1.5.2 TAXONOMIE

Opmerking: Een wetenschappelijke naam wordt steeds in ‘italic’ geplaatst. De geslachtsnaam (eerste deel) begint met een hoofdletter en de soortnaam (tweede deel) begint met een kleine letter. Op basis van de biochemische eigenschappen wordt een bacterie toegekend aan een species. De naamgeving van virussen is anders t.o.v. eukaryote en prokaryote organismen. Virussen worden aangeduid met afkortingen en krijgen een code.

1.5.2 Taxonomie

Taxonomie is de wetenschap van de classificatie van organismen. Het is de leer van de biologische systematiek: hoe worden m.o. in groepen geördend? De indeling gebeurt meestal op basis van fylogenie (= evolutieve verwantschap).

Criteria waarop men zich baseert voor een classificatie kunnen verschillen: ─ op basis van gemakkelijk te herkennen eigenschappen (gramkleuring, vorm…). Deze eigenschappen zijn genetisch stabiel en zijn goede indicaties van fylogenetische verwantschap.

─ Op basis van een biochemisch classificatiesysteem. Men gaat na over welke enzymes een species beschikt. Een dergelijke fylogenetische indeling voor bacteriën is terug te vinden in ‘Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology’. Dit werk bestaat uit een 30-tal secties, waar de namen en de beschrijving van de micro-organismen en ook tabellen en schema’s ter identificatie aan bod komen. Dit referentiewerk wordt in het labo vooral gebruikt ter identificatie van een onbekend isolaat. ─ Op basis van moleculaire eigenschappen. « Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology » geeft de fylogenetische indeling voor bacteriën volgens een moleculair classificatiesysteem. Dit werk (2nd edition) bestaat uit 5 volumes. Men spoort verwantschap tussen organismen op met technieken die sequentiehomologie onderzoeken zoals DNA-DNA-hybridisatie, DNA-RNAhybrididatie, 16S rRNA sequentiebepaling, eiwitsequentiebepaling, eiwitelectroforese, vergelijking van nucleïnebasen (G-C gehalte en smelttemperatuur Tm: variatie binnen de soort bedraagt ˂ 10% en variatie tussen de genera ligt tussen 25 en 80%) Dit is het standaard referentiewerk voor bacteriologische classificatie. Er is ook een digitale versie: ‘Bergey’s Manual of Systematics of Archae and Bacteria’. Hierdoor was het mogelijk om regelmatig updates toe te voegen.