PDPG Jura - Synthèse by Fédération de Pêche du Jura

Plan Départemental pour la Protection des milieux aquatiques et la Gestion des ressources piscicoles du Jura 2019-2025

Fédération Départementale du Jura pour la Pêche et la Protection des Milieux Aquatiques PDPG 2019 - 2025

SOMMAIRE SOMMAIRE ............................................................................................................................................. 1 TABLE DES ILLUSTRATIONS .............................................................................................................. 3 1

CONTEXTE GENERAL .................................................................................................................. 4 1.1

POURQUOI UN PDPG ............................................................................................................... 4

1.2

ÉVOLUTION DE LA REGLEMENTATION : LA NECESSITE D’UNE GESTION PISCICOLE ......................... 4

1.3

PRINCIPES GENERAUX DE LA GESTION PISCICOLE ....................................................................... 6

1.4

DECLINAISON DU PDPG EN PLANS DE GESTION PISCICOLE (PGP) ............................................. 7

1.5

PDPG ET AUTRES DOCUMENTS DE PLANIFICATION..................................................................... 9

1.5.1

Les documents de planification : ....................................................................................... 9

1.5.2

Articulation des PDPG avec les autres documents de planification ................................ 10

1.5.3

Le SDAGE 2016-2021 ..................................................................................................... 11

1.6

1.6.1

Diffusion et communication du document ........................................................................ 12

1.6.2

Développement de partenariats et suivi des actions préconisées dans le PDPG .......... 12

DEMARCHE ET METHODOLOGIE D’ELABORATION ET DE MISE EN ŒUVRE DU PDPG .. 14 2.1

IDENTIFICATION DES CONTEXTES PISCICOLES ET DES ESPECES REPERES .................................. 15

2.1.1

Les contextes piscicoles .................................................................................................. 15

2.1.2

Définition de l’espèce repère et des espèces cibles ........................................................ 18

2.2

DIFFUSION ET VALORISATION DU PDPG................................................................................... 12

DIAGNOSTIC DU MILIEU ET DES POPULATIONS PISCICOLES......................................................... 25

2.2.1

Recueil des données pour la réalisation du diagnostic ................................................... 25

2.2.2

Définition du niveau de fonctionnalité des populations piscicoles ................................... 26

2.2.3

Définition du niveau de fonctionnalité des contextes....................................................... 29

2.2.4

Identification des facteurs limitants .................................................................................. 30

2.2.5

Préconisations et priorisation d’actions et de gestion ...................................................... 31

SYNTHESE A L’ECHELLE DEPARTEMENTALE ...................................................................... 35 3.1

PRESENTATION DU DEPARTEMENT .......................................................................................... 35

3.1.1

Réseau hydrographique du Jura ..................................................................................... 35

3.1.2

Unités paysagères et occupation du sol .......................................................................... 38

3.1.3

Contextes piscicoles du Jura ........................................................................................... 41

3.2

PEUPLEMENTS PISCICOLES DU DEPARTEMENT DU JURA ............................................................ 43

3.2.1

Population de truite fario .................................................................................................. 44

3.2.2

Population du brochet ...................................................................................................... 46

3.2.3

Populations des espèces cibles ....................................................................................... 47

3.2.4

Peuplement des lacs et retenues .................................................................................... 49

3.2.5

Synthèse de l’état fonctionnel des contextes .................................................................. 51

1 PDPG 2019-2025

3.3

SYNTHESE DES FACTEURS LIMITANTS ...................................................................................... 53

3.3.1

Dégradations morphologiques ......................................................................................... 53

3.3.2

Les ouvrages transversaux .............................................................................................. 54

3.3.3

Atteintes à la qualité chimique des eaux ......................................................................... 55

3.3.4

Déséquilibre quantitatif de la ressource en eau .............................................................. 57

3.4

PRÉCONISATION DE GESTION ET PRIORISATION D’ACTION.......................................................... 58

3.4.1

Les actions préconisées dans le PDPG .......................................................................... 58

3.4.2

Les préconisations de gestion du PDPG ......................................................................... 60

BIBLIOGRAPHIE .................................................................................................................................. 62

2 PDPG 2019-2025

TABLE DES ILLUSTRATIONS FIGURE 1: SCHEMA D'ETABLISSEMENT DES PLANS DE GESTION PISCICOLE .................................................... 7 FIGURE 2 : LES ETAPES D'ELABORATION DU PDPG.................................................................................... 14 FIGURE 3: STRATEGIE DE REGROUPEMENT DES PETITS COURS D’EAU SALMONICOLES AFFLUENTS DE GRANDS COURS D'EAU .................................................................................................................................. 17

FIGURE 4 : CYCLE BIOLOGIQUE DE LA TRUITE FARIO ................................................................................... 20 FIGURE 5 : CYCLE BIOLOGIQUE DU BROCHET ............................................................................................. 21 FIGURE 6 : CAMPAGNE 2018 DE REACTUALISATION DES INVENTAIRES PISCICOLES DU DEPARTEMENT DANS LE CADRE DU PDPG ............................................................................................................................ 25

FIGURE 7: RESEAU HYDROGRAPHIQUE SIMPLIFIE DU DEPARTEMENT DU JURA ............................................. 35 FIGURE 8: OCCUPATION DES SOLS ET UNITES PAYSAGERES DU JURA ......................................................... 38 FIGURE 9: CARTE DES CONTEXTES (OU DOMAINE) PISCICOLE DU DEPARTEMENT DU JURA ET LES ESPECES REPERES ASSOCIEES ....................................................................................................................... 41

FIGURE 10 : LISTE D'ESPECES OBSERVEES LORS D'INVENTAIRES PISCICOLES DANS LE JURA ................ ERROR! BOOKMARK NOT DEFINED. FIGURE 11 : REPARTITION DE LA TRUITE FARIO DANS LE DEPARTEMENT DU JURA ........................................ 44 FIGURE 12: REPARTITION DU BROCHET DANS LE DEPARTEMENT DU JURA ................................................... 46 FIGURE 13 : REPARTITION DES ESPECES CIBLES DU PDPG DANS LE DEPARTEMENT DU JURA ...................... 47 FIGURE 14: ÉTAT FONCTIONNEL DES 62 CONTEXTES JURASSIENS .............................................................. 51 FIGURE 15: SCHEMA ILLUSTRANT LE PHENOMENE D'INCISION SUR UN COURS D'EAU .................................... 53 FIGURE 16: LE REFERENTIEL D'OBSTACLES A L'ECOULEMENT DU DEPARTEMENT DU JURA ............................ 54

TABLEAU 1: CARACTERISTIQUES PRINCIPALES DES DIFFERENTS DOMAINES PISCICOLES .............................. 16 TABLEAU 2 : STATUT DE CONSERVATION DE LA TRUITE FARIO ..................................................................... 21 TABLEAU 3 : STATUT DE CONSERVATION DU BROCHET ............................................................................... 22 TABLEAU 4 : STATUT DE CONSERVATION DES CYPRINIDES D’EAUX VIVES ..................................................... 24 TABLEAU 5 : STATUT DE CONSERVATION DU SANDRE ................................................................................. 24 TABLEAU 6 : EVOLUTION DES POPULATIONS DE TRUITE FARIO SUR LES 3 DERNIERES DECENNIES.................. 45

3 PDPG 2019-2025

1 CONTEXTE GENERAL 1.1 POURQUOI UN PDPG L’Article L 433-3 du Code de l’environnement précise que l’usage du droit de pêche nécessite en contrepartie l’établissement d’un plan de gestion à l’initiative des détenteurs du droit de pêche. Le PDPG est donc destiné en premier lieu aux AAPPMA qui par la suite devront établir des Plans de Gestion Piscicole locaux (PGP). Ce document technique constitue un diagnostic précis des peuplements piscicoles de nos cours d’eau et établit des propositions de gestion piscicole suivies d’un plan d’action pour la protection et la restauration des milieux. En coordonnant la gestion à l’échelle départementale, le PDPG permet également de répondre aux missions d’intérêt général qui incombent aux collectivités de la pêche. Il sert ainsi d’appui aux autres

documents

planification

tels

les

SDAGE

(Schémas

Directeurs

d’Aménagement et de Gestion des Eaux) et les SAGE (Schémas d’Aménagement et de Gestion des Eaux).

1.2 ÉVOLUTION DE LA REGLEMENTATION : LA NECESSITE D’UNE GESTION PISCICOLE « L'exercice d'un droit de pêche emporte l’obligation de gestion des ressources piscicoles. Celle-ci comporte l'établissement d'un plan de gestion. En cas de nonrespect de cette obligation, les mesures nécessaires peuvent être prises d'office par l'administration aux frais de la personne physique ou morale qui exerce le droit de pêche. » Depuis 1984 et la Loi Pêche, la gouvernance écologique, la réglementation ainsi que les acteurs et structures impliqués dans le domaine de l’eau ont fortement évolué. La Directive européenne Cadre sur l’Eau (DCE) de 2000 et sa transposition en droit français à travers la loi du 21 avril 2004 et la Loi sur l’Eau et les Milieux Aquatiques du 30 décembre 2006 (LEMA) en sont un bon exemple. Toutefois, cette disposition qui renvoie à l’obligation qu’ont les gestionnaires des milieux aquatiques à mettre en place une gestion des ressources sur leurs domaines d’action est toujours d’actualité. On se contentera ainsi de citer l’article L433-3 du Code de l’Environnement (créé par la récente loi pour la reconquête de la biodiversité́ , de la

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nature et des paysages du 8 août 2016) qui reprend la disposition. C’est également cet article qui définit les PDPG comme étant : « Un plan départemental de protection du milieu aquatique et de gestion des ressources piscicoles, élaboré par la fédération départementale ou interdépartementale des associations agréées de pêche et de protection du milieu aquatique, fixe, pour les associations adhérentes à la fédération, les orientations de protection des milieux aquatiques et de mise en valeur piscicole. Il est compatible avec le schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux et, quand ils existent, avec les schémas d’aménagement et de gestion des eaux. Le plan est approuvé́ par le représentant de l’État dans le département, qui vérifie sa compatibilité́ avec les principes énoncés à l’article L430-1. » L’intérêt d’un plan permettant la mise en place d’une politique visant à satisfaire la demande des pêcheurs dans le strict respect des espèces et des milieux aquatiques n’est donc pas nouveau. Dans les années 1990, les Fédérations Départementales des associations Agrées de Pêche et de Protection des Milieux Aquatiques (FDAAPPMA) ont, aux côtés des services de l’État, élaboré des Schémas Départementaux de Vocation Piscicole et Halieutique (SDVPH). Ce document administratif départemental décrivait de manière globale l’état des milieux aquatiques et des populations piscicoles, ainsi que les mesures réglementaires à mettre en œuvre. Ces schémas ont impulsé de nouvelles méthodes d’évaluation de la qualité des cours d’eau, à travers l’étude et le suivi des communautés piscicoles comme témoin phare. Aux termes d’un rapport relatif à la réforme de la réglementation de la pêche en eau douce (Beseme et D’Ornellas, 2011), les SDVP dont les constats ont intégré les SDAGE ont été abrogés. Le rapport conclut à la nécessaire reconnaissance d’un document

opérationnel

gestion des milieux aquatiques et des peuplements piscicoles : les PDPG.

