第一章 安裝 R 2.11.0
require(party) data(airquality) airq = subset(airquality, !is.na(Ozone)) airct = ctree(Ozone ~ ., data = airq, controls = ctree_control(maxsurrogate = 3)) plot(airct)
創意來自：Achim Zeileis, Kurt Hornik and Torsten Hothorn http://addictedtor.free.fr/graphiques/RGraphGallery.php?graph=84 這是一張【樹狀圖】。【樹狀圖】是一種非常知名的統計分類技巧。寫稿期間，它獲得網友最多支持，是一張第一 名的圖。放在這裡，希望給您一個印象，R 具備高人一等的繪圖能力。R 為了凸顯這一項特質，特別成立了【R Graph Gallery】網站，讓 R 的使用者有一個分享創作的園地。詳情請參考 http://addictedtor.free.fr/graphiques/。或是後 面的章節介紹。
【本章摘要】
利用 Google 搜尋引擎找到 R 的安裝程式 32-bit 版本的 R-2.11.0-win32.exe。
一樣找得到 64-bit 版本的 R-2.11.0-win64.exe。
安裝 R 基座，它是運行 R 的基礎程式。
確定成功地安裝了 R 基座、使用手冊與一些擴充 R 能力的套件。
開啟 R Console、主控台。
發現 R 安裝程式在您的硬碟大致寫入甚麼樣的程式。
發現 R 安裝了哪些預設套件與推薦套件。
1.1 找到安裝程式 R-2.11.0-win32.exe 找尋存放在網路上的資訊，我習慣使用 Google 提供的搜尋引擎。
不論哪一種知名的瀏覽器 IE、Firefox、Chrome、Safari、Opera 都會看到上面這個 Google 台灣的畫面，在輸入框
鍵入英文字母 R 或是 r，搜尋引擎會回應你以下這一筆結果：
為什麼這一筆是我要的呢?當我寫這一段文字的時候，Google 台灣回應 r 這個英文字母的搜尋結果實際上包含了【約 有 1,800,000,000 項符合 r 的查詢結果】，有三個【，】點代表至少十億筆結果，要如何確定哪一筆真正是你要的 呢？因為上述這一筆是第一筆查詢結果加上英文字【statistical computing】就是【統計計算】的意思(你可以用 Google 的字典與翻譯服務得知這兩個英文字的意思)，因此我有 99%以上的信心確定就是它了。把滑鼠移到有著底線的那一 排英文字，按一下滑鼠左鍵會帶你看到這一個小圖形
讓我為各位介紹，這正是 R 官網的 Logo。
接下來，安裝程式在官網的哪裡？如果英文不好，面對這一個全英文的網站，建議讀者先安裝 Google 的翻譯服務， 滑鼠走到哪，中文翻譯走到哪！耐心滑過一段(從上而下、從左而右；或是注意到網頁的左手邊有一塊【主選單】， 先滑過那一些英文字)之後，您會發現【Download】這個字所定義的連接【CRAN】可能是您的下一頁，點進去會看 到以下這一段
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這一頁羅列分散在全世界各處的 R 程式碼伺服器，建議您選擇靠近自己所在地的伺服器繼續尋找安裝程式。現在台 灣有三部伺服器，一部在靜宜大學(上)、一部在台灣大學(中)、一部在淡江大學(下)。
你可以選一部近的，當然也可以選一部您喜歡的伺服器。以下的部分畫面是台灣大學伺服器傳回來的結果：
這一段提供三種作業系統預先準備好的安裝程式。這三種作業系統是當今全球最主要的、最普遍，也是接受度最高 的電腦作業系統：Linux、MacOS X、Windows。就我個人的觀察，Windows 是一般台灣人使用的作業系統。目前已 經發行到【Windows 7】。也是這一份筆記編寫時所使用的作業系統，這一份最新版本的 Windows 作業系統出版了 兩個選項：一版是 32-bit，一版是 64-bit。因為這樣，R 也在 2.11.0 開始同時發行 32-bit 跟 64-bit 兩個版本。接下來， 繼續點選底線寫著您作業系統，比如說，Windows 的連接，您會看到以下的部分畫面：
這個畫面提供 32-bit 的安裝程式，如果您想安裝 64-bit 的 R，點選最上面【here】。網頁會變成
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如果您使用 Apple 的電腦，請點選 MacOS X 的連接，網路瀏覽器會給您
不論 32-bit 還是 64-bit，都必須先安裝【基座，base】帶出來的安裝程式。所以繼續點選 base。如果是 Apple 的電 腦，繼續點選【R-2.11.0.pkg】。
根據 R 官網的建議，即使你的 Windows 是 64-bit(CPU 屬於 X86_64 而不是 ia64)，安裝 32-bit 版本就目前而言，整體 系統會比較穩定、可靠！請繼續下面 32-bit 版本的畫面：
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第一句話【Download R 2.11.0 for Windows】背後的安裝檔【R-2.11.0-win32.exe】就是我們這一段搜尋的目標了。點 它之後，系統會出現類似以下的畫面，如果您使用 IE：
