Rapport 2015 Institut Pasteur de Tunis by Pasteur_Tunis

Institut Pasteur de Tunis Rapport 2015

Sommaire Edito du Directeur Général ......................................................................................... 2 L’Institut Pasteur de Tunis .......................................................................................... 4 Gouvernance .............................................................................................................. 5 Liste des laboratoires, services et comités en 2015 ................................................... 8 Les chiffres de l’Institut Pasteur de Tunis en 2015 ................................................... 10 Equipes de recherche ............................................................................................... 16 Services d’investigation clinique et de santé publique ............................................ 104 Production de vaccins et sérums thérapeutiques ................................................... 148 Soutien technique ................................................................................................... 159 Soutien logistique ................................................................................................... 177 Comités .................................................................................................................. 190 Administration ......................................................................................................... 201 Annexes.................................................................................................................. 211

Edito du Directeur Général

'année 2015 a été marquée par la réalisation d’actions concrètes relevant de nos missions stratégiques. Notre engagement dans les grands enjeux de santé publique, la coopération internationale, la valorisation et le transfert technologique et le partage des connaissances par l’encadrement et la formation, continuent de faire de notre Institut l’un des plus grands centres de recherche en santé pour l’Afrique et la région MENA. Cette année a été celle de l’élaboration de notre nouveau contrat-programme pour les activités de R&D et formation pour la période 2016-2019. Son évaluation a été réalisée par un comité international du Comité National d’Evaluation des Activités de Recherche (CNEAR) fin 2015. Celle-ci a porté sur les résultats réalisés durant la période 2011-2015 ainsi que sur la nouvelle proposition. Notre programme a été validé pour être financé par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique. Avec le renforcement des plateformes technologiques et la création d’un nouveau laboratoire de bioinformatique, biomathématique et biostatistique, l’IPT sera en mesure de mieux gérer les données biologiques et appréhender le traitement et l’analyse des données générées par les nouvelles technologies de criblage et d’analyse à haut débit. De plus, 13 nouveaux projets internationaux ont démarré en 2015 et sont financés par divers bailleurs de fonds comme l’Organisation Mondiale de la Santé, le Réseau des Instituts Pasteur, le Center for Diseases Control (USA) ou la Fondation Bill Gates, notamment. Ce qui porte à 57 le nombre total de projets en cours de réalisation. Fin 2015, l’IPT a signé un premier partenariat avec la Principauté de Monaco sur un grand projet structurant ayant pour objectif l'amélioration de la prise en charge des enfants atteints de Déficits Immunitaires Primitifs. Par ailleurs, 6 nouveaux projets à financements internes (dans le cadre des Projets Collaboratifs Internes) ont été sélectionnés et ont démarré en 2015. 121 articles ont été publiés en 2015 par les chercheurs de l’IPT. Ce chiffre est stable par rapport à 2014 (124). Cependant, l’impact factor médian des articles est de 2.83, en augmentation par rapport à celui de 2014 (2.21). Nos publications ont été citées environ 1600 fois cette année. Dans nos autres domaines d'activité, environ 220.000 analyses, services et autres tests spécialisés ont été réalisés en 2015, le chiffre d'affaire de cette activité est stable par rapport à 2014. De même, l’activité de production des vaccins et sérums, alors qu’elle a subi une nette augmentation en 2014 (26%), enregistre une légère baisse (5,6%) en 2015. Durant 2015, nous avons aussi poursuivi, en collaboration avec le Robert Koch Institute (Allemagne), notre programme en matière de biosécurité et prévention des risques biotechnologiques, avec plusieurs actions de formation destinées à différentes catégories de personnel de l'IPT, l’acquisition de matériel (Glove Box) ainsi que l’élaboration d’un code de conduite. Dans le domaine de la formation, nous accueillons 249 étudiants, dont la majorité en thèse de Sciences Biologiques (158). Par ailleurs, 93 diplômes ont été finalisés et soutenus par les étudiants de l’Institut en 2015. En termes de manifestations scientifiques, l'IPT a organisé 57 évènements en 2015, la plupart ayant une dimension internationale. Parmi les événements marquants de l’année, nous pouvons citer le:  Cours international OMS/TDR, dans le cadre de notre Regional Training Center, sur le renforcement des capacités dans la mise en œuvre de la recherche sur les maladies tropicales.  Colloque international sur « La leishmaniose viscérale au Maghreb : Du Diagnostic au Contrôle » avec le soutien de l’IFT, l’AUF et le Réseau International des Instituts Pasteur. Cette manifestation a réuni des experts d'Algérie, du Maroc, de France et de Tunisie.  Rencontre Tuniso-italienne pour la surveillance des maladies émergentes, dans le cadre du projet RESTUS (financé par la Commission Européenne).  Les 2èmes Journées Franco-Tunisiennes de Parasitologie, organisées en partenariat avec le Réseau International des Instituts Pasteur et plusieurs sociétés savantes (Algérie, Maroc, Tunisie et France).

Enfin, cette année, l’Institut a reçu plusieurs personnalités scientifiques de premier rang, parmi lesquelles les Professeurs du Collège de France Alain Fischer et Philippe Kourilsky dans le cadre des programmes scientifiques avec l’Institut Français de Tunisie ainsi que Peter J. Hotez, Président du Sabin Vaccine Institute et envoyé américain pour la Science. Hechmi Louzir Directeur Général de l’Institut Pasteur de Tunis

L’Institut Pasteur de Tunis Lutter contre les maladies pour la Santé de Tous Statuts, missions, historique Etablissement Publique de Santé, l’IPT est la seule institution tunisienne réunissant les missions de recherche et formation, diagnostic et santé publique, production de vaccins. Intimement liées, elles ont fait de l’IPT une structure de référence dans le domaine de la recherche biomédicale. Depuis l’époque de Charles Nicolle (directeur de l’IPT de 1903 à 1936 et prix Nobel de médecine en 1928) l’IPT occupe une place prépondérante dans l’histoire de la médecine en Tunisie avec d’importantes découvertes dans le domaine des maladies infectieuses, (cycles de transmission de la toxoplasmose, le vecteur du typhus, la leishmaniose viscérale, ainsi que le développement du concept original des infections inapparentes). L’IPT a participé à l’éradication de plusieurs maladies endémiques en Tunisie comme le paludisme, aux campagnes nationales de vaccination et continue de collaborer activement dans les programmes de santé publique. Diagnostic et Santé Publique La mission du département de santé publique de l’IPT tourne autour de deux activités principales. La première comporte la vaccination (plus d’une quinzaine de vaccins), le conseil aux voyageurs ainsi que le traitement antirabique. La seconde activité est destinée aux prélèvements et aux examens biologiques courants et spécialisés. Ces analyses sont réalisées dans les 18 laboratoires de diagnostic et de santé publique de l’IPT. La plupart de ces laboratoires participent à des programmes de santé publique nationaux et internationaux (enquêtes épidémiologiques, suivi des programmes de vaccination et certains sont des laboratoires de références nationaux ou régionaux OMS. Recherche et Formation L’activité de recherche de l’IPT se déroule dans 9 laboratoires. Ces équipes de recherche sont multidisciplinaires (biologistes, hospitalouniversitaires, médecins de la santé publique, vétérinaires) et réunissent plus d’une centaine de cadres scientifiques et plus de 200 étudiants. Nos domaines de recherche : - Épidémiologie des maladies infectieuses ; - Immunologie des maladies infectieuses de l’homme et de l’animal ; - Etude des maladies causées par un déficit génétique et/ou immunitaire ; - Biochimie/immunologie des venins et toxines ; - Développement biotechnologique. Production L’Institut Pasteur de Tunis produit des vaccins et sérums thérapeutiques pour les besoins du pays. Ses locaux de 700 m² sont conformes aux normes internationales de bonnes pratiques de fabrication. C’est la seule unité de ce type à l’échelle nationale. Actuellement, l’Institut Pasteur de Tunis produit du vaccin BCG intradermique, du vaccin BCG frais pour immunothérapie du cancer de la vessie et des sérums thérapeutiques (antivipérin, anti-scorpionique et anti-rabique).

Gouvernance Le conseil dâ&#x20AC;&#x2122;administration ......................................................................................... 6 Le conseil scientifique ................................................................................................ 7

Le conseil d’administration Ses missions Selon l’article 3 du décret n° 95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et financière ainsi que les modalités de fonctionnement de l'Institut Pasteur de Tunis. Le conseil d'administration est investi des pouvoirs les plus étendus pour agir au nom de l'institut conformément à la législation et à la règlementation en vigueur. Il a notamment pour attribution : - La création, suppression et transformation des services médicaux et pharmaceutiques, des laboratoires de recherche, d'analyse, de production et de contrôle et des unités d'enseignement ; - L'organisation des différents services administratifs et techniques de l'institut et l'établissement de son règlement intérieur ; - L'approbation des contrats-programmes et le suivi de leur exécution, conformément à la législation en vigueur ; - La prise des décisions relatives aux emprunts, conformément à la législation en vigueur. - L'approbation, dans le cadre de la règlementation en vigueur, de la passation des marchés par le directeur général. Composition du conseil d’administration Prénom, Nom Mohamed Hédi Oueslati Mahrez El Ghediri Saloua Boutej Abdelatif Boudabous Wahiba Douki Sameh Ben Mbarka Moncef El Mejri Samia Menif Mohamed El Ayeb Ahlem Amouri Imen Kraiem Dhafer Laouini Nizar Laabidi Mohamed Fethi Diouani Nacer El Ouni Amina Dhahak

Affiliation, Représentations Président du conseil d'administration/Ministère de la Santé Publique Ministère des Finances Ministère du Développement Régional et de la Planification Ministère de l'enseignement et de la Recherche Scientifique Ministère de l’nseignement et de la Recherche Scientifique Ministère de l'industrie Ministère de l'Agriculture Chef de service Chef de service Chef de service Représentant des médecins Représentant des scientifiques Représentant des pharmaciens Représentant des médecins vétérinaires Représentant des ingénieurs Représentant du corps para médical

Le conseil scientifique Ses missions Selon l’article 10 du décret n°95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et financière ainsi que les modalités de fonctionnement de l'institut Pasteur de Tunis. Il est institué un conseil scientifique de l'institut Pasteur de Tunis qui a pour mission de : - donner son avis sur toutes les questions relatives à la politique scientifique de l'établissement, l'organisation, la programmation et le suivi de la recherche, à la production, à l'enseignement et l'encadrement des résidents, des stagiaires et des étudiants. - donner son avis sur les créations, suppressions et regroupements des laboratoires et sur les propositions de candidature pour les bourses d'étude et de stages à caractère scientifique dans les limites des crédits alloués. - donner son avis sur les propositions de conventions et de coopération scientifique avec les établissements et réseaux scientifiques nationaux, maghrébins, étrangers ou internationaux. - répondre à toute demande d'avis scientifique formulée par le ministre de la santé publique ou le conseil d'administration Composition du conseil scientifique élargi* Prénom, Nom Hechmi Louzir

Affiliation Institut Pasteur de Tunis (Président du Conseil)

Yousr Galai Boutheina Mardassi

Institut Pasteur de Tunis Institut Pasteur de Tunis

Najet Srairi

Institut Pasteur de Tunis

Habib Karoui

Institut Pasteur de Tunis

Ikram Guizani

Institut Pasteur de Tunis

Mohamed El Ayeb

Institut Pasteur de Tunis

Henda Triki Salem Abbes

Marc Bonneville Ines Fradi

Institut Pasteur de Tunis Institut Pasteur de Tunis Ministère de l'enseignement et de la recherche scientifique Institut Mérieux Ministère de la Santé Publique

Arnaud Fontanet

Institut Pasteur Paris

Claude Leclerc Lilia Messadi Salem Chouaib

Institut Pasteur Paris Ministère de l'Agriculture des Ressources Hydrauliques et de la Pêche Institut Gustave Roussy

Amel El Gaied

*Selon l’article 12 du décret n° 95-186 du 23 janvier 1995, le conseil scientifique tient une réunion élargie à l'occasion de la session annuelle d'évaluation des activités scientifiques de l'établissement. A cet effet, le conseil comprendra, outre ses membres prévus à l'article 11 du présent décret, huit autres membres choisis hors de la communauté scientifique de l'institut, reconnus pour leur compétence dans l'un des domaines de la recherche scientifique et biologique.

Liste des laboratoires, services et comités en 2015 Laboratoires de recherche

LABORATOIRES DE RECHERCHE

RESPONSABLE

Laboratoire de Cyto-immunologie

Microbiologie moléculaire, vaccinologie et développement biotechnologique

Helmi Mardassi helmi.merdassi@pasteur.rns.tn

Laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires

Transmission, contrôle et immunobiologie des infections

Ridha Barbouche ridha.barbouche@pasteur.rns.tn Abdejelil Ghram abdeljelil.ghram@pasteur.rns.tn

Laboratoire de Virologie Clinique

Epidémiologie et microbiologie vétérinaire Epidémiologie moléculaire et pathologie expérimentale appliquée aux maladies infectieuses Génomique biomédicale et oncogénétique Parasitologie médicale, biotechnologies et biomolécules Hématologie moléculaire et cellulaire Venins et biomolécules thérapeutiques Epidémiologie et diversité génétique des virus hépatiques et entériques humains

Ikram Guizani ikram.guizani@pasteur.rns.tn Sonia Abdelhak sonia.abdelhak@pasteur.rns.tn Aïda Bouratbine aida.bouratbine@pasteur.rns.tn Salem Abbes salem.abbes@pasteur.rns.tn Mohamed El Ayeb mohamed.elayeb@pasteur.rns.tn Henda Triki henda.triki@pasteur.rns.tn

Services d’investigation clinique et de santé publique

Laboratoire des Mycobactéries Laboratoire d’Anatomo-Patologie Humaine et Expérimentale Laboratoire de Radio-Immunologie Laboratoire de la Rage Service des Vaccinations Internationales et Anitrabique Services des Consultations Externes Laboratoire d’Hématologie Laboratoire des Mycoplasmes Laboratoire de Parasitologie Clinique Laboratoire Histologie et Cytologénetique

LABORATOIRE ET SERVICES Laboratoire de Bactériologie Clinique Laboratoire de Biochimie Clinique Laboratoire d’Immunologie Clinique

RESPONSABLE Imen Kraiem imen.kraiem@pasteur.rns.tn Afef Bahlous Afef.bahlous@pasteur.rns.tn Mélika Ben Ahmed melika.benahmed@pasteur.rns.tn

Laboratoire des Toxines Alimentaires Laboratoire de Pathologie Animale Laboratoire d’Epidémiologie et d’Ecologie Parasitaire Laboratoire de Médecine Nucléaire Service d’Epidémologie Médicale

Ridha Barbouche Ridha.barbouche@pasteur.rns.tn Ridha Ben Aissa ridha.benaissa@pasteur.rns Henda Triki henda.triki@pasteur.rns.tn Helmi Mardassi helmi.merdassi@pasteur.rns.tn Samir Boubaker samir.boubaker@pasteur.rns.tn Salma Feki salma.feki@pasteur.rns.tn Habib Kharmachi habib.kharmachi@pasteur.rns.tn Samy Khoufi samy.khoufi@pasteur.rns.tn Radhia Ammi radhia.ammi@pasteur.rns.tn Samia Mnif

samia.menif@pasteur.rns.tn Boutheina Mardassi boutheina.mardassi@pasteur.rns.tn Aïda Bouratbine aida.bouratbine@pasteur.rns.tn Ahlem Laamouri ahlem.amouri@pasteur.rns.tn Riadh Kharrat riadh.kharrat@pasteur.rns.tn Abdeljelil Ghram abdeljelil.ghram@pasteur.rns.tn Karim Aoun Karim.aoun@pasteur.rns.tn Chokri Maktouf chokri.maktouf@pasteur.rns.tn Afif Ben Salah afif Ben Salah@pasteur.rns.tn

Production de vaccins et sérums thérapeutiques SERVICE Direction de la Production Service de production du vaccin et Immun BCG Service de production des sérums thérapeutiques Service contrôle de qualité Validation des équipements et formation Unité de production des plasmas bruts

Soutien logistique

RESPONSABLE

SERVICE

Nizar Laabidi nizar.laabidi@pasteur.rns.tn Nizar Laabidi nizar.laabidi@pasteur.rns.tn Sarra Ouahchi Sarra.ouahchi@pasteur.rns.tn Sana Masmoudi Sana.masmoudi@pasteur.rns.tn Dorra Ben Abdelsselem dorra.benabdelsselem@pasteur.rns.tn Leila Bachraoui leila.bachraoui@pasteur.rns.tn Sana Bachraoui sana.bachraoui@pasteur.rns.tn

Bibliothèque de l’Institut Pasteur de Tunis

Cellule de communication, valorisation et transfert technologique

Direction informatique

SERVICE Unités animalières Cytométrie en flux Typage génétique Direction technique

Ethique bio-médicale RESPONSABLE

Qualité

Zakaria Ben Lasfar zakaria.benlasfar@pasteur.rns.tn Ridha Barbouche Ridha.barbouche@pasteur.rns.tn Sonia Abdelhak Sonia.abdelhak@pasteur.rns.tn Naceur El Ouni naceur.elouni@pasteur.rns.tn

Santé et sécurité au travail

Service de production de milieux de culture et reactifs

Ridha Ben Aïssa/Haifa Ben Sedrine

Unité d'Ecologie des Systèmes Vectoriels

Elyes Zhioua Elyes.Zhioua@pasteur.rns.tn

Plate-forme Technique Génomique, Protéomique et Imagerie

Sinda Zarrouk Sinda.zarrouk@pasteur.rns.tn

Habib Karoui habib.karoui@pasteur.rns.tn Hichem Ben Hassine (communication) hichem.benhassine@pasteur.rns.tn Najet Hadhri (valorisation) najet.hadhri@pasteur.rns.tn Oussama Ben Fadhel (transfert technologique) oussama.benfadhel@pasteur.rns.tn Wassim Ben Salah Wassim.bensalah@pasteur.rns.tn

Comités COMITE

Soutien technique

RESPONSABLE

Formation et stages Ressources biologiques Programmes Collaboratifs Internes

RESPONSABLE/COORDINATEUR Samir Boubaker Samir.boubaker@pasteur.rns.tn Mahrez Kallel mahrez.kallel@pasteur.rns.tn Badii Kamoun badii.kamoun@pasteur.rns.tn Ali Bouattour Ali.bouattour@pasteur.rns.tn Dhafer Laouini Dhafer.laouini@pasteur.rns.tn Dhafer Laouini Dhafer.laouini@pasteur.rns.tn

Administration Administration Direction des Ressources humaines Direction Financière et comptable Direction de l’Approvisionnement Service du secrétariat permanent de la commission des marchés publics Sous direction commerciale et promotion des activités Sous-direction audit interne Service juridique

RESPONSABLE Jamel Ben Ammar Jamel.benammar@pasteur.rns.tn Mahrez Kallel mahrez.kallel@pasteur.rns.tn Rym Soltani Rym.soltani@pasteur.rns.tn Raja Riahi Hamdi Raja.RiahiHamdi@pasteur.rns.tn Amel Abbouz Amel.abbouz@pasteur.rns.tn Mahrez Kallel er Feten Ben Ali (depuis le 1 juillet 2015) Feten.benali@pasteur.rns.tn Chadly Tayari Chadli.tayari@pasteur.rns.tn

Les chiffres de l’Institut Pasteur de Tunis en 2015 Ressources humaines Effectif global : 495

Scientifiques : 119 Pharmaciens; 9

Médecins vétérinaires; 10

scientifiques ; 119

Administrati fs; 158

Biologistes; 54 Médecins; 29

techniciens; 107 Enseignants chercheurs; 17

ouvriers; 111

Source : Bilan Social de l’Institut Pasteur de Tunis, 2015 Chiffres comprenant le personnel statutaire et contractuel

Publications

107

121

115 92

5 2012

124 113

3 2013 Nationales

121

2014 Internationales

2015 Total

Source : Scopus, web of knowledge et rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis

Top 5 des publications en 2015 1. IF: 6.49 Stable coexistence of incompatible Wolbachia along a narrow contact zone in mosquito field populations Atyame, CM Labbe, P Rousset, F Beji, M Makoundou, P Duron, O Dumas, E Pasteur, N Bouattour, A Fort, P Weill, M Publié : JAN 2015 Revue : MOLECULAR ECOLOGY Volume : 24 Numéro de revue : 2 Pages : 508 - 521 2. IF: 6.49, Colonization of the Mediterranean basin by the vector biting midge species Culicoides imicola: an old story Jacquet, S Garros, C Lombaert, E Walton, C Restrepo, J Allene, X Baldet, T Cetre-Sossah, C Chaskopoulou, A Delecolle, JC Desvars, A Djerbal, M Fall, M Gardes, L De Garine-Wichatitsky, M Goffredo, M Gottlieb, Y Fall, AG Kasina, M Labuschagne, K Lhor, Y Lucientes, J Martin, T Mathieu, B Miranda, M Pages, N Da Fonseca, IP Ramilo, DW Segard, A Setier-Rio, ML Stachurski, F Tabbabi, A Seck, MT Venter, G Zimba, M Balenghien, T Guis, H Chevillon, C Bouyer, J Huber, K Publié : NOV 2015 Revue : MOLECULAR ECOLOGY Volume : 24 Numéro de revue : 22 Pages : 5707 - 5725 3. IF: 5.16 The galactolipase activity of Fusarium solani (phospho)lipase Jallouli, R Othman, H Amara, S Parsiegla, G Carriere, F Srairi-Abid, N Gargouri, Y Bezzine, S Publié : MAR 2015 Revue : BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-MOLECULAR AND CELL BIOLOGY OF LIPIDS 1851 Numéro de revue : 3 Pages : 282 - 289

Volume :

4. IF: 5.14 Mediterranean Founder Mutation Database (MFMD): Taking Advantage from Founder Mutations in Genetics Diagnosis, Genetic Diversity and Migration History of the Mediterranean Population Charoute, H Bakhchane, A Benrahma, H Romdhane, L Gabi, K Rouba, H Fakiri, M Abdelhak, S Lenaers, G Barakat, A Publié : NOV 2015 Revue : HUMAN MUTATION Volume : 36 Numéro de revue : 11 Pages : E2441 - E2453 5. IF: 4.44 Comparison of Two Quantitative Real Time PCR Assays for Rickettsia Detection in Patients from Tunisia Znazen, A Sellami, H Elleuch, E Hattab, Z Ben Sassi, L Khrouf, F Dammak, H Letaief, A Ben Jemaa, M Hammami, A Publié : FEB 2015 Revue : PLOS NEGLECTED TROPICAL DISEASES Volume : 9 Numéro de revue : 2

Domaines de publications

Type de publications Type de documents

Publications

Article

Article in Press

Book Chapter

Letter

Meeting Abstract

Review

Total 2015

121

Productivité et impact

Nombre de chercheurs Nombre de publications Médiane IF

2012 91

2013 103

2014 105

2015 107

100

106

133

121

2.53

2.27

2.21

2.83

Evolution du facteur d’impact médian et du nombre d’articles publiés

Nombre de publications Nombre d’articles IF médian* 1 er quatrile IF* 3 eme quatrile * Nombre de publications/ Chercheurs

121 83 2.83 1.93 3.33 1.13

Les valeurs des indicateurs IF 2015 sont calculées selon les données de registre JCR et sont sujets à une légère variation lors de la mise à jour des données JCR 2015 qui aura lieu en aot 2016.

Projets de recherche 54

50 44

43 36

30 23

14 7

2012

2013 Projets en cours

2014 Projets obtenus

2015 Total

Les 55 projets de recherche en cours ou obtenus en 2015 sont financés par plusieurs bailleurs de fonds nationaux et internationaux, dont le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche, la Commission européenne, l’OMS, le Réseau International des Instituts Pasteur, le TDR, les coopérations bilatérales, l’institut Pasteur de Tunis (Projet collaboratifs internes) … Source : rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis

Etudiants Diplômes soutenus

155 143 128

93 75

68 70 40

43 32 33

13 10 Thèses

2 5 Mastères

PFE/ingénieurat

2012

Thèses Thèses de de médecine méédecine

2013

2014

7 7

0 4

3 4 1 3

Théses de médecine vétérinaire

Thèses de pharmacie

TOTAL

2015

Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis

Analyses, tests et services réalisés Les analyses et tests sont réalisés par les laboratoires d’analyse de l’Institut. Les services sont réalisés majoritairement par les services communs, le service des vaccinations internationales et antirabiques, le service des consultants externes et certains laboratoires d’analyses. En 2015, l’IPT a réalisé 219 853 analyses, tests et services. Le chiffre d’affaire de l’activité des analyses, diagnostic et de sante publique, s’élève à 3 755 050 DT en 2015. Ce chiffre est stable par rapport à l’année 2014 (3 767 190 DT). Source : Rapports des services diagnostic et de santé publique, de soutien technique et de la direction financière de l’Institut Pasteur de Tunis

Diplômes en cours/Nombre d’étudiants

249 233 217 185

180 158

154 138

53 37

26 12

Thèses

Mastères

PFE/ingénieurat

Thèses de médecine

2012

2013

Théses de médecine vétérinaire

2014

Thèses de pharmacie

Total

2015

Source : Rapports des laboratoires et services et du Comité Formation et stages de l’Institut Pasteur de Tunis

Evénements (organisation ou contribution à l’organisation) 57 51

50 47

10 7

Manifestations scientifiques Cours et ateliers pratiques (colloque, congrès,,,)

Séminaires de formation (conférences, journées d'information…° 2012

2013

2014

Manifestation de culture scientifique (visite, salon…°

Total

2015

Source : rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis

Nombre de doses vendues par l’unité de production de vaccins et sérums

78008

82645 78979

65235 59246 56741 46790 41568

12550 8070 4372

7142

4429

Sérum antiscorpionique

8240 6980 3284 2296 2627 1557 Sérum antivipérin

Sérum antirabique 2012

7314 8759

4020

2013

Vaccin BCG 2014

9155 9727

Immun BCG

TOTAL

2015

Produits issus de l’activité de production de vaccins et sérums thérapeutiques de l’Institut Pasteur de Tunis

Les chiffres d’affaires globales de la vente de vaccins et sérums s’élève à 1 708 453.0 DT HT, alors qui s’élevait à 1 812 817,2 DT HT en 2014, soit une légère baisse de 5,6%. Source : Rapports de la direction de la production de vaccins et sérums thérapeutiques et de la direction financière de l’Institut Pasteur de Tunis

Autres chiffres

60 conférences données par la scientifiques de l’Institut Pasteur en Tunisie et à l’étranger 41 vacations et cours rémunérés 78 participations à des jurys pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger 27 participations à des commissions nationales et internationales 156 communications orales ou affichées (68 nationales, 88 internationales) 90 formations continues (42 en Tunisie 48 à l’étranger) Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis

Equipes de recherche Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique ............ 17 Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie Des Infections ................................................ 25 Laboratoire d’épidémiologie et de Microbiologie Vétérinaire ................................................................ 36 Laboratoire d’Epidémiologie Moléculaire et Pathologie Expérimentale Appliquée Aux Maladies Infectieuses............................................................................................................................................ 42 Laboratoire de Génomique Biomédicale et Oncogénétique ................................................................. 59 Laboratoire de Parasitologie Médicale, Biotechnologies et Biomolécules ............................................ 69 Laboratoire d’Hématologie Moléculaire et Cellulaire ............................................................................. 76 Laboratoire de Venins et Biomolécules Thérapeutiques ....................................................................... 87 Laboratoire d’Epidémiologie et de Génétique des Virus Hépatiques et Entériques ............................. 97

Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique Composition de l’équipe Nom et Prénom Helmi Mardassi Héla Kallel Boutheina Mardassi Chokri Bahloul Abdelhak Ben Younes Ferjani Imène Rourou Samia Béjaoui Khiari Awatef (A démissioné du laboratoire) Emna Saida Fakhfakh Khaled Kaboudi Wafa Tombari Dridi Amor Radhia Ammi Trabelsi Khaled Sghaier Sofien Sofiène Chaari Mehdi Jmel Béhija Mlik Nabiha Belhaj Amina Alaya Sami Majoul Ines Akrouti Besma Mhenni Saloua Ben Fredj Maherzia Lahmar Lobna Belghuil Maher Bouraoui Houssem Mejri Ben Azoun Safa Sassi Hosni Boujemaa Safa Chniba Imène Thabet Sarra Dekhil Neira Meftahi Nedra Rym Gharbi Haj Slimène Dhouha Skhairia Mohamed Amine Amira Zanati Khaled Trabelsi Nadia Rahali Ben Talab Syrine Choucha Zeineb Abbes Mohamed Ghofrane Dhifalli Rym Seif Maazaoui Skhairia Mohamed Amine

Position Biologiste Principal/Chef du Laboratoire Biologiste Principal/Chef du groupe Développement Biotechnologique Biologiste Principal/Chef de l’Unité des Mycoplasmes Biologiste Principal/Chef du groupe Vaccinologie Professeur hospitalo-universitaire Biologiste-adjoint Biologiste-adjoint Biologiste adjoint Maître-assistant Maître-assistant Assistante Assistant Médecin de la santé publique Ingénieur Médecin Vétérinaire Médecin Vétérinaire Médecin Vétérinaire Technienne supérieure principale (surveillante) Technienne supérieure major Technicienne supérieure Technicien supérieur major (surveillant) Technicienne supérieure Technicienne supérieure principale (surveillante) Technicienne supérieure Ouvrière Ouvrière Ouvrier Ouvrier Doctorant Doctorant Doctorant Doctorant Doctorant Doctorant Doctorant Doctorant Doctorant Doctorant Doctorant Doctorant Doctorant Etudiant en Mastère Etudiant en Mastère Etudiant en Mastère Etudiant en Mastère Etudiant en Mastère Etudiant en Mastère

PRESENTATION GENERALE DU LABORATOIRE MMVDB Le Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique (MMVDB) a été crée dans le cadre du contrat programme 2011-2014. Quatre groupes de recherche se sont joints afin de constituer ce nouveau laboratoire : 1. Groupe des Mycobactéries conduit par le Pr Helmi Mardassi 2. Groupe des Mycoplasmes conduit par la Pr Boutheina Ben Abdelmoumen Mardassi 3. Groupe de Vaccinologie et veille sanitaire conduit par le Pr Chokri Bahloul 4. Groupe de Développement Biotechnologique conduit par la Pr Héla Kallel Ces quatre groupes de recherche ont ainsi mis en commun leurs thèmes respectifs de recherche afin de constituer ce nouveau laboratoire, dont les trois axes majeurs de recherche sont:  La génétique moléculaire des infections bactériennes qui a rassemblé les groupes des Mycobactéries et des Mycoplasmes  La veille sanitaire et vaccinologie  Le développement biotechnologique

OBJECTIFS POURSUIVIS EN 2015 

Groupe de génétique moléculaire des infections bactériennes - Séquençage Nouvelle Génération (NGS) des génomes complets de trois souches de Mycoplasmes Aviaires - Diversité génétique des gènes de virulence chez les isolats Tunisiens de Mycoplasma hominis et étude de leur susceptibilité aux antibactériens - Sérotypage moléculaire des isolats Tunisiens d’Ureaplasma spp. par typage du gène mba et étude de leur susceptibilité antibactérienne - Exploration « génomiquement guidée » des variations au sein des gènes PPE_MPTR de Mycobacterium tuberculosis - Raffinement d’une approche de typage automatisée de Mycobacterium tuberculosis - Rôle de mutations gidB dans le niveau de résistance et le fitness de Mycobacterium tuberculosis

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Groupe Vaccinologie - Mise au point de réactifs de diagnostic par PCR en temps réel - Epidémiologie moléculaire du virus de la fièvre hémorragique du lapin en Tunisie Groupe Développement Biotechnologique - Mise au point d’un vaccin vectorisé contre l’hépatite E - Evaluation de produits d’origine végétale pour la production de virus de la rage sur cellules Vero et du virus de la rougeole sur cellules MRC-5 - Expression de la glycoprotéine du virus rabique chez Pichia pastoris - Développement d’un procédé optimisé pour la production de protéines recombinantes chez la levure Yarrowia lipolytica

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RESUME DES RESULTATS OBTENUS LORS DE L’ANNEE 2015

 Groupe de génétique moléculaire des infections bactériennes Séquençage Nouvelle Génération (NGS) des génomes complets de trois souches de Mycoplasmes Aviaires Le séquençage des génomes de Mycoplasma meleagridis (souche de référence ATCC 25294) (MM_ATCC) et un isolat de terrain MM_26B8_IPT) et Mycoplasma gallinarum (isolat de terrain Mgn_IPT) a été réalisé en utilisant la plateforme Illumina V2 au CBiB de Bordeaux. L’annotation des génomes a été accomplie automatiquement en utilisant le Serveur RAST et l’analyse des séquences in-silico a été effectuée moyennant les différents outils bio-informatiques disponibles sur les bases de données MolliGen, RAST et NCBI. Les résultats obtenus ont montré que les génomes de MM_26B8_IPT et Mgn_IPT présentent des tailles de 664,256 pb et de 800,663 pb, respectivement. Chez MM_ATCC, MM_26B8_IPT et Mgn_IPT, plus que la moitié des protéines est consacrée aux métabolismes. Outre la voie du métabolisme de l’arginine, qui a été retrouvée intacte dans les 3 génomes, de nombreux gènes impliquées dans la voie du métabolisme des carbohydrates ont été détectés, notamment sur le génome de Mgn_IPT (44 CDS).

Comparaison des voies du métabolisme de l’arginine et du métabolisme des carbohydrates, chez MM_ATCC, MM_26B8_IPT et Mgn_IPT. La comparaison inter-souches de M. meleagridis a permis de mettre en évidence quelques différences entre les deux génomes. Présentant presque 30 Kb de plus, le génome de l’isolat MM_26B8_IPT (664,256 pb) s’est révélé plus grand que celui de la souche type MM_ATCC (634,182 bp). Cet excès d’ADN correspond à la fois à une acquisition d’un nouveau matériel génétique et à une répétition d’un certain nombre de locus existant déjà sur le génome de la souche de référence, MM_ATCC. Il est possible que ces différences génomiques seraient à la base du transfert génétique et de changement d’hôte. Les analyses génomiques comparatives basées sur la recherche des facteurs de virulence ont montré que MM_ATCC, MM_26B8_IPT et Mgn_IPT sont, contrairement aux mycoplasmes aviaires les plus redoutables, dépourvus d’adhésines et d’hémagglutinines. Il semblerait que la pathogénie de ces trois souches est plutôt assurée par une multitude de nucléases et de protéases qu’elles hébergent. De plus, d’autres déterminants génétiques tels que les transposases, les gènes LicD et lpd dont l’incrimination dans la virulence est antérieurement prouvée, ont été détectés chez Mgn_IPT. Cette trouvaille semble contredire la littérature souvent rapportant le caractère avirulent de cette espèce. Diversité génétique des gènes de virulence chez les isolats Tunisiens de Mycoplasma hominis et étude de leur susceptibilité aux antibactériens Plusieurs études portant sur la pathogénicité de M. hominis, indiquent que certaines modifications génétiques sont à l’origine de variantes antigéniques membranaires responsables de la dynamique des surfaces cellulaires au sein d’une même espèce. L’exploration de la diversité génétique de 34 isolats de Mycoplasma hominis, collectés entre les années 2000 et 2015 chez des patients infertiles a été réalisée à travers 5 gènes de virulence : p120’, vaa, lmp1, lmp2 et lmp3. Aussi, il s’est avéré que les 34 isolats de M. hominis appartiennent à 20 types de virulence différents (VT1>VT20). Les types de virulence les plus dominants sont : VT1, VT2, VT3 et VT4. L’étude de la susceptibilité antibactérienne a été aussi réalisée sur 23 isolats qui se sont révélés être tous résistants à l’érythromycine et l’azythromycine, mais sensibles à la doxycycline et l’ofloxacine. Quant à la tétracycline, 45% des isolats en sont résistants.

MST montrant la relation entre les 20 types de virulence chez M. hominis

Sérotypage moléculaire des isolats Tunisiens d’Ureaplasma spp. par typage du gène mba et étude de leur susceptibilité antibactérienne L’étude de la prévalence des deux espèces d’Ureaplasma spp. (Ureaplasma parvum et Ureaplasma urealyticum) chez 70 isolats collectés entre les années 2004 et 2015 chez des patients souffrant principalement d’infertilité, a été effectuée par amplification de la région 5’ du gène mba. Il s’est avéré que 67.1% des isolats sont Ureaplasma parvum et 32.9% sont Ureaplasma urealyticum. L’étude de la susceptibilité de 22 isolats d’Ureaplasma spp. aux antibactériens a montré qu’il n’y a aucune relation entre la diversité génétique des souches d'Ureaplasma spp. et leurs comportements vis-à-vis de la tétracycline (100% sensibles), la doxycycline (100% sensibles), l'érythromycine (100% résistants) l'azythromycine (100% intermédiaires) et la ciprofloxacine (100% résistants). Alors que le profil de susceptibilité des isolats vis-à-vis de l'ofloxacine varie d'un sérotype à un autre. Exploration « génomiquement guidée » des variations au sein des gènes PPE_MPTR de Mycobacterium tuberculosis Dans le cadre d’un projet de collaboration bilatéral Tunisie-Afrique du Sud, nous nous sommes proposés de miser sur l’exploitation des données de séquençage génomique afin d’évaluer la variabilité génétique au sein des gènes PPE_MPTR. Ces derniers font partie d’une sous famille multigénique dont le rôle dans l’interaction hôte-pathogène est plus que évident. Pour ce faire, nous avons d’abord ciblé une famille génotypique majeure de M. tuberculosis, à savoir la famille Haarlem, dont nous disposons de données de séquençage génomique Illumina de haute qualité. Afin d’avoir un aperçu à l’échelle génomique sur la teneur de la variabilité des gènes PPE_MPTR, nous avons procédé tout d’abord à l’analyse comparative de six génomes d’isolats multirésistants épidémiques ainsi que le génome de leur parent sensible le plus proche. Aussi l’objectif précis consiste à déterminer la variabilité génétique au sein de la sous-famille multigénique PPE_MPTR, en traitant de manière spéciale les données génomiques de sorte à pouvoir dégager le moins possible d’ambiguïtés de séquences et déterminer les mutations de manière spécifiques. En effet, les gènes PPE_MPTR sont hautement répétitifs et possèdent un taux de GC très élevé, pouvant même atteindre les 80%. Pour ce faire, nous avons utilisé les lectures ou « reads » de tailles 250 pb issus du séquençage paired end de la paletforme Illumina HiSeq 2500 (GATC). Dans le cas particulier des gènes PPE_MPTR, trois logiciels d’alignement différents, BWA, Smalt et NOVO ont été utilisés. En outre, les fichiers binaires d’alignement BAM sont visualisés et étudiés à l'aide du logiciel Artemis. Nous avons développé un certain nombre de modules Python qui utilisent le format de fichier VCF comme entrée pour identifier les SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms ou mutations ponctuelles) spécifiques et partagées entre tous les génomes. Pour tous les génomes séquencés dans cette étude, les SNPs sont vérifiés en prenant en compte le score de contrôle de la qualité de chaque position de nucléotide (QC => 30). L’ensemble de ces analyses nous ont permis de cartographier les mutations siégeant dans les gènes PPE_MPTR du clone épidémique Harrlem3-ST50. Nous avons dénombré au total 66 mutations (ou SNPs), dont 27 (40,9%) sont non synonymes (nsSNP), et ce à travers 13 gènes PPE_MPTR sur les 22. Les gènes les plus variables (en ordre décroissant) sont PPE55, PPE34, PPE54 et PPE39. Curieusement, dans ces gènes la majorité des mutations est confinée dans des régions bien particulières qu’on a appelé régions hypervariables. Nous pensons qu’il s’agit de la conséquence de phénomènes de recombinaison et/ou conversion géniques. Cette distribution des mutations dans des régions bien définies nous a facilité le choix des amorces et les travaux de séquençage Sanger que nous allons entamer sous peu. Raffinement et évaluation du pouvoir discriminant de la technique de typage automatisée, IS6110-5’3’FP Nous avons entamé le raffinement et la validation d’une nouvelle technique de typage automatisée (IS6110-5’3’FP) sur séquenceur capillaire que nous avons précédemment développée. La technique telle qu’elle a été publiée en 2014 (Thabet et al., IJID 2014) avait apporté beaucoup de points avantageux par rapport à la technique gold standard IS6110 RFLP, mais elle demeurait équivalente en termes de pouvoir discriminant et pouvait être améliorée sur le plan de l’exécution (versatilité). Ci après les améliorations que nous avons réalisées: (i) Cibler la quasi-totalité des fragments polymorphiques IS6110 en réduisant leur taille grâce à l’utilisation de l’enzyme Bst UI qui coupe le génome mycobactérien 50 000 x ; (ii) Eliminer l’étape de pré-amplification dand E. coli de la banque plasmidique, d’où un gain de temps important ; (iii) Utiliser des fluorophores plus stables à savoir ATTO à la place de JOE; (iv) Assurer une détection plus spécifique et plus sensible des pics fluorescents en éliminant l’étape de dilution des produit PCR tout en éliminant automatiquement les

pics d’un témoin négatif inclus dans chaque run du séquenceur capillaire ; (v) Convertir automatiquement les signaux fluorescents en format binaire. Toutes ces étapes ont été réalisées avec succès et dans plus de 90% des isolats typées, nous sommes parvenus à obtenir le double, sinon plus, du nombre de copie IS6110 RFLP. Aussi, afin de tester le pouvoir discriminant de cette version améliorée de IS6110-5’3’FP nous avons eu recours à une collection de 33 isolats Haarlem identiques sur la base de leur profil MIRU-VNTR24, l’actuelle gold standard dans le typage de M. tuberculosis. Sur la base des résultats préliminaire portant sur 16 isolats, nous avons pu discriminer davantage le cluster et donc, nous apportons la preuve que du moins pour ce génotype, notre technique IS6110-5’3’FP est bien plis discriminante que MIRUVNTR24. Rôle de mutations gidB dans le niveau de résistance et le fitness de M. tuberculosis Tel que mentionné dans le rapport précédent, nous avons identifié une délétion d’une base (delC 78 ; single base frameshift deletion) dans le gène gidB d’une série épidémique multi-résistante impliquant 8 patients et qui est associée à un génotype « Haarlem-like ». La souche en question montrait un fort taux de résistance à la Streptomycine en l’absence de mutations dans les gènes rrs et rpsL ce qui est inattendu, car les mutations dans gidB sont connues pour induire de faibles niveaux de résistances à la streptomycine. Afin de comprendre ce phénomène, nous avons tenté d’introduire la mutation delC 78 dans gidB de la souche BCG, utilisée ici comme modèle. Toutefois, dans le génome de BCG, il existe 2 copies de gidB car ce gène fait partie d’une duplication génomique majeure. Il va donc falloir introduire la mutation delC 78 dans les deux copies gidB. Nous avons réalisé avec succès les clonages dans un vecteur d’échange allélique (pCSn construit au sein de notre laboratoire). A présent, nous disposons de plusieurs clones dont seule une copie contient la mutation delC 78. Ces souches se sont avérées sensibles à la streptomycine, puisqu’une deuxième copie gidB est demeurée intacte. Nous allons transformer ces mêmes souches mutées dans une seule copie afin de générer le double mutant, lequel devrait être résistant à la streptomycine.  Groupe Vaccinologie Mise au point de réactifs de diagnostic par PCR en temps réel Nous avons déjà procédé à la mise en place de la technologie de PCR en temps réel. Après l’alignement de séquences de différents varient du virus de la rage qui circulent en Tunisie, au Maghreb, en Afrique et dans le monde, nous avons choisi les oligomères les plus conservés pour les différents réactions de PCR. La matrice ADN utilisée est soit le plasmide pCMV3ISS-GPV, qui code pour la glycoprotéine du virus rabique, soit du cDNA d’un extrait d’ARN total de cellules BHK-21, préalablement infectées in vitro avec la souche PV du virus rabique. Nous avons optimisé les conditions expérimentales pour l’extraction d’ARN, la production des cDNA et la PCR en temps réel des différents échantillons à tester contre la rage. Nous avons aussi mis au point différentes techniques de nested et semi-nested PCR en temps réel contre la rage. Ces protocoles pourront servir pour le diagnostic de la rage dans différents prélèvements de terrain par PCR en temps réel. Ainsi, des dilutions du cDNA de cellules BHK infectées par le virus de la rage, jusqu’à 1014, ont été testées par la technique de nested PCR. Les résultats démontrent que des quantités infiniment petites de matrices cDNA peuvent être détectées par cette technique. D’autre part, nous avons procédé à adapter une nouvelle technique de titrage du virus rabique produit sur culture cellulaire ou des anticorps antirabiques par une technique de PCR en temps réel. La technique de référence pour le titrage du virus rabique est effectuée sur culture cellulaire. Elle est réalisée en effectuant un nombre croissant de dilutions de la préparation virale, qui infectent des cellules BHK-21 en culture (50.000 cellules par puits de plaques 96 de culture cellulaire). Ensuite nous cherchons au microscope à fluorescence la dernière dilution virale qui donne des foyers fluorescents par l’intermédiaire d’un sérum anti ribonucléoprotéine rabique marqué à la fluorescéine. La technique que nous tentons de mettre en place est basée sur la recherche des traces de virus par PCR en temps réel en fonction de la dilution initiale de la préparation virale. Nous effectuerons ensuite des études de corrélations entre les deux techniques pour une éventuelle validation. De même, pour le titrage des anticorps antirabiques nous tentons de mettre en place une technique semblable à celle du titrage du virus par PCR en temps réel et la comparer à la technique de référence RFFIT. La technique RFFIT est une technique de séroneutralisation de la réplication virale sur culture cellulaire. Elle repose sur l’utilisation d’une concentration virale pré-établie qui sera incubée avec des dilutions successives des sérums à titrer en comparaison à un sérum de référence dont le titre en UI/ml est connu d'avance. Une suspension de cellules permissives de la réplication virale (BHK-21) est ensuite ajoutée et la réplication virale est révélée par l’intermédiaire d’un conjugué fluorescent à base d'anticorps polyclolonaux contre la ribonucléocapside couplés à la FITC. Le titre en

anticorps neutralisants de chaque échantillon est extrapolé à partir de la courbe d’inhibition de la fluorescence des différentes dilutions du sérum standard. La nouvelle technique de dosage des anticorps neutralisants par PCR en temps réel est identique à celle du RFFIT mais elle est basée sur la recherche des traces du virus par RT-PCR en temps réel, à la place du conjugué marqué à la fluorescéine. Les résultats préliminaires montrent une bonne corrélation entre les deux techniques. Epidémiologie moléculaire du virus de la fièvre hémorragique du lapin en Tunisie En collaboration avec l’IRVT (Institut de Recherche Vétérinaire de Tunisie) nous avons reçu plusieurs échantillons positifs de fièvre hémorragique du lapin. L’objectif de ce travail est le diagnostic et caractérisation moléculaire du virus de la maladie hémorragique des lapins (RHDV) qui circulent en Tunisie. Ainsi, nous effectuerons une caractérisation moléculaire et une étude phylogénétique des différents variants antigéniques de RHDV qui circulent en Tunisie ; Nous procéderons ensuite à la mise en place d’une plateforme de diagnostic de la RHDVpar PCR en temps réel ; Nous tenterons ensuite la construction d’un plasmide qui poura servir en tant que vaccin à base d’ADN contre la RHDV. Nous avons reçu de l’IRVT 12 échantillons de lapins suspectés d’être infectés par le RHDV. Après RT-PCR avec différents jeux d’oligonucléotides tous les échantillons se sont avérés positifs. Nous avons séquencé ces produits de PCR et nous allons étudier l’épidémiologie moléculaire de la fièvre hémorragique du lapin en Tunisie.

 Groupe DEVELOPPEMENT BIOTECHNOLOGIQUE ET PARTENARIAT INDUSTRIEL

- Mise au point d’un vaccin vectorisé contre l’hépatite E (Héla Kallel, Khaled Trabelsi) ; collaborateurs : Amine Kamen (Université de McGill, Montréal, Canada), Kavita Lole (National Institute of Virology, Pune, India) L’objectif de ce projet est de mettre au point un nouveau candidat vaccin contre les infections de virus de l'hépatite E (HEV) en utilisant le virus adéno-associé (AAV) comme vecteur qui permettra l’expression in vivo du gène de la protéine tronquée de la capside du HEV. Le vecteur sera produit en utilisant la plateforme baculovirus/cellules d’insectes. En effet à ce jour, il existe un seul vaccin contre le virus de l’hépatite E, développé par les chinois. Ce vaccin a obtenu son autorisation de mise sur le marché en Décembre 2011, il s’agit d’un vaccin sous forme de VLP adjuvé et injecté par voie intramusculaire. Nous avons déjà réalisé la construction des AAV recombinants de sérotypes 2, 5 et 6 en utilisant soit deux baculovirus recombinants qui codent pour la production de protéines Rep et Cap, soit un seul baculovirus qui contient le deux gènes Rep et Cap. Nous avons également préparé tous les stocks viraux et vérifié la qualité de nos constructions en réalisant des tests de transduction des cellules HEK 293 EBNA. Nous avons également optimisé les conditions opératoires (température, MOI et Time Of Infection (TOI)) pour la production du rAAV2, rAAV5, T2rAAV6, T2rAAV2, en utilisant l’approche des plans d’expériences. Pour purifier les différents sérotypes d’AVV, nous avons utilisé différentes techniques chromatographiques tels que la purification sur colonne d’affinité en utilisant la matrice AVB Sepharose High Performance et la chromatographie échangeuse d’ions (anions et cations). Nous avons ainsi déterminé pour chaque sérotype les conditions permettant d’obtenir un rendement de purification maximal. Nous avons démarré les essais d’immunisation chez la souris, nous avons testé les voies d’immunisation nasale (rAAV5 et rAAV6) et intramusculaire (rAAV2 et rAAV6). Pour chaque sérotype de rAAV nous avons testé l’effet dose, pour cela nous avons évalué l’injection de 1010 vg (viral genome) et 1011 vg/souris. L’effet de l’adjuvant a été aussi étudié, l’adjuvant MPLA (monophosphoryl lipid A (MPLA) dérivant de Salmonella enterica serovar Minnesota R595 LPS) a été testé à deux concentrations : 5 et 20 µg/dose, lors de l’administration du vaccin par voie nasale. L’adjuvant complet de Freund a été aussi testé à deux concentrations lors de l’immunisation des souris par voie intramusculaire. Ainsi nous avons évalué la réponse humorale (IgG et IgA) en analysant les différents sérums collectés par ELISA. La distribution du vecteur rAVV aux niveaux des organes des souris injectées ainsi que la synthèse de la protéine d’intérêt ont été aussi évaluées. -

Evaluation de produits d’origine végétale pour la production de virus de la rage sur cellules Vero et du virus de la rougeole sur cellules MRC-5 (Héla Kallel, Semi Majoul, Ines Akrouti, Samia Rourou) ; collaborateur : John Menton (Directeur R&D, Kerry, WI, USA)

La culture des cellules animales pour la production de produits biologiques (vaccins, protéines recombinantes, thérapie cellulaire, etc.) se fait aujourd’hui dans des milieux exempts de composant d’origine animale. Cet accord de R&D avec la compagnie Kerry (Wisconsin, USA) rentre dans ce cadre. Il a pour objectif d’évaluer une gamme de produits obtenus par hydrolyse enzymatique de différents produits végétaux, comme substitut du sérum de veau. La capacité de ces produits en tant que substitut du sérum, sera évaluée pendant la phase de croissance cellulaire et la phase de réplication virale. Pour cela nous avons pris deux modèles : les cellules Vero/virus de la rage (souche LP2061), et les cellules diploïdes MRC-5/virus de la rougeole (souche AIK-C). Dans un premier temps nous avons adapté les deux supports cellulaires à savoir Vero et MRC5, à la croissance dans des conditions exemptes de sérum de veau fœtal (cellules Vero) ou à des taux réduits de sérum (MRC-5). En parallèle nous avons aussi étudié la réplication des virus étudiés (rougeole et rage) sur les cellules MRC-5 et Vero dans des milieux à base de DMEM mais supplémentés par différents concentrations de chaque produit à étudier, au total 4 produits ont été testés, chaque produit a été testé à 4 concentrations. Les titres viraux obtenus ont été comparés aux milieux standards (MEM+0.5% HSA pour la multiplication du virus de la rougeole et MEM+0.2% HSA pour la multiplication du virus de la rage). Les conditions optimales de production de chaque virus ont été définies ; certains suppléments permettent d’améliorer d’une façon significative le titre viral. Expression de la glycoprotéine du virus rabique chez Pichia pastoris (Héla Kallel & Safa Bern Azoun) ; collaborateur : Brigitte Gasser (Université des Ressources Naturelles et des Sciences de la Vie, Département de Biotechnologie, Vienne, Autriche) La glycoprotéine rabique est considérée comme étant l’antigène majeur du virus de la rage, c’est le seul antigène capable de protéger contre une injection du virus par voie intracérébrale. L’objectif de cette étude est d’étudier l’expression de cette protéine chez la levure Pichia pastoris et d’évaluer son immunogénécité in vitro et in vivo. Jusque là, la glycoprotéine rabique exprimée soit chez la bactérie Escherichia coli soit la levure Saccharomyces cerevisiae, n’était pas fonctionnelle, probablement à cause des modifications post traductionnelles qui ne sont pas ou qui sont partiellement réalisées. Le gène sauvage, codant pour la glycoprotéine rabique a été cloné chez la levure Pichia pastoris en utilisant α-factor de Saccharomyces cerevisiae comme séquence signal. Le gène d’intérêt a été cloné dans le vecteur d’expression PpiczαA sous le contrôle du promoteur AOX1 inductible par le méthanol. Des clones recombinants de P.pastoris KM71H ont été sélectionnés en fonction de leur résistance à la concentration en zéocine, qui normalement corrèle avec le nombre de copies intégrées du gène d’intérêt, déterminé par qPCR. Le niveau de production de RABV-G obtenu par P.pastoris était faible de l’ordre de 60 ng/ml. L’effet de biais de codon, la séquence signal, le dosage du gène d’intérêt, le promoteur et la co-expression de cinq protéines chaperonnes ont été alors étudiées pour améliorer l’expression de la protéine d’intérêt. Une amélioration spectaculaire a été observée au cours de la coexpression du gène PDI1 ; le niveau d’expression était de l’ordre de 2261 ng/ml et de 1230 ng/ml dans le cas où l’expression était sous le contrôle du promoteur GAP et le promoteur AOX1, respectivement. Pour expliquer la différence du niveau d’expression constaté, une étude de l’état physiologique des transformants de P.pastoris, cultivés sur deux sources de carbone différentes (glucose et méthanol) a été réalisée à travers une analyse comparative du taux de transcription de plusieurs gènes clés, qui sont des indicateurs de l'état physiologique de P.pastoris. Elle a démontré que l’utilisation de glucose comme seule source de carbone a aboutit à une augmentation de la croissance cellulaire et de la production de la glycoprotéine par rapport au méthanol. L’étude de la réactivité de la glycoprotéine recombinante sécrétée vis à vis des anticorps antirabiques neutralisants a montré en utilisant le test RFFIT modifié, que la glycoprotéine rabique recombinante était fonctionnelle et avait la capacité de renter en compétition avec le virus rabique pour neutraliser un sérum antirabique hyper-immun -

Développement d’un procédé optimisé pour la production de protéines recombinantes chez la levure Yarrowia lipolytica (Héla Kallel, Hosni Sassi) ; collaborateur : Patrick Fickers (Université de Liège - Gembloux Agro-Bio Tech, Belgique, Microbial Processes and Interactions (MiPI) L’utilisation de la levure dimorphique Yarrowia lipolytica pour la production de protéines recombinantes est considérée comme une alternative intéressante aux autres systèmes développés chez d’autres levures. Nous avons déjà démontré cela au cours de nos travaux antérieurs, en étudiant deux protéines humaines: l’interféron alpha2b et le GM-CSF humain. L’objectif de ce projet réalisé dans le cadre d’une thèse en codirection avec l’Université libre de Bruxelles est de parvenir à une meilleure compréhension des facteurs d’influence impactant la production de protéines recombinantes chez la levure Y.lipolytica. -

Yarrowia lipolytica présente l’avantage de pouvoir croitre sur des substrats hydrophobes non couteux. Aussi, le choix d’un promoteur fort est un paramètre clé pour tout le procédé de production des protéines recombinantes chez tout système d’expression y compris Yarrowia lipolytica. Nous avons comparé deux promoteurs : pLIP2 (code pour une lipase extracellulaire) et pPOX2 (code pour une acyl Co-A oxydase impliquée dans la voie de β-oxydation) sur l’expression hétérologue de protéines chez cette levure, en adoptant l’approche de gène rapporteur (LacZ et DsRed). Nous avons donc comparé l’effet du promoteur et du milieu de culture sur l’expression de protéines étudiées. Ces études ont été réalisées en microplaque puis validées en bioréacteur de 5L. Les travaux réalisés par le doctorant Hosni Sassi en Belgique consistent à mettre en place un modèle pour l’analyse des différents paramètres physiologiques par la méthode de cytométrie de flux en temps réel. En Tunisie, on s’est intéressé d’une part à l’étude de l’effet de la source de l’azote sur l’expression des protéines modèles et l’effet du dimorphisme de la levure d’autre part. La quantification de l’expression temporelle de certains gènes impliqués dans ces mécanismes a été aussi réalisée par PCR quantitative (qPCR). Les chiffres clés du laboratoire en 2015

1 vacation ou cours rémunéré 11 participations à des jurys 9 participations à des commissions nationales et internationales 14 communications orales et affichées nationales et internationales 3 publications internationales 1 projet obtenu et 1 projet en cours 14 diplômes soutenus 11 diplômes en cours 1 formation continue Publications de l’année 2015 1. Yacoub E, Sirand-Pugnet P, Blanchard A, Ben Abdelmoumen Mardassi B. Genome Sequence of Mycoplasma meleagridis Type Strain 17529. Genome Announc. 2015 May 21;3(3). pii: e00484-15. 2. Héla Kallel, Amine Kamen (2015) Large-scale adenovirus and poxvirus vectored vaccines manufacturing to enable clinical trials. Biotechnology Journal, May;10(5):741-7. 3. Thabet S, Namouchi A, Mardassi H. Evolutionary Trends of the Transposase-Encoding Open Reading Frames A and B (orfA and orfB) of the Mycobacterial IS6110 Insertion Sequence. PLoS One. 2015 Jun 18;10(6):e0130161. Projets de recherche nationaux ou internationaux Projet de coopération Bilatérale Tunisie- Afrique du Sud. PPE_MPTR proteins at the Tuberculosis host-pathogen interface. Représentant Tunisien: Helmi Mardassi

Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections Composition de l’équipe Nom et Prénom Barbouche Ridha Louzir Hechmi Ben Salah Afif Laouini Dhafer Zhioua Elyes Ben Ahmed Malika Ben Mustapha Imen Essafi Makram Bettaieb Jihène Mekki Nejla Aissi Wafa Ben Ali Meriem Bousoffara Thouraya Chelbi Ifhem Rym Ouni Ben Khemiss Leila Bayoudh Salma Khaoula Ben Farhat Nourhene Agregi Bahrini Khadija Bouzeyen Rania Refai Amira Bilel Chalghaf Myriam Harrabi Ferdaous Ouertani Amina Khadher Rihab Yazidi Wajdi Zaatour Sghaier Manel Attia Hanene Chourabi Khaled Atri Chiraz Naouar Ikbel Tlili Aymen Barhoumi Walid Ben Fadhel Oussema Raja Rekik Kammoun Saida Wissem Ghawar Kaouther Jaouadi Marzouki Soumaya Bali Aymen Wassim Zaatour Ghouila Amel Wissem Zid Rihab Yazidi Meriem Nouira Kharroubi Ghassen Sana Chaabane Amor Zaatour Aicha Boukthir Nabil Belhaj Hmida Chater Saloua

Position (Chef de Laboratoire et Chef d’Equipe) Professeurs Hospitalo-Universitaire (Chef d’Equipe) (Chef d’Equipe) Biologiste Principal Biologiste Principal Maître de conférence Universitaire HospitaloMaître de conférence Hospitalo-Universitaire Biologiste Assistants Hospitalo-Universitaires Assistants Hospitalo-Universitaires Assistants Hospitalo-Universitaires Biologistes Adjoints Biologistes Adjoints Biologistes Adjoints

Doctorants

Post-doc Post-doc Post-doc Post-doc Ingénieur Principal contractuel Ingénieur Principal Contractuel Biologiste Adjointe contractuelle Ingénieur Principal Contractuel Ingénieur Principal Contractuel Résident en Médecine Résident en Médecine Ingénieur Principal Contractuel Techn. Sup. Major Techn. Sup. Major Techn. Sup. Major Techn. Sup. Major

Ben Hassouna Nabiha Mohamed Ali Snoussi Hayet Mhenni Ajmi Monia Dridi Héla Louhichi Moncef Ghribi Samir Slama Adel Kadri Abdelaziz

Techn. Sup. Major Technicien sup Principal Gestionnaire Contractuel Ouvrier ouvrier Ouvrier Chauffeur Chauffeur Chauffeur

Présentation générale du laboratoire L’année 2015 était l’année de l’évaluation du mandat de 4 ans (2011-2014) du LR11IPT02 tel que intégré dans le contrat-programme institutionnel avec le Ministère de l’Enseignement Supérieur et la Recherche Scientifique. Les rapports d’auto-évaluation et de candidature pour une reconduite du laboratoire (2015-2018) ont été soumis dans les délais et l’évaluation externe par le Comité National d’Evaluation des Activités de Recherche (CNEAR) qui devait avoir lieu en Septembre 2015 en vue d’une reconduction effective sur le plan budgétaire fin 2015 n’a été effective qu’en Février 2016. Les 3 équipes impliquées dans le Laboratoire ont continué leurs travaux de recherche sur leurs thématiques respectives et ont une production scientifique en progression significative lors de l’année 2015. Ci-après sont résumés les principaux résultats obtenus. Le Conseil de Laboratoire a tenu des réunions régulières dont les débats sont consignés dans des procès verbaux. 1ère équipe : Epidémiologie, Surveillance et Contrôle (Chef d’équipe : Afif BEN SALAH, MD/PhD, Professeur en Médecine Préventive) Nos axes d'activité concernent spécifiquement: A. Les systèmes de surveillance épidémiologique : Ce programme consiste à la participation, l'élaboration et la mise en place des nouveaux systèmes de surveillance et de veille sanitaire qui incorpore en plus des données temporelles sur les maladies (essentiellement celles à déclaration obligatoire, les maladies émergentes et ré-émergentes et les maladies à potentiel épidémique), des informations démographiques, écologiques et géographiques superposées dans des cartes électroniques à plusieurs couches. Ces outils permettraient la modernisation et l'amélioration de la performance des systèmes d'informations sanitaires actuels pour une meilleure gestion des risques sanitaires. Cette activité se déroule désormais en collaboration avec la Direction des soins de santé de Base (DSSB) et le laboratoire de référence de la grippe au CHU Charles Nicole pour mettre à niveau le système de surveillance épidémiologique. Dans le cadre de cette collaboration un projet intitulé "Renforcement de la surveillance de la grippe en Tunisie", financé par le CDC d’Atlanta, USA a été mis en place en 2014. Ce projet vise à améliorer les performances du système de surveillance sentinelle actuel d’ici 2018. Ainsi les objectifs, les composantes et l'organisation du dispositif national de surveillance de la grippe ont été révisés afin de renforcer ses capacités, en utilisant des méthodologies et des procédures normalisées. Un protocole d’évaluation à mi -parcours de ce nouveau système de surveillance a été rédigé et sera mis en place en 2016. L’évaluation couvrira la structure, l’organisation, le processus et les produits du système de surveillance et de riposte et devra pouvoir implémenter les mesures correctives permettant d’atteindre les objectifs fixés. Un 2eme projet financé par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), a été entrepris avec la DSSB, vise à mettre en place un système d’information épidémiologique électronique qui englobe les maladies à déclaration obligatoire et l’activité des centres de santé de base. Ce système intègre pour la première fois une carte électronique de tout le pays dont la résolution atteint le village. Ce système est en cours de développement avec l’appui d’un comité de pilotage national sous la coordination scientifique du service d’Epidémiologie Médicale (Afif Ben Salah, Jihene Bettaieb, Wafa Aissi, Rihab Yazidi, Sana Chaabane, Hayet Mhenni, Adel Gharbi, Mongi Dellagi, Aicha Boukthir, Sadak Chlif, Wissem Zid et collaborateurs). B. La Recherche clinique pour le développement de médicaments anti-leishmaniens et de tests de diagnostic rapide : La recherche clinique selon les standards internationaux des Bonnes Pratiques Cliniques représente un volet très actif au sein du service. En effet, en collaboration avec des organismes de recherche

nationaux et internationaux, on contribue au développement et à l’enregistrement, en Tunisie et aux Etats Unis d’Amérique, d’un nouveau médicament anti-leishmanien sous forme de pommade. Il s’agit d’un produit composé de paromomycine 15%, gentamycine 0,5% dans un véhicule hydrophile. De plus, une série d’essais thérapeutiques (deux études en phase II et une étude en phase III) pour tester un nouveau médicament anti-leishmanien sous forme de pommade (WR279396) ont été réalisées. Ces essais ont conclu à l'efficacité du nouveau produit testé (80 à 94%) et à sa très bonne tolérance (absence de toxicité systémique). Il s'agit d'essais cliniques multi-centriques regroupant trois institutions internationales (l'Institut Pasteur de Tunis, L'Institut Pasteur à Paris et l'Institut Walter Reed, USA). Pour la première fois en Tunisie, cette activité a été renforcée par l’implémentation d’un centre de recherche clinique, opérant selon les normes internationales de bonnes pratiques cliniques, dans le gouvernorat de Sidi Bouzid, en pleine zone d’endémie leishmanienne. Ce centre est totalement intégré aux soins de santé de base, et comporte par ailleurs un local pour la logistique, un laboratoire et une unité mobile (2 médecins, 2 infirmiers, 2 véhicules tout terrain avec 2 chauffeurs) pour la mise en œuvre des essais sur le terrain. Il se base sur le système des soins de santé primaires pour le recrutement des sujets volontaires. Un test de diagnostic rapide (CL-Detect) a été testé et validé intégralement dans notre groupe pour la composante sensibilité, il a été enregistré en 2014 à l’US-FDA. (Afif Ben Salah, Amor Zaatour, Jihene Bettaieb, Rihab Yazidi, Sana Chaabane, Hayet Mhenni, Adel Gharbi, Nabil Belhadj Hmida, Mongi Dellagi, Aicha Boukthir, Sadak Chlif, Wissem Zid et collaborateurs). C. Epidémiologie moléculaire des parasites « Leishmania major »: effet du temps et de la répartition géographique sur le profil génétique des leishmanies : Le groupe d’Epidémiologie continue à alimenter sa banque de souches de leishmanies afin de tester des hypothèses en rapport avec la variabilité génétique des souches en fonction du type de rongeur et de l’expression clinique de la maladie chez l’homme. Des comparaisons entre le profil génétique des souches anciennes (collectés en 1990) et les souches récentes (collectés 20 ans plus plu tard) ainsi que l’origine géographique ont permis d’évaluer l’effet du temps et de l’appartenance géographique sur le profil génétique des souches de leishmanies en Tunisie. (Mariem Harrabi, Afif Ben Salah, Wissem Ghawar, Jihene Bettaieb, Rihab Yazidi, Sana Chaabane, Hayet Mhenni, Adel Gharbi, Nabil Belhadj Hmida, Mongi Dellagi, Aicha Boukthir, Sadak Chlif, Wissem Zid, Wassim Zaatour, Mohamed Ali Snoussi, Sadak Salem, Kaouther Jaouadi et collaborateurs). D. Modélisation spatiale de la dynamique des rongeurs Mériones et son impact sur l’émergence de la maladie : Une étude épidémiologique a visé l’évaluation de la dynamique spatiale du rongeur Meriones Shawi : 30 rongeurs ont été équipés de colliers émetteurs et ont été suivis de façon hebdomadaire par radiotélémétrie. Cette étude a montré pour la 1ère fois que ce réservoir se déplace et on a pu quantifier ses déplacements (distance moyenne parcourue pendant 9 mois = 1.4 km) ce qui explique la diffusion spatiale de la leishmaniose cutanée en Tunisie. Un modèle mathématique intégrant les paramètres intrinsèques de transmission et la dynamique spatiale est en cours de conception (Wajdi Zaatour, Afif Ben Salah, Wissem Ghawar, Bilel Chalghaf, Jihene Bettaieb, Sadak Chlif, Sadak Salem, Mohamed Ali Snoussi). E. Qualification pour la coordination scientifique d’un centre d’investigation clinique (CIC) : Cette qualification suit la présentation à l’appel d’offre lancé conjointement par le Ministère de la Santé et le Ministère de la Recherche pour nommer quatre CIC à l’échelle nationale. Notre CIC intitulé «Maladies transmissible : histoire naturelle et outils innovants pour le diagnostic, la prévention et le traitement », est constitué de six équipes multidisciplinaires en relation avec les hôpitaux de la Tunisie, sous la coordination du Pr. Afif Ben Salah. Ce centre a été évalué et retenu le 25 décembre 2014. Son objectif vise à mieux contribuer au contrôle des maladies transmissibles les plus fréquentes en Tunisie (leishmaniose, hépatite, tuberculose) et à promouvoir les bonnes pratiques cliniques dans le pays, il complète naturellement l’activité des laboratoires de recherche en assurant l’implémentation des produits de la recherche sur le terrain (Afif Ben Salah, Amor Zaatour, Jihene Bettaieb, Wafa Aissi, Rihab Yazidi, Sana Chaabane, Hayet Mhenni, Adel Gharbi, Nabil Belhadj Hmida, Mongi Dellagi, Aicha Boukthir, Sadak Chlif, Wissem Zid, Wajdi Zaatour, Mohamed Ali Snoussi, Mariem Harrabi, Amina Khedher, Bilel Chalghaf, Ferdaous Wertani et collaborateurs).

