Indholdsfortegnelse og forord til 'Kompendium i mikrobiologi og infektionsmedicin'

Kompendium i mikrobiologi og infektionsmedicin Niels Høiby og Peter Skinhøj (red.)

FADL’s Forlag 3

Kompendium i mikrobiologi og infektionsmedicin 1. udgave, 1. oplag Niels Høiby og Peter Skinhøj (red.) © FADL’s Forlag 2015 ISBN 978-87-7749-781-0 Projektledelse og forlagsredaktion: Thomas Bo Thomsen Tekstredigering: Thomas Eske Rasmussen Grafisk opsætning: Graphorama.dk Omslag: Pernille Sys Hansen, Damp Design Tryk: Balto Print Printed in Lithuania 2015 Mekanisk, fotografisk eller anden gengivelse af denne bog eller dele heraf er kun tilladt ifølge overenskomst mellem Undervisningsministeriet og CopyDan. Enhver anden udnyttelse uden forlagets skriftlige samtykke er forbudt ifølge gældende dansk lov om ophavsret.

FADL’s Forlag Blegdamsvej 26 Baghuset, 1. sal 2200 København N Besøg os på www.fadlforlag.dk Kontakt forlaget på redaktion@fadlsforlag.dk

4

KOMPENDIUM I MIKROBIOLOGI OG INFEKTIONSMEDICIN

Indholdsfortegnelse Forfatterliste .............................. 9 Forord ......................................... 11

Sterilisation .............................................................................. 52 Desinfektion ............................................................................. 56

1 Generel bakteriologi ....... 13

2 Systematisk bakteriologi ............................................... 59

Endosporer ............................................................ 14 Cellevæg, cytoplasmamembran og cytoskelet .............................................................. 15 Den Gram-negative cellevæg ........................................ 15 Den Gram-positive cellevæg .......................................... 17 Den syrefaste cellevæg ...................................................... 18 L-former ................................................................. 18 Bakteriekapsler og slimlag ............................ 18 Pili = fimbriae ...................................................... 19 Flageller .................................................................. 19 Bakterielle toksiner .......................................... 21 Farvning af bakterier ....................................... 21 Metylenblåtfarvningen ...................................................... 22 Gram-farvningen .................................................................... 22 Ziehl-Neelsen-farvningen ............................................... 22 Bakteriel genetik ............................................... 24 Det bakterielle genoms struktur ................................ 24 Mutationer, insertioner og deletioner .................... 25 Mobile genetiske elementer .......................................... 26 Horisontal genoverførsel .................................................. 27 Molekylær diagnostik og typning ............... 29 Molekylær diagnostik ......................................................... 29 Molekylær typning ................................................................ 31 Bakterievækst .......................................................32 Dyrkning af bakterier ...................................... 33 Test til identifikation af bakterier ............................. 36 Taxonomi – klassifikation af bakterier ................................................................ 39 Antibiotika og kemoterapeutika ................ 40 Antibiotikas virkningsmekanismer .......................... 40 Resistensudvikling ................................................................ 43 Antibiotika-kombinationer ............................................ 47 Bestemmelse af bakteriers følsomhed over for antibiotika og resistensbestemmelse ............................................................................ 48 Sterilisation og desinfektion ........................ 51

Aerobe og fakultative Gram-positive bakterier ................................................................ 59 Micrococcaceae: Staphylococcus og Micrococcus .............................................................................. 59 Streptococcus, Enterococcus og Lactobacillus ..... 62 Listeria, Erysipelothrix, Corynebacterium, Propionibacterium ................................................................ 68 Forgrenede bakterier ......................................... 71 Actinomyces, Nocardia, Streptomyces .................... 71 Syrefaste bakterier ........................................... 72 Mycobacteriaceae .................................................................. 72 Gram-positive endospore-dannende stave: Bacillus og Clostridium ....................... 76 Bacillus ......................................................................................... 76 Clostridium ................................................................................. 78 Anaerobe Gram-negative stave ................... 84 Bacteroidaceae ........................................................................ 84 Aerobe Gram-negative diplokokker og kokkobaciller ................................................. 85 Neisseriaceae: Neisseria, Branhamella, Moraxella, Kingella .............................................................. 85 Små kræsne Gram-negative stave .............. 88 Bordetella, Brucella, Francisella .................................. 88 Pasteurellaceae: Haemophilus, Pasteurella ........ 91 Gardnerella ................................................................................. 94 Ikke-fermenterende Gram-negative stave ........................................................................ 94 Pseudomonadaceae: Pseudomonas .......................... 94 Aerobe kræsne Gram-negative vandbakterier ...................................................... 96 Legionellaceae ......................................................................... 96 Fakultative anaerobe Gram-negative stave ........................................................................ 97 Enterobacteriaceae, Vibrionaceae .............................. 97 Vibrionaceae ........................................................................... 108

