참여연대는 입법의견서를 통해 공수처에 대한 검찰의 영향력 최소화, 공수처의 독립성ㆍ정치적 중립성 보장 위한 조항, 공수처에 대한 민주적 통제 위한 조항, 검찰과 대등한 위상 부여 등 4가지 원칙이 공수처 설치법안 논의에 준용되어야 하며, 이를 위해 ▲공수처와 검찰 간 인적 교류 최소화, ▲공수처의 우선수사권 보장, ▲공수처장, 변호사 자격 불필요, ▲공수처장 추천위원회 구성과 절차, ▲엄격한 퇴직 후 행위제한, ▲공수처의 독립성ㆍ정치적 중립성 및 수사처검사의 신분 보장, ▲국회와 시민의 민주적 통제 방안 보장, ▲고위공직자범죄를 직무와 관련한 범죄로 한정한 문제, ▲관계 수사기관 공무원 파견요청권 및 지휘감독권 명시 등 9가지 사항에 대해 의견을 밝혔음.