F. Le centre de formation régional financé par l’OMS/ TDR : L’Institut Pasteur de Tunis a été sélectionné en Mai 2015 pour héberger le Centre Régional de Formation (RTC) sur les maladies négligées, sous la coordination scientifique du Pr. Afif Ben Salah. Ce centre est le 6ème à l’échelle internationale. Sa vocation essentielle est la formation dans le domaine de l’éthique, des bonnes pratiques cliniques et de l’implémentation de la recherche. Ce centre a déjà hébergé un cours international en rapport avec l’implémentation de la recherche et se prépare pour organiser des cours nationaux et internationaux en rapport avec l’éthique bio-médicale, les bonnes pratiques cliniques (BPC), de laboratoires (BPL) et en recherche dans le domaine de la santé (Afif Ben Salah, Sadak Chlif, Wissem Zid, Aicha Boukthir, Hayet Mhenni, Adel Gharbi, Jihene Bettaieb, Wissem Ghawar, Rihab Yazidi, Sana Chaabane et collaborateurs). . 2ème équipe : Immunobiologie des Leishmanioses (Chef d’équipe: Dhafer Laouini, PhD, Biologiste Principal) Notre groupe s’intéresse à trois axes complémentaires essentiels pour la compréhension de la physiopathologie des leishmanioses à travers l’étude (i) de l’Immunité et corrélats de protection contre l’infection par Leishmania (L.), (ii) de l’interaction hôte-parasite par des approches génomiques, transcriptomiques, protéomiques, régulomiques et métabolomiques et (iii) de l’immunobiologie du phlébotome, vecteur de la leishmaniose. A. Identification de peptides de protéines parasitaires secrétées/excrétées dont la présentation induit la production de granzyme B : La réponse des lymphocytes T cytotoxiques spécifiques du parasite Leishmania est l’une des composantes de la réponse immune acquise développée contre ce pathogène et contribue à la résistance à la réinfection. Une approche immuno-informatique réalisée sur les principales protéines potentiellement excrétées/sécrétées a permis d’identifier des peptides qui pourraient être ciblées par la réponse anti-parasitaire cytotoxique. Ainsi, soixante-dix-huit (78) peptides nonamériques susceptibles d’être présentés par les molécules du complexe majeur d’histocompatibilité HLA-A * 0201 ont été identifiés et leur capacité de liaison aux molécules HLA-A2 a été évaluée par approches immuno-informatiques a été réalisée. Ces peptides ont été synthétisés puis regroupés en 20 pools et leur immunogénicité a été évaluée, suite à une stimulation in vitro de cellules mononucléées du sang circulant d’individus HLA-A2+ guéris de leishmaniose cutanée causée par L. major . Six peptides parmi eux ont été identifiés pour leur capacité à induire la production de granzyme B. Parmi ces derniers, trois ont montré une haute affinité pour la molécule HLA-A* 0201 humaine et appartiennent respectivement à un facteur d’élongation et à deux protéines parasitaires à fonctions inconnues. Ces protéines pourraient constituer de potentiels candidats vaccins anti-leihmaniens (Ikbel Naouar, Thouraya Boussofara, Melika Ben Ahmed, Hechmi Louzir et collaborateurs). B. La protéine immuno-dominante PpSP32 de Phlebotomus (P.) papatasi comme marqueur d’exposition aux piqures du vecteur : Au cours d'un repas de sang, les femelles du phlébotome, vecteur du parasite Leishmania, injectent de la salive dans la peau de l'hôte. Cette salive contient une grande variété de composants qui exercent différentes activités pharmacologiques. En outre, les protéines salivaires sont capables d'induire la production d'anticorps qui leur sont spécifiques et qui pourraient être utilisés comme marqueurs d’exposition aux piqûres du vecteur. Notre équipe a préalablement démontré que l’une de ces protéines salivaires, la PpSP32 est un antigène immunodominant reconnu spécifiquement par des anticorps d’individus exposés aux piqûres de P. papatasi, vecteur de L. major. Au cous de nos travaux, nous avons validé, sur une large cohorte de 522 personnes, l'utilisation de la protéine salivaire recombinante (r) PpSP32 comme marqueur d'exposition à la piqure de phlébotomes. Nous avons également démontré que le dépistage de l’exposition aux piqures pourrait se faire aussi bien par la détection d’anticorps IgG anti-rPpSP32 totaux que par celle des anticorps anti-rPpSP32 de classes et sous-classes IgG2, IgG4 et IgE. Toutes ces données indiquent que la rPpSP32 pourrait constituer un outil épidémiologique utile pour la surveillance de la distribution spatiale du vecteur P. papatasi dans une région donnée. Il pourrait également permettre d’améliorer la qualité des programmes de lutte contre la leishmaniose cutanée zoonotique causée par L. major et plus particulièrement d’augmenter l’efficacité des campagnes de lutte anti-vectorielle (Soumaya Marzouki, Melika Ben Ahmed, Hechmi Louzir et collaborateurs).

C. Micro-hétérogénéité génétique des souches de Leishmania (L.) major dans les foyers émergeants de la leishmaniose cutanée zoonotique : Dans cette étude, nous avons appliqué la méthode de typage des microsatellites (MLMT) en utilisant dix marqueurs hautement informatifs et discriminantes pour étudier la structure génétique de 35 isolats de L. major obtenus chez des patients vivant dans cinq différents foyers du Centre tunisien (deux anciens et trois foyers émergents). Les reconstructions phylogénétiques basées sur les distances génétiques ont montré que neuf des dix loci testés étaient homogènes dans tous les isolats avec allèles homozygotes, alors qu’un locus (71AT) avait un profil bi-allélique 58/64 pb avec l’un des allèles lié à des foyers émergents. Les parasites promastigotes exprimant l'allèle de 58 pb ont tendance à être plus résistants in vitro la lyse par le complément. Ces résultats, qui mettent l'accent sur une éventuelle dépendance géographique de la micro-hétérogénéité génétique, peuvent améliorer notre compréhension de l'épidémiologie de cette forme épidémique (Hanène Attia, Rabiaa Manel Sghaier, Aymen Bali, Fatma Z Guerfali, Ghada Mkannez, Koussay Dellagi, Dhafer Laouini et collaborateurs). D. Génomique comparative d’isolats de L. major induisant une expression clinique contrastée de la leishmaniose cutanée humaine : L’infection à L. major induit chez les patients des lésions dont la sévérité est variable. On sait cependant très peu sur les mécanismes sous-jacents cette diversité. Notre hypothèse est que la variabilité génétique intra-espèce des souches parasitaires pourrait largement contribuer à la diversité de l’expression clinique de la maladie observée chez les patients. Sur la base de données épidémiologiques et d’expérimentations in vitro, nous nous sommes concentrés sur deux isolats cliniques montrant une gravité contrastée chez les patients desquels ils ont été obtenus. Nous avons utilisé la technique de séquençage ADN à haut débit afin d'identifier les variants génétiques ayant un potentiel de discrimination entre ces deux isolats. Les résultats montrent différents niveaux d'hétérogénéité entre les deux isolats de L. major en terme de variations chromosomique ou géniques (CNV) et que la divergence intra-spécifique pourrait être liée à des polymorphismes nucléotidiques (SNP) et à des évènements d’insertion/délétion (indels). Fait intéressant, les gènes touchés par ces deux types d’évènements (SNP et indels) sont corrélés avec les CNV géniques. La contribution de ces différences à la variabilité de l’expression clinique de la maladie reste à démontrer fonctionnellement. Cependant, des analyses omiques plus poussées sont nécessaires pour une meilleure compréhension des facteurs de sévérité clinique de la maladie (Amel Ghouila, Chiraz Atri, Dhafer Laouini, Fatma Z Guerfali et collaborateurs). 3ème équipe : Dysimmunité et Infections (Chef d’équipe :Mohamed Ridha BARBOUCHE, MD/PhD, Professeur en Immunologie) A . Etude de situations dysimmunitaires par échappement et modulation des réponses immunes, induites par les mycobactéries: a- Etude de la modulation des réponses inflammatoires et apoptotiques du macrophage humain infecté par des mycobactéries Nous avons déjà démontré le rôle important joué par le facteur de transcription FOXO3 dans l'apoptose des macrophages humains infectés par le BCG. En effet, nos résultats indiquent que le facteur de transcription FOXO3 serait responsable de l’induction de l’expression de deux facteurs proapoptotiques, NOXA et PUMA, causant une mort caspases-indépendante. L'apoptose accrue des macrophages infectés par le BCG a été considérée comme bénéfique pour l'établissement d'une réponse adaptative optimale, conduisant à une plus grande protection contre la tuberculose. Booster l'apoptose lors de la vaccination par le BCG, à travers l'activation de FOXO3, pourrait donc conférer une meilleure protection contre la tuberculose. Afin de vérifier cette hypothèse, un projet de collaboration Tuniso-Indien, qui consiste à évaluer l'effet d'une nouvelle composition vaccinale contenant le BCG mélangé avec des activateurs de FOXO3 est actuellement en cours. Nous continuons aussi l'évaluation de l'effet de FOXO3 sur la réponse du macrophage aux infections mycobactériennes. Les résultats préliminaires suggèrent que FOXO3 est aussi impliqué dans la phagocytose des mycobactéries (Makram Essafi, Mariem Houas, Rania Bouzeyene). b- Caractérisation de l’effet de certains facteurs de virulence de M. tuberculosis sur les réponses macrophagiques Les facteurs de virulence de la souche pathogène, Mycobacterium tuberculosis (Mtb), notamment le complexe ESAT-6/CFP10 jouent un rôle majeur dans la pathogenèse de la tuberculose. Cependant,

les études portant sur les fonctions biologiques de l'ESAT-6 ont conduit à des résultats discordants et son rôle reste toujours controversé. Nous avons pu montrer que la controverse, autour des fonctions biologiques d'ESAT-6, serait dûe à une différence dans les protocoles de purification de l'ESAT-6 recombinante. Notre travail propose aussi que dans les conditions physiologiques une dissociation du complexe CFP10/ESAT-6 et la libération de l'ESAT-6, seule responsable de la lyse cellulaire, serait une phase nécessaire afin de favoriser la dissémination de l'infection. Nous avons aussi généré des résultats suggérant que le facteur ESAT-6 serait derrière le détournement de la réponse macrophagique d'une réponse du type M1 vers une réponse anti-inflammatoire du type M2 (Makram Essafi, Amira Refai). c- Exploration de la réponse immune dirigée contre les antigènes de latence et de réactivation identifiés en vue d’évaluer leur potentiel diagnostique : L’étude des réponses immunes dirigées contre M. tuberculosis pendant la phase de dormance (forme latente) et celle de réactivation (forme active) de la tuberculose constitue une approche pouvant aider à identifier de nouvelles cibles pour l’identification de bio-marqueurs permettant de discriminer la forme active de la forme latente de la maladie. Cette discrimination est cruciale notamment pour l’identification de ce réservoir potentiel que sont les proteurs sains qui dans la stratégie post-2015 de l’OMS, notamment ceux infectés récemment, devraient être identifiés et traités. Dans ce but, plusieurs antigènes spécifiques de réactivation (Rv0140) et de latence (Rv2660c et Rv3704) de M. tuberculosis ont été clonés et exprimés dans E. coli et P. pastoris et les réponses immunes cellulaires par des IGRA développés avec ces antigènes sont actuellement investiguées chez 3 groupes d’invividus: TB pulmonaire active, avec infection latente et contrôles sains. Nous avons également évalué l’intérêt de l’utilisation du test Quantiferon-TB Gold® pour le diagnostic de la tuberculose ganglionnaire, qui progresse en Tunisie et dont le diagnostic étiologique et différentiel reste difficile. Nos résultats préliminaires semblent indiquer une sensibilité meilleure du test dans le contexte de la tuberculose ganglionnaire (90%) que dans la forme pulmonaire (76%). Enfin, dans un projet ACIP, nous avons essayé de valider un test HBHA-IGRA pour le diagnostic de la tuberculose pulmonaire latente. L’objectif étant d’obtenir des données sur la prévalence de la TB latente chez les populations Malgache, Tunisienne et Sénégalaise où il y a une incidence variable de la tuberculose. Un test HBHA-IGRA développé et standardisé à l’Institut Pasteur de Lille a été utilisé. Cette étude multicentrique est actuellement sur le point de s’achever et l’analyse des résultats sera menée très bientôt (Chaouki Benadbessalem, Rym Ouni, Soumaya Bchiri, Amani Braiek). B. Etude des dysfonctionnements du système immunitaire liés à une susceptibilité génétique de l’hôte aux infections, dans des modèles à déterminisme monogénique ou multigénique : a- Identification des bases moléculaires de Déficits Immunitaires Primitifs (DIPs), notamment dans leurs formes autosomiques récessives plus fréquentes dans notre population fortement consanguine et étude des corrélations génotype/phénotype (Imen Ben Mustapha, Mariem Ben Ali, Hanen Ouadani, Khaoula Ben Farhat, Nourhen Agrebi, Leila Ben Khemis). Nous avons poursuivi ce travail avec l’étude de l’agammaglobuliménie qui est un DIP rare caractérisé par une absence de lymphocytes B circulants et des taux très réduits ou nuls d’anticorps dans le sang. L’objectif a été de caractériser les bases moléculaires de l’agammaglobulinémie dans une population maghrébine hautement consanguine, augmentant ainsi les chances d’identifier de nouvelles mutations. Parmi les 70 cas d’agammaglobulinémie inclus dans l’étude nous avons identifié chez 41 garçons appartenant à 36 familles, la présence de 33 mutations différentes du gène BTK confirmant le diagnostic de Maladie de Bruton liée à l’X. Concernant les 29 patients (garçons et filles) restants et suspects de porter des mutations de gènes autosomiques récessifs, nous avons séquencé les 5 gènes connus pour être responsables des formes autosomiques récessives de l’agammaglobulinémie nommément IGHM, IGLL1, CD79A, CD79B et VpréB. Les mutations identifiées touchent 4 patients dont 3 patients appartenant à deux familles pour IGHM et 1 patient pour CD79A. Une majorité de nos patients reste donc à investiguer, une étude par exome sequencing à la recherche de nouveaux gènes impliqués a été entamée. Par ailleurs, après avoir démontré l’implication d’un nouveau gène dans le syndrome hyper-IgE (HIES) identifié dans deux familles multiplexes tunisiennes non apparentées chez lesquelles nous avons exclu l’implication du gène STAT3, responsable de la forme classique autosomique dominante du HIES et représentant 70% des cas en Europe et aux USA; nous avons poursuivi l’étude fonctionnelle de ce déficit touchant l’enzyme PGM3 qui appartient à la famille des phospho-exose mutases et permet la production d’un précurseur essentiel de la glycosylation protéique. Par ailleurs, nous avons pu démontrer l’existence d’un effet fondateur pour une mutation dans notre population.

b- Etude du rôle de polymorphismes de gènes de la réponse immune innée au cours de la tuberculose maladie : Dans le cadre de l’étude des modèles de susceptibilité à déterminisme multigénique aux infections, nous nous sommes intéressés notamment à l’étude du rôle de polymorphismes génétiques des TLRs dans la résistance/susceptibilité à la tuberculose dans la population tunisienne en utilisant une cohorte cas/témoins avec validation de l’effet fonctionnel de ces variations. Nous avons ainsi étudié l’implication du polymorphisme I602S du gène TLR1 dans la susceptibilité/résistance à la tuberculose. Ce polymorphisme situé dans la région transmembranaire du récepteur affecte le trafficking du récepteur vers la membrane et a été associé dans la littérature à une protection contre la lèpre (Meriem Ben Ali). c- Evaluation de la contribution de l’haplotype incluant les gènes TLR1-6-10 dans la réponse/non réponse à la BCG-thérapie utilisée comme immunostimulant dans la prévention de la récidive du cancer de la vessie. Le taux d’échec de la BCG thérapie dans le cancer superficiel de la vessie (non répondeurs avec récidive pendant les deux ans de suivi) reste important autour de 50%. Cette variation interindividuelle dans la réponse locale du système immunitaire de l’hôte vis-à-vis de l’infection par le BCG dépend de différents facteurs. En effet, il a été rapporté que des polymorphismes siégeant au niveau de gènes codant pour différentes cytokines inflammatoires pouvaient affecter la réponse des malades à la BCG thérapie. Nous avons envisagé d’étudier l’impact de polymorphismes, affectant des gènes de la voie des TLRs sur la réponse de l’hôte à la BCG thérapie. Cependant nous avons eu des difficultés de recrutement et de qualité de suivi des patients qui ont retardé la progression du projet (Mariem Ben Ali, Salma Bayoudh). C. Etude des altérations immunologiques associées au stress infectieux et pouvant contribuer à la rupture de la tolérance au soi dans des pathologies auto-immunes : a- Identifier les anomalies sous-jacentes au défaut observé dans les réponses lymphocytaires au TGF-β qui joue un rôle clé dans le maintien de la tolérance au cours du lupus (Malika Ben Ahmed, Raja Rekik). L’étio-pathogénie du lupus érythémateux systémique (LES) n’est que partiellement élucidée, elle est complexe et pourrait faire intervenir une composante infectieuse. Une des hypothèses évoque un défaut des mécanismes régulateurs impliquant les cytokines anti-inflammatoires. Des données préliminaires obtenues dans le laboratoire suggèrent fortement l’implication d’un défaut de réponse lymphocytaire au TGF-β1 dans la pathogénie du LES. Ces données nous ont incité à rechercher un défaut d’expression du récepteur du TGF-β1 ou un dysfonctionnement de la transduction de son signal chez les patients atteints de LES. Les résultats obtenus montrent que la voie Smad indépendante de transduction de signal du TGF-β est intacte chez les sujet lupiques, puisqu’ils présentent un profil d’inhibition de la prolifération similaire à celui des sujets sains. Par contre, l’exploration de la voie Smad dépendante à travers notamment l’analyse de la transcription des gènes cibles du TGF-β indique qu’il existe une anomalie de transduction de signal du TGF-β chez les sujets lupiques en comparaison avec les témoins sains. Cette anomalie, retrouvée chez les sujets en activité, particulièrement les patients ayant un SLEDAI > 8, se traduit par le défaut de phosphorylation de la protéine Smad2/3. L’analyse des mécanismes sous-jacents indique que le défaut ne réside pas dans l’expression membranaire du récepteur TGF-β RII. L’implication de la voie AHR/IL22, suractivée au cours du lupus, est en cours d’exploration. b- Etudier dans un modèle unique de rupture de la tolérance à déterminisme monogénique, le syndrome lymphoprolifératif avec auto-immunité (ALPS) (Imen Ben Mustapha, Nourhen Agrebi): Le syndrome lymphoprolifératif avec autoimmunité (ALPS) est un DIP qui se manifeste notamment par des adénopathies, splénomégalie ainsi que par des cytopénies auto-immunes en particulier une anémie hémolytique et thrombopénie. Dans cette étude, nous avons analysé chez 22 malades Tunisiens suspects d’ALPS trois biomarqueurs dont l’élévation est fortement évocatrice d’ALPS: les LTαβ DN, l’IL-10 plasmatique et le sFasL plasmatique. Nous avons pu identifier 8 patients parmi les 22 étudiés qui ont présenté l’élévation concomitante d’au moins deux de ces trois paramètres. L’étude génétique nous a permis d’identifier chez une patiente une mutation induisant à l’échelle peptidique la substitution d’une Asparagine par une Serine (p.N266S) qui siège au niveau du domaine de mort de la molécule Fas. De façon intéressante, la mutation est retrouvée à l’état homozygote et n’altère pas

l’expression de la molécule Fas. Nous avons également étudié l’effet fonctionnel de la mutation retrouvée et nous avons démontré que les cellules du patient résistaient à l’apoptose induite in vitro, contrairement aux cellules d’un témoin sain. Nous avons également étudié le recrutement de la protéine FADD au niveau du Death Inducing Signaling Complex (DISC) par immunoprécipitation et nous avons démontré l’absence de cette protéine chez le patient contrairement à un contrôle sain. c- Etudier le rôle potentiel de l’infection virale et des réponses immunes régulatrices dans la sclérose en plaques et leur apport dans le diagnostic différentiel de cette pathologie (Meriem Belghith, Khadija Bahrini). La sclérose en plaques (SEP) est une maladie auto-immune inflammatoire du système nerveux central (SNC). Le but de notre étude est d’évaluer, dans un premier temps, le profil des cellules T effectrices et régulatrices dans le sang et le liquide céphalo-rachidien (LCR) des patients atteints de sclérose en plaques. La comparaison de ce profil avec celui des patients atteints de Neuro-Behçet et d’autres maladies inflammatoires du SNC pourrait nous permettre de définir des marqueurs utiles pour le diagnostic différentiel. Dans un second volet, nous analyserons l’implication éventuelle des infections par des virus neurotropiques dans la pathogénie de la SEP. Les données préliminaires obtenues montrent une forte implication de la population Th17 dans le LCR des patients atteints de SEP et de Neuro-Behçet. Nous avons également confirmé les résultats d’autres travaux démontrant que l’expression de Foxp3 est inchangée dans le sang chez les malades SEP. Par contre, l’expression de ce facteur de transcription n’a pas été détectée dans le LCR de la majorité de nos patients. D’autres marqueurs de cellules régulatrices sont en cours d’étude. Les chiffres clés du laboratoire

17 conférences 7 vacations ou cours rémunérés 8 participations à des jurys 10 participations à des commissions nationales et internationales 11 communications orales et affichées nationales et internationales 2 publications nationales et 23 publications internationales, 1 autre publication 5 projets obtenus et 6 projets en cours 3 diplômes soutenus 26 diplômes en cours 19 formations continues 14 organisations ou participations à l’organisation d’un événement Liste des publications de l’année 2015 Nationales 1. [Indigenous malaria in Tunisia: 4 cases registered in 2013 in Tunisia]. Gzara Zargouni A, Tej Dellagi R, Ben Alaya N, Ben Jemaa N, Gamara D, Ben Salah A, Triki H, Kallel K, Chaker E, Rachdi MT. Tunis Med. 2015 Aug-Sep;93(8-9):543-7. 2. Bettaieb J, Aissi-Marzouk W, Ben Salah R, Ben Salah F, Mrabet A. Qualité de vie des femmes travailleuses: Résultats d'une étude tunisienne utilisant le questionnaire SF-36. Tunis Med. 2015 Oct; 93(10): 407-11. Internationales 1- Spatiotemporal dispersal of Meriones shawi estimated by radio-telemetry. Ghawar W, Zaatour W, Chlif S, Bettaieb J, Chelghaf B, Snoussi MA, Ben Salah A. International Journal of Multidisciplinary Research and Development. 2015 Dec; 2(12): 211-216.

2- First report of naturally infected Sergentomyia minuta with Leishmania major in Tunisia. Jaouadi K, Ghawar W, Salem S, Gharbi M, Bettaieb J, Yazidi R, Harrabi M, Hamarsheh O, Ben Salah A. Parasit Vectors. 2015 Dec 21;8(1):649. doi: 10.1186/s13071-015-1269-4. 3- First detection of leishmania major DNA in sergentomyia (sintonius) clydei (Sinton, 1928, psychodidae: Phlebotominae), from an outbreak area of cutaneous leishmaniasis in Tunisia. Ayari C, Othman SB, Chemkhi J, Ahmed T, Fisa R, Salah AB, BenAbderrazak S. Infect Genet Evol. 2015 Oct 29. pii: S1567-1348(15)30030-7. doi: 10.1016/j.meegid.2015.10.030. 4- Spatio-temporal Genetic Structuring of Leishmania major in Tunisia by Microsatellite Analysis. Harrabi M, Bettaieb J, Ghawar W, Toumi A, Zaâtour A, Yazidi R, Chaâbane S, Chalghaf B, Hide M, Bañuls AL, Ben Salah A. PLoS Negl Trop Dis.2015 Aug 24;9(8):e0004017. doi: 10.1371/journal.pntd.0004017. eCollection 2015 Aug. 5- RAPD-PCR reveals genetic polymorphism among Leishmania major strains from Tunisian patients. Yazidi R, Bettaieb J, Ghawar W, Jaouadi K, Châabane S, Zaatour A, Ben Salah A. BMC Infect Dis. 2015 Jul 14;15:269. doi: 10.1186/s12879-015-1010-0. 6 – Prevalence of human cosaviruses in Tunisia, North Africa. Rezig D, Ben Farhat E, Touzi H, Meddeb Z, Ben Salah A, Triki H. J Med Virol. 2015 Jun;87(6):940-3. doi: 10.1002/jmv.24076. Epub 2015 Feb 3. 7- Refai A, Haoues M, Othman H, Barbouche MR, Moua P, Bondon A, Mouret L, Srairi-Abid N and Essafi M. Two distinct conformational states of Mycobacterium tuberculosis virulent factor early secreted antigenic target 6 kDa are behind the discrepancy around its biological functions. FEBS J. 2015 Nov;282(21):4114-29. 8 - Report of the Tunisian Registry of Primary Immunodeficiencies: 25-Years of Experience (19882012).Mellouli F1,2, Mustapha IB3,4, Khaled MB5,3, Besbes H5,3, Ouederni M5,3, Mekki N3,4, Ali MB3,4, Larguèche B3,4, Hachicha M6, Sfar T7, Gueddiche N8, Barsaoui S9, Sammoud A10, Boussetta K11, Becher SB12, Meherzi A13, Guandoura N14, Boughammoura L15, Harbi A16, Amri F17, Bayoudh F18, Jaballah NB19, Tebib N20, Bouaziz A21, Mahfoudh A6, Aloulou H6, Mansour LB6, Chabchoub I6, Boussoffara R7, Chemli J16, Bouguila J15, Hassayoun S16, Hammami S8, Habboul Z8, Hamzaoui A22, Ammar J22, Barbouche MR3,4, Bejaoui M5,3. J Clin Immunol. 2015 Oct 13. 9-Auto-immune hepatitis in chronic granulomatous disease in a 2-year-old girl. Gargouri L, Safi F, Mejdoub I, Maalej B, Mekki N, Mnif H, Ben Mustapha I, Barbouche MR, Boudawara T, Mahfoudh A. Arch Pediatr. 2015 May;22(5):518-522. doi: 10.1016/j.arcped.2015.02.003. Epub 2015 Mar 19. 10- Glycoproteomic studies of IgE from a novel hyper IgE syndrome linked to PGM3 mutation. Wu G1,2, Hitchen PG1, Panico M1, North SJ1, Barbouche MR3, Binet D4, Morris HR1,4, Dell A1, Haslam SM5,6. Glycoconj J. 2015 Dec 19. [Epub ahead of print] 11- Salmonella enteriditis inducing cutaneous leucocytoclasic vasculitis: An unusual complication in a patient with an interleukine- 12 receptor beta-1 deficiency. Khamassi I, Ben Ali M, Ben Mustapha I, Barbouche MR, Bejaoui M, Bouyahia O, Gandoura N. Tunis Med. 2015 May;93(5):328-9. 12- Ouadani H, Ben-Mustapha I, Ben-Ali M, Ben-Khemis L, Largueche B, Boussoffara R, Maalej S, Fetni I, Hassayoun S, Mahfoudh A, Mellouli F, Yalaoui S, Masmoudi H, Bejaoui M, Barbouche Mr. Novel And Recurrent Aid Mutations Underlie Prevalent Autosomal Recessive Form Of Higm In Consanguineous Patients.Immunogenetics. 2016 Jan;68(1):19-28. 13- Engelhardt Kr, Gertz Me, Keles S, Schäffer Aa, Sigmund Ec, Glocker C, Saghafi S, Pourpak Z, Ceja R, Sassi A, Graham Le, Massaad Mj, Mellouli F, Ben-Mustapha I, Khemiri M, Kilic Ss, Etzioni A, Freeman Af, Thiel J, Schulze I, Al-Herz W, Metin A, Sanal Ö, Tezcan I, Yeganeh M, Niehues T, Dueckers G, Weinspach S, Patiroglu T, Unal E, Dasouki M, Yilmaz M, Genel F, Aytekin C, Kutukculer N, Somer A, Kilic M, Reisli I, Camcioglu Y, Gennery Ar, Cant Aj, Jones A, Gaspar Bh, Arkwright Pd, Pietrogrande Mc, Baz Z, Al-Tamemi S, Lougaris V, Lefranc G, Megarbane A, Boutros J, Galal N, Bejaoui M, Barbouche Mr, Geha Rs, Chatila Ta, Grimbacher B. The Extended Clinical Phenotype Of

64 Patients With Dedicator Of Cytokinesis 8 Deficiency. Journal Of Allergy And Clinical Immunology, 2015, 136(2):402-12. 14- Chronic granulomatous disease complicated by Pneumocystis pneumonia Hamzaoui-B'chir S, Larbi T, Ouni A, Jamoussi A, Ben Mustapha I, Bouslama K, M'rad S. Med Mal Infect. 2015 Oct. 15- Tastan Bishop Ö, Adebiyi EF, Alzohairy AM, Everett D, Ghedira K, Ghouila A, Kumuthini J, Mulder NJ, Panji S, Patterton HG; H3ABioNet Consortium; H3Africa Consortium. Bioinformatics education-perspectives and challenges out of Africa. Brief Bioinform. 2015;16(2):355-64. 16- Marzouki S, Kammoun-Rebai W, Bettaieb J, Abdeladhim M, Hadj Kacem S, Abdelkader R, Gritli S, Chemkhi J, Aslan H, Kamhawi S, Ben Salah A, Louzir H, Valenzuela JG, Ben Ahmed M. Validation of Recombinant Salivary Protein PpSP32 as a Suitable Marker of Human Exposure to Phlebotomus papatasi, the Vector of Leishmania major in Tunisia. PLoS Negl Trop Dis. 2015;9(9):e0003991. 17- Mou Z, Li J, Boussoffara T, Kishi H, Hamana H, Ezzati P, Hu C, Yi W, Liu D, Khadem F, Okwor I, Jia P, Shitaoka K, Wang S, Ndao M, Petersen C, Chen J, Rafati S, Louzir H, Muraguchi A, Wilkins JA, Uzonna JE. Identification of broadly conserved cross-species protective Leishmania antigen and its responding CD4+ T cells. Sci Transl Med. 2015;7(310):310ra167. 18- Bouabdallah S, Sghaier RM, Selmi S, Khlifi D, Laouini D, Ben-Attia M. Current approaches and challenges for chemical characterization of inhibitory effect against cancer cell line isolated from Gokshur extract. J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci. 2015 Nov 27. 19- Attia H, Bali A Sghaier RM, Leon Martinez PA,  Mkannez G, Atri C, Chourabi K, Guerfali FZ, Laouini D. Comparison Between Plethysmometer and Caliper Methods to Monitor Lesion-Size Induced by Leishmania major Infection in BALB/c Mouse Experimental Model. Animal and Veterinary Sciences. 2015; 3(6): 179-185 20- Naouar I, Boussoffara T, Chenik M, Gritli S, Ben Ahmed M, Belhadj Hmida N, Bahi-Jaber N, Bardi R, Gorgi Y, Ben Salah A, Louzir H. Prediction of T Cell Epitopes from Leishmania major Potentially Excreted/Secreted Proteins Inducing Granzyme B Production. PLoS One. 2016;11(1):e0147076. 21 – Validation of Recombinant Salivary Protein PpSP32 as a Suitable Marker of Human Exposure to Phlebotomus papatasi, the Vector of Leishmania major in Tunisia. Marzouki S, Kammoun-Rebai W, Bettaieb J, Abdeladhim M, Hadj Kacem S, Abdelkader R, Gritli S, Chemkhi J, Aslan H, Kamhawi S, Ben Salah A, Louzir H, Valenzuela JG, Ben Ahmed M. PLoS Negl Trop Dis. 2015 Sep 14;9(9):e0003991. doi: 10.1371/journal.pntd.0003991. eCollection 2015 Sep. 22- PD-1 induction through TCR activation is partially regulated by endogenous TGF-b Raja Rekik1 , Nadia Belhadj Hmida1 , Ahlem Ben Hmid2,3, Imen Zamali2 , ns Kammoun2 and Melika Ben Ahmed1,2,3 Cellular & Molecular Immunology (2015) 12, 648–649; doi:10.1038/cmi.2014.104. 23- Conti F., Reyes S.O., Galicia L., He J., Aksu G., Guerin A., De Oliveira Jr. E., Deswarte C., Karaca N., De Suremain M., Ait Baba L., Prando C., Guerrero G., Hubeau M., Emiroglu M., Nur Oz F., Antonio M., Nakashimada Y., Gonzalez E., Espinosa S., Barlan I., Perez N., Morales H.G., Regairaz L., Bezrodnik L., Di Giovanni D., Dbaibo G., Ailal F., Galicchio M., Oleastro M., Chemli J., Ortega M.C., Danielian S., Perez L., Soto Lavin S., Hertecant J., Anal O., Kechout N., Al-Idrissi E., Elghazali G., Bondarenko A., Chernyshova L., Ciznar P., Herbigneaux R.M., Diabate A., Ndaga S., Konte B., Czarna A., Pedraza-Sanchez S., Migaud M., Zaidi M.B., Vogt G., Blanche S., Benmustapha I., Mansouri D., Abel L., Boisson-Dupuis S., Mahlaoui N., Bousfiha A.A., Picard C., Barbouche M.R., AlMuhsen S., Rosales F.E., Kütükçuler N., Condino-Neto A., Casanova J.-.L, Bustamante J. Mycobacterial Disease In Chronic Granulomatous Disease: A Retrospective Analysis Of 71 Cases. Journal Of Allergy And Clinical Immunology 2016 (In Press). 24-Sfaihi L, Stoppa Lyonnet D, Ben Ameur S, Dubois D'enghien C, Kamoun T, Barbouch MR, Hachicha M. Ataxia-Telangiectasia in the south of Tunisia: A study of 11 casesTunis Med. 2015 Aug;93(8):511-515.

Liste des projets de recherche nationaux ou internationaux en cours en 2015 Titre du projet

Assessement of the protective effect , against Tuberculosis , of new vaccine composition». Contribution of viral infection and T cell regulation in Multiple Sclerosis pathogenesis and relapse ». Conducting interviews with cutaneous Leishmaniasis (CL) patients». LeiSHeild TB-LaTAS (Tuberculose Latente à Tunis, Antananarivo et Saint-Louis) Identification de marqueurs génétiques et immunologiques prédictifs de la réponse à la BCG thérapie dans le cancer de la vessie.

Investigateur Principal Makram Essafi

Mariem Belghith Afif Ben Salah

Agence de financement

Période

Coopération bilatérale Tunisie – Inde PCI OMS

Dhafer Laouini

RIIP

Chaouki Benabdessale m

RIIP

Juillet2014Juin 2015 2013-2015

Meriem Ben Ali

PCI

2013-2015

Investigateur Principal

Agence de financement

Période

Pr. Afif Ben Salah

OMS, EM/DCD Division of Communicable Disease Control OMS

Liste des projets de recherche nationaux ou internationaux obtenus en 2015 Titre du projet

Modeling seasonal influenza and estimation of burden in Tunisia Disease Experiences of Cutaneous Leishmaniasis patients A regional training center for research on infectious diseases of poverty Poliovirus surveillance among childrens with primary immunedeficiency (iVDPVExcretors)

Pr. Afif Ben Salah Pr. Afif Ben Salah Pr Ridha Barbouche

Amélioration de la prise en charge des enfants tunisiens atteints de déficits immunitaires primitifs.

Pr Ridha Barbouche

OMS The Task Force for Global Health CDC/Bill & Melinda Gates Foundation, Réseau Internationl des Jeffrey Modell Centers Network (JMCN) Direction de la Coopération Internationale de Monaco

Avril 2015/ Avril 2017 2015

2016-2019

Laboratoire d’épidémiologie et de Microbiologie Vétérinaire Composition de l’équipe Position

Nom /Prénom, Ghram Abdeljelil Bouattour Ali Mâaroufi Abderrazak Chabchoub Ahmed Turki Imed Rejeb Ahmed Houimel Mehdi M’Ghirbi Youmna Hmila Issam Lachheb Jihène Jouini Ahlem Aouatef Béjawi Kaboudi Khaled Tlili Chaker Ouerghi Oussama Kharmachi Habib Miled Khaled Diouani Med Fethi Larbi Imène Ben Maïz Samia Nsiri-Louahchy Jihène Bouslama Zied Chedia Awadhi Faten Trakhna Hamdi Fazâa Ons Feki Fatma Kort Hellal Ymen Béji Marwa Lâamiri Nacira Aouini Rim Mekni Toujani Marwa Kmiha Turki Souhir Bouslama Zied Klibi Amira Mezni Asma Ben Chehid Faten Marnissi Boutheina Marwa Arbi Manel Gharbi Asma Jayari ElCafsi Imen Turki Aicha Khouloud Slimene Charazed Zrelly Mannai Emna

Biologiste principal/Professeur

Biologiste

Maître-assistants

Médecin vétérinaire spécialiste principal Médecin vétérinaire principal Ingénieur principal Médecin vétérinaire Assistant contractuel

Doctorant(e)s

Mastère de Recherche ou Professionnel

Sayhi Maher Boussetta Dhouha Obbah Nesrine Hajri Nihed Daoudi Achjen Mekki Imen Ben Brahim Imen Dahmani Hanadi Gharbi Marouane Boufaied Rania Toumia Hend Bouattour Skander Timoumi Oumayma Chargui Sabra Aloui Layla Machatt Saida Mariem Ben Chabene Arij Bouattour Jeljli Hajer Boughmada Souhaila Galaaoui Marwa Dridi Marwa Hamoudi Madiha Dhaouadi Wided

Thèse vétérinaire

Projet de Fin d’Etudes

Présentation générale du laboratoire La situation zoo-sanitaire dans la plupart de nos élevages d’animaux domestiques reste encore tributaire des moyens mis à la disposition du vétérinaire en médicaments et en vaccins efficaces ainsi qu’en moyens de diagnostic fiables et rapides, en plus du niveau de technicité et de sensibilisation des éleveurs et techniciens vis-à-vis des pathogènes graves en circulation dans le pays. Au fait, le secteur avicole en Tunisie, secteur assez développé et très important tant sur le plan économique que social, souffre de la diversité des pathogènes incriminés et de leurs particularités pathologiques et nécessite une meilleure maîtrise de la gestion sanitaire et médicale dans les élevages pour un meilleur développement du secteur. Des travaux d’isolement, d’identification et de caractérisation d’agents viraux responsables de pertes économiques importantes, ainsi que la mise en place de tests de diagnostic sensibles, spécifiques et rapides, sont nécessaires pour mieux connaître ces pathogènes (nature antigénique et niveau de virulence) et d’adapter les stratégies de lutte (vaccins et choix des valences) au contexte spécifique du pays. Ainsi, le laboratoire participe à la réalisation de travaux de terrain et à la mise en place de nouveaux tests pour un diagnostic spécifique, sensible et rapide de pathogènes graves de volailles. Les virus respiratoires aviaires tels que les virus IA, ceux de la maladie de Newcastle (NDV), de la Bronchite infectieuse aviaire (IBV) et de la laryngotrachéite infectieuse (LTIV), peuvent infecter les voies respiratoires des poules et présentent des signes cliniques similaires. Le développement d’un outil de diagnostic multiplexe capable de détecter tous les virus respiratoires aviaires en même temps serait d'un grand intérêt. Ainsi, les techniques de RT-PCR en temps réel et de puces à ADN en suspension sont en cours de validation et permettront de détecter et d’identifier les 4 virus respiratoires aviaires circulant ; ce système sera développé pour la détection d’autres virus aviaires tels que le réovirus, le pneumovirus, l’herpesvirus (Marek). Dans le domaine de la nano- biotechnologie, la mise en place de biocapteurs, caractérisés par le fait d'être efficaces, simples, rapides, précoces et non invasifs et s'apprêtant à la miniaturisation et à l'automatisation, est fortement demandée dans certaines situations épidémiologiques et certaines situations de crises sanitaires vécues à l'échelle nationale et internationale comme celle de l'influenza aviaire. Cette technologie fait appel à la fois à la biotechnologie, l'électrochimie et la nanotechnologie ; cette dernière, ou science des matériaux, à l'échelle nanométrique, appelés nanoparticules, a d’autres applications en biosensing et dans ce cadre, notre groupe a acquis une

expérience pratique dans ces domaines et concrétisée sous forme de publications et de communications scientifiques, de formation de stagiaires, de diplômes universitaires et de projets de recherche nationaux et internationaux. Ces nouveaux outils présentent d’une part, des propriétés intéressantes et très pratiques dans le domaine médical, en particulier en thérapeutique comme vecteur de molécules bioactives, et en imagerie médicale et d’autres, plusieurs avantages évidents, telles que les analyses multiples et quantitatives, l’automatisation, la miniaturisation, les analyses sans marquage et le diagnostic rapide dans les conditions du terrain, la numérisation et la transmission à distance des résultats, etc. En Tunisie, un programme national de surveillance de la grippe aviaire chez les volailles domestiques et sauvages a été mis en place depuis la crise de la grippe en 2005-2006 et vise la surveillance active des myxoviroses aviaires, en collaboration avec la Direction Générale des Services Vétérinaires du Ministère de l’Agriculture. Les résultats des enquêtes sérologiques et moléculaires annuelles, confirment l’introduction et la persistance du virus IA (A/H9N2-LP) qui est en train d’évoluer suite à l’acquisition de certaines mutations pouvant lui faire gagner en virulence avec le risque d’un franchissement de la barrière d’espèces. Par conséquent, une plus grande sensibilité du système de surveillance tunisien est cruciale afin de détecter toute nouvelle incursion de virus IA hautement pathogènes (IAHP), en particulier les virus (A/H5N1-HP) et (A/H5N8-HP), de pays limitrophes et de fournir des informations fiables pour prévenir efficacement leur propagation. L'analyse des risques est aussi recommandée pour estimer la probabilité d’introduction de l'IAHP et ses conséquences et aider les décideurs dans le choix des moyens d'atténuation de ce risque dans le cadre d'un plan national de prévention des myxoviroses aviaires. Il est donc temps de concevoir une carte séro-épidémiologique et moléculaire, dans les élevages domestiques des différentes régions de la Tunisie, permettant de suivre la présence, la distribution et l'évolution du virus IA dans le temps et l'espace. De plus, différents élevages sont fréquemment confrontés à des infections bactériennes, touchant l’intégrité des cheptels. Très souvent, il s’agit simplement de bactéries habituelles du tube digestif, principalement les espèces appartenant à la famille des Entérobacteriacea, qualifiées de marqueurs du déséquilibre intestinal qui, dans des conditions de stress, de mauvaise hygiène ou d'antibiothérapie anarchique, prolifèrent, deviennent virulentes et finissent par déstabiliser l’écosystème digestif, ou bien de la famille des Camplylobacter ou des Staphylocoques causant des infections graves. Ces germes pourraient être transférés à l’homme via la chaine alimentaire (contamination des viandes, du lait…) et entraineraient des zoonoses et des infections graves (campylobactériose, gastroentérites…). Pour traiter ces infections bactériennes, que se soit en médecine humaine ou vétérinaire, l’antibiothérapie reste le traitement de choix. Cependant, ces dernières décennies, l’émergence de bactéries résistantes constitue un fait marquant en matière d’antibiothérapie humaine et animale ; ceci étant favorisé par une pression de sélection suite à l’utilisation anarchique des antibiotiques au sein des élevages d’animaux (bovins, volailles, lapins, jeunes veaux), dans un but thérapeutique et/ou prophylactique, favorisant ainsi la diffusion de souches multi-résistantes aux antibiotiques. Les arthropodes hématophages sont souvent des vecteurs capables de transmettre des maladies infectieuses d’un hôte (animal ou humain) à un autre. Il s’agit d’insectes ou acariens hématophages qui, lors d’un repas de sang, ingèrent des micro-organismes pathogènes présents dans un hôte infecté (homme ou animal), pour les réinjecter dans un nouvel hôte à l’occasion de leur repas de sang suivant. Ils sont ainsi responsables de maladies à transmission vectorielles. Les arthropodes vecteurs sont à l’origine des grands fléaux de maladies infectieuses aussi bien chez l’homme que chez les animaux. Ces maladies vectorielles sont responsables de plus de 17% des maladies infectieuses, et provoquent plus d’un million de décès chaque année (OMS, 2015). ). Elles sont aussi la cause de pertes considérables pour la production animale. Il est prouvé que les changements de l’environnement notamment le climat ont déjà une incidence sur certains risques de maladies notamment celles à transmission vectorielle, et ces changements pourraient avoir une plus grande incidence sur la santé humaine à l’avenir. Par ailleurs, selon les modèles relatifs à l’étude de l’évolution du climat, la Tunisie devrait connaître d’ici la fin du 21ième siècle une hausse de ses températures moyennes, une variation de son régime pluviométrique et une modification de ses taux d’humidité. Ces changements climatiques pourraient modifier l’épidémiologie et l'aire de distribution de certains vecteurs et aussi de certains pathogènes, ce qui entraînerait l’augmentation de maladies infectieuses déjà présentes ou même l'apparition de nouvelles maladies. De même, des bactéries et des substances (exemple les pesticides) variées sont de plus en plus présentes dans l’environnement, c’est ainsi que des troubles divers liés aux effets délétères de ces polluants de l’environnement se sont manifestées sur la santé de l’homme et aussi sur les arthropodes vecteurs (résistance aux insecticides).

Ainsi, des études épidémiologiques approfondies concernant les vecteurs (moustiques, tiques, et puces) de pathogènes pour l’homme et les animaux notamment leurs interactions avec le milieu mais aussi les perturbations de l’environnement, sont réalisés pour aboutir à une évaluation du risque et un contrôle efficace de ces vecteurs et par conséquent des maladies qu’ils transmettent à l’homme et aux animaux dans notre pays. Les chiffres clés du laboratoire en 2015

3 conférences 4 participations à des jurys 10 communications orales et affichées nationales et internationales 3 publications nationales et 18 publications internationales 2 demandes de brevet ou contrat de valorisation 5 projets obtenus et 15 diplômes soutenus 32 diplômes en cours 6 formations continues 3 organisations ou participations à l’organisation d’un événement

Liste des publications de l’année 2015 Nationales 1. Aouadhi C, Rouissi Z, Mejri S, Maaroufi A. (2015). Effect of environmental factors on the inactivation of Bacillus sporothermodurans spores by nisin. Nature & Technology JournaL, 12, 44-51. ISSN: 1112-9778. 2. Ghazghazi H, Aouadhi C, Hamrouni S, Mnif W. (2015). Antibacterial, antifungal and antioxidant activities of Tunisian Olea europaea ssp. oleaster fruit pulp and its essential fatty acids. International Journal of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences, 7, 52-55. ISSN : 0975 – 1491. 3. Ramzi Boubaker Elandalousi · A Ghram · A Maaroufi · W Mnif. (2015). Séroprévalence des maladies abortives zoonotiques chez les ruminants au nord de la Tunisie. Research Internationales 1. Aouadhi C, Mejri S, Maaroufi A. (2015). Inhibitory activities of nisin and potassium sorbate alone or in combination on vegetative cells growth and spore germination of Bacillus sporothermodurans in milk. Food Microbiology, 46, 40-45. IF2013=3.374. 2. Aouadhi C, Rouissi Z, Kmiha S, Mejri S and Maaroufi A. (2015). Effect of sporulation conditions on the resistance of Bacillus sporothermodurans spores to nisin and heat. Food Microbiology. 54, 6-16. IF2014=3.33. 3. Faten Mezni · Sarra Shili · Nejia Ben Ali · Mohamed Larbi Khouja · Abdelhamid Khaldi · Abderrazak Maaroufi. (2015). Evaluation of Pistacia lentiscus seed oil and phenolic compounds for in vitro antiproliferative effects against BHK21 cells. Pharmaceutical Biology. IF2015=1.241 4. Ben Said L, Jouini A, Alonso C, Klibi N, Dziri R, Boudabous A,Ben Slama K and Torres C. (2015). Characteristics of Extended-Spectrum β-lactamase- (ESBL) and pAmpC betalactamase-producing Enterobacteriaceae of water samples in Tunisia, Science of the total environment. IF2015=4.09 5. Ben Said L, Jouini A, Klibi N, Dziri R, Alonso C, Boudabous A, Ben Slama K and Carmen T. (2015). Detection of extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Enterobacteriaceae in vegetables, soil and water of the farm environment in Tunisia. International Journal of Food Microbiology. IF2015=3.08

6. Riahi L, Ghazghazi H, Ayari B, Aouadhi C, Klay I, Chograni H, Ameur C, Zoghlami N. (2015). Effect of environmental conditions on chemical polymorphism and biological activities among Artemisia absinthium L. essential oil provenances grown in Tunisia. Industrial crops and products, 66, 96-102. IF2013=3.208. 7. Jabri M-A, Rtibi K, Souli A, Aouadhi C, Sakly M, Sebai H. (2015). Antidiarrheal, antimicrobial and antioxidant effects of myrtle berries (Myrtus communis L.) seeds extract. Journal of pharmacology and pharmacy. IF2014= 2.264. 8. Ben Nouri A, Dhifi W, Bellili S, Ghazghazi H, Aouadhi C, Ameur C, Hammami M, Mnif W. (2015). Chemical composition, antioxidant potential and antibacterial activity of essential oil cones of Tunisian Cupressus sempervirens. Journal of chemistry. Article ID 538929, 1-8. IF2014=0.7783. 9. Gharbi M., M. Mhadhbi, A. Rejeb, K. Jaouadi, M. Rouatbi and M.A. Darghouth (2015). Leishmaniosis (Leishmania infantum infection) in dogs. Rev. Sci. Tech. Off. Int. Epiz. ; 34(2) : 613-626. 10. Mohamed Ridha Rjeibi, Taoufik Ben Hamida, Zara Dalgatova, Tarek Mahjoub, Ahmed Rejeb, Walid Dridi, and Mohamed Gharbi (2015). First report of surra (Trypanosoma evansi infection) in a Tunisian dog; Parasite; 22(3) 11. Belhadj Slimen1,2, T. Najar1,2, A. Ghram3 and M. Abdrrabba (2015). Heat stress effects on livestock: molecular, cellular andmetabolic aspects, a review. J. Anim. Physiol. Anim Nutr. Août DOI: 10.1111/jpn.12379 12. Elandalousi RB, Ghram A, Maaroufi A, W Mnif (2015), Séroprévalence des maladies abortives zoonotiques chez les ruminants au nord de la Tunisie. Research fr 2015;2:1419; DOI http://dx.doi.org/10.13070/rs.fr.2.1419 13. Belhadj Slimen1 Imen, Ghram Abdeljelil, Najar Taha, Abdrabbah Manef et Moncef Ben m’rad (2015). Le stress thermique provoque la mortalité des lymphocytes chez les ovins de race barbarine. Bull. Soc. zool. Fr., 2015, 140 (2) : 109-116. 14. Celestine M A, …. Bouattour A et al (2015). Stable coexistence of incompatible Wolbachia along a narrow contact zone in mosquito field populations. Molecular Ecology, 24: 508-521 15. Krida G., Rhim A., Daaboub J., Failloux A.B. and A. Bouattour (2015). New evidence for the potential role of Culex pipiens mosquitoes in the transmission cycle of West Nile virus in Tunisia. Medical and Veterinary Entomology, 29: 124-128 16. Elena V. Shaikevichr, Elena B. Vinogradova, Ali Bouattour ancl Antonto Paulo Gouveia de Almeida (2016). Genetic diversity of Culex pipiens mosquitoes in distinct populations from Europe: contribution of Cx. Quinque fasciatus in Mediterranean populations. Shaikevich et ol. Parasites & Vectors (2016\ 9:47 DOI 10.1186/s13071-016-1333-8 17. Oussama Ouerghi, M Fethi Diouani, A Belkacem, A Elsanousi, Nicole Jaffrezic-Renault (2016). Adjunction of Avidin to a Cysteamine Self-Assembled Monolayer for Impedimetric Immunosensor. Journal of Biomaterials and Nanobiotechnology; 7: 1-12 18. Tombari Wafa, ElBéhi Imen, Amouna Faten and Abdeljelil Ghram (2016). Variability of tropisms and replicative capacities of naturally occurring viruses of H9N2 influenza A virus in different tissue cultures. Avian Pathology, DOI: 10.1080/03079457.2016.1143086

Liste des projets de recherche nationaux ou internationaux en cours en 2015 1- Coopération scientifique bilatérale Tuniso-Turque : “Development of label free electrochemical biosensor for influenza virus detection and neuraminidase activity assessment”; MESRST/TURQUIE (Dr Med Fethi Diouani) Dr Med Fathi Diouani ; Avril 2015-Mars 2016 2- Projet de collaboration CRDF entre le LEMV (I. Larbi-MF. Diouani), l’ENSIT (F. Fnaiech-M. Sayadi), l’ENVToulouse (M. Paul) et la DGSV (W. Ben Hammouda) : “Early warning, Establishment database, risk assessment for introduction of highly pathogenic avian influenza virus in Tunisia”; 2014-2015 3- Projet financé par MESRST/Korée du Sud (PI -Essafi Makram, CI-Med Fethi Diouani) Development of an integrated electronic polyphenols-based device to assess oxidative and inflammatory status of human macrophages. (2012-2015) 4- Projet financé par la CEE- (PI-Med Fethi Diouani) “Development of a non-invassive breath test for early diagnosis of tropical diseases” 5- Projet PCI entre le Laboratoire d’Epidémiologie et Microbiologie Vétérinaire, Groupe de Bactériologie et Développement Biotechnologique et la plateforme technique. : “Characterization of

mechanisms of resistance to antibiotics in Staphylococcus and ESBL/carbapenemases producing enterobacteriaceae recovered from bovine mastitis and research of molecular alternative to antibiotics”. Jouini Ahlem (Décembre 2015) 6- Projet PCI entre LEMV, Groupe Epidémiologie, et le Laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires, Centre National des Salmonelles, Shigelles et Vibrio et le Laboratoire de Parasitologie Médicale, biotechnologie et Biomolécules (LR11IP06), Groupe Bioinformatique et modélisation mathématique : Detection of Metapneumovirus subtypes from poultry and association with avian pathogenic E. coli in Tunisia ; Financé par IPT (Dr N. Gallas, Dr J. Lachheb, A. Ben Kahla) (2014-2015) 7- PCI/ Development and characterization of aptamers against Infectious bronchitis virus. Financé par l’IPT pour 2014-2015. (PI Dr Issam Hmila du LEMV/IPT (soumis en Collaboration avec Dr Med Fethi Diouani).

