Somente em 1933, a linha foi prolongada até Mirassol, e em 1941 avançou mais rapidamente chegando a Presidente Vargas em 1952, seu ponto final. No ano de 1952, os trilhos da E. F. Araraquara já haviam chegado às margens do Rio Paraná, no Mato Grosso (Figura). Ainda nessa época sua diretoria dá inicio ao plano de alargamento da bitola, assim como, adquire novas locomotivas a diesel e elétricas, e novos carros de passageiros. Em 1966 a operação de bitolagem estava concluída, e dois anos depois a administração da ferrovia passou para a “Companhia Paulista de Estrada de Ferro”. A ampliação da bitola do tronco para 1,60m foi completada em 1955, ficando totalmente pronta no inicio dos nos 60. Em 1971, a FEPASA (Ferrovia Paulista S.A.), instituída pelo decreto nº 10.410, de outubro de 1971, passou a controlar a linha, como resultado de um longo processo de estatização das ferrovias em São Paulo, que sob o controle privado, começaram a dar prejuízo. (FEPASA) Em dezembro de 1998, a ALL (América Latina Logística) passa a operar a Malha Paulista (antiga FEPASA). E empresa recebeu, através de licitação, a concessão para prestar o serviço público de transporte ferroviário de cargas na Malha Paulista pelo período de 30 anos. Com a concessão a ALL tem posse da chamada faixa de domínio, “... área de terreno com pequena largura em relação à extensão e varia de acordo com cada trecho...”. Segundo a lei 6766/79 além da faixa de domínio existe uma área classificada como faixa non aedificandi. Apenas em 1933, a linha foi prolongada até Mirassol, e em 1941 avançou mais rapidamente chegando a Presidente Vargas em 1952, seu ponto final.
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