你可以點選【執行】，或是【儲存】。如果點選【執行】，IE 會在下載成功之後啟動安裝程式；畫面類似
如果點選【儲存】，IE 會提供您放置安裝檔【R-2.11.0-win32.exe】的對話框。畫面類似
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你可以指定希望放置這一份安裝檔的硬碟位置。當然您可以點選【取消】，放棄下載。
如果您使用 Firefox，當你用滑鼠按下這一頁的第一句話【Download R 2.11.0 for Windows】，會出現以下的畫面
假如您確定要儲存安裝檔【R-2.11.0-win32.exe】，請繼續用滑鼠按下 下
的選項；如果不確定，可以按
的選項。按下儲存之後，在 Firefox 完成下載之後，Firefox 會回應您類似
的畫面，表示下載成功。32.0 MB 表示下載檔案的大小，ntu.edu.tw 告訴您檔案的來源，而上午 09:51 是完成下載 的時間。要繼續安裝，只要用滑鼠點選上述畫面一次或連續按兩下就會啟動安裝程式【R-2.11.0-win32.exe】。注意， 整個檔案名稱的 2.11.0 代表版本的編號，而 win32 則意味著 32-bit 的版本，最後 exe 表示下載的檔案是一種執行檔。
1.2 安裝 R 基座 首先啟動安裝程式【R-2.11.0-win32.exe】。IE 的使用者如果下載一開始挑選【執行】，安裝程式在下載結束後會自 行啟動。如果選擇【儲存】，就看您把安裝程式放在哪裡，到那裏用 Windows 滑鼠按一下或是連續按兩下啟動安裝 程式。Firefox 使用者在下載結束後，用滑鼠選擇【下載】視窗，接著再用滑鼠按一下或是連續按兩下安裝程式 【R-2.11.0-win32.exe】，即可啟動 R 基座的安裝程式。您會看到
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接著用滑鼠按下【執行】。Windows Vista 與 Windows 7 會詢問您一些問題，請回答【是】。再來您會看到第一個選 項，是使用者介面的【語言選項】。假如您的作業系統是繁體中文的，安裝程式會給您預設值【繁體中文】；
當然您也可以利用下拉式按鈕選擇其他語言，比如說【中文(簡體)】(簡字是簡體字)或是【English】(英文)。我選【繁 體中文】。用滑鼠按下【確定】之後，接著會出現
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您會看到【歡迎使用 R for Windows 2.11.0 安裝程式】視窗，它會告訴您安裝程式的用途以及一些建議事項，跟指導 您繼續安裝 R 基座的指示。不想取消安裝程式，就用滑鼠按下【下一步(N)>】。接著出現
這是 R 的版權宣告。上面記載說根據 1991 年六月第二版的 GNU GENERAL PUBLIC LICENSE，R 是一套免費的程式，在 甚麼樣的條件下使用者可以拷貝、傳播、與修改程式，以及相關的版權問題。有興趣的讀者請仔細閱讀。一般使用 者可以放心按下【下一步(N)>】進入下一個階段：
安裝程式在這裡讓您指定【R for Windows 2.11.0】在硬碟的位置。如果不指定，R 為您放在預設的位置【C:\Program Files\R\R-2.11.0】，這是 32-bit 版本預設的硬碟位置。同時告訴您安裝工作需要約 30.4 MB 這麼多硬碟的空間。在這
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裡，如果接受 R 為您安排的位置，直接按下【下一步(N)>】進入下一個階段。為了節省空間，接下來的畫面主要為 讀者諸君介紹安裝過程中的各種選項。
您有四種組合可以挑選。有點可惜，最近幾版這個畫面這四種組合的說明出現亂碼，雖然如此，四種組合都挑一遍， 看看下面這視窗有甚麼樣的變化：
反白選項是必須安裝的選項，使用者無法勾掉(讓˅消失)；或是，R 已經為您勾選某一個或多個該項目底下的子項目， 您可以勾掉子項目讓˅消失。其他空白處□或是沒反白內含打勾的□，都是你可以改變，可以決定挑選或是不挑選 的選項。R 在這一段提供的選項有：
HTML Manuals：可以用瀏覽器閱讀的使用手冊。
On-line PDF Manuals：內含
(基本手冊)
(技術手冊)
(使用手冊)
(套件 grid 跟 Matrix 的使用手冊)
(套件 tcltk 的支撐檔案)
Tcl 的時區檔案
Tcl/Tk 輔助檔案(一種 HTML 檔案)
(訊息翻譯)
(測試檔案)
可以看得出來，這一段主要關心手冊的部分。R 為了讓世界各地各色人等、各階級的人們都有機會活用 R 進行各式 各樣的教學與研究活動，精心編製各式各樣、涵蓋入門到進階、運用到設計的輔助手冊。一般我會建議，如果硬碟 空間夠用的話，勾選所有選項，把所有手冊都放進去，方便不時之需。勾選完後，按下【下一步(N)>】進入下一個 階段。
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這一段您可以決定啟動 R 的選項，勾選【Yes】表示您想在啟動 R 的時候開啟個人化視窗；勾選【No】則表示接受 R 預設的視窗。一般 R 的預設視窗好像一個托盤，使用過程中打開的各式視窗會被放在托盤內，不論您如何移動托 盤上的視窗，視窗都不會跑出托盤的範圍。讓我們勾選【Yes】，看看可以個人化出甚麼樣的視窗。
