R Helper

第七章 R 輔助學習的大環境

Help()

這一章要深入介紹工具列的【輔助】 。儘管 R 提供主控台、編輯器、資料編輯器、R Graphics 的中文使用者介面，但 R 整個體系仍舊是以英文為主體的計算工具。等待一份好的中文使用手冊、等待一本好的中文書、等待一份好的中 文網頁，甚至等待自己的英文變好，都不是良策。為了幫助您快速進入 R 體系，我催生了這一本書。但，如果您 想【無師自通】 ，深入了解 R 自身提供的輔助(help)系統，乃上上之策。

【本章摘要】 

help(help)。



初體驗 FAQ 提供的部分議題。



初體驗 FAQ(W)提供的部分議題。



深入參考手冊的部分內容。



知道哪幾本手冊一定要讀！



如何有效率地瀏覽函式的使用說明。



透過 R Example Graph Library、http://www.metaresearch.de/exlib/index.html 在沒有 R 的環境裡學習 R 繪圖。



再一次認識 HTML 輔助系統。



關於 R 的模糊(Fuzzy)搜尋輔助。



深入 CRAN Task View 的主體式輔助系統。



進入 R 書庫 http://www.r-project.org/doc/bib/R-jabref.html



見識 demo()。

1

7.1 關於 R 的 FAQ 這一份 FAQ 記載一些基本問題的答案。其中一項是關於 R 的身世。我的許多朋友對於 R 這樣的免費軟體，抱持著高 度的懷疑，也很想知道我口中讚譽有加的 R 到底是甚麼來頭？ 關於 R 的誕生請看第一作者怎麼說

7.1.1 入口

這一頁記載版本序號與它的 ISBN 碼。作者是 Hornik 先生。接著是目錄。 2

7.1.2 簡介這一份免費軟體 先說誰是作者？這一份文件根據甚麼樣的版權協定定義版權？去哪裡取得該項版權協定？網路位置？與地址？

7.1.3 您如何翻書？

7.1.4 有趣的問題 

What is R?



What is S?



Why is R named R?



What is S-PLUS?



What is R-plus?



What are the differences between R and S?



Is there anything R can do that S-PLUS cannot?



What is CRAN?



What is R-Forge?



What is a bug?

3

7.1.5 曾經雲端難為 R

我把之前曾經用過的三句話 x = rnorm(50) y = rnorm(x) plot(x, y) 打在上方的大窗子內，然後按一次下方左手邊的【Submit】 。 【RWeb】會回應您

4

7.1.6 關於其他 用 R，您必須清楚甚麼是 1.

工作空間

2.

套件

3.

資料框

4.

命名

所以我把相關的議題節錄下來，但這裡並沒有節錄答案。打開您的 R，點選【輔助】 、 【關於 R 的 FAQ】開始找答案。 或者是，記得以下的節錄內容，當您遇上無法解決問題的時候，才開啟您的【關於 R 的 FAQ】。 





關於【工作空間】 

How can I save my workspace?



How can I clean up my workspace?

關於【套件】 

What is the difference between package and library?



I installed a package but the functions are not there

關於【資料框】  



How can I sort the rows of a data frame?

Why is read.table() so inefficient?

關於【取名字】  

What are valid names?

How do file names work in Windows?

5

7.2 R for Windows FAQ 這是針對 Windows 版本的 FAQ。

7.2.1 入口

7.2.2 重要議題 以下是我認為重要的部份議題： 







關於【Windows】 

I hear about some nifty features: please tell me about them!



Circles appear as ovals on screen.



How do I move focus to a graphics window or the console?



What does TAB completion do?

關於【工作空間】 

My workspace gets saved in a strange place: how do I stop this?



How do I store my workspace in a different place?



How can I keep workspaces for different projects in different directories?



What are HOME and working directories?

關於【套件】 

Can I install packages into libraries in this version?



I don't have permission to write to the R-2.11.0\library directory.



The packages I installed do not appear in the HTML help system.



My functions are not found by the HTML help search system.



Loading a package fails.



Package TclTk does not work.



Hyperlinks in HTML sometimes do not work.



update.packages() fails.



How do I add to the list of repositories?



Help is not shown for some of the packages



How do I get static HTML pages?

關於【64-bit】 

Can I use R on 64-bit Windows?



