Agronews n°4 - Réunion

Nouvelles de la recherche agronomique au Cirad

Page 2 » infos • Michel Sinoir : « La recherche, une des clés pour l’avenir de l’agriculture ».Page 4 » recherche • Station d’épuration : utiliser les eaux épurées pour irriguer les champs. Page 6 » valorisation • NTIC : Margouill@, les données agricoles en un clic ! Page 10 » région Océan Indien • Pour une agriculture durable et une biodiversité préservée.

n° 4 - 05

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2011

Maladies émergentes chez les plantes Les plantes sont constamment menacées par de nouvelles maladies. Que sait-on de ces maladies émergentes ? PAGE 7

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édition Réunion Océan Indien

Gilles Mandret Directeur régional du Cirad pour l’île de la Réunion et Mayotte

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Michel Sinoir

Recherches sur manguiers sur la station expérimentale du Cirad à Bassin-Plat.

ÉTAT / RÉGION RÉUNION / CIRAD

© DAAF

Directeur de la DAAF

« La recherche, une des clés pour l’avenir de l’agriculture » Les services de l’Etat se sont réorganisés à la Réunion au 1er janvier 2011 et la Direction de l’alimentation, de l’agriculture et de la forêt (DAAF) a été créée. Pourquoi ?

La DAAF résulte de la fusion de la direction des services vétérinaires (DSV) et de la direction de l’agriculture et de la forêt (DAF). La création de la DAAF permet de rassembler à la Réunion l’ensemble des missions du ministère de l’agriculture, de l’alimentation, de la pêche, de la ruralité et de l’aménagement du territoire, à l’exception de la pêche.

Photo de UNE : © C. Vernière, Cirad

Quelle est l’ambition de la toute nouvelle DAAF ?

La DAAF répond à trois ambitions : - Appliquer une politique alimentaire dynamique et rigoureuse par le développement et le contrôle d’une offre alimentaire sûre, diversifiée et durable, la surveillance des maladies émergentes et la prévention des crises d’approvisionnement ; - Favoriser le développement de la production locale grâce aux financements de la politique agricole commune (PAC) spécifiques aux régions ultrapériphériques, en favorisant en particulier la création et la modernisation des outils de transformation permettant de conserver la valeur ajoutée sur place ; - Contribuer à une agriculture durable et protéger son foncier grâce à une augmentation de la productivité écologiquement responsable et au développement d’une politique territoriale intégrée (récupération de friches, aménagements

Plus d’infos sur : Recherche : http://reunion-mayotte.cirad.fr/recherche_en_ partenariat/dispositifs_de_recherche ; Formation doctorale : http://reunion-mayotte.cirad.fr/enseignement_formation/formation_ doctorale ; Produits : http://reunion-mayotte.cirad.fr/services_expertises/ produits ; Publications : http://reunion-mayotte.cirad.fr/publications_ ressources/publications_scientifiques ; Édition : http://reunion-mayotte. cirad.fr/publications_ressources/edition fonciers, irrigation), et veiller à l’élaboration de stratégies territoriales et de documents d’aménagement et d’urbanisme respectueux de l’activité agricole et de son environnement.

Comment la DAAF s’appuie sur la recherche agronomique pour répondre à ces ambitions ?

La force de la recherche agronomique est l’une des clés de l’avenir de l’agriculture et de ses filières à la Réunion. Il y en a d’autres : la formation des hommes, le maintien d’un foncier suffisant, une prise en compte de l’environnement toujours plus attentive,

le partenariat entre l’Etat et les collectivités. La DAAF représente l’Etat au sein du comité tripartite Etat / Région / Cirad.

L’implication locale de l’établissement scientifique est remarquable. Le fonctionnement contractualisé par programme est efficace, car il permet l’évaluation chemin faisant des résultats des crédits qui sont inscrits dans le cadre de la Politique Agricole Commune. Sous l’autorité du préfet, la DAAF apporte aussi son soutien au Cirad en matière de coopération scientifique et technique dans la zone Océan Indien, qu’il nous faut absolument développer au cours des prochaines années.

Plus d’infos sur : http://www.daaf974.agriculture.gouv.fr/

LE SAVIEZ-VOUS

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La recherche agronomique dans les Dom

© R. Carayol Région Réunion

édito

Ces nouveaux projets s’inscrivent dans douze grands programmes de recherche, menés au sein de trois dispositifs de recherche en partenariat.

Ces dispositifs d’animation se construisent actuellement, avec nos partenaires locaux, régionaux et internationaux, autour des problématiques de gestion des risques sanitaires, de qualité des productions agricoles et agroalimentaires, de développement durable.

Ils s’adosseront, à l’avenir, à des clusters en biotechnologies et en agroalimentaire, afin de démultiplier les innovations et appuyer le développement économique tout autant que l’amélioration du cadre de vie dans nos îles.