有兩種選擇：MDI 跟 SDI。MDI 是一個大托盤；SDI 則是每一個 R 開啟的視窗都被認為是獨立的視窗，此時 Windows 桌面變成 R 的托盤。我個人比較習慣 SDI。接下來我挑選 SDI，繼續為各位介紹安裝過程：
這時候你可以指定輔助檔的預設值是【Plain text】純粹文字，還是【HTML help】網頁型式。建議您接受網頁型式的 輔助檔。【下一步(N)>】。
這時候您希望 R 用哪一隻程式存取網際網路，一般勾選【Standard】即可。【下一步(N)>】。
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為您的【開始】功能表 (一般出現在 Windows 桌面的左下角) 相關 R 捷徑的資料夾取個名字。預設值是 R。當然你 也可以不建立這一份資料夾，只要勾選【不要在「開始」功能表中建立資料夾】的選擇框□。
這時您有兩個選擇題：建立還是不建立桌面圖示(讓您可以直接在桌面上開起 R)；建立還是不建立快速啟動圖示(讓 您在 Windows 快速啟動程式區啟動 R)。這時候勾選您的習慣。【下一步(N)>】。
出現這一個視窗表示您已經完成勾選各式各樣 R 安裝程式提供的選項，R 安裝程式正在執行安裝，完成後會出現
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按下【完成】，您就順利地把 R 2.11.0 安裝在您的個人電腦上。然後檢查一下桌面有沒有多一個捷徑：
用滑鼠按它一下或是連續按兩下，開啟 R。
另外，您也可以檢視硬碟，看看 R 大概寫入甚麼樣的檔案？
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1.3 預設套件 一開始，R 除了給您基座，它是運作統計相關計算需要的程式，R 還給您一些額外的統計工具。它們包括了哪一些 呢？請看
跟 R 一起來的套件
base：基座 R 包含的函示(function) 。
datasets：基座 R 包含的數據集。
grDevices：提供套件 base 跟 grid 顯示圖形的使用者介面。
graphics：基座 R 包含的繪圖函示。
grid：展示圖形、編排圖形、與圖形交談所需要的函示。
methods：定義 R 物件的方法(method)與群集(class)，以及一些程式工具。欲知詳情，請看 R 的綠皮書。
splines：定義一種叫做 splines 的迴歸技術之函示與群集。
stats：基座 R 的統計函示。
stats4：用 S4 群集寫的統計函示。
tcltk：提供編寫使用者介面的工具。
tools：寫套件需要的工具。
utils：R 的工具函示。
R 推薦套件
boot：拔靴法專書【Bootstrap Methods and Their Applications” by A. C. Davison and D. V. Hinkley, 1997, Cambridge University Press】所提供的函示與數據集。
class：分類(classification)用的函示。
cluster：群集分析(cluster analysis)需要的函示。
codetools：分析程式碼需要的工具。
foreign：讀寫 Minitab, S, SAS, SPSS, Stata, Systat 等等統計軟體之數據檔所需要的工具。
KernSmooth：根據 M. P. Wand and M. C. Jones (1995)，提供關於【Kernel Smoothing】跟【density estimation】 的工具。
lattice：繪製窗格化圖形(Trellis Graphics)的工具。
MASS：Venables 與 Ripley 教授在 Modern Applied Statistics with S 這一本書上提供的函示與數據集。 13
Matrix：與矩陣運算有關的函示。
mgcv：進行【GAM】 、 【generalized ridge regression】所需要的工具。
nlme：進行【Gaussian linear and nonlinear mixed-effects models】所需要的工具。
nnet：進行【feed-forward neural networks】跟【multinomial log-linear models】所需要的工具。
rpart：進行【Recursive PARTitioning and regression trees】所需要的工具。
spatial：進行【kriging】跟【point pattern analysis】所需要的工具。
survial：進行【survival analysis】跟【penalized likelihood】所需要的工具。
1.4 推薦閱讀 1. 2.
What is R? http://www.r-project.org/about.html Introduction @ R FAQ, http://cran.r-project.org/doc/FAQ/R-FAQ.html#Introduction
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