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1.3 PRINCIPES GENERAUX DE LA GESTION PISCICOLE La politique des Structures Associatives Agréées de la Pêche de Loisir (SAAPL) a été orientée pendant longtemps vers des actions directes sur les populations piscicoles à travers des rempoissonnements. Ces opérations ont souvent montré leurs limites, et ont même eu des impacts non négligeables sur l’aspect sanitaire et génétique des populations autochtones, ou plus simplement à travers une compétition trophique. Toutefois, les opérations d’empoissonnement peuvent avoir un effet positif indirect sur les populations en place, en permettant de reporter la pression halieutique sur les populations introduites et/ou sur des secteurs trop dégradés. Les pêcheurs sont de véritables sentinelles des cours d’eau par leurs fréquentations au bord de l’eau et les premiers défenseurs des milieux aquatiques en adhérant à une politique de restauration, de gestion et de surveillance des milieux. La satisfaction de la demande des pêcheurs est donc essentielle afin de conserver une activité de loisir durable, source de développement socio-économique des territoires et de moyens d’interventions importants pour la restauration et la protection des biocénoses aquatiques. Assurément, les milieux naturels fonctionnels garantissent une activité pêche satisfaisante. Devant la rareté de ces conditions, des outils de régulation ont été mis en place (tailles légales de capture, quotas, périodes d’ouverture, etc.…). L’équilibre garantissant la qualité du peuplement piscicole et la demande des pêcheurs peut être atteint par la restauration des milieux. L’enjeu du PDPG est donc aussi de démontrer de manière pédagogique aux AAPPMA et aux détenteurs de droit de pêche que la protection et la restauration du milieu physique et de ses fonctionnalités sont plus durables et plus économiques que l’halieutisme strict. L’obligation de « gestion piscicole » dictée par la loi va bien évidemment au-delà̀ d’une simple vision pêche et doit être une opportunité́ pour les AAPPMA de se positionner comme des acteurs incontournables dans les futures opérations visant le retour du bon état écologique des masses d’eau.

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1.4 DECLINAISON DU PDPG EN PLANS DE GESTION PISCICOLE (PGP) Les AAPPMA ont été impliquées à chaque phase d’élaboration du PDPG et notamment dans la définition des préconisations de gestion piscicole. Cette concertation avec les associations locales est une étape essentielle afin de pouvoir bénéficier de leur connaissance de terrain, mais également dans l’optique de partager les préconisations d’actions et les conclusions du PDPG. Les détenteurs de droits de pêche sont tenus d’élaborer des plans de gestion compatibles avec les orientations du PDPG et du SDDLP (Schéma départemental de développement du loisir de pêche).

Figure 1: Schéma d'établissement des plans de gestion piscicole

7 PDPG 2019-2025

Les PGP doivent notamment : Présenter le secteur géré́

(présentation géographique, hydrographique,

piscicole, baux de pêche...) et rappeler le diagnostic issu du PDPG. Définir les modalités concrètes de gestion piscicole à mettre en place par les gestionnaires, en concertation avec la FDAAPPMA et suivant les préconisations de gestion piscicole émises dans le PDPG. La FDAAPPMA étudiera la possibilité́ de définir avec les AAPPMA et ADAPAEF concernées, sur chaque contexte, des secteurs (parcours découverte, famille, passion) sur lesquels des gestions différenciées pourront être mises en œuvre afin de pouvoir répondre aux attentes des différentes catégories de pêcheurs. Suivant le type de gestion préconisée, définie en concertation entre la FDAAPPMA et les gestionnaires locaux lors de la phase d’élaboration des PDPG : o Détailler les actions en faveur du milieu, identifiées dans le PDPG, pour lesquelles la ou les AAPPMA souhaite(nt) s’engager d’un point de vue technique, politique et/ou financier. La FDAAPPMA apportera si besoin son soutien aux AAPPMA et ADAPAEF pour la réalisation de ces actions (assistance à maitrise d’ouvrage, prise en charge de la maîtrise d’œuvre, participation financière, coordination, ...). o Le cas échéant, indiquer en les justifiant les modalités précises des opérations

ré-empoissonnement lorsqu’elles

sont

envisagées

(espèces, stades de développement, quantités, dates, lieux, ...). Détailler la stratégie du gestionnaire en faveur du développement du loisir pêche, et notamment les actions pour lesquelles la ou les AAPPMA souhaitent s’engager, conformément au Schéma Départemental pour le Développement du Loisir pêche (SNDLP). Définir la stratégie du gestionnaire en termes de maîtrise des baux de pêche. Définir les modalités de contrôle de l’exercice de la pêche (garderie). (Document cadre PDPG - 2015).

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Dans le panel d’actions préconisées issues du diagnostic PDPG, un certain nombre pourront être mises en œuvre par les AAPPMA, celles-ci étant compatibles avec les moyens financiers et/ou techniques des associations (aménagements piscicoles, pose de clôtures, effacement de buses…) La FDAAPPMA accompagnera ses associations adhérentes dans l’élaboration de leurs plans de gestion en apportant également son soutien pour la réalisation de ces actions (assistance à maîtrise d’ouvrage, prise en charge de la maîtrise d’œuvre, participation financière et/ou technique…)

1.5 PDPG ET AUTRES DOCUMENTS DE PLANIFICATION « Le PDPG se doit bien évidemment d’être en conformité avec l’ensemble des textes qui le concernent, notamment sur l’aspect gestion piscicole » (Document cadre PDPG - 2015)

1.5.1 Les documents de planification : Documents de planification à l’échelle régionale o Les Schémas Directeurs d’Aménagement et de Gestion des Eaux (SDAGE) Dans le domaine de la gestion de l’eau, les principaux objectifs et la planification qui en découle pour les atteindre sont énoncés de manière opérationnelle à l’échelle des grands bassins hydrologiques : les SDAGE. Ces documents ont pour vocation de décliner les objectifs de la Directive Cadre Européenne (DCE) en tenant compte de la spécificité des territoires. Ils définissent pour une période de 6 ans les grandes directions pour une gestion équilibrée de la ressource en eau, ainsi que les objectifs de qualité des milieux et des espèces aquatiques. Conformément à sa portée juridique, les programmes et les décisions administratives dans le domaine de l’eau se doivent d’être en adéquation avec les orientations du SDAGE.

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o Plans de Gestions des Poissons Migrateurs (PLAGEPOMI) De par la particularité de leurs cycles biologiques en termes de migration entre eau salée et eau douce, ces espèces sont gérées à l’échelle des grands bassins hydrographiques notamment au niveau de l’aspect continuité écologique. Les mesures de préservation et de restauration des populations de poissons migrateurs sont élaborées pour chaque bassin par un Comité de Gestion des Poissons Migrateurs (COGEPOMI) retranscrits dans les PLAGEPOMI. Documents de planification à l’échelle locale De nombreux plans et outils de gestion et de protection des milieux naturels et de la biodiversité peuvent être mis en action au niveau local. On peut citer les contrats de milieux, les sites Natura 2000, les Espaces Naturels Sensibles (ENS), l’Arrêté de Protection de Biotopes (APB) et le Schéma d’Aménagement et de la Gestion des Eaux (SAGE), le pendant du SDAGE à l’échelle du sous-bassin hydrographique. La mise en place de ces documents de planification peut être variable d’un département à l’autre, tout comme les enjeux concernant les milieux aquatiques et les peuplements piscicoles, ceux-ci n’étant d’ailleurs pas toujours pris en compte.

1.5.2 Articulation des PDPG avec les autres documents de planification « Les PDPG représentent un maillon opérationnel essentiel entre le SDAGE, PLAGEPOMI et les schémas régionaux d’un côté, et les documents réalisés au niveau local de l’autre. » Les PDPG sont des outils de planification dont le but est de venir en soutien à la réalisation des objectifs de préservation et de restauration des milieux aquatiques définis par l’Europe (DCE) et l’État. Ces objectifs sont déclinés à plusieurs échelles que ce soit au niveau du bassin hydrographique (SDAGE) ou bien au niveau local (SAGE, contrats de rivière, Natura 2000…). Les PDPG ne sont pas des « catalogues » réglementaires, mais ils s’appuient sur ces textes et autres documents les plus pertinents, notamment lorsqu’il existe un enjeu spécifique. De la même manière, certains outils mis en place localement sont des sources de données qui servent à alimenter le diagnostic PDPG.

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Ainsi les PDPG permettent un niveau de précision supérieur aux documents réalisés à l’échelle du bassin ou de la région qu’ils peuvent décliner de manière opérationnelle. Ils sont force de proposition en matière de protection et de restauration sur des territoires orphelins de plan local de planification. Par ailleurs, le diagnostic PDPG peut être utilisé notamment dans le cadre des états des lieux du SDAGE. Enfin, un certain nombre d’actions proposées peuvent enrichir les autres documents de gestion. En ce qui concerne les poissons migrateurs, le PDPG du Jura ne représente pas le document le mieux adapté pour traiter de la totalité du cycle biologique de ces espèces. En effet, les problématiques de la continuité écologique dépassent largement les limites départementales.

1.5.3 Le SDAGE 2016-2021 L’élaboration du PDPG 39 tente de s’inscrire dans un échéancier compatible avec le SDAGE avec des réactualisations suivant le calendrier de celui-ci. Il reprend un certain nombre de ses actions et fait référence aux dispositions découlant des orientations du SDAGE Rhône-Méditerranée-Corse consultable en Annexe 1. L’élaboration du prochain SDAGE 2022-2027 est en cours, elle pourra s’appuyer notamment sur le diagnostic et les conclusions du PDPG.

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1.6 DIFFUSION ET VALORISATION DU PDPG À partir de la validation du PDPG par le comité de pilotage et les services de l’État, le plan pourra être mis en œuvre par la FDAAPPMA et ses partenaires sur une période minimum de 5 ans. L’objectif est de mutualiser les efforts et les projets avec les gestionnaires locaux pour aboutir rapidement à son application. Les trois grandes étapes de cette mise en œuvre sont : la diffusion et la communication de ce document, l’animation territoriale auprès des gestionnaires locaux, et enfin le déploiement des PGP auprès de toutes les AAPPMA.

1.6.1 Diffusion et communication du document Les PDPG ne sont pas des documents techniques internes à la FDAAPPMA. Ils ont pour vocation d’être diffusés afin d’être reconnus comme un document de référence auprès du plus grand nombre de partenaires en matière de protection des milieux aquatiques et des peuplements piscicoles. La communication est donc la première étape qui permettra de faire vivre le PDPG et ainsi initier les futures actions. L’ensemble de partenaires qui ont contribué à l’élaboration du document, en particulier les AAPPMA et le COPIL sont les premiers destinataires. Dans un second temps, une diffusion du PDPG à travers le site internet de la fédération de pêche du Jura permettra de faciliter l’accès à l’information à tous les partenaires institutionnels et acteurs du domaine de l’eau. Enfin, le référent élu de la fédération doit également promouvoir le contenu du PDPG à l’occasion de réunions décisionnelles auxquelles le personnel technique n’assiste pas forcément (commissions départementales et régionales...).

1.6.2 Développement de partenariats et suivi des actions préconisées dans le PDPG Les PDPG ont notamment pour objectif de faciliter une gestion cohérente des milieux aquatiques ainsi que la mise en œuvre d’actions visant à préserver ou restaurer leur fonctionnalité. Force est de constater que certaines de ces actions dépassent largement les moyens techniques et financiers des AAPPMA et FDAAPPMA, il est 12 PDPG 2019-2025

indispensable de développer des partenariats privilégiés avec les principaux gestionnaires des milieux aquatiques. Les concertations durant la phase d’élaboration du PDPG avec les partenaires techniques doivent se poursuivre dès la promulgation du document afin de cibler rapidement les actions à mener dans un premier temps. Le COPIL mis en place dans la phase d’élaboration pourra évoluer en comité́ de suivi du PDPG en phase opérationnelle. Ce comité́ de suivi pourra par exemple se réunir une fois par an, en début d’année, pendant la durée du plan, pour faire le point sur les actions conduites dans l’année, les blocages éventuels et les perspectives et programmations de l’année suivante. Enfin, des participations techniques et financières de la FDAAPPMA peuvent également être mises en place lors de la réalisation et le suivi d’actions cohérentes avec les PDPG dans la mise en œuvre des programmes des autres gestionnaires.

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2 DEMARCHE ET METHODOLOGIE D’ELABORATION ET DE MISE EN ŒUVRE DU PDPG L’élaboration du PDPG du Jura s’inscrit pleinement dans la démarche logique définie et instaurée par le Conseil Supérieur de la Pêche (CSP) aujourd’hui Agence Française pour la Biodiversité (AFB) et récemment mise à jour pour mieux s’adapter avec la gouvernance écologique actuelle. La démarche d’élaboration présentée ci-dessous (Figure 2) se compose de plusieurs phases avec trois étapes clés : l’identification des contextes piscicoles, le diagnostic du milieu et des populations piscicoles et les préconisations et priorisations des actions.