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Si 2010 a marqué la fin d’une période de trois années de recherche, dans le cadre de l’accord signé pour 2008-2013 entre l’Etat, la Région Réunion et le Cirad, 2011 en marque le début d’une nouvelle. De nouveaux projets démarrent (voir ci-contre), tandis que les programmes de coopération régionale dans le domaine de la qualité des aliments (Qualireg), de la santé animale (AnimalRisk), de la santé végétale et de la biodiversité (e-PRPV) portent leurs fruits dans l’océan Indien (voir p. 10).

LA PAROLE À

© R. Carayol, Région Réunion

infos

En 2009, le Cirad lançait le journal AGROnews pour vous informer sur la recherche agronomique à la Réunion et la coopération régionale dans l’océan Indien et au-delà. Fin 2010, un nouveau site web voyait le jour http://reunion-mayotte.cirad. fr/ pour vous faciliter l’accès régulier à nos résultats. En 2011, le Cirad célèbre l’année des outre-mer à travers un agenda varié, portant à la connaissance du public les principales activités et résultats des recherches menées avec les partenaires réunionnais (voir p.3).

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Le Cirad vous informe

Le Cirad est présent à la Réunion, aux Antilles et en Guyane. Dans les Dom, la recherche agronomique contribue au développement endogène par l’appui aux filières agricoles, l’innovation avec des produits plus compétitifs, la production de connaissances pour valoriser la richesse des ressources naturelles locales, et le développement de systèmes de production durables. L’île de la Réunion accueille le plus important dispositif du Cirad. Les programmes de recherche y sont définis en concertation avec l’Etat, le Conseil régional de la Réunion, les représentants du monde agricole et de l’environnement. Chaque année, les résultats des recherches leur sont présentés. Et de nouvelles questions pour la recherche sont alors posées, en fonction des nouveaux problèmes rencontrés.

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ANNÉE DES OUTRE-MER

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La Réunion, force de recherche agronomique et d’innovation

les brèves • les brèves

Plus d’infos sur : http://reunionmayotte.cirad.fr/actualites/ maladies_emergentes

© R. Carayol, Région Réunion

Plus d’infos sur : http://reunionmayotte.cirad.fr/actualites/site_ web_cirad_reunion_mayotte

Scientifiques des Antilles, de Mayotte et de la Réunion dans un laboratoire de la plate-forme de protection des plantes.

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a Réunion dispose d’une force de recherche et d’innovation unique dans un contexte européen totalement original : une île tropicale aux paysages agricoles et naturels préservés.

Une force de recherche particulièrement importante avec le Cirad et l’Université dans les domaines de l’agriculture, de l’alimentation, de l’environnement et de la biodiversité. A ce titre, elle fait partie du laboratoire d’excellence en agronomie et développement durable (Agro) récemment labellisé par le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche. L’année des outremer lancée en France en 2011 est l’occasion de mettre en valeur ces atouts. Le Cirad propose donc à l’agenda de l’année différents

événements pour mieux faire connaître ses travaux de recherche et leurs résultats.

Parmi les événements phares :

Plus d’infos sur : http://reunionmayotte.cirad.fr/actualites/ bonnes_pratiques_agricoles

. un forum régional sur la qualité des produits agroalimentaires dans l’océan Indien, les 11-13 avril,

. un séminaire d’information professionnelle sur la gestion agroécologique des mouches des légumes, les 10-13 octobre,

. une participation sur le thème des forêts

réunionnaises à la Fête de la Science, les 1420 novembre,

Plus d’infos sur : http://reunionmayotte.cirad.fr/actualites/vanille

. une exposition « La Nature comme

Plus d’infos sur : http://www.cirad. fr/actualites/toutes-les-actualites/ articles/2011/evenements/lecirad-au-sia-2011 et http://www.plantnet-project.org/

modèle » et une table ronde régionale sur l’intensification écologique de l’agriculture, pour clôturer en beauté l’année des outre-mer.

Retrouvez tous les événements sur : http://reunion-mayotte.cirad.fr/actualites/annee_des_outre_mer

FAO & BANQUE MONDIALE

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Des partenariats stratégiques avec le Cirad Plus d’infos sur : http://reunionmayotte.cirad.fr/actualites/ modelisation_d_accompagnement

© FAO, Alessia Pierdomenico

Le Cirad et l’Organisation des Nations Unies de développement durable. Le Cirad et pour l’alimentation et l’agriculture (FAO) ont ses partenaires à Madagascar sont fortement signé en février 2011 un accord de coopération impliqués. Autour de ces questions de sécurité pour mettre en œuvre un alimentaire et de développement « Observatoire des agricultures agricole et rural, le Cirad du monde » (OAM). Cette pourrait aussi désormais initiative doit permettre des compter parmi les partenaires analyses comparatives des majeurs de la Banque mondiale, différents types d’agriculture, puisqu’une coopération Le Cirad et la FAO ont signé un accord de leurs dynamiques et fut discutée en septembre 2010 de coopération pour l’Observatoire de leurs impacts en termes à Washington. des agricultures du monde.