Should I run 32-bit or 64-bit R?



Can both 32- and 64-bit R be installed on the same machine?

6

7.3 手冊 R 提供了 7 本 PDF 格式的使用手冊。對初學者而言，我會建議您經常性的閱讀 

An Introduction to R



R Data Import/Export



R Language Definition

7.3.1 An Introduction to R 這一本您一定要讀。挑戰它！

這一本手冊的作者是

主要內容： 



介紹統計物件 

數字



向量



因子



列舉



矩陣



資料框

讀取數據 7



機率分配



程式控制元件



寫自己的函式



統計模型



基本繪圖原件

7.3.2 R: A Language and Environment for Statistical Computing 這一本是一本字典，有問題請常翻字典。

主要內容，談這幾個套件 

base



datasets



grDevices



graphics



grid



methods



stats



tools



utils

內各個函式或是數據集的使用說明。

7.3.3 R Data Import/Export 有數據才有 R。學習輸入與輸出數據應該是學習 R 的的一件事。

8

作者

主要內容，談讀取各種格式的數據 







文字檔 

TXT



CSV

其他統計軟體的格式 

EpiInfo



Minitab



S-PLUS



SAS



SPSS



Stata



Systat



Octave

資料庫格式 

SQL



dBase

低階檔案格式 

Socket



DCOM



CORBA



放在網際網路的文字檔



EXCEL 檔案



直接存取檔案內容

9

7.3.4 R Language Definition 當您發現新創意，需要計算、計算，幫助了解創意的表現。絕大部分的統計學家會自己寫程式，模擬、模擬。這時 候，這一本書就是您要看的一本手冊。

手冊的作者

這是關於程式設計的參考手冊，主要內容，談 

物件



式子



函式



物件導向



語言原件的計算



與其他程式語言之間的聯繫



處理特殊情況



除錯



語法分析器

7.3.5 Writing R Extensions 創意是需要包裝的！如果您要發表創意，除了寫文章，把您的程式碼上 R 的 CRAN 讓全球使用者試用，其 實是試煉創意的好點子！

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手冊的作者

主要內容 

產生 R 套件



撰寫 R 文件



為 R 程式碼寫基本資料



除錯



與其他程式語言的溝通介面



R API



基礎函式與方法



與使用者介面之間的聯繫

7.3.6 R Installation and Administration 安裝程式或許沒有那麼難！但有時候，就是跟別人的 R 不一樣，或是部份功能找不到，或是沒功能，或是 怪怪的！安裝後，再找時間回來看這一本手冊是提升功力的良方。

11

作者是

主要內容 

取得最新的 R 安裝程式



在 Windows 下安裝 R



執行 R



新增套件



國際化與區域化設定



32-bit 還是 64-bit？



Rmath 套件



Windows 工具組

7.4 R 函式(文字檔案)…

7.4.1 打入【normal】

哪麼 help(normal) 會得到甚麼？

一樣的結果。這表示現在本機的 R 體系沒有一個叫做【normal】的函式。R 建議您，繼續嘗試 ??normal 關鍵字查詢。如果您嫌 help 這個字太長，不容易記起來，可以用 ?normal help 的快速鍵是問號【?】。

12

7.4.2 打入【norm】 用 help(norm) ?norm 會得到

這是一份標準的 R 函式使用說明。請繼續看以下的分析。

7.4.3 分析 R Documentation 結構 

第一行：



標題：



功能描述：



用法：



輸入變數：



細節：



輸出數值：



參考文獻：

13



建議閱讀：



例子：



最後一行：

如果一開始無法從標題決定是不是我要的函式，通常我會先看【例子】 。用【剪貼】的方式傳給 R 主控台，看看 R 回應甚麼給我，藉以得知該函式是不是我要的。請看【norm】這個函式的第一個例子

7.5 Html 輔助

這個介面其實是整個輔助體系，讓您可以不用點選主控台【輔助】內的細項。如果您想一鍵一字地開啟這一個介面， 14

請用

help.start() 關於這個介面的搜尋引擎部分，請參考前一章。關於手冊的部分，請參考 7.3 節的論述。

7.5.1 About R

7.5.2 Authors

15

7.5.3 Resources

7.5.4 License

7.5.5 Frequently Asked Questions

16

7.5.6 Thanks 這只是部分名單：

7.5.7 NEWS

17

7.5.8 CHANGES

7.5.9 Windows FAQ

7.5.10 Packages

18

7.6 搜尋輔助… 這也是一份搜尋引擎，它只在【函式資料庫】找尋 Fuzzy 配對成功的函式。

7.6.1 打入【normal distribution】

7.7 search.r-project.org…

19

7.8 關於… 字串發生在哪(幾)個函式？

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7.9 demo() 【示範】是一項很重要的教學技巧。以下這一句對話讓您發現所有已安裝的示範程式，