Phase préparatoire

Identification des Contextes Piscicoles

•Articulation avec les autres documents de planification •Information auprès des AAPPMA et désignation d'un référent •Constitution du comité de pilotage •Moyens et outils

•Définition des contextes (nombres et délimitation du contour des contextes) •Détermination de la vocation piscicole (salmonicole, intermédiaire, cyprinicole) •Définition de l'espèce repère et des espèces cibles Comité de pilotage et consultation AAPPMA

Diagnostic du milieu et des populations piscicoles

•Recueil de données •Analyse de l'état de fonctionnalité des populations piscicoles •Définition de l'état de fonctionalité global •Hiérarchisation des facteurs limitants Comité de pilotage et consultation AAPPMA

Préconisation et priorisation des actions

•Identification des actions à réaliser •Hiérarchisation des actions •Cohérence avec les autres documents de gestion (SDAGE...) •Définition des modes de gestion (patrimonial, raisonnée, d'usage) Comité de pilotage et consultation AAPPMA

Figure 2 : Les étapes d'élaboration du PDPG

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2.1 IDENTIFICATION DES CONTEXTES PISCICOLES ET DES ESPECES REPERES 2.1.1 Les contextes piscicoles Le contexte piscicole est l’unité de gestion du PDPG. Sa limite n’est ni plus ni moins que le bassin versant du réseau hydrographique dans lequel « une communauté piscicole naturelle fonctionne de manière autonome, c’est-à-dire qu’elle réalise l’ensemble de son cycle vital (reproduction, éclosion, croissance) » (Holl et al ; 1994). L’unité de gestion correspond donc avant tout à une réalité biologique. Les limites de ces contextes ne correspondent pas toujours aux limites administratives ou à celles des parcours gérés par les sociétés de pêche. Détermination et délimitation des contextes La définition des contextes se fait en plusieurs étapes : La première étape consiste à discriminer les contextes suivant leurs domaines piscicoles. Un domaine piscicole (ou vocation piscicole) renseigne sur la nature et surtout le type de peuplement piscicole qui doit théoriquement dominer le contexte. Dans le cas des cours d’eau, il existe ainsi trois grands types de domaines piscicoles : le type salmonicole, cyprinicole et intermédiaire. La caractérisation des domaines piscicoles jurassiens s’est basée sur la biotypologie de Verneaux (1973) qui fait appel à un ensemble de paramètres mésologiques (données thermiques, trophiques et morphodynamiques pour calculer les peuplements théoriques le long d’un continuum fluvial. Une revue des connaissances acquises au sein de la fédération (donnée SDVP, diagnostic piscicole, résultat d’inventaires…) a donc été nécessaire en amont. La correspondance entre domaine piscicole, typologie de Verneaux (1973) et zonation de Huet (1949) est indiquée dans le Tableau 1.

15 PDPG 2019-2025

Tableau 1: Caractéristiques principales des différents domaines piscicoles

Zone niveau typologique

Zones à truites Niveau B0 à B4

Domaine piscicole

Salmonicole

Zone à Ombre Niveau B5 à B6

Truite fario

Zone à brème

Intermédiaire Truite et/ou Ombre

Espèces caractéristiques

Zone à Barbeau

Cyprinidés rhéophiles

Truite et/ou Ombre Cyprinidés rhéophiles Cyprinidés et carnassiers d’accompagnement

Cyprinidés et carnassiers d’accompagnemen Cyprinidés d’eau calme t

Cyprinicole Cyprinidés rhéophiles Cyprinidés et carnassiers d’accompagnement Cyprinidés d’eau calme

Une fois ces « vocations » piscicoles déterminées, on recherche les cas particuliers d’isolement des populations (grand barrage, infranchissable naturel) qui conduiraient à modifier les limites de contexte. Une vérification de la cohérence entre les domaines piscicoles et les masses d’eaux superficielles définies au titre de la DCE est nécessaire pour une meilleure approbation du PDPG par les partenaires extérieurs. D’une manière générale, la définition des contextes suit une logique de bassin versant tout comme les unités de gestion de la DCE. Néanmoins, il n’y a pas systématiquement une correspondance entre les limites des masses d’eau et celles des contextes. (Une masse d’eau peut comprendre plusieurs contextes et vice versa). Lorsque les limites étaient proches, le périmètre du contexte a été légèrement modifié pour se caler sur celui de la masse d’eau correspondante. Enfin, un regroupement de certains contextes a eu lieu afin d’éviter une multiplication excessive du nombre de contextes et de perdre en lisibilité. Dans le cas de petits cours d’eau salmonicoles affluents de grands cours d’eau intermédiaires ou cyprinicoles, ceux-ci ont été regroupés au sein d’un contexte unique dans la mesure où les peuplements piscicoles, les perturbations et les enjeux de protection et de restauration des milieux sont comparables (Figure 3).

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mesure où les peuplements piscicoles, les perturbations et l es enjeux de protection/ tauration des milieux et des espèces sont comparables. Ceci permet de prendre en mpte ces cours d’eau et de proposer des actions, sans pour autant multiplier exagérément nombre de contextes.

emple : Contexte cypr inicole Contexte salmonicole unique

Contexte cypr inicole Contexte salmonicole unique

FÉDÉRATION NATIONALE DE LA PÊCHE EN FRANCE • CADRE PDPG-

Figure 3: Stratégie de regroupement des petits cours d’eau salmonicoles affluents de grands cours d'eau

Cas particuliers des plans d’eau La méthodologie en ce qui concerne les plans d’eau artificiels et les lacs naturels a été au final définie par la FDAAPPMA en accord avec le comité de pilotage. Dans un but de cohérence avec la DCE, les masses d’eau « plans d’eau » artificialisées de plus de 50 ha ont été intégrées dans le diagnostic PDPG. Ces milieux présentent en effet des enjeux écologiques et halieutiques, même s’il s’agit de milieux anthropisés. En ce qui concerne les lacs naturels du Jura, le choix de les considérer chacun comme un contexte à part ou de les faire figurer dans un contexte existant a été traité au cas par cas. Généralement, les lacs tributaires d’une masse d’eau superficielle ont été rattachés à celle-ci en prenant en compte leur spécificité dans chacune des étapes du PDPG. De même, les lacs définis comme contexte à part entière ont fait l’objet d’une méthodologie particulière.

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2.1.2 Définition de l’espèce repère et des espèces cibles Notion d’espèce repère et d’espèce cible Espèce repère Pour évaluer le degré de fonctionnalité d’une communauté piscicole entière, la méthodologie du PDPG se base sur une espèce repère propre à chaque domaine piscicole. Il s’agit d’une espèce de poisson inféodé aux caractéristiques du contexte et présentant un degré de sensibilité assez élevé notamment pour l’accomplissement de son cycle de vie. La notion d’espèce repère est voisine de celle d’espèce parapluie utilisée en écologie. Elle admet que si l’espèce repère peut réaliser son cycle biologique sans perturbation, les autres espèces du peuplement qui l’accompagne le peuvent également, toutes actions améliorant la qualité de vie de l’espèce repère bénéficieront également aux autres espèces. Espèce cibles Certaines espèces présentes sur le contexte (espèces patrimoniales, vulnérables ou à forte valeur halieutique) peuvent nécessiter une protection ou une gestion toute particulière sans pour autant être définies comme des espèces repères. Elles peuvent alors être utilisées dans l’expertise de la fonctionnalité des contextes et surtout être définies comme espèce cible pour la définition des actions et des mesures de gestion. Définition de l’espèce repère suivant le domaine piscicole En contexte salmonicole : la truite fario et son cortège d’espèces d’accompagnement sont les indicateurs. En contexte cyprinicole : le brochet En contexte intermédiaire : plusieurs espèces repères possibles Les cyprinidés d’eaux vives ont un préférendum typologique et une abondance optimale dans la zone comprise entre les niveaux typologiques B5 et B7. Ils s’acclimatent à un large spectre de milieux et son cortège constitue une très large partie du peuplement de référence des contextes intermédiaires. Dans le bassin Rhône-Saône-Doubs, ce cortège se compose du barbeau fluviatile, du chevesne, du blageon, du goujon, du hotu, du spirlin, de la vandoise et du toxostome.

18 PDPG 2019-2025

La truite fario et le brochet à la fois ont été retenus dans certains cas particuliers. Par exemple lorsqu’un cours d’eau présente une succession de biefs favorables au brochet et des petits affluents salmonicoles courants favorables à la truite, ou encore un cours d’eau salmonicole en communication directe avec un lac naturel. Remarque : L’ombre commun était autochtone dans les bassins versants jurassiens dans lequel il est encore présent. Étant typique de la zone intermédiaire (on parle d’ailleurs de zone à ombre dans la typologie de Huet), il pourrait théoriquement servir d’espèce repère. Néanmoins, ces dernières années, une dynamique de populations traduisant un déclin de l’espèce mérite réflexion. Par ailleurs, les populations d’ombre commun ont assez souvent une origine anthropique récente avec le déversement important d’ombre rhénan supplantant la souche rhodanienne dans le département. D’après la méthodologie du PDPG, l’expertise de la fonctionnalité du contexte à partir de cette seule espèce repère risque d’être un exercice trop compliqué. Néanmoins, sa présence/absence dans les contextes intermédiaires naturellement peuplés doit cependant être intégrée comme élément de diagnostic du contexte. Il est alors pris en compte comme espèce faisant partie du cortège représentatif du contexte en étant définie comme espèce cible. En contexte plans d’eau : Le choix de l’espèce repère a été traité au cas par cas Dans les lacs naturels et les retenues artificielles présentant un marnage compatible avec la reproduction des espèces phytophiles, le choix de l’espère repère s’est porté sur le brochet. A contrario, sur les retenues très impactées par des phénomènes de marnage, le choix du sandre parait plus opportun, notamment quand la retenue présente un fort potentiel halieutique pour cette espèce.

19 PDPG 2019-2025

Biologie des espèces repères Étant donné que le degré de fonctionnalité des contextes est évalué par la capacité de l’espèce repère à accomplir son cycle de vie, il est nécessaire de présenter la biologie de ces espèces dans ce document. En outre, cela permet de mieux cibler et de hiérarchiser l’impact des facteurs limitants sur l’espèce repère. La truite fario (Salmo trutta fario; Linnaeus, 1758) : La truite est un salmonidé affectionnant les eaux fraîches (températures comprises entre 0 et 20 °C) et bien oxygénées (supérieur à 6 mg/l d’oxygène dissous). Il s’agit d’une espèce migratrice holobiotique, en d’autres termes, elle utilise un large panel de milieux (fosse, radiers, plats, courants, etc.) répartis le long de la rivière afin d’accomplir son cycle de reproduction (Figure 4).