Plus d’infos sur : http://www.cirad.fr/actualites/toutes-les-actualites/articles/2011/institutionnel/observatoire-desagricultures-du-monde-oam-le-cirad-et-la-fao-partenaires et http://www.cirad.fr/actualites/toutes-les-actualites/articles/2010/institutionnel/banque-mondiale-cirad

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Plus d’infos sur : http://reunionmayotte.cirad.fr/actualites/fete_ de_la_science_2010

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A l’origine du genre Vanilla

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e genre Vanilla serait né il y a 34 millions d’années en Amérique du Sud, lorsque les continents étaient déjà différenciés et non avant, comme il était communément admis. C’est ce qu’a montré une équipe de chercheurs de l’Université de la Réunion et du Cirad. La distribution des 110 espèces de vanilliers - 52 espèces en Amérique du Sud, 31 en Asie du Sud-Est et Nouvelle-Guinée

et 14 en Afrique, 10 dans l’océan Indien et 3 dans les îles Pacifiques – s’expliquerait par au moins trois grands événements de migration transocéaniques, d’où seraient nés les trois principaux groupes de vanilliers : américains, africains, puis asiatiques. Les premiers vanilliers auraient ainsi été dispersés sur ces continents via des chauvessouris, des oiseaux migrateurs, mais aussi à travers les océans…

© M. Grisoni, Cirad

recherche

VANILLE

L’espèce cultivée V. planifolia serait apparue il y a environ 5 millions d’années.

Plus d’infos sur : http://reunion-mayotte.cirad.fr/actualites/origine_du_genre_vanilla Contacts : pascale.besse@univ-reunion.fr et michel.grisoni@cirad.fr

FORÊT

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Un laser pour cartographier la forêt mahoraise

© J-M. Sarrailh, Cirad

La carte de la forêt mahoraise va aider la mise en place d’un plan de gestion des réserves naturelles.

Plus d’infos sur : http://www.cirad.fr/actualites/toutes-les-actualites/articles/2010/science/cartographier-la-foret-mahoraise et contact : gerard.laine@cirad.fr

ENVIRONNEMENT

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Concevoir des systèmes d’élevage plus respectueux de l’environnement : c’est la finalité poursuivie par l’évaluation environnementale d’environ 200 exploitations animales à la Réunion. Cette étude, menée par le Cirad en collaboration avec la Fédération régionale des coopératives agricoles de la Réunion (FRCA), a concerné des élevages bovins (lait et viande), porcins, avicoles, cunicoles et caprins.

Les exploitations ont été évaluées en termes de consommation énergétique et d’émission de gaz à effets de serre. Cette évaluation a permis de hiérarchiser les postes de consommations et d’émissions sur l’exploitation, comme l’alimentation des animaux, et ainsi de préconiser des voies d’amélioration, par exemple : l’automatisation et la standardisation des

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© V. Van de Kerchove, Chambre d’agriculture

Des exploitations d’élevage plus respectueuses de l’environnement

Dans une démarche de développement durable les filières animales réunionnaises évaluent leur impact environnemental.

productions. Prochaine étape : intégrer les aspects sociaux-économiques à l’évaluation.

La filière volaille est la première filière à la Réunion à se lancer dans cette évaluation globale.

Contact : jonathan.vayssieres@cirad.fr, alexandre.thevenot@cirad.fr

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STATION D’ÉPURATION

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© S. Della Mussia, Cirad

© Cirad

Utiliser les eaux épurées pour irriguer les champs

UN HOMME, UN MÉTIER

Plus d’infos sur : http://reunion-mayotte.cirad.fr/emplois_et_ stages/nos_metiers/chercheur/agronome

Maquette de la future station d’épuration du Grand Prado.

en conditions maîtrisées au laboratoire et en serre, avec le type de sol et une eau fournie par la Créole, puis en conditions réelles en champ de canne à sucre. Il s’agit de vérifier dans quelle mesure les éléments potentiellement polluants des eaux épurées ou déjà présents dans les sols s’accumulent dans le sol ou la plante, ou encore migrent vers le sous-sol. Le pouvoir fertilisant des eaux épurées sera également déterminé et un outil pratique de gestion de la « fertigation » sera proposé pour apporter les doses nécessaires d’eau fertilisante, en minimisant les risques pour l’environnement.

Vérifier dans quelle mesure les éléments potentiellement polluants s’accumulent dans le sol ou la plante, ou encore migrent vers le sous-sol.

Frédéric Feder, chercheur en science du sol et géochimie

© Cirad

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st-ce que les eaux épurées sortant de la future station d’épuration de Saint-Denis et Sainte-Marie, actuellement en construction sur le site du Grand Prado, pourront servir à irriguer et fertiliser les champs de canne environnants ? C’est à cette question que devront répondre les essais menés sur 3 ans par le Cirad, à la demande de la Cinor, et en partenariat avec la Créole.