Laboratoire d’Epidémiologie Moléculaire et Pathologie Expérimentale Appliquée aux Maladies Infectieuses Liste du personnel de la structure Prénom, Nom Ikram Guizani Habib Karoui Emna Ennaifer Akila Fathallah-Mili Leila Attia Khadija Benkhadir-Essafi Mourad Barhoumi Insaf BelHadj Ali Zakaria BenLasfer Souheila Guerbouj Khedher Thouraya Mejri Rahima Belhaj Rhouma Ben Houria Zohra Aloui Jomaa Chemkhi Thalja Laasili Imen Bassoumi-Jamoussi Ahmed Chakroun Yusr Saadi Ben Aoun Chema Zoghlami-Bouchrara Alia Yaacoub Abdallah Helal Imen Mkada Driss Emna Fehri Maaouia Monia Ardhaoui Emna Harigua Hela Abid Rafeh Oualha Kaouther Ouerhani-Guermazi Ichrak Riahi Ons Zakraoui Noura Neffati Amira Zine El Abidine Hejer Souguir Manel Ben Hammouda Soumaya Souid Yosser Zina Abdelkrim Saida Selmani Hanachi Mariem Tlili Manel Mokdadi Molka

Position/Fonction Biologiste Principal/ Chef de Laboratoire Biologiste Principal/ Chef d’équipe Maître de conférences Hospitalo-Universitaire agrégée/ Chef d’équipe Professeur hospitalo-Universitaire/ Chef de projet Maître de conférences Hospitalo-Universitaire agrégée/ Membre Biologiste / Chef de projet Biologiste Adjoint / Chef de projet Biologiste Adjoint Médecin Vétérinaire Principal/ Membre Maitre de conférences/ Chef de projet Assistant/ Chef de projet Maitre Assistant/ Chef de projet Biologiste Adjoint contractuelle/Membre Technicien Supérieur Majeur/ Surveillant Technicienne Supérieure Ingénieur Principal Ingénieur Principal Ingénieur Principal Gestionnaire Assistante HU Ouvrier Etudiante en Thèse es science Etudiante en Thèse es science Etudiante en Thèse es science Etudiante en Thèse es science Etudiante en Thèse es science Etudiante en Thèse es science Etudiante en Thèse es science Etudiante en Thèse es science Etudiante en Thèse es science Etudiante en Thèse es science Etudiante en Thèse es science Etudiante en Thèse es science Etudiante en Thèse es science Etudiante en Thèse es science Etudiante en Thèse es science Etudiante en Master Etudiante en Master Etudiante en PFE Etudiante en PFE

Introduction au programme du laboratoire Ce programme de laboratoire initié durant la période contractuelle 2010-2014 dans le cadre de la restructuration des laboratoires de recherche à l’Institut Pasteur de Tunis vise l’innovation, la transversalité des approches, et la valorisation des résultats de la recherche. Il se propose d’élucider au plan moléculaire l’épidémiologie de certaines maladies d’intérêt de nature infectieuse (Leishmania/ Leishmanioses, HPV/ cancer du col et infections cervicales), permettant ainsi de caractériser les facteurs de risque génétiques ou environnementaux qui déterminent la transmission, l’infection ou la

maladie. Les applications directes d’une telle connaissance relève du diagnostic des patients et du suivi épidémiologique des populations. L’épidémiologie moléculaire est aussi une discipline qui améliore notre connaissance des mécanismes pathogéniques grâce à l’identification de voies spécifiques, de molécules et de gènes qui influencent le risque de développer la maladie ou qui aident à sa prévention/guérison. Les maladies qui nous intéressent ont en commun la mise en place de mécanismes d’évasion qui assurent leur persistance et leur chronicité, une caractéristique aussi partagée par certains cancers. De tels mécanismes résultent et dépendent de plusieurs facteurs de risque et de déterminants génétiques, mais ils impliquent dans toutes ces maladies des voies de signalisation et des mécanismes pathogéniques qui peuvent être similaires, dont l’étude à travers divers modèles (parasites du genre Leishmania, les virus du papillome humains et certaines lignées cellulaires) peut mettre en lumière de nouveaux biomarqueurs ou de nouvelles approches à la thérapie ou à la prévention. Les mécanismes pathogéniques étant sensibles à l’effet de certains déterminants ou de certaines molécules, leur dissection nécessite donc des molécules qui peuvent être de nature diverse (protéines parasitaires, virales ou autres ; produits et composés naturels ; composés chimiques, etc). Le programme de recherche du laboratoire capitalise sur l’expertise des équipes qui le forment, précédemment développée dans le cadre de programmes de recherche précédents menés à l’IPT et qui en ont établi la spécificité: le laboratoire initialement porteur (LR00SP04 – Epidémiologie et Ecologie Parasitaire) : en matière de leishmanioses et de ses acquis générés au fil de deux contrats programmes (expertise et compétences, résultats brevetables, brevet) et plus de 25 ans de travail sur l’épidémiologie moléculaire de ces maladies. l’UR «Papillomavirus humains» hébergée au sein du laboratoire d’AnatomiePathologique de l’IPT a développé un axe de recherche fondamental relatif à l’épidémiologie moléculaire des papillomavirus humains et du cancer du col de l’Utérus. Cette structure est aussi porteuse d’un laboratoire de référence régional des HPV. l’UR «Biochimie et pathologie expérimentale», récemment créée mise essentiellement sur le développement de modèles expérimentaux qui permettent de disséquer et comprendre les voies cellulaires impliquées dans certaines pathologies notamment les cancers d’origine infectieuse ou non, tout en valorisant des produits naturels. Cette trame de fond a assuré la mise en place de 3 programmes de recherche menés par les 3 équipes constituant le LR11IPT04, soit les équipes 1, 2 et 3 respectivement, qui ont œuvré à renforcer leurs acquis et expertise tout en créant de nouvelles opportunités scientifiques. Cette association a formalisé un historique d’interactions et de collaborations informelles, le programme de laboratoire, LR11IPT04, a renforcé ces liens et a créé : - des synergies (exple: approches génomiques à l’étude des Leishmania et des papillomavirus humains (équipes 1 & 2); modèles d’étude des leishmanioses (équipe 1 & 3)), - des paradigmes de travaux communs (exple: Valorisation de la protéine LeIF en tant que molécule bio-active (équipe 1 & 3)), - des mécanismes nécessaires à la mise en valeur de la complémentarité et les échanges nécessaires à l’achèvement des objectifs. Aussi les prévisions effectuées lors de la mise en place du LR11IPT04 ont-elles été réalisées et le contrat programme proposé continuera à œuvrer dans le sens de ses projections. Notamment, les programmes proposés dans le cadre du LR11IPT04 ayant visé à la valorisation de molécules d’intérêt diagnostique, pronostique ou (immuno) thérapeutique, notre proposition de programme s’organise autour des 3 grands axes thématiques transversaux: Marqueurs, Diagnostics et Thérapie (Molécules ou Cibles thérapeutiques), tout en s’y ancrant. Ce programme est abordé grâce à des approches du domaine de la Génomique, Biotechnologie et Technologies appliquées en Santé. Défis: Le laboratoire a effectué le bilan de ses 4 années passées et proposé un nouveau programme dont les activités sont résumées ci-après. Néanmoins, aucun financement ne sera versé au titre de l’année 2015. A ce jour, aucune nouvelle ne nous est parvenue quand aux programmes soumis et aux financements qui seront attribués.

I- Programme 1 : Epidémiologie moléculaire des leishmanioses : Génétique et génomique comparative et fonctionnelle appliquée Le programme vise la mise en place d’approches expérimentales innovantes pour l’étude génétique et moléculaire des parasites du genre Leishmania pour : - l’identification et la validation de marqueurs et de cibles parasitaires d’intérêt pour le diagnostic ainsi que le développement d’outils de diagnostic moléculaire innovants. - l’identification et la validation de cibles parasitaires d’intérêt pour la thérapie ainsi que le développement et la caractérisation de molécules d’intérêt thérapeutique. Ces approches intègrent des approches diverses incluant la génomique, la bioinformatique et les biotechnologies moléculaires. Nous soutenons notre effort de renforcement des capacités de recherche dans ce domaine par la formation de jeunes chercheurs et la mise en place de nouvelles méthodes et technologies.

1- Déterminants génétiques et marqueurs moléculaires des parasites du genre Leishmania. Applications épidémiologiques. Justification : L’identification et la caractérisation des parasites nécessitent des outils moléculaires basés sur des marqueurs ADN ayant un potentiel taxonomique et discriminatoire diversifié. Les approches génomiques ont révolutionné l’étude des microorganismes y compris les leishmanies et offrent des possibilités multiples d’explorer le génome des parasites en réponse à diverses hypothèses. L’identification de marqueurs associés à des caractéristiques cliniques, épidémiologiques ou génétiques reste toujours d’actualité. La connaissance des cycles dans les foyers de transmission reste tributaire de la disponibilité d’outils d’exploration adaptés aux besoins. Outre l’identification des espèces, l’étude épidémiologique et l’élucidation des cycles nécessitent aussi l’exploration de la diversité génétique des Leishmania et donc des outils d’investigation informatifs et performants. Objectifs : Ils répondent à nos questionnements scientifiques et s’adressent à certaines lacunes dans les connaissances ou les capacités d’analyse actuelles soit à une échelle locale soit à une échelle plus globale. Ils répondent aussi à des besoins très spécifiques émis par nos collaborateurs Nous mettons au service de nos collaborateurs notre expertise et savoir faire. Nous valorisons dans cette démarche de nouvelles hypothèses de travail ainsi que des marqueurs et cibles identifiés à travers nos projets. Ces travaux sont effectués en collaboration avec des équipes Tunisienne (Pr. Moncef Ben Said), Algériennes (Dr. Z. Harrat), Soudanaise (Pr. Moawia Mukhtar) et Américaine (Drs. D. Sacks & M. Grigg) et Canadienne (Dr. M. Ouellette). Plus spécifiquement nos objectifs sont de : 1- Identifier les déterminants génétiques du tropisme tissulaire du parasite Leishmania infantum. Notre hypothèse de travail est que le tropisme tissulaire, et la pathogénie des Leishmania, sont sous l’influence de variations du nombre de copies de gènes ou de chromosome, et de mutations ponctuelles. Nous proposons d’utiliser une approche NGS pour établir et comparer les génomes de souches CL et VL de Leishmania infantum. Des gènes de viscéralisation ont été identifiés à travers des études plus classiques. Actuellement, ce sont essentiellement les parasites L. donovani qui font l’objet de ce type d’études. Des données de génomes et de transcriptomes existent déjà pour L. infantum ce qui facilite l’analyse bioinformatique. 2- Développer de nouveaux outils et approches moléculaires de caractérisation génétique des Leishmania. Nous travaillons dans le cadre de deux hypothèses (WH) indépendantes. WH1 : L’étude épidémiologique de la leishmaniose viscérale en Afrique nécessite des marqueurs capables de différencier les différentes populations de Leishmania viscérotropes. La technique RAPD permet l’identification de marqueurs d’intérêt pour l’étude épidémiologique des Leishmania; elle a l’avantage de s’affranchir d’une connaissance préalable du génome. Nous avons développé cette approche de manière relativement originale avec l’identification et la caractérisation de 19 nouveaux marqueurs génétiques des Leishmania viscérotropes. Nous exploitons ces marqueurs pour développer de nouveaux outils d’investigation de la LV, notamment en Afrique. WH2 : Des échanges génétiques naturels façonnent les populations de parasites et leurs caractéristiques cliniques et épidémiologiques. L’étude génétique des populations de Leishmania nécessite des marqueurs éparpillés sur le génome entier afin de mieux appréhender les échanges génétiques qui auraient lieu dans la nature. Des descriptions circonstancielles décrivent l’occurrence de tels échanges dans la nature mais leur étendue n’est pas bien évaluée. Jusqu’alors la génétique des populations naturelles s’est penchée essentiellement sur quelques séquences codantes (enzymes métaboliques) ou sur l’étude des variations de microsatellites. Dans ce dernier cas, une batterie de marqueurs nécessite d’être mise en place pour chaque espèce car ces séquences sont

généralement uniques à chacune d’elles. Une nouvelle approche générique est donc mise en place pour l’étude des Leishmania par séquençage d’une manière indépendante de leur taxonomie. 3Améliorer la connaissance des parasites, vecteurs et réservoirs dans les foyers actifs de transmission des leishmanioses en relation avec Leishmania infantum. Nos travaux précédents ont identifié et initié la caractérisation de foyers actifs de transmission de leishmaniose à L. infantum, notamment dans la région du Kef. Nous focalisons sur certains d’entre eux pour utiliser des outils moléculaires pour explorer les parasites et d’autres intervenants potentiels des cycles de transmission. Le cycle de la LC Sporadique est à ce jour largement méconnu. Financements récents: AUF-PCSI (Objectif 1); TDR-PAG (Objectif 2- WH1); CRDF (Objectif 2WH2); LR11IPT04 (Objectifs 1-3). Résultats : 1.1 : Etude des génomes de Leishmania Nous avons effectué les séquençages de 25 génomes de Leishmania infantum à l’Université Laval, Centre de recherche en Infectiologie (Dr. M. Ouelette). L’analyse bioinformatique a été initiée au Canada et poursuivie à Tunis concernant deux aspects : 1- l’étude de la ploïdie des chromosomes : finalisée en 2015 par S. Guerbouj. Elle démontre une structuration des parasites selon la forme clinique. Les parasites présentent cependant une structure en mosaïque de leur ploïdie. Un concept récemment mis en avant par des études de peinture de chromosomes (Sterkers et coll, 2014). 2- L’étude des variations du nombre de copies de gènes : A. Chakroun a mis en place des scripts automatisés pour l’analyse des variations de nombre de copies de gènes selon le modèle event wise testing, adaptés de ressources disponibles. Cette approche est plus adaptée à notre objectif que l’étude développée précédemment à cette même fin qui portait sur la comparaison deux à deux des nombres de reads des génomes. 1500 gènes ont été ainsi identifiés. La validation expérimentale de certains gènes reste à effectuer. L’analyse des résultats doit aussi être effectuée. Pour pouvoir effectuer le travail exposé, nous avons eu besoin de rapatrier les données brutes des 25 génomes. Cela a pris du temps avant d’identifier la solution la plus appropriée (solution retenue : accès contrôlé au serveur des données au Canada). Un autre défi était l’absence de S. Guerbouj pendant l’année 2015 (congé de maternité prolongé). Une recherche de financements a été effectuée auprès de l’AUF (I. Guizani) pour aborder les étapes suivantes du travail (validation des trouvailles et étude des SNPs et leur validation). La lettre d’intention a été pré- sélectionnée et un projet complet a été sollicité pour une sélection compétitive (soumission effectuée en janvier 2016). 1.2 : Marqueurs pour la caractérisation des parasites et l’étude de leurs polymorphismes 1.2.1 : Tests PCR pour la caractérisation simple de parasites viscérotropes (L. infantum & L. donovani) en Afrique (Thèse Imen Mkada; supervision : I. Guizani): La finalisation de ce travail de thèse a été poursuivie en 2015 par la rédaction de la thèse de Imen Mkada; l’élaboration d’articles scientifiques a été initiée (I. Mkada & I. Guizani). 19 Marqueurs RAPD ont été identifiés et caractérisés. 4 ont été ciblés par la mise en place de 6 tests PCR effectués sur 62 souches bien caractérisées; ces tests PCR ont été ensuite validés sur 72 souches isolées au Soudan de cas de LV et PKDL et en Tunisie de patients atteints des diverses formes de LC. L’étude préconise l’utilisation de ces 6 tests PCR pour caractériser les parasites isolés de patients ou dans des prélèvements biologiques. L’ensemble de ces tests classe les parasites viscérotropes en au moins 4 groupes. Trois de ces groupes correspondent à des parasites soudanais ou éthiopiens. Ces tests peuvent constituer une alternative coût- efficace à l’étude des populations de parasites qui circulent en Afrique de l’est. Nous décrivons des populations de parasites sans requérir des approches complexes comme les microsatellites ou le séquençage. Un marqueur a attiré notre attention, son exploration met en avant une plasticité génomique qui peut être exploitée à des fins de caractérisation des parasites. Nous avons ainsi développé un nouveau test d’identification des leishmanies par une méthode PCR couplée à l’électrophorèse sur PAGE. 1.2.2 : Analyse génétique multilocus de souches et espèces de Leishmania (M. Barhoumi) : Dans toutes les régions endémiques, plusieurs espèces de parasites sévissent de manière sympatrique. Afin d’apprécier les phénomènes d’échange génétique entre espèces de Leishmania dans la nature, une approche par séquençage multilocus de 29 marqueurs de Leishmania a été développée en collaboration avec M. Grigg & D. Sacks (NIH-NIAID) et appliquée à 230 souches ayant diverses

origines géographiques et appartenant à différentes espèces. L’analyse génétique est en cours de finalisation. Des séquençages de génomes demandent à être effectués pour confirmer l’observation d’hybrides naturels. Le séjour de M. Barhoumi pour le séquençage et l’acquisition des pipelines d’analyse et leur transfert nécessite une bourse mensuelle d’au moins 2500 USD et une période de formation de 3 mois au moins. Recherche de financements : Deux propositions de projets ont été développées par M. Barhoumi en 2015 (CRDF; PEER) sans succès. Un manuscrit est en cours de préparation. Ce travail apporte des ressources importantes pour les études génétiques et phylogénétiques. 1.3 Etude des parasites, phlébotomes et réservoirs potentiels dans des sites actifs de transmission : S. Guerbouj, J. Chemkhi, Hejer Souguir (Thèse) Nos travaux précédents ont identifié et initié la caractérisation de foyers actifs de transmission de la leishmaniose cutanée sporadique dans la région du Kef (Guerbouj et al., 2007; Chemkhi et al., 2007). Deux questions importantes sont posées, nous les avons abordées séquentiellement. 1.3.1 : Abondance de P. langeroni dans un foyer du Nord (1ère question - P. langeroni, espèce supposée impliquée dans l’éclosion épidémique de cas de LCS à Oued Soueni en 2004, est elle toujours abondante dans ce foyer ?) Des piégeages ont été effectués en 2011, la dissection et l’identification morphologiques des phlébotomes confirment la distribution observée précédemment dans ce foyer (Guerbouj et al., 2007). 1.3.2 : Exploration de petits mammifères à la recherche d’infections : Thèse de H. Souguir (2ème question - Quel est le réservoir supposé de L. infantum dans ce foyer ?) L’abondance de hérissons tués sur la route à proximité du foyer suppose une abondance de ce petit mammifère qui pourrait être infecté par Leishmania. Plusieurs hérissons ont été capturés dans deux foyers de transmission active de la région du Kef. Ils sont transférés à Tunis pour euthanasie et dissection. Six individus au total ont été disséqués et leurs organes ont été analysés par deux tests PCR (ITS1 & T2B4/L1L4) ont été trouvés infectés par Leishmania. L’analyse par RFLP des produits PCR confirme qu’il s’agit de parasites L. major et L. infantum (Chemkhi et al., 2015). Nous étendons actuellement le travail sur des spécimens collectés dans d’autres régions au Centre et au Sud de la Tunisie (Souguir et al, en préparation). Défis associés à ce travail : La difficulté associée à la capture des specimen. La faible charge parasitaire de ces animaux (qui semblent bien adaptés à l’infection par Leishmania).

2- Outils de diagnostic moléculaire des leishmanioses et applications cliniques Justification : Différentes espèces de Leishmania peuvent causer une même forme de leishmaniose (eg les leishmanioses cutanées en Tunisie et dans l’Ancien Monde sont causées par les espèces L. major, L. tropica, ou L. infantum). Le diagnostic des leishmanioses se pose par examen direct (ED) de frottis de prélèvements sur lames colorées au Giemsa. Cette technique détecte la présence des formes amastigotes au sein des cellules du patient, mais du fait de la similitude morphologique des espèces, elle ne permet pas leur identification. L’ED pêche par son manque de sensibilité; les outils moléculaires permettent de pallier à ce manque. La prise en charge et le traitement du patient nécessitent un diagnostique étiologique. Objectifs : Il est de répondre aux priorités reconnues dans le domaine et aux besoins de nos partenaires hospitaliers ou vétérinaires. Donc les objectifs spécifiques sont de : 1- Concevoir et développer des outils de diagnostic moléculaire de la leishmaniose cutanée utiles au point de soin. Nous avons initié ce travail en 2004 avec les PFE de Yusr Saadi et A. Chakroun. Il n’y a pratiquement pas d’outils qui permettent l’identification multiplexe des parasites Leishmania de l’Ancien Monde de manière simultanée à leur détection. 2- Valider ces outils pour leur mise en valeur et leur implémentation. Plusieurs étapes de validation sont nécessaires pour aboutir à un kit de diagnostic utile au point de soin : démonstration de la preuve du principe, essais précliniques, essais cliniques multicentriques etc. 3- Utilisation des outils moléculaires à des fins d’applications cliniques. Du fait de la similitude morphologique des parasites du genre Leishmania, les outils moléculaires sont requis pour caractériser et identifier les parasites au sein des lésions à des fins diagnostiques ou épidémiologiques et pour améliorer la connaissance relative à ces pathogènes. Financements : 2 Contrats IAEA (2006 & 2009) / objectif 1; LR00SP04 & LR11IPT04/ Objectifs 1-3; Coopération bilatérale Tuniso-Algérienne (S. Guerbouj)/ Objectif 3.

Préliminaires et Expertise : Projets de Fin d’Etudes :  2004- Chakroun Ahmed, Analyse génomique comparée in silico des parasites Leishmania major et Leishmania infantum.  2005-2006- Saadi Yusr, Ben Fadhel Meherzia, Mise au point d'une technique de diagnostic utilisant la technologie des microarrays: détection des parasites du complexe L. donovani  2005-2006- Ben Arbi Mohamed Karim, Analyse génomique comparée: mise au point de PCR diagnostiques des leishmanioses rencontrées en Tunisie.  2006- Yazidi Rihab, Diagnostic des leishmanies rencontrées en Tunisie par PCR multiplexes: mise au point et validation. Projets de mastères :  2006-2007 : Saadi Yusr, Développement de puces à ADN pour l'identification des espèces de Leishmania rencontrées en Tunisie et leur différenciation.  2007-2009 : Ben Hamouda Asma, Diagnostic des leishmanioses par puces à ADN: Développement et validation.  2011-2013 : Kraiem Mongia, Identification taxonomique des parasites du genre Leishmania par technique HRM. Résultats : 2.1 : Nouvelle génération d’outils moléculaires pour le diagnostic : diagnostic moléculaire au point de soin de la leishmaniose cutanée (Y. Saadi, I. Ben Haj Ali, A. Chakroun, A. Fathallah Mili, I. Guizani) Notre objectif est de développer des outils de diagnostic moléculaires simples, rapides et fiables. Cette activité est bien avancée et des prototypes de kits ont été mis en place en collaboration avec ACOBIOM (Dr. D. Piquemal) pour leur transfert pour validation en conditions routinières. Les développements R&D en cours incluent la mise en place de puces à ADN, des amplifications isothermes et des PCR HRM. Nous ciblons la détection et l’identification concomitante des espèces de Leishmania. Une déclaration d’invention relative à certaines des cibles utilisées pour développer ces tests attend l’évaluation préliminaire des outils. Une fois la preuve du principe est démontrée, les outils qui seront finalement retenus par ce travail seront évalués pour leur potentiel diagnostic selon les normes de bonne pratique au sein du centre d’investigation clinique de l’IPT. En 2015, nous avons travaillé sur une évolution R&D incrémentielle de la PCR multiplexe, aboutissant à une nette amélioration de la sensibilité du test (%) faisant de la puce (qui génère un gain 10x-100x en sensibilité) un outil potentiellement utile au diagnostic des LC (Y. Saadi). Avec l’implication d’ACOBIOM (Montpellier) dans la génération d’un kit prototype, cet outil sera évalué pour ses performances en conditions pré-cliniques. Nous avons aussi travaillé sur la mise au point de différents tests d’amplification enzymatique isotherme de l’ADN (Y. Saadi & I. Belhaj Ali). Ce travail est encore en cours. Savoir faire : ce projet a été initié en 2004 et a été développé à travers plusieurs projets de fin d’étude d’élèves ingénieurs. Y. Saadi a accompagné le développement de tels projets et possède une expertise indéniable. Défi : Ce projet nécessite des fonds pour la production du kit et son évaluation. Nous avons été retardés par la mise en place du CIC (voir 2.2). 2.2 : Evaluation comparée d’outils moléculaires de diagnostic Cette étape est nécessaire pour la validation et la mise en valeur des tests développés. Nous contribuons par cet objectif au programme du CIC institutionnel qui a été retenu pour financement. L’évaluation de la PCR multiplexe/puce ADN et d’une HRM y est programmée. La mise en place de cette initiative prévue en 2015 a été retardée de plus d’une année par manque de budget. 2.3 : Caractérisation génomique de parasites au sein des lésions Ce travail contribue à la mise en place de bases à l’étude épidémiologique des leishmanioses en Tunisie. L’implication de l’agent causal est souvent effectuée sur la base de présomptions de nature clinique, ou éco-épidémiologique avec une identification de l’agent causal souvent circonstancielle. Nous avons initié la mise en place de protocoles visant à étudier les parasites au plan moléculaire dans du matériel archivé en particulier pour explorer les pics épidémiques de la maladie en relation avec le temps, l’espace et les agents pathogènes (A. Yacoub (MSc), Y. Saadi, I. Guizani, A. Fathallah Mili). Ce travail a été initié dans le cadre d’une collaboration avec l’équipe du Pr. M. Ben Said (EPS F. Hached, Sousse) où nous avons mis en place l’extraction de l’ADN à partir de lames archivées et identifié au plan taxonomique les leishmanies. Il doit se poursuivre par l’investigation des polymorphismes des parasites intra-lésionnels. En 2015, A. Yacoub & A. Fathallah Mili ont développé

un manuscrit décrivant ce travail, actuellement, en cours de finalisation. Défi : ce projet est en instance du fait des contraintes budgétaires. Nous avons mis en priorité la mise en place de divers tests PCR utilisés pour étayer le diagnostic des leishmanioses au sein du service de parasitologie de l’Hopital Farhat Hached – Sousse. Thèse de N. Baldi : En 2015 (collaboration développée par S. Guerbouj avec une équipe Algérienne (Dr. R. Mansouri)) : Nous avons étendu cette approche à l’identification des Leishmania dans du matériel archivé de patients de l’Est Algérien. Ce travail est effectué dans le cadre de la thèse de Nadia Beldi sous la supervision de S. Guerbouj. Nous avons identifié L. major, L. infantum et L. tropica chez les patients ayant une LC et L. infantum chez les patients ayant une LV. Ce travail précise la distribution géographique des parasites en Algérie notamment la présence de L. tropica dans les villes côtières de l’Est Algérien. Le manuscrit a été finalisé et soumis (N. Beldi & S. Guerbouj).

3- Etude de protéines de Leishmania d’intérêt pour la lutte : cibles et molécules thérapeutiques Justification : La détermination de nouvelles cibles ou de nouvelles molécules d’intérêt pour la thérapie reste une priorité de recherche. Nous avons développé lors des précédents contrats des études ciblant deux protéines identifiées de manière rationnelle au vu de résultats publiés ou de nos résultats préliminaires. Parmi ces protéines deux retiennent l’attention car leurs orthologues humains constituent des cibles thérapeutiques contre certains cancers : eIF4A & Methyl-Thio-Adenosine Phosphorylase (MTAPase). Il s’agit de protéines qui sont essentielles de par leur rôle supposé chez Leishmania. Elles sont exprimées à tous les stades du parasite ; elles exercent une activité biochimique qui contrôle leur rôle, ce qui facilite leur criblage. Elles sont identifiées dans les vésicules exosomiales du promastigote et interféreraient donc dans l’interaction hôte-parasite. La protéine eIF4A de Leishmania est aussi connue comme un adjuvant naturel de type Th1 capable d’induire la sécrétion de cytokines IL12, IL10 et TNF. Objectifs : 1- Explorer le potentiel prophylactique et immuno-thérapeutique de LeIF: Au vu de ces propriétés immuno-modulatrices, notre hypothèse stipule que LeIF constitue une molécule anti-leishmanienne dotée de propriétés qui induisent la résistance du macrophage à l’infection ou l’atténuation de la maladie. La partie N-terminale de cette protéine fait partie d’un vaccin de 2nde génération (protéine recombinante de fusion. En dépit de cela, très peu de groupes s’intéressent aux propriétés immuno-thérapeutiques de LeIF. 2- Valider LeIF en tant que cible thérapeutique: a- Définir et caractériser des petites molécules ciblant la protéine LeIF: La protéine LeIF joue un rôle supposément essentiel ; elle est exprimée à tous les stades de développement du parasite. Elle est dotée d’activités biochimiques (ATPase- RNA dépendante, RNA hélicase- ATP dépendante) qui présentent des différences significatives par rapport à ces orthologues (levure, humain). Ces activités sont nécessaires à la machinerie de traduction des ARNm coiffés. Des structures cristallines de protéines eIF4A en présence ou en absence de ligands existent. La protéine LeiF de Leishmania n’est pas étudiée par ailleurs par rapport à l’hypothèse qu’il s’agit d’une cible potentielle au traitement. b- Invalider génétiquement le gène: 3- Etudier la protéine MTAPase de Leishmania: Peu de travaux s’intéressent à cette protéine qui est à la croisée de 3 voies enzymatiques importantes. Elle assure l’élimination du MTA (ou methyl thioadenosine), produit du métabolisme des polyamines et le recycle en présence de phosphate pour l’engager dans les voies métaboliques de récupération de l’Adénine et de la méthionine. La fouille de données indique que chez Leishmania cette protéine se retrouve dans des vésicules exosomiales du promastigote et son expression est accrue chez des souches sélectionnées après passage dans l’animal. Elle aurait donc un rôle important dans l’interaction hôte-pathogène. Financements : PTR426 (objectifs 1 & 2) ; LR11IPT04 (objectif 3) Résultats : 3.1 : Rôle de LeIF dans l’infection et potentiel prophylactique, thérapeutique et diagnostique Modèles d’infection mis en place: Nous avons effectué ce travail en collaboration avec le laboratoire de Dr. E. Dotsika de l’Institut Pasteur Hellénique. Deux modèles d’infection de la souris Balb/c ont été établis (infection de la patte par L. major; infection intraveineuse par L. infantum). Nous avons aussi établi un modèle d’infection de cellules macrophagiques de souris J774.1 par L. donovani. Dans une seconde étape, au vu des résultats obtenus nous avons établi à Tunis un autre modèle cellulaire : l’infection de la cellule humaine THP1 différenciée par PMA par L. infantum (I. Bassoumi, K.

BenKhadir Essafi, M. Barhoumi, I. Guizani). Nous avons travaillé en 2015 sur l’affinement de ce modèle et la caractérisation de l’effet de LeIF sur l’infection du macrophage. LeIF induit la résistance du macrophage à l’infection: L’exposition in vitro de macrophages de souris L. donovani induit la résistance du macrophage avec une réduction marquée du nombre de cellules infectées et des amastigotes intracellulaires ainsi que la production de molécules microbicides (NO et ROS). Ce travail a fait l’objet d’une publication (Koutsoni & Barhoumi, et al., PLOS one, 2014). Nos travaux démontrent aussi un effet inhibiteur de l’infection du macrophage THP1 activé par le parasite Leishmania infantum. L’étude des voies impliquées dans cette inhibition a été initiée en 2015 (I. Bassoumi, O. Zakraoui, K. Benkhadir Essafi). Effet prophylactique et thérapeutique de LeIF dans divers modèles animaux: Il est abordé dans le cadre de collaborations avec le laboratoire d’immunologie cellulaire (E. Dotsika) de l’Institut Pasteur Héllenique (M. Barhoumi & I. Guizani). Nos travaux ont démontré que des cellules dendritiques pulsées par LeIF ont la capacité de protéger les souris Balb/c infectées par le parasite L. major (M. Barhoumi en collaboration avec l’équipe de Dr. Eleni Dotsika). En 2015, nous avons aussi mis en place des expériences visant à tester l’effet thérapeutique de LeIF. LeIF et ses fragments peptidiques comme outil de diagnostic de l’infection par Leishmania infantum: l’achèvement de cet objectif initié les années précédentes a été suspendu en attendant de meilleures conditions pour sa réalisation. 3.2: Validation de LeIF comme cible thérapeutique : identification et caractérisation de petites molécules Thèse de Emna Harigua: Identification de petites molécules par une approche en bioinformatique structurale. En collaboration avec A. Blondel & M. Nilges (IP) dans le cadre de l’hypothèse où LeIF constitue une cible au traitement, nous avons développé une étude bioinformatique visant à modéliser la protéine par homologie, définir des cavités pour des études d’arrimage in silico de petites molécules chimiques, arrimer les molécules de la chimio-thèque du CNRS (environ 99000 molécules) et sélectionner des petites molécules ayant un effet potentiel sur les fonctions biochimiques de LeIF. De cette manière, deux cavités ont été identifiées pouvant interférer avec l’activité ATPase de la protéine et la fixation de l’ARN. 355 molécules ont été ainsi retenues et 4 hits ont été obtenus par validation biochimique. Le composé 208 a été caractérisé pour son activité inhibitrice de l’activité ATPase de LeIF. Un manuscrit et un mémoire de thèse ont été rédigés en 2014-2015 par E. Harigua. Le mémoire a été déposé en Avril 2015. Dans le cadre de la mise en place d’outils bioinformatiques pour le criblage virtuel de petites molécules, E. Harigua, avec la supervision de l’équipe du BIS- IP, a développé et validé une nouvelle méthode basée sur SOM pour l’identification de sites d’arrimage de molécules à la surface des protéines. Un manuscrit décrivant ce travail a été soumis et publié en 2015. Activités post thèse menées par E. Harigua: Optimisation de petites molécules inhibant l’activité ATPase de LeIF. Une première démarche a été effectuée pour identifier des composés similaires au composé C208. On a émis l’hypothèse que les « Extended-Connectivity Fingerprints » (ECFP) constituent un critère de similarité chimique entre composés. Aussi la base de données ZINC des composés commercialement disponibles a été explorée à la recherche d'analogues chimiques du C208 selon ces critères. Un ensemble de 28 composés commercialement disponibles et chimiquement similaires au composé tête de liste (C208) ont été identifiés et commandés pour être testés pour leur effet sur l’activité enzymatique de LeIF et sur la viabilité du parasite ainsi que sur la cellule humaine (E. Harigua, A. Blondel, M. Nilges). Afin de mieux caractériser les interactions moléculaires entre les ligands et la protéine, notamment du côté du ligand, nous avons initié une collaboration avec I. Guijarro & M. Delepierre (RMN, IP) pour des études en RMN. Le fait que les criblages aient sélectionné des composés de la même famille que C208 (voir Thèse YZ Abdelkrim) nous permet aussi d’envisager la mise en place d’une étude en QSAR.

Thèse de Yosr Zina Abdelkrim: Criblage biochimique et caractérisation biochimique et biologique de petites molécules ciblant LeIF. Ce travail est mené en collaboration avec l’équipe de Dr. Kyle Tanner, IBPC et l’équipe du BIS-IP (Dr. A. Blondel & M. Nilges). La mesure de l’activité ATPase des protéines LeIF et eIF4Amus a été mise en place dans un format de plaque à 96 puits pour assurer le criblage de petites molécules la ciblant. Différents paramètres ont été déterminés et contrôlés pour en assurer une mesure et une lecture fiables. Les 355 molécules retenues par le criblage in silico ont été testées à travers la plateforme mise en place, sous plusieurs concentrations de composés sur l’activité des deux protéines LeIF et eIF4A. 4 signaux d’inhibition ont été identifiés. La molécule 208 a été retenue pour une plus ample LeIF in vitro on utilise une quantité relativement importante de En 2015, nous avons abordé la caractérisation du site de fixation de ce composé sur la protéine LeIF en menant différentes expériences de compétition. Les résultats s’accordent pour confirmer que le site de fixation de ce composé correspond à la poche P2 qui a servi à son docking virtuel et qui correspond à un site de fixation de l’ARN. Nous avons aussi testé l’effet du rocaglamide, un ligand connu de la protéine eIF4A, et observé que cet inhibiteur est 6x plus actif sur la protéine humaine que sur la protéine de Leishmania (YZ Abdelkrim, J. Banroques, K. Tanner), confirmant ainsi la faisabilité d’identifier ou développer une molécule sélective. Le criblage biochimique (LeIF et eIF4A) de molécules similaires au C208 a été effectué sur 15 molécules parmi lesquelles le CS48 a été retenu. Il appartient à la même famille que le C208, son effet a été caractérisé au plan biochimique (IC50= 1.6 mM) (YZ Abdelkrim, J. Banroques, K. Tanner). La caractérisation des effets sur la viabilité des promastigotes a aussi été mise en place. Les effets leishmanicides de C208 et CS48 ont été évalués sur la viabilités des parasites promastigotes. Des valeurs d'IC50~1- 4µM ont été obtenues. Voulant limiter le coût des tests enzymatiques (quantités de composés et protéines), nous avons inversé l’approche en criblant d’abord ces composés similaires au C208 pour leur effet sur la viabilité des promastigotes. Une première molécule a été retenue CT7 bdelkrim & I. Bassoumi, E. Harigua, I. Guizani). Les molécules retenues seront testées pour leur effet sur l’activité ATPase. Nous avons estimé de manière préliminaire l’index de sélectivité (IC50 prom/ CC50) du C208 à 6.6 (O. Zakraoui, I. Bassoumi, YZ Abdelkrim, K. Benkhadir Essafi). Défis : le coût et la disponibilité de certains composés à la hauteur des besoins pour effectuer tous les tests. 3.3: Etude de la protéine MTAP : vers sa validation en tant que cible thérapeutique Cette protéine présente un intérêt potentiel pour la thérapie. Nos travaux visent à sa caractérisation comparée in silico afin d’en définir les caractéristiques uniques. L’analyse phylogénétique a révélé des caractéristiques uniques au parasite au plan de la séquence primaire de la protéine. Un essai enzymatique a aussi été mis en place pour étudier les propriétés biochimiques de cette protéine (M. Kaffela, L. Borchani, I. Guizani). 3.3.1: Travaux de thèse de H. Abid: Caractérisation in silico de la protéine MTAPase et étude de son expression chez les promastigotes de Leishmania Un modèle 3D par homologie a été développé et analysé, permettant de comparer la structure globale de la protéine à celle de la protéine humaine cristallisée, le potentiel électrostatique à leur surface ainsi que le site actif. Grace à cette étude, des peptides spécifiques ont été identifiés (H. Abid, T. Mejri, I. Guizani). Un anticorps polyclonal ciblant un de ces peptides spécifiques définis par l’étude bioinformatique a été développé; sa caractérisation par ELISA et Western blot a démontré la spécificité de cet anticorps vis à vis de la protéine parasitaire en faisant un outil d’intérêt dans l’étude de cette protéine (H. Abid, T. Mejri, M. Barhoumi). Cette étude a aussi mis en avant des différences notables au niveau du site actif de la protéine de Leishmania que nous avons plus exploité en 2015 par des expériences d’arrimage de molécules inhibitrices connues des protéines humaines et du parasite T. brucei (H. Abid, E. Harigua, I. Guizani). La rédaction d’un manuscrit rapportant cette étude a été initiée. Grâce à la présence d’un anticorps spécifique, les profils d’expression de la protéine au cours du développement in vitro du parasite ont été étudiés (H. Abid, T. Mejri, M. Barhoumi, I. Guizani). 3.3.2: Caractérisation de l’activité biochimique des protéines MTAPase de L. infantum et L. major (T. Mejri): nous avons aussi démontré l’existence de cette activité chez l’espèce L. major. Les protéines de L. infantum et L. major (en 2015) ont été séquentiellement clonées dans un vecteur d’expression

bactérien. Les conditions d’induction, d’expression et de purification ont été établies pour chacune de ces protéines (T. Mejri, H. Abid, M. Tlili (PFE), M. Barhoumi, I. Guizani). En 2015, nous avons été sollicités par l’équipe de C. Robello (IP Montevidéo) pour exprimer et caractériser la protéine MTAP de T. cruzi. 3.4: Mise en place de la transfection génétique chez Leishmania Nous avons initié ce travail avec deux objectifs à atteindre : - Invalider le gène LeIF chez Leishmania (Thèse de YZ Abdelkrim). - Construire une Leishmania fluorescente pour faciliter le criblage de nouvelles molécules (composés chimiques ou naturels). La mise en place de la stratégie d’approche du premier objectif a été effectuée en collaboration avec l’équipe de G. Spaëth (IP) (Y. Z. Abdelkrim, M. Barhoumi). Les différentes constructions ont été réalisées comportant les gènes de résistance et un épisome, reste à surmonter une difficulté technique associée au choix d’un enzyme de restriction récalcitrant à l’action de la ligase pour générer les plasmides qui comportent les cassettes nécessaires à la transfection (YZ. Abdelkrim, M. Mokdadi). Pour le deuxième objectif, la stratégie a été mise en place par YZ Abdlekrim. Les constructions ont été effectuées dans le cadre d’un mastere (M. Hannachi, YZ Abdelkrim, M. Barhoumi, I. Guizani). Les prochaines étapes sont d’effectuer les transfections avec d’abord la mise en place des protocoles expérimentaux. II- Programme 2 : «Epidémiologie moléculaire des infections génitales à HPV et du Cancer du col de l’utérus». Le cancer du col de l’utérus représente à l’échelle mondiale un problème majeur de santé publique puisque près de 4 millions de femmes au monde en sont atteintes; chaque année, 500 000 nouveaux cas sont diagnostiqués et 233 000 femmes en décèdent. En Tunisie, ce cancer occupe le second rang des tumeurs malignes de la femme après celui du sein. L’infection par certains génotypes de papillomavirus humains (HPV) à haut risque et notamment les types 16 et 18, est indubitablement un facteur étiologique majeur dans le développement du cancer du col utérin. La stratégie de lutte contre ce cancer a jusqu’à présent été basée sur le dépistage des lésions précancéreuses du col utérin par l’examen cytologique de frottis cervicaux, mais L’incidence du cancer du col ne diminue pas en Tunisie et le taux de couverture des femmes par frottis n’est actuellement que de 7 à 16%. Les cancers sont encore découverts à un stade tardif en raison de l’absence d’efficacité du système de dépistage actuel Un nouvel outil préventif est actuellement disponible avec la mise sur le marché de vaccins antiHPV. Un vaccin contre les HPV 16 et 18, responsable de plus de 70% des cancers du col, déjà introduit dans 120 pays dans le monde, y compris en Tunisie. Ceci ouvre l’opportunité et le défi de l’inclure dans une nouvelle stratégie préventive du cancer du col avec un meilleur potentiel d’efficacité. L’évaluation d’une stratégie vaccinale nécessite au préalable une étude de la prévalence des génotypes circulant dans la population Tunisienne à large échelle qui n’a pas été antérieurement réalisée. Cette étude est actuellement finalisée et les résultats sont soumis à publication et ont permis de connaître le risque de l’infection pour une femme Tunsienne par région, d’établir le profil de la femme à risque d’infection et cible potentielle de la vaccination. Les TLR interviennent dans l’initiation des réponses immunitaires adaptatives. Une activation inappropriée de TLRs sous certaines conditions peut mener à des maladies auto-immunes, inflammatoires chroniques ou infectieuses et surtout à une carcinogenèse et à la progression de tumeur. Ils peuvent être de bon bio-marqueurs de cancérisation et des cibles thérapeutiques. La détection immunohistochimique des protéines TLRs au niveau du tissu cervical pré-cancéreux et cancéreux permet d’évaluer le role de ces récepteurs dans la cancérogénèse, de l’évaluer en tant que marqueur d’évolutivité et aussi en tant que cible thérapeutique. L’étude réalisée par notre équipe a permis de montrer une surexpression de ces protéines non seulement au niveau des cellules de l’infiltrat inflammatoire mais aussi au niveau des cellules épithéliales cancéreuses du cancer invasif comparativement aux cas condylomateux. L’étude quantitative par RT-PCR devra amener les réponses à ces résultats en apportant la confirmation attendue de leur surexpression au niveau des cancers invasifs du col ce qui conduira à l’étude approfondie des mécanismes signalétiques qui y sont rattachés. Le rôle du polymorphisme de la protéine oncogène E6 et de la protéine E7 est fondamental du HPV 16 dans la cancérogénèse utérine. En effet, Les protéines E6-E7 sont responsables du développement de plusieurs stratégies afin d’échapper à la surveillance du système immunitaire et de supporter la persistance du virus. D’autant plus, ces protéines rendent plus permissives les mutations

et dommages dans l’ADN, l’altération du cycle cellulaire et un contrôle de l’apoptose par différents mécanismes. L’étude de la cancérogénèse de la protéine E6 sur des souches de virus tunsien n’avait jamais été réalisée. L’étude d’épidémiologie moléculaire réalisée par notre équipe a permis d’identifier plusieurs souches du HPV16 et l’étude du polymorphisme du gène E6 de ces souches permet d’évaluer l’action oncogène des différents E6 détectés par une étude fonctionnelle.

1- Etude de la prévalence nationale des infections à HPV et des facteurs de risque. Objectifs -- Définir les données épidémiologiques relatives à cette infection en termes de prévalence nationale, de génotypes circulants et des principaux génotypes impliqués dans la cancérisation. -- Etablir la prévalence nationale de l’infection permet d’aboutir à une réflexion structurée sur l’implémentation éventuelle de la vaccination dans la stratégie de lutte contre le cancer du col. -- Définir les génotypes spécifiques à la Tunisie permet d’aboutir à la définition d’éventuelles nouvelles cibles vaccinales. En effet, les amorces actuellement développées sont le fait des données relatives aux recherches effectuées au niveau du monde occidental. Or, il se trouve que dans notre activité de recherche propre au Laboratoire de Référence OMS, de nombreux cas de femmes prétendues porteuses du HPV n’ont pas été typées par ces amorces. De ce fait, il nous incombe de réaliser un système de reconnaissance de ces souches non reconnues par les amorces actuellement disponibles et en découle possiblement des génotypes qui nous sont spécifiques. Ceci pourrait alors modifier les cibles des vaccins anti-HPV qui sont actuellement disponibles dans le monde ainsi qu’en Tunisie. Ce travail constitue la première étude populationnelle estimant la prévalence de l’infection par le HPV confirmant la haute prévalence et mettant en évidence les facteurs de risque tabac et activité sexuelle. Ces résultats montrent la nécessité d’évaluer le rapport coût efficacité de l’introduction de la vaccination. Il s’agit d’une étude prospective transversale réalisée chez des femmes âgées de 18 à 65 ans réparties en fonction des grandes régions de la république tunisienne consultant dans les centres de soins de santé de base entre décembre 2012 et mai 2013. Il a mesuré la prévalence de l’infection à HPV en Tunisie et identifié les principales souches en circulation afin de fournit des renseignements permettant de guider une réflexion sur l’introduction vaccinale. Une banque d’échantillons a été obtenue et les souches virales tunisiennes sont séquencées pour identifiées les souches tunisiennes. Ce travail a aussi permis d’identifier les facteurs de risque de l’infection selon les régions. Les échantillons sont recueillis au laboratoire D’Anatomie Pathologique de l’Institut Pasteur et servent à réaliser des frottis cervicaux en milieu liquide et des extractions d’ADN à la recherche du virus et à l’identification de son génotype. Les frottis sont lus à la recherche d’anomalies néoplasiques. L’ensemble de ce travail a été réalisé et a nécessité de se mettre en contact avec de nombreux centres de santé de base de la Tunisie avec 4 conférences. Il a nécessité l’implication d’une étudiante en thèse, de 3 techniciennes et de 2 chauffeurs dont les déplacements ont été lourds. Compte tenu de la distance, il a été parfois nécessaire de refaire les prélèvements pour les frottis qui ont été altérés par le délai entre leur réalisation et leur acheminement au laboratoire. Sur les 382 femmes randomisées, 325 étaient positives pour la beta-globine. L’âge moyen était de 13,2% IC (9,7%-17,4%). Les facteurs de risque significativement associés à l’infection sont le tabac (p=0,06), la relation sexuelle avec un partenaire occasionnel (p<10-3) et le conjoint avec partenaires multiples (p=0,003). Ue forte prévalence de l’infection a été mise en évidence (13%) dans la région du grand Tunis. L’identification du type des souches tunisiennes qui ont été retrouvées a été réalisée par la technique de séquençage de nouvelle génération qui offre une meilleure sensibilité, une meilleure spécificité que la technique classique et qui de plus permet d’identifier les infections multiples qui ont fréquemment été observées dans cette étude. Ce travail a été réalisé à l’Institut Fiocruz, au Brésil dans le cadre d’un stage de 7 mois de M. Ardhaoui. Une stratégie a été mise en place pour effectuer cette analyse qui n’est pas encore routinière et qui a nécessité des mises au point en y associant tous les contrôles nécessaires ainsi que la mise en place des pipes d’analyse, favorisée par les formations multiples de M. Ardhaoui en bioinformatique et analyse des génomes. Ce travail est réalisé en collaboration avec l’Observatoire National des maladies Nouvelles et émergentes (Principaux investigateurs : Pr Ag Emna Ennaifer (IPT), Pr Ag Nissaf Ben Alaya (ONMNE)). Elle intègre un travail de thèse de Doctorat (Monia Ardhaoui, Directeur de recherche : Pr. Ag Emna Ennaifer), Financé par La Banque Africaine de Développement. Réalisé en collaboration avec l’Institut Fiocruz au Brésil et financé par le budget du Laboratoire.

Ce travail a duré de ce fait un peu plus longtemps que prévu et s’est avéré lourd à réaliser à tous les points de vue. L’échantillonnage a néanmoins été réalisé et les tests moléculaires ont été finalisés dans les délais prévus. L’analyse des données à été aboutie pour la région du grand Tunis et le reste de l’analyse est en cours de réalisation.

2- Mise en évidence d’une augmentation significative de l’expression des TLR9 dans les stades croissants des états pré-néoplasiques vers le cancer invasif du col utérin. Notre objectif dans cette étude est l’évaluation de l’expression de TLR9 et TLR5 au niveau des cellules épithéliales cervicales pré-cancéreuses et cancéreuses. Les résultats ont fait l’objet d’une publication avec une seconde qui est soumise (Thèse Emna Fehri, Directeur de recherche : Pr. Ag Emna Ennaifer). Cette étude a été réalisée avec des témoins de col normal et de condylomes. La détection immunohistochimique des protéines TLRs au niveau du tissu cervical pré-cancéreux et cancéreux a montré une surexpression de ces protéines non seulement au niveau des cellules de l’infiltrat inflammatoire mais aussi une surexpression de ces protéines au niveau des cellules épithéliales cancéreuses du cancer invasif comparativement aux cas condylomateux. L’étude quantitative par RT-PCR devra amener les réponses à ces résultats en apportant la confirmation attendue de leur surexpression au niveau des cancers invasifs du col ce qui conduira à l’étude en profondeur des mécanismes signalétiques qui y sont rattachés. L’évaluation par PCR quantitative de l’expression du TLR9 et du TLR5 et leur corrélation avec la progression des lésions néoplasiques du col utérin par RT-PCR est la perspective en cours. L’identification du rôle des TLRs dans la stimulation et la progression du processus oncogène au niveau du col ouvre des opportunités d’applications thérapeutiques anti-cancéreuses et doit être réalisée sur les principaux génotypes oncogènes impliqués dans le cancer du col en Tunisie. Ceci est prévu pour une étude complémentaire (Thèse ou post-doc).

Ce travail a nécessité des échantillons recueillis de toutes les régions de la Tunisie. Les techniques ont toutes été réalisées au Laboratoire d’Anatomie Pathologique de l’Institut Pasteur sans grande difficulté. Le financement a été réalisé sur le budget du laboratoire de recherche.

3- Etude du polymorphisme du gène E6 du HPV 16 dans des lésions prénéoplasiques du col de l’utérus. L’objectif est d’étudier le rôle des interactions de la protéine E6 avec le domaine PDZ de la cellule hôte. Cette étude nous permettra de déterminer les différentes protéines E6 qui sont associées à l’évolution clinique vers le cancer à partir d’une lésion pré-néoplasique induite par un virus oncogène. Cette étude permet de déboucher sur des avancées concernant la prospection de cibles protéiques pouvant être le point de départ d’un mécanisme moléculaire pouvant freiner la progression tumorale en cas de lésions pré-néoplasiques installées dans les infections à HPV oncogènes du col utérin. Le rôle de ce polymorphisme de la protéine oncogène E6 est fondamental dans la cancérogénèse utérine. Un polymorphisme du gène E6 dans des souches d’HPV16 tunisiennes pourrait intervenir dans la progression des lésions vers le cancer invasif. Le travail a débuté par l’amplification des oncogènes E6 et E7 de l’HPV16 isolé dans des lésions de bas grade et de haut grade du col de l’utérus. Les séquences nucléotidiques des gènes de E6 et E7 disponibles dans les bases de données ont été utilisés. L'alignement de ces séquences a été faite pour cibler les régions les plus conservées pour choisir des oligoucléotides spécifiques du côté N-terminale et C-terminale du gène E6 ainsi que les oligonucléotides spécifiques du côté N et C-terminale du gène E6E7 des virus haut risques HPV16. Ces oligonucléotides sont utilisées pour amplifier les ADN de l’HPV16 génotyés dans la pemière partie du travail. Les ADN du HPV 16 sélectionnés dans la première partie ont été utilisé pour l’amplification des gènes E6 et E6E7 par les amorces synthétisées. Plusieurs optimisations des conditions de PCR ont été faites sur ses ADN, en utilisant le couple d’amorces PV1/PV2 qui nous a permis d’amplifier le gène E6 et le couple d’amorces PV1/PV3 ce qui a permis d’amplifier les gènes E6E7. Les produits PCR ont été séquencés, en utilisant les mêmes couples d’amorces. Les séquences ont été analysées par le programme «Bioedit». Les séquences obtenues ont été par la suite alignées avec les séquences disponibles dans les banques de données. Les variants de E6 de l’HPV16 ont été ainsi déterminés. Dans les 3 ADN Bas grade nous avons détecté le variant EUR (350T); dans 2ADN Haut grade nous avons détectés le variant EUR (350G) et 1 ADN HG ( AFR 2). Ses travaux nous ont permis de montrer que le variant European est le plus prépondérant en Tunisie, et que le variant EUR (350 T) Prototype est détecté aux lésions BG alors que le variant European (350G) a été détecté aux lésions HG, ce qui est probablement en liaison avec la progression du processus oncogène (ref). Ces résultats vont être confirmés par le séquençage de produit PCR du gène E6 (travail en cours). Notre travail se poursuivra par une étude fonctionnelle des différents variants tunisiens de l’oncogène E6 et E7, par l’analyse de leurs capacités à diriger la dégradation de p53 in vitro, et leurs interactions avec des protéines à domaines PDZ. L’importance fonctionnelle de ces mutations sera caractérisée dans le cadre d’une collaboration avec Lawrence Banks (ICGEB) (Amira Zine el Abidine, Rahima Belhadj Rhouma, Emna Ennaifer). Ce travail a été initié dans le cadre d’un Master qui a été soutenu (Master Asma Marzougui, Directeur de recherche : Rahima Belhadj Rhouma) et se poursuit par une thèse (Etudiante Amira Zine El Abidine, Encadreur Pr Ag Emna Ennaifer) afin d’étudier la relation entre les polymorphismes des oncogènes E6 et E7 et la progression des lésions pré-néoplasiques du col utérin associés à HPV16. L’étude a nécessité le recours à des biopsies du col utérin fixées et incluses dans la paraffine qui ont posé des difficultés d’extraction d’un ADN de bonne qualité. Le travail a finalement été réalisé sur des cellules en supension de frottis du col utérin qui permettaient d’obtenir de l’ADN viral exploitable;

III- Programme III : «Biochimie et Pathologie Expérimentale Appliquées aux Maladies Infectieuses». L’interaction hôte-pathogène est régie par des processus où le pathogène interfère avec des effecteurs cellulaires et des voies de signalisation contrôlant différentes situations pathologiques. Le groupe s’intéresse particulièrement à des pathologies associées à un déséquilibre de la vascularisation (Cancer et ischémie), ou inflammation chronique ou bien des maladies infectieuses (Leishmaniose) et focalise sur l'importance de substances naturelles bioactives dans la découverte d’agents thérapeutiques. L’objectif général de notre programme se résume essentiellement en deux points:

1- La valorisation de biomolécules naturelles (de diverses origines) sur des modèles pertinents de pathologie expérimentale in vitro et in vivo. 2- La caractérisation fine du mécanisme d’action et l’identification de cibles cellulaires impliquées dans l’action de ces biomolécules qui permettraient d’une part le développement de nouveaux agents thérapeutiques et d’autre part de comprendre un aspect lié à l’échec thérapeutique rencontré avec les molécules actuellement utilisées en thérapie. Ces caractérisations ont été réalisées sous forme de deux projets complémentaires et interactifs:

Projet 1 : Valorisation de substances naturelles bioactives à partir des extraits de plantes et application sur des modèles de pathologie expérimentale: Leishmaniose, Cancer et inflammation. Objectif 1: Le développement et la mise en place de différents modèles de pathologie pour l’identification et la caractérisation de biomolécules pharmacologiquement actives. Objectif 2: Explorer le patrimoine phytogénétique local, identifier et caractériser des molécules bioactives d’origine végétale permettant la compréhension des mécanismes gouvernant leurs effets pharmacologiques comme cibles d’une thérapie…. Ces explorations concerneraient des activités antitumorales (anti-prolifératives et pro-apoptotiques), anti-parasitaires (leishmania) comme alternatives thérapeutiques. L’activité pharmacologique de certaines substances naturelles en particulier des extraits de plantes a été validée sur différents modèles (des cellules tumorales originaires de différents cancers in cellulo ou in vivo, et ou/sur des parasites du genre Leishmania ou sur des cibles spécifiques de ces pathogènes). Un nombre de modèles cellulaires et animaux ont été utilisés ou mis en place pour l’identification et la caractérisation de biomolécules d’intérêt: A- Modèles cellulaires et animaux utilisés ou générés pour tester les effets anti-tumoraux. B- Modèles animaux de Leishmaniose cutanée (LC), de Leishmaniose viscérale (LV) et modèle d’infection de macrophages primaires murins pour des activités anti-parasitaires (anti-Leishmania). Plusieurs extraits à activités anti-tumorales et anti-parasitaires (leishmania) ont été identifiés : A- Biomolécules à activité anti-tumorale Le cancer est la deuxième cause de décès dans le monde où le taux de mortalité est estimé à 8 millions chaque année. Ce mauvais pronostic résulte en grande partie de la résistance des patients à la chimiothérapie conventionnelle. Dans ce contexte, l'identification de biomolécules actives et de nouvelles cibles cellulaires dans les cancers pourrait aider à développer de nouvelles thérapies et des combinaisons de médicaments pour améliorer l'efficacité et la réponse au traitement. Dans le cadre de la valorisation de substances naturelles comme source de biomolécules actives et un outil pour la découverte de nouveaux agents thérapeutiques et anticancéreux, nous avons validé le pouvoir anti-tumoral des polyphénols de coing (Riahi-chebbi et coll., 2016, Cancer Cell International), leurs composés phénoliques, des extraits totaux et des composés purifiés sur différents types de cancers. -- Dans le cadre de la thèse de Mme Ichrak Riahi-Chebbi (à déposer en 2016), nous avons montré que parmi 13 composés phénoliques du coing, une molécule chimiosensibilise les cellules tumorales colorectales résistantes au 5-Fluorouracile par un mécanisme impliquant plusieurs effecteurs cellulaires (Riahi-Chebbi Ichrak, Souid Soumaya, Zakraoui Ons, Karoui Habib, et Essafi-Benkhadir Khadija, publication en préparation). Une partie de ce travail a fait l’objet d’une collaboration scientifique avec le Dr Najet Srairi-Abid (LR11 IPT08), le Dr Makram Essafi (LR11 IPT02) et le Pr Alain Morel, Laboratoire d'oncopharmacologie, Département de biopathologie des tumeurs, Inserm U892, Angers, France. Ce travail a bénéficié en partie de l’appui financier d’un projet collaboratif interne: PCI_2012_04. -- Dans le cadre de la thèse de Melle Soumaya Souid (en cours), nous avons validé une activité antileucémique d’un extrait d’Allium roseum en comparaison avec la drogue chimiothérapeutique Imatinib Mésylate. Nous avons associé cet effet à la modulation de trois voies de signalisation constitutivement actives dans les Leucémies Myéloides Chroniques (Souid Soumaya, Ichrak Riahi-Chebbi, Habib

Karoui et Essafi-Benkhadir Khadija, soumis pour publication). Une partie de ce travail fait l’objet d’une collaboration scientifique avec le groupe du Dr Mohamed Neffati du laboratoire d’Ecologie pastorale, Institut des régions arides de Médenine et Le Dr Makram Essafi (LR11IPT02, IPT). -- Nous avons validé une activité anti-tumorale in vitro d’un extrait d’une plante de la famille des Rhamnacées sur des cellules originaires d’un cancer du sein. Nous avons identifié la molécule responsable de cette activité (Souid Soumaya, Habib Karoui et Essafi-Benkhadir Khadija, publication en préparation) en collaboration avec le Pr Khalid El-Sayed, Université de Louisiana, Monroe, USA dans le cadre de la thèse de Melle Soumaya Souid. B- Biomolécules et activité anti-leishmanienne En Tunisie, malgré le développement du pays et l’amélioration des conditions sanitaires, les maladies infectieuses sont encore à l’origine de 3,4% de mortalité annuelle. Les zoonoses causées par des parasites protozoaires du genre Leishmania se caractérisent par une morbidité importante et un cout de prise en charge élevé par les structures hospitalières. L’isolement de produits naturels bioactifs offre un parcours unique et efficace à la découverte de nouveaux agents anti-infectieux. Nous avons criblé des espèces médicinales collectées dans plusieurs localités géographiques en Tunisie, et testé leur effet contre le parasite Leishmania ssp. Nos études ont montré qu’un ensemble d’extraits sont dotés d’un important pouvoir anti-leishmanien qui se traduit par une interférence avec le cycle vital et prolifératif du parasite. Actuellement, un fractionnement de ces extraits de plantes est en cours afin d’identifier le ou les composés responsables de leur activité antileishmanienne et décrire leur mécanisme d’action à l’échelle moléculaire et cellulaire. Ce travail fait l’objet de 2 articles soumis pour publication -- Chemical composition, anti-oxidant and anti-leishmanial activities of Asteracea plant extracts. (Aloui Zohra, Neffati Noura, Bassoumi-Jamoussi Imen, Essafi-Benkhadir Khadija, Guizani Ikram, Karoui Habib). Une partie de ce travail a été réalisée en collaboration avec LR11IPT02 et l’Unité Ressources Phytogénétiques et Biotechnologie Végétale (INSAT), dirigée par le Professeur Mohamed Boussaid. -- Phytochemical study and radical scavenging activities of wild medicinal plant growing in Tunisia. (Neffati Noura, Zohra Aloui, Guizani Ikram, Karoui Habib. Travail réalisé au laboratoire en collaboration avec l’Unité Ressources Phytogénétiques et Biotechnologie Végétale (INSAT), dirigée par le Professeur Mohamed Boussaid.

Projet 2 : Protéines à intérêt thérapeutique et déséquilibre de la vascularisation. A- Conception d’une formulation thérapeutique à partir de la protéine ICPP du venin de Macrovipera lebetina. Cette partie du travail est basée sur l’activité pharmacologique d’une protéine du venin de Macrovipera lebetina, caractérisée précédemment dans notre laboratoire, avec un effet stimulateur de l’angiogenèse et un effet cardioprotecteur important en ischémie/reperfusion aigue. - Nous avons exploré son effet sur un modèle de cicatrisation et réparation cellulaire. Cependant l'administration de la protéine in vivo est face à de nombreuses limitations telles que sa courte demivie, qui est moins de 5 min dans le sérum humain, ainsi que sa métabolisation rapide par les enzymes matricielles. Nous avons initié une tentative d’encapsulation de la protéine par des nanoparticules PLGA. Ce travail est réalisé dans le cadre d’un projet collaboratif interne : PCI_2013_04 (Aloui Zohra, Essafi-Benkhadir Khadija, Karoui Habib). Il fait l’objet d’une collaboration scientifique avec le Dr Mohamed Fethi Diouani du Laboratoire LR 11 IPT 03. B- Potentiel thérapeutique des protéines du venin dans l’inhibition de l’angiogenèse. A partir du venin de Macrovipera lebetina, Gasmi et collaborateurs (Gasmi et coll., 2000; 2001) avaient purifié et caractérisé deux familles de molécules, une désintégrine et une c-type lectine, pharmacologiquement actives et d’un intérêt potentiel comme modulatrices de l’angiogenèse tumorale. Dans le but de valoriser ces molécules, nous avons poussé leurs caractérisations comme molécules candidates à potentiel thérapeutique dans différents modèles.