Figure 4 : Cycle biologique de la truite fario

20 PDPG 2019-2025

La plasticité de la truite fario la conduit parfois à peupler les lacs correspondant à ces exigences en termes de qualité de l’eau. Elle prend alors un phénotype particulier, mais son cycle biologique reste encore tributaire de zone de fraies présentes sur des petits affluents notamment. On parle alors de truite lacustre. Tableau 2 : Statut de conservation de la truite fario (*LC : préoccupation mineure)

Liste rouge

Législation

Monde

France

Berne

Habitats

Arrêté du 8/12/1988 X

Le brochet (Esox Lucius; Linnaeus, 1758 ) : Le brochet est une espèce affectionnant les eaux calmes avec un couvert végétal dense comme ceux des cours d’eau à méandres riches en végétation aquatique ou les zones peu profondes de plans d’eau. Il est également une espèce migratrice holobiotique. Le brochet effectue ainsi des migrations transversales dans le lit majeur inondé lors de la reproduction, mais également des migrations longitudinales dans le cours d’eau notamment depuis les lacs vers leurs tributaires. (Figure 5). Mars-avril:

Baissières, mortes, franges littorales plates : Frayères et nurseries

Fraie sur des graminées amphibies restant en eau

Œufs

jusqu’en mai au moins

2 à 4 semaines d’incubation

Alevin vésiculé : fixé aux graminées Alevin : dans les herbiers 10 jours minimum

Crues printanières : Migration des géniteurs vers les zones de reproduction

Juvéniles (40-150 mm) : herbiers et ceintures d’hélophyte peu dense

Adulte

Maturation : 2 ans ♂ / 3 ans

Immature (200-500 mm) : attiré par les herbiers, les branchages et les blocs

Chenal : zone de grossissement

Figure 5 : Cycle biologique du brochet

21 PDPG 2019-2025

Migration vers les zones de grossissement

Tableau 3 : Statut de conservation du brochet (*LC : préoccupation mineure / VU: vulnérable )

Liste rouge

Législation

Monde

France

Berne

Habitats

Arrêté du 8/12/1988

Les cyprinidés rhéophiles : Le barbeau fluviatile (Barbus barbus; Linnaeus, 1758 ) Le barbeau fluviatile est une espèce benthique vivant dans les rivières larges et courantes, bien oxygénées (B5 à B7). Ce poisson affectionne les fonds caillouteux ou sableux où il se nourrit essentiellement d’insectes aquatiques. Il se reproduit d’avril à juillet sur substrat graveleux en plein courant. Comme la majorité des espèces benthiques, il possède une faible capacité de franchissement. Le chevesne (Squalius cephalus; Linnaeus, 1758 ) Le chevesne est une espèce ubiquiste, c’est-à-dire qu’il occupe un large spectre d’habitat ce qui se traduit par une vaste aire de répartition allant de la zone à truite à la zone à brème. Il se maintient également dans certains lacs. Son préférundum se situe tout de même au niveau de la zone à barbeau. La reproduction du chevesne a lieu au printemps à partir de la mi-avril. Il est peu exigeant en matière de qualité d’eau et peut supporter des températures supérieures à 30°C. La vandoise (Leuciscus leuciscus; Linnaeus, 1758 ) La vandoise vit essentiellement dans les eaux courantes et fraîches, mais surtout dans des eaux bien oxygénées. Pour ces raisons, il est admis que la vandoise est le cyprinidé rhéophile le plus exigeant vis-à-vis de la qualité de l’eau ce qui en fait un bon indicateur de la qualité du milieu. La fraie de la vandoise se déroule entre mars et avril.

22 PDPG 2019-2025

Le hotu (Chondrostoma nasus; Linnaeus, 1758 ) Le hotu est un racleur périlithophage qui se nourrit principalement de diatomées, il s’accommode donc d’une eutrophisation limitée. Il forme des bancs plurispécifiques pour les juvéniles et monospécifiques pour les adultes. Sa reproduction nécessite des migrations caractéristiques vers des sites peu profonds et à fort courant. La reproduction a lieu entre mars et avril, la ponte se fait sur des graviers grossiers ou sur des galets. Les adultes occupent progressivement des habitats plus profonds. Le toxostome (Parachondrostoma toxostoma; Vallot, 1837 ) Le toxostome partage les mêmes traits de vie que le hotu. Sa reproduction est toutefois plus tardive (fin mai). Lorsque les deux espèces cohabitent dans un milieu, elles ont une forte tendance à s’hybrider au détriment du toxostome qui disparait progressivement par introgression et compétition avec le hotu. L’espèce est également sensible aux variations de niveaux d’eau lors de la fraie. Le toxostome a presque disparu de l’axe Rhône-Saône et ne subsiste plus que dans certains affluents. Le blageon (Telestes souffia; Risso,1827 ) Le blageon est autochtone dans le bassin de la Saône, du Doubs et de l’Ain. Le biotope du blageon est constitué par les eaux claires et courantes de la zone à ombre. Il s’alimente essentiellement de larves d’insectes, de diatomées et d’algues filamenteuses. La reproduction n’a lieu qu’en juin, la ponte se déroule en une seule fois. Le spirlin (Albunoïdes bipunctatus; Bloch, 1782) Le spirlin est une espèce grégaire affectionnant les remous des eaux courantes de la zone à barbeau. Il se nourrit de micro-invertébrés apportés par le courant. Les pontes peuvent être multiples, elles débutent en avril et s’étalent jusqu’en juin. La femelle dépose à chaque fois une centaine d’œufs sur des graviers et galets de radiers peu profonds. Le spirlin est souvent associé aux eaux de bonne qualité.

23 PDPG 2019-2025

Tableau 4 : Statut de conservation des cyprinidés d’eaux vives (*LC : préoccupation mineure / VU: vulnérable / NT: quasi menacé / DD: Données insuffisantes )

Liste rouge

Législation

Espèce

Monde

France

Barbeau fluviatile

Chevesne

Vandoise

Hotu

Toxostome

Blageon

Spirlin

Berne

Habitats

Arrêté du 8/12/1988

X X

Le sandre (Sander lucioperca; Linnaeus, 1758 ) : Espèce introduite dans le bassin de la Saône en 1910, le sandre est depuis bien représenté dans les lacs et les grands cours d’eau. Cette espèce lucifuge a une activité nocturne ou crépusculaire et se maintient dans les eaux profondes en journée. Mâture vers 3-4 ans, la reproduction du sandre a lieu entre avril et mai. Elle se fait en profondeur (jusqu’à 17 m en lac) sur des supports divers comme des racines (le substrat de préférence), mais également sur des pierres ou du gravier à défaut. Le mâle protège le nid par la suite tout en oxygénant les œufs. Tableau 5 : Statut de conservation du sandre (*LC : préoccupation mineure / VU: vulnérable )

Liste rouge

Législation

Monde

France

Berne

Habitats

24 PDPG 2019-2025

Arrêté du 8/12/1988

2.2 DIAGNOSTIC DU MILIEU ET DES POPULATIONS PISCICOLES Pour mémoire, l’état de fonctionnalité d’un contexte est apprécié d’après la capacité de l’espèce repère à assurer l’ensemble de son cycle biologique. Cette étape nécessite donc de disposer de données actualisées selon une méthodologie robuste et comparables avec les données historiques. L’évolution des chroniques pour chaque contexte permettra de mettre en avant les principales causes de dysfonctionnement du milieu.

2.2.1 Recueil des données pour la réalisation du diagnostic Données piscicoles La veille bibliographique préalable à

délimitation

chaque

contexte a également permis de mettre en lumière l’absence de données fiables et adaptées sur certains contextes ou la nécessité de réactualiser la donnée sur d’autres. Une des premières réflexions qui s’est

posée

amont

l’élaboration du PDPG se porte ainsi sur le type de données à intégrer dans le document. Les PDPG sont réactualisés selon un échéancier compatible avec le SDAGE, soit 5 ans. Néanmoins, la stratégie à retenir doit pouvoir intégrer un maximum de données couvrant l’ensemble du territoire et garantir une charge de travail

Figure 6 : Campagne 2018 de réactualisation des

en adéquation avec le temps de rédaction inventaires piscicoles du département dans le du plan.

cadre du PDPG

25 PDPG 2019-2025

Il a donc été décidé d’incorporer toutes les données de pêches d’inventaires exhaustifs à l’électricité réalisés par la fédération de pêche, l’AFB, les bureaux d’études depuis 2011. Soit plus de 387 pêches d’inventaires au final. À cela s’ajoutent les 85 pêches d’inventaire qui ont eu lieu en 2018 afin d’acquérir, ou de réactualiser la donnée pour le PDPG (Figure 6). Données physico-chimiques Les données physico-chimiques provenant des réseaux de mesures de l’agence rhône, méditerranée, corse ont fait l’objet d’une analyse pour chacun des contextes. Les résultats pour les paramètres ammonium, nitrite, nitrate, orthophosphore, phosphore total et DBO5 ont été comparées au référentiel de qualité pour les eaux courantes mise au point par Nisbet et Vernaux (1970) et par la grille SEQU-EAU pour les autres paramètres. Remarque : Les prélèvements physico-chimiques ont pour la plupart été effectués dans le cadre d’un réseau de mesure. Les concentrations correspondent généralement au bruit de fond du cours d’eau et non au maximum d’une pollution. Les données thermiques Une analyse des données disponibles de températures des cours d’eau pour chaque contexte figure dans les fiches actions du PDPG à travers la répartition et la moyenne des températures des 30 jours les plus chauds (Tmm30j). Cet indicateur est utilisé dans le calcul des niveaux typologiques.

2.2.2 Définition du niveau de fonctionnalité des populations piscicoles L’état de fonctionnalité́ des populations piscicoles a été́ évalué à partir du croisement de deux outils permettant d’exploiter les résultats de pêche électrique : la biotypologie théorique de Verneaux et l’indice Poisson Rivière (IPR). L’ensemble des résultats doit néanmoins être systématiquement validé ou pondéré par l’avis d’un expert pour établir un état de fonctionnalité fidèle à la réalité biologique.

26 PDPG 2019-2025

La biotypologie de Verneaux ,1973 La biotypologie décrit l’essentiel commun de certaines communautés qui deviennent alors prédictibles en fonction du type d’hydrosystème. Les travaux de Verneaux notamment sur le réseau hydrographique du Doubs (Verneaux, 1973) complétés en 1976 (Verneaux, 1976), ont définis une structure longitudinale théorique se composant de dix biocénotypes (B0 àB9) possédant chacun un groupement d’espèces partageant des exigences écologiques proches. Cette approche devient pertinente dans le cadre de l’évaluation de la qualité piscicole avec la tentative de caractériser ces biocénotypes à partir de paramètres abiotiques (Verneaux 1977). L’auteur propose donc une formule pour déterminer le Niveau Typologique Théorique (NTT) calculé à partir de paramètres abiotiques que sont la température, la distance à la source, la section mouillée à l’étiage, la pente, la dureté et la largeur du lit (Annexe 3). Ces paramètres illustrent ainsi les composantes thermiques, trophiques et morphodynamiques. Le calcul du type théorique permet de prédire le long d’un cours d’eau, la composition quantitative et qualitative du peuplement optimal qu’il devrait héberger en l’absence de dégradation. Les écarts entre ce potentiel biologique et le peuplement observé permettent donc d’apprécier les altérations du milieu. Remarque : On notera que chacune des espèces se voit affecter une cote d’abondance afin de mieux comparer les espèces qui ont des capacités de développement différentes (Verneaux, 1973). Ces classes d’abondances sont calculées à partir de classes spécifiques pour chaque type d’échantillonnage. Pour chaque espèce, il existe une classe d’abondance numérique et une classe d’abondance pondérale. De ces deux classes attribuées, on retiendra la plus petite pour ne pas avoir une surestimation de l’abondance liée à quelques très gros sujets par exemple (forte classe de poids) alors que les juvéniles sont rares (faible classe de nombre) ou l’inverse (faible biomasse, car déficit en géniteurs, donc problème pour la population même si la classe numérique est correcte).

27 PDPG 2019-2025

L’indice Poisson Rivière (IPR) L’Indice Poisson Rivière (IPR) mis au point en 2002 et repensé en 2008 (Oberdorff et al., 2002) permet de comparer la structure de la biocénose observée avec la structure fonctionnelle attendue en l’absence de perturbation d’origine anthropique. L’IPR se base en tout sur 11 métriques regroupant les espèces en fonction de leurs exigences écologiques. La valeur donnée à chaque métrique est fonction de l’importance de l’écart entre le résultat de l’échantillonnage sur une station donnée et le score attendu en situation de référence pour la métrique considérée. Si l’IPR est élevé, alors les caractéristiques du peuplement échantillonné s’éloignent de celles du peuplement de référence. Le peuplement de référence est déterminé selon des variables environnementales telles que la température de l’air, la surface du bassin versant, la morphologie du cours d’eau ou l’unité hydrologique. Il a été modélisé à partir de 1654 stations peu ou pas affectées par l’homme et réparties sur le territoire français. Remarque : L’IPR bien que DCE-compatible ne donne pas toujours une image fidèle du peuplement piscicole sur lequel on l’applique. Il est nécessaire de préciser que l’indice ne prend pas en compte la biomasse des populations. Ainsi, il apparait peu sensible sur les cours d’eau apicaux présentant une richesse spécifique naturellement pauvre (1 à 3 espèces) pour lesquels les altérations se manifestent en premier lieu par une diminution de la biomasse. De plus, les absences historiques de certaines espèces sont automatiquement associées comme étant des dégradations de la qualité des peuplements. Enfin, la méthode d’échantillonnage associée à l’indice n’est pas exhaustive, quid alors des espèces difficilement capturables ou à faible répartition. Par conséquent, l’analyse de l’expert reste indispensable à toute caractérisation de l’état de santé d’un peuplement piscicole.

