2.4 Réseau OBEPINE Surveillance des virus

2.4 La surveillance des virus dans les eaux usées : réseau OBEPINE : Le cas de la France

Le consortium OBEPINE est créé en avril 2020, en pleine première vague de coronavirus après la décision du comité Analyse, Recherche et Expertise (Care) Covid19 de regrouper trois groupes de recherche qui avaient proposé d’analyser les eaux usées comme outil de surveillance épidémiologique.

Ce réseau a permis de fédérer plusieurs projets de recherche ayant pour objectif commun de proposer un suivi macro-épidémiologique de l’épidémie de COVID-19 en analysant la présence du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. Il permet une détection précoce de l’épidémie.

Au début, le réseau comptait sur une trentaine de stations d’épurations pour fournir les premiers résultats. Dix-huit mois plus tard, les scientifiques travaillent avec environ 150 stations.

Depuis juillet 2020, l’Académie Nationale de Médecine préconisait d’étendre cette surveillance systématique à d’autres virus (myxovirus, rotavirus, virus respiratoire syncytial…)

La question de la pérennisation de ce dispositif est donc aujourd’hui discutée en constituant des banques d’échantillons d’eaux usées congelés et conservés sur plusieurs mois pour :

• Prévoir à l’avance les évolutions concernant la propagation du virus SARS CoV 2 et anticiper même la survenue de toute nouvelle épidémie afin de prendre les mesures nécessaires.

• Permettre de faire une analyse génétique temporelle des souches en circulation et d’évaluer leur évolution.

Figure 22 : évolution des traces du virus Sars Cov 2 dans les eaux usées en IDF

Le schéma ci-dessous montre l’évolution des traces du covid 19 dans les eaux usées en Île-de-France relevées par le réseau OBEPINE en janvier 2021 et qui correspondait à l’évolution du nombre de cas positifs déclarés en Île-de-France dans la même période.