5

Krumme og skrueformede, kræsne bakterier .............................................................. 110 Campylobacter, Helicobacter ...................................... 110 Spirochaetaceae ................................................................... 113 Leptospiraceae ...................................................................... 117 Chlamydia, Chlamydophila .......................................... 119 Rickettsiales ........................................................................... 121 Mycoplasmatales ................................................................ 122 Normalflora ........................................................ 124 Huden ........................................................................................ 125 Conjunctiva og cavum nasi ......................................... 126 Cavum oris og fauces ....................................................... 126 Oesophagus og ventrikel ............................................... 126 Tyndtarmen ............................................................................ 126 Colon- og fæcesfloraen .................................................. 126 Vagina og vulva .................................................................... 127

3 Klinisk bakteriologi, infektionshygiejne og antibiotikabehandling ..... 129 Prøvetagning, forsendelse og prøvebehandling ............................................... 129 Hurtigmetoder ................................................... 133 Infektion, smittekilder, smitteveje og smittemåder ................................................. 133 Udbredelse af endemier, epidemier og pandemier ..................................................... 138 Infektionshygiejnens opgaver og organisation ................................................. 139 Sygehusinfektioner og infektionshygiejne ................................................................ 141 Hospitalsepidemiologi .....................................................142 Sygehusinfektioner: Urinvejsinfektioner ......................................... 142 Sygehusinfektioner: Luftvejsinfektioner ........................................ 143 Sygehusinfektioner: Infektioner relateret til brug af intravaskulære katetre ................................. 144 Sygehusinfektioner: Postoperative sårinfektioner ...................... 145 Forholdsregler ....................................................................... 147 Sygehusinfektioner: Gastroenteritis ....... 148 Sygehusinfektioner: Hudinfektioner ....... 148 Almene infektionshygiejniske forholdsregler .................................................... 149 Håndhygiejne ........................................................................ 149 Uniformshygiejne .............................................................. 152 Isolationsforanstaltninger ........................... 152 Antibiotikaprofylakse .................................... 153 Infektionspatogenese .................................... 154 Principper for antibiotika-behandling ... 160 Indikationer og prøvetagning .................................... 160

6

Grundlaget for rationel antibiotikaterapi .............................................. 161 Administration, fordeling og effekt af antibiotika ......................................................................... 161 Behandlingens varighed ............................... 163 Empirisk antibiotikabehandling ............... 163 Resistensudvikling mod antibiotika ..................... 164 Normalfloraens betydning for resistensudvikling .............................................................. 166 Farmakogenetik ................................................ 167 Biofilm og fremmedlegemeinfektioner ... 168

4 Generel virologi .............. 169 Hvad er virus? ................................................... 169 Inddeling .............................................................. 169 Replikation ......................................................... 170 Infektionsforløbet ........................................... 171 Infektionspatogenese ved virusinfektioner ..... 172 Diagnostik af virusinfektioner ................... 172 Direkte påvisning af virus ............................................ 172 Indirekte påvisning af virusinfektioner .............. 175 Vurdering af den virologiske analyse ................... 175 Antiviral kemoterapi ...................................... 176 Angrebspunkter ................................................................... 176 Resistens .................................................................................. 178