28 PDPG 2019-2025

2.2.3 Définition du niveau de fonctionnalité des contextes La méthodologie du PDPG définit 4 classes de qualité pour apprécier le degré d’altération de chaque contexte. Ces classes tiennent compte de la répartition et de l’abondance de l’espèce repère ainsi que de la fonctionnalité de son cycle biologique. Contexte conforme : L’espèce (ou le cortège d’espèces) repère accomplit son cycle biologique (recrutement, croissance). Sa répartition est large à l’échelle du réseau hydrographique du contexte et sa (ses) population(s) est (sont) globalement à des niveaux d’abondance comparables aux valeurs attendues pour les milieux concernés

(valeurs

historiques

connues,

référentiels

typologiques,

indices

piscicoles...). Des perturbations existent, mais affectent globalement pas ou peu la (les) population(s) de l’espèce (ou le cortège d’espèces). Les milieux aquatiques sont de bonne qualité́ et fonctionnels pour l’espèce à l’échelle du contexte. Contexte peu perturbé : L’espèce (ou le cortège d’espèces) repère accomplit son cycle biologique. Sa répartition peut cependant montrer des irrégularités (tronçon(s) hydrographique(s) où l’espèce (ou le cortège d’espèces) est absent(e) et/ou sa (ses) population(s) est (sont) en deçà̀ des niveaux d’abondance attendus. La qualité́ et/ou la fonctionnalité́ des milieux aquatiques est (sont) plus ou moins altérée(s) et l’impact global des perturbations sur l’espèce (ou le cortège d’espèces) repère est quantifiable (répartition, abondance) à l’échelle du contexte.

29 PDPG 2019-2025

Contexte très perturbé : L’espèce (ou le cortège d’espèces) repère accomplit difficilement son cycle biologique. De fait, sa répartition est morcelée à l’échelle du réseau hydrographique du contexte et, dans ses zones de présence, sa (ses) population(s) est (sont) d’abondance limitée. La qualité́ et/ou la fonctionnalité́ des milieux aquatiques est (sont) significativement altérée(s). Contexte dégradé́ : Le cycle biologique de l’espèce (ou le cortège d’espèces) repère est interrompu et de fait, l’espèce (ou le cortège d’espèces) n’est plus présent(e) naturellement (hors repeuplement) dans le contexte. La qualité́ et la fonctionnalité́ des milieux aquatiques sont (ou ont été́ ) durablement altérées. La répartition et l’abondance de l’espèce repère le long d’un contexte sont des éléments facilement perceptibles à travers la comparaison entre peuplement observé et peuplement référentiel déterminé par la biotypologie. En revanche, la fonctionnalité du cycle biologique (recrutement et croissance), est un élément difficilement perceptible par ces méthodes. Ce critère ne peut être perçu qu’à travers l’analyse et les connaissances de l’expert.

2.2.4 Identification des facteurs limitants Cette étape permet l’évaluation de la fonctionnalité des compartiments nécessaires à l’accomplissement du cycle biologique de l’espèce repère. Pour réaliser ce bilan, un certain nombre d’informations ont été récoltées auprès des différents producteurs et gestionnaires de données pour mettre en évidence les principaux facteurs limitants perturbant le fonctionnement des écosystèmes aquatiques (données thermiques et morphologiques, et analyses chimiques). Afin de mieux mettre en avant les principales causes de dysfonctionnement, les facteurs limitants sont énoncés par ordre d’importance et leurs impacts sur l’écosystème sont systématiquement explicités.

30 PDPG 2019-2025

2.2.5 Préconisations et priorisation d’actions et de gestion En conclusion du PDPG, des séries d’actions ou de solutions techniques cohérentes entre elles et dont l’objectif est de réduire ou au mieux de supprimer les facteurs limitants identifiés dans la phase de diagnostic, sont proposées pour chaque contexte. Afin de préparer au mieux la suite du PDPG, la dernière phase de concertation notamment avec les AAPPMA s’est axée essentiellement sur les actions qui peuvent être mises en œuvre directement par les associations. Elle a été également l’occasion de préconiser les modalités de gestion piscicole.

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Identification et hiérarchisation des actions à réaliser Le PDPG permet l’identification des facteurs limitants via l’analyse de la fonctionnalité des milieux vis-à-vis de l’espèce repère. Sur cette base, différentes catégories d’actions peuvent être préconisées : Actions directes sur le milieu : travaux de restauration ou de diversification des habitats, action sur la ripisylve… : Actions

sur

des

ouvrages

d’origine

anthropique :

franchissement,

assainissement, suppression de digues ou de merlons… ; Actions de type réglementaire : proposition et justification de classement en APB, de classement au titre de l’article L.214-17 Liste 1 ou Liste 2, de classement en 1ére ou 2ème catégorie piscicole, d’adaptation de la réglementation pêche dans les arrêtés préfectoraux correspondants (tailles légales de capture, quotas, périodes d’ouverture et fermeture…), mise en conformité d’usages ne respectant pas la réglementation. Action de type gestion (gestion piscicole, maîtrise foncière, acquisition de baux de pêche, bonnes pratiques agricoles… ); Actions de surveillance et contrôle des usages : contrôle des prélèvements d’eau en période d’étiage, contrôle des débits réservés, contrôle de l’activité pêche (garderie)… ; Acquisition de connaissance complémentaire : suivi thermique, analyse chimique… ; Communication/sensibilisation : auprès du grand public, des scolaires, des gestionnaires locaux, des maîtres d’ouvrages potentiels, participation à des instances de concertation.... Le PDPG doit être un outil d’aide à la décision pour les gestionnaires et les pouvoirs publics. Il est donc indispensable de hiérarchiser ces différents groupes d’actions afin de pouvoir prioriser les interventions à mener. Cette hiérarchisation doit tenir compte de plusieurs critères (facilité de mise en œuvre de l’action, cohérence avec les plans de planification, acceptation du projet au niveau local), mais avant tout du gain ou de la préservation écologique potentielle.

32 PDPG 2019-2025

Assurément, les actions préconisées pourront être réalisées de manière isolée, mais pour augmenter l’efficacité globale, plusieurs actions devront être menées de manière cohérente afin de garantir une réponse biologique optimale. Enfin, certaines actions spécifiques pourront également être préconisées en vue d’améliorer la qualité d’un peuplement piscicole autre que celui de l’espèce repère, notamment celui de l’espèce cible. Les effets attendus de ces actions sur les peuplements ainsi que sur les milieux associés seront systématiquement explicités. Préconisation de gestion piscicole En fonction de l’état du milieu et des populations piscicoles, tels que définis à la suite du diagnostic PDPG, le document préconisera un mode de gestion piscicole à mettre en œuvre par les détenteurs de droits de pêche. Le PDPG ne traite pas (sauf exception) des aspects opérationnels (espèces, stades, quantités…). Ces aspects doivent être abordés plus en détail dans les Plans de Gestion Piscicole des gestionnaires locaux. Les différents types de gestion piscicole pouvant être préconisés sont au nombre de 3, détaillés ci-dessous : Gestion patrimoniale : La gestion patrimoniale vise à préserver les populations piscicoles naturelles et les capacités de production du milieu. Le gestionnaire devra donc veiller à ne pas introduire de déséquilibre sur les populations naturelles, tout en mettant en œuvre, lorsque nécessaire, des actions visant à préserver le milieu (contextes conformes) et/ou à agir sur les principales causes de perturbations afin de lever les facteurs limitants identifiés (contextes peu perturbés). Les opérations de repeuplement seront globalement exclues sur le contexte. Cas particuliers : Sur les contextes peu perturbés, le PDPG pourra cependant identifier des secteurs particuliers où des opérations de réempoissonnement pourront être autorisées. C’est

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le cas de certains plans d’eau faisant partie du contexte, ou alors de secteurs perturbés, voire dégradés, situés au sein d’un contexte en gestion patrimoniale. Dans tous les cas, ces opérations devront être justifiées et détaillées dans les PGP des gestionnaires. Elles devront également être strictement encadrées avec l’appui technique de la FDAAPPMA (espèces, stades, quantités, état sanitaire...) et faire l’objet d’un suivi. Gestion raisonnée : Sur les contextes peu perturbés et très perturbés notamment, la restauration des fonctionnalités naturelles des populations n’est pas envisageable à court ou moyen terme (durée du PDPG). Des opérations de rempoissonnements pourront alors être mises en œuvre afin de soutenir les populations piscicoles ainsi que la demande halieutique. En parallèle, des actions seront préconisées afin de préserver le milieu et/ou agir sur les principales causes de perturbations afin de lever les facteurs limitants identifiés. Gestion d’usage : Sur les contextes très perturbés et dégradés notamment, lorsqu’il n’est pas envisageable de restaurer les fonctionnalités naturelles du milieu à long terme, une gestion d’usage pourra être proposée par le PDPG. Ce type de gestion visera alors à satisfaire prioritairement la demande des pêcheurs, notamment par la mise en œuvre d’opérations directes sur les peuplements. Des actions sur le milieu pourront être menées en parallèle afin d’améliorer les fonctionnalités naturelles, même si celles-ci ne pourront pas être restaurées dans leur totalité́ .

34 PDPG 2019-2025

3 SYNTHESE A L’ECHELLE DEPARTEMENTALE 3.1 PRESENTATION DU DEPARTEMENT 3.1.1 Réseau hydrographique du Jura Le réseau hydrographique du Jura s’organise en deux systèmes totalement différents : celui de la Plaine où les cours d’eau s’écoulent d’est en ouest vers le bassin de la Saône et celui de la chaîne de montagne du Jura qui s’écoule du nord au sud en direction du bassin du Rhône (Figure 7).

Figure 7: Réseau hydrographique simplifié du département du Jura

35 PDPG 2019-2025

Le réseau hydrographique de la plaine Deux rivières principales structurent le nord du réseau : le Doubs (doublé du canal du Rhône au Rhin) et la Loue. Les deux rivières, après un régime torrentueux dans le Haut-Doubs, s’écoulent lentement formant à l’origine de nombreux bras et annexes hydrauliques en processus de comblement de nos jours. Le régime hydrologique du Doubs et de la Loue est de type pluvio-nival. Une seule période de hautes eaux est observée dans l’année, généralement entre décembre et avril, au cours de laquelle se produisent les plus fortes crues. Quant aux basses eaux, elles se concentrent essentiellement entre juin et septembre. Plus au sud, le réseau est constitué de rivières secondaires au chevelu hydrique dense : la Cuisance, l’Orain, la Brenne, la Seille et la Vallière. Elles prennent leur source au fond des nombreuses reculées et drainent la Bresse vers le Doubs ou la Saône. Entre Seille et Orain, la nature du sous-sol a permis l’installation de nombreux étangs. Les rivières présentent un régime hydrologique pluvial avec de hautes eaux en fin d’automne et en hiver et des basses eaux en été se prolongeant de plus en plus durant l’automne. Le réseau hydrographique de la montagne du Jura Clairsemé par rapport à la plaine, le réseau est structuré par l’Ain qui sépare le 1 er et 2èmeplateau, la Bienne dans le Haut-Jura et les cours d’eau de petite montagne (Suran, Valouse) qui suivent le relief plissé du nord au sud. L’Ain prend sa source à 750 m sur le plateau de Nozeroy. Il disparait dans des pertes puis descend vers le plateau de Champagnole où il reçoit les eaux torrentielles de la Saine et de la Lemme. Il s’écoule ensuite dans la Combe d’Ain ou il reçoit en rive gauche des affluents comme le Hérisson qui drainent la région des Lacs. (Bonlieu, Chalain, Narlay, Maclu, Ilay etc..). Il emprunte ensuite une vallée très encaissée transformée en retenue sinueuse, le lac de Vouglans. À la sortie du Jura il reçoit la Bienne dans la retenue de Coiselet et la Valouse dans la retenue de Cize-Bolozon. La Bienne prend sa source près de la frontière suisse et s’écoule vers Morez puis bifurque en direction de St-Claude dans une gorge encaissée.