首先會得到以下這一個【R Demos】視窗

為了要經驗示範程式，您要先載入套件，比如說

library(actuar) 載入後，比如說，您想看第一支，打入

demo(credibility)

上一個畫面表示，R 等您按下【Enter】 。 等 R 執行完畢後，用【PgUp】回到一開始 R 等待的位置，您就可以知道示範程式下了 哪一些命令加上這一些命令 的結果：

21

很可惜， 【R Demos】視窗並沒有提供任何搜尋機制，讓您可以快速找到想看的示範程式。以下是我建議的一種變通 方式： 1.

按下【Ctrl+A】全部選取【R Demos】視窗的內容。

2.

按下【Ctrl+C】把內容複製到剪貼簿。

3.

打開一個有搜尋工具的編輯器。比如說，MS WORD，或是記事本。

4.

我建議記事本，因為它跟著 Windows 一起來，不像 MS WORD 要另外買。

打開搜尋工具

22

把代表【目標】的字串打入最上面的對話框，然後透過一次又一次的【找下一個(F)】搜尋【示範程式】。

寫稿的那一刻，我安裝 R 套件有提供【示範程式】的有： ‘actuar’ ‘adehabitat’ ‘adimpro’ ‘AdMit’ ‘AER’ ‘amap’ ‘amei’ ‘anchors’ ‘animation’ ‘apTreeshape’ ‘AquaEnv’ ‘archetypes’ ‘automap’ ‘aws’ ‘BARD’ ‘BAS’ ‘base’ ‘bayesGARCH’ ‘BB’ ‘betareg’ ‘BiasedUrn’ ‘blockTools’ ‘BLR’ ‘Bmix’ ‘Bolstad2’ ‘bootStepAIC’ ‘bpca’ ‘BTSPAS’ ‘cairoDevice’ ‘candisc’ ‘catnet’ ‘CDNmoney’ ‘ChainLadder’ ‘clim.pact’ ‘clv’ ‘CoCo’ ‘CoCoCg’ ‘CoCoGraph’ ‘CollocInfer’ ‘compositions’ ‘condGEE’ ‘copula’ ‘CPE’ ‘dcemri’ ‘dcemriS4’ ‘ddesolve’ ‘deal’ ‘degreenet’ ‘desire’ ‘deSolve’ ‘diagram’ ‘DiceEval’ ‘distr’ ‘distrEx’ ‘distrMod’ ‘distrSim’ ‘distrTeach’ ‘distrTEst’ ‘drfit’ ‘dse’ ‘dti’ ‘dtw’ ‘dyn’ ‘dynamicGraph’ ‘ecolMod’ ‘EDR’ ‘eiPack’ ‘ElectroGraph’ ‘elliptic’ ‘epicalc’ ‘ergm’ ‘EvalEst’ ‘evd’ ‘evir’ ‘fda’ ‘FKBL’ ‘fmri’ ‘foreach’ ‘fptdApprox’ ‘gap’ ‘gbev’ ‘gbm’ ‘GenABEL’ ‘GEOmap’ ‘GGMselect’ ‘GillespieSSA’ ‘giRaph’ ‘glmc’ ‘gnm’ ‘gof’ ‘gRain’ ‘graphics’ ‘gRbase’ ‘gRc’ ‘gridBase’ ‘grnnR’ ‘gstat’ ‘gsubfn’ ‘haplo.stats’ ‘hash’ ‘hbim’ ‘hddplot’ ‘heplots’ ‘hergm’ ‘HH’ ‘HiddenMarkov’ ‘hsmm’ ‘hybridHclust’ ‘ICEinfer’ ‘iCluster’ ‘iid.test’ ‘intamap’ ‘intamapInteractive’ ‘interval’ ‘ismev’ ‘JudgeIt’ ‘kst’ ‘lattice’ ‘lda’ ‘LDheatmap’ ‘LearnBayes’ ‘LIM’ ‘limSolve’ ‘lokern’ ‘lsa’ ‘ltm’ ‘maanova’ ‘Matching’ ‘MatchIt’ ‘mclogit’ ‘MCMChybridGP’ ‘mcsm’ ‘mefa’ ‘memisc’ ‘minet’ ‘misc3d’ ‘mitools’ ‘MixSim’ ‘mmlcr’ ‘msProcess’ ‘mugnet’ ‘muRL’ ‘mvbutils’ ‘nsRFA’ ‘nws’ ‘oce’ ‘odesolve’ ‘OjaNP’ ‘optmatch’ ‘orloca’ ‘orloca.es’ ‘PairViz’ ‘PBSddesolve’ ‘PBSmapping’ ‘PBSmodelling’ ‘PCIT’ ‘pcse’ ‘Peaks’ ‘PET’ ‘phull’ ‘phyclust’ ‘PKfit’ ‘plan’ ‘plgp’ ‘plotrix’ ‘pmg’ ‘Pomic’ ‘popbio’ ‘portfolio’ ‘POT’ ‘PredictiveRegression’ ‘proto’ ‘PTAk’ ‘ptw’ ‘qAnalyst’ ‘qcc’ ‘qualV’ ‘quantmod’ ‘quantreg’ ‘R2Cuba’ ‘R2HTML’ ‘Ratings’ ‘ReacTran’ ‘registry’ ‘RFOC’ ‘rggobi’ ‘rgl’ ‘RGtk2’ ‘richards’ ‘RLadyBug’ ‘robustX’ ‘ROCR’ ‘rootSolve’ ‘rpanel’ ‘RPMG’ ‘RQuantLib’ ‘RSEIS’ ‘RTOMO’ ‘rv’ ‘Rwave’ ‘rwt’ ‘RXshrink’ ‘Ryacas’ ‘s20x’ ‘saws’ ‘scaRabee’ ‘ScottKnott’ ‘sculpt3d’ ‘seewave’ ‘shape’ ‘shapes’ ‘simecol’ ‘simone’ ‘smatr’ ‘SoDA’ ‘sp’ ‘spam’ ‘SparseM’ ‘spatstat’ ‘spcosa’ ‘splus2R’ ‘spsurvey’ ‘sqldf’ ‘sspir’ ‘STAR’ ‘stats’ ‘stepwise’ ‘stoichcalc’ ‘strucchange’ ‘sugaR’ ‘surveillance’ ‘tcltk’ ‘termstrc’ ‘tgp’ ‘tmvtnorm’ ‘TraMineR’ ‘tsfa’ ‘udunits’ ‘untb’ ‘USPS’ ‘vcd’ ‘vcdExtra’ ‘VGAM’ ‘VhayuR’ ‘waved’ ‘webvis’ ‘WhatIf’ ‘YourCast’ ‘Zelig’ ‘zoeppritz’ ‘zoo’

23

7.10 R Example Graph Library

設計這一個網頁的善心人士，真的非常想給他拍拍手。請看示範：

畫面左邊是套件名稱，右邊是該套件的簡要描述。我繼續點選【ade4】

24

我瀏覽的時候找不到對應的程式碼，所以我用畫面給我的關鍵字試圖從 R 的輔助系統找到畫出上面那一個小圖的程 式碼。請看我的努力：

您會看到這一份使用說明

找到例子段落

接著用剪貼的方式傳給 R，您會看到那個在網頁上發現的圖

25

7.11 CRAN Task View 主題網頁讓您很容易地針對某主題瀏覽既存的套件，更棒的是除了列舉套件名稱外，還有簡要的說明。它的網路位 置：

http://cran.csie.ntu.edu.tw/web/views/

請看其中一個例子，ExperimentalDesign，跟實驗設計有關的套件

上一段是說明，跟實驗設計有關的套件有 26

更棒的是它有一份參考文獻，讓您知道實驗設計最重要的文獻在哪裡？

7.12 R 書庫 最後讓我為您介紹 R 的書庫，加上它的搜尋機制：

27

這是一張總表。

7.12.1 Abstract

7.12.2 BibTex

7.12.3 URL

28

7.12.4 搜尋您想要的書

例子：

7.13 建議閱讀

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