-- Dans le cadre de la thèse de Melle Ons Zakraoui (à déposer en 2016), nous avons montré le rôle et l’implication de la protéine p53 dans l’activité pharmacologique de la Lebein sur différentes lignées tumorales originaires de cancers colorectaux ayant le gène p53 sauvage ou muté (Zakraoui Ons, Aloui Zohra, Karoui Habib et Essafi-Benkhadir Khadija). -- Nous avons validé l’effet anti-angiogénique de la Lebein purifiée à partir du venin de Macrovipera lebetina et associé cet effet à la modulation négative du VEGF, de son co-récepteur Neuropilin 1 et de l’intégrine alpha5beta1 (Zakraoui et coll., 2016, Molecular Carcinogenesis). Une partie de ce travail a été menée en collaboration avec les Dr Gilles Pagès, Institute for Research on Cancer and Aging of Nice (IRCAN) UMR/7284 U1081, Université de Nice, Dr Cezary Marcinkiewicz, Department of Bioengineering, College of Engineering, Temple University, Philadelphia, Pennsylvania, Dr Renaud Crépin du Centre Scientifique de Monaco, Principauté de Monaco, ainsi que l’équipe du Dr Srairi-Abid Najet (LR11IPT08) et le Dr. Makram Essafi (LR11IPT02). -- Dans le cadre de la thèse de Mme Manel Ben Hammouda (en co-tutelle), nous avons montré que la Lebein exerce un pouvoir pro-apoptotique dans des cellules originaires d’un mélanome agressif (Ben Hammouda Manel, Zakraoui Ons, Aloui Zohra, Riahi-Chebbi Ichrak, Karoui Habib et EssafiBenkhadir Khadija, soumis pour publication). Ce travail fait l’objet d’une thèse en co-tutelle avec le professeur José Neptuno Rodriguez Lopez dans le cadre du programme ERASMUS MUNDUS EUMARE NOSTRUM), Université de Tunis El Manar-Université de Murcie, Espagne. - Nous avons initié la caractérisation et la valorisation d’une lectine de type c du venin de Macrovipera lebetina sur deux modèles cellulaires originaires d’un mélanome (Ben Hammouda Manel, RiahiChebbi Ichrak, Souid Soumaya, Zakraoui Ons, Aloui Zohra, Karoui Habib et Essafi-Benkhadir Khadija). Les chiffres clés du laboratoire en 2015

2 conférences 3 vacations ou cours rémunérés 2 participations à des commissions nationales ou internationales 5 communications orales et affichées nationales et internationales 4 publications internationales 2 demandes de brevet ou contrat de valorisation 5 projets en cours et 1 projet obtenu 2 demandes de brevets ou contrat de valorisation 4 diplômes soutenus 17 diplômes en cours 18 formations continues 2 organisations ou participations à l’organisation d’un événement Liste des publications de l’année 2015 Internationales 1. “Identification of binding sites and favorable ligand bindind moieties by virtual screening and self-organizing map analysis”. Harigua –Souiai E, Cortes-Ciriano I, Desdouits N, Mallivin T E, Guizani I, Nilges M, Blondel A and Bouvier G. BMC bioinformatics, 16(1), 93. 2. “Type-specific of human papillomavirus distribution in invasive squamous cervical carcinomas in tunisia and vaccine impact”. Ennaifer Emna, Salhi Feten, Laassili Thalja, Fehri Emna, Ben Alaya Nissaf, Guizani Ikram, Boubaker Samir. Asian Pac J Cancer Prev., 2015; 16(15): 676972. 3. “Natural infection of Algerian hedgehog, Atelerix algrius (Lereboullet 1842) with Leishmania parsites in Tunisia”. Jomaa Chemkhi, Hejer Souguir, Insaf Bel Hadj Ali, Mehdi Driss, Ikram Guizani, Souheila Guerbouj. “. Acta Tropica 150 (2015) 42-51.

4. “First report of abnormal spermathecae in Phlebotomus (Larroussius) longicuspis Nitzulescu, 1930 (Diptera: Psychodidae), in Tunisia”. Jomaa Chemkhi*, Souheila Guerbouj*, Ikram Guizani, Afif Ben Salah. Journal of Life Sciences. Volume 9, Number 10, 2015. 465-471; doi: 10.17265/ 1934-7391/2015.10.002 Liste des brevets ou d’inventions acquis et contrats de valorisation en 2015 1. Activité immunomodulatrice de certaines proteins DEAD box de mammifères et de levure. “Use of DEAD-Box RNA helicase for inducing cytokine production”. Guizani I, Barhoumi M, Garnaoui A, Tanner NK. EP2130550 published on December 9, 2009; WO2009147331 publié le 10 Décembre 2009; Brevet US N°12/996,210. (LR00SP04- LR11IPT04) 2. Gènes de virulence potentiels de Leishmania Infantum. «Methods to identify Leishmania virulence factors and use of such virulence factors as therapeutic, diagnostic and vaccine targets. Guizani I, Kbaier-Hachemi H, Chakroun A.S, Kaabi B. EP08290656 filed on July 07, 2008; EP2141248, published on January 6, 2010; Brevet EP délivré le 12 Décembre 2012. Brevet validé uniquement en France (LR00SP04- LR11IPT04) Projets obtenus pendant l’année 2015 Coopération bilatérale Tuniso- Algérienne (2015) PI : S. Guerbouj « Etude comparative de la diversité génétique de Leishmania infantum en Algérie et en Tunisie ». PTR 426 – IP (extension de 6 mois -> dec 2015) PI : I. Guizani « Structural and experimental approaches to validate Leishmania LeIF antigen as drug target and immunotherapeutic molecule». Agence Universitaire pour la Francophonie (2016 - 2017) PI : I. Guizani « Génomique comparée de Leishmania infantum : Déterminants génétiques impliqués dans la pathogénie ; applications diagnostiques et stratégiques pour la lutte». Programme du Centre d’investigation clinique de l’IPT (2015-2018) PI : I. Guizani « Evaluation comparée d’outils moléculaires de nouvelle génération pour le diagnostic moléculaire de la leishmaniose cutanée » projet au sein de programme CIC intitulé : « Maladies transmissibles : Histoire naturelle et outils innovants pour le diagnostic, la prévention et le traitement », Directeur du CIC: A. Ben Salah. Financement en instance.

Laboratoire de Génomique Biomédicale et Oncogénétique Composition de l’équipe Prénom, Nom Mohamed Samir BOUBAKER Hamouda BOUSSEN Abdelmajid ABID

Position/Fonction Professeur/ Chef de Service Laboratoire d’AnatomoPathologie Humaine et Expérimentale, IPT Professeur/ Chef de Service d’Oncologie Médicale, Hôpital

Sonia ABDELHAK

Abderrahmane Mami Professeur/ Chef de Service, Hôpital de Jour, Institut National de Nutrition et de Technologies Alimentaires de Tunis Professeur/ Chef de Service de Gastro-entérologie, Hôpital Régional de Nabeul. Professeur/ Chef de Service de Cytogénétique, IPT Professeur Maitre de conférences/ Chef de Service, Institut National de Nutrition et de Technologies Alimentaires de Tunis Biologiste Principal/ Chef du laboratoire LR11IPT05

Houda YACOUB Olfa MESSAOUD Cherine CHARFEDDINE Habib MESSAI Rym KEFI-BEN ATIG Najla MEZGHANI Haifa TOUNSI GUETITI Amira ZAROUI Meriem JONES Kamilia REJEB Emna CHELBI Soumaya LABIDI Mehdi BALTI Lilia ROMDHANE Wiem AYED Maria KABBAGE Faten BEN RHOUMA Yosr HAMDI Meriem BEN REKAYA Zied RIAHI Wajih HAMMAMI Yosra BOUYACOUB Meriem BEN KELIFA Maha KARRAY Majdi NAGARA Sonia BEN NASER Safa ROMDHANE Sihem BEN FADHEL Imen CHEMKHI

Biologiste Biologiste adjoint Maitres Assistant de l’Enseignement Supérieur Maitre assistant de l’enseignement supérieur Maître Assistant Habilité de l’Enseignement Supérieur Maitres Assistant de l’Enseignement Supérieur Assitant Hospitalo- Universitaire Assitant Hospitalo- universitaire Assitant Hospitalo- universitaire Assitant Hospitalo- universitaire Assitant Hospitalo- universitaire Assitant Hospitalo- universitaire Assitant Hospitalo- universitaire Assistant de l’enseignement Supérieur Assitant Hospitalo- universitaire Chercheur Post doctorant Chercheur Post doctorant Chercheur Post doctorant Chercheur Post doctorant Chercheur Post doctorant, IPT/Institut de la Vision, Paris Chercheur Post doctorant Chercheur Post doctorant/Institut Pasteur, Paris Chercheur Post doctorant Chercheur Post doctorant Chercheur Post doctorant, IPT/Université d’Aix Marseille Assistant-Hospitalo-Universitaire Technicien Supérieur Technicien Supérieur Technicien Supérieur

Essia HABBACHI

Technicien Supérieur

Meriem CHARGUI Fatma HABBACHI

Ingénieur Ouvrier

Moussadak AZZOUZ Ahlem AMOURI Faten TINSA Henda JAMMOUSSI

Iheb BOUKARI Lamia Cherif BEN ABDALLAH* Afaf TIAR* Khaled LASRAM* Sabrine BEN BRICK* Nadia LAROUSSI Chokri NAOUALI Manel JERBI Sahar ELOUEJ Amira JABALLAH Ines BEN AYED Amira ZAROUI Saida LAHBIB Imène NABOULI Haifa JMEL Marwa SAYEB Yossra BEN HALIMA Chaima KTAIFI Meriem JONES Neziha KHOUJA GOUIDER Nadia BEN JEMII Hamza YAICHE Chiraz MEHEMMAI Meriem FASSATOUI Hajer JAOUADI Faten TINSA Abir BELHAJ ALI Ghaith ABDESSALEM Hamza DALLALI Asma CHIKHAOUI Meriem HECHMI Najah MIGHRI Mejri NESRINE Ichraf KRAOUA Hanene BENRHOUMA Soumaya CHAKER LABIDI Wiem AYED Mouna Mint Hadhrami

Etudiant en Mastere

Etudiant en Mastère

Présentation générale du laboratoire Bien que le contrat programme de recherche ne soit pas encore entré en vigueur, nous avons commencé sa mise en œuvre au cours de l’année 2015. Notre nouveau contrat programme a pour objectif global d’étudier les maladies non transmissibles avec les nouvelles approches de la postgénomique. Il est subdivisé en 3 axes : Le premier axe vise à identifier l’étiologie moléculaire des maladies génétiques rares par des approches post-génomiques. Ces approches font appel à des techniques de séquençage et de génotypage de nouvelle génération (NGS). Compte tenu du grand nombre de variants identifiés, ces approches nécessitent des analyses bioinformatiques assez poussées ainsi qu’une validation à l’échelle des familles de malades et de la population étudiée. Une validation fonctionnelle est également indispensable et nécessite l’utilisation de modèles murins et cellulaires appropriés pour mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques associés.

Le deuxième axe vise à étudier les facteurs génétiques prédisposant aux cancers et affectant leur progression afin d’identifier des biomarqueurs à valeur diagnostique, pronostique et ou théranostique. En plus des techniques classiques d’investigation histo-pathologiques et moléculaires, nous étudierons le microenvironnement tumoral et ferons appel à des outils NGS, transcriptomique et protéomique. Enfin, le troisième axe portera sur l’étude du paysage génétique des populations maghrébines et son influence sur la susceptibilité aux maladies chroniques comme le diabète et ses complications. En mettant à profit la génération de données par des techniques de NGS combinée à la structure familiale particulière de la population tunisienne, nous allons étudier quels sont les variants responsables de formes monogéniques de ces maladies métaboliques. Nous allons également aborder l’étude de l’interaction gènes-environnement et l’influence de la nutrition sur la santé en étendant l’investigation génétique à l’étude des facteurs épi-génétiques et du microbiote intestinal. Programme 1 : La génomique structurale et fonctionnelle pour les maladies rares Chef de Projet: Houda Yacoub-Youssef Nous allons nous intéresser dans ce premier axe et en continuité avec le contrat programme précédent à (i) investiguer l’étiologie moléculaire, clinique et épidemiogénétique pour les maladies génétiques rares afin d’identifier le spectre mutationnel de ces maladies et proposer un diagnostic anténatal et un conseil génétique pour les personnes concernés. (ii) De plus, dans cet axe, nous avons choisi deux types de maladies : une maladie qui touche le système de réparation de l’ADN, le Xeroderma Pigmentosum et les maladies neuro-dégénératives musculaires pour investiguer sur le plan fonctionnel les mécanismes impliqués dans la physiopathologie de ces maladies. (iii) Enfin, grâce à notre expertise, acquise et en cours de renforcement, en bioinformatique pour l’analyse du génome, nous effectuons des analyses de data obtenus de séquençage à haut débit NGS et des études in silico pour des analyses fonctionnelles de variants obtenus qui présentent un intérêt pour les maladies étudiées. Dans ce qui suit nous allons rapporter brièvement les principaux résultats obtenus dans cet axe de recherche. 1- Investigation génétique, clinique et épidémiologique des maladies génétiques rares L’année 2015 a été marqué par la finalisation du projet ACIP -“Post genomic tools for disease gene identification: pilot project of Maghrebian populations », et le démarrage du projet A*MIDEX (Initiative d’excellence ex-Marseille) “Setting up a Mediterranean Research Network for the study of rare diseases in the Mediterranean area” acronyme Rare-Med. Ces projets viennent dans la continuité des projet pilotes menés dans le cadre du projet FP7 Genomedika. L’objectif principal de ces projets est d’identifier des gènes impliqués dans les maladies qui nous intéressent en utilisant des techniques NGS et ce en vue d’améliorer leur diagnostic et par conséquent leur prise en charge. A travers ces projets, nous avons réalisé qu’il était relativement plus simple de générer des données du génome que de les interpréter. En effet, la majorité des efforts menés au cours de ces deux dernières années sont concentrés sur l’analyse et la confirmation des variants identifiés par ségrégation familiale. Les projets internationaux, nous ont permis d’acquérir des compétences en analyses d’exomes et leur application pour l’étude des maladies génétiques en population endogames. En collaboration avec l’équipe du Prof Christine Petit, nous avons identifié par séquençage d’exome entier, de nouvelles mutations dans des gènes impliqués dans le syndrome de Usher chez des enfants sourds candidats à l’implant cochléaire. Ce résultat a permis de redresser le diagnostic et présente ainsi un impact important sur la prise en charge des enfants. En effet, les enfants chez qui le syndrome de Usher est confirmé sur le plan clinique et moléculaire seront prioritaires pour bénéficier d’un implant cochléaire (Riahi Z, PLoS One 2015). Etant donné que la recherche de gènes impliqués dans des surdités ont conduit à l’identification de mutations dans des gènes déjà connus, en particulier des gènes impliqués dans des formes syndromiques, nous allons désormais modifier notre arbre décisionnel pour le diagnostic moléculaire des surdités chez les enfants candidats à l’implant. Dans un premier temps nous rechercherons des mutations dans le gène GJB2, si les enfants sont porteurs de mutation dans ce gène, cela conforte la décision du recours à l’implant cochléaire car les enfants porteurs de mutations dans GJB2 répondent bien à cette intervention. Pour les enfants négatifs pour des mutations dans GJB2 et issus de familles multiplexes nous allons rechercher des mutations en utilisant une puce de séquençage ciblé, couvrant plus d’une centaine de gènes impliqués dans des surdités isolées et/ou syndromiques. L’année 2015 a été également marquée par le démarrage du projet ACIP_MAP 2014-2016 (Mediterranean Autism Project) qui a pour objectif la détermination des variants génétiques

déterminants de l’autisme d’une part et l’étude de l’impact de la consanguinité sur la survenue de cette maladie, d’autre part. En effet, la consanguinité peut influencer l’expression du phénotype de l’autisme ou des pathologies incluant ce phénotype. En 2015, une collecte des données clinique et du matériel biologique a été réalisée. Une étudiante en thèse, Melle Marwa Sayeb a effectué un stage d’alternance dans l’Unité de Génétique Humaine et Fonctions Cognitives du Prof. Thomas Bourgeron en vue de maitriser les analyses génétiques des familles par génotypage à haut débit avec des SNPs. Une recherche de néo CNV en utilisant des puces de génotypage « Illumina » a été faite à la plateforme de l’Institut Pasteur en collaboration avec Mme Béatrice Régnaud. 2- Investigation multidisciplinaire et fonctionnelle pour les maladies rares : a- Le Xeroderma pigmentosum : L’étude génétique du XP a démarré en 2006 dans notre laboratoire. Depuis, nous avons colligé 173 familles comportant 220 patients XP et identifié 10 mutations au niveau des gènes (XPC, XPA, XPV). Il s’agit de la plus large cohorte dans le monde. En 2015, nous avons continué à investiguer les mutations causales pour assurer le diagnostic précoce et offrir un diagnostic prénatal. De plus, nous avons avancé sur nos investigations par rapport à l’étude épidémio-génétique des patients atteints de la forme XPC et par rapport à l’étude immunohistologique des tumeurs développées chez ces patients. Ces investigations ont été menées dans le cadre du projet collaboratif interne PCI_Melanoma 2013-2015. Il s’agit d’un financement pour jeunes chercheurs accordé par l’Institut Pasteur de Tunis pour les projets de recherche innovants. De plus, une collaboration avec le « Centre Medical de Biologie Moléculaire, Ljubljana, Slovénie » a été mise en place pour investiguer à l’échelle protéomique, les molécules potentiellement impliquées dans les processus de cancérogenèse chez les patients XP. Un étudiant Chokri Naouali a effectué un stage d’un mois au sein de ce laboratoire dans le cadre du projet FP7_Genomedika. b- Les maladies neurodégénaratives musculaires d’origine génétique En 2015, une collaboration au sein du réseau des Instituts Pasteur a été mise en place pour réaliser une étude sur les maladies neuromusculaires d’origine génétique. Un projet de recherche ACIP_Myopath a été accepté. Il s’agit d’une étude pilote qui consiste à investiguer les interactions entre cellules inflammatoires, cellules souches et miRNA dans des maladies génétiques affectant le muscle strié squelettique. Ce travail a démarré en Septembre 2015 et continuera jusqu’à Septembre 2017 en collaboration avec Dr. Shahragim Tajbakhsh de l’IP (Paris, France) et du Prof Hamid Barakat de IPM (Casa, Maroc). 3- Data mining et analyse bioinformatique à l’échelle du génome En 2015, en collaboration à l’Institut Pasteur du Maroc, nous avons publié la première « database » qui englobe toutes les mutations fondatrices présentes dans les pays du pourtour méditerranéen. Cette base de données fourni un outil d’aide à la décision pour orienter le diagnostic des maladies génétiques chez des familles originaires de la région. Cette database est accessible via le site http://mfmd.pasteur.ma. (Charoute H, Hum Mutat. 2015)

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Programme 2. Etude des formes familiales de cancer Chef de projet : Pr. Med Samir Boubaker Cancers cutanés non mélanomateux (Inès Ben Ayed, doctorante) : Le traitement de référence pour les cancers cutanés non mélaniques est chirurgical. Parfois, l’âge des patients, la localisation de la tumeur et son étendue voire l’échec d’un traitement chirurgical ou d’une radiothérapie ou chimiothérapie peut amener à proposer une alternative thérapeutique. Les inhibiteurs de l’EGFR peuvent constituer un moyen thérapeutique dans de telles situations. Par ailleurs, des études récentes ont montré qu’il y a une association entre les cancers cutanés non mélaniques et les HPV oncogènes, analogue à celle pour les cancers génitaux (Margaret R Karagas et al 2010). Objectifs spécifiques: Identifier le spectre mutationnel des gènes d’intérêts: EGFR, HRAS et BRAF par PCR suivie de séquençage. Déterminer le taux d’expression des protéines EGFR et TP53 par méthode d’immunohistochimie. Rechercher de l’ADN de HPV dans les cancers cutanés non mélaniques par PCR nichée pour amplifier la séquence virale intégrée dans l’ADN humain suivie de génotypage. Résultats : Une étude préliminaire, en cours, a porté sur la recherche de mutations au niveau des gènes de la voie de signalisation EGFR : HRAS, BRAF et EGFR. L’établissement du profil mutationnel des gènes analysés est en cours et nécessite une augmentation de l’effectif des patients inclus. Une

variation silencieuse au niveau du rs1050171 de l’exon 20 de l’EGFR a été détectée. La présence de virus HPV a été démontrée chez 1/3 des patients, avec une variation des génotypes selon le type histologique de cancer. L’étude immuno-histochimique par des anticorps TP53 et EGFR est en cours. L’expression de TP53 varie selon le statut HPV des tumeurs. La corrélation de l’intensité et le score de l’immuno-marquage EGFR, avec la présence de la variation de SNP est en cours d’évaluation. B-Cancer Colorectal : B1- Etude épidémio-génétique et histo-moléculaire des carcinomes colorectaux dans la population Tunisienne : Biomarqueurs d’intérêt pronostique et thérapeutique (Amira Jaballah, doctorante) : Les protocoles thérapeutiques personnalisés en cas de CCR métastatique, comportent des thérapies ciblées anti-Epidermal Growth Factor Receptor (anti-EGFR). Le rôle prédictif du statut mutationnel des gènes KRAS et NRAS, impliqués dans les voies de signalisation cellulaire, est primordial. D’autres gènes seraient également impliqués dans la réponse au traitement. Les investigations en cours portent sur l’identification dans les CCR, de la carte mutationnelle des biomarqueurs suivants : EGFR, KRAS, NRAS, BRAF ainsi que PI3K. Résultats en cours : -Pour les cas sporadiques : ▪Identification du statut mutationnel des gènes EGFR (exon 20), KRAS (exons 2 ,3 et 4), NRAS (exons 2 ,3 et 4), BRAF (exon 15) pour 60 cas de cancer colorectal métastatique. ▪Identification de l’expression de l’EGFR par immunohistochimie -Pour les cas héréditaires : Une variation au niveau du gène POLD1 a été mise en évidence chez quelques membres d’une famille avec suspicion d’un syndrome de lynch. D’autres familles sont en cours d’exploration. Nous procédons à des tests bioinformatiques complémentaires pour confirmer les résultats préliminaires. B2- Les autres voies de signalisations impliquées dans le Cancer Colorectal (CCR) La non réponse au traitement anti-EGFR, en l’absence de mutations des gènes RAS et BRAF, incite à investiguer d’autres voies de signalisation. 1-Étude Génétique et histomoléculaire de la voie de signalisation Hedgehog (HH) dans le Cancer Colorectal (Nadia Ben Jemii, doctorante) Objectif : étudier l’implication de la voie de signalisation Hedgehog dans la carcinogenèse colorectale. L’étude immuno-histochimique de l’expression des protéines SMO, Gli1 et PDGFR alpha (biomarqueurs impliquées dans la voie HH dans le cancer colorectal) est en cours. 2- Etude génétique et histomoléculaire de l’implication des micro-ARNs dans l’angiogenèse des cancers colorectaux : Intérêt diagnostique, pronostique et thérapeutique (Hamza Yaïche, doctorant) Objectif : évaluer l’expression de miARNs pro-angiogéniques dans le cancer colorectal. Le travail en cours porte sur: -l’optimisation de la technique immuno-histochimique avec l’anticorps anti-VEGF -l’étude de la densité micro-vasculaire avec l’anticorps anti-CD34. -l’optimisation de la technique d’extraction des ARN à partir de tissus fixés et inclus en paraffine. 3- Etude de l’implication de l’ADN mitochondrial dans le processus d’oncogenèse colorectale. (Dr. Najla Mezghani, maître-assistante) Cette cible en premier, les biomarqueurs mitochondriaux MT-CO1, MT-ND4L et MT-ND5 qui sont les sous-unités de la chaine respiratoire impliquées dans le contrôle de la phosphorylation oxydative mitochondriale. Objectif : évaluer le rôle de ces différents biomarqueurs de l’ADN mitochondrial, dans la non réponse des patients à la thérapie ciblée chez les patients atteints de CCR. Le travail en cours porte sur: - l’optimisation de l’extraction d’ADN à partir de tissus de 60 cas de cancer colorectal fixés dans le formol et inclus dans de la paraffine. - design d’amorces et optimisation des PCR pour les couples d’amorces des trois gènes choisi dans cette étude préliminaire, à savoir le gène de la cytochrome oxydase 1, la NADH déshydrogénase 4L et la NADH déshydrogénase 5. - le séquençage direct des produits de PCR optimisés.

4- Développement d’un modèle bioinformatique prédictif pour la réponse à la thérapie ciblée anti-EGFR (Dr. Rym Ben Ammar, post doctorante – projet MOBIDOC) Objectif : Construire la base d’un modèle bio-statistique permettant de développer un modèle prédictif de la réponse au traitement anti-EGFR dans le cancer colorectal métastatique. Le travail en cours a porté sur : -l’établissement d’une database de cancers colorectaux collectés de façon rétrospective -l’analyse biostatistique des paramètres clinicopathologiques, histologiques, immunohistochimique et moleculaire -la validation du modèle biostatistique C. Forme familiale de cancer gastrique : Dans le cadre de ce projet et afin de répondre aux objectifs prédéfinis, nous avons réalisé : - la collecte de 9 nouveaux cas de cancer gastrique diffus à suspicion héréditaire au service de gastroentérologie de l’hôpital Taher Maamouri de Nabeul et nous avons réalisé - les enquêtes familiales des cas index prélevés après signature de leur consentement. Les arbres généalogiques ont été dressés pour chaque famille. - le classement des différents cas en fonction du type histologique des tumeurs et l’âge des patients - l’analyse moléculaire par séquençage de Sanger des exons 7-8,10, 11 et 12 du gène CDH1, pour les formes héréditaires (âge inférieur à 50 ans). Les résultat préliminaires de séquençage ont montré une insertion d’un nucléotide (« c ») au niveau de l’intron 12 chez deux cas; cependant ce résultat reste à confirmer. - l’analyse immuno-histochimique de l’expression de la protéine E-Cadherin (produit du gène CDH1); les données préliminaires montrant une tendance à une diminution du taux d’expression et/ou un marquage cytoplasmique dans l’adénocarcinome gastrique sont à évaluer sur un effectif plus large de patients. Programme 3: Paysage génétique de la population maghrébine et Interaction gèneenvironnement Chef de Projet: Rym Kefi L’objectif global de cet axe est de connaître la composition génétique des populations maghrébines et de déterminer les facteurs génétiques et environnementaux impliquées dans la physiopathologie du Syndrome Métabolique et du Diabète de type 2 et ses formes particulières. Ci-dessous les activités réalisées durant cette année dans le cadre des projets développés dans l’axe de recherche 3. I-Etude du paysage génétique des populations maghrébines : 1- Etude du paysage génétique de la population tunisienne Dans le but de comprendre l’histoire de la mise en place de la composition génétique de la population actuelle tunisienne, nous avons étudié la variabilité mitochondriale d’une population du Nord de la Tunisie (100 individus) que nous avons comparé à 765 séquences mitochondriales de 16 populations tunisiennes et à 4206 séquences mitochondriales en provenance de 45 populations méditerranéennes collectées de la littérature. Nos résultats ont montré une grande hétérogénéité génétique de la population tunisienne. Cette grande variabilité a été observée même entre localités très proches géographiquement. La plus grande diversité haplotypique a été mise en évidence à la capitale Tunis. Les analyses phylogénétiques ont montré que la majorité des populations tunisiennes sont plus proches génétiquement des populations nord africaines et du Proche Orient que des populations européennes. Les populations berbères de Chenini-Douiret et de Bou Saâd au Sud de la Tunisie sont très différenciées génétiquement des autres populations aussi bien tunisiennes que méditerranéennes (Kefi et al. 2015). Par ailleurs, et afin de tracer l’histoire ancestrale et les flux migratoires ayant contribué à la mise en place de la mutation W1327X, une mutation fondatrice responsable de la glycogénose de type III dans la région de Mahdia, nous avons étudié la variabilité de l’ADN mitochondrial chez 11 patients portant cette mutation. Nos résultats ont montré la présence de 6 haplogroupes mitochondriaux d’origine Eurasiatique (H, K, T1), sub-saharienne (L2a1 et L2b1) et nord africaine (M1). Ceci révèle une grande diversité du fond génétique des patients. Malgré qu’ils soient originaires de la même

région, Mahdia, et qu’ils portent la même mutation W1327X, les patients sont issus de différentes lignées maternelles (Benrhouma et al. 2015). La grande hétérogénéité génétique de la population tunisienne et son aspect en mosaïque a été également observé lors de l’étude de la distribution des fréquences haplotypiques de la pseudodéficience en Arylsulfatase A (ASA-PD) (Benhalim et al., 2015a). 2-Etude de la consanguinité et de l’endogamie dans la population tunisienne et chez deux populations du Nord Est Algérien Après avoir étudié l’évolution de la consanguinité chez la population tunisienne (BenHalim et al. 2013), nous nous sommes intéressés à l’étude de son impact sur l’occurrence des maladies génétiques de transmission autosomique récessive. Pour cela nous avons étudié la consanguinité chez 425 patients tunisiens atteints des maladies suivantes: Xérodermie Pigmentosum, l’épidermolyse bulleuse dystrophique, le Gaucher, l’anémie de Fanconi, la glycogénose de type I et l’ichtyose et que nous avons comparé à des témoins sains. Nos résultats ont montré que 341 patients (64.94%) étaient issus de mariage consanguin. Le taux de consanguinité par type de maladie varie de 51% à 75%. L’endogamie géographique était également élevée (93.92%) et varie de 75.86 à 96.64% en fonction des maladies. A l’exception de la glycogénose de type I et de l’ichtyose, la consanguinité augmentait significativement l’occurrence des autres maladies avec des facteurs de risque allant de 5 à 24 (Ben Halim et al. 2015b). Un autre volet de ce projet a porté sur l’étude des régions d’homozygotie chez une population tunisienne isolée. La population de Douiret (Sud tunisien) caractérisée par la pratique de l’endogamie ethnique représente un modèle intéressant pour étudier les régions d’homozygotie (ROH) au niveau du génome humain. Le génotypage de 15 individus de Douiret sur une puce d’ADN contenant 1,140,419 SNPs a montré la présence d’un grand nombre de blocs d’homozygotie : une moyenne de 48,2 par individu. La présence de courte (0,5–1,49 Mb), de moyenne (1,5-4,99 Mb) et de longue région (>5 Mb) d’homozygotie témoigne de l’existence de liens de parenté récents et anciens qui ont modulé le génome des individus de Douiret (Ben Halim et al. 2015c). Par ailleurs, nous nous sommes intéressés à l’étude de la consanguinité chez les populations algériennes. L’étude a été réalisée chez 80 individus de la commune d’El-kala, située à 86 km à l'Est d’Annaba et chez 112 individus de la commune de Khenchela située dans les hauts plateaux du NordEst algérien. Pour la population d’El-Kala, nos résultats ont montré un taux moyen d’endogamie élevé de 84,04%. Ce taux a significativement diminué chez la génération du couple étudié (GCE) (61,25%) comparé aux générations précédentes (génération des parents de la femme et génération des parents du mari (une moyenne de 95,44%) (Guidoum et al., 2015). Par contre, chez la commune de Kenchela le taux d’endogamie à la génération du couple étudié (97,32%) est plus élevé que les générations précédentes (91,96% et 93,75%). nous avons remarqué que chez la population de Khenchela, quand le taux d’illettrisme diminue à la GCE celui de l’endogamie augmente (Saoudi et al., 2015). II- Investigation pluridisciplinaires du Diabète de type 2 (DT2) Dans le but de rechercher l’implication des gènes CDKAL1 et IGF2BP2 dans la physiopathologie du DT2 chez la population tunisienne, nous avons réalisé une étude cas -témoins portant sur 200 patients DT2 et 208 témoins appartenant à différentes localités de la Tunisie. Des variants de type SNP rs7756992 et rs4402960 localisés respectivement au niveau des gènes CDKAL1 et IGF2BP2 ont été génotypés. Les résultats ont montré une association significative entre le variant rs4402960 du gène IGF2BP2 et le DT2 (OR = 1.86, 95% CI = 1.34–2.58, P < 10−4). Le variant rs7756992 du gène CDKAL1 possède un rôle protecteur contre la néphropathie diabétique (OR = 0.44, 95% CI = 0.27– 0.73, P = 0.001) (Lasram et al. 2015). Par ailleurs, nous avons étudié l’association des polymorphismes de l’ADN mitochondrial avec le DT2 en Tunisie. Pour cela une étude cas-témoin a été menée sur 141 individus non apparentés de la population tunisienne (64 patients atteints de DT2 et 77 témoins). L’analyse des séquences de la région HVS1 a mis en évidence la présence de 88 sites polymorphes. Les analyses statistiques ont montré une faible implication d’un seul variant mitochondrial G16390A avec le DT2. Les haplogroupes mitochondriaux n’ont pas montré d’association significative avec le DT2 chez la population tunisienne étudiée (Hsouna et al. 2015).

Communication et Recherche Responsable/Innovation Partenariat avec la société civile et action de sensibilisation En plus de la communication classique sur les activités de recherche de notre laboratoire, depuis 2012, nous avons initié des activités d’information vers le grand public en collaboration avec la Cellule de Communication de l’IPT et avec l’Association la Recherche en Action (React) http://react.org.tn basée à la Cité des Sciences de Tunis. Notre objectif étant de nous inscrire dans une démarche de recherche et innovation responsable (RRI). En Octobre 2015, en partenariat avec le projet transfrontalier Tissu Associatif et Transfert de connaissance (TATRAC http://tatrac.tn/fr/), les membres de notre Laboratoire qui sont également membres de l’Association React ont organisé des actions de sensibilisation sur le cancer du sein (Octobre Rose). Ces actions ont été organisées en collaboration la Société Tunisienne d’Immunologie, le Service d’Oncologie Médicale, l’Association de Formation et de Sensibilisation à l’Oncologie Multidisciplinaire de l’Ariana (AFSOMA) et l’Association des Malades de Cancer. Nous avons ainsi organisé une action de formation pour les cadres médicaux et para-médicaux et nous avons organisé une action de sensibilisation pour les malades et leurs familles (Familles à risque atteintes d’un cancer du sein, les jeunes femmes prédisposées au cancer du sein). Cette action vise à Sensibiliser les malades et leurs familles de l'importance de faire le dépistage du cancer du sein et de l’importance de la composante familiale de cette maladie. Une interview a été accordée par Yosr Hamdi à la revue grand public « livret de santé Tunisie » pour sensibiliser le grand public sur l’importance du dépistage du cancer du sein http://www.livretsante.com/femme/cancer-du-sein-risques/.

Des brochures en arabe et en français ont été élaborées et distribuées aux patientes et une trousse d’information sur le cancer du sein est en cours d’élaboration.

Ruban portant les messages d’espoir, d’encouragement et de remerciement écrits par les patientes.

Les chiffres clés du laboratoire en 2015

2 conférences 7 vacations ou cours rémunérés 2 participations à des commissions nationales et internationales 10 communications orales et affichées nationales et internationales 3 publications nationales et 18 publications internationales 3 projets obtenus et 1 projet en cours 7 diplômes soutenus 31 diplômes en cours 7 formations continues 3 organisations ou participations à l’organisation d’un événement Liste des publications de l’année 2015 Nationales 1. Guidoum M, Kefi R, Abdelhak S, Bouslama Z; Consanguinity and endogamy of a Northeastern Algerian population (population of El-Kala); Advances in Environmental Biology, 9(3) February 2015, Pages: 457-465 2. Saoudi S, Ben-Halim N, Kefi R, Abdelhak S , Bouslama Z; Consanguinity and Homogamous Marriages Among Chaouis, a Berber Population from Eastern Algeria; Advances in Environmental Biology, 9(3) February 2015, Pages: 403-408. 3. El Benna H, Zribi A, Laabidi S, Haddaoui A, Mlika M, Skhiri H, Afrit M, Rahal K, BoussenH; Ki67 : rôle dans le diagnostic, le pronostic et le suivi après traitement des cancers du sein;Ki-67: role in diagnosis, prognosis and follow-up after treatment of breast cancers; LA TUNISIE MEDICALE - 2015 ; Vol 93 (12). Internationales 1. Lasram K, Ben Halim N, Benrahma H, Mediene-Benchekor S, Arfa I, Hsouna S, Kefi R, Jamoussi H, Ben Ammar S, Bahri S, Abid A, Benhamamouch S, Barakat A, Abdelhak S; Contribution of CDKAL1 rs7756992 and IGF2BP2 rs4402960 polymorphisms in type 2 diabetes, diabetic complications, obesity risk and hypertension in the Tunisian population; J Diabetes. 2015 Jan;7(1):102-13. 2. El Guesmi S, Ben Nasr S, Afrit M, Labidi S, Boussen H. Exocrine Pancreatic carcinoma in Tunisia: A retrospective study about 158 cases. Tunis Med. 2015 Feb;93(2):73-5. 3. Riahi Z, Bonnet C, Zainine R, Lahbib S, Bouyacoub Y, Bechraoui R, Marrakchi J, Hardelin JP, Louha M, Largueche L, Ben Yahia S, Kheirallah M, Elmatri L, Besbes G, Abdelhak S, Petit C. Whole exome sequencing identifies mutations in Usher syndrome genes in profoundly deaf Tunisian patients; PLoS One. 2015 Mar 23;10(3):e0120584. 4. Romdhane L, Messaoud O, Bouyacoub Y, Kerkeni E, Naouali C, Cherif Ben Abdallah L, Tiar A, Charfeddine C, Monastiri K, Chabchoub I, Hachicha M, Tadmouri GO, Romeo G, Abdelhak S. Comorbidity in the Tunisian population. Clin Genet. 2015 May 22. 5. Mejri N, Boussen H, Labidi S, Benna F, Afrit M, Rahal K. Relapse profile of early breast cancer according to immunohistochemical subtypes: guidance for patient's follow up? Ther Adv Med Oncol. 2015 May;7(3):144-52. 6. Ben Chehida A, Bensmaïl T, Ben Rehouma F, Ben Abdelaziz R, Azzouz H, Boudabbous H, Slim Abdelmoula M, Abdelhak S, Kaabachi N, Ben Turkia H, Tebib N. [Renal involvement in glycogen storage disease type 1: Practical issues] ;Nephrol Ther. 2015 Jul;11(4):240-5. 7. Chaari A, Ben Nasr S, Labidi S, Afrit M, Boussen H. Metastatic non-small cell lung cancer: a tunisian retrospective study about 100 cases. Tunis Med. 2015 May;93(5):294-6. 8. Jerbi M, Ben Rekaya M, Naouali C, Jones M, Messaoud O, Tounsi H, Nagara M, Chargui M, Kefi R, Boussen H, Mokni M, Mrad R, Boubaker MS, Abdelhak S, Khaled A, Zghal M, Yacoub-

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Youssef H; Clinical, genealogical and molecular investigation of XP-C complementation group in Tunisia; Br J Dermatol. 2015 Jul 25. Ben Halim N, Hsouna S, Lasram K, Rejeb I, Walha A, Talmoudi F, Messai H, Sabrine Ben Brick A, Ouragini H, Cherif W, Nagara M, Rhouma FB, Chouchene I, Ouechtati F, Bouyacoub Y, Ben Rekaya M, Messaoud O, Ben Ammar S, El Matri L, Tebib N, Ben Dridi MF, Mokni M, Amouri A, Kefi R, Abdelhak S; Differential impact of consanguineous marriages on autosomal recessive diseases in Tunisia;Am J Hum Biol. 2015 Jul 16. Charoute H, Bakhchane A, Benrahma H, Romdhane L, Gabi K, Rouba H, Fakiri M, Abdelhak S, Lenaers G, Barakat A;Mediterranean Founder Mutation Database (MFMD): Taking Advantage from Founder Mutations in Genetics Diagnosis, Genetic Diversity and Migration History of the Mediterranean Population;Hum Mutat. 2015 Nov;36(11):E2441-53. Epub 2015 Jul 30. Hsouna S, Ben Halim N, Lasram K, Meiloud G, Arfa I, Kerkeni E, Romdhane L, Jamoussi H, Bahri S, Ben Ammar S, Abid A, Barakat A, Houmeida A, Abdelhak S, Kefi R;Study of the T16189C variant and mitochondrial lineages in Tunisian and overall Mediterranean region;Mitochondrial DNA. 2016 Mar;27(2):1558-63. Epub 2015 Sep 4. Elouej S, Nagara M, Attaoua R, Sallem OK, Rejeb I, Hsouna S, Lasram K, Halim NB, Chargui M, Jamoussi H, Turki Z, Kamoun I, Belfki-Benali H, Abid A, Slama CB, Bahri S, Triki D, Romdhane HB, Abdelhak S, Kefi R, Grigorescu F; Association of genetic variants in the FTO gene with metabolic syndrome: A case-control study in the Tunisian population;J Diabetes Complications. 2015 Nov 14. Ben Halim N, Dorboz I, Kefi R, Kharrat N, Eymard-Pierre E, Nagara M, Romdhane L, Ben Alaya-Bouafif N, Rebai A, Miladi N, Boespflug-Tanguy O, Abdelhak S; Determination of arylsulfatase A pseudodeficiency allele and haplotype frequency in the Tunisian population; Neurol Sci. 2015 Nov 14. Ben Halim N, Nagara M, Regnault B, Hsouna S, Lasram K, Kefi R, Azaiez H, Khemira L, Saidane R, Ammar SB, Besbes G, Weil D, Petit C, Abdelhak S, Romdhane L; Estimation of Recent and Ancient Inbreeding in a Small Endogamous Tunisian Community Through Genomic Runs of Homozygosity;Ann Hum Genet. 2015 Nov;79(6):402-17. French Panel by alphabetic order; North Africa Panel by alphabetic order.Guidelines, "minimal requirements" and standard of care in glioblastoma around the Mediterranean Area: A report from the AROME (Association of Radiotherapy and Oncology of the Mediterranean arEa) Neuro-Oncology working party;98:189-99. Epub 2015 Nov 7. Rhouma FB, Messai H, Hsouna S, Halim NB, Cherif W, Fadhel SB, Tiar A, Nagara M, Azzouz H, Sfar MT, Dridi MB, Tebib N, Ayadi A, Abdelhak S, Kefi R; History of settlement of villages from Central Tunisia by studying families sharing a common founder Glycogenosis type III mutation;Mitochondrial DNA. 2015 Dec 24:1-5. Kefi R, Hsouna S, Ben Halim N, Lasram K, Romdhane L, Messai H, Abdelhak S. Phylogeny and genetic structure of Tunisians and their position withinMediterranean populations. Mitochondrial DNA. 2015 Aug;26(4):593-604 Hsouna S, Ben Halim N, Lasram K, Arfa I, Jamoussi H, Bahri S, Ammar SB, Miladi N, Abid A, Abdelhak S, Kefi R. Association study of mitochondrial DNA polymorphisms with type 2 diabetes in Tunisian population. Mitochondrial DNA. 2015 Jun;26(3):367-72.

Liste des projets internationaux en 2015 -

Projet « mise en place d’un réseau Méditerranéen pour l’étude des maladies génétiques rares dans la région méditerranéenne » RARE-MED. Coordinateur: Nicolas Levy. Projet Collaboratif Interne (PCI) : Etude épidémiologique et génétique des formes atypiques du diabète en Tunisie : le MODY (PCI-MODY). Coordinateur : Rym kefi A-13-2015 P2-Tunisie: Titre du projet : The impact of micro-RNAs and inflammatory pathways on stem cell fate and the regenerative process in human inherited muscle diseases. Coordinateur: Shahragim Tajbakhsh Projets obtenus en 2015 projet international (FP7-Proposal No. 279171-1) sur « les facteurs génétiques du syndrome métabolique et ses complications chez les populations méditerranéennes» ; MEDIGENE, Rym Kefi, 2012-2016

Laboratoire de Parasitologie Médicale, Biotechnologies et Biomolécules Composition de l’équipe Nom et Prénom Bouratbine Aida Benabid Meriem Riahi Rim Chaouch Melek Ben Salah Salma Driss Imene Tarchi Sameh Ben Amor Hanéne Abdelkafi Jamila Klilib Souha Garnaoui Amel Galai yosr el Ghord Rim Ismail Rym Tabbane Lamia Mousli Mohamed ouali Emna Aoun Karim Fourati mouhamed Karim Touhami Houda Boudaouara Yosr Tayachi Imen Hamrouni Sarra Chihi amal Ben Othmen Souad Saadi Lilia Bouazizi Hana Zidi oumayma Hannachi Emna Jelassi Refka Weslati Marwa Ben rhouma khouloud Ayari chiraz

Position Professeur et Grade Equivalent Assistant et Grade Equivalent Assistant et Grade Equivalent Assistant et Grade Equivalent Maitre Assistant et Grade Equivalent Maitre Assistant et Grade Equivalent Maitre Assistant et Grade Equivalent Maitre Assistant et Grade Equivalent Maitre Assistant et Grade Equivalent Maitre de Conférence et Grade Equivalent Maitre de Conférence et Grade Equivalent Maitre de Conférence et Grade Equivalent Maitre de Conférence et Grade Equivalent Maitre de Conférence et Grade Equivalent Professeur et Grade Equivalent Professeur et Grade Equivalent Professeur et Grade Equivalent Professeur et Grade Equivalent Résident en médecine Résident en médecine Résident en medicine Doctorants

Présentation générale du laboratoire Le laboratoire de recherche « Parasitoses médicales, Biotechnologies et Biomolécules », créé en 2011, est financé par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique (LR 11-IPT-06). Il compte une équipe multidisciplinaire, dont plusieurs chercheurs associés basés dans différents centres hospitaliers du grand Tunis. La recherche du LR est organisée autour de 4 programmes de recherche principaux. Trois, parmi ces programmes s’appliquent à des parasitoses fortement endémiques ou à risque de réémergence en Tunisie (leishmanioses, toxoplasmose et paludisme). Ils s’inscrivent dans la continuité des recherches entreprises par le laboratoire durant les années 2011-2014 et concernent : i) L’évaluation, l’analyse et la gestion des risques sanitaires, ii) L’innovation diagnostique et tout particulièrement le développement d’outils issus de la Biotechnologie, iii) L’étude des processus cellulaires activés en réponse à l’infection leishmanienne et la conception et l’évaluation de biomolécules à visée vaccinale. Un 4eme programme de recherche, plus récent, vise à mieux comprendre la transmission des parasites et l’expression clinique de certaines maladies par l’étude du microbiote. Ce programme concerne : l’écologie microbienne et la susceptibilité génétique aux infections

1/Evaluation, analyse et gestion des risques sanitaires : Etude éco-épidémiologique des leishmanioses : Identification moléculaire des espèces du genre Sergentomyia et détection de l’infection leishmanienne : Ces dernières années, il y a eu un intérêt croissant pour les espèces du genre Sergentomyia. Leur rôle dans la propagation de la leishmaniose chez les mammifères apparaît à plusieurs reprises dans la littérature et la possibilité de leur implication dans la transmission Leishmanienne à l'homme reste controversé. Sergentomyia (Sintonius) clydei est l'une des espèces cryptiques partageant des critères morphologiques communs avec d'autres espèces du sous genre Sintonius. Cette espèce est peu connue en Tunisie. De plus, Sergentomyia clydei et Sergentomyia christophersi sont connu pour partager plusieurs caractères morphologiques et peuvent être confondus. Quatre spécimens de S. clydei collectés dans les régions de Sidi Bouzid et Kairouan (centre de la Tunisie) ont été identifiés l'aide outils morphologiques et confirmés par l’analyse moléculaire du gène du cytochrome b. De façon inattendue, nous avons également démontré par PCR en temps réel ciblant l’ADN kinetoplastique la présence de l’ADN leishmanien chez l’une des femelles. L’espèce leishmanienne a été identifié par PCR RFLP ciblant le gène ITS1 comme étant Leishmania major (Ayari C, Ben Othman S, Chemkhi J, Tabbabi A, Fisa R, Ben Salah A, BenAbderrazak. First detection of Leishmania major DNA in Sergentomyia clydei from an outbreak area of cutaneous leishmaniasis in Tunisia. Infect Genet Evol. 2016 Apr; 39:241-8) . 2/ Innovation diagnostique et développement d’outils issus de la Biotechnologie Développement de techniques d’immuno-analyse pour l’étude des infections à Leishmania sp. et Toxoplasma gondii : Mise au point d’un test de libération de l’INF-γ pour le diagnostic de l’infection par Toxoplasma gondii : L’interféron-γ (INF-γ) est une cytokine qui intervient lors de la réponse cellulaire type Th1 au cours de l’infection par Toxoplasma gondii et par suite sa mesure permet d’évaluer l’exposition au parasite. L’objectif de notre travail est la mise au point d’un test de libération de l’IFN-γ au cours de l’infection toxoplasmique. C’est une étude portant sur 40 femmes enceintes suivies au Laboratoire de Parasitologie-Mycologie de l’Institut Pasteur de Tunis dans le cadre de dépistage systématique de la toxoplasmose pendant la grossesse depuis le mois d’Avril au mois de juin 2014. Chaque parturiente a bénéficié d’un prélèvement sanguin sur un tube hépariné. La recherche des Immunoglobuline (Ig) G et M a été effectuée par la méthode de référence ELISA qui a permis de classer ces parturientes en 3 groupes : le groupe 1 (sérologie négative), le groupe 2 (toxoplasmose ancienne) et le groupe 3 (toxoplasmose récente). Les cellules du sang périphérique ont été stimulées par différentes concentrations (3, 6, 9 et 12 µg/ml) de l’antigène toxoplasmique déjà préparé. Après l’incubation à l’étuve à CO2 pendant 24 heures à 37°C, les tubes ont été centrifugés pour récupérer les surnageants qui ont été stockés à -20°C pour le dosage de l’IFN-γ qui a été effectué en utilisant un kit commercialisé « Human IFN-γ ELISA Set, BD Opt EIATM ». Dans notre étude, 25 échantillons ont été validés, soit 62,5 % et 37,5 % ont été invalides. Les deux concentrations 9 et 12 µg/ml ont été retenues comme meilleure concentration pour la stimulation du sang. En étudiant les groupes 1 et 2, la spécificité du test était de 100 % et la sensibilité de 20 %. Pour l’étude des deux groupes 1 et 3, la sensibilité était de 100 % et la spécificité de 100 %. Conclusion : Ce test a une valeur significative (p= 0,0014 < 0,05) et un intérêt majeur dans la confirmation d’une sérologie toxoplasmique négative mais également d’une infection toxoplasmique récente par la mise en évidence d’une synthèse de l’IFN-γ. (Mastère de Recherche Microbiologie Soutenu en Février par Melle Weslati Marwa, Directeur : R. Ben abdallah) Marqueurs sérologiques de l’infection leishmanienne et auto-immunité : L’objectif est d’évaluer la spécificité des tests ELISA couramment employés dans le diagnostic de la LV chez des patients atteints de maladies autoimmunes et des sujets sains. Le parasite Leishmania infantum est un parasite opportuniste et peut donner une infection asymptomatique chez l’homme. La LV se caractérise par une augmentation des gammaglobulines et la présence d’autoanticorps antinucléaires (AAN). Ces facteurs biologiques peuvent être assimilés à ceux d’une maladie systémique nommément le lupus érythémateux disséminé (LED). Nous avons recherché les anticorps spécifiques antiantigènes du parasite L. infantum : antigènes solubles (SLA), rK39, extrait total d’histones(CLH), antigènes recombinants histones (rH2A, rH2B et rH4). Nos résultats montrent que parmi les sérums AAN+ (n=80) : 32 sont anti-SLA+, 15 sont anti-rK39+ et 29 sont anti-CLH+. De plus, parmi les sérums AAN+/CLH+ (n=29), 9 sont anti-rH2A+, 4 sont anti-rH2B+ et 4 sont anti-rH4+. Il existe une corrélation positive et significative entre les absorbance de l’ELISA IgG anti-rK39 et l’ELISA IgG anti-

CLH (r=0.239 et P=0.032). Ainsi, certaines précautions devraient être prises lors de l’interprétation des résultats du sérodiagnostic de la LV chez le sujet adulte présentant des AAN positifs (Lakhal S, Benabid M, Sghaier IB, Bettaieb J, Bouratbine A, Galai Y. The sera from adult patients with suggestive signs of autoimmune diseases present antinuclear autoantibodies that cross-react with Leishmania infantum conserved proteins: crude Leishmania histone and soluble Leishmania antigens. Immunol Res. 2015;62(1):125). Usage de la biotechnologie des protéines pour le développement d'outils innovants destinés au diagnostic de la toxoplasmose Ingénierie de Fragments Variables d'Anticorps à visée Thérapeutique et Immunodiagnostique du parasite Toxoplasma gondii : Les anticorps sont des molécules qui jouent un rôle central dans les domaines du diagnostic et de la thérapie avec aujourd’hui plus d'une trentaine d’anticorps monoclonaux utilisés chez l’Homme et plusieurs centaines en cours de validation. Naturels, recombinants, chimériques, humanisés, modifiés, sous la forme de fragments, couplés chimiquement ou fusionnés génétiquement, les formats d’anticorps qu’il est aujourd’hui possible de générer sont multiples [1]. Ainsi, il est possible d’adapter le format des anticorps à leur utilisation, de développer de nouveaux dosages ou traitements thérapeutiques, d’améliorer les performances d’anticorps préexistants, de les adapter à un usage chez l’homme, d’explorer de nouvelles voies en diagnostic médicale et en immunothérapie active ou passive (Turki I., Hammami A., Kharmachi H. and Mousli M. (2014). Engineering of a recombinant trivalent single-chain variable fragment antibody directed against rabies virus glycoprotein G with improved neutralizing potency. Molecular Immunology. 57(2): 66–73). Les fragments variables d’anticorps simple-chaîne (scFv) sont de petites molécules chimériques constituées de l’association covalente des domaines variables VH et VL d’une immunoglobuline, via un peptide de liaison artificiel, qui conservent la capacité de l’anticorps parent à reconnaître un antigène spécifique. L’absence de domaines constants contribue à réduire l’immunogénicité de la molécule, et sa petite taille limite les phénomènes d’encombrement stérique. Ces propriétés font des scFv de nouvelles molécules potentiellement très intéressantes dans de nombreux domaines applications thérapeutiques et immunodiagnostiques. D'autre part ayant accès direct aux gènes, la manipulation génétique des scFv permet d’améliorer leur sensibilité, leur spécificité de reconnaissance antigénique et voire même la conception de nouvelles molécules chimériques d'immunoconjugués recombinants (Turki I., Mousli M. (2011). Construction and Production in Pichia Pastoris Fluorescent Single-Chain Antibody Fragments for Rapid Diagnosis of Rabies Virus. ISESCO Science and Technology Vision. Vol.7 – Num.11; 2-10; Mousli M., Turki I., Kharmachi H., Dellagi K. (2008). Genetically Engineered Colorimetric Single-Chain Antibody Fusion Protein for Rapid Diagnosis of Rabies Virus. Dev Biol. (Basel); 131: 473-481). Dans ce contexte, nous avons construit génétiquement et produit dans un système hétérologue bactérien un fragment variable d’anticorps recombinant, scFvSG15, dirigé contre l’antigène de surface majeur SAG1 du parasite T. gondii (Hannachi Emna (2015) Mastère de Biochimie soutenu, Faculté des Sciences de Tunis, Université de Tunis-El Manar. Titre : Optimisation de la production et caractérisation fonctionnelle d’un fragment variable d’anticorps recombinant scFvSG15 dirigé contre l’antigène de surface majeur SAG1 du parasite Toxoplasma gondii), issue de l'hybridome murin 4F11E12. L'anticorps monoclonal 4F11E12 possède une haute affinité pour l’antigène SAG1 de d'ordre du nanomolaire. Après optimisation de la production et analyse de l’activité du scFv50SG15 vis-à-vis de son antigène SAG1 (2iémesJournées Franco-Maghrébines de Parasitologie-Mycologie, les 28-30 Octobre 2015 à Tunis. Hannachi E. & Mousli M. Titre: Production et caractérisation fonctionnelle d’un fragment variable d’anticorps recombinant scFvSG15 dirigé contre l’antigène de surface majeur SAG1 du parasite Toxoplasma gondii), nous allons chercher à démontrer son potentiel intérêt biotechnologique pour des applications thérapeutiques et immunodiagnostiques du parasite Toxoplasma gondii. 3/ Conception et évaluation de biomolécules à visée vaccinale et étude des processus cellulaires activés en réponse à l’infection leishmanienne Interaction, in vitro, entre protéines secrétées/excretées de Leishmania et cellules dendritiques humaines : Certaines molécules ES sont des médiateurs clés des interactions hôte-parasite. Nous avons analysé l’effet de 4 protéines secrétées excrétées de Leishmania (LiEF-1α, LiAAA-ATPase, LiP15 et LiP23) sur la différentiation, la maturation et la production de cytokines (IL12p70, TNFa et IL10) par des cellules dendritiques humaines générées in vitro et par des monocytes humains. Nous avons montré que ces protéines étaient impliquées dans l’altération de la différentiation des CDs

humaines, ce qui nous amène à suggérer qu’elles pourraient aussi être impliquées dans la génération d’une réponse immune moins efficace contre le parasite. Nous avons aussi montré que la présence de ces protéines, lors de la maturation des CDs, pourrait être associée à l’activation de ces cellules, contribuant ainsi à l’établissement de la résistance contre le parasite. Markikou-Ouni W, Drini S, BahiJaber N, Chenik M, Meddeb-Garnaoui A. Immunomodulatory Effects of Four Leishmania infantum Potentially Excreted/Secreted Proteins on Human Dendritic Cells Differentiation and Maturation.PLoS One. 2015 Nov 18;10(11):e0143063. Thèse en Sciences Biologiques soutenue le 8 mars 2016, à la Faculté des Sciences de Tunis. Identification de biomarqueurs associés à l’évolution de la leishmaniose cutanée due à L. major : Les corrélats de protection contre l’infection par Leishmania chez l’homme ne sont pas encore clairement définis. Nous avons tenté d’identifer des biomarqueurs associés à l’évolution de la maladie, en analysant la production de 17 cytokines et chémokines après stimulation par le parasite vivant, chez des individus vivant en zone d’endémie pour l’infection par L. major (guéris, asymptomatiques, naifs). La technologie LUMINEX, a été utilisée. IFN-g, IL-2, IL-13, IL-18 et IL-12p70, ont été observés seulement chez les individus immuns. MIP-1α, IL-1β, M-CSF, IL-10, IL-17A, TNF-α, IL-5 et GM-CSF ont été détectées dans les 3 groupes. IL-17A, TNF-α et IL-5 ont été observés à des taux plus élevés chez les immuns par rapport aux naïfs. Le GM-CSF a été observé à des taux plus élevés chez les guéris. Kammoun-Rebai W, Naouar I, Libri V, Albert M, Louzir H, Meddeb-Garnaoui A, Duffy D. Protein biomarkers discriminate Leishmania major-infected and non-infected individuals in areas endemic for cutaneous leishmaniasis. BMC Infect Dis. 2016 Mar 24;16(1):138. Thèse W. Kammoun: dépôt à la Faculté des Sciences de Tunis en janvier 2016. Caractérisation immunologique et fonctionnelle des protéines LmRAB et PSA de Leishmania : Dans le but d’identifier des protéines pouvant constituer des candidats vaccins, nous avons évalué le potentiel de la protéine LmlRab GTPase (Chenik et al 2006) à induire une protection dans le modèle murin de la leishmaniose expérimentale. Une protection significative a été induite. Nous avons aussi analysé l’immunogénicité in vitro, de la protéine rLmlRab et rLmlRabC (partie divergente carboxyl terminal) dans des PBMC d’individus immuns à l’infection par L. major ou L. infantum. Nous avons montré que ces 2 protéines induisaient des profils de réponse T à dominance Th1, suggèrant que ces protéines pourraient être associées au développement d’une immunité protectrice.(Thèse R. Chamakh: dépôt à la Faculté des Sciences de Tunis en Février 2016. Article en cours de finalisation). Importance des différents processus cellulaires activés en réponse à l’infection par Leishmania et des facteurs de transcription et voies de signalisation impliqués dans leurs régulations : Nos activités de recherches visent une meilleure compréhension des étapes précoces de l’infection par le parasite Leishmania et des éléments cellulaires et moléculaires qui combattent ou concourent à son développement. Nous avons dans le but d’avoir une image dynamique de la réponse initiale du macrophage infecté par le parasite Leishmania, généré des données transcriptomiques concernant la réponse de macrophages dérivés de moelles osseuses de souris (BMdM) infecté pendant différents temps. Nos données ont notamment montré l’activation par le parasite de la voie des lipides avec l’accumulation de cholesterol et de triglycerides. Cholesterol et triglycerides entrent dans la composition des lipides droplets (LD) dont la formation a été validée au niveau biologique par des expériences de microscopie confocale (PLoS Negl Trop Dis. 2012 Aug;6(8):e1763. Epub 2012 Aug 21).Différents pathogènes ont été décrit comme capable d’induire la formation de LDs et leur recrutement au niveau des vacuoles. Ainsi, au niveau des macrophages infectés par T. cruzi, on a clairement une association entre les LDs et les phagosomes. Cette accumulation de LDs a été également décrite au niveau des phagosomes de cellules de schwann et des macrophages infectées par M. leprae ou encore par Chlamydia (Rank, 2011). Nous avons donc voulu déterminer l’importance du métabolisme des lipides pour le parasite, tout particulièrement l’origine parasitaire ou cellulaire des lipides droplets (LD) mis en évidence au niveau des macrophages dérivés de moelles osseuses de souris (BMdM) infectés ainsi que leur utilisation potentielle comme source d’énergie par le parasite. Clairement nos résultats confirment l’origine cellulaire des LDs formées au niveau des cellules en réponse à l’infection par le parasite Leishmania. En effet, aux données transcriptomiques s’ajoute l’observation de la formation de LDs au niveau des cellules non infectées mais incubées avec les surnageants de cellules infectées. Nos résultats montrent également le recrutement des LDs au niveau des phagolysosomes à proximité des parasites suggérant que Leishmania comme d’autres pathogènes pourraient utiliser les lipides cellulaires comme source d’énergie pour favoriser leur prolifération. Outre leur rôle anti-inflammatoire, les lipides pourraient contribuer au contrôle de la

maladie en induisant la rétention de nutriments tels que le cholesterol. En effet, des taux circulant élevés de cholesterol pourraient bénéficier au développement de Leishmania alors qu’une hypercholesterolémie augmenterait la mortalité des souris infectées par M. tuberculosis. Sameh Rabhi, Imen Rabhi, Bernadette Trentin, David Piquemal, Béatrice Regnault, Sophie Goyard, Thierry Lang, Albert Descoteaux, Jost Enninga, Lamia Guizani-Tabbane. Lipid droplet formation, their localization and dynamics during L. major macrophage infection. PLoS One. 2016 Feb 12;11(2):e0148640. 4/ Ecologie microbienne et la susceptibilité génétique aux infections: Protozooses Digestives en Tunisie : Epidémiologie Moléculaire et Impact sur le Microbiote Intestinal Humain Epidémiologie moléculaire de Blastocystis : Blastocystis sp. est un eucaryote unicellulaire fréquent de l’intestin de l’homme et de nombreux animaux et connu pour sa diversité génétique importante comprenant de nombreux sous-types (ST). La distribution des ces différents ST demeure inconnue dans plusieurs communautés et pays. Dans ce travail, on s’est proposé d’estimer la prévalence de Blastocystis et ses sous-types chez des individus tunisiens sains, travaillant en tant que manipulateurs de denrées alimentaires dans la région de Tunis. Au total de 524 selles ont été examinées à la recherche de Blastocystis par microscopie des frottis fécaux et /ou par PCR en temps réel (quantitative) (qPCR). Tous les échantillons positifs pour Blastocystis ont été sous-typés par séquençage partiel de la petite sous-unité du gène de l’ADN ribosomal des produits d’amplification. La prévalence de Blastocystis était de 13% (68/524). Vingt-deux parmi 100 échantillons microscopiquement négatifs ont été positifs en qPCR(22%) dont 17 confirmés par séquençage. Le séquençage abouti de 74 isolats a révélé 4 ST en Tunisie : ST3, 54% (40/74); ST1, 28.3% (21/74), ST2, 16.2% (12/74) and ST7 (1/74). Ces données ont étét comparées avec celles disponibles dans la région méditerranéenne et dans les pays de voisinage en Afrique du Nord. Il s’agit de la 1ère étude du genre en Tunisie. Globalement, il semble que l’infection par Blastocystis n’est pas associée à des ST spécifiques même si certains ST sont prédominants à savoir le ST3, ST1 et ST2. (Ben Abda I, Maatoug N, Ben Romdhane R, Bouhelmi N, Zallegua N, Aoun K, Viscogliosi E and Bouratbine A. Prevalence and subtype identification of Blastocystis in healthy individuals in Tunis area, Tunisia, North Africa. Article soumis) Pathologies digestives multifactorielles : Microbiote intestinal, composante immunogénétique et interactions gènes-environnement microbien RCH susceptibilité génétique et microorganismes associés : La RCH ou colite ulcéreuse est une MICI qui affecte le colon et le rectum. L’implication des agents infectieux (virus, bactérie, parasite) dans le développement de la maladie est actuellement fortement suspectée. Un lien entre la RCH et certaines régions chromosomiques a bien été rapporté mais aucun gène de susceptibilité n’a pour le moment été clairement identifié. L’objectif initial de notre travail est d’étudier la composante génétique et en particulier les gènes USP40, APEH et USP03. Nous avons donc mis au point une technique de qPCR-HRM comme moyen de génotypage pour tenter d’établir une corrélation entre les allèles des trois SNPs étudiés (rs2131109, rs17765311, rs12472244) et la survenu de la rectocolite hémorragique. Mastère : Hamza Ben Salah soutenu le 31 janvier 2015 ; Intitulée : Développement d’une méthode rapide de courbe de fusion haute résolution (HRM) pour l’analyse de l’association des gènes du système ubiquitine-protéasome, à la maladie de rectocolite hémorragique en Tunisie. Encadré par H. Chelbi. Ben Salah H, Ben Mrad I ,AMMI R, Zarrouk S ,Zidi I ,Iness BS, Bouratbine A, Chelbi H .” Development of a rapid method: high-resolution melting curve (HRM) to analyze the association of the ubiquitin-proteasome system genes (USP40, APEH and USP03) in ulcerative colitis disease in Tunisia “ The 3rd International Congress on Controversies in Rheumatology & Autoimmunity (CORA 2015) ,Sorrento, Italy, du 12 au 14 Mars , 2015. Les chiffres clés du laboratoire en 2015