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Le régime hydrologique de l’Ain et de la Bienne est mixte du fait de deux modes d’alimentation cumulés sur le bassin, la neige et la pluie. Il se caractérise d’une part par hautes eaux automnales (octobre-novembre) purement pluviales et un étiage estival traduisant l’influence pluviale à caractère océanique. D’autre part, une diminution relative des débits moyens hivernaux (janvier-février) due à la rétention nivale précède une période de forts débits printaniers (mars-avril), débits augmentés par l’apport complémentaire des eaux de fonte des neiges. Ces caractéristiques traduisent l’influence nivale.

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3.1.2 Unités paysagères et occupation du sol Une unité paysagère est définie comme un grand ensemble cohérent en termes de géologie et l’occupation du sol qui en découle (Figure 8). Elle constitue donc une échelle de travail adapté au PDPG puisque les grandes pressions qui limitent le potentiel piscicole sont directement en lien avec l’activité de territoires globalement homogènes. Ces unités paysagères dans le Jura sont au nombre de 5 :

Figure 8: Occupation des sols et unités paysagères du Jura

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Le Pays Dolois Traversé au centre par le Doubs et sa large vallée, le Pays Dolois est limité au nord par l’Ognon et au sud par la vallée de la Loue. En dépit de son relief atténué, le secteur présente une grande diversité géologique et paysagère. La Masse de la Forêt de Chaux, installée sur une nappe de cailloutis anciens, fait contraste avec la ville de Dole et les paysages urbains le long des voies de communication. À l’est, le val d’Amour (où serpente la basse Loue) présente aux abords immédiats de son cours, un paysage analogue à celui du Doubs, avec un corridor d’arbres encerclant la rivière et les vestiges d’anciens méandres. En revanche, dès que l’on quitte les hautes terrasses, on retrouve un paysage se composant essentiellement de vastes parcelles agricoles sans relief, orientées vers la culture céréalière qui fait écho à celui du Finage à l’Ouest. La Bresse Jurassienne - Pays Lédonien Cette entité se compose à l’est du paysage du Revermont et à l’ouest par la Bresse Comtoise. Sur les hauteurs de la bordure jurassienne entaillée par de nombreuses reculées, les forêts de chênes et les taillis de buis se mélangent sur les corniches calcaires. Elle laisse place, sur les basses pentes, aux vignobles jurassiens puis à l’emprise des villes et des villages. La transition avec la plaine bressane est assurée par de multiples vallons largement boisés. La Bresse Jurassienne repose en grande partie sur un substrat imperméable facilitant le piégeage des eaux et la création d’étangs. La forêt vient au contact immédiat des plans d’eau et ne desserre son étreinte qu’à la faveur des villages. Le val de Seille est en contraste total avec le reste de la Bresse. La plaine alluviale ouverte et favorable aux cultures constitue une sorte de réplique du finage dont on retrouve la plupart des caractéristiques paysagères. La Petite Montagne Les paysages de la Petite Montagne sont issus d’une activité tectonique complexe. En effet, les couches calcaires et marneuses ont été affectées par un jeu combiné et compacté de plis et de failles nord-sud se traduisant par un paysage compartimenté fait de combes effilées séparées par des rides étroites et boisées. Les parties basses sont ainsi dévolues à la prairie et la polyculture, elles ont tendance à être gagnées par la friche ou le reboisement. Le bassin versant de la Thoreigne constitue une unité

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distincte. Il s’agit d’une plaine intramontagnarde colmatée par des dépôts glaciaires sur lesquels des marais se sont installés à l’origine. Rivière d’Ain -Région des Lac L’Ain prend sa source au contact des plateaux de Levier et de Nozeroy. L’occupation du sol s’équilibre entre forêt de résineux et finages dévolus à la pâture et aux prés de fauche. Quelques plissements forment des combes favorables à des zones de marais. Le faisceau de Syam, issu du contact des plateaux, constitue une zone accidentée. Les cours d’eau (L’Ain, la Saine et la Lemme) empruntent des tracés compliqués dans des gorges encaissées surmontées de forêts résineuses où pertes et cascades complètent cet inventaire hydrographique très varié. Le plateau des Lacs situé au sud de Champagnole est extrêment cloisonné, il est noyé au milieu d’une forêt de feuillus et de résineux. L’action des glaciers a retravaillé le profil des vallées et a aménagé des sites propices à l’installation de nombreux lacs. La Combe d’Ain où s’épanouit le lac de Chalain, entre la chaîne de l’Heute et le plateau des Lacs, constitue la zone d’expansion maximale des glaciers de la dernière période froide. L’occupation du sol est essentiellement le fait de cultures et de prairies dessinant un paysage très ouvert. Au sud, la retenue de Vouglans serpente dans les gorges de l’Ain. La forêt largement présente plonge littéralement dans l’eau. Quelques rares clairières apparaissent là où la pente est faible. La Bienne-Haut Jura Le relief du Haut-Jura, issu du plissement lors de la formation des Alpes, est très accidenté. Les monts anticlinaux, plus larges que les vals synclinaux, comportent des sommets « plans » où se développe un paysage typique de pré-bois consacré à l’alpage. Mais le paysage reste très largement dominé par les hêtraies-sapinières qui profitent des pentes abruptes pour former des forêts denses comme celle du Risoux. Les rivières, et la Bienne en particulier, ont entaillé l’ensemble permettant d’organiser une activité industrielle diffuse à partir des centres de Saint-Claude et de Morez. Au nord, le val des Rousses, au carrefour de la Bienne, de l’Orbe et de la Valserine concentre les activités de sports d’hiver qui s’intègrent dans le paysage rural.

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3.1.3 Contextes piscicoles du Jura La réflexion autour de la délimitation des contextes piscicoles, explicité dans le paragraphe 2.1.1 a permis de définir 62 contextes visibles sur la Figure 9 ci-dessous :

Figure 9: Carte des contextes (ou domaine) piscicoles du département du Jura et les espèces repères associées

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38 contextes salmonicoles Localisés principalement sur le massif Jurassien (Ain, Bienne et affluents), les têtes de bassin du Revermont (Cuisance, Orain, Seille, Valliière) et de la petite montagne (Suran, Valouse et affluents). 18 contextes intermédiaires Ce sont essentiellement les parties moyennes des grands cours d’eau sur le massif, mais également sur la plaine bressane et les cours d’eau du finage ou du val d’Amour. 2 contextes cyprinicoles Les grandes rivières aux eaux calmes du Doubs et de l’Ognon. 4 contextes plans d’eau La Chaîne de barrage de l’Ain avec les retenues de Vouglans, Saut-Mortier, Coiselet et Cize-Bolozon, mais également le lac naturel de Chalain qui par sa superficie constitue un unique contexte.

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3.2 PEUPLEMENTS PISCICOLES DU DEPARTEMENT DU JURA Le tableau ci-dessous recense les espèces piscicoles échantillonnées dans le Jura durant la période 2011-2018 par la FDDAPPMA 39, l’AFB et différents bureaux d’études. Ainsi, le Jura abrite 46 espèces piscicoles dont les caractéristiques sont listées ci-dessous. Tableau 6 : Liste d'espèces observées lors d'inventaires piscicoles dans le Jura : espèce indigène, espèce exogène, espèce susceptible de provoquer des déséquilibres biologiques Nom vernaculaire Anguille Écrevisse à pattes blanches Écrevisse signal Écrevisse américaine Black bass à grande bouche Perche soleil Chabot Able de Heckel Ablette Barbeau fluviatile Blageon Bouvière Brème bordelière Brème Carassin doré Carassin Carassin Carpe commune Chevesne Gardon Goujon Hotu Ide mélanote Pseudorasbora Rotengle Spirlin Tanche Toxostome Vairon Vandoise Brochet Poisson chat Lotte de rivière Loche franche Apron du Rhône Grémille Perche Sandre Lamproie de Planer Corégone Ombre commun Truite arc-en-ciel Truite fario Truite lacustre

Famille

Nom latin

Anguillidae Astacidae Astacidae Cambaridae Centrarchidae Centrarchidae Cottidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Cyprinidae Esocidae Ictaluridae Lotidae Nemacheilidae Percidae Percidae Percidae Percidae Petromyzontidae Salmonidae Salmonidae Salmonidae Salmonidae Salmonidae

Anguilla anguilla Austropotamobius pallipes Pacifastacus leniusculus Orconectes limosus Micropterus salmoides Lepomis gibbosus Cottus gobio Leucaspius delineatus Alburnus alburnus Barbus barbus Leuciscus souffia Rhodeus sericeus Blicca bjoerkna Abramis brama Carassius auratus Carassius carassius Carassius carassius Cyprinus carpio Leuciscus cephalus Rutilus rutilus Gobio gobio Chondrostoma nasus Leuciscus idus Pseudorasbora parva Scardinius erythrophtalmus Alburnoides bipunctatus Tinca tinca Chondrostoma toxostoma Phoxinus phoxinus Leuciscus leuciscus Esox lucius Ictalurus melas Lota lota Barbatula barbatula Zingel asper Gymnocephalus cernua Perca fluviatilis Stizostedion lucioperca Lampetra planeri Coregonus lavaretus Thymalus thymalus Onchorynchus mykiss Salmo trutta fario Salmo trutta lacustris

Code Statut de protection locale Statut de protection nationale (UICN) espèce (UICN) ANG APP PFL OCL BBG PES CHA ABH ABL BAF BLN BOU BRB BRE CAA CAS CAR CCO CHE GAR GOU HOT IDE PSR ROT SPI TAN TOX VAI VAN BRO PCH LOT LOF APR GRE PER SAN LPP COR OBR TAC TRF TRL

CR : En danger critique d'extinction VU : Vulnérable

CR : en danger critique EN : en danger

NA : non applicable NA : non applicable DD : Données insuffisantes LC : Préoccupation mineure LC : Préoccupation mineure LC : Préoccupation mineure NT : Quasi menacée LC : Préoccupation mineure LC : Préoccupation mineure LC : Préoccupation mineure

NA : non applicable NA : non applicable NT : quasi menacé NA : non applicable LC : préoccupation mineure LC : préoccupation mineure VU : vulnérable LC : préoccupation mineure LC : préoccupation mineure LC : préoccupation mineure

NA : non applicable NA : non applicable LC : Préoccupation mineure LC : Préoccupation mineure LC : Préoccupation mineure DD : Données insuffisantes LC : Préoccupation mineure DD : Données insuffisantes NA : non applicable LC : Préoccupation mineure LC : Préoccupation mineure LC : Préoccupation mineure NT : Quasi menacée DD : Données insuffisantes DD : Données insuffisantes VU : Vulnérable NA : non applicable VU : Vulnérable LC : Préoccupation mineure CR : En danger critique d'extinction LC : Préoccupation mineure LC : Préoccupation mineure NA : non applicable LC : Préoccupation mineure NA : non applicable VU : Vulnérable NA : non applicable

NA : non applicable NA : non applicable LC : Préoccupation mineure LC : préoccupation mineure LC : préoccupation mineure LC : préoccupation mineure LC : préoccupation mineure NA : non applicable NA : non applicable LC : préoccupation mineure LC : préoccupation mineure LC : préoccupation mineure EN : en danger LC : préoccupation mineure NT : quasi menacé VU : vulnérable NA : non applicable EN : en danger NT : quasi menacé CR : en danger critique NA : non applicable LC : préoccupation mineure NA : non applicable VU : vulnérable NA : non applicable EN : en danger NA : non applicable VU : vulnérable

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3.2.1 Population de truite fario La répartition et l’abondance de la truite fario dans le département du Jura sont visibles sur la Figure 10. Pour rappel, les cotes d’abondances prennent en compte la biomasse et la densité de chaque espèce, elles sont consultables en Annexe 4.