5 Systematisk virologi ..... 179 De virale børnesygdomme ............................ 179 Morbilli (mæslinger) ........................................................ 179 Parotitis (fåresyge) ............................................................ 181 Rubella (røde hunde) ....................................................... 182 Erythema infectiosum (lussingesyge) ................. 184 Influenzavirus og andre respirationsvejsvirus ...................................... 185 Influenza A-virus ................................................................ 186 Influenza B-virus ................................................................ 188 Respiratorisk syncytial-virus og øvrige luftvejsvirus ............................................................................ 189 Respiratorisk syncytial-virus (RSV) ....................... 189 Humant metapneumovirus ......................................... 190 Parainfluenzavirus ............................................................. 190 Adenovirus ............................................................................... 190 Rhinovirus ................................................................................ 191 Coronavirus ............................................................................. 191 Diagnostik af luftvejsvirus ........................................... 192 Papilloma- og polyomavirus ....................................... 192 Polyomavirus ......................................................................... 192 Humant papillomavirus (HPV) ................................. 192 Picornavirus ....................................................... 194 Enterovirus .............................................................................. 194 Parechovirus ........................................................................... 196 Viral gastroenteritis ........................................ 196 Adenovirus ............................................................................... 196

KOMPENDIUM I MIKROBIOLOGI OG INFEKTIONSMEDICIN

Astrovirus ................................................................................. 198 Calicivirus (Norovirus, Norwalk-virus) ................ 199 Rotavirus ................................................................................... 201 Hepatitis-virus ................................................. 202 Viral hepatitis ....................................................................... 202 Hepatitis A-virus (HAV) ................................................ 202 Hepatitis B-virus (HBV) ................................................ 204 Hepatitis C-virus (HCV) .................................................. 207 Hepatitis D-virus (HDV) ................................................ 209 Hepatitis E-virus (HEV) .................................................. 210 Herpesvirus-familien (herpesviridae) .... 211 α-herpesvirus ........................................................................ 211 β-herpesvirus ........................................................................ 211 γ-herpesvirus ......................................................................... 211 Herpes simplex-virus (type 1 og type 2) ........... 212 Varicella-zoster-virus ...................................................... 214 Cytomegalovirus (CMV) ................................................ 215 HHV-6 ......................................................................................... 217 HHV-7 ......................................................................................... 218 Epstein-Barr-virus ............................................................. 218 HHV-8 (Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus (KSHV)) ......................................................... 219 Retrovirus ........................................................... 220 HTLV-1 og -2 .......................................................................... 221 HIV-1 og -2 ............................................................................. 221 Eksotiske virus Flaviviridae ........................................................ 225 Flaviviridae genus Flavivirus ............................................................ 226 Tick-borne encephalitis-virus (TBEV) ................. 226 Centraleuropæisk encephalitis-virus .................. 226 Dengue-virus ......................................................................... 227 Gul feber-virus ..................................................................... 228 Japansk encephalitis-virus ......................................... 229 West Nile encephalitis-virus ..................................... 230 Togaviridae ........................................................ 230 Eastern equine encephalitis-virus ......................... 231 Sindbis-virus og Ockelbo-virus ................................. 231 Bunyaviridae (Hantavirus, Puumula-virus) ................................................. 231 Nairovirus (Crimean-Congo hæmoragisk feber-virus, CCHFV) .......................................................... 232 Phlebovirus (Rift Valley feber-virus, Sandfly feber-virus) ......................................................... 232 Hantavirus .............................................................................. 233 Filoviridae .......................................................... 233 Ebolavirus Marburgvirus (Zaire, Sudan, Reston, Elfenbenskysten) ............................................................... 233 Arenaviridae ...................................................... 234 Lassa-virus ............................................................................. 234 Junin-virus og argentinsk hæmoragisk feber ............................................................................................ 235 Rabies-virus ...................................................... 235

Poxvirus ............................................................... 237 Prioner og prionsygdomme ......................... 238

