Po latach spędzonych z dala od politycznych intryg i nadnaturalnych zbrodni Mulder i Scully ponownie trafiają do zakurzonej piwnicy budynku FBI, gdzie mieści się Archiwum X.
Seria tajemniczych zaginięć na słonecznej wyspie Martha’s Vineyard powoduje, że agenci sięgają do akt starej, dawno już zapomnianej sprawy, której korzenie sięgają tragedii w Czarnobylu…