12 publications internationales 2 demandes de brevet ou contrat de valorisation 3 projets en cours et 4 projets obtenus 73

8 diplômes soutenus 15 diplômes en cours 2 organisations ou participations à l’organisation d’un événement Liste des publications de l’année 2015 Internationales 1. Markikou-Ouni W, Drini S, Bahi-Jaber N, Chenik M, Meddeb-Garnaoui A. Immunomodulatory Effects of Four Leishmania infantum Potentially Excreted/Secreted Proteins on Human Dendritic Cells Differentiation and Maturation. PLoS One. 2015 Nov 18;10(11):e0143063. 2. Siala E, Gamara D, Kallel K, Daaboub J, Zouiten F, Houzé S, Bouratbine A, Aoun K. Airport malaria: report of four cases in Tunisia. Malar J. 2015, 28, 14(1):42: 1-4. 3. Tabbabi A, Boussès P, Rhim A, Brengues C, Daaboub J, Ben-Alaya-Bouafif N, Fontenille D, Bouratbine A, Simard F, Aoun K. Larval Habitats Characterization and Species Composition of Anopheles Mosquitoes in Tunisia, with Particular Attention to Anopheles maculipennis Complex. Am J Trop Med Hyg. 2015, 92, 653-659. 4. Sami lakhal, Meriem ben abid, Ines ben sghaier, Aida Bouratbine, Yosr Galaî. The sera from adult patients with suggestive signs of autoimmune diseases present antinuclear autoantibodies that cross react with leishmania infantum conserved proteins:crude leishmania histone and soluble leishmania antigéne..Immunol Res (2015) 61:154-159 5. Moez Mhadhbi1,3,Melek Chaouch2,Kaouthar Ajroud2,Mohamed Aziz Darghouth1,Souha BenAbderrazak2.Sequence Polymorphism of Cytochrome b Gene in Theileria annulata Tunisian Isolates and Its Association with Buparvaquone Treatment Failure.PLoSOne.June10, 2015; 10(6): e0129678 6. Aoun K, Laamrani El Idrissi A, Harrat Z, Marty P. Réunion «Leishmaniose viscérale au Maghreb», 2-4 avril 2015 à Tunis. Recommandations. Bull Soc Pathol Exot. 2015, 108, 229230 7. Aissi W, Ben Hellel K, Habboul Z, Ben Sghaier I, Harrat Z, Bouratbine A, Aoun K. Epidemiological, clinical and biological features of infantile visceral leishmaniasis at Kairouan hospital (Tunisia): about 240 cases. Bull Soc Pathol Exot. 2015, 108, 265-71. 8. Hammami-Ghorbel H, Ben Abda I, Badri T, Chelbi H, Fenniche S, Mokhtar I, Bouratbine A, Benmously-Mlika R and Aoun K. Mucosal leishmaniasis of the lip: an emerging clinical form in Tunisia. J Eur Acad Dermatol Venereol. 2015 Jun; 29(6):1212-5. 9. Aoun K, Ghaffari H, Tabbabi A, Ben Alaya N, Ben Sghaier I, Bousslimi N, Chelbi H, Ben Abid M, Harrat Z, Raouane M, Bouratbine A. Investigation and analysis of an outbreak of cutaneous leishmaniasis in Ksar Ouled Dabbab, Tataouine (Tunisia), 2012-2013. Med Sante Trop. 2015, 25, 408-13. 10. Siala E, Gastli M, Essid R, Jemal S, Ben Abdallah R, Ben Abda I, Aoun K, Bouratbine A. Late relapse of imported Plasmodium ovale malaria: a case report. Tun Med. 2015 Jun; 93(6):34750. 11. Siala E, Toumi I, Béttaieb J, Boulehmi N, Zallega N, Aoun K, Bouratbine A. Evolution of the prevalence of intestinal parasitosis in the region of tunis from 1996 at 2012. Tunis Med. 2015 Nov;93(11):687-91. 12. Chahed MK, Bellali H, Ben Alaya N, Aoun K, Zouari B. High risk areas for echinococcosishydatidosis in Tunisia. Tunis Med 2015, 93(1), 33-37. Liste des projets internationaux en 2015 Liste des projets obtenus en 2015 Projet de Recherche Fédérée 2015-2018 Centre d’Investigation Clinique : Hôpital Habib Thameur « Microbiote de l’organisme humain et Santé » Coordinateur : Dr Aïda Bouratbine 2/ Programme Collaboratif interne (PCI) Titre du projet : Etude des facteurs de risques microbiologiques et génétiques associés à la Rectocolite Hémorragique (RCH) en Tunisie. Coordinateur: Dr. Hanen CHELBI Ben AMOR

3/ Projet intitulé: "Development and evaluation of a Loop Mediated Isothermal Amplification method for the diagnosis of Old world Leishmania in Tunisia". EMRO/TDR Small Grants Scheme for Operational Research in communicable Diseases, (2015 – 2016), Coordinateur: Dr Souha Ben Abderrazek Liste des projets en cours en 2015 1/ Projet ACIP A-02-2014 (Actions Concertées Inter-Pasteuriennes) « Bionomics, receptivity to Plasmodium falciparum and susceptibility to insecticides of Anopheles sergentii in the Maghreb » en partenariat avec les Instituts Pasteurs de Paris, Alger et Casablanca. Coordinateur : Dr Karim Aoun 2/ Projet financé par le reseau international des Instituts Pasteur : « LeiSHield : A new collaborative action to determineprevalence, anticipateemergence and assess urbanisation of cutaneous and visceral leishmaniasis in LeishRIIP partener countries » Coordinateur : Dr Aïda Bouratbine 3/ VACLEISH (JEAI-AIRD. 2013-2015) : « Conception de vaccin peptidique anti-leishmanioses et développement de nouvelles technologies de biologie cellulaire pour cribler ex vivo leur efficacité à induire une protection chez l’homme », Coordinateur : Dr Amel Garnaoui 4/EUROLEISH-NET (programme HORIZON 2020, 2015-2018) : « Control of leishmaniasis, from bench to bedside and community». Coordinateur : Dr Amel Garnaoui

Laboratoire d’Hématologie Moléculaire et Cellulaire Composition de l’équipe Personnel permanent Nom et Prénom Salem Abbes Mohamed Béjaoui Samia Menif Ines Safra Fethi Mellouli Saida Aroua Imen Moumni Houyem Ouragini Monia Ben Khaled Monia Ouderni Leila Chaouch Sonia Nouira Manel Barouni Dorra Chaouachi Imen Darragi Mbarka Barmat Mouheb Teber Douzi Kais Ikbel Ben Mansour Emna Mahfoudhi Miniar Kalai Mouna Jaouani Mouna Ben Sassi Hanène Gharbi Ismail Soltani Islam Ben Hassine Ichraf Rezgui Amal Mechaal Manel Barouni Rim Lassoued Faten Haddad Nawel Trabelsi

Position Professeurs Maitres de conférences

Maitres assistants

Assistants HU Assistants U

Techniciens

Doctorants

Présentation du laboratoire Depuis la création du laboratoire d’hématologie Moléculaire et cellulaire à l’Institut Pasteur de Tunis notre intérêt s’est porté sur les aspects physiopathologiques et moléculaire de deux pathologies hématologiques : les anomalies héréditaires du globule rouge et les hémopathies. Le premier aspect consiste à déterminer les anomalies génétiques à la base des anomalies du globule rouge (hémoglobinopathies, enzymopathies et membranopathies) et chercher les corrélations phénotypes génotypes entre certaines mutations et la gravité de la maladie. Le deuxième aspect consiste à étudier les hémopathies malignes dans un contexte de diagnostic spécialisé dominé par la caractérisation par biologie moléculaire et immuno-phénotypage des hémopathies malignes. PROGRAMMES DE RECHERCHE PROGRAMME I : ANOMALIES HEREDITAIRES DU GLOBULE ROUGE Les hémoglobinopathies Plusieurs travaux sur l’épidémiologie et le dépistage des anomalies du globule rouge dans diverses populations continuent à paraître. Il s’agit en particulier de screening néonatal (Rolla et al., 2014 ;

Bartolucci P. et al.,2014), de description de spectres mutationnels (Pasalar et al., 2014 ; Farra et al., 2015), de données haplotypiques, de la caractérisation de cas d’hémoglobinopthies complexes et originaux ou de nouvelles méthodes de diagnostic. Dans la plupart des cas l’ensemble de ces éléments révèlent une spécificité de populations, décrit de nouvelles mutations et offre les informations nécessaires pour une prise en charge précoce et la possibilité d’instaurer des programmes de prévention et de thérapie adaptables selon les caractéristiques socioculturelles propres à chaque population. Les premiers travaux d’épidémiologies sur les hémoglobinopathies sont rapportés au début des années 80 (Fattoum, & Abbes, 1985) et ceux sur la G6PD en 89 (Blibech et al, 1989) et 2010 (Guellouz et al., 1987) les données moléculaires ont commencé à apparaitre en 1991 sur les haplotypes drépanocytaires (Abbes et al., 1991) et depuis peu de données ont été rapportées sur la population tunisienne. Il fallait attendre les années 2000 pour voir les premiers résultats d’investigations moléculaires sur les les α-thalassémies (Zorai et al., 2002), les βthalassémies (Chouk et al., 2004) Depuis 2005, notre groupe a continué à s’intéresser à l’épidémiologie moléculaire en relation avec les anomalies de l’hémoglobine, de la G6PD et de la pyruvate kinase en même temps que le développement de recherche de corrélation phénotype/ génotype dans ces pathologies. PROJET 1 : EPIDEMIOLOGIE MOLECULAIRE Thalassémies et variants rares de l’Hb Nous avons observé le spectre mutationnel β-thalassémique le plus large du bassin méditerranéen avec 28 mutations différentes réparties sur le gène β lui même, dans son promoteur et dans la région poly A de nouvelles mutations sont également décrites (Douzi et al., 2015). Le spectre des αthalassémies au contraire, reste réduit à cinq défauts moléculaires différents déjà décrits par Zorai et al en 2002. Des variants rares de l’hémoglobine sont également décrits donnant un argument supplémentaire sur la variabilité génétique de la population tunisienne. (Zorai A et al., 2015). Drépanocytose Haplotypage Pour cette pathologie, l’étude a été orientée au début sur les haplotypes de restriction et les haplotypes micro satellitaires pour une fin anthropologique et de génétique des populations. La encore, les résultats montrent une grande hétérogénéité avec plusieurs haplotypes différents dont certains semblent être spécifiques aux chromosomes drépanocytaires tunisiens (Ben Mustapha et al., 2012 ; Moumni et al., 2014). En effet, l’identification des haplotypes de restriction révèle une hétérogénéité moléculaire avec prédominance de l’haplotype béninois (B). D’autres Haplotypes atypiques (A, A1, A2 et B1) sont trouvés associés à l’allèle βS, qui semblent être spécifiques au chromosome drépanocytaire Tunisien. Cela suggère l’implantation d’un Haplotype ancestral pouvant être à l’origine des différences au sein du chromosome porteur de la mutation S. Ce travail a fait l’objet d’une publication dans American Journal of Human Biology 2011 L’exploration des Haplotypes de séquence montrent aussi une grande hétérogénéité microsatellitaire dans la région HS2-LCR, Gγ et Aγ et 5’ du gène β-globine, dont certaines configurations microsatellitaires sont prédominantes telles que les configurations (AT)9T4 et (AT)8N12GT(AT)7, et d’autres sont trouvées pour la première fois, (TC)1(TG)9(AG)(TG)2(CG)2 dans Gγ et (TC)2(TG)9(CG)2CACG(TG)7 dans Aγ. Ce qui indique que l’Haplotype de séquence ne peut pas être informatif et spécifique au chromosome drépanocytaire S et il serait difficile d’en tenir compte dans notre population qui semble être représentée par un motif majeur. Ces résultats ont fait l’objet d’une publication dans Dis Markers 2014 et Hemoglobin 2012. PROJET 2 : CORRELATION PHENOTYPE/GENOTYPE Cas de la drépanocytose La drépanocytose est caractérisée par plusieurs aspects cliniques (hématologique, vasculaire, osseux, métabolique, hormonal, nerveux, psychologique etc.…) Chaque catégorie présente une variabilité phénotypique individuelle de telle manière qu’il devient difficile, voire impossible de donner un schéma général qui puisse s’appliquer à tous les cas. Ce phénotype clinique ne résulte pas de la simple mutation ponctuelle ou de son environnement mais d’autres facteurs génétiques qui seraient responsables de cette variabilité. Ces facteurs peuvent être en cis ou en trans du gène β-globine. Les résultats de l’exploration des facteurs en cis mettent en évidence, d’une part, le rôle de la région HS2

β-LCR dans la variation de l’expression d’HbF chez les drépanocytaires homozygotes, d’autre part, l’implication de la région 5’ du gène β-globine dans la variabilité de la gravité de la maladie. Ce travail a fait l’objet d’une publication dans Indian Journal of Hematology Blood Transfusion 2015. Concernant les facteurs en trans, le premier travail a concerné les facteurs de risque pour le développement de lithiase biliaire pigmentaire (LB) qui est une complication fréquente chez les drépanocytaires. Le polymorphisme A(TA)nTAA du gène UGT1A1 est impliqué directement avec l’hyperbilirubinémié et par conséquent la formation de LB. Nos résultats concordent avec la littérature qui confirment l’implication des allèles TA7 et TA8 comme facteurs aggravant de cette complication (Chaar et al., 2005; Driss et al., 2009; Krawczyk et al., 2011; Chaouch et al., 2013 et 2014). Le même résultat a été observé pour le rs4149000 du gène SLCO1A2 (Chaouch et al., 2014) et qui concorde avec Buch et al (2010). Par ailleurs rs4149056 du gène SLCO1B1 n’a pas montré d’association statistiquement significative (Chaouch et al., 2014). Ce résultat concorde avec Johnson AD et al 2009. D’autres travaux étaient orientés vers la compréhension des gènes incriminés dans les processus impliqués dans le contexte pro inflammatoire. Nos résultats ont montré que 403G/A, -28C/G, IN1.1T/C (RANTES) et -46T/C (DARC) ne sont pas associés avec les crises vaso occlusives (CVO) (Kalai M et al 2013). Ce résultat est différent de celui rapporté par Dossou-Yovo OP et al 2009. On a décrit une nouvelle association entre le variant G du 2518A/G (CCL2) et les CVO d’une part et des AVC d’une autre part. Ce variant semble être protecteur contre la vasoocclusion. Pour le variant A (mutant de CCR2 V64I) notre résultat a révélé qu’il est aggravant pour les CVO et les AVC (Chaouch et al., 2014) alors que Hoppe et al, (2004) n’ont pas rapporté d’association. Concernant l’ostéonécrose, l’exploration du gène BMP6 a révélé que A du rs 267196 et G du rs267201 sont des facteurs aggravant pour cette complication. Ce résultat est similaire à celui rapporté par Baldwin et al, 2005. La susceptibilité accrue des drépanocytaires aux infections a conduit les chercheurs à investiguer plusieurs gènes impliqués dans la réponse immunitaire. Nous avons exploré certains polymorphismes fonctionnels touchant deux gènes IGF1R et TGFBR3 impliqués dans la réponse des lymphocytes T et des lymphocytes B aux bactéries. Nos résultats ont montré que T du rs1319868 et G du rs1567811 sont protecteurs contrairement à Adewoye et al qui ont rapporté dans une étude faite en 2006 que ces variants sont des facteurs de risque pour l’infection. Pour le rs2765888 (TGFBR3), aucune association statistique n’a été trouvée dans notre étude contrairement à celle de Adewoye et al 2006 qui a montré qu’il est protecteur contre l’infection. Depuis, les avancés technologiques récentes impliquant la génomique, la protéiomique et la bioinformatique ont mis en évidence de nos jours, un ensemble de SNP (single nucleotide polymorphism), de QTL (quantitative trait locus) et de gènes impliqués dans la modulation de l’expression de l’HbF tels que rs 11886868, rs4671393 (BCL11A), rs9399137 et rs4895441 (HMIP). Nos résultats sont concordant avec la littérature, T du rs11886868 et G du rs4671393 sont associés aves la diminution du taux de l’HbF Uda et al. (2008) ; Lettre et al. (2008) ; Galarneau et al. (2010) ; Chaouch et al (2015). Par ailleurs, on n’a pas trouvé d’associations statistiquement significatives avec le rs9399137 et le rs4895441 (HMIP). Ce résultat est différent de ceux rapportés par Wahlberg K et al 2009 et Farrell JJ et al 2011. En conclusion, nos résultats et ceux de la littérature sont parfois similaire et parfois controversés. Actuellement une thèse de science est en cours de réalisation par Mme Miniar Kalai et qui concerne l’implication des molécules d’adhésion ainsi que les molécules d’inflammation dans le syndrome drépanocytaire pourraient nous illuminer encore plus sur la complexité clinique de cette maladie. Cas de la thalassémie La corrélation phénotype /génotype dans les thalassémies est encore à ces débuts et elle vise en particulier les Facteurs génétiques et épigénétiques impliqués dans la variabilité phénotypiques des beta-thalassémies en particulier l’expression de l’Hb Fœtale et sa régulation. La bêta-thalassémie est caractérisée par un déficit total ou partiel de synthèse des chaînes de bêtaglobine de l'hémoglobine (Hb). Selon la sévérité du phénotype, on distingue trois principaux groupes : la beta-thalassémie majeur, la beta-thalassémie intermédiaire, et la beta-thalassémie mineure. Cette sévérité peut être modulée par plusieurs facteurs génétiques et épi-génétiques entrant dans la synthèse de la chaîne gamma de l’hémoglobine F dont le taux est un des facteurs atténuateurs du phénotype de beta-thalassémie. Nous nous sommes fixés pour objectifs d’étudier ces facteurs pour comprendre en particulier le phénotype thalassémie intermédiaire. Dans une première partie, nous nous sommes focalisés sur les facteurs génétiques. Ces facteurs peuvent être les gènes codant pour des facteurs de transcription ou des polymorphismes en cis et en trans en trant dans la synthèse de la chaîne gamma de l’HbF (Cao et al., 2011; Vijay & Sankaran, 2011).

Régulation moléculaire du switch HbF-HbA. Nous avons donc ciblé l’exon 4 du gène GATA-1 codant pour un facteur de transcription dans une population de β thalassémiques intermédiaires. Aucune mutation n’a été retrouvée. Toutefois, l’étude de KLF1 dans la même population a montré une nouvelle mutation délétère R360H de l’exon 3 associée avec un taux d’HbF élevé. Une autre mutation R268L de l’exon3 du même gène KLF1 a été associée à un phénotype modéré de la maladie. En ce qui concerne les polymorphismes, trois principaux loci régulateurs de l’expression de l’HbF ont été décrits comme étant associés à 20-50% de la variabilité de l’HbF dans différentes populations (Galarneau et al, 2010; Buccheri et al, 2013). Le premier locus se présente en cis du locus β-globine, c’est le polymorphisme XmnI (rs7482144) au niveau du promoteur du gène HBG2. Les deux autres loci agissent en-trans sur la régulation de l’HbF. Ce sont le gène BCL11A en 2p15 et la région intergénique HMIP-2 (entre les gènes HBS1L et MYB, en 6q23. Au niveau de ces deux loci, des études ont montré que l’association de polymorphismes en haplotype est plus associée aux variations des taux d’HbF. Par une étude cas-témoin, ces polymorphismes ont été investigués chez une population atteinte de beta-thalassémie intermédiaire. Les résultats préliminaires suggèrent qu’il n’y a pas d’association entre ces polymorphismes et le taux d’HbF. Une augmentation de l’effectif étudié est envisagé afin de confirmer ou d’infirmer ces résultats. D’autres polymorphismes en cis et en trans sont en cours d’exploration, ce qui permettra une analyse du point de vue haplotypique. Résultats obtenus chez des patients atteints de beta-thalassémie intermédiaire Phénotypes Gènes/polymorphismes impliqués Résultats étudiés GATA-1 Pas de mutations identifiées KLF1 Mutations identifiées : R360H (associée à un taux élevé d’HbF) R268L (associée à un phénotype modéré) XmnI (locus beta) Pas d’association Thalassémie Pas d’association intermédiaire région intergénique Aγ-δ rs4671393, rs6706648, rs7606173, Pas d’association rs75579393 (BCL11A) rs9402686, rs9376090, rs28384513 Pas d’association (HMIP-2)

PROJET 3 : ENZYMOPATHIES ET MEMBRANOPATHIES Enzymopathies 1-Déficit en G6PD Le déficit en G6PD est l’enzymopathie érythrocytaire la plus répandue au monde. Plusieurs études ont été réalisées dans le but de définir les fréquences caractéristiques de chaque population. Les plus grandes fréquences ont été rapportées en Afrique, dans le bassin méditerranéen, au MoyenOrient et au Sud Est Asiatique. Malgré ces études, plusieurs travaux continuent à paraitre sur l’épidémiologie moléculaire de la G6PD dans différentes populations du monde (Watchko et al., 2015 ; Zaraifer et al., 2014 ; Tabatabaei et al., 2015). Au niveau mutationnel, on dénombre plus que 160 variants moléculaires décrits. Certains allèles marquent leur présence dans certaines régions par rapport à d’autres. Les techniques les plus utilisées restent la PCR/RFLP pour la détection des variants les plus communs (Kashmooala et al., 2015) et la PCR/ séquençage pour les autres mutations ou la détection de nouveaux variants.. L’expression de la G6PD est régulée par plusieurs facteurs dont les mutations du gène lui même et ses parties régulatrices, les facteurs de transcription auxquels s'ajoutent des facteurs épigénétiques (Cappellini & Fiorelli, 2008; Cyphert et al. 2013; Walsh et al. 2013; Toniolo et al. 1991; Mason et al. 2007). La méthylation de l’ADN et l’inactivation du chromosome X pourraient être parmi les facteurs majeurs de la variation de la perte de l’activité G6PD chez les femmes hétérozygotes pour les mutations G6PD (Cappellini & Fiorelli 2008; Toniolo et al. 1991; Mason et al. 2007). L’hyperméthylation des ilots CpG, près des sites d’initiation de la transcription, est indispensable pour la répression génique (Jones et al., 2012). Toniolo et al ont rapporté que l’expression de la G6PD chez les souris est associée avec le taux de méthylation des ilots CpG de la région promotrice du gène (Toniolo et al., 1991). Par contre, on en sait peu sur l’impact de la méthylation du gène G6PD sur l’activité enzymatique chez l’homme. Le problème est loin d'être résolu d'’autres recherches devraient s’établir afin de déterminer les causes de la variabilité phénotypique chez les femmes hétérozygotes pour différentes mutations G6PD. Dans une alternative immédiate nous envisageons d'entreprendre l'étude des taux de méthylation et d’inactivation du chromosome X chez les femmes hétérozygotes porteuses des différents variants de la G6PD dans notre série.(Wang et al., 2014). Dans la population tunisienne, le déficit en G6PD est l’enzymopathie la plus étudiée dans notre population, les travaux publiés par notre équipe ont concerné les aspects épidémiologiques et moléculaires. Un screening néonatal a conduit à une fréquence de l’anomalie de l’ordre 4% ( Guellouz et al., 2010) et l’analyse moléculaire réalisée sur les cas déficitaires donne un spectre mutationnel de 12 allèles différents dans quatre semblent être spécifiques de la population tunisienne (Benmansour et al., 2013 ; Bendaoud et al., 2013). Il s’agit des variants prédominants A- et Med, des variants Santa Maria, Kaiping , Chatham, Aurès, Malaga, Canton, Abéno, A-Bética et deux nouvelles mutations baptisées respectivement G6PD Nefza (968T/C) et G6PD Tunis (920A/C).

Parallèlement aux haplotypes de restriction, un travail portant sur les haplotypes de séquence 3’ du gène G6PD est en cours et confirme l’hétérogénéité haplotypique et montre que les données tunisiennes sont différentes de celles rapportées sur les populations africaine et mexicaine (Tishkoff et al., 2001; Vaca et al., 2006). Là encore la question de l’origine des variants G6PD et leur corrélation avec le phénotype se pose (thèse de Ikbel Mosbahi) 2-Deficit en pyruvate kinase Le déficit en Pyruvate kinase érythrocytaire est une affection génétique transmise selon le mode autosomique récessif qui se traduit par une anémie hémolytique non sphérocytaire de sévérité variable (Satoh et al., 1988). Ce déficit affecte la dernière étape de la voie de la glycolyse anaérobie. Les conséquences de cette affection sont la diminution du niveau de l’ATP cellulaire et l’accumulation des intermédiaires de la glycolyse, particulièrement le 2,3- DPG qui peut augmenter jusqu’à 3 fois et altérer le flux glycolytique à travers l’inhibition de l’activité de l’héxokinase (HK). La pyruvate kinase chez l’homme est codée par 2 gènes (PK-M et PK-LR), codant pour 4 isoenzymes différentes. Les PK-M1 et M2 sont générées suite à l’épissage alternatif de l’ARNm de la PK-M, alors que les PK-L et PK-R sont codées par le même gène PK-LR (Kanno et al., 1992). Le gène de la PKLR est localisé au niveau de la région q21 du chromosome 1, il s’étend sur 2060 pb et code pour une protéine composé de 574 acides aminés. La région codante s’étend sur 12 exons, dont 10 sont communs pour les deux isoformes, alors que les exons 1 et 2 sont spécifiques respectivement pour les isoenzymes érythrocytaire et hépatique (Noguchi et al., 1987). An niveau moléculaire, on connait actuellement plus de 220 mutations rapportées dans différentes régions du monde (www.lovd.nl.pklr), dont les mutations (1529A, 1456T et 1468T) sont les plus récurrentes (Baronciani & Beutler, 1995; Lenzner et al. 1994; Lenzner et al., 1997; Zanella et al., 2005; Zanella & Bianchi, 2000). La plupart des mutations décrites sont des mutations faux- sens (69%), codon stop et celles touchant les sites d’épissage (5% et 13%). Les mutations frameshift, insertions et délétions sont rares. Seulement 2 variants -72G et -83C, causant le déficit en PK, ont été identifiés au niveau de la région promotrice (Manco et al. 2000). Dans notre population les données sont encore préliminaires, nous sommes en face d’une anomalie qui est encore méconnue dans les milieux hospitaliers et sous estimées en termes de fréquence. Les premières données sur des familles déficitaires mettent en évidence au moins quatre anomalies génétiques à la bases du déficit en Pk ( tab ci-dessous ) dont un cas semble être très grave et associée avec un anasarque foeto- placentaire Tableau : mutations à l’origine du déficit en PK Mutations localisation 598 C>T Intron 5 966-1 G>T Intron 7 1495 C>T Exon 8 1118 G>A Exon 8 1577 T>A Exon 11

chez des patients tunisiens Position cDNA Protéine 1456 C>T Arg 486 Trp 1079 G>A Cys 350 Tyr 1537 T>A Phe513Isle

Membranopathies La forme biconcave normale du globule rouge (GR) est maintenue par des protéines transmembranaires du cytosquelette, qui comprend principalement les protéines α et β-spectrine, l’ankyrine, l’actine, et les bandes 4,1 et 4,2. Ce réseau de protéines et son lien avec la bicouche lipidique, sont essentiels pour les GR pour exercer leurs fonctions physiologiques (Paula et al., 2000). Les maladies héréditaires de la membrane érythrocytaire sont très hétérogènes sur le plan clinique. Classiquement elles sont classées en fonction des anomalies de forme, observées sur des frottis du sang périphérique du patient. On peut citer la sphérocytose héréditaires (SH), la pyropoikilocytos héréditaires (PPH), l’elliptocytose héréditaire (EH), et la stomatocytose. Chacune de ces formes présente des traits cliniques et des mécanismes physiopathologiques caractéristiques (Bichis et al., 2000). La SH et l’EH sont les anomalies les plus fréquentes de la membrane érythrocytaire dans le monde avec une prévalence de 1/2000 de cas touchés en Amérique et en Europe (An & Mohandas, 2008 ; Perrotta et al., 2008). Dans la SH et la EH, la durée de vie des hématies est réduite suite à la séquestration splénique des GR. Les GR anormaux avec la diminution de surface de la membrane et l’augmentation de la sphéricité sont piégés dans les canaux Billroth dans la rate et sont phagocytés par le système réticulo-endothélial. Ils entrainent ainsi une anémie hémolytique régénérative : destruction accélérée des GR, diminution de l’hémoglobine, splénomégalie, ictère avec augmentation du taux de la bilirubine libre (Warkentin et al., 1990 ; Yang et al., 1992).

Plusieurs études ont montré que la SH et EH sont des pathologies très hétérogènes aussi bien sur le plan clinique, biochimique et moléculaire. Elles varient de formes asymptomatiques à des formes néonatales sévères ou prénatales responsables de cas rares d’hydrop fetalis (Lydie et al., 2013). Au niveau moléculaire, les anomalies membranaires sont causées par des altérations au niveau de plusieurs gènes codant pour les protéines membranaires détruisant ainsi l’organisation structurelle des différents composants de la membrane. Une telle organisation est ordonnée, spécifique et responsable des caractéristiques de la déformabilité et de la stabilité mécanique de la membrane (Delaunay, 2007 ; Lydie et al., 2013). Dans la population Tunisienne, peu d’étude ont été réalisée sur les anomalies de la membrane érythrocytaire toutefois quelques donnée méritent d'être citées. Morle L et al en 1988 ont d’identifié la spectrine Tunis (une nouvelle variation dans le domaine α I de la spectrine αI/78) associée à l’état hétérozygote avec l’elliptocytose héréditaire chez un patient tunisien. En 1990, Ghanem A et al ont rapporté l’absence totale de la protéine 42 chez deux patients tunisiens présentant une anémie hémolytique. Baklouti et al en 1992 ont rapporté la présence d’un nouvel allele αI/36 spectrine sfax dans une famille tunisienne présentant une élliptocytose héréditaire. En 1994, Hayette et al ont rapporté la présence d’une nouvelle mutation au niveau du gène EPB42 nommé protéine 4.2 Tozeur chez une famille tunisienne. L’étude la plus récente est celle de Mahfoudhi E et al en 2009 qui ont identifiés une nouvelle mutation intronique au niveau du gène EPB42 (IVS6 -4A/G) chez une famille atteinte de SH( résultat non publié). A l’heure actuelle, les anomalies membranaires restent encore un diagnostic d’exclusion pour les cas d’anémie hémolytiques non expliquée par les autres pathologies du globule rouge. Toutefois, nous entreprenons dans notre laboratoire l’étude cytologique combinée avec le cryo-test mais cela reste toujours de l’ordre de la spéculation. Nous constituons une DNA thèque afin d’entreprendre une étude par séquençage à haut débit à la recherche des bases moléculaires des anomalies membranaires de notre série PROJET 4 : IMPACT SOCIOCULTUREL DES HEMOGLOBINOPATHIES Les hémoglobinopathies constituent un problème de santé publique. Dans la perspective épousant le modèle bio-psycho-social et dont le but est de gérer au mieux ce problème de santé publique souvent deux dimensions sont particulièrement recommandées: l’information et l’éducation. Labie (2002) affirme qu’une baisse considérable de l’incidence des thalassémies a été constatée dans les pays méditerranéens du sud par un développement coordonnée de l’éducation et du conseil génétique. L’appel du Secrétariat de l’OMS (2006) dans son rapport traitant des hémoglobinopathies est d’assurer le droit au maximum d’informations sur la maladie et aux solutions qui s’offrent. Ceci est particulièrement recommandé pour garantir une efficacité du conseil génétique. Le malade et son entourage clinique, familial, scolaire ou professionnel doivent être suffisamment renseignés pour prendre des décisions efficaces relatives aux troubles causés par la maladie. Ainsi, est-il fortement conseillé d’informer le malade et son entourage sur les données génétiques de base, la notion de transmetteur asymptomatique, le conseil génétique et les précautions à prendre par le malade pour lui assurer la meilleure qualité de vie possible (Labie, 2002). Aussi, le constat est-il que « La méconnaissance des maladies génétiques constitue un obstacle à la mise en œuvre de services efficaces en prise en charge des hémoglobinopathies dans les pays » (OMS, 2006). Ces services ayant, entre autres, comme rôle d’améliorer la connaissance et la compréhension de la maladie à l’échelle communautaire. Il y est préconisé que les cours de médecine doivent intégrer des modules sur le conseil génétique, l’application de la génétique à la santé. En outre, le collège de la Haute autorité sanitaire de France (Has, 2005) dans ses recommandations pour la pratique clinique relative à la prise en charge de la drépanocytose chez l’enfant et l’adolescent aborde l’impact de la drépanocytose sur la scolarité de l’enfant et insiste sur l’information et l’éducation des enseignants en contact avec des drépanocytaires. Il est également fortement conseiller de prendre en compte les problèmes éthiques, juridiques et sociaux associés aux maladies génétiques telles que les hémoglobinopathies (Labie, 2002). Les résolutions de l’OMS WHA59.20 sur la Drépanocytose et EB118.R1 sur les Thalassémies et autres hémoglobinopathies invitent à promouvoir une éducation communautaire pertinente et à intensifier la formation de tous les professionnels de la santé et des volontaires communautaires dans les zones de forte prévalence. Il est impératif d’adapter les connaissances sur les hémoglobinopathies aux états de faits locaux et aux systèmes de santé de chaque pays. Il faut agir en vu d’un conseil génétique et une diminution de la natalité. L’information passe mieux si elle est donnée par les membres mêmes de la communauté puisqu’ils connaissent les problèmes sociaux et culturels (Labie, 2002).

Donc, dans une action d’information ou d’éducation à la maladie il est impératif de tenir compte du contexte socio-culturel puisque la perception de la maladie reste fortement dépendante de l’environnement socioculturel (Lainé & Dorie, 2009).

PROGRAMME II : HEMOPATHIES MALIGNES PROJET 1 : EXPLORATION DES POMPES MEMBRANAIRES AFFECTANT LA DISPONIBILITE DE L’IMATINIB La leucémie myéloïde chronique (LMC) est une hémopathie maligne appartenant au groupe des syndromes myeloproliferatifs caractérisée par une anomalie génétique acquise :le gène hybride bcrabl issu de la t(9 ;22)(q34 ;q11) .Cette anomalie moléculaire a permis de faire bénéficier cette hémopathie d’une thérapie ciblée :l’imatinib ,chef de file des inhibiteurs de tyrosine kinase qui ont transformé le pronostic et l’évolution de cette hémopathie . En dépit de ce succès une minorité de patients développent des résistances au traitement dont plusieurs types sont identifiés, certaines dépendent de bcr-abl d’autres en sont indépendantes. La biodisponibilité intracellulaire de l’imatinib a été impliquée dans certaines formes de résistance .en effet La pompe P-gp (P-glycoprotéin), codée par le gène ABCB1 (ATP- Binding Casette B1) est un transporteur actif permettant l’expulsion de l’Imatinib de la cellule. SLC22A1 est un transporteur d’influx de l’imatinib dans la cellule. Certaines équipes ont rapporté une fréquence élevée de certains polymorphismes de ces gènes provoquant une modification de leur niveau d’expression qui aboutit à une modification de la concentration intracellulaire d’imatinib. Nous nous sommes proposés d’étudier le niveau d’expression des gènes transporteurs de l’imatinib (SLC22A1 et ABCB1) par PCR en temps réel, utilisant la technologie TaqMan et considérant GAPDH comme un gène de contrôle. Cette analyse a concerné 2 populations de patients atteints de LMC et traités par imatinib répartis en situation de réponse optimale et en échec thérapeutique Nos résultats n’ont pas objectivé de différence significative en terme de niveau d’expression des gènes cibles entre les bons et les mauvais répondeurs à l’Imatinib. Trois polymorphisme (SNP) du gène ABCB1 c.1236C>T, c.2677G>T/A et c.3435C>T ont été associés à une modification de la fonction de cette pompe, en modifiant la capacité d’efflux des substrats, et par conséquent sur la réponse au traitement. Nous avons cherché en outre à étudier la prévalence de ces polymorphismes chez les patients tunisiens atteints de LMC. L’étude a concerné 59 patients atteints de LMC et traités par Imatinib. Parmi ces patients 27 étaient en réponse optimale et 32 patients en situation de résistance au traitement selon les critères ELN 2013. Le SNP c.1236C>T a été trouvé avec une fréquence de 39% à l’état hétérozygote et de 17% à l’état homozygote. Concernant le polymorphisme 2677 G>T/A, quatre génotypes GG, GT, GA et TT ont été observés avec des fréquences de 40,67%, 44 %, 3,38% et 11,86% respectivement. Pour le polymorphisme c.3435C>T, 46% des patients présentent le génotype CT alors que 13.5% des patients présentent une homozygotie pour l’allèle 3435T. PROJET 2 : IMPLICATION DES MICRO ARN DANS LA RESISTANCE A L’IMATINIB Les micro ARN sont des séquences d’acide nucléique de petites tailles et non codantes qui régulent l’expression de plusieurs gènes et qui prennent une place de plus en plus importante pour comprendre la physiopathologie et le traitement des cancers. Le rôle joué par les miRNAs dans la résistance à l’imatinib chez les patients atteints de LMC commence à être mieux appréhendé ouvrant ainsi des perspectives inédites pour améliorer la thérapie ciblée de cette hémopathie. L’objectif de notre étude est de construire, visualiser et analyser le réseau des interactions moléculaires entre les miRNAs, les gènes cibles, les gènes hôtes et les facteurs de transcription impliqués dans la résistance à l’IM. Nous avons utilisé une approche axée sur l’analyse des réseaux d’interactions moléculaires afin de comprendre le contexte dans lequel émerge la résistance à l’imatinib . Trois types d'associations validées expérimentalement ont été extraites, y compris les interactions miARNs -ARNm cibles, les interactions facteurs de transcription -miARNs et les interactions miARNs-gènes hôtes. Nous avons également collecté les gènes et les miRNAs différentiellement exprimés et liés à la résistance à l'imatinib à partir de bases de données et des données de la littérature. Trois réseaux ont été

construits : le réseau différentiellement exprimé, le réseau associé et le réseau global. Les circuits sous-jacents des miARNs, leurs cibles, les facteurs de transcription et les gènes hôtes des miARNs ont été explorés. Les différences et les similitudes ont été dégagées à partir des 3 réseaux pour la recherche des éléments clés impliqués dans le phénotype résistant. L’analyse des réseaux d’interactions a permis de révéler que le mini-circuit miR-451/c-Myc, a un potentiel puissant pour affecter le comportement des miR-29a et miR-17 avec un flux de signal résultant pour la régulation des protéines ABL1, RAN, PTEN, VEGFA, et XIAP ce qui pourrait affecter les voies d’apoptose. De même, miR-451 peut affecter l’expression du gène ABCB1 dont la surexpression est responsable de l’expulsion de l'IM de la cellule , limitant sa concentration intracellulaire et provoquant ainsi une réduction de sa biodisponibilité. Ces constatations suggèrent que la sous expression du miR-451 provoque directement l’altération des voies métaboliques de l’IM et indirectement via l’interaction avec le gène MYC l’altération des voies d’apoptose et de prolifération. Cette étude permet de fournir des fondements théoriques indispensables pour les futures enquêtes concernant la résistance à l’IM. PROJET 3 : ANALYSE DES MECANISMES DE RESISTANCE AU COURS DU MYELOME Le myélome multiple est une hémopathie maligne encore incurable de nos jours, caractérisée par la dérégulation des principales voies de transduction du signal dont la voie PI3K/AKT. Cette dernière dont les principaux effecteurs sont : PI3K, AKT, IGF-1 et son récepteur IGF-1R, est principalement impliquée dans la prolifération, la différenciation cellulaire, l’angiogenèse et l’apoptose (Petiot et al., 2000 ; Byfield et al., 2005). PTEN est un gène suppresseur de tumeur qui régule négativement cette voie. L’objectif de notre étude est l’analyse du profil d’expression de AKT et PTEN, de l’activation de la voie AKT en confrontation avec des polymorphismes des deux gènes et du pronostic de la maladie. Les échantillons se répartissent selon l’expression de l’Akt, de PTEN et la phosphorylation de l’Akt en quatre groupes PTEN+/p-Akt-/Akt+, PTEN+/p-Akt-/Akt- , PTEN+/p-Akt+/Akt+, PTEN-/p-Akt+/Akt+ . Nous avons remarqué que p-Akt augmente avec la progression de la maladie parallèlement à la diminution de l’expression du PTEN. Il serait intéressant d’investiguer de manière fonctionnelle la relation entre l’expression de PTEN et d’AKT par blocage alternatif des effecteurs de la voie PI3K/AKT sur des lignées cellulaires de myélome établis au laboratoire. PROJET 4 : ETUDE DES FACTEURS MOLECULAIRES ET EPIGENETIQUES A INTERET PRONOSTIQUE DANS DES LEUCEMIES AIGUES MYELOÏDES (LAM) A CARYOTYPE NORMAL. Malgré les avancées majeures accomplies dans le diagnostic et le traitement, Les LAM à caryotype normal posent un problème de stratification pronostique, plusieurs études associent les altérations des facteurs de transcription et les modifications épigénétiques au pronostic, les résultats actuellement disponibles restent encore controversés. L’objectif du travail est de déterminer sur la base d’une analyse moléculaire le rôle des facteurs épigénétiques (DNMT3A, IDH, Tet1 et 2) et des facteurs de transcriptions (EVI1, GATA1, GATA2) dans le développement et le pronostic des leucémies aigues myéloïdes. Les résultats montrent que des mutations des gènes DNMT3A et IDH1 / 2 ont été observées avec des fréquences de 9,2% et 2,3% respectivement et sont associées à un âge plus avancé, et à une hyperleucocytose au diagnostic. Les mutations DNMT3A ont été associées significativement aux mutations du gène Flt3 - ITD (p<0,05). Une corrélation entre les données des profils d’expression des gènes étudiés et des facteurs de transcription (EVI1, GATA1, GATA2) avec les données cliniques et pronostiques des patients est en cours d’étude. Les chiffres clés du laboratoire

4 conférences 3 vacations ou cours rémunérés 17 participations à des jurys 7 communications orales et affichées nationales et internationales 1 publication nationale et 22 publications internationales 84

1 projet en cours 6 diplômes soutenus 13 diplômes en cours 19 formations continues 1 organisation ou participation à l’organisation d’un événement Liste des publications de l’année 2015 Nationales Gilbert syndrome acts as a risk factor of developing gallstone among β hemoglobinopathy tunisian patients. Chaouch L, Kalai M, Chaouachi D, Mallouli F, Hafsia R, Ben Ammar S, Abbes S. Tunis Med. 2015 Apr;93(4):237-41. Internationales 1. Phenotypic and molecular genetic analysis of 5 Pyruvate Kinase deficiency in a Tunisian family. Jaouani M , Hamdi N, Chaouch L , Kalai M ,Mellouli F , Darragi , Boudrigua I, Chaouachi D , Bejaoui M , Abbes S. The Egyptian Journal of Medical Human Genetics 2015 2. Two new β(+) -thalassemia mutation [β -56 (G → C); HBBc. -106 G → C] and [β -83 (G → A); HBBc. -133 G → A] described among the Tunisian population. Douzi K, Moumni I, Zorai A, Ben Mustapha M, Ben Mansour IM, Dorra C, Salem A. Am J Hum Biol. 2015 Sep 10;27(5):716-9. doi: 10.1002/ajhb.22695. Epub 2015 Mar 7. 3. Polymorphisms in XPC, XPD and XPG DNA repair genes and leukemia risk in a Tunisian population. Douzi K, Ouerhani S, Menif S, Safra I, Abbes S.: Leuk Lymphoma. 2015 Jun;56(6):1856-62. 4. Germline duplication of ATG2B and GSKIP predisposes to familial myeloid malignancies Joseph Saliba et al emna Mahfoudhi Nature genetics / 17 August 2015; doi:10.1038/ng.3380 5. Impaired hematopoietic progenitors and megakaryopoiesis by p53 activation Emna Mahfoudhi 1,2,3,4,5, Larissa Lordier 1,2,3, Caroline Marty 1,2,3, Jaijai Pan 1,2,3, Anita Roy 1,2,3, Lydia Roy 6, Philippe Rameau 7, Salem Abbes 5, Najet Debili 1,2,3, Hana Raslova 1,2,3, Yunhua Chang 1,2,3, Laurent Debussche 8, William Vainchenker1, 2, 3, 4, Isabelle Plo 6. Zopolrestat Induced Suicidal Death of Human Erythrocytes. Bouguerra G, Bissinger R, Abbès S, Lang F. Cell Physiol Biochem. 2015 Oct 30;37(4):1537-1546. [Epub ahead of print] 7. Triggering of Suicidal Erythrocyte Death by the Antibiotic Ionophore Nigericin. Bissinger R, Malik A, Bouguerra G, Zhou Y, Singh Y, Abbès S, Lang F. Basic Clin Pharmacol Toxicol. 2015 Oct 12. doi: 10.1111/bcpt.12503. [Epub ahead of print] 8. Triggering of Suicidal Erythrocyte Death by Topotecan. Bissinger R, Bouguerra G, Stockinger K, Abbès S, Lang F. Cell Physiol Biochem. 2015;37(4):1607-18. doi: 10.1159/000438527. Epub 2015 Nov 5. 9. Embelin-Induced Phosphatidylserine Translocation in the Erythrocyte Cell Membrane. Bouguerra G, Aljanadi O, Bissinger R, Abbès S, Lang F. Cell Physiol Biochem. 2015;37(4):1629-40. doi: 10.1159/000438529. Epub 2015 Nov 5. 10. Stimulation of eryptosis, the suicidal 1 erythrocyte death, by lopinavi. Rosi Bissinger1*, Sabrina Waibel1*, Ghada Bouguerra1,2, Salem Abbès2, Florian Lang1 11. Stimulation of Eryptosis by Narasin. Ghada Bouguerraa,b Rosi Bissingera Salem Abbèsb Florian Langa 12. Enhanced Eryptosis Following Exposure to Carnosic Acid Katja Stockingera Rosi Bissingera Ghada Bouguerraa,b Salem Abbèsb Florian Langa 13. Efavirenz Induced Suicidal Death of Human Erythrocytes Rosi Bissingera Ghada Bouguerraa,b Abdulla Al Mamun Bhuyana Sabrina Waibela Salem Abbèsb Florian Langa 14. Saquinavir Induced Suicidal Death of Human Erythrocytes Sabrina Waibela Rosi Bissingera Ghada Bouguerraa,b Salem Abbèsb Florian Langa 15. Association of genetic variation in IKZF1, ARID5B, CDKN2A and CEBPE with the risk of acute lymphoblastic leukemia in Tunisian children and their contribution to racial differences in

16. 17. 18. 19.

20. 21. 22.

leukemia incidence. Gharbi H.; Ben Hassine Islem1, Soltani Ismail1, Safra Ines1, BelHajOthmen Hind1, Teber Mouheb1,Farah Ahlem1, Amouri Hassiba1, ToumiNourelHouda 2 , AbdennebiSalima3, Abbes Salem1and Menif Samia1. Hematology (2015) Rs 11886868 and rs 4671393 of BCL11A associated with HbF level variation and modulate clinical events among sickle cell anemia patients. Chaouch L, Kalai M, Ouragini H, Moumni I, Chaouachi D, Boudrigua I, Hafsia R, Abbes S. Hematology 2015. Genetic link with cholelithiasis among pediatric SCA Tunisian patients: Examples of UGT1A1, SLCO1A2 and SLCO1B1. Chaouch L, Kalai M, Darragi I, Boudrigua I, Chaouachi D, Ben Ammar S, Mellouli F, Bjaoui M, Abbes S. Hematology 2015. Polymorphisme génétique du cytochrome P450 2 E1 et risque du cancer du nasopharynx en Tunisie. Ben ChaabenA, Abaza H , DouikH , Chaouch L, Ayari F ,Ouni N , Mejri R, Ben ghezala D, Harzallah L, GaraS, Guemira F. Bulletin du Cancer 2015. Association between rs267196 and rs267201 of BMP6 gene and osteonecrosis among Sickle Cell Aneamia patients. Chaouch L, Kalai M, Ben Jbara M, Ben Chaabene A, Darragi I, Chaouachi D, Mallouli F, Hafsia R, Ghanem A, Abbes S. Biomed Pap Med Fac Univ Palacky Olomouc Czech Repub. 2015 Mar; 159(1):145-9. DNMT3A mutations in patients with acute myeloid leukemia in Tunisian population. Mechaal A.,ben Neji H.,rezgui I.,Menif S.,Barmet M.,Fouzai C.,abbes S.,Medhaffer M.,Meddeb B.,safra I.Annals of Hematology & Oncology (2015) Regulatory network analysis of microRNAs and genes in imatinib resistant chronic myeloid leukemia Soltani I.,Gharbi H.,Ben Hassine I.,Teber M.,Abbes S.,Menif S. Molecular medicine reports (2015) Fetal hemoglobin in Tunisian sickle cell disease patient: relationship with polymorphic sequences cis to the β-globin gene. Moumni Imen, Ben Mustapha Maha, Sassi Sarra, Ben Mansour Ikbel, Douzi Kais, Zorai Amine, Mellouli Fethi, Bejaoui Mohamed and Abbes Salem. Indian Journal of Hematology and Blood Transfusion 2015.

Liste des projets nationax et interationaux en 2015 Implication de TET 2 dans les syndrômes myéloprolifératifs, INSERM, Salem Abbes, 2013-2015

Laboratoire de Venins et Biomolécules Thérapeutiques Composition de l’équipe Nom El Ayeb Kharrat Marrakchi Srairi-Abid Bouhaouala Ben Khalifa Borchani Daoud Ben Abdhallah Ben Abdallah Jed Marrouchi Cheikh Saada Morjen Hizem Saidi Tounsi Ayari Bezzine El Fessi Khammessi Ben Mabrouk Bairem Koubaa Bellalouna Othman Aissaoui Elljimi Ben Aissa Idoudi Ksouri Dhaouadi Ksouri Tabka Maatoug Chammem Ben yekhlef Jridi Ferchichi Jlassi Tourki Montasar Tlili Yakoubi Bellila Moslah Jaoudi Ghrir

Prénom Mohamed Riadh Naziha Najet Balkiss Rym Lamia Salma Erij Rahma Jebali Riadh Amani Mohamed Chiheb Marram Zouhour Rym Asma Sana Meriem Rym Oussama Hazem Douja Zeineb Saoussen Houcemeddine Dorra Chedli Rym Faten Ayoub Sayda Ayoub Hager Sonia Sana ramla Imen Asma Abir Bochra Fadoua Yassine Sana Wael Wassim Hajer Slim

Position/Fonction Professeur –Biologiste Principal Professeur –Biologiste Principal Professeur Professeur –Biologiste Principal Professeur Maitre de Conférence -Biologiste Maitre Assistant / Biologiste adjoint Maitre Assistant / Biologiste adjoint Maitre Assistant / Biologiste adjoint Maitre Assistant / Biologiste adjoint Maitre Assistant / Biologiste adjoint Maitre Assistant / Biologiste adjoint Maitre Assistant / Biologiste adjoint Maitre Assistant / Biologiste adjoint Maitre Assistant / Biologiste adjoint Maitre Assistant / Biologiste adjoint Maitre de conférences Maitre Assistant Doctorant

Mastères

Présentation du laboratoire Nos travaux de recherche visent d’une part, une caractérisation poussée de biomolécules identifiées et sélectionnées principalement à partir des venins de scorpions et de vipères tant sur le plan structural, pharmacologique, électrophysiologique et cellulaire. D’autre part, l’étude de leur mécanisme d’action au niveau de leur cible cellulaire et moléculaire est appréhendée. Nous focalisons nos efforts sur le développement de molécules affines et sélectives, modèles de médicaments à visée thérapeutique dans les domaines du cancer, de l’auto-immunité, des maladies cardiovasculaires et de l’immunothérapie antiscorponique. Les orientations de recherche du laboratoire sont en adéquation parfaite avec les missions et priorités scientifiques de l’Institut Pasteur de Tunis. D’un autre coté, l’identification et le développement d’une ou de plusieurs molécules ou dérivées à potentiel thérapeutique dans des domaines de santé aussi importants que le cancer, l’auto-immunité et les maladies cardiovasculaires pourra aboutir à la valorisation de nos activités de recherche avec des industriels locaux ou internationaux. Objectifs : 1- Développement de modulateurs des récepteurs membranaires à visées thérapeutiques à partir des venins. 2- Développement d’une immunothérapie antiscorpionique innovante. Programme I : Biomolécules cancer, angiogenèse et ischémie I.1 Cancer et angiogenèse A ce jour, les thérapies anti-cancéreuses utilisées présentent deux problèmes majeurs: le développement d’une résistance tumorale à la thérapie et la toxicité non spécifique envers les tissus normaux. Le développement d’alternatives thérapeutiques nouvelles pourrait contourner la résistance à la thérapie et réduire les effets délétères liés au traitement du cancer. Ces dernières années, les substances naturelles connaissent un intérêt thérapeutique croissant dans de nombreux domaines. Particulièrement les venins constituent des sources naturelles de biomolécules à effet thérapeutique potentiel contre le cancer. En effet, des études scientifiques ont montré que les venins de serpents, de scorpions et d'abeilles ont des effets antitumoraux considérables. La valorisation des principes actifs de ces sources naturelles représentent un potentiel thérapeutique énorme. Dans cette optique, notre travail de recherche vise à identifier, purifier et caractériser les molécules issues de venins tunisiens en mettant l’accent sur leur potentiel anticancéreux en ciblant plusieurs récepteurs surexprimés ou spécifiquement exprimés dans les cellules cancéreuses. I.1.1 Les molécules anti tumorales agissant via les intégrines PIVL: Une protéine de faible masse moléculaire (7691,7 Da) appartient à la famille des inhibiteurs de protéases à serines type kunitz. Elle est capable d’inhiber la tumorogenèse in vitro. En plus, nous avons montré qu’elle inhibe l’angiogenèse in vitro en utilisant les cellules endhotéliales HMEC et ex vivo en utilisant comme modèle la membrane chorioallentoïdienne de poulet (Morjen et al., 2014). Lectines de type C:Nous avons purifié deux nouvelles lectines de type C: la lébecine et la lébécetine (voir rapport 2014). Nous avons démontré que ces deux molécules possèdent un puissant potentiel anti-tumoral (capable de bloquer l’adhésion, la migration, la prolifération de certaines lignées tumorales). La séquence complète de chacune de ces deux molécules a été déterminée (Jebali et al., 2014). Vue le lien entre l’inflammation chronique et le cancer et l’importance de cette famille de protéines, nous envisageons d’évaluer l’effet anti-inflammatoire des lectines de type C in vitro et in vivo. Le modèle d’inflammation choisi est celui des cellules THP-1 différenciées en macrophage et traitées par des lipopolysaccharides (LPS). Nous avons aussi utilisé la méthode d’œdème de la patte induit par la carragénine chez le rat , comme modèle d’inflammation in vivo. Peptide cyclique de venin de scorpion Nous avons purifié à partir de venin du scorpion Buthus occitanus une nouvelle toxine courte de 14 résidus d’acide aminés avec un seul pont disulfure. Cette toxine possède un effet anti-tumoral sur la lignée cellulaire PC12. La présence d'un motif d'adhésion de type KTS au niveau de la séquence de ce peptide semble indiquer qu’il est apparenté aux désintégrines courtes agissant sur l’intégrine α1β1, récepteur spécifique du collagène du type IV. La modélisation moléculaire ab initio, montre qu’en dépit de la présence d’un seul pont disulfure, la molécule présente une conformation stable avec des structures secondaires bien définies. Un arrimage moléculaire sera effectué sur l’intégrine α1β1 afin de confirmer l'implication de ce motif dans l'interaction de la molécule avec son récepteur. Ainsi, ce peptide pourraient être utilisé comme modèle pour concevoir de nouveaux composés ayant un effet thérapeutique puissant et sélectif pour le traitement de nombreux types de cancer.

I.1.2 Les molécules anti-tumorales induisant l’apoptose: Une L-Amino Acide Oxydase purifiée à partir du venin de Cerastes cerastes (CC-LAAO) présente une température optimale à 50°C au lieu de 37°C. Comme les autres SV-LAAOs (LAAOs issues de venin de serpent). La modélisation de la structure 3D de cette protéine montre qu’elle est homodimérique et chaque sous unité est formée par un domaine FAD-Binding, domaine en hélice et un domaine Substrat-Binding (Abdelkefi-Koubaa et al., 2014). Nous avons montré que La CC-LAAO est douée des activités antimicrobienne et anti-tumorale. L’étude de l’interaction de la CC-LAAO avec la membrane cellulaire a montré que ses activités pharmacologiques sont dues au H2O2 libérée au cours du processus catalytique et aux interactions de la protéine avec des récepteurs membranaires. Aussi, la CC-LAAO est douée d’un pouvoir pro-apoptotique sur plusieurs lignées cancéreuses. Cette activité est caspase indépendante (Abdelkafi-Koubaa et al., 2016). Les protéines CC5 et CC8, deux désintégrines dimériques du venin de Cerastes cerastes, ont montré un effet pro-apoptotique sur les cellules endothéliales HMEC-1 en activant les voies extrinsèque et intrinsèque de l’apoptose. D’autre part, CC5 et CC8 inhibent l’adhésion et la migration des cellules endothéliales d’une manière dose dépendante et en inhibant spécifiquement les intégrines αvβ3, αvβ5 et α5β1. on a pu prouver que CC5 et CC8 inhibent l’angiogenèse en ex vivo puisque elles empêchent le développement des néo-vaisseaux à partir d’un explant de l’aorte d’un nouveau né de souris. Cette inhibition est totale avec CC8 et partielle avec CC5. L’utilisation de la membrane chorio-allantoïdienne du poulet nous a confirmé les résultats précédents puisque CC5 et CC8 inhibent à la fois l’angiogenèse spontanée ou provoquée par les facteurs de croissance VEGF et bFGF. l'Heminécrolysine purifiée à partir du venin de scorpion Hemiscorpius lepturus induisait l'apoptose d'une lignée macrophagique RAW 264.7 à 30 nM. La dose apoptotique de l'Héminecrolysine semble activer les voies de JNK et p38 MAPK puisque des inhibiteurs spécifiques de ces deux voies sont capables d'inhiber l'apoptose provoquée. Une collaboration avec Pr. Iness Safra du laboratoire d’Hématologie a été amorcée afin d’évaluer cette activité sur des cellules de malades atteints de Leucémie lymphoblastique chronique et aigue. I.1.3 Molécules anti-tubulogenèse vasculaire Nous avons purifié à partir du venin de scorpion Hemiscorpius lepturus une phospholipase, l’Hemilipine, et démontré qu’elle appartient au groupe III des PLA2 secrétées. Elle n’est ni neurotoxique ni cytotoxique et n’a aucun effet apoptotique sur les cellules endothéliales vasculaires HUVEC et HPAEC. Par contre, elle inhibe fortement la tubulogenèse in vitro et ex vivo sur le modèle de CAM. Par la technique Multiplex ELISA, nous avons démontré que l'Hemilipin inhibe l'expression de la plus part des facteurs angiogéniques (facteurs de croissance, cytokines et récepteurs ; tels que VEGFA, VEGFC, leurs récepteurs EGFR1 et EGFR2, IL6 et IL8) (Jridi et al., 2015). I.1.4 Les molécules anti-tumorales agissant sur les canaux potassium Nous avons pu identifier à partir des venins de scorpion et d'abeilles, des peptides ciblant différents soustypes de canaux K+. Testés sur différentes lignées de cellules cancéreuses, ces peptides inhibent la prolifération des cellules U87 du glioblastome, des cellules MDA-MB231 du cancer du sein résistant et des cellules LS174 de l’adénocarcinome du côlon. Les résultats obtenus révèlent une différence d’activités selon la lignée cancéreuse et le test réalisé. En effet, nous avons montré que KAah1 inhibe l'adhésion et la migration des cellules U87, tandis que KAah2 inhibe leur prolifération. Pour les cellules MDA-MB231 et LS174, les anatoxines KAah1 et KAah2 ne sont actifs uniquement sur leur migration avec un effet inhibiteur plus prononcée pour KAah1. La corrélation, entre l'activité électrophysiologique de KAah1 et KAah2 et leur effet anti-migratoire, montre l'implication probable des canaux Kv1.1 et Kv1.3 dans le processus cellulaire de ces trois cancers. La toxine P01 inhibe uniquement l’adhésion des cellules U87. Les tests électrophysiologiques montrent que P01 est active uniquement sur les canaux SK2 (collaboration avec le laboratoire du Dr. Christophe Vandier INSERM-UMR 1069-Tours). Nos résultats suggèrent que l’inhibition de l'adhésion des cellules cancéreuses par la P01 serait due au blocage des canaux SK2 surexprimés dans les deux lignées cellulaires. Nous avons vérifié, dans un deuxième temps, l’expression des canaux SKCa au niveau des trois lignées cellulaires étudiées. Pour cela une étude par PCR (Polymerase Chain Reaction) a été réalisée. Nos résultats montrent que le variant du sous type de canal SK2 est exprimé dans les lignées U87 et MDAMB231, alors qu’il est totalement absent dans les cellules LS174. Le canal SK3 est présent dans les trois lignées de cellules cancéreuses étudiées. Cette PCR nous a également révélé l’absence d’expression des sous-types de canaux SK1 et SK4 dans les trois lignées cellulaires. Des fractions purifiées à partir de venin d'abeille ont été testées sur les différentes étapes du processus cancéreux des cellules HUVEC et U87. Ces fractions ont présenté un effet antiprolifératif de ces lignées.