6 Mykologi ............................ 241 Generel mykologi ............................................. 241 Definition ............................................................ 241 Struktur og klassifikation ........................... 242 Laboratoriediagnose af svampeinfektioner ......................................... 245 Systematisk mykologi .................................... 247 Gærsvampe ............................................................................. 247 Genus Candida ...................................................................... 247 Genus Cryptococcus ......................................................... 250 Genus Malassezia .............................................................. 251 Skimmelsvampe ............................................... 251 Dermatofyter ........................................................................ 251 Genus Epidermophyton ................................................. 252 Genus Microsporum ......................................................... 253 Genus Trichophyton ......................................................... 253 Genus Aspergillus .............................................................. 255 Dimorfe svampe ................................................................. 257 Genus Pneumocystis ........................................................ 257 Svampetoksiner ............................................... 258 Allergi og “building-related symptoms” 258 Antimykotika .................................................... 258 Polyener .................................................................................... 259 Echinocandiner .................................................................... 259 Pyrimidinanaloger ............................................................. 259 Azoler ......................................................................................... 259 Fluconazol .................................................................................259 Itraconazol .............................................................................. 259 Posaconazol ........................................................................... 260 Voriconazol ............................................................................. 260 Ketoconazol ........................................................................... 260 Azoler til lokal applikation ......................................... 260 Allylaminderivat ................................................................. 260 Resistensbestemmelse ................................. 260

7 Parasitologi ...................... 261 Protozoer ............................................................. 261 Entamoeba histolytica og andre intestinale amøber ........................................................... 262 Fritlevende opportunistiske amøber ................... 264 Giardia lamblia .................................................................... 264 Trichomonas vaginalis ................................................... 265 Toxoplasma gondii ............................................................ 266 Cryptosporidium-arter ................................................... 269 Plasmodium-arter .............................................................. 270 Leishmania-arter ................................................................ 278 Trypanosoma brucei gambiense og T. brucei rhodesiense ........................................................ 281 Trypanosoma cruzi ............................................................ 283 Helminther ......................................................... 285 Trematoder (ikter) .......................................... 285

7

Schistosoma (blodikter) ................................................ 285 Cestoder (bændelorm) ................................... 287 Taenia-arter (tintebændelorm) ............................... 288 T. saginata (oksetintebændelorm) ....................... 288 T. solium (svinetintebændelorm) ........................... 289 Echinococcus-arter (hundens og rævens dværgbændelorm) ........................................... 291 Diphyllobothrium latum (fiskebændelorm) .............................................................. 292 Nematoder (rundorm) ................................... 293 Intestinale nematoder .................................. 293 Ascaris-arter (spolorm) ................................................. 293 Trichuris trichiura (piskeorm) ................................... 294 Ancylostoma duodenale og Necator americanus (hageorm) ............................... 294 Strongyloides stercoralis (dværgtrådorm) .................................................................. 295 Enterobius vermicularis (børneorm) ..................... 297 Filarier ................................................................. 298 Wuchereria bancrofti og Brugia-arter (lymfatisk filariasis, elefantiasis) .......................... 298 Onchocerca volvulus (flodblindhed) .................... 300 Loa loa (afrikansk øjeorm) .......................................... 301 Trichinella-arter (trikiner) ............................................ 301 Larva migrans ....................................................................... 303 Visceral larva migrans .................................................... 303 Arthropoder ....................................................... 303 Lus ................................................................................................ 304 Lopper ........................................................................................ 305 Flåter .......................................................................................... 305 Sarcoptes scabiei ............................................................... 305 Myiasis ...................................................................................... 306 Parasitologisk diagnostik ............................ 306 Parasitter i fæces .............................................................. 306

8

Parasitter i urin .................................................................... 307 Parasitter i blod ................................................................... 307 Parasitter i spinalvæske ................................................ 307 Parasitter i knoglemarv, lever og milt ................ 308 Parasitter i hud ................................................................... 308 Parasitter i øjne .................................................................. 308 Alfabetisk oversigt over parasitologiske undersøgelser og relevante prøvematerialer .................... 309

8 Infektionsmedicinske principper og strategier – alment ................................. 311 Infektionsmedicin ........................................... 311 Feber ...................................................................... 312 Udredning og undersøgelse ved febersygdomme ................................................ 313 Håndtering af infektionspatienter .......... 315 Langvarig feber ................................................................... 315 Sepsis .......................................................................................... 316 Vurdering af mikrobiologiske prøver .................................................................... 317 Empirisk behandling ...................................... 318 Adjuverende behandling ............................... 319

Appendix: Plancher ........... 321 Bakterier ............................................................. 322 Virus ...................................................................... 324 Antibiotika ......................................................... 326 Svampe ................................................................. 327 Parasitter ............................................................ 328

Register .................................. 331

KOMPENDIUM I MIKROBIOLOGI OG INFEKTIONSMEDICIN

Forfatterliste REDAKTØRER Niels Høiby Professor, overlæge, dr.med.

