De 1994 hasta la segunda etapa en Tercera Con el descenso de Tercera División al final de la temporada 1996/1997 deja el Club también la directiva presidida por Ramón García Rico. Coge las riendas entonces una nueva directiva presidida por Jesús Hernansanz, con Álvaro González, Santiago García, Fernando García Molina y la incorporación poco tiempo después de Julio Samaniego Asenjo, uno de los fundadores. Se opta por renunciar a la 1ª Preferente y empezar ciclo desde la 1ª Provincial, con Ángel Molpeceres de entrenador. Temporada 2001 2002
El equipo está dos años en 1ª provincial, consiguiendo el ascenso en la temporada 1998/1999 a la 1ª Preferente, de la mano como entrenador de Rafael Aceves. En dicha categoría competiría el equipo durante cinco temporadas consecutivas, hasta que en la temporada 2003/2004 se consigue el retorno a la 3ª División, siendo entrenador Juan Andrés Martín consiguiendo el título de campeón de la 1ª Preferente.
Homenaje a Álvaro González
Temporada 1997 1998
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