Objectif : mesurer l’impact d’une irrigation de ces eaux épurées sur la qualité des sols, de l’eau du sous-sol et de la canne à sucre. Les essais sont d’abord menés

Plus d’infos sur : http://reunion-mayotte.cirad.fr/actualites/eaux_epurees_et_irrigation

RÉSIDUS ORGANIQUES

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Valoriser les résidus organiques sur le territoire de la côte ouest

Comment satisfaire la demande en fertilisants organiques en recyclant les déchets verts, les lisiers, fumiers et autres résidus organiques produits par les exploitations agricoles ou les communes du Territoire de la Côte Ouest ? La réponse sera co-construite par les différents acteurs du territoire : agriculteurs, éleveurs, consommateurs, transformateurs et gestionnaires, durant le projet Girovar. Des scénarios de gestion intégrée pour

une fertilisation organique écologique et rentable seront ainsi évalués et détaillés en vue de leur mise œuvre. Ce projet de 3 ans s’appuie sur un large partenariat : la Chambre d’Agriculture pour la définition de la demande en terme de préférence des agriculteurs et de besoins agronomiques ; la FRCA pour l’état des lieux des ressources et des techniques de transformation existantes ; le Cirad pour son expertise sur l’ensemble des actions et en particulier sur la construction participative de scénarios ; le Territoire de la Côte Ouest pour l’évaluation de ces scénarios d’un point de vue économique, agronomique, social et environnemental ; et enfin, le lycée agricole de St Paul pour la sensibilisation et les suivis agronomiques. Toutes ces actions sont menées en collaboration avec la Société Industrielle des Engrais de la Réunion et la Créole.

Plus d’infos sur : http://reunion-mayotte.cirad.fr/actualites/residus_organiques

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Plus d’infos sur : http://reunion-mayotte.cirad.fr/emplois_et_ stages/nos_metiers/chercheur/geochimiste

HISTOIRES DE MOTS Matière organique matière produite par des êtres vivants.

Résidu organique matière organique issue d’une activité humaine ou animale, comme des effluents d’élevage (lisier, fumier), des déchets verts ou des boues de station d’épuration,...

Cette matière biodégradable peut être recyclée, compostée ou fournir du biogaz, etc.

Apportée au sol, elle est susceptible d’en améliorer la fertilité.

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© Tereos

Margouill@, les données agricoles en un clic !

LA PAROLE À

Illustration : M. Rousse. © Cirad

valorisation

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NTIC

Météo, cartes, simulation de la croissance de la canne à sucre, analyses de sols sont en ligne sur Margouill@.

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our les filières agricoles à la Réunion, c’est une petite révolution technologique. Margouill@ offre aujourd’hui accès à des données agricoles jusque-là uniquement disponibles dans les laboratoires. Il s’agit de quatre outils issus des travaux de recherche du Cirad, désormais en ligne sur http://www.margouilla. net/: systèmes d’aide à la fertilisation des cultures, de simulation de la croissance de la canne à sucre et de prévision de récolte ; données météo et cartes élaborées à partir de données satellitaires (parcellaire et suivi de récolte de canne, etc.). « Margouill@ est une plate-forme internet destinée aux filières

agro-industrielles. Elle est accessible sur mot de passe », précise Jean-Baptiste Laurent, informaticien au sein de l’équipe du Cirad ayant élaboré l’outil. « Des séances d’information et de formation à son utilisation sont prévues tout au long de l’année pour familiariser les techniciens de filière à son utilisation ». « Ces derniers peuvent par exemple accéder directement en ligne aux résultats de l’analyse de sol qu’ils ont commandées pour un agriculteur et télécharger un conseil personnalisé pour fertiliser le sol en fonction de la culture (pour l’instant la canne) », explique Patrick Légier, responsable du laboratoire d’analyses agronomiques du Cirad.

Margouill@ est une plate-forme internet destinée aux filières agroindustrielles .

Plus d’infos sur : http://reunion-mayotte.cirad.fr/actualites/margouilla et http://www.margouilla.net/

LE SAVIEZ-VOUS

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Photo du bas : © R. Carayol, Région Réunion

La canne observée par satellite Des satellites pour veiller sur nos champs de canne et fournir des images utilisables pour piloter la campagne sucrière, la filière canne y pensait, les scientifiques du Cirad l’ont fait. Ces images satellitaires d’une résolution de 2,5 à 20 mètres, une fois traitées, permettent de créer et mettre à jour le parcellaire, suivre la coupe, le labour, la replantation ou encore mettre en évidence une hétérogénéité du bassin cannier.

Elles aident aussi les prévisions de rendement.

Les cartes sont désormais régulièrement mises à jour sur : http://www.margouilla.net/carto

Analyses agronomiques : un service pour les agriculteurs Des analyses de sol, plante, amendement organique, eau et solutions sont réalisées au laboratoire d’analyses agronomiques du Cirad, à la station de la Bretagne (Saint-Denis).

Ce service est ouvert aux techniciens de filières et aux agriculteurs. Les résultats de l’analyse commandée, accompagnés d’un conseil personnalisé, sont désormais directement téléchargeables sur Margouill@.

A vos souris !

Plus d’infos et tarifs sur : http://reunion-mayotte. cirad.fr/services_expertises/ services/analyses_agronomiques

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Prévenir ou guérir ?

chez les plantes

Comment lutter contre les maladies émergentes chez les plantes ?