Abondance Très forte densité Forte densité Densité moyenne Faible densité Très faible densité Présence sporadique

Figure 10 : Répartition de la truite fario dans le département du Jura

Les populations de truite fario les plus robustes sont localisées essentiellement sur les têtes de bassins des cours d’eau du Haut Jura. Ainsi, l’Ain en amont de Champagnole, la Saine, la Bienne en amont de Morez, la Valserine et quelques-uns de leurs affluents, présentent encore des biomasses en truite supérieures à 100 kg/ha. Toutefois, ces populations ne peuvent pas toutes être définies comme référentielles. En effet, dans un contexte karstique à haute productivité, on peut naturellement s’attendre à des

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populations de truites avoisinant les 400 kg/ha. Enfin, à l’exception des sources de la Seille et de la Cuisance, les rivières salmonicoles du reste du département sont moribondes. L’évolution de la truite fario (Tableau 7), ces trois dernières décennies, suit une tendance négative sur une très grande majorité des cours d’eau, pour lesquels on dispose de chronique. Les évolutions positives quant à elles sont plutôt rares et sont localisées à l’échelle de la station. Tableau 7 : évolution des populations de truite fario sur les 3 dernières décennies

Loaclisation

Période Ain/Conte 2009-2014 Ain/Bourg-de-Sirod 1993-2015 Ain/Champagnole 1997-2017 Saine/Syam 1994-2017 Lemme/Syam 1994-2017 Saine/Les Planches-en-Montagne 2006-2013 Bief de la Chaille/Prémanon 2010-2017 Bienne/Hauts-de-Bienne 2010-2016 Bienne/Morbier 2010-2017 Bienne/Longchaumois 2010-2017 Bienne/La Rixouse 2010-2018 Bienne/Saint-Claude 2010-2017 Bienne/Lavans-lès-Saint-Claude 1994-2018 Bienne/Chassal 2004-2018 Valouse/Écrille 2001-2018 Valouse/Chambéria 2001-2015 Furieuse/Pont-d'Héry 1991-2018 Furieuse/Bracon 2001-2018 Furieuse/Salins-les-Bains 2010-2018 Furieuse/Amont Chapelle-sur-Furieuse 2001-2018 Furieuse/Chapelle-sur-Furieuse 2001-2018 Cuisance/Arbois 1996-2015 Orain/Tourmont 2009-2018 Seille/Baume-les-Messieurs 2003-2014 Seille/Nevy-sur-Seille 2003-2018 45 PDPG 2019-2025

Evolution

3.2.2 Population du brochet En ce qui concerne le brochet dans le département, on constate plusieurs cas de figure :

Abondance Très forte densité Forte densité Densité moyenne Faible densité Très faible densité Présence sporadique NA

Figure 11: Répartition du brochet dans le département du Jura

Sur les rivières strictement cyprinicoles, à savoir le Doubs et l’Ognon, les abondances de ces espèces sont très variables d’un bief à l’autre avec toutefois une population plus intéressante sur le secteur d’Orchamps. Néanmoins, celleci n’atteint pas le seuil des 60 kg/ha considéré comme la référence.

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Sur les rivières intermédiaires comme la Loue, l’Ain, l’Orbe, ou la Brenne, l’espèce Brochet profite surtout du réchauffement anormal des eaux pour coloniser depuis les lacs, les retenues, les étangs ou les grands cours d’eau, ces milieux qui historiquement avaient une vocation salmonicole. Ainsi, la basse Loue présente l’une des populations de brochet les plus intéressantes du département. Les lacs naturels du Jura quant à eux, présentent des populations de brochet non référentielles pour ce type de milieu.

3.2.3 Populations des espèces cibles La Figure 12 permet d’apprécier la répartition spatiale et l’abondance des 4 espèces cibles des cours d’eau Jurassiens.

codeespece APP APR LOT OBR

Abondance Très forte densité Densité moyenne Faible densité Très faible densité Présence sporadique Présence

Figure 12 : Répartition des espèces cibles du PDPG dans le département du Jura

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L’ombre commun a seulement été contacté sur l’Ain médian jusqu’à la confluence avec la Saine, sur la Valouse, sur la basse Bienne et l’Orbe. Sa présence historique sur la Loue et ses affluents principaux n’est plus avérée au regard des résultats des pêches scientifiques. Cette espèce pourtant grégaire, présente de très faibles abondances hormis sur l’Orbe. Le déclin de l’espèce constaté depuis les années 2000 se poursuit dans le département. Concernant l’écrevisse à pattes blanches (Austropotamobius pallipes), sa présence connue ne se cantonne plus qu’à de trop rares cours d’eau en tête de bassin encore relativement préservés. Elle a été remplacée par l’écrevisse signal d’origine américaine qui a colonisé la plupart du réseau hydrographique. Compte tenu de la concurrence qu’elle subit par rapport à cette espèce invasive, la situation des populations d’écrevisses autochtones peut être considérée comme catastrophique. La basse Clauge est l’un des derniers bastions de la lotte de rivière (Lotta lotta) dans le département. Les campagnes d’inventaires piscicoles n’ont pas permis de contacter cette espèce sur le Doubs et l’Ognon. L’Apron du Rhône (Zingel asper) espèce endémique du bassin est considéré comme en voie d’extinction. Sa présence est avérée jusqu’à la limite de la moyenne et de la basse Loue. En revanche, l’espèce semble avoir disparu sur les autres secteurs, dont notamment la confluence Doubs-Loue.

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3.2.4 Peuplement des lacs et retenues Les plans d’eau et les retenues de plus de 50 ha ont fait l’objet d’un échantillonnage dans le cadre de suivi DCE. Le protocole retenu pour l’échantillonnage lacustre est le protocole

dit des filets

benthiques

(protocole

CEN).

C’est

une

méthode

d’échantillonnage stratifiée aléatoire pour tenir compte de la distribution spatiale irrégulière de l’ichtyofaune lacustre.

Figure 13: Répartition des CPUE (catch per unite effort) en effectif et en biomasse pour le corégone

Cette méthode permet d’apprécier efficacement les effectifs et les biomasses des poissons pélagiques comme le corégone. Cette espèce est un bon indicateur de la productivité d’un lac et du degré de désoxygénation des fonds lors des périodes de stratification. La Figure 13 représente les biomasses de cette espèce en fonction d’un nombre d’individus pour 100 m2 de filet tendu. On constate que le lac de Chalain est celui qui abrite le peuplement de corégones le plus intéressant. Le grand lac de Clairvaux, le lac d’Ilay, de Chambly et le grand Maclu sont plus en retrait. Le Val, Bonlieu et les Rousses sont les lacs les moins productifs vis-à-vis du corégone. Ce sont également les lacs qui subissent des désoxygénations importantes des fonds. Les résultats pour les retenues de l’Ain (Vouglans, Coislet, et Cize-Bolozon) sont difficilement interprétables du fait de la difficulté d’échantillonner de telles superficies avec cette technique.

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Figure 14: Répartition des CPUE (catch per unite effort) en effectif et en biomasse pour les carnassiers

En ce qui concerne le brochet, l’espèce repère de la grande majorité des plans d’eau, on constate que le protocole CEN ne permet pas d’échantillonner suffisamment d’individus pour évaluer le degré de fonctionnalité de l’espèce sur ces milieux (Figure 14). Des diagnostics plus complets des peuplements piscicoles ont été effectués sur les lacs de Chalain, Ilay, Val, Bonlieu et Clairvaux ces 10 dernières années. La méthode des filets benthiques a été complétée par un échantillonnage par ambiance avec des filets verticaux multimailles (AVM) et des sondages par pêche électrique en bateau (ECD). Ces méthodes ont permis de contacter plus d’individus notamment en échantillonnant les habitats les plus favorables pour les brochets non matures (ceintures végétales et branchages) par ECD. Toutefois, il est difficile d’extrapoler ces résultats à l’ensemble de l’espace lacustre. Dans ce contexte, il serait judicieux d’instaurer un suivi spécifique sur le brochet en lacs, en élargissant les techniques d’échantillonnage afin de tenir compte de la spécificité du cycle de vie du brochet (analyses ADN, carnet de pêche, pêche des habitats de bordure…).

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3.2.5 Synthèse de l’état fonctionnel des contextes Le diagnostic piscicole du PDPG est présenté sur la Figure 15 ci-dessous. Il aboutit aux résultats suivants :

Figure 15: État fonctionnel des 62 contextes Jurassiens

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1 contexte piscicole conforme : Le seul contexte qui présente des populations de truite fario (l’espèce repère) référentielles dans le département est la Valserine. 11 contextes peu perturbés Ce sont les têtes de bassins de l’Ain, avec la Saine et la Serpentine, mais également la Bienne amont et certains de ses affluents (Tacon, Flumen, Grodar, Longviry) et enfin les sources de la Seille et de la Cuisance. 33 contextes très perturbés On retrouve parmi eux, l’Ain médian et ses affluents (Hérisson, Sirène, Drouvenant), les têtes de bassins de la Petite montagne et du Revermont (Orain, Brenne, Vallière, Sorne, Sonnette, Gizia et Besançon), la Seille intermédiaire, des affluents de la Loue (Furieuse et Larine) et enfin la Clauge. 18 contextes dégradés : Les cours d’eau cyprinicoles comme le Doubs et l’Ognon, la Bienne à partir d’Etables, l’Orbe, le Suran et la Valouse intermédiaire, les affluents de la chaîne de barrages, les cours d’eau du finage et du Val d’amour sont jugés non fonctionnels vis-à-vis de leurs espèces repères.

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3.3 SYNTHESE DES FACTEURS LIMITANTS Les principaux facteurs limitants rencontrés sur les contextes piscicoles sont les suivants :

3.3.1 Dégradations morphologiques Les travaux d’assainissement hydraulique concernent la quasi-totalité des cours d’eau du département. Les plus anciens remontent au Moyen-âge et se poursuivent encore de nos jours. L’exploitation de la filière bois et l’aménagement des grands cours d’eau pour la flottaison au 19e siècle ont modifié profondément le fonctionnement de ces grandes rivières. Toutefois, l’essentiel de ces travaux a été réalisé au cours des années 1970 afin de gagner des terres cultivables et faire face aux inondations. Ainsi, les mises en droit des cours d’eau (rectification), les curages, les recalibrages et l’endiguement conduisent toutes à une banalisation des habitats piscicoles rendus non biogènes.

Figure 16: Schéma illustrant le phénomène d'incision sur un cours d'eau

Ces travaux sont également responsables en aval d’un mécanisme pernicieux, à savoir, l’incision du lit de la rivière. Elle intervient lorsque le transport sédimentaire du cours d’eau est insuffisant. La rivière « gratte » alors le substrat dont elle a besoin directement dans son lit conduisant à un enfoncement. Cela se traduit par des berges abruptes, une déconnexion de la ripisylve, des affluents et de la nappe d’accompagnement impactant directement l’hydrologie. Le cours d’eau perd également toutes capacités d’autoépuration et l’étalement de la lame d’eau provoque le réchauffement des eaux et des colmatages (Figure 16). 53 PDPG 2019-2025

3.3.2 Les ouvrages transversaux Les ouvrages transversaux totalement infranchissables jusqu’aux seuils, ou moulins les plus modestes ont systématiquement un effet sur les peuplements piscicoles, l’habitat et la dynamique de la rivière. Outre le fait qu’ils cloisonnent les populations de poissons en limitant ou en interdisant l’accès à des sites potentiels de frai, de grossissement ou de refuge, ils contribuent à homogénéiser le milieu. Ainsi, sur la zone d’emprise, en amont de l’obstacle, les écoulements sont simplifiés en termes de hauteur et de vitesse d’eau (« effet plan d’eau »), et en aval, ils entretiennent le phénomène d’enfoncement du lit.

