No se puede hablar de un fundador específico, pues su religión surgió con su cultura.
El territorio de los muiscas abarcaba las cuencas y valles del río Bogotá hasta Tenjo; del río Negro hasta Quetame, el Guavio hasta Gachalá, de Garagoa hasta Somondoco, de Chicamocha hasta Soatá y del río Suárez hasta Vélez.
Era politeísta. Sus divinidades representaban diversas fuerzas de la naturaleza. Sus principales dioses fueron Chiminichagua, principio creador o fuerza suprema, Xué, el sol, Chía, la luna, Bachué, la madre de la humanidad y diosa de las legumbres, Cuchaviva el arco iris, Chibchacun, dios general, Chaquen, dios de los corredores y Bochica, héroe civilizador. Las lagunas eran consideradas lugares sagrados
Los sacerdotes eran los responsables de dirigir las principales ceremonias religiosas. Nadie más que los sacerdotes podía entrar al interior del templo. La religión muisca contemplaba los sacrificios humanos. Cada familia debía ofrecer un hijo a los sacerdotes, el cual era criado por ellos como persona sagrada y a los 15 años era sacrificado a Xué, lo que constituía un honor para la familia y para la víctima. Junto a las actividades religiosas, los sacerdotes participaban de la vida de la comunidad con recomendaciones acerca de la agricultura o mediando en casos de conflicto entre los líderes políticos.
El templo de Sue estaba en Sogamoso, la ciudad sagrada del sol y sede del iraca (sacerdote). Una procesión de la corte del zipa se dirigía al Templo del Sol y el día era motivo de gran fiesta y alegría entre el pueblo quienes se pintaban el cuerpo y se embriagaban con chicha. Se hacían ofrendas a Sue para pedir por la bendición de las cosechas anuales. También era el único día en el cual la gente podía ver al zipa.
Las principales normas morales de las grandes culturas de América fueron: no robar, no holgazanear, no matar. Los Muiscas tenían leyes muy estrictas, que sustentaron el orden moral, político y social llamado código de Nemequene, transmitido oralmente. El código castigaba el incesto y condenaba a muerte al homicida, aunque hubiera conseguido el perdón de los familiares del difunto.
El hurto se castigaba con la pena de muerte al igual que el soborno. Si una mujer moría en el parto, el marido debía indemnizar a la familia de la esposa. Existía la pena de muerte para quien violara una mujer y para el que huía de la guerra. Además, se limitaba el lujo en la gente común.
DIOS: Los chibchas tenían cierta idea de un dios superior, invisible y omnipotente, aunque también daban culto al sol, por su hermosura, a la luna, que consideraban su esposa, y a numerosos dioses subordinados, señores de las lluvias y de los fenómenos de la naturaleza.
HOMBRE: considerado centro de la naturaleza. El hombre representĂł la fuerza, el poder, la sabidurĂa y la prudencia; la mujer, la vida, la fertilidad y la organizaciĂłn.
Chiminigagua era una divinidad bondadosa y universal, una esencia creadora grande. Creรณ el universo con sus estrellas y el mundo con sus tierras y aguas para beneficio del hombre
Desde 1989 se ha dado un proceso de reconstrucción de los cabildos indígenas por las comunidades muiscas sobrevivientes. Actualmente cuentan con Cabildo en funcionamiento las comunidades muiscas de Suba, Bosa, Cota, Chía, estribaciones de la sierra nevada del Cocuy y Sesquilé. Intentan rescatar elementos de su cultura y por supuesto de su religión.