Les étudier pour mieux les comprendre est la première étape avant de proposer des solutions préventives, répondent les chercheurs dans ce dossier, qui présentent les principaux résultats de leurs travaux.

© C. Vernière, Cirad

dossier «

Agents pathogènes

Maladies émergentes

La bactérie Xanthomonas citri pv. citri. provoque le chancre des agrumes, maladie originaire d’Asie, présente à la Réunion depuis les années 60/70, aujourd’hui émergente en Afrique de l’Ouest et de l’Est.

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es plantes sont menacées par des maladies engendrées par des micro-organismes : virus, bactéries ou encore champignons.

Ces maladies causent d’importantes pertes de rendement, sur les cultures vivrières, fruitières, légumières et ornementales, en particulier dans les zones tropicale et tempérée chaude.

Ce sont parfois des récoltes, voire des filières tout entières, qui sont anéanties. Et de nouvelles maladies

émergent régulièrement, à cause de rassemblant 151 scientifiques à mutations des agents pathogènes, Saint-Denis de la Réunion en juin ou encore de leur adap2010, a dressé le bilan tation à de nouveaux Les scientifiques des dernières connaisenvironnements. Les cherchent à réduire sances sur les bactéries produits phytosani- les risques d’infection phytopathogènes. taires étant inefficaces des plantes cultivées Ce dossier vous offre contre les bactéries et par des bactéries un bref aperçu des réles virus, les chercheurs sultats de recherche ou virus. étudient le génome de qui ont été présentés ces agents et des plantes cultivées par le Cirad durant la conférence, pour trouver des moyens de réduire sans oublier de citer les virus qui les risques d’infection. font également l’objet de nombreux Une conférence internationale, travaux.

Plus d’infos sur : http://reunion-mayotte.cirad.fr/actualites/icppb_2010

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L’Inra, le Cirad et le laboratoire de la santé des végétaux (Anses) développent à la Réunion une puce à ADN pour détecter plusieurs bactéries pathogènes de cultures.

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alstonia solanacearum est une bactérie capable d’infecter plus de 250 espèces végétales en zone tropicale, subtropicale et tempérée chaude. Présente sur tous les continents, elle s’attaque à des cultures d’importance mondiale, comme la

pomme de terre, la banane, le tabac, le manioc, l’arachide, la tomate ou encore l’aubergine.

Des chercheurs du Cirad et de l’Inra, basés à la Réunion, en partenariat avec le Génoscope d’Evry, ont séquencé et annoté cinq génomes complets de cette bactérie, correspondant à ses quatre grandes lignées

ÉVOLUTION

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Mieux prédire les maladies émergentes : du mildiou à la peste…

Si l’apparition du mildiou de la pomme de terre au 19e siècle est sans doute le cas le plus célèbre d’émergence en santé végétale, c’est durant la seconde moitié du 20e siècle que le nombre de maladies s’est accru, avec l’internationalisation des échanges et l’évolution des pratiques agricoles. Les études sur ces maladies, que ce soit chez les plantes, les hommes ou les animaux, visent à mieux comprendre les mécanismes de leur émergence pour mieux les prédire. Récemment, l’histoire évolutive de la peste, retracée grâce aux outils génétiques, a permis de mettre à jour les routes et modes de transmission de l’agent infectieux.

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Plus d’infos sur : http://www.cirad.fr/actualites/toutes-les-actualites/ articles/2010/science/l-histoire-evolutive-de-la-peste

phylogéniques mondiales (asiatique, américaine, africaine, indonésienne) et représentant ainsi une grande part de sa diversité génétique. Ils ont découvert des structures jusque-là inconnues chez cette bactérie : un opéron impliqué dans la synthèse d’une toxine empêchant la division cellulaire et deux plasmides, dont l’un pourrait jouer un rôle important sur le pouvoir pathogène de la bactérie. Ces résultats sont publiés et les séquences sont ouvertes à la communauté scientifique sur le site internet du Génoscope.

Les chercheurs se consacrent désormais au développement d’une puce à ADN pour proposer un test de diagnostic sensible et universel de cette bactérie, mais aussi d’autres bactéries pathogènes de grandes cultures (pomme de terre, tomate, bananier).

Contact : philippe.prior@cirad.fr

HISTOIRES DE MOTS Génome ensemble du matériel génétique d’un individu ou d’une espèce.

Opéron groupe de gènes régulés ensemble.

Plasmide

molécule d’ADN circulaire chez la bactérie, capable de se répliquer de manière autonome et de se transmettre à d’autres bactéries.

Puce à ADN lame de verre sur laquelle sont fixées plusieurs dizaines de milliers de fragments d’ADN pouvant s’hybrider avec des fragments complémentaires.

LA PAROLE À

Olivier Pruvost et Philippe Prior Bactériologistes (Cirad/Inra) à la Réunion *

Photos : © Cirad

Le génome de la bactérie Ralstonia solanacearum décrypté

© R.Carayol /Région

dossier

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Prévenir ou guérir ?