Institut for International Sundhed, Immunologi og Mikrobiologi Københavns Universitet & Klinisk Mikrobiologisk Afdeling Rigshospitalet Peter Skinhøj Professor, overlæge, dr.med.

Epidemiklinikken Rigshospitalet FORFATTERE Niels Høiby Professor, overlæge, dr.med.

Institut for International Sundhed, Immunologi og Mikrobiologi Københavns Universitet & Klinisk Mikrobiologisk Afdeling Rigshospitalet Kap. 1, Kap. 2, Kap. 3

Peter Skinhøj Professor, overlæge, dr.med.

Epidemiklinikken Rigshospitalet Kap. 8 Åse Bengård Andersen Professor, overlæge, dr.med.

Infektionsmedicinsk afdeling Odense Universitetshospital Kap. 8 Leif Percival Andersen Overlæge Infektionshygiejnisk Enhed Rigshospitalet Kap. 1, Kap. 3 Maiken Cavling Arendrup Fagchef, overlæge, ph.d., dr.med.

Afdeling for mikrobiologi og infektionskontrol Statens Serum Institut Kap. 6 Claus Bohn Christiansen Afdelingslæge, ph.d.

Klinisk Mikrobiologisk Afdeling Rigshospitalet Kap. 4, Kap. 5 9

Oana Ciofu Lektor, dr.med., ph.d.

Institut for International Sundhed, Immunologi og Mikrobiologi Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet Københavns Universitet Kap. 1.

Jan Gerstoft Professor, overlæge, dr.med.

Epidemiklinikken Rigshospitalet Kap. 4, Kap. 5 Helle Krogh Johansen Overlæge, dr.med., klinisk forskningsstipendiat Novo Nordisk Fonden Institut for International Sundhed, Immunologi og Mikrobiologi Københavns Universitet & Klinisk Mikrobiologisk Afdeling Rigshospitalet Kap. 1, Kap. 3 Michael Kemp Professor, overlæge, dr.med.

Klinisk Mikrobiologisk afdeling Odense Universitetshospital Kap. 1, Kap. 3

Jørgen Anders Lindholm Kurtzhals Professor, overlæge, ph.d.

Institut for International Sundhed, Immunologi og Mikrobiologi Københavns Universitet & Klinisk Mikrobiologisk Afdeling Rigshospitalet Kap. 7 Lars Peter Nielsen Afsnitsleder, læge Virologisk afdeling Statens Serum Institut Kap. 4, Kap. 5 Else Lyngsøe Svejgaard Overlæge, dr.med.

Dermatologisk afdeling Bispebjerg Hospital Kap. 6 Thor Grundtvig Theander Professor, dr.med.

Institut for International Sundhed, Immunologi og Mikrobiologi Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet Københavns Universitet Kap. 7 Allan Randrup Thomsen Professor, dr.med.

Institut for International Sundhed, Immunologi og Mikrobiologi Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet Københavns Universitet Kap. 4, Kap. 5

10

KOMPENDIUM I MIKROBIOLOGI OG INFEKTIONSMEDICIN

Forord Dette kompendium er skrevet af de samme forfattere, som er ansvarlige for lærebogen Klinisk mikrobiologi og infektionsmedicin, 4. udgave, FADL’s Forlag 2014. Kompendiet imødekommer et behov hos de studerende for en komprimeret tekst og mnemotekniske oversigtsskemaer, som kan bruges til at få overblikket over stoffet, fx i forbindelse med eksamensforberedelserne.

Kompendiet er derfor ikke en generel lærebog i mikrobiologi, klinisk mikrobiologi og infektionsmedicin, hvor det i stedet er den velillustrerede og pensumdækkende Klinisk mikrobiologi og infektionsmedicin, som dækker behovet.

Niels Høiby og Peter Skinhøj, marts 2015

FORORD

11