Figure 17: Le référentiel d'obstacles à l'écoulement du département du Jura

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L’effet « plan d’eau » entraine un réchauffement des eaux et une eutrophisation du milieu. Une retenue concentre les matières organiques en suspension, les éléments traces métalliques et autres substances toxiques qui sont inévitablement remobilisés à plus ou moins long terme. L’hydrologie est également perturbée. Selon Malavoi (2003), l’effet d’une simple retenue sur l’hydrologie d’étiage (hors problèmes de débit réservé́ dans les tronçons court-circuités) est assez modeste avec une évaporation estimée à 0,4 l/s pour un petit seuil sur un petit cours d’eau. Cela peut sembler dérisoire à l’échelle d’un ouvrage, mais l’effet sur des dizaines de retenues successives devient très significatif. Le recensement des obstacles à l’écoulement est visible en Figure 18. Ce référentiel déjà bien fourni n’est pas totalement exhaustif. Il pourrait être également complété par des données caractérisant l’ouvrage (hauteur de chute, emprise sur la rivière, etc.), afin de hiérarchiser les ouvrages les plus pénalisants. Ce travail a été effectué par le Parc National du Haut-Jura sur son territoire, mais reste encore trop lacunaire dans le reste du département.

3.3.3 Atteintes à la qualité chimique des eaux Occupation des sols et pratiques agricoles Hormis les altérations physiques déjà évoquées qui limitent la capacité épuratoire du cours d’eau (drainage, curage, rectification), certaines pratiques agricoles lorsqu’elles sont appliquées de manière non raisonnée sont une véritable atteinte aux milieux. La majorité des cours d’eau présente des eaux chargées en nutriments, ce bruit de fond déjà suffisant pour remettre en question la viabilité de certaines espèces sensibles comme la truite fario est exacerbé durant les périodes de fertilisation des sols et de lessivage. Dans un contexte karstique, la moindre pollution est ainsi rapidement transférée au cours d’eau via des échanges souterrains complexes. L’effet sur les rivières se traduit par un phénomène d’eutrophisation avec un réchauffement des eaux, une désoxygénation des milieux et des colmatages algaux.

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L’impact des produits phytosanitaires (et leurs interactions) est encore difficilement quantifiable sur les populations de poissons. Toutefois, il est plus perceptible sur les peuplements de macro-invertébrés qui sont à la base de leurs régimes alimentaires. Enfin, l’érosion des sols favorisée par le maintien des sols nus lors du labour génère également un colmatage du lit de la rivière. Il en est de même pour le piétinement du bétail quand ces derniers peuvent divaguer librement dans les cours d’eau. Rejets domestiques et collectifs Le département du Jura compte 236 stations d’épuration dont une petite dizaine est jugés non conforme. La capacité théorique de traitement est donc de 376 000 habitants dans tout le département. Dans les faits, le réseau vieillissant sur certaines communes est défaillant. Un effort reste également à poursuivre pour favoriser le raccordement des usagers aux réseaux collectifs dans les zones rurales. Enfin de trop nombreuses installations dysfonctionnent en temps de pluies du fait du raccordement aux eaux pluviales. Rejets industriels Des contaminants autres que les pesticides sont régulièrement décelés dans les sédiments et l’eau des cours d’eau jurassiens. Les éléments traces métalliques (Cuivre, arsenic, zinc, fer, etc.), les hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP), les PCBs, les dioxines et autres, sont susceptibles d’inhiber les transferts d’énergie le long de la chaîne alimentaire, voire d’exercer des effets toxiques directs sur les organismes aquatiques les plus sensibles, depuis les végétaux et le benthos jusqu’aux poissons. Le passé et le présent industriels de certaines villes ont eu et ont encore un impact significatif sur les peuplements aquatiques à travers la présence d’anciennes décharges suintant dans les cours d’eau, mais également via des rejets non conformes ou des pollutions accidentelles.

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3.3.4 Déséquilibre quantitatif de la ressource en eau Ces 30 dernières années, les températures des cours d’eau en lien avec des étiages estivaux de plus en plus marqués tant dans la durée que dans leur intensité deviennent de plus en plus limitantes pour les espèces piscicoles les plus apicales. Ce phénomène est directement lié aux dégradations physiques des hydrosystèmes aquatiques. Les zones humides jouent un rôle indispensable de soutien en eau en période d’étiage et de rétention en période de crues (« effet tampon »). Par drainage afin de gagner de l’emprise agricole, l’homme se prive d’un stock d’eau conséquent. Il en est de même pour les cours d’eau dégradés qui se coupent de leurs nappes d’accompagnement, sources d’eau fraîche primordiales. Le déséquilibre quantitatif de la ressource en eau semble s’accentuer ces dernières années avec des sécheresses de plus en plus régulières. Ce constat doit nous alerter encore davantages sur les usages et les pressions exercés sur nos milieux aquatiques, qui plus est dans un contexte de dérèglement climatique qui ne fait que s’accentuer.

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3.4 PRÉCONISATION DE GESTION ET PRIORISATION D’ACTION 3.4.1 Les actions préconisées dans le PDPG Les orientations à suivre afin de lever, de réduire ou de compenser les facteurs limitants agissant sur chacun des contextes sont explicités à la fin de chaque fiche action accompagnant le document. Voici quelques exemples d’actions régulièrement évoquées dans le document : Restauration de l’habitat aquatique Incontestablement, la meilleure façon de rétablir les ressorts de la qualité́ physique d’un cours d’eau est de restituer son espace de liberté́ . Cette action nécessite bien souvent de remettre le cours d’eau dans son talweg d’origine. Malgré le rapport coût/bénéfice intéressant de ces opérations, les contraintes hydrauliques actuelles et l’occupation des sols ne sont pas toujours compatibles avec cette approche ambitieuse. Dans ces cas-là, la création d’un lit d’étiage différencié du lit majeur apparait comme un bon compromis afin de limiter l’échauffement de l’eau en période estivale et l’attractivité́ du milieu tout en tenant compte de ces contraintes. La diversification de l’habitat à travers la mise en place de banquettes, la pose de blocs en rivière ou de la recharge sédimentaire, représente un ensemble d’actions plus modestes à l’échelle de la rivière. Restauration de la libre circulation piscicole et sédimentaire La stratégie d’effacement est la plus efficace, mais également la plus ambitieuse en termes de mise en œuvre, lorsque son utilité est vitale pour le peuplement repère (accès à des zones de frayères, de grossissements et de refuges. La gestion des vannes à travers l’abaissement de la crête de seuils est une stratégie permettant de limiter l’emprise amont de l’ouvrage et la hauteur de chute. Enfin, les dispositifs de prébarrages et de passes à poissons sont coûteux et restent très sélectifs.

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Restauration des zones de frayères La restauration des annexes hydrauliques pour le brochet se fait à travers le reprofilage de celles-ci. L’objectif est d’augmenter l’ennoiement, la durée de connexion avec le chenal et la colonisation d’une essence adaptée à ces milieux. Pour la truite et certains cyprinidés d’eau vive, la stabilisation de lits de gravier sur des zones anciennement favorables à la reproduction peut compenser à moindre mesure la perte de fonctionnalité du milieu. Entretien de la ripisylve et gestion des embâcles Un entretien réfléchi de la ripisylve selon la dynamique et la morphologie du cours d’eau apparait comme une mesure favorable au fonctionnement du cours d’eau. Ainsi, cet entretien doit privilégier l’hétérogénéité avec des alternances de zones boisées et de zones éclairées, tout en veillant à conserver une érosion active. Les plantations d’essences autochtones adaptées (aulnes, frênes, ormes lisses) doivent être également favorisées. La suppression systématique des embâcles doit être proscrite sur les zones ne présentant aucun risque d’inondation. Ils constituent un habitat biogène très intéressant, surtout sur les rivières incisées où l’habitat rivulaire est déconnecté. Gestion des pollutions diffuses et accidentelles Avant toutes actions qui relèvent de la police de la pêche, une concertation et un encadrement légal et technique avec les personnes responsables s’avèrent être les solutions les plus adaptées afin de réduire les flux de polluants dans nos milieux.

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3.4.2 Les préconisations de gestion du PDPG

Figure 18: Les types de gestion préconisés dans le département du Jura

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Les types de gestion préconisés sur les cours d’eau jurassiens sont présentés sur la figure : On distingue : Une gestion patrimoniale sur les cours d’eau en réservoir biologique et les cours d’eau concernés par un arrêté protection biotope pour l’écrevisse à pattes blanches ; Une gestion raisonnée pour les cours d’eau situés dans les contextes très perturbés ; Une gestion d’usage sur les contextes dégradés.

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Annexe 1: Les orientations fondamentales (OF) du SDAGE RMC 2016-2021

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Annexe 2 : Les parcours gérés par les AAPPMA du Jura

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Annexe 3 : Calcul du Niveau Typologique Théorique (NTT) et référentiel typologique des espèces de téléostéens selon les biocénotypes

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Annexe 4 : Barème théorique d’appréciation de l’abondance par espèce

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Annexe 5 : Abondance des principales espèces piscicoles et correspondance approximative entre la biotypologie de Verneaux et d’autres zonations des cours d’eau

(modifié d’après Verneaux 1981 et CSP DR5)

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Annexe 6 : Codes des noms de poissons Code espèce

ABH ABL ANG APP APR BAF BBG BLN BOU BRB BRE BRO CAA CAR CAS CCO CHA CHE COR GAR GOU GRE HOT IDE LOF LOT LPP OBR OCL PCH PER PES PFL PSR ROT SAN SIL SPI TAC TAN TOX TRF TRL VAI VAN

Nom vernaculaire

Famille

Nom latin

Able de Heckel

Cyprinidae

Leucaspius delineatus

Ablette

Cyprinidae

Alburnus alburnus

Anguille

Anguillidae

Anguilla anguilla

Écrevisse à pattes blanches

Astacidae

Austropotamobius pallipes

Apron du Rhône

Percidae

Zingel asper

Barbeau fluviatile

Cyprinidae

Barbus barbus

Black bass à grande bouche Centrarchidae

Micropterus salmoides

Blageon

Cyprinidae

Leuciscus souffia

Bouvière

Cyprinidae

Rhodeus sericeus

Brème bordelière

Cyprinidae

Blicca bjoerkna

Brème

Cyprinidae

Abramis brama

Brochet

Esocidae

Esox lucius

Carassin doré

Cyprinidae

Carassius auratus

Carassin

Cyprinidae

Carassius carassius

Carassin

Cyprinidae

Carassius carassius

Carpe commune

Cyprinidae

Cyprinus carpio

Chabot

Cottidae

Cottus gobio

Chevesne

Cyprinidae

Leuciscus cephalus

Corégone

Salmonidae

Coregonus lavaretus

Gardon

Cyprinidae

Rutilus rutilus

Goujon

Cyprinidae

Gobio gobio

Grémille

Percidae

Gymnocephalus cernua

Hotu

Cyprinidae

Chondrostoma nasus

Ide mélanote

Cyprinidae

Leuciscus idus

Loche franche

Nemacheilidae

Barbatula barbatula

Lotte de rivière

Lotidae

Lota lota

Lamproie de Planer

Petromyzontidae Lampetra planeri

Ombre commun

Salmonidae

Thymalus thymalus

Écrevisse américaine

Cambaridae

Orconectes limosus

Poisson chat

Ictaluridae

Ictalurus melas

Perche

Percidae

Perca fluviatilis

Perche soleil

Centrarchidae

Lepomis gibbosus

Écrevisse signal

Astacidae

Pacifastacus leniusculus

Pseudorasbora

Cyprinidae

Pseudorasbora parva

Rotengle

Cyprinidae

Scardinius erythrophtalmus

Sandre

Percidae

Stizostedion lucioperca

Silure glane

Siluridae

Silurus glanis

Spirlin

Cyprinidae

Alburnoides bipunctatus

Truite arc-en-ciel

Salmonidae

Onchorynchus mykiss

Tanche

Cyprinidae

Tinca tinca

Toxostome

Cyprinidae

Chondrostoma toxostoma

Truite fario

Salmonidae

Salmo trutta fario

Truite lacustre

Salmonidae

Salmo trutta lacustris

Vairon

Cyprinidae

Phoxinus phoxinus

Vandoise

Cyprinidae

Leuciscus leuciscus

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