DES BACTÉRIES ET DES GÈNES

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Agents pathogènes

Agents pathogènes

« Des progrès fulgurants en séquençage de génome » Votre équipe a organisé l’an passé un congrès international sur les bactéries pathogènes des plantes. Quel bilan dressez-vous du congrès ?

Très positif. C’était un véritable challenge de faire venir à la Réunion nos collègues scientifiques de 43 pays différents, en particulier des Etats-Unis, mais aussi et surtout de pays vivant sous le seuil de pauvreté.

Cette réussite est due en grande partie aux soutiens que nous avons reçus**. D’un point de vue humain autant que scientifique, le congrès a été très enrichissant. Les avancées, qui nous ont été présentées, dans le domaine de la génomique des bactéries, mais aussi de la prévision du risque d’émergence des maladies bactériennes sont remarquables. Certains génomes de bactéries ont été entièrement séquencés, assemblés et annotés, comme celui de Pantoea ananatis par une équipe sud-africaine***: c’est la première bactérie phytopathogène africaine séquencée et une première publication mondiale pour le genre Pantoea. Les progrès en matière de séquençage de génome sont fulgurants ces dernières années et l’exploitation des données qui en découlent s’améliore. Ces résultats s’appliquent désormais en épidémiologie, en écologie, en matière d’interaction plante-bactérie et de lutte.

Ils permettent de répondre à des questions scientifiques fondamentales.

Sur quels sujets travaillez-vous ?

Notre équipe s’intéresse aux facteurs et mécanismes impliqués dans l’émergence des bactéries et virus phytopathogènes. Nous analysons l’évolution de leurs génomes et des dynamiques épidémiologiques des maladies qu’ils provoquent sur les plantes. Nous travaillons essentiellement sur trois modèles de pathogènes : deux modèles bactériens : Ralstonia solanacearum et Xanthomonas citri et un modèle viral : les bégomovirus transmis par un insecte vecteur (Bemisia tabaci), c’est la principale famille de virus émergents dans la région du sud-ouest de l’océan Indien.

Quelles collaborations scientifiques envisagez-vous à l’avenir ?

A la suite du congrès ICPPB, des scientifiques français et américains ont prolongé leur séjour au sein de notre équipe pour achever la mise au point de méthodes innovantes de diagnostic moléculaire. Nous envisageons de renforcer nos liens avec les équipes de recherche sud-africaines et indiennes, sur l’annotation de génome d’une part, et le chancre citrique d’autre part. * UMR PVBMT, plate-forme de protection des plantes. ** Cirad, Inra, Université de la Réunion, Europe, Etat, Conseil régional, Conseil général. *** Forestry and Agricultural Biotechnology Institute, Université de Pretoria.

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Prévenir ou guérir ? La prévention, à travers le diagnostic

et la diffusion de variétés adaptées, reste l’un des meilleurs moyens de lutte contre les agents pathogènes des plantes.

Les semences d’oignon peuvent être porteuses d’une bactérie provoquant un dépérissement.

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De la maladie à l’épidémie

a bactérie Xanthomonas axonopodis pv. allii provoque chez les alliacées, comme l’oignon (ou encore l’ail, le poireau, la ciboulette et l’échalotte), des lésions sur les tissus aériens de la plante qui se met à dépérir. Les bulbes s’amoindrissent, ce qui entraîne des pertes de rendement allant de 10 à 50 %. Un test de détection de la bactérie dans les semences a été élaboré et vient d’être publié. « Ce test est capable de détecter toutes les souches de la bactérie de manière plus sensible (seuil de 1 semence sur 30 000) que les méthodes classiques », explique Isabelle Robène, phytopathologiste au Cirad à la Réunion. Il est désormais utilisable à la Réunion, et dans le monde, pour contrôler l’état sanitaire des semences importées et produites localement. Cette méthode est proposée comme méthode de référence européenne auprès de l’Organisation européenne de protection des plantes (OEPP) qui a inscrit la bactérie sur ses listes de quarantaine en 2009.

Dissémination à longue distance via les échanges commerciaux de semences

Dissémination à courte distance via la pluie, le vent etc.

Jusque 60 % de plants malades 4 graines infectées sur 10 000

2e année de culture Plantes relais et résidus de culture Illustration : F. Dolambi / L. Gagnevin © Cirad

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La bactérie du dépérissement de l’oignon détectable dans les semences

© R.Carayol - Région Réunion

DIAGNOSTIC

Plus d’infos sur : http://reunion-mayotte.cirad.fr/actualites/diagnostic_bacteriose_oignon Contact : isabelle.soustrade@cirad.fr

1ère année de culture

2 à 16 % de plants malades

Il suffit de 4 semences infectées d’oignon (sur 10 000) pour que plus de la moitié des plants d’oignon déclarent la maladie.

DES VIRUS ÉMERGENTS

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D’où viennent les redoutables capacités d’adaptation des bégomovirus ?

Des variétés adaptées © R.Carayol - Région Réunion

Maladie des feuilles jaunes en cuillère de la tomate.

© P. Lefeuvre, Cirad

. Haro sur les virus !