Nos résultats ont montré une inhibition de la migration spontanée et celle provoquée, responsable des métastases invasives. Les fractions testées sur Matrigel ont présenté aussi un effet anti angéogénique. Des séquences par video microscopie ont été faites aussi dans le but de suivre la vitesse et la persistance des cellules après traitement par les fractions purifiées. Certaines molécules présentent une diminution de la vitesse alors que d'autres ont montré une amplification de la vitesse engendrant une modification de la trajectoire de la cellule dans son environnement. Des tests d’électrophysiologie par la technique voltage clamp sur des ovocytes de xénopes exprimant les canaux Kv1.3 ont montré que ces fractions inhibent le courant Kv1.3 (collaboration avec Dr. JB. BAPTISE). I-2 Angiogenèse et Ischémie I.2.1 Biomolécules à activité anti-intégrines issues de venins de serpents et angiogénèse oculaire La recherche de nouvelles stratégies thérapeutiques contre la dégénérescence maculaire liée à l’âge (DMLA) visant les intégrines pourrait constituer une approche pertinente pour renforcer l'efficacité des stratégies déjà existantes. En efffet , les intégrines sont surexprimées dans les tissus oculaires provenant de patients ayant la forme néovasculaire de DMLA ou de rétinopathie ischémique. De plus, les intégrines sont impliquées dans le chimiotactisme et l’activation des cellules MC/Mφ au cours de processus néovasculaires oculaires et les thérapies anti-intégrines pourraient dans ce sens jouer un rôle important dans la modulation de l’inflammation dans ces pathologies. C’est dans ce contexte que nous avons testé in vivo l’effet anti-angiogénique de molécules à activité antiintégrines issues de venins de serpents, dans un modèle expérimental de NVC mimant la DMLA humaine et dans un modèle murin de rétinopathie induite par l’oxygène mimant les rétinopathies ischémiques qui surviennent chez l’homme. En collaboration avec l’équipe du Dr Xavier Guillonneau à l’UMRS 968, à l’Institut de la Vision (Paris), nous avons pu démontrer que la protéine anti-intégrines issue de venin de serpent testée : 1/ réduit totalement la croissance des vaisseaux sur culture d’anneaux aortiques et sur explants choroïdiens ex vivo, 2/ inhibe significativement la néovascularisation choroïdienne et rétinienne dans les modèles pathologiques murins reproduisant in vivo la DMLA et la rétinopathie ischémique respectivement, 3/ que ces effets bénéfiques sur l’œil sont supérieurs à ceux de composants rapportés dans la littérature dans les mêmes pathologies expérimentales, 3/ et qu’a forte dose, la molécule est dénuée d’effets toxiques sur l’œil sain lorsqu’elle est injectée par voie intra-vitréenne, comme cela objectivé par la préservation de l’intégrité de l’architecture et de la structure rétinienne et vasculaire. I.2.2 Biomolécules à effet anti-ischémique au cours des pathologies cadiovasculaires La lébétine 2 (L2), peptide de type BNP (peptide natriurétique de type B), identifiée au sein de notre laboratoire, à partir du venin de Macrovipera lebetina, a été testée ex vivo sur cœur isolé et perfusé de rat, ou in vivo chez la souris pour ses capacités cardioprotectrices au cours de l’ischémie myocardique aigue ou infarctus du myocade. Nous avons pu démontrer que la L2 : 1/ présentait une homologie fonctionnelle en augmentant le taux de GMPc excrété par le cœur de façon comparable de celle du BNP, 2/ exerce une forte cardioprotection au cours de l’ischémie aigue en améliorant la fonction contractile postischémique et en diminuant la taille de l’infarctus par rapport aux animaux contrôles, 3/ agit via des voies de signalisations similaires à celles induites par le BNP et agit notamment via une amélioration de la fonction mitochondriale au moment de la reperfusion. 4/ Des études in vivo en cours, démontrent également que cette molécule agirait via des processus antiinflammatoires au cours de l’ischémie myocardique. Programme II: Biomolécules, canaux ioniques et pathologies associées La purification et la caractérisation de nouvelles molécules pourraient apporter une contribution scientifique à l’étude des modes d’action des toxines sur les canaux potassium impliqués dans des canalopathies. II-1 Etudes de relations Structure-fonction des toxines de scorpion Nous avons purifié deux peptides Kbot21 et Kbot55 à partir de la fraction BotG50 du venin de scorpion Buthus occitanus tunetanus. La détermination de la séquence primaire de ces deux toxines montre que Kbot55 Possède une séquence très différente des toxines déjà identifiées. Elle représente le premier membre d'une nouvelle sous-famille α-KTx31 (Elfessi-Magouri et al. 2015a), alors que

-2). Ces deus peptides sont capables d’interagir avec plusieurs sous-types différents de la sous-famille Kv1. L’étude des relations structure-fonction a révélé que la Kbot21 présente une forte similarité de séquence avec la BmBKTx1 purifiée à partir du venin de Buthus martensi Karsch (Chen-Qi-Xu et al., 2004) avec seulement 2 résidus différents. Pour cela une étude in silico d’arrimage moléculaire (docking) a été effectuée entre les deux molécules et leur récepteur. Cette étude nous a permis d’identifier les résidus d’acides aminés de la Kbot21 et la BmBKTx1 qui interagissent avec les sites récepteurs du canal Kv1.2. II-2 Cible thérapeutique: le canal potassium Kv3.1 Des dysfonctionnements au niveau du canal Kv3.1, sont à l’origine de pathologies telles que l’insomnie et l’hyperactivité motrice. D’autres part, en se référant à la co-localisation du canal Kv3.1 et des lésions cérébrales des patients atteints d’Alzheimer (Espinosa et al., 2001), Kv3.1 pourrait constituer un bon candidat pour une approche thérapeutique de la maladie d’Alzheimer (MA). La fraction toxique AahG50 du venin de scorpion Androctonus australis a montré une inhibition du courant Kv3.1 avec une modulation spécifique de la cinétique (Cheikh et al., 2014). L’identification et la caractérisation biochimique des molécules responsable(s) de cet effet sur le canal Kv3.1 est en cours. Cette étude sera intéressante en vue de développer une molécule pharmacologique importante comme marqueur physiologique de ce canal. Expression du canal Kv3.1 et Différentiation Neuronale: In vivo: une étude portant sur l’effet du prozac (fluoxetine) et de peptide(s) issu(s) du venin du scorpion sur l'expression du Kv3.1 dans le cerveau chez les embryons et les nouveaux nés de souris. La distribution du canal Kv3.1 est mise en évidence par immuno-histochimie et la quantification de de son expression est effectuée par QRT-PCR. Les protocoles expérimentaux sont en cours après mise au point et validation par le comité d’Ethique Biomédicale de l’Institut Pasteur. In vitro : Il s'agit de l'étude de l’impact de l’acide Tétracosanoique (C24 :0) et les oxystérols (7cétocholestérol (7KC) et 24(S)-hydroxycholestérol (24S-OHC)) sur l’expression et l’activité du canal potassium Kv3.1 et la concentration intracellulaire du potassium, (programme en cotutelle avec le Laboratoire Bio-PeroxIL "Biochimie du Peroxysome, Inflammation et métabolisme Lipidique" dirigé par Gérard LIZARD à Dijon, France). Les travaux réalisés ont montré que 7KC, 24S-OHC et C24:0 entrainent un stress oxydant, la mort cellulaire et la modification les propriétés physiques de la membrane cytoplasmique des oligodendrocytes, associés à un dysfonctionnement du métabolisme potassique. En outre, en présence de 7KC, 24S-OHC et C24:0, une augmentation de la concentration cytoplasmique en potassium intensifie la perte du potentiel mitochondrial; l’intégrité membranaire et induit l’apoptose. En fonction des résultats obtenus, nous nous proposons de : - Evaluer l’effet de 7KC, 24S-OHC et C24:0 sur la distribution de Kv3.1 au niveau des radeaux lipidiques et sur sa répartition par microscopie confocale. - Déterminer l’effet de 7KC, 24S-OHC et C24:0 sur le courant Kv3.1 exprimé dans l’ovocyte de xénope. - Valider les effets de 7KC, 24S-OHC et C24:0 sur le courant Kv3.1 exprimé par les oligodendrocytes murins 158N ou d’autres cellules neuronales. Mise en place d’un bioprocédé de validation de la présence de la molécule antioxydante (ATX) dans des extraits issus des carapaces de Parapenaeuslongirostris (crevettes) sur les canaux sodium endogènes de l’ovocyte de xénope Dans le cadre du projet tuniso-italien transfrontalier, BioVecQ - Biotechnologie marine vecteur d'innovation et de qualité (Projet n°1.3_08), un extrait bioactif issu des carapaces de Parapenaeus longirostrisa été étudié grâce à la technique de doubles microélectrodes intracellulaires (TEVC), pour la caractérisation des propriétés pharmacologiques de la molécule antioxydante en comparaison avec l’extrait bioactif sur les courants endogènes de l’ovocyte de Xénope (contrôle qualité). Les résultats ont montré que l’extrait bioactif agit principalement sur les canaux sodium dépendants du potentiel. En se basant sur les travaux de recherche antérieurs réalisés sur les courants endogènes de l’ovocyte de Xénope ( il est essentiel d’isoler les deux types de courants et de tester l’extrait bioactif ainsi que la molécule antioxydante pour valider cette activité. Ceci nous permettrait de mettre en place un bioprocédé de validation bien défini et d’élucider encore le mode d’action sur d’autres modèles physiologiques.

Etude des variations géniques des cardiomyopathies hypertrophiques chez des patients tunisiens, en particulier la cardiomyopathie ventriculaire droite arythmogène « CVDA » : Dans ce travail, nous avons pu identifier une nouvelle mutation dans le gène DSG2 chez une famille atteinte de CVDA. Nous avons également identifié un polymorphisme fréquent dans le gène SCN5A codant pour un canal sodium. Cette étude entre dans le cadre d’un projet collaboratif inter-laboratoire entre le laboratoire « Venins et Biomolécules Thérapeutiques ; Groupe Electrophysiologie Cellulaire » et le laboratoire « Génomique Biomédicales et Oncogénétique, ‘LGBMO’ » de l’Institut Pasteur de Tunis. II-3: Immunothérapie par les nanoanticorps Les nanoanticorps de dromadaires obtenus par la technologie des banques combinatoire phage display vis-à-vis des toxines du scorpion Androctonus australis hector, ont été caractérisés et maturés par des techniques d’ingénierie moléculaire (Hmila et al., 2008, 2010, 2012, Ben Abderrazek et al., 2009, 2011, Bouhaouala-Zahar et al., 2011). Au cours de l’année 2014-2015, les activités scientifiques menées sont les suivantes : I. Etude de la toxicité et immunogénicité des fractions toxiques de venins de scorpions Nous avons comparé la toxicité de venins de scorpions du Maroc et récemment de l’Inde, étudié leur immunogénicité et la capacité protectrice induite par les nanoparticules de polylactides biodégradables (PLAs). I.1 Identification d’autres valences toxiques à partir des venins de Tunisie, du Maroc et de l’Inde : étude immunobiochimique des paraspécificités (en collaboration avec Dr Ghalim, Institut Pasteur du Maroc et Dr Gowri Shankar, Bannari Institute, India) A partir du venin du scorpion Buthus occitanus tunetanus (Bot) nous avons purifié la toxine BotI qui représente la troisième valence des venins scorpioniques du Maghreb. La construction d’une banque VHH anti-BotIb a été effectuée. D'autre part, la fraction toxique du venin marocain Am a été utilisée pour l’étude de la para-spécificité des deux venins Am et Aah. Ainsi, nous avons démontré que le NbF12-10 est capable de neutraliser en partie la toxicité de la fraction F3 de Am et que la toxicité résiduelle du mélange AmF3/NbF12-10 n’est plus létale. De même et dans le cadre d’un projet tuniso-indien, nous avons démarré la caractérisation des fractions toxiques du venin d’un scorpion rouge du Sud-Est de l’Inde. Ce travail se poursuivra durant le CP2015-2018. 1.1. Amélioration de l’immunogénicité des toxines de scorpions par les nanoparticules biodégradables de type PLA: Nous avons évalué le potentiel adjuvant et protecteur de nanoparticules de polylactide biodégradables (NP-PLAs, autorisée par la FDA) à réduire la toxicité des fractions AahG50 et BotG50 et à augmenter leur pouvoir adjuvant. Pour ce faire, nous avons procédé à (i) l’optimisation des conditions d’adsorption des fractions toxiques de venins à la surface des nanoparticules de PLA et à (ii) l’évaluation, in vivo, de la toxicité résiduelle des nouvelles formulations (AahG50/PLA-NP et BotG50/PLA-NP) afin d’évaluer le pouvoir immunogène additionnel apporté par les NP-PLAs. Chez les souris, nous avons démontré une diminution significative de la toxicité du venin adsorbé sur les nanoparticules . 2. Ingénierie des nanoanticorps anti-toxines 2.1. Ingénierie de dérivés du NbAahI’F12 et NbAahII10 et étude des changements hémodynamiques et histologiques d’une envenimation/thérapie chez l’animal (en collaboration avec Dr Lahoutte, VUB-Bruxelles et Dr Boubaker, service AnaPath, IPT) Nous avons procédé à la validation du concept des nanobodies et dérivés comme candidats pour une application thérapeutique antiscorpionique . Le panel de nano anticorps anti AahI et anti AahII a été caractérisé (Hmila et al., 2008 ; Ben Abderrazek et al., 2009). Une stratégie, basée sur la mesure en temps réel de la résonnance plasmonique de surface (RT-RPS) de cartographie des épitopes de AahII par 9 clusters et séquences de Nbs a permit de démontrer la complémentation de NbAahII avec tous les autres clusters de NbAahIIs (Ben Abderrazek et al., en préparation). Un premier axe du projet a porté sur l’ingénierie de variants maturés (i.e. NbAahII10C/S38) et humanisés plus performants et compatibles avec une application thérapeutique en santé humaine (Ben Abderrazek et al., 2011). Parallèlement et dans le cadre du développement de bioprocédés biotechnologiques, nous avons développé un immunotraceur enzymatique de type Nb-PhoA pour la détection in vitro de toxines de venin de scorpion et procédé à la détermination du seuil de détection et du seuil de sensibilité du test (Ben Abderrazek et al., en cours). D’autre part, en collaboration avec deux équipes de chimistes et de physiciens, nous avons mis au point une méthode de fonctionnalisation de nanoparticules d'or par le NbF12-10. Les deux paramètres physique et électrochimique de mesure de la fonctionnalisation sont les spectres d’absorbance et l’impédance qui

ont permis l’optimisation et caractérisation des paramètres de couplage (Msehli et al., en préparation). Ce bispécifique NbF12-10 a notamment été utilisé pour construire la forme « humanisée » du HuNb10-F12 afin de réduire au minimum son immunogénicité (Cristou et al., en cours). 2.2. Développement de techniques de contrôle-qualité pour le NbF12-10 et bioproduits pharmaceutiques (en collaboration avec les laboratoires UNIMED, Sousse) nous avons axés nos travaux sur la mise en place et l’optimisation des procédés permettant le contrôle biotechnologique de deux produits appartenant à la famille des facteurs de Croissance (FT) d’une part et d’autre part le CQ du format NbF12-10 recombinant anti-toxines de scorpion. La pureté, les propriétés immuno-biochimiques et la toxicité in vivo et in vitro ont été étudiées ansi que le cycle de vie du produit biologique, le processus de régulation, les systèmes de production. Les travaux en cours portent sur l’analyse et la caractérisation par les nouveaux procédés d’électrophorèse et de chromatographie (i.e. Bioanalyzer) du lot de Filgrastim disponible comparativement au NbF12-10. 2.3. Clonage, expression et caractérisation du nanobody bispécifique (NbF12-10) et du dérivé NbCH10-F12 dans un système eucaryote (Pichia pastoris) (en collaboration avec Pr Raja Gargouri, CBS) Les travaux de recherche de l’équipe s’orientent actuellement vers la conception de forme N-glycosylée pouvant augmenter notablement la masse moléculaire des nanobodies sans réduire notablement sa rapidité de diffusion et par voie de conséquence améliorer sa capacité de neutralisation. Le système d’expression Pichia pastoris (présentant l’avantage d’obtenir des modifications post traductionnelles telle que la N-glycosylation) a été utilisé. Les clones sont en cours de caractérisations pour obtenir un NbF12-10 et un dérivé CH10-12 N-glycosylés. Le programme de l’année 2014 porté sur l’identification des clones exprimant les plasmides recombinants pPICZalpha B/NbF12-10 et pPICZalpha B/NbCH10-F12 et leurs caractérisations immunobiochimiques et fonctionnelles. Le repliement structural et les rendements de sécrétion et production chez la levure méthylotrophe Pichia pastoris feront l’objet du présent CP2015-2018. 2.4. Immuno-informatique des nanoanticorps: analyse structurale des VHHs Ce projet a porté sur l’analyse structurale de deux séries de séquences codant pour les domaines variables d’anticorps VHHs de reconnaissance et de neutralisation de toxines de scorpion Androctonus australis hector (Aah). Nous avons commencé par l'étude des corrélations entre les données de la bioinformatique et les éléments essentiels qui sont liés à l’activité biologique des nanobodies. Différents programmes de calculs nous ont permis d’avoir un aperçu sur les relations structure-fonction des molécules VHHs en question (HHpred, Modeler” et PyMol). Ceci nous permettra de visualiser et déterminer la variabilité des séquences d'acide aminées en particulier des régions hypervariables 'CDRs' avec la mise en évidence de quelques paramètres physicochimiques et thermodynamiques dans le but d'identifier les signatures de séquences qui distinguent entre nanoanticorps anti-AahI’ versus anti-AahII, spécifiquement. 3. Développement de nanobodies modulateurs de canaux ioniques de KvGPC (en collaboration avec Prs Snyders et Labro, Université d’Anvers et Pr Muyldermans, VUB, Bruxelles) Les canaux potassium voltage dépendant sont des protéines transmembranaires présentant des boucles extracellulaires qui sont accessibles à l'environnement extérieur et qui peuvent être modulées par des agents biologiques tels que les toxines ou les anticorps et notamment les nanoanticorps que nous considérons ici comme un nouveau format à développer pour développer un diagnostic ou une thérapie plus performantes des maladies causées par les KvGPC. Ce projet de recherche, est basé sur le choix de deux modèles de canaux potassium dépendant du voltage, largement impliqués dans de nombreuses maladies cancéreuses humaines, le Kv1.5 et le Kv2.1. 3.1. Etude de la réponse immune développée par le dromadaire Nous avons lancé l’immunisation d’un dromadaire avec des cellules Ltk-transfectées et surexprimant les canaux Kv1.5 et Kv1.2. Ces canaux ont été ciblés car ils sont surexprimés dans notamment le cancer gastrique et colorectal. Les travaux réalisés ont porté sur le programme d’immunisation d’un dromadaire. Un test Cell-ELISA a été développé pour faire le suivi de la réponse immune développée par le dromadaire. Le sérum prépéré testé par des techniques électrophysiologiques montre un effet sur le canal Kv2.1 isolé (en Patch Clamp) et l’effet spécifique du sérum sur l’enregistrement des courants canal Kv1.2. ce test peut etre utilisé pour le criblage des nanoanticorps issus du biopanning de banque VHH, à la surface des cellules fraichement transfectées (Hassiki et al., en préparation). nous avons aussi montré clairement une réponse humorale spécifique. Une fois sélectionnés ces nanoanticorps seront produits et caractérisés et leur potentiel bloqueur/modulateur sera évalué, dans le but final de la conception de nouveaux outils de diagnostic.

4. Développement de nano-anticorps spécifiques de biomarqueurs du microenvironnement tumoral (en collaboration avec Dr Houda Yacoub, LGBMO) Le modèle du mélanome a été visé en premier. Nous avons identifié trois biomarqueurs : le CD206, l'Arginase I et l’Adrenomedulline comme cibles thérapeutiques. Ces deux derniers biomarqueurs ont été conjointement utilisés pour immuniser un dromadaire. La construction de la banque de VHHs à partir de ce matériel génétique et transcrit a été réalisée dans le vecteur phagemidique pHEN4 par une insertion des transcrits codants pour les domaines VHHs en fusion avec le gène codant pour la protéine pIII du phage filamenteux M13. La taille de la banque a été estimée à 3.107 cfu/ml. Les chiffres clés du laboratoire

1 vacation ou cours rémunéré 9 participations à des jurys 1 participation à des commissions nationales ou internationales 23 communications orales et affichées nationales et internationales 2 publications nationales et 13 publications internationales 7 projets en cours et 5 projets obtenus 8 diplômes soutenus 28 diplômes en cours 19 formations continues 2 organisations ou participation à l’organisation d’un événement Liste des publications en 2015 Nationales 1- Abdelkafi-Koubaa Z, Morjen M, Srairi-Abid N, El Ayeb M, Marrakchi N.Snake Venom L-Amino Acid Oxidases potential biomedical applications. Arch Inst Pasteur Tunis. 2014;91(1-4):15-32. French. 2- Morjen M, Abdelkafi-Koubaa Z, Luis J, Othman H, Srairi-Abid N, El Ayeb M, Marrakchi N. Snake venom Kunitz/BPTI family: Structure, classification and pharmacological potential. Arch Inst Pasteur Tunis. 2014;91(1-4):3-13. French. Internationales 1- Zakraoui Ons, Marcinkiewicz Cezary, Aloui Zohra, Othman Houcemeddine, Grépin Renaud, Haoues Meriame, Essafi Makrame, Srairi-Abid Najet, Gasmi Ammar, Karoui Habiba, Pagès Gilles and Essafi-Benkhadir Khadija). Lebein, a proapoptotic snake venom disintegrin, inhibitting human colon cancer cell cycle progression and VEGF expression. Molecular Carcinogenesis, 2016. 2- Touihri I, Boukhris M, Marrakchi N, Luis J, Hanchi B, Kallech-Ziri O. Chemical Composition and Biological Activities of Allium roseum L. var. grandiflorum Briq. Essential Oil. J Oleo Sci. 2015;64(8):869-79. 3- Touihri I, Kallech-Ziri O., Boulila A., Fatnassi S., Marrakchi N, Luis J, Hanchi B. Ecballium elateriem (L.) A. Rich. Seed oil : Chemical composition and antiproliferative effect on human colonic adrenocarcinoma and fibrosarcoma cancer cell lines. Arabian Journal of Chemistry Avril 2015. 4- Hu SJ, Calippe B, Lavalette S, Roubeix C, Montassar F, Housset M, Levy O, Delarasse C, Paques M, Sahel JASennlaub F, Guillonneau X. Upregulation of P2RX7 in Cx3cr1-Deficient Mononuclear Phagocytes Leads to Increased Interleukin-1β Secretion and Photoreceptor Neurodegeneration. J Neurosci. 2015 May 6;35(18):6987-96. 5- Hammami M, Soussou A, Idoudi F, Cohen-Bouhacina T, Bouhaouala-Zahar B, Baccar ZM. Development of an Immunosensor Based on Layered Double Hydroxides for MMR Cancer Biomarker Detection. IEEE Trans Nanobioscience. 2015 Oct;14(7):688-93. 6- ElFessi-Magouri R, Peigneur S, Othman H, Srairi-Abid N, ElAyeb M, Tytgat J, Kharrat R. Characterization of Kbot21 Reveals Novel Side Chain Interactions of Scorpion Toxins Inhibiting Voltage-Gated Potassium Channels. PLoS One. 2015 Sep 23;10(9):e0137611.

7- Refai A, Haoues M, Othman H, Barbouche MR, Moua P, Bondon A, Mouret L, Srairi-Abid N, Essafi M. Two distinct conformational states of Mycobacterium tuberculosis virulent factor early secreted antigenic target 6 kDa are behind the discrepancy around its biological functions. FEBS J. 2015 Nov;282(21):4114-29. 8- ElFessi-Magouri R, Peigneur S, Khamessi O, Srairi-Abid N, ElAyeb M, Mille BG, Cuypers E, Tytgat J, Kharrat R. Kbot55, purified from Buthus occitanus tunetanus venom, represents the first member of a novel α-KTx subfamily. Peptides. 2015 Jun 14. 9- Jallouli R, Othman H, Amara S, Parsiegla G, Carriere F, Srairi-Abid N, Gargouri Y, Bezzine S. The galactolipase activity of Fusarium solani (phospho)lipase. Biochim Biophys Acta. 2015 Mar;1851(3):282-9. 10Najlaoui F, Pigeon P, Abdelkafi Z, Leclerc S, Durand P, Ayeb ME, Marrakchi N, Rhouma A, Jaouen G, Gibaud S: Phthalimido-ferrocidiphenol cyclodextrin complexes: Characterization and anticancer activity. Int J Pharm. 2015 Aug 1;491(1-2):323-34. 11Jridi I, Catacchio I, Majdoub H, Shahbazeddah D, El Ayeb M, Frassanito MA, Ribatti D, Vacca A, Borchani L: Hemilipin, a novel Hemiscorpius lepturus venom heterodimeric phospholipase A2, which inhibits angiogenesis in vitro and in vivo. Toxicon. 2015 Sep 1;105:34-44. 12Chgoury F, Benabderrazek R, Tounsi H, Oukkache N, Hmila I, Boubaker S, Ayeb ME, Saïle R Ghalim N and Bouhaouala-Zahar B: Effectiveness of the Androctonus Australis Hector Nanobody NbF12-10 Antivenom to Neutralize Significantly the Toxic Effect and Tissue Damage Provoked by Fraction of Androctonus mauretanicus (Morocco) Scorpion Venom. Biochemistry & Pharmacology, June 29, 2015. 13Hammami M, Soussou A, Idoudi F, Cohen-Bouhacina T, Bouhaouala-Zahar B, Baccar ZM. Development of an Immunosensor Based on Layered Double Hydroxides for MMR Cancer Biomarker Detection. IEEE Trans Nanobioscience. 2015 Oct;14(7):688-93. Liste des Projets nationaux et internationaux en 2015 Projets obtenus en 2015 1- Projet CMCU N° 13G0824. Responsable Marrakchi Naziha et Guillonneau Xavier. Titre : Peptides Vipérins à activité Anti-Intégritée : Intérêt dans le traitement des Pathologies Ischémiques de la rétine et les DMLA. 2- Biomolécules potentiellement cardioprotectrices issues de venins de serpents: Intérêt dans l’Ischémie Myocardique Expérimentale Aigue. Equipes françaises partenaires : IHU LIRYC – Institut de rythmologie et de modélisation cardiaque, Université de Bordeaux II (Dr Philippe Diolez) et U-769 INSERM Université Paris-Sud, Faculté de Pharmacie, Châtenay Malabry (Dr Renee Ventura-Clapier). Responsable tunisien du projet : Erij Messaadi. 3- Projet Tuniso-indien: Responsable Balkiss Bouhaouala Titre: Toxin and voltage goted sodium camels interaction à bioinformatique approche of strecture activity relantioship Tuniso-indien. Organisme MRST 4- PCI : Responsable Jed Jebali: Titre : Les lectines de type c issues du venin de la vipère Tunisienne Macrovipera lebetina : activités anti-inflamatoires et mécanisme d’action. Organisme IPT, duré 24 moins. 5- PCI : Responsable Ben Abderrazek Rahma: Titre : Développement de nanobodies modulateurs de canaux potassium de type KV dépendant du voltage : caractérisation immunohistochimique. Organisme IPT, duré 24 moins. Projets en cours en 2015 Projet

PCI_Melanoma

Houda Yacoub/Balkiss Bouhaouala

PCI-Kv

Rahma Ben Abderrazek Balkiss Bouhaouala

Agence de financement IPT

Années

IPT

2013-2016

2013-2015

Tuniso-indien Mobidoc-Hazar Kraiem

Balkiss Bouhaouala

MESRS

Balkiss Bouhaouala

PASRI

2013-2016 2013-2016

BIOVecQ

IEVP

Projet CMCU N° 13G0824

Marrakchi Naziha et Guillonneau Xavier, Erij Messaadi

Projet TunisoAlgérien

Najet Srairi-Abid/ Fatima Laraba

PCI Inflammation

Jed Jebali/ Khadija BenKhadir

MESRS

2013-2016

IPT

Laboratoire d’Epidémiologie et de Génétique des Virus Hépatiques et Entériques Nom El Hamzaoui Ben Hmida Zine Ben Dhifallah Ommezzine Ben Fredj

Prénom Lamine Sonia Haykel Imène Anissa Dorra

Ben Alaya

Nissaf

Korbaa

Ahlem

Bahri Cheikh Azouz Ben Mami Triki Zine Khoufi Hannachi Barbouchi Hamdoun Ghoubra Fedaoui Mabrouk Aissa Larous Yacoubi Azraiel Dhifallah Ben Ayed Ben Othmen Chaari Ounaissa Laamari Boudali Ayouni Khedhiri

Olfa Imed Msaddek Nabil Henda Haykel Sami Hela Hajer Manel Faten Nadia Ichrak Jameleddine Lamia Khaoula Ines Yousr Mouna Nédia Rym Asma Meriem Kaouther Marwa

Position/Fonction Assistant et Grade Equivalent Assistant et Grade Equivalent Maitre Assistant et Grade Equivalent Maitre Assistant et Grade Equivalent Maitre Assistant et Grade Equivalent Maitre de Conférence et Grade Equivalent Maitre de Conférence et Grade Equivalent Maitre de Conférence et Grade Equivalent Professeur et Grade Equivalent Professeur et Grade Equivalent Professeur et Grade Equivalent Professeur et Grade Equivalent Professeur et Grade Equivalent Médecin Médecin Résident en médecine Résident en médecine Résident en médecine Doctorant

Présentation générale de la structure et historique : Des activités de recherche sur les hépatites et certaines maladies virales à potentiel épidémique ont été conduites depuis le début des années 1990, en complément des activités de diagnostic et de santé publique conduites par l’équipe du Laboratoire de Virologie Clinique à l’Institut Pasteur de Tunis. En 2002, cette activité s’est organisée en Unité de Recherche (UR03/02) laquelle a été promue au statut Laboratoire de Recherche en 2005. Unité de Recherche ainsi que le Laboratoire de Recherche portent la même dénomination : « Hépatites et maladies virales épidémiques ». Les thématiques de recherche portaient essentiellement sur les hépatites virales et sur les entérovirus comme principaux agents responsables de certaines maladies épidémiques (poliomyélite, méningites et conjonctivites virales). Toutefois, certains travaux ont également porté sur d’autres agents viraux à potentiel épidémique notamment virus West Nile, Phlébovirus, adénovirus, virus de la rougeole et virus de la rubéole. En fin 2011, le laboratoire de recherche a été reconduit sous la nouvelle dénomination : « Epidémiologie et Génétique des virus hépatiques et entériques ». En effet, et sur recommandation

de la commission chargée par le CNEAR d’évaluer les activités du laboratoire durant la période 20052010, il a été décidé de réduire la diversité des travaux de recherche en retenant deux thématiques uniquement : hépatites virales et virus entériques. Par ailleurs, il a été aussi recommandé de faire ressortir dans la nouvelle dénomination le type de travaux conduits par l’équipe et qui sont essentiellement de la séro-épidémiologie, de l’épidémiologie moléculaire et de l’étude de la diversité génétique des virus impliqués en rapport avec la présentation clinique de l’infection, l’efficacité des moyens de prévention (vaccination en particulier) et les performances des méthodes de laboratoire appliquées au diagnostic et à la surveillance des ces agents viraux. Problématiques : Hépatites virales: Le problème de l'infection par les virus des hépatites B et C (VHB et VHC) en Tunisie et des complications hépatiques qu'elle engendre a été largement démontré. L'introduction de la vaccination systématique anti-VHB en 1995 aura certainement un impact important sur l'endémicité du VHB ; par contre, la prévention de l'infection à VHC reste tributaire de mesures uniquement non spécifiques, aucune vaccination n'étant disponible pour le moment. Les études antérieures s'accordent sur un taux de portage chronique de l'antigène de surface HBs du VHB, dans la population générale, de l'ordre de 5 à 7% et sur un taux de portage chronique des anticorps anti-VHC de l'ordre de 0.5%. Peu de données sont disponibles concernant les caractéristiques génétiques des souches virales circulant en Tunisie. La cinétique de ces infections en fonction de l'âge est peu documentée, leur distribution à travers le pays serait hétérogène: certaines localités, notamment dans le sud du pays, auraient des taux de portage de l'AgHBs beaucoup plus élevés, l'infection à VHC serait plutôt plus fréquente dans au nord-ouest. Ces constatations sont à confirmer par l'étude d'un échantillon assez large et représentatif, notamment dans ces deux régions. Si c'est le cas, il est intéressant de tenter d'identifier les facteurs contribuant à l'hyper-endémicité de l'une ou l'autre des deux infections, dans l'une ou l'autre de deux régions; ces facteurs pouvant être liés aux souches virales en circulation, au background génétique de la population ou à des conditions socioéconomiques particulières. La surinfection Delta chez les sujets VHB positifs a été jusque là peu étudiée en Tunisie. Pour les virus à transmission oro-fécale, la haute endémicité de l'infection au virus A (VHA) est connue, toutefois, l'absence des données chiffrées et précises notamment sur la cinétique de l'infection en fonction de l'âge est à noter. Pour l'infection à virus E, aucune étude consistante n'a été jusque là publiée dans le pays, ni sur les cas d'infection aiguë, ni dans des populations saines. Virus entériques: Le Laboratoire de Virologie Clinique conduit depuis plusieurs années des activités de surveillance des entérovirus (EV), dans le cadre du programme mondial de l'éradication de la poliomyélite. Cette activité permet de dresser le profil de circulation de ces virus et incite souvent à pousser les investigations pour une caractérisation plus fine des souches virales en circulation et d'évaluer l'impact sur la population de la vaccination anti-poliomyélitique. Les études sur les souches de poliovirus vaccinales sont actuellement fortement sollicitées sur le plan international afin de répondre à des questions cruciales pour l'étape finale du programme mondial d'éradication: ces souches sont elles capables de persister dans la population et sous quelles formes, leur potentiel de transmissibilité et/ou de neurovirulence peut-il augmenter avec la disparition des souches sauvages ou suite à la diminution du niveau de l'immunité anti-poliomyélitique de la population induite par relâchement au niveau des stratégies de vaccination, voire même l'arrêt total de cette vaccination, étape ultime du programme. Des EV non poliomyélitiques (échovirus et coxsackievirus) sont très fréquemment isolés dans le cadre de cette surveillance des poliovirus. Ils sont souvent responsables de poussées épidémiques de méningites ou de conjonctivite et ont été également incriminés dans la genèse de maladies chroniques telles que les myocardites et le diabète insulino-dépendant. Leur diagnostic a longuement souffert de la lenteur et la lourdeur des méthodologies classiques basées sur des techniques de culture sur cellules. Grâce au développement récent de outils moléculaires, les études publiées et portant sur la caractérisation de souches particulières et l'épidémiologie moléculaire de ces virus se font de plus en plus nombreuses. Etat d’avancement des travaux et réalisations en 2015 : Ce programme de recherche, initié en 2011 et élaboré pour une période de 5 ans, touche actuellement à sa fin. L’année 2015 a été essentiellement dédiée à la finalisation des publications et des manuscrits de thèses de la plupart des étudiants recrutés dans le cadre de ce programme de recherche. En effet, sur 14 étudiants inscrits au début du programme, seules deux thèses ont été

soutenues au cours des années précédentes (une en 2012 et une en 2013) ; toutes les autres thèses devaient être soutenues avant la fin 2016. En fin 2015, une 3ème thèse a été soutenue et les manuscrits de 5 autres thèses ont été déposés pour soutenance. De même pour les publications, six sont parues en 2015, 3 manuscrits ont été soumis en fin 2015 et d’autres manuscrits étaient en cours de finalisation. Sur le plan scientifique, la grande majorité des activités annoncées dans le document contractuel d’origine ont été initiées. Programme de Recherche «Virus entériques » Ce programme comporte 5 objectifs spécifiques : 1) Etudier la diversité génétique des sérotypes d’entérovirus les plus fréquemment isolés en Afrique du Nord et dans le monde (Coxsackievirus et Echovirus type 6, 11 et 30 notamment) 2) Etudier l’infection à entérovirus chez des sujets atteints de différents types de déficits immunitaires primaires (DIP) : 3) Etudier les infections à adénovirus chez des patients atteints de conjonctivites virales épidémiques ou sporadiques en Tunisie 4) Etudier les spécificités des infections à virus entériques autres qu’entérovirus (Adénovirus, Rotavirus en particulier) chez des sujets atteints de déficits immunitaires diverses et dans différents contextes cliniques 5) Mise au point et évaluation comparative des différentes techniques moléculaires pour la détection et l’étude génétique des virus entériques Les activités ont été organisées en deux projets : - Bio-diversité et évolution génétique des virus entériques - Patho-biologie des virus entériques Les actions se rapportant à l’étude de la diversité génétique des sérotypes d’entérovirus les plus fréquemment isolés en Afrique du Nord et dans le monde, notamment Coxsackievirus B et Echovirus type 6, 11 et 30 ont été réalisées et menées à terme. Ces activités étaient déjà initiées avant 2011 et ont pu être publiées durant les deux premières années du contrat. Il s’agit notamment des travaux rentrant dans le cadre des travaux de thèse de Wasfi Farès (soutenue en Mars 2012) et Ichrak Abdelhak (manuscrit de thèse en cours de finalisation). Quatre publications dans des revues internationales sont déjà parues, dont une en 2015: - Rezig et al. 2011. Update on molecular characterization of Coxsackievirus B5 strains. J. Med. Virol. 83:1247-54. PMID: 21567427 - Fares et al. 2011. Phylogenetic Analysis of complete VP1 sequences of Echoviruses 11 and 6: High genetic diversity within each serotype and similar cluster characteristics. J. Med. Microbiol. 60:1017-25. PMID: 21436366 - Fares et al. 2012. Variabilité génétique des echovirus de type 3. Annales de Biologie Clinique. Mar-Apr;70(2):189-98. PMID: 22484530 - Abdelkhalek I et al. 2015. Molecular epidemiology of coxsackievirus type B1. Arch Virol. Nov;160(11):2815-21. PubMed PMID: 26243282 Une publication intitulée « Place des coxsackievirus de type B dans un pays de faible endémicité pour les entérovirus » est actuellement presque finalisée. Par ailleurs, des séquençages dans différentes régions du génome (VP1, VP2, VP3, VP4, 2A-2B-2C, 3D), sont en cours pour les sérotypes B1, B2 et B4 pour une caractérisation moléculaire plus poussée visant à recherche d’éventuels recombinants et d’identifier certains variants dans des conditions épidémio-cliniques particulières tels les souches isolées chez les immunodéprimés, des souches épidémiques ou ayant induit des infections sévères. Pour le projet « Patho-biologie des virus entériques », la plupart des actions se rapportant à l’étude des infections à entérovirus chez des sujets atteints de déficits immunitaires primaires (DIP) ont été réalisées et menées à terme. Ces travaux rentrent dans le cadre du travail de thèse de 3 ème cycle de Nadia Driss, finalisé en 2015 (Thèse soutenue en février 2016) et ont menés à 3 publications parues dans des revues internationales : - Driss et al. 2012. High Susceptibility for enterovirus infection and virus excretion features in Tunisian patients with primary immunodeficiencies. Clinical & Vaccine Immunology. 19(10):1684-9. PMID: 22914367

Driss et al. 2014. Sequential asymptomatic enterovirus infections in a patient with MHC class II primary immunodeficiency. J. Clin. Microbiol. Sep;52(9):3486-9 - PMID: 25031436 - Li et al. 2014. Poliovirus excretion among persons with primary immune deficiency disorders: summary of a seven-country study series. J Infect Dis. Nov 1;210 Supp l 1:S368-72 - PMID: 25316857 L’année 2015 a été surtout marquée par l’avancement des travaux concernant les infections à Adénovirus chez des patients atteints de conjonctivites virales. Ces travaux rentrent dans le cadre du travail de thèse de 3ème cycle de Nadia Fedaoui (ex Gadgadi), en attente de soutenance. Une première publication dressant le profil sérotypique et génotypiques des souches d’adénovirus responsables de conjonctivites virales en Tunisie a été soumise et acceptée pour publication dans Journal of Medical Virology (actuellement sous presse). Une deuxième publication décrivant la variabilité génétique des souches tunisiennes dans des régions hypervariable du génome viral avient de paraître : Fedaoui et al. 2016. Genetic variability of human adenovirus type 8 causing epidemic and sporadic cases of keratoconjunctivitis. Archives of Virology. Jun;161(6):1469-76. PMID: 26957298 Des souches probablement recombinantes nécessitent une caractérisation génétique plus poussée, notamment par séquençage du génome complet. Un travail a été fait en collaboration avec l’Unité « Biology of Enteric Viruses - INSERM.U994 » à Institut Pasteur de Paris durant un stage de Nadia Fedaoui dans ce laboratoire les mois de Mars et Avril 2015. Au moins une autre publication, se rapportant notamment à ces souches probablement recombinantes, sera élaborée. -

Nous avons aussi mené des travaux sur les Cosavirus, virus nouvellement identifiés chez l’homme et dont la pathogenèse reste encore mal élucidée. Nous les avons retrouvés chez 43% des sujets atteints de paralysie Flasque aigue et d’autres maladies neurologiques ainsi que chez 25% des sujets sains de leur entourage. Ces résultats suggèrent une implication probable de ces virus dans la genèse de ces maladies neurologiques. Nous avons été aussi les premiers à rapporter la possibilité de multiplication de ces virus sur certaines lignées cellulaires et à en décrire l’effet cytopathique : - Rezig et al. 2014. Cytopathic effect of Human Cosavirus (HCoSV) on primary cell cultures of Human embryonic lung MRC5. J Virol. Methods Oct;207:12-5 - PMID: 24960630 Une deuxième publication concernant la prévalence de ces virus en Tunisie est parue en 2015 : - Rezig et al. 2015. Prevalence of Human Cosaviruses in Tunisia, North Africa. J Med Virol. Feb3 Ahead of print- PMID: 25649285 Nous nous proposons d’étudier davantage ces virus. L’étudiante Asma Lamai s’est d’ailleurs inscrite en thèse de Doctorat 3ème cycle pour continuer les travaux initiés dans le cadre de son mastère. Les objectifs de son travail consistent i) dans un premier temps à mettre au point différentes techniques moléculaires pour l’identification et la caractérisation moléculaire des HCoSV et ii) dans un deuxième temps, d’utiliser certaines de ces techniques et cibler des cohortes plus larges et plus variées sur le plan clinique (immunodéprimés, cas diarrhéiques en particulier) afin d’estimer l’impact de ces virus en pathologie humaine. La mise en place de techniques sensibles, spécifiques, fiables et rapides nous permettra aussi de suivre l’épidémiologie classique et moléculaire de ces virus. Programme de Recherche «Virus des hépatites» Ce programme comporte 11 objectifs spécifiques : 1) Poursuivre les études sur l’épidémiologie moléculaire de l’hépatite virale C en s’intéressant particulièrement aux génotypes autres que 1b, encore très mal étudiés en Tunisie 2) Poursuivre les études sur l’épidémiologie moléculaire de l’hépatite virale B 3) Etudier le phénomène de recombinaison génétique au sein des souches de VHC circulantes : 4) Etude des facteurs viraux et liés à l’hôte influençant l’évolution clinique des hépatites chroniques B et C et leur réponse au traitement chez l’immunocompétent 5) Etude des caractéristiques génétiques des souches de VHB et de VHC chez le sujet VIH positif 6) Poursuivre l’étude des facteurs viraux et génétiques liés à la carcinogenèse des virus B et C 7) Poursuivre les études sur la co-infection VHB/VHC 8) Etudier l’infection par le VHB chez des populations vaccinées et non vaccinées 15 ans après l’introduction du vaccin 9) Etudier la surinfection Delta chez des porteurs chroniques du VHB 10) Etude de l’infection par le virus de l’hépatite E 11) Introduction, mise au point et évaluation comparative de techniques moléculaires pour le diagnostic et l’étude des virus B, C, D et E

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Les activités ont été organisées en 3 projets : - Virus de l’hépatite B - Virus de l’hépatite C - Virus des hépatites D et E et infections mixtes (VHB/VHD, VHC/VHB et autres) Projet 1: Virus de l’hépatite B Les actions se rapportant à l’étude de l’épidémiologie moléculaire de l’hépatite B rentrent dans le cadre du travail de thèse de 3ème cycle de Rym Ouneissa et dirigé par le Professeur Olfa Bahri. L'objectif de ce travail est d’étudier le profil génétique des souches de VHB isolées chez des tunisiens infectés chroniques, d’en déterminer le génotype, de rechercher certaines mutations d’intérêt particulier et de rechercher une corrélation entre cette variabilité génétique et différents paramètres, notamment l’âge du patient, la sévérité de l’infection, la charge virale et le taux de transaminases. Deux publications de l’étudiante en question étaient déjà parues en 2012 et 2013 et l’année 2015 a été consacrée essentiellement à la finalisation du manuscrit de thèse déposé en fin 2015 et soutenu en Mai 2016. Projet 2: Virus de l’hépatite C Les actions se rapportant à l’étude de l’épidémiologie moléculaire du VHC et au génotype 2 particulièrement rentrent dans le cadre du travail de thèse de Doctorat de 3ème cycle de Mouna Rajhi, dirigé par le Professeur Henda Triki. Le génotype 2 est, en effet, le deuxième génotype de VHC isolé en Tunisie après le génotype 1 et représente environ 10% des souches circulantes. Sur le plan international, une augmentation de fréquence a été notée dans plusieurs pays. Par ailleurs, la variation intra-génotypiques est très élevée et on compte jusqu’à présent 20 sous-types reconnus et proposés. L’épidémiologie moléculaire du VHC de génotype 2 reste encore très mal étudiée de part le monde. Le sous-type de 89 souches tunisiennes appartenant au génotype2 a été déterminé par séquençage partiel dans deux régions génomiques distinctes. Les résultats montrent que la majorité des souches tunisiennes (65%) appartiennent au sous-type 2c suivi du sous-type 2k (11%) avec cocirculation de sous-types mineurs 2b et 2i et de virus représentant probablement deux nouveaux soustypes non encore décrits sur le plan international. Par ailleurs, le travail trouve une concordance complète entre les résultats retrouvés dans les deux régions génomiques suggérant que l’une ou l’autre peuvent être utilisées pour le génotypage et que la recombinaison génétique inter-typique et intra-typique serait un phénomène rare, au moins pour le génotype 2. Ces résultats avaient été publiés en 2013 : - Rajhi et al. Subtyping Genotype 2 Hepatitis C viruses from Tunisia: identification of two putative new subtypes. Virus Genes. 2013. Epub ahead of print - PMID: 24272697 Une étude plus poussée de la variabilité génétique dans la région NS5B montre que, contrairement à d’autres virus et à d’autres génotypes du VHC, les souches se sous-type 2c, tunisiennes et non tunisiennes, sont très proches les unes des autres avec, sur les arbres phylogénétiques, l’absence de regroupements génétiques solides, spécifiques de régions ou de périodes. Par contre, pour le soustype 2k, l’étude phylogénétique montre l’existence de deux regroupement génétiques majeurs pouvant représenter deux variants différents circulant de part le monde ; les souches tunisiennes appartiennent toutes au même variant. Une analyse de coalescence indique que le plus récent ancêtre commun du sous-type 2c tunisien aurait été introduit en Tunisie vers 1879, un peu avant l’introduction du soustype 2k en 1886. Ce travail a été finalisé en 2015 et récemment publié : - Rajhi et al. 2016. Phylogenetic analysis and epidemic history of hepatitis C genotype 2 in Tunisia, North Africa. PLoS One. 2016 Apr 21;11(4):e0153761. PMID:27100294 De même, le manuscrit de thèse de Mouna Rajhi a été finalisé et déposé pour soutenance en fin 2015. Des activités portant sur les facteurs viraux influençant l’évolution clinique de l’infection à VHC et la réponse au traitement ont été aussi menées; dans le cadre du travail de thèse de Doctorat de 3ème cycle de Jameleddine Aissa Larousse, en co-tutelle avec le Laboratoire de Virologie de l’Hôpital universitaire de Bordeaux, France et le CNRS-UMR 5234 « Microbiologie fondamentale et Pathogénicité » à l’Université de Bordeaux, France. Le travail porte sur des patients infectés par le virus de l’hépatite C et qui n’ont pas été traités pour leur infection : patients pour lesquels le traitement n’est pas envisagé ou patients prélevés avant le démarrage du traitement. Le but est de rechercher les mutations pouvant prédire une mauvaise réponse aux nouvelles molécules thérapeutiques, notamment les inhibiteurs de la protéase, non encore utilisés en Tunisie, et ce en dehors de toute pression de sélection par des antiviraux. Sur 149 patients naïfs, des mutations de résistance aux

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inhibiteurs de la protéase ont été retrouvées chez 9.2% des cas et des mutations de résistance aux inhibiteurs non nucléosidiques chez 36.8% des cas. Ces travaux ont fait l’objet de deux publications dont une en 2015: - Aissa Larousse et al. 2014. Natural prevalence of hepatitis C virus (HCV) variants resistant to protease and polymerase inhibitors in patients infected with HCV genotype 1-infected in Tunisia. J. Med. Virol. 86(8) : 1650-9 - PMID: 24760718 - Aissa Larousse et al. 2015 Rajhi et al. Prevalence of hepatitis C virus (HCV) variants resistant to NS5A inhibitors in patients infected with HCV genotype 1 in Tunisia. Jun 6;12:84. PubMed PMID: 26047611. Le manuscrit de thèse de Jameleddine Aissa Larousse a été finalisé et soutenu en décembre 2015. Projet 3: Virus des hépatites D et E et infections mixtes (VHB/VHD, VHC/VHB et autres) Les actions se rapportant à l’étude de la co-infection VHB/VHC rentrent dans le cadre de la thèse de doctorat de 3ème cycle de Samar Ben Halima, soutenue en Mai 2013 (Travail de thèse et publications finalisés). Les actions se rapportant à l’étude de l’infection par le virus de l’hépatite E rentrent dans le cadre de la thèse de doctorat de 3ème cycle de Yousr Ben-Ayed (Travail de thèse et publications finalisés en 2014). Une thèse de Médecine sur le même sujet a été également soutenue en 2014 Les actions se rapportant à l’étude de la co-infection VHB/VHD rentrent dans le cadre d’un travail mené en collaboration avec le Laboratoire de Virologie de l’Hôpital Avicenne (Bobigny), centre de référence pour le virus Delta en France. Le but est d’évaluer la prévalence du VHD sur une série assez large de sujets AgHBs positifs, de rechercher d’éventuels facteurs de risques de transmission spécifique à l’infection Delta, de caractériser les souches VHD circulantes en Tunisie et les souches VHB impliquées dans la co-infection, en comparaison avec des sujets VHB+ VHD- et ce par séquençage de génomes viraux complets VHB et VHD. 1615 prélèvements de patients tunisiens AgHBs positifs ont été testés à la recherche des anticorps totaux anti-VHD par un test ELISA de commerce (InGen- France). Seuls 33 sérums se sont révélés positifs ce qui dénote de la très faible endémicité de l’infection en Tunisie (2.04%). l'ARN du VHD et de l'ADN de VHB ont été extraits à partir des sérums positifs et des PCR amplifiant le génome complet des virus B et D ont été réalisées. Sur les 33 sérums, des génomes complets du VHD ont pu être obtenus à partir de 11 sérums et les génomes complets de VHB à partir de 44 sérums. Les études phylogénétiques en comparaison avec des séquences de références publiées sur GenBank ont montré que touts les souches tunisiennes VHD appartenaient au Génotype1. Les souches VHB appartenaient aux sous-génotypes D1 (56.81%) et D7 (40.90% et A2 (2.28%), avec une répartition en sous-génotypes presque similaire chez les sujets monoinfectés par le VHB et les sujets co-infectés VHB/VHD. Deux articles découlant de cette étude ont été finalisés et soumis pour publication : 1) Yacoubi L et al. 2015. Molecular epidemiology of Hepatitis B and Delta Virus Strains that

Spread in the Mediterranean North East Coast of Tunisia. Oct 8;72:126-132. PubMed PMID: 26513762. 2) Yacoubi L et al. Complete genome sequences and phylogenetic relatedness of Hepatitis D virus isolates from Tunisia (North Africa). Soumis 2016. De même, le manuscrit de Lamia Yacoubi a été finalisé et déposé pour soutenance en fin 2015. Les chiffres clés du laboratoire

6 publications internationales 1 projet en cours et 1 projet obtenu 3 diplômes soutenus 14 diplômes en cours 19 formations continues 2 organisations ou participation à l’organisation d’un événement

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Liste des publications en 2015 Internationales 1- Rezig D1, Farhat EB, Touzi H, Meddeb Z, Salah AB, Triki H. Prevalence of human cosaviruses in Tunisia, North Africa. J Med Virol. 2015. 87:940â&#x20AC;&#x201C;943 2- Rebbani K, Marchio A, Ezzikouri S, Afifi R, Kandil M, Bahri O, Triki H, El Feydi AE, Dejean A, Benjelloun S, Pineau P. TP53 R72P polymorphism modulates DNA methylation in hepatocellular carcinoma. Mol Cancer. 2015 Apr 2;14:74. doi:10.1186/s12943-015-0340-2. PubMed PMID: 25889455; PubMed Central PMCID: PMC4393630 3- Ben-Ayed Y, Hannachi H, Ben-Alaya-Bouafif N, Gouider E, Triki H, Bahri O.. Hepatitis E virus seroprevalence among hemodialysis and hemophiliac patients in Tunisia (North Africa). J Med Virol. 2015. 87(3):441-5 4- Aissa Larousse J, Trimoulet P, Recordon Pinson P, Tauzin B, Azzouz MM, Ben Mami N, Cheikh I, Triki H, Fleury H. Prevalence of hepatitis C virus (HCV) variants resistant to NS5A inhibitors in naĂŻve patients infected with HCV genotype 1 in Tunisia. Virol J. 2015 Jun 6;12:84. doi: 10.1186/s12985-015-0318-0. PubMed PMID: 26047611; PubMed Central PMCID: PMC4465297. 5- Abdelkhalek I, Seghier M, Yahia AB, Touzi H, Meddeb Z, Triki H, Rezig D. Molecular epidemiology of coxsackievirus type B1. Arch Virol. 2015 Nov;160(11):2815-21.] PubMed PMID: 26243282. 6- Yacoubi L, Brichler S, Mansour W, Le Gal F, Hammami W, Sadraoui A, Ben Mami N, Msaddek A, Cheikh I, Triki H, Gordien E. Molecular epidemiology of hepatitis B and Delta virus strains that spread in the Mediterranean North East Coast of Tunisia. J Clin Virol. 2015 Oct 8;72:126-132. doi: 10.1016/j.jcv.2015.10.002. PubMed PMID: 26513762.

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Services d’investigation clinique et de santé publique Laboratoire de Biochimie Clinique ....................................................................................................... 105 Laboratoire d’Hématologie .................................................................................................................. 107 Laboratoire Bactériologie Clinique ...................................................................................................... 109 Laboratoire d’Immunologie Clinique .................................................................................................... 110 Laboratoire de Cyto-Immunologie ....................................................................................................... 112 Laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires ............................................................... 113 Laboratoire de Virologie Clinique ........................................................................................................ 115 Laboratoire de Mycobactéries ............................................................................................................. 118 Laboratoire d’Hormonologie et de Radio-immunologie ....................................................................... 119 Laboratoire de la Rage ........................................................................................................................ 122 Service de Vaccinations Antirabiques et Internationales .................................................................... 127 Service des consultations externes ..................................................................................................... 129 Laboratoire des Toxines Alimentaires ................................................................................................. 130 Unité Spécialisée des Mycoplasmes ................................................................................................... 133 Laboratoire de Parasitologie Mycologie .............................................................................................. 135 Laboratoire d'Histologie et de Cytogénétique Médicale ...................................................................... 138 Laboratoire Pathologie Animale .......................................................................................................... 139 Service d’Epidémiologie Médicale ....................................................................................................... 144

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Laboratoire de Biochimie Clinique Composition de l’équipe Nom, Prénom Bahlous Afef Bachali Asma Bahri Sonia Bayoudh Amel Trabelsi Aouatef Labbène Nejla Lamouchi Hanen Marouen Taoueb Hajer Trabelsi Behija Ben Cheikh Daghrach Imen Kalai Eya Mrad Mehdi Molka Kharrat Nadia Ben Ali Mourad Kammoun Benzarti Ahmed

Position Professeur Agrégé hospitalo-Universitaire / Chef de Service Assistante hospitalo-Universitaire / Médecin Biologiste Biologiste Major/ Médecin Biologiste Technicienne Supérieur Major / Surveillante Technicienne Supérieur principal / Technicienne Supérieur Technicienne Supérieur principal/ Technicienne Supérieur Technicienne / Technicienne Technicien Supérieur Technicienne Supérieur Infirmière principale/ Technicienne Technicienne / Technicienne Docteur en biologie/ Chercheur Postdoctoral Résident en médecine (biochimie) Résident en médecine (microbiologie) Résident en médecine (biochimie) Résident en médecine (biochimie) Ouvrier

Présentation du laboratoire Le service de biochimie clinique est l’unique laboratoire en Tunisie spécialisé dans le diagnostic et la surveillance biologique thérapeutique du phéochromocytome et le neuroblastome en assurant la quantification de dérivés méthoxylés urinaires par HPLC ET UPLC. Notre laboratoire est également spécialisé dans la détermination des oligoéléments tels que le zinc et le cuivre par absorption atomique. Le laboratoire de biochimie clinique réalise des analyses effectuées à la demande :  du public, des hôpitaux et instituts de la santé publique  des laboratoires d’analyses médicales et cliniques privées  de certaines sociétés dans le cadre de la réalisation d’un bilan biochimique systématique pour leur personnel  des laboratoires de diagnostic et de recherche de l’Institut Pasteur de Tunis  du laboratoire de contrôle de l’Institut Pasteur de Tunis.  du laboratoire de production de l’Institut Pasteur de Tunis. Les chiffres clés du laboratoire en 2015

47071 analyses 4 conférences 6 Vacations et Cours rémunérés 4 participations au jury pour l’obtention de diplôme en Tunisie 1 Participation à une Commission Nationale 7 publications dans des revues internationales 12 communications nationales et 6 communications internationales 5 diplômes soutenus 6 diplômes en cours 12 Formation continue réalisée en Tunisie, 1 à l’étranger 6 Organisations ou contributions à l’organisation de Réunions et d’Evènements Scientifiques Nationaux Publications de l’année 2015 1. How to reduce EDTA contamination in laboratory specimens: a Tunisian experience

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2. 3.

6. 7.

Clin Chem Lab Med 2015 ; 53(1): e9–e12Bouzid K, Bartkiz A, Bouzainne A, Cherif S, Ramdhani S, Zairi A, Mrad M, Bahlous A, Abdelmoula J. Serum Levels of Aggrecan Args, Nitege Fragments in Tunisian Patients with Knee Osteoarthritis: Clinical, and Radiological Correlation, Bahlous A, Kalaï E, Sahli H, Laadhar L, Mrad M, Bouzid K. Annals of the Rheumatic Diseases, 2015 ; 74(Suppl 2):1178.3-1179 Risk Factors of Osteoporosis in Hemodialysis Patients M. Slouma, H. Sahli, S. Rekik, W. Smaoui, S. Boussaid, Afef Bahlous, Lilia Laadhar, E. Cheour, F. Ben Moussa, M. Sallami, Mohamed Habib Elleuch Annals of the Rheumatic Diseases 2015 ; 74(Suppl 2):1201.3-1202. (Impact Factor: 10.38)4 Clinical Relevance of FGF-23 in Dialysis Tunisian PatientsM. Slouma, H. Sahli, S. Rekik, Lilia Laadhar, W. Smaoui, S. Boussaid, Afef Bahlous, E. Cheour, F. Ben Moussa, M. Sallami, Mohamed Habib Elleuch Annals of the Rheumatic Diseases 2015 ; 74(Suppl2): 763 (Impact Factor: 10.38) Contribution of CDKAL1 rs7756992 and IGF2BP2 rs4402960 polymorphisms in type 2 diabetes, diabetic complications, obesity risk and hypertension in the Tunisian population Lasram K, Ben Halim N, Benrahma H, Mediene-Benchekor S, Arfa I, Hsouna S, Kefi R, Jamoussi H, Ben Ammar S, Bahri S, Abid A, Benhamamouch S, Barakat A, Abdelhak S.Journal of Diabetes; 2015, 7: 102-13. Association study of mitochondrial DNA polymorphisms with type 2 diabetes in Tunisian population. Hsouna S, Ben Halim N, Lasram K, Arfa I, Jamoussi H, Bahri S, Ammar SB, Miladi N, Abid A, Abdelhak S.Mitochondrial DNA; 2015, 26: 367-72. Estimation du débit de filtration glomérulaire basée sur le dosage de la cystatine C: étude comparative avec la formule de Cockcroft-Gault et MDRD.Lammouchi M, Fatma LB, Hajri S, Dimassi Y, Bahri S, Rais L, Kheder R, Jebali H, Béji S, Zouaghi M.Néphrologie & Thérapeutique; 2015, 11: 446.

