UMR IRHS - Institut de Recherche en Horticulture et Semences INRA - AGROCAMPUS OUEST - UNIVERSITÉ D’ANGERS
Beaucoup de flux de gènes chez les variétés anciennes de pommier ! © L. Feugey, INRA, UMR IRHS
Objectif
Les variétés anciennes de pomme offrent une grande diversité de formes et de couleurs
L’objectif est de caractériser la diversité génétique des variétés anciennes de pommier domestique (Malus x domestica) à l’échelle française et européenne pour mieux apprécier l’ampleur et la structuration de cette diversité.
agronomique (qualité du fruit, résistance aux maladies, phénologie, architecture et régularité de production).
Contexte
Partenaires
Les ressources génétiques de pommier sont conservées par différents acteurs de la société civile en France et en Europe (instituts de recherche, parcs régionaux, associations…). Les variétés anciennes représentent une richesse patrimoniale indéniable et une ressource pour l’amélioration génétique. Leur caractérisation grâce à des marqueurs génétiques permet d’effectuer des études d’identité, diversité, structuration génétique, apparentement, qui permettent de revisiter l’histoire de la sélection empirique réalisée dans les campagnes et les châteaux au long des siècles passés et de préparer des analyses de déterminisme génétique plus poussées.
Une large partie du matériel végétal de cette étude provient du CRB FrapeR. Ces travaux ont été réalisés en collaboration avec de nombreux acteurs de la conservation des variétés anciennes en France (associations Les Croqueurs de pommes, Les Mordus de la pomme, Conservatoire Végétal Régional d’Aquitaine, Centre Régional de Ressources Génétiques du NordPas-de-Calais…) et en Europe (Centre Wallon de Recherches Agronomiques, B ; Université de Bologne, I ; Université de Reading, UK ; Université de Navarre, E…). Le projet CorePom a été financé par la FRB (Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité), et le projet FruitBreedomics par l’Union Européenne (www. fruitbreedomics.com).
Résultats De 16 à 22 marqueurs moléculaires (de type ‘microsatellite’ ou ‘SSR’) ont été utilisés pour génotyper plus de 2000 accessions françaises (projet CorePom) et plus de 2000 accessions européennes (projet européen FruitBreedomics). De nombreuses variétés, considérées comme typiques de leur région et portant des noms différents sont apparues identiques au niveau de leur profil génétique. Ceci traduit les échanges de greffons qui ont eu lieu au cours des siècles passés. Par recherche de paternité basée sur les marqueurs, les parents de certaines variétés anciennes ont été identifiés. A nouveau, ceux-ci peuvent se révéler d’origines locales ou d’origines parfois très éloignées. En conséquence, la structuration génétique est assez faible à l’échelle française et européenne, même si trois pools génétiques ancestraux sont identifiables et coïncident assez bien avec les origines géographiques des variétés (Nord+Est, Ouest, et Sud de l’Europe).
Perspectives L’étude se poursuit au niveau français et européen (agrégation de nouvelles collections) mais aussi en collaboration avec des équipes américaines pour tenter d’identifier les variétés européennes fondatrices des grandes variétés américaines. Des core collections (collections de référence) ont été établies à des fins d’étude de génétique d’association pour identifier les régions du génome contrôlant différents caractères d’importance
IRHS
Bibliographie Durel C.E. 2016. Caractériser la diversité des variétés anciennes de pommier conservées en France. Jardins de France 640:13-15. Lassois L, Denancé C. Ravon E, Guyader A, Guisnel R, Hibrand-Saint-Oyant L, Poncet C, Lasserre-Zuber P, Feugey L, Durel CE. 2016. Genetic diversity, population structure, parentage analysis and construction of core collections in the French apple germplasm based on SSR markers. Plant Molecular Biology Reporter 34:827-844. Urrestarazu J, Denancé C, Ravon E, Guyader A, Guisnel R, Feugey L, Poncet C, Lateur M, Houben P. Ordidge M, Fernandez-Fernandez F, Evans KM, Paprstein F, Sedlak J, Nybom H, Garkava-Gustavsson L, Miranda C, Gassmann J, Kellerhals M. Suprun I, Pikunova AV, Krasova NG, Torutaeva E, Dondini L, Tartarini S, Laurens F, Durel CE. 2016. Analysis of the genetic diversity and structure across a wide range of germplasm reveals prominent gene flow in apple at the European level. BMC Plant Biology 16:30.
Contact Charles-Eric Durel, UMR IRHS, 42 rue Georges Morel, 49071 Beaucouzé Cédex Mél : charles-eric.durel@inra.fr
Equipes ResPom - QualiPom Résistance du Pommier et du poirier aux bioagresseurs Qualité des Pommes
7