi A, Fülöp T, Pawelec G. Immune receptor signaling, aging and autoimmunity. [Internet]. Advances in experimental medicine and biology. 2008 ;640312-24.Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19065799 5. Plake C, Schiemann T, Pankalla M, Hakenberg J, Leser U. AliBaba: PubMed as a graph. [Internet]. Bioinformatics (Oxford, England). 2006 ;22(19):2444-5.Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16870931 6. Tsuruoka Y, Tsujii J, Ananiadou S. FACTA: a text search engine for finding associated biomedical concepts. [Internet]. Bioinformatics (Oxford, England). 2008 ;24(21):2559-60.Available from: 12
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18772154 7. Layla M, Calderon R, et all. Aplicaciones de la Web para recuperaci贸n y an谩lisis de literatura de PubMed.
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