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Laboratoire d’Hématologie Composition de l’équipe Prénom, Nom Samia Menif Salem Abbes Imen Kraiem Ines Safra Amina Dhahak Rym El Elj Monia Kacem Dorra Chaouachi Teber Mouheb Farrah Ahlem Hind Ben Hadj Othmen Amouri Hassiba Fouzai Chaker Mbarka Barmet

Position/Fonction Chef de service Professeur Universitaire Maitre de conférences agrégé Maitre de conférences agrégé Technicien supérieur principal /surveillant Technicien Supérieur Technicien Supérieur Technicien Supérieur Technicien Supérieur Technicien Supérieur Technicien Supérieur Technicien Supérieur Technicien Supérieur Technicien Supérieur

Présentation générale du laboratoire Le laboratoire d’hématologie de l’institut pasteur de Tunis assure des activités diagnostiques dans le domaine de l’hématologie et comporte 4 secteurs d’activité : Un secteur de diagnostic moléculaire des leucémies (Dr Menif samia) Un secteur d’exploration du globule rouge et des enzymes érythrocytaires (Pr Salem Abbes) Un secteur d’immunophenotypage des leucémies (Dr Safra Ines) Un secteur de cytologie sanguine et exploration des troubles de l’hémostase (Dr Imen Kraiem) Le diagnostic moléculaire des leucémies consiste à rechercher par RT-PCR les transcrits chimériques générés par les remaniements chromosomiques acquis au niveau du clone tumoral et ce dans un but diagnostique, pronostique et de suivi post thérapeutique. L’exploration du globule rouge comporte l’étude des anomalies de l’hémoglobine, l’exploration des enzymes érythrocytaires ainsi que les anomalies de la membrane des globules rouges dans les anémies hémolytiques. Le diagnostic prénatal des hémoglobinopathies est effectué sur des biopsies des trophoblastes. L’activité diagnostique au niveau de l’unité de l’immunophénotypage des leucémies couvre l’ensemble des applications hématologiques de la cytométrie en flux au diagnostic et au suivi de la maladie résiduelle des hémopathies malignes (les leucémies aigues, les syndromes lymphoprolifératifs, le myélome multiple et la recherche du clone HPN) L’étude des troubles de l’hémostase est assurée pour explorer des pathologies thrombotiques et hémorragiques. A coté de cette activité diagnostique, nous réalisons des travaux de recherche dans le laboratoire d’hématologie moléculaire et cellulaire Ces travaux consistent à une exploration fonctionnelle et moléculaire des mécanismes d’oncogenèse dans les hémopathies malignes (myélome multiple et Leucémie aigue myéloblastique). Les différents secteurs du laboratoire d’hématologie contribuent à la formation des externes et résidents en médecine, des étudiants en biologie et en biotechnologie. Les chiffres clés du laboratoire en 2015

13 919 analyses 9 Conférences. 9 participations à des jurys 8 communications orales ou affichée nationales, 10 internationales 1 publication dans dune revue internationale 1 diplômes soutenus 5 en cours 107

2 Formations continues réalisées en Tunisie 1 Organisation ou contribution à l’organisation d’Evènements Scientifique International Liste des publications 2015 DNMT3 mutations in Tunisian patients with acute myeloid leukemia. Mechaal Amal, Safra Ines. Journal of blood disorders.2015;2(3):1032.

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Laboratoire Bactériologie Clinique Composition de l’équipe Nom et Prénom KRAIEM Imen BAHRI Sonia Anissa ZARROUK Samiha BEN HADJ ALI Sihem BOURAS Benzarti Ahmed

Position Maître de Conférence Agrégé en Médecine Médecin Biologiste Major(Spécialité Biochimie) Technicienne supérieure principale Technicienne Supérieure Major Technicienne Supérieure principale Ouvrier

Présentation générale du laboratoire Le laboratoire de Bactériologie Clinique assure les activités suivantes: - Les analyses de bactériologie médicale - Les analyses de sérologie bactérienne - L’analyse du sperme (spermogramme) - Les analyses de bactériologie de l’environnement (services de production de l’IPT et les centres hospitaliers externes) - Les tests de contrôles des milieux de culture (services de l’IPT et le Laboratoire National de Contrôle des Médicaments) Nous attendons toujours l’arrivée d’un biologiste spécialisé en Bactériologie pour prendre en main et développer les activités de diagnostic et de recherche. Clinical Bacteriology Laboratory provides the following medical services: - Bacteriology analysis - Bacterial serology analysis - Semen analysis (sperm) - Environment bacteriology analysis (for IPT production services and hospitals) - Quality control of culture media (for services of IPT and the National Laboratory of Drug Control) We are still waiting for a biologist specialized in microbiology to develop diagnosis and research activities. Les chiffres clés du laboratoire en 2015

4 191 analyses

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Laboratoire d’Immunologie Clinique Composition de l’équipe Prénom, Nom Hechmi Louzir Mélika Ben Ahmed Yousr Galai Ahlem Ben Hmid Hayet Kébaier Soumaya Marzouki Ons Kammoun Walid Hamdi Mouldi Hidri Abderrazek Jaafri Imen Zamali Raja Rekik Aymen Tlili Ahlem Raïssi Imen Nammouchi Sarra Cheikhrouhou Yousr Ben Mansour Ghassen Belaiba Malek Kammoun

Position/Fonction Professeur hospitalo-Universitaire/ Chef de service Maitre de conférences hospitalo-Universitaire/ Chef de Service par intérim Maitre de conférences hospitalo-Universitaire Assistante Hospitalo-universitaire Technicien Supérieur Principal/ Surveillante Technicien Supérieur Principal/ post-doctorante Technicien Supérieur Technicien Supérieur Technicien Supérieur Principal Ouvrier Résidente/ Etudiante en thèse de Médecine Etudiante en thèse de Sciences Etudiante en thèse de Sciences Résidente en Médecine Résidente en Médecine Résidente en Médecine Résidente en Pharmacie Résident en Pharmacie Résident en Pharmacie

Présentation générale du laboratoire L’activité du laboratoire d’immunologie clinique est orientée principalement vers le diagnostic immunologique de deux grands groupes de pathologies, d’une part, les gammapathies monoclonales et d’autre part, les maladies auto-immunes systémiques et certaines maladies auto-immunes spécifiques d’organes telles que les hépatopathies auto-immunes, le diabète auto-immun et la maladie cœliaque. Le laboratoire d’immunologie clinique assure également le suivi des patients infectés par le VIH par la détermination du taux des lymphocytes T CD4+ ainsi que le contrôle de qualité de certains vaccins et sérums thérapeutiques. Le laboratoire d’Immunologie clinique assure de façon régulière l’encadrement :  des résidents en Médecine et en Pharmacie ainsi que des internes en Pharmacie en les initiant aux différents aspects théoriques que pratiques de la spécialité et en les impliquant dans les différentes activités du laboratoire et dans la réalisation de travaux scientifiques,  des étudiants (externes) de DCEM1 de la Faculté de Médecine de Tunis dans le cadre du stage d’externat en immunologie,  des étudiants stagiaires techniciens de 2ème et de 3ème année biologie dans le cadre du stage en Immunologie,  des étudiants en troisième cycle de formation à la Faculté des Sciences de Tunis ou autres institutions (INSAT, etc.) dans le cadre de mémoire de thèses ou de mastères  des étudiants en fin de cycle de formation d’ingénieurs de l’INSAT ou de techniciens d’autres institutions (ISTMT, ISSBAT, etc.) dans le cadre de mémoire de fin d’étude (PFE).  REALISATIONS DANS LE CADRE DES ACTIVITES DE DIAGNOSTIC : Durant l’année 2015, 14760 analyses immunologiques ont été réalisées dans le laboratoire d’immunologie clinique correspondant à un chiffre d’affaire d’environ 330750 dinars tunisiens. Durant cette année, nous avons introduit une nouvelle analyse, à savoir le dosage sérique des chaines légères kappa et Lamda (FreeLite). Ce dernier test est recommandé pour le diagnostic des myélomes multiples à chaînes légères, les myélomes non sécrétants et des amyloses AL. C'est également un facteur pronostique dans les MGUS, le myélome indolent, le plasmocytome, l'amylose AL et un facteur de précocité de la réponse au traitement ou de la rechute dans le myélome à immunoglobuline entière. Une cinquantaine d’analyses ont déjà été réalisées. Comme le montre les figures ci-dessous et grâce aux efforts conjoints du personnel technique et scientifique, le nombre d’analyses et le chiffre d’affaire du service n’ont cessé de croître de façon régulière les dix dernières années.

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Les chiffres clés du laboratoire en 2015

14 760 analyses 5 Conférences 6 Vacations et Cours rémunérés 8 Participation à des Jury pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger 5 communications orales et affichées nationales 7 Publications dans des revues Internationales 1 Projets en cours 4 diplômes soutenus 10 en cours Liste des publications en 2015 1. PD-1 induction through TCR activation is partially regulated by endogenous TGF-β. Rekik R, Belhadj Hmida N, Ben Hmid A, Zamali I, Kammoun N, Ben Ahmed M. Cell Mol Immunol. 2015 Sep;12(5):648-9. 2. Validation of Recombinant Salivary Protein PpSP32 as a Suitable Marker of Human Exposure to Phlebotomus papatasi, the Vector of Leishmania major in Tunisia. Marzouki S, KammounRebai W, Bettaieb J, Abdeladhim M, Hadj Kacem S, Abdelkader R, Gritli S, Chemkhi J, Aslan H, Kamhawi S, Ben Salah A, Louzir H, Valenzuela JG, Ben Ahmed M. PLoS Negl Trop Dis. 2015 Sep 14;9(9):e0003991 3. Foxp3 Transcription Is Enhanced In Lesional And Perilesional Skin Of Patients With Focal Alopecia Areata. Ben Hmid A, Belhadj Hmida N, Abdeladhim M, Ben Osman A, Louzir H, Mokni M, Zaraa I, Ben Ahmed M. Int J Dermatol. 2015 Aug;54(8):e319-21. 4. Anti-Ma2-Encephalitis In A 2 Year-Old Child: A Newly Diagnosed Case And Literature Review. Mrabet S, Ben Achour N, Kraoua I, Benrhouma H, Klaa H, Rouissi A, Ben Ahmed M, Ben Youssef Turki I. Eur J Paediatr Neurol. 2015 Nov;19(6):737-42. 5. Comparative Study Of Human And Automated Screening For Antinuclear Antibodies By Immunofluorescence On Hep-2 Cells. Yousr Gorgi, Tarak Dhaouadi, Imen Sfar, Youssra Haouami, Taieb Ben Abdallah, Giuseppe Raso, Donato Cascio, Marco Cipolla, Vincenzo Taormina, Alessandro Fauci, Ignazio Brusca, Giuseppe Friscia, Amel Benammar Elgaaïed, Raja Marrakchi Triki, Asma Gati, Melika Ben Ahmed and Hechmi Louzir. International Journal of Statistics in Medical Research, 2015, 4, 270-276. 6. The Sera From Adult Patients With Suggestive Signs Of Autoimmune Diseases Present Antinuclear Autoantibodies That Cross-React With Leishmania Infantum Conserved Proteins: Crude Leishmania Histone And Soluble Leishmania Antigens. Lakhal S, Benabid M, Sghaier IB, Bettaieb J, Bouratbine A, Galai Y. Immunol Res. 2015 Feb;61(1-2):154-9. 7. Molecular And Phylogenetic Study Of Bm86 Gene Ortholog From Hyalomma Excavatum Tick From Tunisia: Taxonomic And Immunologic Interest. Mourad Ben Said, Moez Mhadhbi, Mohamed Gharbi, Y Galaï, Limam Sassi, Mohamed Jedidi and Mohamed Aziz Darghouth. Hereditary Genet 2015, 4:3. Liste des projets nationaux et iinternationaux en 2015 Auto-Immunité : Diagnostic Assisté par ordinateur, M.Ben Ahmed, 2013-2015, CE/IEVP, Italie-Tunisie

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Laboratoire de Cyto-Immunologie Composition de l’équipe Prénom, Nom Mohamed Ridha Barbouche Imen Ben Mustapha Najla Mekki

Position/Fonction Professeur hospitalo-Universitaire/Chef de service Pr. Agrégé Hospitalo-Universitaire Assistante Hospitalo-Universitaire

Afef Raies Mariem Ben Fadhla Beya Largueche Amira Safi Ali El-Ghouili

Résidente en Immunologie Résidente en Immunologie Technicien Supérieur Major/Surveillante Technicien Supérieur Ouvrier jusqu’à fin Janvier 2015 (départ à la retraite, non remplacé à ce jour)

Présentation générale du laboratoire Le Laboratoire de Cyto-Immunologie a poursuivi au cours de l’année 2015, en étroite collaboration avec les Pédiatres de tous les CHU de Tunis, Sousse, Sfax, Kairouan, Mahdia, Bizerte, Nabeul et Monastir, son activité de biologie clinique spécialisée orientée notamment vers l’exploration immunologique, cellulaire et moléculaire des enfants suspects de déficits immunitaires primitifs (DIPs). Par ailleurs, des patients venant de Libye, Algérie et Mauritanie sont régulièrement explorés au laboratoire. L'exploration de ces patients est particulièrement intéressante dans notre population Maghrébine caractérisée par une forte endogamie. En effet, l'incidence de ces déficits immunitaires est beaucoup plus élevée que dans d'autres régions du monde, en raison de la fréquence des formes à transmission autosomale récessive favorisées par la consanguinité. L'exploration immuno-génétique de ces déficits permet de porter un diagnostic précis nécessaire à la prise en charge appropriée de ces patients à la fois curative (greffe de moelle osseuse, IVIg, IFNg…) et préventive (conseil génétique et diagnostic prénatal). En effet, à côté de la greffe de moelle osseuse lancée depuis quelques années au Centre National de Greffe de Moelle Osseuse pour des enfants atteints de DIPs, nous avons commencé à proposer un diagnostic prénatal aux familles affectées présentant un déficit en LFA1, en molécules HLA de Classe II ou un syndrome d’Omenn; ces pathologies sont caractérisées par l’existence d’un effet fondateur dans notre population avec une mutation unique responsable de la majorité des cas observés. En chiffres, l’activité du laboratoire continue de progresser avec un chiffre total en équivalents B de 496910 (contre 378400 en 2014). Nous avons ainsi effectué près de 3900 explorations pour des enfants suspects de DIPs incluant l’étude des sous populations lymphocytaires après immunomarquage et lecture au cytomètre en flux [sur PBMCs avec plusieurs marqueurs étudiés (CD3, CD4, CD8, CD19 et éventuellement DR, LFA1/CD18, NK, RIFNg, Fas...) et sur lymphoblastes après stimulation PHA (DR, RIL12) ou PMA-IONO (Ligand du CD40), les tests de prolifération aux mitogènes et aux antigènes vaccinants et l’étude des fonctions des cellules phagocytaires (test semiquantitatif NBT au LPS et au PMA et test quantitatif avec lecture en cytométrie en flux maintenant instauré en routine). Nous avons également introduit en 2015 une nouvelle exploration qui est le dosage des anticorps post-vaccinaux. Le dosage pondéral des immunoglobulines a été demandé pour tous les patients et effectué en sous-traitance à l'Institut. La sous-estimation du B de beaucoup de ces analyses comme dans la nomenclature actuelle ou leur non inclusion est à souligner. Les activités de recherche (investigation cellulaire et moléculaire des DIPs) et de service (station de cytométrie en flux) du Laboratoire sont dans les rapports respectifs. Les chiffres clés du laboratoire en 2015

389 patients (une ou plusieurs analyses/patient selon la symptomatologie clinique) 2 analyses et tests nouvellement introduits

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Laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires Composition de l’équipe Prénom, Nom BEN AISSA Ridha AL-GALLAS Nazek BEN HAMIDA TROUDI Henda JEDIDI Ines MANNAI Naima Ben OMRANE Hela MANNAI Molka GHARBI Becher BEN GHORBEL Ghofrane FRAYOU Imen AJILI Fatma CHEIBI Khaoula ZERGUINI Fatma CHAALIA Samir OUNI Khaled

Position Chef de Service Biologiste adjoint Infirmière Principal « Surveillante » Technicienne Supérieure Principal Technicienne Supérieure Principal Technicienne Supérieure Principal Technicienne Supérieure Technicien Supérieur Principal Technicienne Principale Technicien Supérieur Technicienne Supérieure (01/01/15 au 30/06/15) Technicienne Supérieure (01/07/15 à nos jours) Infirmière Principal (à partir de Septembre 2015) Ouvrier Ouvrier

Présentation générale du laboratoire Le Laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires est spécialisé dans l’analyse Bactériologique des Eaux, des Aliments et dans l’étude des Bactéries entéropathogénes. Le Laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires contribue aux activités de Santé Publique suivantes :    

Diagnostic de l’étiologie et Prévention des maladies diarrhéiques par la recherche et l’étude des entéropathogénes. Epidémiosurveillance des entéropathogénes par l’identification des marqueurs épidémiques des Salmonella, Shigella et Vibrio Cholerae, (Centre de Référence). Surveillance de la qualité sanitaire des eaux de boisson, de baignade et de l’environnement dans les gouvernorats de Tunis, Ben Arous, Ariana et Manouba par l’analyse bactériologique des eaux. Surveillance de la qualité sanitaire des produits alimentaires et Prévention des Toxi-infections alimentaire par l’analyse bactériologique des produits alimentaires desservis et commercialisés dans les gouvernorats de Tunis, Ben Arous, Ariana et Manouba et/ou destinés à l’exportation.

Au cours de l’année 2015, le laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires, a poursuivi sa mission de Santé Publique regroupant les activités suivantes :   

Recherche des Bactéries entéropathogènes (Tableau I) Centre National des Salmonella, Shigella et Vibrio Cholerae (en cours, Tableau II) Contrôle de la Qualité Bactériologique des Eaux et Denrées Alimentaires (Tableaux III, IV et V)

Dans le cadre de ces activités, le Laboratoire a répertorié en qualité de Centre National des Salmonella, Shigella et Vibrio Cholérae : 1 826 souches ont été reçu. L’étude des marqueurs épidémiologiques est en cours. Au niveau du Contrôle de la qualité bactériologique des Eaux et Denrées Alimentaires, le Laboratoire a poursuivi sa collaboration aux programmes du Ministère de la Santé Publique de Surveillance Sanitaire des Eaux et Consommation (eaux de distribution publique, eaux de puits) des

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eaux de baignade (eaux de mer, piscine …) et des denrées alimentaires (desservies dans les régions de Tunis, Ben Arous, Manouba et Ariana). Le Laboratoire répond aussi aux besoins du secteur privé (industrie agroalimentaire, importateurs et exportateurs de produits alimentaires, producteurs d’eaux minérales et bureaux d’études …). Les chiffres clés du laboratoire en 2015

18 035 analyses 1 Participation à des Jury pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger 3 communications orales et affichées dans des congrès nationaux 1 communication internationale 1 publication dans une revue internationale 3 diplômes soutenus Liste des publications en 2015 “Diarrheagenic Escherichia Coli pathotypes isolated from children with diarrhea in the Federal Capital Territory Abaja, Nigeria”Casmir I., R. BEN AISSA J Infect. Dev Ctries 2015,9 (2), 165-174

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Laboratoire de Virologie Clinique Composition de l’équipe Nom et Prénom Henda TRIKI Anissa Chouikha Imène Ben Dhifallah Ahlem Ben Yahia Nahed Hogga Walid Hammami Amel Sadraoui ep Abderrahmen Henda Touzi Zina Meddeb Sana Rajhi Khaled Hamlaoui

Position Professeur hospitalo-Universitaire Maître Assistant Biologiste Technicien Supérieur Majeur Technicien Supérieur Majeur Technicien Supérieur Principal Technicien Supérieur Principal Technicien Supérieur Principal Technicien Supérieur Secrétaire Ouvrier

Présentation générale du laboratoire Le Laboratoire de Virologie Clinique assure des activités de diagnostic de routine en virologie clinique et des activités de santé publique. Les activités de diagnostic comportent des analyses de biologie médicale réalisées pour des patients, à la demande de leur médecin traitant. Les techniques utilisées sont sérologiques et moléculaires (recherche, dosage et/ou caractérisation des génomes viraux). Les activités de santé publique rentrent essentiellement dans le cadre des programmes internationaux d’éradication de la poliomyélite et d’élimination de la rougeole, le laboratoire étant laboratoire de référence OMS dans la région de la Méditerranée orientale pour la surveillance des poliovirus depuis 1991 et la surveillance de la rougeole depuis 2002. Il répond aussi à la demande du ministère de la santé et des directions régionales de la santé pour l’investigation virologique des hépatites virales et des maladies à allure épidémique notamment méningites virales, fièvres inexpliquées, conjonctivites virales. ACTIVITES DE DIAGNOSTIC : Le Tableau 1 ci dessous liste les principaux marqueurs viraux recherchés et pour chaque test, le nombre réalisé et la valeur totale en B durant l’année 2015 : Nb Total B réalisé 1254 100320 158 18960 645 77400 166 19920 513 61560 852 127800 101 15150 1324 158880 360 28800 3 240 401 120300 301 135450 Sérologies virales 199 59700 114825 Hépatite B: détection/dosage ADN par PCR en temps réel 750 1531 0 Hépatite C: détection/dosage ARN par PCR en temps réel 750 683 512250 Diagnostic moléculaire Hépatite C: ARN viral génotypage 1000 22 22000 Le chiffre d’affaire de l’année 2015 a été de 2606980 B avec une légère diminution par rapport à celui de 2014 (1.8%). Domaine

Analyse Virus de l'Hépatite B (VHB): Antigène HBs Virus de l'Hépatite B (VHB): Antigène HBe Virus de l'Hépatite B (VHB): Anticorps HBs Virus de l'Hépatite B (VHB): Anticorps HBe Virus de l'Hépatite B (VHB): Anticorps HBc totaux Virus de l'Hépatite C (VHC): Anticorps IgG Virus de l'Hépatite A (VHA): Anticorps IgM Virus de l'Immunodéficience Humain (VIH): Anticorps IgG Rubéole: Sérologie IgG Rubéole: Sérologie IgM Cytomégalovirus : Sérologie IgG/IgM Virus Epstein Barr (EBV) : IgG EBNA, IgG VCA, IgM VCA Herpès Simplex 1+2 : Sérologie IgG/IgM

Valeur B 80 120 120 120 120 150 150 120 80 80 300 450 300

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Total B

3500000 3000000 2500000 2000000 1500000 1000000 500000 0

sérologies virales

ACTIVITES DE SANTE PUBLIQUE : Activités dans le cadre du programme mondial de l’éradication de la poliomyélite : En tant que Laboratoire de Référence Régional OMS pour la poliomyélite, nous sommes chargés de l’investigation des cas paralytiques notifiés en Tunisie en Libye; nous assistons également les autres pays de la région EMR dans la caractérisation génétique des isolats de poliovirus et, en cas de difficultés techniques, dans l’isolement et l’identification primaire de souches d’entérovirus ; en plus des activités de formation. L’investigation primaire des cas paralytiques repose sur la recherche d’entérovirus par isolement viral sur culture de cellules. Dans tous les pays du monde et depuis le démarrage du programme d’éradication de la poliomyélite, ce diagnostic est centralisé dans un seul laboratoire désigné « Laboratoire National ». Nous assurons ce rôle pour la Tunisie, mais aussi la Libye (qui ne dispose pas de Laboratoire National). Le typage des virus isolé sur cellules et leur caractérisation génétique se fait dans les laboratoires de référence régionaux (13 de part le monde). Nous assumons ce rôle pour les 23 pays de la région de la Méditerranée orientale, avec les deux autres laboratoires de référence dans la région (Pakistan et Egypte). Réseau mondial OMS des laboratoires de la poliomyélite

Laboratoires nationaux Laboratoires de référence régionaux Laboratoires spécialisés

Le typage et la caractérisation génétique des virus isolés se fait en plusieurs étapes. La première permet de déterminer si le virus isolé est un poliovirus ou un entérovirus non poliomyélitique. Les isolats de poliovirus, sont ensuite analysés afin de déterminer s’il s’agit de souches sauvages ou d’origine vaccinales (Différenciation intra-typique). Pour les souches sauvages on déterminera leur origine autochtone ou importée. Pour les souches d’origine vaccinales, on étudiera le degré de dérive génétique par rapport aux souches d’origine et s’il s’agit ou non de souches recombinantes. Tout ce diagnostic repose sur une panoplie de tests moléculaires, du type PCR en temps réel et séquençage

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partiel du génome pour la plupart. Il est standardisé pour tous les laboratoires qui le font et est soumis à un processus de contrôle de qualité et d’accréditation annuelle de la part de l’OMS. Activités dans le cadre du programme mondial de l’élimination de la rougeole : Comme pour les poliovirus et depuis le lancement du programme d’élimination de la rougeole de part le monde, la confirmation des cas suspect de rougeole est centralisée dans un seul laboratoire dans chaque pays et c’est le Laboratoire de Virologie de l’Hôpital Charles Nicolle assure les activités de Laboratoire National en Tunisie. Les analyses génétiques plus poussées sont conduites dans les laboratoires régionaux et c’est notre laboratoire avec le Laboratoire national de Oman qui se partagent cette tâche pour les pays de la région de la Méditerranée Orientale. Dans ce cadre, nous assistons les laboratoires nationaux des autres pays de la région dans l’isolement des souches épidémiques de rougeole et leur caractérisation génétique ; nous validons les résultats sérologiques obtenus par ces laboratoires en analysant en double quelques sérums sélectionnés.

Réseau mondial OMS des laboratoires de la rougeole

National Laboratories Regional Reference Labs Global Specialised Labs

La caractérisation génétique des souches de rougeole et de rubéole repose sur leur détection par PCR en temps réel et isolement viral sur cellules. En cas de positivité, des régions génomiques variables sont amplifiées par PCR classique et séquencées. Les souches sont ensuite comparées aux souches de référence OMS et aux autres souches isolées de part le monde pour en déterminer le génotype et l’origine géographique. Comme pour les poliovirus, ce diagnostic est standardisé pour tous les laboratoires qui le pratiquent et est soumis à un processus de contrôle de qualité et d’accréditation annuelle de la part de l’OMS. Les chiffres clés du laboratoire en 2015

8275 analyses 1225 services réalisés 3 Participations à des Jury pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger 17 formations continues réalisées en Tunisie 4 formations continues réalisées à l’étranger 2 projets en cours Liste des projets nationaux et internationaux en 2015 -

Laboratoire de Référence Régional OMS pour la surveillance des poliovirus dans la région de la Méditerranée Orientale Henda TRIKI, 2015 (renouvelé tous les ans depuis 1992) Laboratoire de Référence Régional OMS pour la surveillance des poliovirus dans la région de la Méditerranée Orientale, Henda TRIKI, 2015 (renouvelé tous les ans depuis 2004)

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Laboratoire de Mycobactéries Composition de l’équipe Prénom, Nom Helmi Mardassi Besma Mhenni Saloua Ben Fredj Maherzia Lahmar

Position/Fonction Biologiste Principal/Chef de Service Technicienne supérieure majeure/Surveillante Technicienne supérieure Ouvrière

Présentation générale du laboratoire Le laboratoire des mycobactéries assure une activité de biologie clinique qui consiste à isoler et identifier les cas d’infections aux mycobactéries. En tant que laboratoire central, les tests de susceptibilité aux anti-tuberculeux de première et seconde ligne est assurée. Le laboratoire reçoit des échantillons de la part de différents hôpitaux et instituts de la capitale ainsi que certains hôpitaux régionaux. Le laboratoire traite aussi les demandes d’analyse du secteur privé qui sont soient acheminées par différents laboratoires et cliniques privés, soit suite à la présentation du patient au centre de prélèvement de l’Institut Pasteur. Hormis les tests de diagnostic classiques (examen direct, culture en milieu solide et milieu liquide MGIT, identification et antibiogramme), nous avons introduit depuis 2002 plusieurs tests moléculaires dont : - La technique PCR en complément à l’examen direct. Il s’agit d’une PCR « in house » qui cible la séquence d’insertion IS6110 - La technique PCR ciblant le gène RecA pour la confirmation des mycobactéries atypiques - La technique PRA pour l’identification des mycobactéries atypiques - Le séquençage du gène rpoB (à la demande des cliniciens) lors d’une forte suspicion d’une transmission d’une souche MDR (multirésistante) - Le séquençage du gène HSP60 pour l’identification des mycobactéries atypiques Les chiffres clés du laboratoire en 2015

1128 analyses 1 Projet de recherche en cours, 1 Obtenu

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Laboratoire d’Hormonologie et de Radio-immunologie Composition de l’équipe Prénom, Nom

Position

Salma FEKI

Professeur Hospitalo-Universitaire

Amel HMIDA

Technicien Supérieur Major / Surveillante

Henda RASSAA

Technicien Supérieure Principal

Ilhem MABROUK

Technicien Supérieure Principal

Mounira SAYADI

Technicien Supérieure Principal ; Secrétaire

Salma WALHA

Technicien Supérieur Principal

Naîma SEKRI

Technicien Supérieur

Nadia MEDDEB

Technicien Supérieur

Présentation générale du laboratoire Objectifs : Diagnostic biomédical (Dosages des mêmes paramètres biologiques que les années précédentes) : En Hormonologie :  Axe hypothalamo-hypophyso-thyroïdien : FT4, TSH, ATPO, ATG.  Axe hypothalamo-hypophyso-gonadique : FSH, LH, PRL, E2, Testostérone, D4AD, DHEA, SDHEA.  Axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien : ACTH, Cortisol sérique et urinaire, 17OH PG, Aldostérone, Rénine.  Axe hypothalamo-hypophyso-somatotrope : GH.  Parathyroïdes : PTH. En Oncologie :  Marqueurs sériques de certains cancers : ACE, AFP, CA15/3, CA19/9, CA125, PSA. Dépistage prénatal : Triple-test  Dépistage des défauts de fermeture du tube neural et des trisomies 18 et 21, à l’aide de :  Trois marqueurs sériques maternels : AFP, FE3 et HCG. En Allergologie :  IgE sériques totales  IgE spécifiques vis à vis d’une panoplie d’une centaine d’allergènes. Divers :  Vitamines B9 et B12.  Les autres dosages dont la demande ne justifie pas leur réalisation dans notre laboratoire sont sous traités. Les chiffres clés du laboratoire en 2015

26 748 analyses

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Laboratoire d’Anatomo-Pathologie Humaine et Expérimentale Composition de l’équipe Prénom, Nom Med. Samir BOUBAKER Emna Ennaifer-Jerbi Haïfa Tounsi-Kettiti Najla Mezghani Selma Feriani Ferida Amri Tabboubi Afifa Maaloul Thalja Assili Chayma Ben Fayala Essia Habachi Fatma Ezzahra Alaoui Maroua Mhiri Sarra Ben Rejeb Azima Ben Tanfous Chokri Smaali

Position Professeur / CHEF DE SERVICE Professeur Agrégé Assistante Hospitalo-Universitaire Maître Assistante TS*/ Surveillante TS*/ Secrétaire TS* TS* Cytomorphologie TS* Cytomorphologie Technicienne (contractuelle) Résidente Résidente Résidente Résidente Entretien

Présentation générale du laboratoire Les examens anatomopathologiques réalisés au laboratoire concernent en particulier les domaines de la dermatopathologie, la pathologie gynécologique, les pneumopathies interstitielles, les complications postallogreffe de cellules souches hématopoïétiques et la pathologie infectieuse. Les demandes d’analyses proviennent d’établissements hospitalo-universitaires, d’hôpitaux régionaux et du secteur privé. Les activités du laboratoire reposent sur :  les examens conventionnels histopathologiques et cytologiques  les explorations spécialisées appliquées dans le domaine de l’histopathologie et/ou cytologie: * immunomarquages * pathologie moléculaire. ●Le laboratoire fait partie du Réseau International de l’OMS des laboratoires HPV (http://www.who.int/vaccines-documents/DocsPDF06/845.pdf) en qualité de Laboratoire de Référence pour la région Méditerranée Sud. ●Le laboratoire a réalisé des tests de recherche des mutations du gène Ras chez les patients porteurs de cancers colo-rectaux métastatiques incluant la recherche de mutation K-Ras ainsi que la recherche de mutation N-Ras déjà introduite en 2014. Cette activité s’inscrit dans le cadre d’une démarche de thérapie ciblée anti-EGFR, avec certification auprès du Laboratoire de référence KRAS-Expert Laboratory, Munich (German Society of Pathology and Union of Gernman Pathologists). REALISATIONS DU LABORATOIRE : 1. ACTIVITES DE DIAGNOSTIC : *La répartition des examens pratiqués en 2015 s’établit comme suit :

 Examens histopathologiques et cytologiques

Conventionnels.................................................................... 2007 (2072*)

 Examens par immunomarquages :

Immunohistochimie & Immunofluorescence…….......……. .518 ( 497*) LBA / Phénotypage lymphocytaire ……..………………….338 ( 371*)

 Examens de biologie moléculaire:

Tests HPV…………………………………………………...78

( 90*)

Tests RAS………………………………………………….271

( 349*)

(* Réalisations de 2014)

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Les chiffres clés du laboratoire en 2015

3212 analyses 6 Publications internationales 2 Communications Internationales, 8 Nationales 2 Diplômes soutenus, 9 en cous Liste des publications en 2015 Internationales 1- Type-Specific Human Papillomavirus Distribution in Invasive Squamous Cervical Carcinomas in Tunisia and Vaccine Impact. Ennaifer E, Salhi F, Laassili T, Fehri E, Alaya NB, Guizani I, Boubaker S. Asian Pac J Cancer Prev. 2015;16(15):6769-72. 2- Hepatoprotective effect of caroub against acute ethanol-induced oxidative stress in rat. Souli A, Sebai H, Chehimi L, Rtibi K, Tounsi H, Boubaker S, Sakly M, El-Benna J, AmriM. Toxicol Ind Health. 2015 Sep;31(9):802-10. Article reédité doi: 10.1177/0748233713475506. Epub 2013 Jan 30. 3- Clinical, genealogical and molecular investigation of XP-C complementation group in Tunisia. Jerbi M, Ben Rekaya M, Naouali C, Jones M, Messaoud O, Tounsi H, Nagara M, Chargui M1, Kefi R, Boussen H, Mokni M, Mrad R, Boubaker MS, Abdelhak S, Khaled A, Zghal M, Yacoub-Youssef H. Br J Dermatol. 2015 Jul 25. 174(2):439-43. 4- The first Mal de Meleda case in Libya: identification of a SLURP1 mutation. Bchetnia M, Bozgia M, Laroussi N, Ben Brick AS, Charfeddine C, Ben Halim N, Mokni M, Boubaker MS, Abdelhak S. Int J Dermatol. 2015 Dec;54(12):1426-8. 5- Genetic basis of dominant dystrophic epidermolysis bullosa in tunisian families and co-occurrence of dominant and recessive mutations. Ben Brick AS, Laroussi N, Mesrati H, Kefi R, Ouragini H, Bchetnia M, Romdhane L, Marrakchi S, Boubaker MS, Castiglia D, Hovnanian A, Abdelhak S, Turki H, Kharfi M. J Eur Acad Dermatol Venereol. 2016 Jan;30(1):155-7. 6- Histopathological, biochemical and molecular changes of reproductive function after malathion exposure of prepubertal male mice Slimen Selmi,* Haifa Tounsi, Ines Safra, Afifa Abdellaoui, Mohamed Ridha Rjeibi, Saloua El-Fazaaa and Najoua Gharbi.RSC Adv., 2015, 5, 13743–13753 7- Immunotherapy of renal and bladder cancers: Faouzia Ajili In Cancer Immunology: cancer immunotherapy for organ-specific tumors Nima Rezaei, Ed. Springer 2015; 383-395.

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Laboratoire de la Rage Composition de l’équipe Nom et prénom Habib KHARMACHI Zied BOUSLAMA Samia Ben MAÏZ Nourhane BASDOURI Jihène BEN SALEM Khaled GOUILI

Position Médecin Vétérinaire Médecin Vétérinaire Ingénieur Principal technicienne supérieure contractuelle. infirmière. Ouvriers

Présentation générale du laboratoire Les activités du Laboratoire de la Rage sont les suivantes:  Activités de Biologie Clinique et de Santé Publique, où sont assurées les analyses de diagnostic spécialisé de la rage animale et humaine ; cette activité constitue une des composantes essentielles du Programme National de Lutte contre la Rage, où le Laboratoire de la Rage de l’Institut Pasteur de Tunis constitue actuellement le seul laboratoire de référence pour le diagnostic de la rage dans notre pays.  Activités de recherche sur la rage : Les activités de recherche entreprises dans le cadre du Laboratoire de Recherche financé par le Ministère de la Recherche Scientifique, figure dans le rapport des activités du Laboratoire de Microbiologie et d’Epidémiologie Vétérinaire.  

Activités de contrôle. Activités de formation et d’encadrement

ACTIVITES DE DIAGNOSTIC ET DE SANTE PUBLIQUE: Le Laboratoire de la Rage de l’Institut Pasteur de Tunis est le Laboratoire de référence pour le diagnostic de cette maladie dans notre pays : - Le diagnostic biologique de la rage chez l’Homme est exclusivement effectué dans notre Laboratoire. - Durant l’année 2014 toutes les analyses pour diagnostic de la rage animale ont été effectuées au Laboratoire de la la Rage de l’IPT ; par conséquent tous les cas de rage animale ont été confirmés dans notre Laboratoire. De ce fait, l’analyse des résultats du diagnostic de la rage effectués à l’IPT permet d’évaluer la situation épidémiologique de cette enzootie et d’effectuer le suivi de son évolution dans le temps et dans l’espace chez les différentes espèces animales. Les techniques utilisées sont les techniques de référence, recommandées par l’Organisation Mondiale de la Santé et l’Office International des Epizooties (Organisation Mondiale de la Santé Animale), à savoir l’immunofluorescence directe (IFD) et l’isolement viral par inoculation aux cultures cellulaires (neuroblastomes murins N2a.). Une troisième technique de diagnostic des cas de rage humaine à partir de prélèvements en anté-mortem. Il s’agit de la technique « One step », utilisant le couple d’amorces RabNfor – RabNrev. A. Résultats du diagnostic de la rage animale à l’I.P.T. : Tous les prélèvements d’animaux (têtes ou cadavres entiers) envoyés à notre Laboratoire pour diagnostic de rage suite à une suspicion de rage ou dans le cadre d’une surveillance épidémiologique, subissent en premier lieu, après autopsie et prélèvement des échantillons appropriés, le test d’IFD et s’ils se révèlent négatifs en IFD ils font l’objet d’une épreuve d’isolement viral sur culture cellulaire (IVCC) par recours à l’inoculation aux cultures de neuroblastomes murins N2a. Au total 1055 prélèvements ont été analysés en 2015 ; 405 se sont révélés positifs, 627 étaient négatifs (en IFD et IVCC) et les résultats de 23 prélèvements reçus en état de putréfaction avancée étaient non interprétables. La répartition par espèces, puis la répartition géographique et en fin la répartition mensuelle des cas de rage animale confirmés durant l’année 2015 sont représentées ci-dessous, dans les Tableaux n°1, n°2 et n°3.

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Tableau°1 : Résultats du diagnostic de la rage animale à l’IPT, Durant l’Année 2015 Répartition par espèces :

ANIMAUX CHIEN CHAT BOVIN OVIN CAPRIN EQUIN LAPIN RAT SOURIS CHACAL RENARD SANGLIER SINGE CHAUVE-SOURIS TOTAUX:

Nbr. de Prélèvement s 589 253 110 34 10 31 07 09 05 02 01 02 01 01 1055

POSITIFS 252 22 79 21 04 25 00 00 01 01 00 00 00 00 405

RESULTATS DU DIAGNOSTIC NON NEGATIFS INTERPRETABLE 323 226 27 13 06 06 07 09 04 01 01 02 01 01 627

14 05 04 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 23

% de POSITIFS 43,8 % 8,9 % 74,5 % 61,8 % 40,0 % 80,6 % 39,2 %

* Pourcentage des Positifs = (Nombre des Positifs / Nombre des Positifs + Nombre des Négatifs) ; les « Non Interprétables » ne sont pas pris en considération dans ce calcul. Tableau n° 2: Résultats du diagnostic de la rage animale à l’IPT, durant l’Année 2015 Répartition géographique: Nbr. de Prélèvements Reçus GOUVERNORAT ARIANA BEJA BEN AROUS BIZERTE GABES GAFSA JENDOUBA KAIROUAN KASSERINE KEBILI KEF MAHDIA MANOUBA MEDENINE MONASTIR NABEUL SFAX SIDI BOUZID SILIANA SOUSSE TATAOUINE TUNIS TOZEUR ZAGHOUAN TOTAUX:

ANIMAUX (Tot.) 115 28 73 65 11 31 32 78 33 25 29 69 42 16 44 92 66 26 28 23 12 89 17 11 1055

CHIENS 51 11 27 23 07 26 20 57 20 25 18 46 19 08 26 65 37 14 17 16 12 22 16 06 589

Nbr. de Prélèvements Positifs ANIMAUX (Tot.) 26 13 08 35 02 03 17 48 17 00 13 46 11 04 20 62 33 11 13 08 00 07 00 08 405

CHIENS 14 02 06 10 01 02 10 37 09 00 10 32 05 02 13 48 23 06 09 06 00 03 00 04 252

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Tableau n° 3: Résultats du diagnostic de la rage animale à l’IPT, durant l’année 2015. Incidence mensuelle: Nbr. de Prélèvements MOIS Reçus JANVIER FEVRIER MARS AVRIL MAI JUIN JUILLET AOUT SEPTEMBRE OCTOBRE NOVEMBRE DECEMBRE TOTAUX:

82 98 70 104 108 99 77 77 74 73 102 91 1055

Nbr. de Prélèvements Positifs Animaux (Tot.) CHIENS 32 36 30 49 50 41 28 35 26 29 26 23 405

21 23 22 33 31 24 19 23 13 16 15 12 252

% CHIENS « + » parmi les ANIMAUX « + » 65,6 % 63,9 % 73,3 % 67,3 % 62,0 % 58,5 % 67,9 % 65,7 % 50,0 % 55,2 % 57,7 % 52,2 % 62,2 %

La répartition géographique des cas de rage animale est représentée sur la figure n°1 ci-dessous.

Figure n°1 : Répartition Géographique des cas de rage animale enregistrés en Tunisie durant l’année 2015. B. Résultats du diagnostic de la rage chez l’Homme à l’I.P.T. : Le diagnostic de la rage chez l’Homme en Tunisie étant exclusivement réalisé dans notre Laboratoire, toutes les suspicions de rage établies par les différents services hospitaliers sont suivies d’envoi d’échantillons appropriés (matière cérébrale pour le diagnostic en post-mortem et LCR, appositions cornéennes, biopsies cutanées et salive pour le diagnostic en anté-mortem). Les autopsies sont réalisées par les services de Médecine Légale Régionaux et les prélèvements en anté-mortem sont réalisés par les services médicaux des hôpitaux où ont été hospitalisés les patients ayant fait l’objet

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d’une suspicion de rage. Les échantillons biologiques sont adressés à l’Institut Pasteur de Tunis et sont analysés pour confirmer ou infirmer l’étiologie rabique. Les techniques utilisées sont les techniques de référence, recommandées par l’OMS, à savoir l’immunofluorescence directe et l’isolement viral sur culture cellulaire de (cellules N2a). Durant l’année 2015, huit (08) prélèvements pour diagnostic de rage humaine ont été reçus : six (06) cas se sont révélés positifs ; deux prélèvements effectués en ante-mortem se sont révélés négatifs. Les six cas de rage confirmés sont résumés ci-dessous : - Le premier cas positif de l’année 2015 a été enregistré au Gouvernorat de Kasserine (confirmé le 22/01/2015). Le défunt était un garçon âgé de 11ans; il a été victime d’une morsure par un chien inconnu le 13/12/2014 ; les lésions de morsures étaient multiples et profondes au niveau de la lèvre supérieure et du cou. Un traitement en post-exposition (sérum antirabique et vaccin antirabique) aurait été administré dès le premier jour. Les signes cliniques sont apparus à partir du 14/01/2015 et le décès est survenu le 20/01/2015. L’autopsie a été réalisée au Service de Médecine Légale de l’Hôpital Universitaire Farhat Hached de Sousse. - Le second cas positif a été enregistré au Gouvernorat de Sfax (à Mahrès, délégation de Chaffar). Il s’agit d’une femme âgée de 43 ans qui a été agressée par un chien inconnu vers le 03/4/2015 sans recours aux soins et au traitement antirabique en post-exposition. Le 07/5/2015 des signes cliniques de suspicion de rage (hydrophobie constatée lors de prise d’une douche, anxiété et dysphagie) sont apparus. Le décès est survenu le 09/5/2015. L’autopsie a été réalisée au Service de Médecine Légale de l’EPS Hédi Chaker de Sfax. - Le troisième cas positif a été enregistré au Gouvernorat de Bizerte (Délégation de Sejnane). Le défunt, était un jeune homme âgé de 21 ans, qui s’occupait d’un élevage d’animaux domestiques et qui aurait manipulé son chien (malade puis mort). Il a enterré son chien sans consulter les services vétérinaires et n’a eu aucun recours aux soins antirabiques en post-exposition. Environ trois mois après la mort de son chien il avait présentés le 31/5/2015, les premiers signes de cliniques (asthénie, fièvre, et une sensation d’étouffement) qui ont ensuite évolués vers un tableau d’hydrophobie et de photophobie ayant conduit à la suspicion de rage. Le décès est survenu le 05/6/2015. L’autopsie a été réalisée au Service de Médecine Légale de l’Hôpital Charles Nicolle de Tunis. - Le quatrième cas a été enregistré au Gouvernorat de Kairouan (Délégation Sidi Amor Bouhajla). Il s’agit d’un garçon âgé de 12 ans qui a été mordu par un chiot sans avoir eu recours au traitement antirabique en post-exposition. Suite à l’apparition de troubles de la déglutition avec agitation et hydrophobie, environ trois mois après la morsure ; il a été hospitalisé au Service de Pédiatrie de l’Hôpital Régional Ibn El Jazzar de Kairouan le 19/6/2015. Le décès est survenu le 22/6/2015. L’autopsie a été effectuée au Service de Médecine Légale de l’Hôpital Régional Ibn El Jazzar de Kairouan. - Le cinquième cas a été enregistré aussi au Gouvernorat de Kairouan (Délégation Sidi Amor Bouhajla). Il s’agit d’un homme âgé de 57 ans. Le patient a été mordu par son chien le 26/05/2015. Il a abattu le chien (sans envoi pour demande de diagnostic de rage) et a entamé un traitement antirabique en post-exposition le 26/05/2015 à l’hôpital de Bouhajla (schéma B1 : SAR + VAR à J0 et VAR à J3) ; il a ensuite interrompu son traitement antirabique, sans raison. Il a été hospitalisé le 03/8/2015 au service de Médecine de l’Hôpital Régional Ibn El Jazzar de Kairouan. L’autopsie a été effectuée au service de Médecine Légale de l’Hôpital Régional Ibn El Jazzar de Kairouan. - Le sixième cas a été enregistré à Mahdia. Il s’agit d’un garçon âgé de 9 ans qui aurait été victime d’une agression par un chien inconnu. En se présentant au Service des Urgences, la notion de morsure aurait été écartée par les parents du patient ; par conséquent des traitements « posttraumatiques, chute de sa propre hauteur » des plaies au niveau du front ont été prescrits (avec sutures) sans administration préalable de traitement antirabique en post-exposition. L’apparition d’hyperthermie et de trémulations apparues le 12/11/2015, soit environ deux mois après le traumatisme, a été à l’origine de l’hospitalisation du patient ; l’évolution a été marquée par l’apparition d’aérophobie et d’hydrophobie. Le décès est survenu le 14/11/2015 et l’autopsie a été réalisée au Service de Médecine Légale de l’Hôpital Fattouma Bourguiba de Monastir. En conclusion, durant l’année 2015, six cas de rage Humaine ont été enregistrés en Tunisie et ont été confirmés au Laboratoire de la rage de l’IPT. C. Activités de contrôle: Dans le cadre de la collaboration avec le Service des Vaccinations anti-rabique et internationales, est effectué un contrôle systématique de la réponse en anticorps neutralisants chez

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les personnes vaccinées en préventif (personnel des laboratoires de l’IPT exposées à la rage et qui sont pris en charge par le Service des Vaccinations antirabique et internationale de l’IPT, ainsi que pour certains cas particuliers pris en charge pour un traitement antirabique en post-expositions. Ces contrôles sont effectués par des titrages des anticorps neutralisants en utilisant la technique de séroneutralisation sur cellules (RFFIT). Au total 53 sérums ont été titrés par la technique RFFIT en 2015. Dans le cadre de collaboration avec le Service de Production des Sérums antirabiques de l’Institut Pasteur de Tunis, le Laboratoire de la Rage a livré 9 tubes de virus rabique, souche « CVS » pour permettre les titrages de ces sérums par l’Unité de « Contrôle Qualité ». Les chiffres clés du laboratoire en 2015

1055 analyses pour le diagnostic de la rage animale 8 analyses pour le diagnostic de la rage humaine

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Service de Vaccinations Antirabiques et Internationales Composition de l’équipe

Nom et Prénom Samy KHOUFI Karima Hachemi Soufiène Aloui Kaouther El ouni Ayoub Raddadi Hanène Dabboussi Anissa Khlifi Mourad Selmi Imène Mannaï Hajer Ben Ayed Rym Tabbouri

Position Médecin Major Infirmière principale Infirmier Infirmière Infirmier Infirmière Infirmière infirmier Technicienne de gestion contractuelle Attachée contractuelle Préparatrice de pharmacie contractuelle

Présentation générale du laboratoire Dans le cadre du programme national de lutte antirabique, le service prend en charge le traitement antirabique spécifique des personnes résidantes dans les gouvernorats de Tunis, Ariana, Mannouba, Ben Arous et éventuellement ceux provenant d'une autre région ou d'un autre pays. Notre service constitue le service de référence pour les recommandations nationales en matière de vaccination et de lutte antirabique en collaboration avec le laboratoire de la rage. Pour la vaccination internationale, le service est le seul centre agrée pour la vaccination contre la fièvre jaune. Il assure les vaccinations obligatoires, nécessaires et recommandés pour les voyageurs. Nous prodiguons en plus des conseils d'hygiène et de comportement, les mesures de protection du paludisme ainsi que la chimio-prophylaxie adaptée selon le pays impaludé de destination et sa situation épidémiologique. Under the national program for rabies control the service supports the post-exposure treatment for rabies specific to persons resident in the great district of Tunis and possibly those from another region or another country. Our service is the referral service to national recommendation for rabies vaccination and control in collaboration with rabies laboratory. For traveler immunization, service is the only approved centre for vaccination against yellow fever, it provides mandatory, required and recommended vaccinations for travelers. We provide more advice on hygiene and behavior, protective measures and adapted malaria chemoprophylaxis according to the malaria-endemic country of destination and its epidemiology. REALISATIONS DANS LE CADRE DES ACTIVITES DE SANTE PUBLIQUE : I - VACCINATIONS ANTIRABIQUES : 17151 actes de vaccinations antirabiques ont été effectués pour 6846 sujets exposés, avec une stabilité par rapport à l’année dernière. Les 3/4 des sujets agressés ont reçu un traitement d’observation vu qu’ils ont été mordus par un animal connu et observable.

Traitement d’observation Traitement complet TOTAL

NOMBRE DE VACCINES Avec sérum Sans sérum 366 3774 418 2288 784 6062

TOTAL 4140 2706 6846

La majorité des personnes (82 %) se présentent pour la vaccination dans les 24 heures qui suivent l'agression, cependant 6 % des sujets ne consultent qu’au delà du 3ème jour. 11 % des personnes traitées ont reçu à J0 une sérothérapie antirabique associée au vaccin. Environ 12 % des sujets traités ne complètent pas leur traitement malgré qu’ils sont convoqués systématiquement en cas de défaillance. La mise de l’animal agresseur sous observation vétérinaire est systématiquement exigée cependant elle reste très faible, seulement 2,3 % des personnes agressées ont présenté le certificat vétérinaire du 1er jour.

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Délai de présentation 0 à 24 h 24 à 48 h 3 à 14 j plus de 14 j

nombre d’agressés 5646 606 563 31

Les délais entre l’agression et la vaccination Dans 2/3 des cas l'animal agresseur est connu et vivant, mais il n’est attesté vacciné contre la rage que dans 5,5 % des cas. Il est inconnu, errant pour 28 % des cas. Dans 3,4 % des cas l’animal agresseur meurt pendant la période d’observation. La morsure est profonde chez 5 % des sujets agressés. 39 personnes prises en charge ont été mordus par un animal confirmé enragé par le laboratoire. II - VACCINATIONS INTERNATINALES : 32810 actes de vaccinations ont été réalisés essentiellement pour les voyageurs partants pour l’Arabie Saoudite (El Omra et Hadj), les pays d’Afrique, l’Amérique du sud, le sud-est asiatique et certains pays d’Europe et d’Amérique du nord. VACCINATIONS NOMBRE D’ACTES Méningite A/C/Y/W135 236117 Fièvre jaune 5286 Hépatite virale B 311 Hépatite virale A 295 Poliomyélite 701 Diphtérie - Tétanos 1346 Diphtérie – Tétanos- Polio 241 Fièvre typhoïde 374 Rougeole-Oreillon-Rubéole 39 Intradermoréaction à la tuberculine 431 Antirabique préventive 175 Total 32810 leurs 374 voyageurs ont bénéficié d’une série de vaccination recommandée selon destinations. III- VACCINATION DU PERSONNEL, DES ETUDIANTS ET DES STAGIAIRES : Vaccinations Hépatite B Anti-rabique Anti-Poliomyélitique IDR à la tuberculine Diphtérie-Tétanos dT TOTAL

Personnel I P T Etudiants et Stagiaires 18 102 3 22 14 159

Au total le service a assuré 50084 actes de vaccination durant l’année 2015. Les chiffres clés du laboratoire en 2015

50084 actes de vaccination 4 Cours/Conférences donnés 1 Participation à des Commissions Nationales et Internationales 2 Communications orales et affichées dans des congrès nationaux 1 Formation continue réalisée en Tunisie

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Service des consultations externes Composition de l’équipe Prénom, Nom Dr Radhia Ammi Mme Amira Ammar Mme Faiza Lajrab Mr Amor Baccouche Mr Khaled Ben Djeddou Mr Sahbi Miraoui Melle Nesrine Ghannem Melle Fatma Khardani Mme Rim Ben Mansour Mme Faten Abdrabbou Melle Yosra Moknessi Mme Mouna Maghrebi

Position/Fonction Médecin de la santé publique / Responsable du service Infirmière principale Technicien Supérieur Infirmier Infirmier principal Infirmier Infirmière Principale Infirmière Principale Attaché Administratif Attaché Administratif Agent Administratif Sage femme

Présentation générale du laboratoire Le service des consultants externes assure l'activité pré et post diagnostique. Il centralise l'ensemble des prélèvements à destination des différents laboratoires d'analyses biomédicales concernant tant les analyses de routine que les analyses spécialisées. Les chiffres clés du laboratoire

20009 dossiers enregistrés (prélèvements) dont 5264 pour des analyses gratuites

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Laboratoire des Toxines Alimentaires Composition de l’équipe Nom et Prénom KHARRAT Riadh Marrouchi Riadh Limam Zouhour Belayouni Nawel Safa Tarhoumi Dziri faten Mohamed Kamel Ferchichi Houki hassen

Fonction Chef service biologiste adjoint Mobidoc étudiante en thèse Etudiante en thèse Surveillante du laboratoire ouvrier

Présentation générale du laboratoire 1)Diagnostic et santé publique Contrôle de la qualité et de la salubrité des coquillages afin de permettre aux conchyliculteurs l'écoulement de leurs marchandises sur le marché tunisien avec une garantie d'absence de biotoxines ..Trois groupes de phycotoxines sont contrôlés . ; liposolubles. , paralysantes et amnésiantes Méthode de référence d’analyse Le dépistage sur souris des toxines liposolubles à partir des glandes digestives de coquillages sont effectués selon la méthode d’analyse dite de Yasumoto et al. 1984 modifiée, reconnue au plan international. Les coquillages sont considérés contaminés si on observe, sur une période de 24 heures, la mort d'au moins deux souris sur les trois inoculées avec des extraits de glandes digestives (ou de chair totale) des échantillons à tester. Ceci signe la présence, dans des proportions supérieures aux limites fixées, d’une ou de plusieurs toxines (acideokadaïque, dinophysistoxines, pecténotoxines, yessotoxines et azaspiracides). La méthode de référence pour l’analyse des phycotoxines paralysantes est un bio-essai sur souris selon la méthode validée par l’AOAC (Association of Official Analytical Chemist) référencée 959-08 (AOAC, 1990).Les coquillages sont considérés impropres à la consommation lorsque l’échantillon analysé contient plus de 80 μg équivalent saxitoxine pour 100 g de chair totale La méthode d’analyse des phycotoxines amnésiantes est une analyse chimique en chromatographie liquide haute performance couplée à une détection par UV. Un résultat est considéré comme positif lorsque l’échantillon contient plus de 20 μg d’acide domoïque/g de chair. 2) RESUMES DES RESULTATS DE RECHERCHE OBTENUS LORS DE L’ANNEE 20014- 2015 Les thèmes de recherche peuvent être regroupés sous deux thématiques : Biotoxines et Molécules et cibles thérapeutiques extraits à partir d’algues marines -Biomolécules d’intérêt thérapeutique, diagnostique et développement biotechnologique 1) Molécules et cibles thérapeutiques extraits à partir d’algues marines 

Phycotoxines produites par des micro-organismes

Le Laboratoire des Toxines alimentaires de l’Institut Pasteur de Tunis (IPT) étudie depuis quelques années l'impact potentiel des toxines phytoplanctoniques et fongiques d'origine marine au niveau des parcs conchylicoles de la lagune de Bizerte (Tunisie). Cette lagune a une production estimée à 2.000 tonnes d’huîtres et de moules par an, avec une importance économique considérable pour la région. De même, la France est un pays européen pour lequel la production conchylicole représente une force économique non négligeable et qui bénéficie d’un dispositif sanitaire performant mis en place depuis 1984 pour le suivi des contaminations par toxines phytoplanctoniques. Cependant, d’autres composés que ces phycotoxines peuvent être à l’origine de la toxicité des coquillages comme cela est régulièrement observé en France et en Tunisie. De plus, ces dernières années, les responsables de certains parcs de la lagune de Bizerte constatent une croissance plus

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et une mortalité plus importante des coquillages. Les analyses effectuées sur des prélèvements de zones touchées ont prouvé, notamment, l’absence de phytoplancton toxique, de bactéries toxinogènes, de phycotoxines et de contaminants chimiques (métaux lourds, hydrocarbures …). Les résultats préliminaires révèlent que les épisodes de toxicité sont associés à la présence de champignons microscopiques marins (Fusarium sp., Aspergillus sp. et Trichoderma sp.). De plus, grâce à des méthodes de séparation chromatographique et de spectrométrie de masse, la présence de sphinganine-C17 (C17-SAMT, pour C17 Sphinganine Analogue MycoToxin), une mycotoxine de faible masse moléculaire, a été détectée dans la fraction toxique des coquillages. La C17-SAMT provoque principalement, chez la souris in vivo, des effets sur le système neuromusculaire, sur le muscle cardiaque (Marrouchi et al., 2013) .A partir de ces éléments, l’hypothèse de l’implication des micro-mycètes dans ces phénomènes de toxicité a été proposée et a conduit à une large collaboration entre l’IPT et l’équipe TRIPSYN du Laboratoire de Neurobiologie et Développement du CNRS de Gif sur Yvette. Ce projet a pour but de contribuer à l’évaluation du processus de contamination par la C17-SAMT, ainsi que de déterminer les propriétés structurales, pharmacologiques et toxicologiques de cette toxine. En particulier, des études visant à (i) tester sa bio-accumulation chez les animaux, (ii) étudier sa toxicité in vivo et in vitro et (iii) déterminer son mode d’action sont nécessaires. Dans ce contexte, nous proposons : 5. D’identifier le(s) micro-organisme(s) producteur(s) de la C17-SAMT 6. D’étudier les caractéristiques environnementales associées à la production de toxine 7. D’étudier son transfert aux coquillages 8. De purifier et de caractériser physicochimiquement la toxine et d’autres isoformes 9. D’évaluer ses propriétés toxicologiques et pharmacologiques à l’aide d’études in vitro et in vivo concernant en particulier 9.1. Caractérisation des effets toxiques in vivo et in vitro 9.2. Investigation du potentiel génotoxique Implication du métabolisme humain 9.3. Identification des cibles moléculaires et détermination du mécanisme d’action sur le système neuromusculaire  Valorisé des substances naturelles issues de macroalgues L’équipe étudie et valorise aussi des substances naturelles issues de la biodiversité marine (plus particulièrement à partir de macroalgues ), à visée analgésique, anti-inflammatoire , antiinfectieuse et anticancéreuse. Il s’agit de rechercher des nouvelles classes de métabolites qui pourront être potentiellement des candidats pour de futurs médicaments 3- Evaluation de l’effet anti-inflammatoire des molécules extraites des algues 4- Evaluation de l’effet anti-cancereux des molécules extraites des algues 5- Evaluation de l’effet anti-leishmanial des molécules extraites des algues -Elucidation du mode d’action des molécules ayant un effet validé Mots clés : phycotoxine Algues marines, Activité anti-inflammatoire, activité analgésique, diterpenoide bromé, mode d’action Les chiffres clés du laboratoire

1 Vacation ou Cours rémunéré 3 Publications internationales 2 communications orales et affichées dans des congrès 1Projets Nouvellement Obtenu 6 Diplômes soutenus

Internationaux

Liste des publications en 2015 3. R. Marrouchi a , H. Boulajfene a , N. Belayouni a , F. Dziri a , E. Benoit b , J. Molgo b , S. Boubaker c , R. Kharrat aHistopathological modifications in mice following subchronic toxicity trials by gavage with C17- sphinganine analog mycotoxinAbstracts from 21st Meeting of the French Society of Toxinology (SFET) / Toxicon 91 (2014) 164 e184 4. Riadh Kharrata, Amel Dhiba, , Mouna Fertouna-Bellakhala, , Victor Frossard, Noura Baltia, Lotfi Aleyab Harmful algal blooms (HABs) associated with in shellfish: What can be learned rom five years of monitoring in Bizerte Lagoon (Southern Mediterranean Sea) Ecological Engineering 2014

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3) Les biotoxines marines sur le littoral tunisien etat de connaissance -Riadh Marrouchi, Balayouni , Faten Dziri & Riadh Kharrat Archs .Inst Pasteur Tunis 2014

Nawel

Liste des projets nationaux et internationaux en 2015 Champignons Aquatiques produisant de la Sphinganine : Toxicité, déterminisme Ecologique et Transfert pour l’Evaluation du risque, Kharrat Riadh, soumis pour ANCESS

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Unité Spécialisée des Mycoplasmes Composition de l’équipe Prénom, Nom Boutheina Mardassi Amina Ben Alaya Béhija Mlik Houssem Mejri

Position/Fonction Biologiste Principale, Responsable de l’Unité Spécialisée des Mycoplasmes Technicienne Supérieure Technicienne Supérieure, Principale/Surveillante Agent ouvrier

Présentation générale du laboratoire L’activité de diagnostic au sein de l’Unité Spécialisée des mycoplasmes reflète l’application pratique des résultats obtenus de l’activité de recherche scientifique. Les tests pratiqués couramment dans nos activités sont: la mise en culture et l’isolement des mycoplasmes, les tests sérologiques (ELISA, IFI et Western blot) et moléculaires (PCR). L’application de ces tests est valable pour les différentes espèces de mycoplasmes d’origine humaine, animale, vaccinale, sérique, ou cellulaire.  DIAGNOSTIC DES MYCOPLASMES D’ORIGINE HUMAINE  Le diagnostic sérologique (dépistage des IgsG) de Mycoplasma pneumoniae se fait par le test ELISA « Double Sandwich » développé par le laboratoire. Actuellement, ce test est modifié en ELISA à protéines recombinantes, adhésine P1 type 1 et type 2, pour une identification sérologique plus fiable et un typage moléculaire de M. pneumoniae.