Plus d’infos sur : http://reunion-mayotte.cirad.fr/actualites/begomovirus et contact : pierre.lefeuvre@cirad.fr

© A. Franck, Cirad

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Un aleurode vecteur de virus

HLB ou greening des agrumes

C’est une petite mouche blanche, de seulement un millimètre et demi, qui transmet des virus émergents, comme les bégomovirus et les crinivirus, à de nombreuses cultures, dont la tomate, l’aubergine, le tabac, etc.

Cet aleurode, nommé Bemisia tabaci, est présent à la Réunion sous trois formes ou « types » génétiques : un type indigène des Mascareignes et deux exotiques, l’un arrivé fin des années 90 et l’autre détecté en 2010. Ce dernier, déjà répandu ailleurs dans le monde, transmet à la tomate deux sortes de virus, l’un provoquant la maladie des feuilles jaunes en cuillère et l’autre la chlorose.

Le Huanglongbing (HLB), appelé aussi greening, est une maladie des agrumes, due à une bactérie transmise par des insectes psyllidés. Cette maladie menace la production d’agrumes brésilienne et américaine. A la Réunion, c’est une méthode de lutte biologique, associée à la diffusion de plants indemnes de maladies, qui a sauvé la filière agrumes dans les années 80. Aujourd’hui, les recherches s’orientent vers une stratégie de lutte modifiant la capacité des psylles à transmettre la bactérie.

Plus d’infos sur : http://www.prpv.org/index.php /fr/actualites/alertes/une_nouvelle_espece_d_ aleurode_a_la_reunion

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Plus d’infos sur : http://www.cirad.fr/publications-ressources/science-pour-tous/rapportsannuels/rapport-annuel-le-cirad-en-2006/ anticiper/risques-phytosanitaires-emergentsle-huanglongbing-des-agrumes

Contacts : michel.roux-cuvelier@cirad.fr, michel. grisoni@cirad.fr et ignace.hoarau@armeflhor.fr Plus d’infos sur : http://reunion-mayotte.cirad.fr/ actualites/ail

. Aubergine, tu ne flétriras plus ! © R.Carayol - Région Réunion

LE SAVIEZ-VOUS

Des méthodes d’assainissement de variétés d’ail, de passiflore et de vanillier sont mises au point par le Cirad, pour promouvoir des filières de production de semences et de plants indemnes de maladies. Deux variétés d’ail - Ti Rouge, Vacoa - et une variété de passiflore - Galéas débarrassées de leurs virus, seront bientôt diffusées par la société Flhorys.

Les scientifiques du Cirad ont récemment mis à jour une source de résistance au flétrissement causé par la bactérie Ralstonia solanacearum dans le génome de l’aubergine. Cette découverte devrait permettre aux sélectionneurs de proposer, dans les prochaines années, une variété d’aubergine résistant à la maladie.

Contacts : jacques.dintinger@cirad.fr Plus d’infos sur : http://reunion-mayotte.cirad.fr/ actualites/soutenances_de_these

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région Coopération régionale dans l’O COOPéRATION AGRICOLE ET ENVIRONNEMENTALE

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Pour une agriculture durable et une biodiversité préservée dans l’océan Indien

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A la Réunion, les caméléons réapparaissent dans les cultures de chouchou, où des méthodes de gestion agroécologique ont été appliquées.

© C. Jacquard, Cirad

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romouvoir à la Réunion, aux Comores, à Madagascar, à Maurice, aux Seychelles et à Zanzibar (Tanzanie) des techniques agricoles écologiques, dites « agroécologiques », préservant l’environnement et la biodiversité, tout en optimisant les rendements : c’est l’objectif du projet «Agroécologie» lancé fin 2010 à l’île Maurice par la Commission de l’océan Indien (COI) et le Fonds international de développement agricole (FIDA). Ces techniques s’appuient sur la compréhension du fonctionnement des écosystèmes, pour minimiser l’utilisation d’intrants chimiques, d’eau et d’énergie fossile en agriculture. La Réunion participe à travers le projet e-PRPV (Élargissement et Pérennisation du Réseau de Protection des Végétaux), financé par le Programme Opérationnel de Coopération Territoriale (Fonds européen de développement régional, Etat français, Conseil régional de la Réunion, Conseil général de la Réunion, Cirad).

Le projet e-PRPV appuie l’action de la COI à travers un portail internet d’information, un outil web de mise en relation des acteurs agricoles, une base de données régionale sur les organismes nuisibles et utiles à l’agriculture, ainsi que différentes actions de terrain en protection agroécologique des cultures.

Plus d’infos sur : http://reunion-mayotte.cirad.fr/ actualites/cooperation_agricole_ocean_indien

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céan Indien

La tradition revisitée par l’innovation

VALORISATION DES PRODUITS DE L’OCÉAN INDIEN

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La faisabilité d’une indication géographique protégée pour la girofle de Tamatave est à l’étude avec le CTHT.

Promouvoir une charcuterie au goût « typiquement rodriguais », protéger le miel de Rodrigues des usurpations, valoriser la typicité du poivre sauvage et de la girofle de Tamatave (Madagascar)...

C’est la « stratégie terroir » proposée par les partenaires du réseau Qualireg. Ces derniers ont lancé plusieurs études pour identifier les moyens de valoriser et protéger certaines productions

Plus d’infos sur : http://reunion-mayotte.cirad.fr/actualites/valorisation_des_produits_agroalimentaires_dans_ l_ocean_indien et http://www.qualireg.org/developpement/accompagnement_des_entreprises/rodrigues_atelier_ de_charcuterie_communautaire Contact : vincent.porphyre@cirad.fr

Développer la qualité de produits alimentaires traditionnels africains en vue d’un meilleur accès au marché, voilà l’ambition du projet européen After, coordonné par le Cirad. Le projet mobilise des équipes interdisciplinaires de sept pays africains, dont Madagascar et l’Afrique du Sud, et de quatre pays européens, dont la France avec la participation de la Réunion. Objectif : acquérir des connaissances

© E. Arnaud, Cirad

© Centre Technique Horticole de Tamatave (CTHT)

Une stratégie « terroir » par territoire alimentaires de l’océan Indien en fonction de leur origine géographique. « Cette stratégie suppose une action collective capable d’identifier et de mobiliser les ressources et les compétences nécessaires à l’instauration ou la restauration d’un goût typique, lié à un terroir, et à sa rémunération sur des marchés de niche.

C’est une démarche de longue haleine », précise Vincent Porphyre du Cirad, coordinateur du réseau Qualireg. « Pour la charcuterie de Rodrigues, par exemple, il s’agit de comprendre et de valoriser un goût typiquement rodriguais résultant d’une combinaison unique de facteurs naturels (race de porc noir rustique, alimentation à base de fourrages naturels et végétaux cultivés,...) et humains (mode d’élevage et de transformation) », ajoute-t-il. Pour plus de garantie sur la qualité des produits, une étude de dimensionnement d’un atelier de charcuterie est également en cours en partenariat avec l’ESIROI-IDAI, la Commission de l’Agriculture et le syndicat des charcutiers de Rodrigues.

VIANDE SÉCHÉE AFRICAINE

Le biltong est une viande séchée d’Afrique du Sud.

sur les produits et les savoir-faire, puis revisiter les procédés afin d’obtenir des produits de meilleure qualité sanitaire, sensorielle et nutritionnelle.

Parmi les produits étudiés : les viandes séchées comme le Biltong sud-africain et le Kitoza malgache.

Plus d’infos sur : http://www.cirad.fr/actualites/toutes-lesactualites/articles/2010/science/produits-traditionnels-africains Contacts : samira.sarter@cirad.fr et elodie.arnaud@cirad.fr

les brèves • les brèves • les brèves • les brèves • les brèves • les brèves Contact : r_randriamanantsoa@yahoo.fr Plus d’infos sur : http://www.mnhn.fr/ museum/front/medias/publication/25459_ z10n1a2.pdf

© N. Rakotonelly

Plus d’infos sur : http://www.reseausegacoi.org/content/comit%C3%A9-depilotage-du-projet-rsie-coi

Contact : rakotonelly@yahoo.fr Plus d’infos sur : http://www.qualireg.org/ observatoire/recherche_oi/madagascar_ qualites_sanitaire_et_nutritionnelle_du_ cresson_et_autres_legumes_feuilles

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DIRECTRICE DE LA PUBLICATION : Anne Hébert - RÉDACTRICE EN CHEF : Sophie Della Mussia - COMITÉ ÉDITORIAL : Jean-Philippe Deguine, Frédéric Feder, Gilles Mandret, Vincent Porphyre - ONT COLLABORÉ À CE NUMÉRO : Tous les contacts et auteurs de photographies mentionnés dans le journal - Création graphique et maquette : Delphine Bonnet et Denis Delebecque - ADRESSE : Direction régionale de la Réunion. BP 20 - 97408 St Denis. Messagerie Cedex 9. Tél : +262 262 52 80 00 Fax +262 262 52 80 01 E-mail : dir-reg.reunion@cirad.fr - IMPRESSION : Graphica. Imprimé sur papier écologique. © A. Franck, Cirad

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http://reunion-mayotte.cirad.fr

Réponse : Cochenille du papayer La cochenille est un insecte ravageur émergent à la Réunion, capable de se développer sur de plus de 60 espèces végétales, comme le papayer, le manioc et l’aubergine. Les ennemis naturels de la cochenille, présents à la Réunion, sont peu efficaces contre elle. Dans sa zone d’origine, en Amérique Centrale, la cochenille est bien régulée par certains parasitoïdes. Ceux-ci ont été utilisés avec succès en lutte biologique sur l’île de Guam (Pacifique) et en République Dominicaine.

Plus d’infos sur : http://www.prpv.org/index.php/fr/especes_nuisibles_ou_envahissantes/fiches_maladies_et_ravageurs_par_ plante/cultures_fruitieres/la_cochenille_du_papayer/preconisations_contre_la_cochenille_du_papayer

Maladie ou ravageur émergent ?

DÉCOUVERTE