‫٭‬L’application de l’ELISA à adhésines P1 type 1 et P1 type 2 recombinantes pour la détection des IgsG dans les sérums de patients, montre une réactivité avec les 2 biotypes avec une dominance légère vis-à-vis du biotype 1.

P1 type 1

P1 type 2

 Le diagnostic sérologique des mycoplasmes urogénitaux (Mycoplasma hominis et Ureaplasma spp.) est réalisé par la technique d’Immunofluorescence Indirecte (IFI) dont l’antigène est produit et purifié dans le laboratoire des mycoplasmes. Aujourd’hui, on travaille sur l’amélioration du dépistage sérologique de ces mycoplasmes en développant un test ELISA à protéines recombinantes de M. hominis (les antigènes de surface utilisés sont : P120, P120’, Lmp et Vaa) et d’Ureaplasma spp (MBA (Multiple Banded Antigen)).

IFI positive en IgGs dirigées contre Mycoplasma hominis  Le diagnostic moléculaire repose surtout, sur l’application de la PCR sur des prélèvements bronchiques, urogénitaux, ou sériques en ciblant des gènes ou une partie de gènes spécifique de chacune des espèces de mycoplasmes à identifier.

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 Le diagnostic des mycoplasmes par mise en culture sur milieu SP4 liquide et solide (préparé par le laboratoire) suivie d’une caractérisation biochimique reste toujours le moyen le plus sûr que le laboratoire continue à assurer pour confirmer la présence des colonies typiques de mycoplasmes dites en‘’œuf sur plat’’.

Colonies d’Ureaplasma spp. vues par une loupe binoculaire DIAGNOSTIC DES MYCOPLASMES D’ORIGINE ANIMALE  Dans son rôle de surveillance des mycoplasmoses aviaires ou de contrôle de l’efficacité d’un vaccin à mycoplasme, le laboratoire utilise comme tests sérologiques l’ELISA Triplex, développé par le laboratoire, pour le dépistage simultané des trois mycoplasmes aviaires les plus pathogènes à savoir, Mycoplasma gallisepticum, Mycoplasma synoviae et Mycoplasma meleagridis, ainsi que l’agglutination rapide sur lame (SARL). Il est important de mentionner que le laboratoire dispose, tout comme pour les mycoplasmes humains, de stocks d’anticorps polyclonaux dirigés contre chacune des espèces de mycoplasmes, souche de référence (ATCC) étudiée. Ces anticorps sont rendus spécifiques par adsorption avec les antigènes de mycoplasmes et des bactéries présentant des réactions croisées avec l’espèce d’intérêt.  La technique d’amplification par PCR duplexe, développé par le laboratoire, est pratiquée surtout sur les poussins d’un jour importés et ce, afin d’assurer l’indemnité des élevages des volailles adultes en Tunisie.

M. gallisepticum M. synoviae

 Le diagnostic bactériologique par mise en culture des prélèvements sur milieux Frey (préparé par le laboratoire) liquide et solide demeure le moyen le plus fiable permettant la mise en évidence de la bactérie. Les chiffres clés du laboratoire

707 analyses 2 communications orales dans des congrès nationaux 1 internationale

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Laboratoire de Parasitologie Mycologie Composition de l’équipe Prénom, Nom Bouratbine Aïda Aoun Karim Siala Emna Ben Abdallah Rym Ben Abda-Driss Imen Chelbi-Ben Amor Hanen Zribi-Saadi Lilia Zallaga Najette Souissi olfa Maatoug Rania Boulahmi Nada Ghazouani Habib

Position/Fonction Professeur hospitalo-Universitaire : Chef de Service Professeur hospitalo-Universitaire Professeur hospitalo-Universitaire Maitre de conférences Agrégé Assistante hospitalo-Universitaire Biologiste adjoint Vétérinaire Biologiste Infirmière principale (Surveillante) Technicienne supérieure Technicienne supérieure Technicienne supérieure Ouvrier

Présentation générale du laboratoire Le Service de Parasitologie-Mycologie est un laboratoire hospitalo-universitaire spécialisé en Parasitologie-Mycologie qui a des activités de diagnostic biologique et d’encadrement. Il est également le laboratoire de référence national pour le paludisme et travaille en étroite collaboration avec certaines directions du ministère de la santé publique (DSSB, DHMPE, DMSU) dans le cadre de programmes nationaux de contrôle des maladies parasitaires en Tunisie (Paludisme, bilharziose et leishmaniose). Il reçoit des prélèvements du secteur privé (médecins de libre pratique) mais également du secteur public (hôpitaux universitaires et régionaux, CRDA). A coté de l’activité de diagnostic biologique, l’encadrement est l’une des missions principales du service. Elle consiste en l’initiation à la parasitologie, l’acquisition de techniques parasitologiques et au perfectionnement en biologie de stagiaires originaires de diverses structures universitaires. Il est organisé en 5 sous unités : 1- Unité de diagnostic parasitologique direct : Cette unité assure dans son activité routinière la recherche de parasite dans les selles (coprologie parasitaire), dans les urines, le sang (hématozoires), la peau et et la moelle osseuse (leishmanies). Il s’agit essentiellement d’examens microscopiques (directs ou après concentration et/ou coloration) et de cultures de parasites (sur milieux spécifiques in vitro). 2- Unité de Mycologie : Cette unité assure dans son activité routinière la recherche des champignons et des ectoparasites dans les prélèvements de la peau et des phanères. 3- Unité de Sérologie : Cette unité assure dans son activité routinière les examens de sérologie parasitaire. Il s’agit essentiellement de sérologies toxoplasmiques mais également de sérologies à la recherche d’anticorps anti-hydatique, anti-leishmaniens, anti-plasmodium, anti-aspergillaires, anti Toxocara canis ou anti-amibiens. 4- Unité de Biologie moléculaire : La PCR quantitative est actuellement pratiquée dans le diagnostic anténatal de la toxoplasmose congénitale et le diagnostic de la leishmaniose viscérale et cutanée. Les techniques moléculaires de diagnostic d’Entamoeba histolytica, d’Entamoeba dispar, des microsporidies, des cryptosporidies et des 3 espèces de leishmanies présentes en Tunisie sont également entreprises en pratique courante. materno-fœtale, des leishmanioses cutanées et du paludisme. En effet, le laboratoire propose de n 5- Unité de recherche de parasites dans les eaux usées traitées : Elle assure la recherche des œufs d’helminthes dans les eaux usées traitées. Parmi les points forts du laboratoire on cite : Le diagnostic de la toxoplasmose ombreux tests sérologiques et moléculaire permettant de diagnostiquer et de dater une toxoplasmose maternelle (ELISA IgG, ELISA IgM, Avidité IgG) et de faire le diagnostic d’une toxoplasmose congénitale en période anténatale (PCR) et/ou en période néonatale et postnatale (ISAGA IgM, profils comparés mère-enfant en WB). Pour la leishmaniose cutanée, le laboratoire propose des tests classiques (prélèvement, examen direct et culture) et des tests moléculaires (PCR quantitative et PCRq-HRM).

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REALISATIONS DANS LE CADRE DES ACTIVITES DE DIAGNOSTIC : Les réalisations entreprises dans le cadre des différentes unités montrent un recrutement stable pour la presque totalité des prestations (tableaux) à part une augmentation au niveau de la recherche d’ADN toxoplasmique par PCR dans le liquide amniotique et des examens parasitologiques des selles (payants) et ce du fait de la résiliation de certaines conventions qui ont été comptabilisées parmi les payants. 1- Unité de diagnostic parasitologique direct : Nombre d’analyses/an Recherche de parasites dans les selles (payants) Recherche de parasites dans les selles (convention) Scotch test anal Examens parasitologiques des urines Recherche d’hématozoaires (Plasmodium) par goutte épaisse Recherche d’hématozoaires (Plasmodium):par test rapide Recherche des leishmanies par examen direct et culture (leishmaniose cutanée) Recherche des leishmanies par examen direct et culture (leishmaniose viscérale) 2- Unité de Mycologie : Nombre d’analyses/an Prélèvements mycologiques Scotch test cutané Recherche d’ectoparasites Activité de contrôle mycologique 3- Unité de Sérologie : Nombre d’analyses/an Toxoplasmose : recherche d’IgG + IgM Toxoplasmose : avidité des IgG Toxoplasmose : profils comparés par western blot Leishmaniose viscérale : sérologie Leishmaniose canine : sérologie Kyste hydatique : sérologie Aspergillose : sérologie Amibiase : sérologie Larva migrans : sérologie Paludisme : sérologie Sous traitance (Biomnis) Bilharziose, anguillulose, distomatose, cysticercose, ascaridiase, trichinellose, filariose, histoplasmose, coccidiidomycose 4- Unité de Biologie moléculaire : Nombre d’analyses/an Recherche d’ADN toxoplasmique dans le liquide amniotique Recherche d’ADN toxoplasmique dans le sang + LCR

2011 383

2011

2012

2013

2014

2015

187

683

645

910

B50

1480

988

403

1220

505

B25

15 70

16 270

9 546

18 374

B10 B15

119

175

508

704

515

B30

102

B40

B70

2015 507 27 42 14

B70 B10 B50 B70

2012 506 100

2013 439 21 24 22

2014 554 34 31 23

2011 1216 40 20

2012 1343 43 58

2013 1097 36 62

2014 1300 51 68

2015 1193 65 59

59 246 125 55 8 15 3

66 248 152 86 15 27 7

57 309 154 38 9 27 17 24

30 319 143 63 07 38 8 22

47 354 124 79 04 21 04 16

B60 B60 B80 B120 B60 B120 B120

2011 21

2012 36

2013 33

2014 21

2015 43

B B400

B400

B120 B120 B300

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Recherche d’ADN de Leishmania par PCR (LV + LC) Recherche d’ADN de Leishmania par PCR (L canine) identification moléculaire des espèces E. histolytica/E.dispar identification moléculaire des espèces de microsporidies identification moléculaire des espèces de cryptosporidies

B400

2012 36

2013 75

2014 30

2015 23

B B50

5- Unité de recherche de parasites dans l’eau : Nombre d’analyses/an 2011 Analyse parasitologique des eaux 79 usées

ACTIVITES D’ENCADREMENT ET DE FORMATION : Le service de Parasitologie-Mycologie encadre régulièrement chaque année des résidents en Médecine et en pharmacie. Il encadre également des étudiants en 3ème année Médecine et des étudiants en biologie de l’Ecole Supérieure des Sciences Les chiffes clés du laboratoire en 2015

5160 analyses

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Laboratoire d'Histologie et de Cytogénétique Médicale Composition de l’équipe Prénom, Nom Ahlem AMOURI Olfa KILANI Wiem AYED Sofien HENTATI Helmi GUERMANI Nabila ABIDLI Rim OBAY Imen CHEMKHI Wajih HAMMAMI

Position/Fonction Professeur hospitalo-Universitaire/Chef de service Assistant hospitalo-Universitaire Assistant hospitalo-Universitaire Technicien Technicien Technicienne Technicienne Technicienne contractuelle Etudiant en thèse es Sciences

Présentation générale du laboratoire Le laboratoire répond aux demandes de caryotypes provenant d’établissements hospitalouniversitaires, d’hôpitaux régionaux et du secteur privé. Ces demandes concernent la Pédiatrie, la Gynécologie-Obstétrique et l’Hématologie pour la cytogénétique constitutionnelle post natale et l’hémato- oncologie pour le diagnostic et le suivi des hémopathies malignes. Les activités du diagnostic cytogénétique du laboratoire reposent sur des caryotypes conventionnels appuyés dans certains cas de cytogénétique moléculaire. Les chiffres clés du laboratoire en 2015

986 analyses 1 Vacations ou Cours rémunéré 2 Participation à des Jury pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger 9 communications orales et affichées dans des congrès internationaux 1 Diplôme soutenus 3 Formation continues réalisées en Tunisie 2 publications internationales Liste des publications en 2015 Internationales 1- Genetic Diagnosis in Non-Obstructive Azoospermic Tunisian Men. Wajih Hammami, Olfa Kilani, Mariem Ben Khelifa, Wiem Ayed, Abderrezak Bouzouita, Fethi Zhioua, Sonia Abdelhak, Ahlem Amouri. Austin J Reprod Med Infertil. 2015;2(2): 1012. 2- Leukemia in Patients with Klinefelter Syndrome: A Report of Two Cases. M. Bchir, W. Ayed, H. Ben Neji, O. Kilani, S. Kefi, M. Zarrouk, H. Guermani , S. Hentati, A. Amouri, B. Meddeb.Indian J Hematol Blood Transfus DOI 10.1007/s12288-015-0590-6. Publié online le 2 septembre 2015

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Laboratoire Pathologie Animale Composition de l’équipe Prénom, Nom Abdeljelil GHRAM IMEN LARBI JIHENE NSIRI JIHENE LACHHEB ISSAM HMILA IMEN EL BEHI FATEN AMMOUNA SOUAD TRIKI FAOUZI FRIHI NACIRA LAAMERI RIM AOUINI BOUTHAINA MERNISSI

Position/Fonction Chef de service Médecin Vétérinaire principal Médecin Vétérinaire Biologiste Adjoint Biologiste Adjoint Technicien Supérieur Principal Technicien Supérieur Principal Technicien Supérieur Principal Ouvrier Etudiant en thèse des Sciences Etudiant en thèse des Sciences Etudiant en thèse des Sciences

Présentation générale du laboratoire : Les activités du laboratoire de Pathologie Animale s’intéressent au diagnostic virologique et sérologique des principales maladies animales, en particulier les maladies virales des volailles, ainsi qu’à la surveillance de certaines maladies virales à intérêt économique dont la clavelée des ovins, la maladie de Newcastle, l’influenza aviaire. En matière d’aviculture, un secteur assez développé et organisé en Tunisie, des maladies infectieuses pour lesquelles un programme de vaccination est adopté et révisé régulièrement par la Commission de Pathologies Aviaires du Ministère de l’Agriculture, sont à l’origine de pertes économiques importantes. De plus, la persistance de ces pathogènes dans nos élevages limitent nos échanges commerciaux (poulet, œufs, plumes…) avec le reste du monde. Pour cela, un programme national de surveillance de la maladie de Newcastle (MN) et de l’Influenza Aviaire (IA) a été instauré dès 1995 et renforcé en 2000 et 2006, en collaboration avec les vétérinaires des circonscriptions régionales et la Direction Générale des Services Vétérinaires du Ministère de l’Agriculture. En matière de surveillance de la clavelée des ovins, qui reste une maladie grave causant des pertes économiques assez importantes liées en particulier, aux mortalités des jeunes, un programme national de surveillance a été mis en place pour identifier le virus à partir de cas cliniques suspects, permettant ainsi de renforcer le programme de vaccination et le différentier de ceux de l’ecthyma contagieux et de la Bluetongue. I/ ACTIVITES DE SURVEILLANCE EPIDEMIOLOGIQUE 1. Programme national de surveillance de la maladie de Newcastle et de l’Influenza Aviaire Dans le cadre d’une convention entre la DGSV et l’IPT, un programme national de surveillance des myxoviroses aviaires (MN et IA) (PN) a été initié pour assurer le suivi sérologique et virologique des deux maladies dans les tous types d’élevages avicoles. Des prélèvements (sang total et écouvillons trachéaux et cloacaux) sont effectués dans les différents élevages (Poulets de chair, Poules pondeuses, reproducteurs de ponte et de chair, dindes et reproducteurs dindes de chair et autres espèces avicoles) des 24 gouvernorats du pays selon un protocole préétabli (Tableau I). Les analyses réalisées visent la détermination des taux d’infection de MN et IA dans les élevages des différentes régions (Tableau I), ainsi que l’identification des isolats la caractérisation moléculaire sur les plans phylogénétique et pathogénique. Les résultats sérologiques ont montré des taux d’infection variables d’une région à l’autre aussi bien pour la grippe que pour la Newcastle. Le taux d’infection global pour l’influenza est de 61% alors que celui pour la maladie de Newcastle est de 83 %. Ces taux sont largement supérieurs à ceux de l’année 2014 (Tableau I). Il faut noter que certains élevages, en particulier de poules reproductrices ont utilisé un vaccin à virus inactivé contre l’influenza aviaire type H9N2, ce qui a contribué à l’élévation du taux de positivité des élevages étudiés; au fait, 59 sur les 435 élevages (13,5%) situés dans 9 régions du pays ont utilisés le vaccin anti- influenza. Ainsi, le taux d’infection dans les élevages non vaccinés est de 47%., largement supérieur à celui des années précédentes, indiquant une persistance et une diffusion plus large du virus.

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De même, le programme de vaccination contre la maladie de Newcastle a été renforcé fin 2014-début 2015 suite à l’identification et la caractérisation d’une souche vélogène (très virulente) de pathotype VII circulant des plusieurs élevages du pays; ce renforcement explique la montée de ce taux de positivité des réponses sériques en 2015 (Tableau I). Tableau I : Taux d’infection globaux obtenus (PN9) Taux d’infection Global Technique Maladie utilisée 2015 2014 PN9

IA MN

ELISA direct

25% 33%

61% 83%

Les analyses virologiques ont permis de confirmer l’identité d’isolats à partir des prélèvements d’organes et d’écouvillons reçus, par les tests d’hémagglutination et d’inhibition de l’hémagglutination utilisant des sérums spécifiques anti-IA ou anti-MN suivis du test de RT-PCR (Tableau III). Tableau III : Identification d’isolats viraux (PN9) Nombre Techniques Maladies Echantillons utilisées IA HA/IHA-PCR PN9 460 MN HA/IHA-PCR *PMV-1 : Paramyxovirus type 1

Résultats virologiques 1 H9N2 8PMV-1*

Le test de pathogénicité sur poussins est en cours pour déterminer la pathogénicité des isolats IA et MN détectés. De même, le séquençage des gènes F et HA des virus de MN et IA identifiés, respectivement, est en cours. 2. Surveillance de la clavelée Dans le cadre de la surveillance de la clavelée en Tunisie, le Laboratoire de Pathologie Animale, en collaboration avec la Direction Générale des Services Vétérinaires (DGSV) du Ministère de l’Agriculture, s’est chargé et après une rupture de cette activité depuis un bon moment, du diagnostic de la clavelée chez les ovins. A ce titre, le Laboratoire assure l’isolement et l’identification du virus de la clavelée à partir d’échantillons reçus du terrain et la détermination de la pathogénicité des souches virales, étant donné qu’un programme national de vaccination est en cours d’application dans le pays. Ainsi, une technique de PCR en temps réel a été développée au cours de cette année permettant de confirmer assez rapidement la présence du virus claveleux dans les échantillons ovins reçus. Le tableau IV présente la liste des échantillons testés et les résultats obtenus.

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Tableau IV : RECAPITULATIF DES RESULTATS DES ANALYSES MOLECULAIRES POSITIVES DE LA CLAVELEE / ANNEE 2010-2016 Clients

DGSV

N° Ordre 36/16 35/16 34/16 33/16 9/16

DGSV

10/16

DGSV

13/15

DGSV

14/15

200/14 201/14 DGSV 202/14 203/14 DGSV DGSV

DGSV

279/14 05/12 1517/12 Male 1517/12 Femelle 3337/10

Nature Nbre Espèce Age Echant. Echant /Race Ec. 2 NS (Femelle) Ec. 1 QF 3ans Croute 1 QF Croute 1 N.T. Ec*. 1 Ovine (barbarine 2 ovin A et Noir de Tibar) mois Ec. 1 Ovine (barbarine 1.5 ovin B et Noir de Tibar) mois Croute 1 Ovine 5 ans (Queue fin/QF) Sang 1 total EDTA 1 Croute 1 Ovine 2 ans (Croisée) Sang 1 total EDTA 1 Croute 1 Ovine 8 (Algérienne) mois Sang 1 total Croute 1 Ovine 1an (Algérienne) Sang 1 total Croute 1 Ovine 1an (Algérienne) Sang 1 total Croute 1 Ovine 2 (Algérienne) mois Sang 1 total Croute 1 Ovine NS Croute 1 Ovin e (Barbarine) 1an Croute

Ovine

Croute

Ovine

Croute EDTA

1 1

Ovine

10 ans

Techniqu e utilisée

Analyses Date de demandées réception

rPCR**

Clavelée Mornag/ Ben Arous

rPCR

Clavelée

rPCR

Clavelée

rPCR

rPCR rPCR

Clavelée Khlidia/ Ben Arous

Clavelée Nahli/K.A -Ariana

Clavelée Clavelée Mornaguia/ Manouba

rPCR Manouba rPCR rPCR

Clavelée (Kairouan)

11/03/16 09/01/1 6 09/01/1 6

10/03/1 5

21/05/1 4

05/01/1 2 04/06/1 2 2010

* : Ecouvillon ; ** : PCR en temps réel ; ***NS : Non Spécifié II- ACTIVITE DE DIAGNOSTIC L’activité de diagnostic concerne aussi bien le diagnostic sérologique (ELISA, IHA), virologique dont l’inoculation aux œufs embryonnés SPF et aux cultures primaires de fibroblastes, de foie de poumons ou de reins et de lignées cellulaires (Vero), suivie des tests HA, IHA, RT-PCR pour l’identification des isolats obtenus et du séquençage des gènes responsables du pouvoir pathogène et de l’analyse phylogénétique pour leur caractérisation moléculaire et leur classification. Ces analyses concernent des demandes ponctuelles, malheureusement faibles, émanant d’éleveurs en situation de difficulté (maladie ayant déjà causé des pertes importantes, diagnostic non précis avec persistance de mortalité et/ou de signes de maladie..) ou suite à l’apparition de foyers d’une pathologie nouvelle telle que la laryngotrachéite infectieuse en 2014.

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1. Analyses sérologiques : Tableau V : Analyses sérologiques effectuées durant 2014-2015

9/15-10/15-11/15 1/15 et 3/15 CRDA Sfax 17/15 38/15 2/15 5/15 et 7/15 16/15 20/15 et 21/15

35 (35+)* 11 (0+) 30 (3+) 10 (1+) 30 (1+) 15 (0+) 30 (5+)

35 (35+)* 11 (1+) 30 (30+) 10 (10+) 30 (18+) 15 (13+) 30 (18+) 15 (15+) 30 (30+) 206 (170+)

85/15 30 (30+) 191 (75+)

34-37/15

Total Sérums (+)*

Analyses sérologiques (ELISA)

N° Ordre

Réo 60 (57+)

LTI

35 (35+)*

30 (30+)

15 (4+)

60 (57+)* 105 (105+) 22 (1+) 90 (63+) 20 (11+) 60 (19+) 30 (13+) 60 (23+) 30 (19+) 60 (60+) 537 (371+)

Total reçu 65 60 15 (Total positif) (65+) (57+) (4+) Taux d’infection par 39% 82,5% 100% 95% 26,7% 69% maladie (%) (*) Sérums positifs ; IA : Influenza aviaire ; MN : Maladie de Newcastle ; BI : Bronchite Infectieuse ; Réo : Réovirose ; AnI : Anémie infectieuse ; LTI : Laryngotrachéite Infectieuse ; Les résultats des analyses sérologiques montrent que 69% des sérums analysés présentent des réponses positives (Tableau V). Considérant les maladies diagnostiquées, un taux de positivité de 39% est obtenu pour l’influenza aviaire, indiquant la persistance et la haute diffusion du virus sauvage dans nos élevages en l’absence de vaccination rigoureuse. La LTI est apparue fin 2014 et pose de plus en plus de problème dans les élevages mal gérés et n’appliquant pas de mesures de biosécurité strictes. Des taux très élevés de réponses positives sont observés vis-à-vis de la maladie de Newcastle et la bronchite infectieuse, indiquant plutôt une réponse à la vaccination qu’à des passages des virus sauvages, vu que la vaccination est fréquemment appliquée dans ces élevages, en particulier contre la MN. Le taux élevé des réponses à la réovirose suggère une bonne réponse à la vaccination vu que cette maladie est relativement bien maitrisée par un programme de vaccination efficace des reproducteurs. 2. Analyses virologiques : Figure VI : Etat des prélèvements reçus et résultats des analyses virologiques Analyses virologiques

N° Ordre 16/15

11 (-)

33 (33-)

2 (2+)

17/15 ENMV

Réo

Total

1 (-)

20/15 et 21/15

2 (-)

2 (2+)

34/15 et 37/15

4 (-)

4 (4+)

LTI

1 (1-) 4 (2+)

4 (-)

12 (4+)

142

38/15

2 (-)

2 (2+)

85/15

2 (-)

2/15

1 (-)

Total-Analyses

Isolats identifies

4 (2+) 2 (+)

6 (2+) 2 (2-)

IA : Influenza aviaire ; MN : Maladie de Newcastle ; BI : Bronchite Infectieuse ; Réo : Réovirose ; AnI : Anémie infectieuse ; LTI : Laryngotrachéite Infectieuse ; Douze isolats de virus aviaires ont été identifiés à partir des 65 élevages analysés (Tableau VI). Le virus de la maladie de Newcastle est le virus le plus fréquemment isolé 8 isolats), suivi de ceux de la bronchite infectieuse (2 isolats) et de la larygotrachéite infectieuse aviaire (2 isolats) (Tableau VII). La caractérisation moléculaire de ces isolats est en cours. Tableau VII : Récapitulatif des résultats virologique et sérologique obtenus Sérologie Virologie Maladie Testés Positifs Testés Positifs Maladie de Newcastle 206 170 22 8 (82,5%) (36,4%) Bronchite Infectieuse 65 65 17 2 (100% (11,8%) Influenza aviaire 191 75 22 0 (39%) Réovirose 60 57 1 0 (95%) Laryngotrachéite 15 4 2 2 (26,7%) (100%) Total 537 371 65 12 Les chiffres clés du laboratoire en 2015

3 Diplômes en cours 2 communications orales et affichées 3 Formations continue réalisée en Tunisie, 1 à l’étranger 3 organisation ou contributions à l’organisation d’un événement

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Service d’Epidémiologie Médicale Composition de l’équipe Nom et Prénom Afif Ben Salah Jihène Bettaieb Wafa Aissi Mohamed Fethi Diouani Sadok Chlif Amor Zâatour Nebil Bel Haj Hmida Aicha Boukthir Adel Gharbi Mongi Dellagi Mohamed Ali Snoussi Kamel Belgacem Wissem Zid Ferdaous Wertani Sana Chaâbène Rabiâa Harrabi Chadha Dawahi Hayet Mhenni Wissem Ghawar Kaouther jaouadi Rihab Yazidi Sadok Salem Ghassen kharroubi Meriem Nouira Wassim Zaatour Wajdi Zaatour

Position Professeur Hospitalo-Universitaire Maître de conférences Agrégé Hospitalo-Universitaire Assistante Hospitalo-Universitaire Vétérinaire Principal Ingénieur Général Technicien Sup Major Technicien Sup Major Technicien Sup Major Technicien Technicien Technicien Vétérinaire Principal Technicien sup contractuel Ingénieur Contractuel Ingénieur Contractuel Ingénieur contractuel Infirmière contractuelle Aide Soignante contractuelle Gestionnaire contractuelle Biologiste adjoint contractuel Biologiste adjoint contractuel Ingénieur contractuel Technicien supérieur contractuel Résident en médecine Résidente en médecine Ingénieur contractuel Technicien sup principal contractuel

Présentation générale du laboratoire 1. INTITULÉ : SERVICE D’ÉPIDÉMIOLOGIE MÉDICALE 2. LES ACTIVITES DE RECHERCHE MENEES AU SEIN DU SERVICE Le service d’Epidémiologie Médicale à l’Institut Pasteur de Tunis est une structure hospitalouniversitaire qui assure les activités suivantes : i) Participation à l’amélioration des connaissances sur le profil épidémiologique des maladies transmissibles prioritaires en Tunisie par la réalisation d'études épidémiologiques populationnelles dans le but de proposer des mesures de contrôle et de prévention efficaces et appropriées. ii) Renforcement du système national de surveillance épidémiologique par le développement et la mise en place des systèmes d’alerte précoce pour la gestion des maladies transmissibles à potentiel épidémique. iii) Contribution à l'avancement de la recherche biopharmaceutique pour le développement de nouvelles alternatives au glucantime pour la prise en charge de la leishmaniose cutanée iv) La promotion des bonnes pratiques cliniques et l’implémentation des produits développés par le secteur de la recherche par la formation universitaire et post-universitaire aux niveaux national, régional et international. Nos axes d'activité concernent plus spécifiquement: A. Les systèmes de surveillance épidémiologique : L'équipe d’Epidémiologie participe à l'élaboration et la mise en place des nouveaux systèmes de surveillance et de veille sanitaire qui incorpore en plus des données temporelles sur les maladies (essentiellement celles à déclaration obligatoire, les maladies émergentes et ré-émergentes et les maladies à potentiel épidémique), des informations démographiques, écologiques et géographiques superposées dans des cartes électroniques à plusieurs couches. Ces outils permettraient la

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modernisation et l'amélioration de la performance des systèmes d'informations sanitaires actuels pour une meilleure gestion des risques sanitaires. Cette activité se déroule désormais en collaboration avec la Direction des soins de santé de Base et le laboratoire de référence de la grippe au CHU Charles Nicole (Prof. Slim Amine) pour mettre à niveau le système de surveillance épidémiologique. Dans le cadre de cette collaboration un projet intitulé "Renforcement de la surveillance de la grippe en Tunisie", financé par le CDC d’Atlanta, USA a été mis en place en 2014. Ce projet vise a amélioré les performances du système de surveillance sentinelle actuel d’ici 2018. Ainsi les objectifs, les composantes et l'organisation du dispositif national de surveillance de la grippe ont été révisés afin de renforcer ses capacités, en utilisant des méthodologies et des procédures normalisées. Ce nouveau système de la surveillance de la grippe en Tunisie a pour objectifs de: 1. Suivre la tendance de l’infection grippale dans le temps et dans l’espace en Tunisie. 2. Détecter les épidémies saisonnières à leurs débuts. 3. Décrire l’épidémie de grippe dans le temps (= établir la courbe épidémique) et pour différents groupes d’âge et identifier, éventuellement, les sous groupes de population à risque. 4. Evaluer la sévérité et l’impact de l’épidémie dans la population : sur les hospitalisations et les décès en Tunisie par la mise en place des sites de surveillance SARI:" severe acute respiratory infection". 5. Identifier les virus circulants et leurs principales caractéristiques. 6. Détecter précocement les changements dans les virus de la grippe et l’apparition des nouveaux variants ou sous-types de virus grippal. 7. Détecter des virus respiratoires émergeants (ex : Mers-Cov) Un protocole d’évaluation à mi -parcours de ce nouveau système de surveillance a été rédigé et sera mis en place en 2016. L’évaluation couvrira la structure, l’organisation, le processus et les produits du système de surveillance et de riposte et devra pouvoir implémenter les mesures correctives permettant d’atteindre les objectifs fixés. Un 2eme projet financé par l’Organisation Mondiale de la Santé, a été entrepris avec la Direction des Soins de Santé de Base, vise à mettre en place un système d’information épidémiologique électronique qui englobe les maladies à déclaration obligatoire et l’activité des centres de santé de base. Ce système intègre pour la première fois une carte électronique de tout le pays dont la résolution atteint le village. Ce système est en cours de développement avec l’appui d’un comité de pilotage national sous la coordination scientifique du service d’Epidémiologie Médicale (2 membres du service). B. La Recherche clinique selon les standards internationaux des Bonnes Pratiques Cliniques pour le développement de médicaments anti-leishmaniens et de tests de diagnostic rapide La recherche clinique représente un volet très actif au sein du service. En effet, notre équipe en collaboration avec des organismes de recherche nationaux et internationaux contribue au développement et à l’enregistrement, en Tunisie et aux Etats Unis d’Amérique, d’un nouveau médicament anti-leishmanien sous forme de pommade. Il s’agit d’un produit composé de paromomycine 15%, gentamycine 0,5% dans un véhicule hydrophile. Pour la première fois en Tunisie, un centre de recherche clinique opérant selon les normes internationales de bonnes pratiques cliniques a été implémenté dans le gouvernorat de Sidi Bouzid, en pleine zone d’endémie leishmanienne. Ce centre est totalement intégré aux soins de santé de base, et comporte par ailleurs un local pour la logistique, un laboratoire et une unité mobile (2 médecins, 2 infirmiers, 2 véhicules tout terrain avec 2 chauffeurs) pour la mise en œuvre des essais sur le terrain. Il se base sur le système des soins de santé primaires pour le recrutement des sujets volontaires. Sous la direction du Pr. Afif Ben Salah (Principal Investigateur), une série d’essais thérapeutiques (deux études en phase II et une étude en phase III) pour tester un nouveau médicament antileishmanien sous forme de pommade (WR279396) ont été réalisées. Ces essais ont conclu à l'efficacité du nouveau produit testé (80 à 94%) et à sa très bonne tolérance (absence de toxicité systémique). Il s'agit d'essais cliniques multi-centriques regroupant trois institutions internationales (l'Institut Pasteur de Tunis, L'Institut Pasteur à Paris et l'Institut Walter Reed, USA).

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Cette activité a été renforcée par la construction d’un centre de recherche international dans la région de Sidi Bouzid avec un financement international. Un test de diagnostic rapide (CL-Detect) a été testé et validé intégralement dans notre groupe pour la composante sensibilité, il a été enregistré en 2014 à l’US-FDA. C. Epidémiologie moléculaire des parasites « Leishmania major »: effet du temps et de la répartition géographique sur le profil génétique des leishmanies Le groupe d’Epidémiologie continue à alimenter sa banque de souches de leishmanies afin de tester des hypothèses en rapport avec la variabilité génétique des souches en fonction du type de rongeur et de l’expression clinique de la maladie chez l’homme. Des comparaisons entre le profil génétique des souches anciennes (collectés en 1990) et les souches récentes (collectés 20 ans et plus plu tard) ainsi que l’origine géographique ont permis d’évaluer l’effet du temps et de l’appartenance géographique sur le profil génétique des souches de leishmanies. D. Modélisation spatiale de la dynamique des rongeurs Mérions et son impact sur l’émergence de la maladie : Une étude épidémiologique à visé l’évaluation de la dynamique spatiale du rongeur Mériones Shawi : 30 rongeurs ont été équipés de colliers émetteurs et ont été suivis de façon hebdomadaire par télémétrie. Cette étude a montré pour la 1ère fois que ce réservoir se déplace et on a pu quantifier ses déplacements (distance moyenne parcourue pendant 6 mois = 1.4 km). Un modèle mathématique intégrant les paramètres intrinsèques de transmission et la dynamique spatiale est en cours de conception. E. Qualification pour la coordination scientifique d’un centre d’investigation clinique (CIC) financé par le ministère de la santé et le ministère de l’enseignement supérieure et la recherche. Cette Qualification suit la présentation à l’appel d’offre lancé conjointement par le Ministère de la Sante et le Ministère de la Recherche pour nommer quatre CIC à l’échelle nationale. Notre CIC intitulé «Maladies transmissible : histoire naturelle et outils innovants pour le diagnostic, la prévention et le traitement » est constitué de six équipes multidisciplinaires en relation avec les hôpitaux de la Tunisie, sous la coordination du Pr. Afif Ben Salah. Ce centre a été évalué retenu le 25 décembre 2014. Son objectif vise à mieux contribuer au contrôle des maladies transmissibles les plus fréquentes en Tunisie (leishmaniose, hépatite, tuberculose) et à promouvoir les bonnes pratiques cliniques dans le pays, il complète naturellement l’activité des laboratoires de recherche en assurant l’implémentation des produits de la recherche sur le terrain. F. le centre de formation régional financé par l’OMS/ TDR. L’Institut Pasteur de Tunis a été sélectionné en Mai 2015 pour héberger le Centre Régional de Formation (RTC) sur les maladies négligés, sous la coordination scientifique du Pr. Afif ben salah. Ce centre est le 6ème à l’échelle internationale. Sa vocation essentielle est la formation dans le domaine de l’éthique, des bonnes pratiques cliniques et de l’implémentation de la recherche. Ce centre a déjà hébergé un cours international en rapport avec l’implémentation de la recherche et se prépare pour organiser des cours nationaux et internationaux en rapport avec l’éthique bio-médicale, les bonnes pratiques cliniques (GCP), de laboratoires (GLP)et en recherche dans le domaine de la santé (GHRP). G. Le Centre International de Recherche et de Formation Ce centre a été inauguré à Sidi Bouzid en janvier 2016. Il a pour objectif la formation et la recherche opérationnelle dans le domaine des maladies transmissible, pour bâtir les capacités technique et opérationnelles au niveau local et régional. Il est géré conjointement par le service d’Epidémiologie Médicale et la Direction Régionale de la santé de Sidi Bouzid. Les chiffres clés du laboratoire en 2015

10 conférences 7 Vacations et cours rémunérés 2 Participation à des Jurys pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger 4 Participation à des Commissions Nationales et Internationales 5 Communications orales et affichées internationales 2 Publications dans des revues nationaux 4 internationaux 1 autre publication 14 Formation continue réalisée en Tunisie 5 à l’étranger 146

Liste des publications en 2015 1. [Indigenous malaria in Tunisia: 4 cases registered in 2013 in Tunisia]. Gzara Zargouni A, Tej Dellagi R, Ben Alaya N, Ben Jemaa N, Gamara D, Ben Salah A, Triki H, Kallel K, Chaker E, Rachdi MT. Tunis Med. 2015 Aug-Sep;93(8-9):543-7. 2. Bettaieb J, Aissi-Marzouk W, Ben Salah R, Ben Salah F, Mrabet A. Qualité de vie des femmes travailleuses: Résultats d'une étude tunisienne utilisant le questionnaire SF-36. Tunis Med. 2015 Oct; 93(10): 407-11.

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Production de vaccins et sérums thérapeutiques Direction de la production .................................................................................................................... 149 Service de Production du vaccin et Immun BCG ................................................................................ 151 Service de Production des sérums thérapeutiques ............................................................................. 152 Unité de production des plasmas bruts ............................................................................................... 153 Service contrôle qualité ....................................................................................................................... 154 Service Assurance Qualité .................................................................................................................. 157

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Direction de la production Liste du personnel Nom/Prénom Nizar LAABIDI

Position /

Fonction Pharmacien Responsable et directeur technique de l’unité

Docteur en Pharmacie

Liste des services de l’unité PPB : ST : BCG : AQ : MN : DT :

Service de production des plasmas bruts Service de purification des sérums thérapeutiques Service de production des vaccins BCG Service Assurance Qualité Unité de Maintenance Production Direction technique

Liste du personnel de l’unité Fonction/nombre Pharmacien Vétérinaire Ingénieur Administrateur Technicien supérieur Infirmier Secrétaire Ouvrier Total

PPB

ST 1

BCG

CQ 1

AQ 1

DT 1

2 1 1

4 8

5 12

3 11

3 13

3 1

TOTAL 4 2 4 1 22

4 2 15 55

Liste des produits de l’unité Vaccin BCG : vaccine pour immunisation contre la tuberculose Immun BCG Frais : traitement curatif des cancers primitifs de la vessie SAR : Sérum antirabique SAS : Sérum antiscorpionique SAV : Sérum antivipérin Indicateurs de Performance Nombre de lots libérés en 2015 Service de Production du vaccin BCG Vaccin BCG Immun BCG Frais id55/14 75/14 id 53/14 76/14 id 56/14 78/14 id 59/14 77/14 id 61/14 79/14

Service de Production des Sérums Thérapeutiques SAR SAS SAV 189 110 /110A 13 /13A 191 113 14 115 / 115A 118

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Nombre de doses vendues et chiffre d’affaire en DT de l’unité en 2014 et 2015: Type de produit

Nombre de doses vendues en 2014 7142

Chiffres d’affaire en DT

Nombre de doses vendues en 2015

Chiffres d’affaire en DT

250 749,81

4429

177 160

Sérum antivipérin

2627

166 226,28

1557

70 065

Sérum antirabique

6980

209 130,5

4020

140700

Vaccin BCG

56741

619 632.63

59246

639 638

Immun BCG

9155

567 078.54

9727

680 890

82 645

1 812 817,2

78 979.0

1 708 453.0

Sérum antiscorpionique

TOTAL

70 000 60 000 50 000 40 000

2013 2014

30 000

2015 20 000 10 000 0 Immun BCG

BCG id

SAR

SAS

SAV

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Service de Production du vaccin et Immun BCG Liste du personnel Prénom, Nom Imen Ferchichi Rachid Khzémi Abir Agoubi Mariem Lahyéni Soufiène Dhiflaoui Wajdi Khouja Saida Rouahi Mohamed Ali Salhi Mariem SAMMOUNI Mahdi Maghraoui Latifa Jlassi

Position Pharmacien Responsable technique Ingénieur Principal Infirmier Principal Technicien Supérieur Technicien Supérieur Technicien Supérieur Technicien Supérieur Infirmière Technicien Supérieur Technicien Supérieur Principal Ouvrier Ouvrier

Khaled Ghouili

Ouvrier

Nizar Laabidi

Fonction Pharmacien Responsable de Fabrication (par interim) Surveillant du laboratoire _ _ _ _ _ Contrat sur projet depuis le 01/2013 Recruté au mois de 07/ 2013 _ _ Contrat sur projet depuis le mois de 03/ 2013

Indicateurs de Performance Une augmentation des ventes des deux produits BCG a été réalisée. La construction d’un stock de réserve de ces deux produits a donné une certaine stabilité aux ventes de ces deux produits. Le besoin national ne cesse d’augmenter et les équipes de production sont entrain de faire des efforts considérables afin de satisfaire ce besoin. Toutefois on note la grande difficulté du déroulement d’une telle activité de production dans les conditions procédurales administratives actuelles surtout en matière d’approvisionnent et de ressources humaines.

151

Service de Production des sérums thérapeutiques Liste du personnel* Prénom, Nom Sarra Ouahchi Thouraya HAMZA Imen HAZEMI Omrane BEN MANSOUR Meherzia MAHJOUB Majdi TURKI Amira RZIG Walid BEN SAIIDA Ahmed TAIIB Mohamed YAAKOUBI

Position Responsable du laboratoire Technicien Supérieur Principal Technicien Supérieur Principal Technicien Supérieur

Fonction Pharmacienne

Remarques Récemment recrutée

Surveillante _ _

Technicien Supérieur Technicien Supérieur

_ _

Infirmière principale Ouvrier Ouvrier Ouvrier

_ _ _ _

Contrat sur projet depuis décembre 2008 (5 ans)

*Mohamed Ezzine ELARBI Ouvrier a été retraité en Mai 2015, il n’a pas été remplacé. Saida HLEL Ouvrière, a bénéficié d’un congé de maladie longue durée, elle n’est plus apte à assurer des actions qui nécessitent une activité physique considérable. Elle a été déplacée pour la cellule conditionnement secondaire qui est en cours de création. Le problème de renforcement du personnel et les personnes à situation professionnelle précaire reste un problème difficile à résoudre malgré les tentatives répétées de la direction générale de l’IPT et des rencontres avec les ministres de la santé et les responsables des ressources Humaines. Une diminution de la vente des sérums antirabiques a été marquée qui est due à différentes raisons. Une fluctuation a touché la vente des sérums antiscorpioniques. L’équipe de production est entrain de préparer un stock tampon qui concerne tous sérums thérapeutiques afin de réduire la relation directe entre la production et les ventes. Dans ce cadre, une nouvelle machine de remplissage aseptique a été achetée fin de l’année courante (2015). Sa qualification finale avec les tests de simulation de répartitions aseptiques est prévue fin Mars 2016 et les premiers lots sont prévus pour être libérés à partir du mois de Mai 2016.

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Unité de production des plasmas bruts Liste du personnel Nom/Prénom Bachraoui Sana Talel Ben Slimen

Position / Vétérinaire Principal Vétérinaire

Sabeur Kochbati

Technicien superieur

Badraoui Mokthar Nefzi Slim Mabrouk Mohammed* Hamrouni Kais*

Ouvrier Ouvrier Ouvrier Ouvrier occasionnel

Mathlouthi Azzouz Infirmier Major a été retraité fin 2014 Bellafa Yassine Ouvrier a subi un accident de travail en manipulant les chevaux et a été muté au cite central de l’Institut au Belvédère Benya Adel Ouvrier, a bénéficié d’un certificat d’inaptitude physique qui lui a écarté de l’élevage des troupeaux de chevaux. *Suite à ce départ de personnel, un renforcement non suffisant a eu lieu par Mabrouk Mohammed et Hamrouni Kais Indicateurs de Performance

Nombre de poches de plasma produits 400 Nombre de poches de plasma produits

200 0 2013

2014

2015

Pourcentage de contaminations 20 15 10

Pourcentage de contaminations

5 0 2013

2014

2015

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Service contrôle qualité Liste du personnel Nom/Prénom Sana MASMOUDI Safa HAMDI Salwa MANSALI Emna SIOUD Emna GHRIBI Olfa SASSI Asma HAMMAMI* Safia HAMDA Maroua BEN KHEDER* Issam BELGHAOUI* Abdejlil AMERI Taher TABBOUBI Ahmed AYARI

Position /Fonction Pharmacien Responsable du laboratoire Ingénieur principal Technicien Supérieur Major Technicien Supérieur Technicien Supérieur Technicien Supérieur Technicien Supérieur Technicien Supérieur Technicien Supérieur Technicien Supérieur Ouvrier Ouvrier Ouvrier

*Issam BELGHAOUI (contrôles in vivo) a passé un concours au Ministère de l’agriculture et a été accepté, il a quitté ainsi son poste. De même, Asma HAMMAMI (réalisation et lecture des tests de stérilité) a quitté pour un autre travail. La situation administrative du personnel unique qui reste chargé du contrôle invivo est instable. Le contrôle invivo est un poste qui nécessite beaucoup de précision, de concentration et une attention particulière lors des manipulations des souris et des cobayes ainsi que l’utilisation des virus rabiques et des venins (scorpioniques et vipérins). De ce fait, la formation à ce poste de travail est très difficile, complexe et longue. Une régularisation de la situation de la technicienne chargée de ces contrôles s’avère donc essentielle et urgente pour garantir la stabilité de ce poste surtout après le départ de son binôme Issam BELGHAOUI. Le remplacement de la technicienne chargée des tests de stérilité est également un point très important pour garantir la continuité du poste. Indicateurs de Performance 1- Contrôles Invivo : Analyse

Produit

Stade

Titrage par séroneutralisation

PAR

Cheval Clarifié Vrac PSF Cheval Clarifié Vrac PSF Cheval Clarifié Vrac PSF Vrac PSF Vrac PSF Vrac

PAS

PAV

Toxicité

PAR PAS PAV

Nombre d’analyse 0 13 1 2 1 14 4 9 0 4 3 2 1 2 4 4 2

Total 16

3 8 4

154

Recherche de mycobactéries virulentes Hypersensibilité retardée du vaccin BCG Réactivité cutanée du vaccin BCG Hypersensibilité à la réception Titrage du Venin

Solvant immunBCG BCGid BCGid

PSF PSF PSF PSF PSF

2 8 2 13 13

BCGid

PSF

1 1

BOT AaH

8 15 13

2- Contrôle NUV : Produit

Analyse

Stade

Nombre

ImmunBCG

Test de numération des unîtes viables Test de numération des unîtes viables Thermostabilité

Vrac PSF Vrac PSF PSF

1 6 8 17 11

BCG id

Préparation Solution et milieux de culture Désignation

Nombre

7H10 Sauton 1/4

14 6

3- Contrôle microbiologique Type Produit d’analyse Stérilité PAR PAS PAV BCGid

immunBCG

Solvant

Analyse Contrôle de

Produit ST

Stade

Nombre

Total

Poche Vrac PSF Poche Vrac PSF Poche Vrac PSF SM Filtrat Vrac PSF SM Filtrat Vrac PSF Vrac PSF

255 2 4 77 4 5 25 2 3 14 14 7 8 3 3 1 1 9 10

261 86 30 43

Type

Nombre

Aerobiocontamination

261

155

l’environnement (par boite)

BCG

Contrôle de l’eau

EPPI

Eau purifiée

Eau osmosée

Sédimentation

552

Surface

904

Personnel emprunte

988

Personnel tenue

2328

Aerobiocontamination

119

Sédimentation

105

Surface

Personnel emprunte

170

Personnel tenue

344

Contrôle microbiologique Endotoxines

Contrôle physicochimique Contrôle microbiologique Contrôle physicochimique Contrôle microbiologique Contrôle physicochimique

51 51 51 51

Eau potable

Préparation des milieux de culture : Désignation TCS bouillon TG bouillon R2A gélose TCS gélose Sabouraud gélose

8 8 6 5 0

4- Contrôle Physicochimique Type d’analyse

Service

Contrôle des matières premières Contrôle des articles de conditionnement Contrôle des protides Electrophorèse des protides Volume extractible BCG Teneur en eau des BCG id Préparation des solutions : Désignation Solutions non titrées Solution titrées Solutions tampons

Nombre

Total

11 11 0 3 19 13 7 1 14 15

ST BCG ST BCG ST ST ST ImmunBCG Solvant BCG

3 19 13 7 15 15

Nombre 85 25 35

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Service Assurance Qualité Liste du personnel Prénom, Nom Leila BARBOUCHE Dorra BEN ABDESSLEM Soumaya BEN AMOR

Position Pharmacienne Ingénieur principal Secrétaire

Fonction Responsable validation/Qualification -

Remarques Récemment recrutée -

Indicateurs de performance I. Gestion Documentaire Procédures et enregistrements Procédures et enregistrements approuvées et mise en application 2015  Service de Production du Vaccin BCG - Rédaction de 2 procédures + les enregistrements associés : - Procédure de nettoyage de la zone classe B : 14BC007 - Procédure d’habillage dans la zone D : 18BC003  Laboratoire de contrôle Qualité - Révision de 9 procédures + les enregistrements associés : - Procédure de préparation et de stérilisation du sauton pur dilue au un quart : 03CQ011 - Procédure de préparation du milieu de culture 7H10 : 03CQ016 - Procédure de contrôle de l’aspect du volume extractible et du pH des sérums thérapeutiques : 06CQ038 - Procédure de contrôle de l’eau purifiée et de l’eau osmosée : 06CQ033 - Procédure de contrôle de l’eau pour préparation injectable : 06CQ047 - Procédure de contrôle de la thermostabilité du vaccin BCG lyophilisé : 07CQ009 - Procédure de la recherche des mycobactéries virulentes : 07CQ014 - Procédure. de titrage du sérum antirabique par la technique de seroneutralisation sur souris : 07CQ025 - Procédure d’utilisation du pH mètre toledo type FEP20 : 12CQ008  Service Assurance Qualité - Révision de la procédure : P. de traitement des incidents et des déviations : 04AQ006 Fiches d’incidents : Nombre total des fiches d’incidents reçues en 2015 : 139 fiches d’incidents Service BCG : 3 fiches d’incidents Service ST : 17 fiches d’incidents Contrôle CQ : 110 fiches d’incidents Production PB : 7 fiches d’incidents Service AQ : 2 fiches d’incidents II. Formations/ Habilitation du personnel

Formations Des formations pour le personnel de production des Vaccins et Sérums de l’IPT one été effectuées pendant l’année 2015. Il s’agit de formations internes et externes qui ont touchés la majorité du personnel de production selon un planning préétabli. -Habilitation du personnel o Habilitation d’habillage en zone B (BCG) Une habilitation à l’habillage en zone B a été effectuée à toute l’équipe du service BCG o Habilitation d’ habillage en zone B (Service Maintenance) Une habilitation à l’habillage en zone B a été effectuée à MB, HBA, MD et RT . o Habilitation d’ habillage en zone B (Service ST)

157

Une habilitation à l’habillage en zone B a été effectuée à toute l’équipe de production des sérums thérapeutiques  Habilitation d’ habillage en zone B (Service CQ) Une habilitation à l’habillage en zone B a été effectuée à OZ. III - Validation / Qualification/ Etalonnage Validation du test de répartition aseptique (Media fill test : vaccinBCG-ID ) - QP-F1/BC 001 : Validation des étapes aseptiques du procédé de fabrication du vaccin BCG intradermique : 03/03/2015. -QP –F1/BC 001 : Validation des étapes aseptiques du procédé de fabrication du vaccin BCG intradermique : 28/10/2015. Qualifications - Qualification de système de traitement d’air des unités de production des vaccins BCG et des sérums thérapeutiques en Juin et Juillet 2015 par la société CTP Maghreb. - Qualification de système d’air comprimé des unités de production des vaccins BCG et des sérums thérapeutiques par la société CTP Maghreb (les tests sont : point de rosée, test de teneur en huiles, test de détermination de la classe particulaire et contrôle microbiologique). Alors que la partie physico-chimiques : détermination de monoxyde de carbone, dioxyde de carbone, dioxyde de soufre, oxydes d’azote et hydrocarbures condensés) A été effectué par AIR LIQUID en Février 2016. - Etablissement du protocole pour approbation :  QP – G1 : pour validation de nettoyage la zone B du service BCG  QP –F2 : validation des étapes aseptiques du procédé de fabrication de l’immunosérum QP-G2 : réalisation de 3 essais pour validation de nettoyage de la zone classe B de service des sérums thérapeutiques  QP –A/2-11/082 : qualification de la nouvelle répartiteuse CORIMA en effectuant 3 essais successifs.  QP – G2 : pour validation de nettoyage la zone B du service ST  QP –D2 : approbation du protocole de traitement d’air du service ST  QP-F1 : approbation du protocole de la filtration stérilisante Etalonnage et vérification - Etalonnage du Compteur MET ONE par Kbs (France) en Octobre 2015. - Etalonnage des 2 biocollecteurs MAS 100, MAS 100 NT, compteur Solair et anémomètre KIMO en octobre 2015. - Etalonnage et caractérisation des équipements du service de production du BCG par l’unité de métrologie de l’IPT. (Juillet et août 2015) - Etalonnage et caractérisation des équipements du service de production des ST par l’unité de métrologie de l’IPT. (Juillet et août 2015) - Etalonnage et caractérisation des équipements du Laboratoire de contrôle qualité par l’unité de métrologie de l’IPT : (Juillet et août 2015) - Etalonnage et caractérisation des manomètres inclinés des zones de production (ST et BCG) en Juillet 2015. - Etalonnage des fours : Telstar de code 1-23, Telstar de code 2-09, Jouan LC 044 et Furnance LC 019 par la société METROCAL en Juillet 2015. - Etalonnage des 3 cuves de la chaine Rhéomix le 6 Juillet 2015. - Validation physique et biologique de 3 autoclaves. - Validation physique et biologique des 3 fours de dépyrogénisation. Perspectives pour 2016

1. 2. 3. 4. 5.

Chiffre d’affaire plus de 1 800 000 DT Satisfaction totale du besoin national en vaccins et sérums Préparation pour satisfaction totale du besoin national en sérum antirabique en 2017 Instauration de nouvelles techniques de contrôles Installation d’un nouveau système qualité informatisé

158

Soutien technique Unités Animalières ............................................................................................................................... 160 Unité de cytométrie en flux .................................................................................................................. 162 Plateforme Technique P3GIP .............................................................................................................. 163 Direction technique .............................................................................................................................. 164 Service de Préparation de réactifs et milieux de culture ..................................................................... 168 Unité d'Ecologie des Systèmes Vectoriels .......................................................................................... 172 Unité Spécialisée de Typage Génétique ............................................................................................. 174

159

Unités Animalières Composition de l’équipe Personnel Scientifique Benlasfar Zakaria, Médecin Vétérinaire Inspecteur de la Santé Bassoumi Imen, Ingénieur Principal Personnel technique Marouani Ammar, Technicien supérieur en Hygiène et Santé Animale, surveillant Personnel ouvrier CHIHI Adel, Catégorie V Faouzi Okbi, RAMMEH Samy, Catégorie III, Temporaire. MEJRI Slim, depuis février 2010, ouvrier contractuel, mis à la disposition du Laboratoire de la Rage à plein temps depuis le 23 octobre 2013. HOUKI Khémaies ouvrier Catégorie V. Bechir Ben Saad ouvrier Missions Le Service des Unités Animalières a continué à assurer ses missions classiques : Elevage des animaux de laboratoire dans les conditions requises, en fonction des particularités de l'espèce et de la souche, dans la limite des moyens mis à la disposition. Fourniture aux utilisateurs internes des animaux de laboratoire (souris, rats, cobayes,lapins) dont ils ont besoin selon les caractéristiques d'espèce, de souche, de lignée, de sexe, d’âge ou de poids. Vente des animaux pour les institutions de recherche et d’enseignement (universités, hôpitaux, lycées,laboratoires). Hébergements et soins apportés aux animaux en cours d’expérimentation. Assistance technique aux utilisateurs internes pour ce qui est de la manipulation des animaux au cours de la réalisation de leurs protocoles expérimentaux. Assistance scientifique aux intervenants externes et internes pour la conception et la réalisation de certains protocoles expérimentaux sur leur demande. Formation des utilisateurs en vue de leur habilitation à la manipulation des animaux. Accueil de stagiaires dans le cadre de leur cursus universitaire (stages ouvriers, stages de fin d’études). - Réalisation de projets de fin d’études Elevage des animaux venimeux et fourniture des venins aux utilisateurs en recherche et en Production. Fourniture d’animaux : La répartition fine par espèce, souches et domaine d’utilisation est résumée dans le tableau suivant. Tableau : utilisation des rongeurs de laboratoire : Espèces Souches Destination Quantités S /Totaux Totaux Souris Swiss Utilisation interne 11344 11344 vente LNCM 5505 6853 Autres 1348 18386 Balb/C Utilisation interne 0 30 Vente 30 C57BL/6 Utilisation interne 59 159 Vente 100 Rats Wistar Utilisation interne 127 347 347 Vente 220 Activités Scientifique : - Participation de Mmme Imen Bassoumi Jammoussi au Cours sur les Animaux de Laboratoire du RIIP, Intitutlé :" Laboratory Animals in Biomedical Research: theory and practice" organisé par L’Institut Pasteur Helvétique à Athènes du 18 au 22 mai 2015. - La candidature du Dr Benlasfar a été accepté par le Comité d’organisation du Las-RIIP, mais il a du y renoncer faute de financement du déplacement.

160

Organisation de Cours et Formations : Le Dr Benlasfar a Contribué à l’organisation de Formations sur les animaux de Laboratoire ayant eu lieu à l’Ecole Nationale de Médecine Vétérinaire de Sidi Thabet : - Formation en Expérimentation Animale : « Des Modèles in vivo aux Modèles cellulaires » ENMV Sidi Thabet- Tunisie, 23-26 février 2015 ; Formation tenue sous l’égide de l’ICLAS (Projet ICLAS-ENMV) ; -Formation Pratique sur les Animaux de Laboratoire, ENMV Sidi Thabet, 8-10 juin 2015; formation tenue sous l’égide de l’ICLAS (Projet ICLAS-ENMV) ; - Formation Pratique sur les Animaux de Laboratoire, ENMV Sidi Thabet, 21-24 décembre 2015; formation tenue sous l’égide de l’ICLAS (Projet ICLAS-ENMV) ; - Formation sur " Les Animaux de Laboratoire : Autopsie, Prélèvement et Histologie, Ecole Nationale de Médecine Vétérinaire de Sidi Thabet, 21, 22 et 23 Décembre 2015. - Cours International de Médecine Militaire : Le Soutien Sanitaire en Milieu Saharien, organisé par La Direction Générale de Médecine Militaire, Sous l’Egide du Conseil International de Médecine Militaire (CIMM) 6ème Session, Tozeur, 8-14 novembre 2015. Le Dr Z Benlasfar a continué à assurer son rôle de coordinateur du Module 5 : Animaux venimeux et leurs venins. Formation CEBM : 2ème Journée de Formation en Bioéthique. Thème : Ethique en Expérimentation Animale 12 mai 2015, organisée par Dr Benlasfar et centrée sur l’Expérimentation sur les Animaux sauvages. Encadrement de PFE : Le Dr Z Benlasfar a encadré un PFE en Licence Appliquée en biologie analytique et expérimentale, Parcours : Bio analyse et contrôle Qualité, Titre : Effets antidiabétiques des extraits végétaux de certaines plantes médicinales : le cerisier et la vigne, chez des rats rendus diabétiques par l’alloxane.

161

Unité de cytométrie en flux Composition du service Prénom, Nom Mohamed Ridha Barbouche Beya Largueche Amira Safi

Position/Fonction Professeur hospitalo-Universitaire/Chef de service Technicien Supérieur Major/Surveillante Technicien Supérieur

Présentation des activités du service En 2015, l’Unité a poursuivi son activité de service en cytométrie, utilisant le cytomètre 6 couleurs BD FACS Canto II, les capacités de l’Unité ont été significativement améliorées et remises à niveau. Le fonctionnement du matériel est optimal et la nouvelle organisation du travail sur ce matériel plus compact continue de faciliter l’accès à de plus en plus d’utilisateurs avec un choix de paramètres d’analyses plus large et le logicielmis à jour. Les interventions d’entretien régulier ont été effectuées comme prévu dans le contrat de maintenance. Les analyses de cytométrie en flux sont effectuées au profit des différents laboratoires de l’Institut incluant: - Tous les groupes du Laboratoire d’Immunologie pour les activités de diagnostic (DIPs, HIV…) et de recherche (DIPs, leishmaniose, adhésion leucocytaire…). - Laboratoire d’Anatomie pathologique et de Cytologie (cycle cellulaire et cytologie des LBA). - Laboratoire d’Hématologie (Phénotypage des leucémies, Etude de l’Hb fœtale intra-erythrocytaire). Plus de 7000 échantillons ont été analysés en 2015 incluant les activités de diagnostic et de recherche. Les chiffres clés de l’unité

7000 services réalisés

162

Plateforme Technique P3GIP Notre raison d’être est d’offrir des services de qualité à notre communauté scientifique pasteurienne, leur satisfaction étant notre seul objectif. A cette effet, la plateforme P3GIP (Pôle Génomique, Pôle Imagerie et Pôle Protéomique) s’est doté d’une organisation, de talents et de processus qualité dont le but d’octroyer de cadrer les différents problématiques et besoins des scientifiques pasteuriens et apporter des solutions adéquates. P3GIP essaye de répondre efficacement à tous les besoins de notre communauté grâce à des réunions, des écoutes et des besoins en termes de matériels et de technologies qu’ils souhaitent voir au sein de cette plateforme répondants aux besoins actuels et futurs. Nous recherchons l’excellence dans tout ce que nous faisons. 1. Service Pôle Génomique: Equipement :  Séquenceur 3500 Biosystems Applied,  PCR en temps réel light cycler 480 de roche Services réalisées Séquençage capillaire : 13198 échantillons séquencés (injections) Analyse de fragment : 174 échantillons Nombre d'injection au light-cycler 480 : 960 échantillons Services en cours de réalisation Dans l’attente de renforcement de la plateforme P3GIP de l’IPT en équipements lourds et afin de répondre aux besoins de l’institut dans la réalisation des projets NGS de Génomique, Transcriptomique & Epigénétique, Génotypage & Métagénomique et Protéomique à haut débit. La plateforme IPT a eu un accord de principe avec la plateforme BIOMICS de l’institut Pasteur Paris et ce dans le cadre d'une collaboration pour bénéficier d’une prestation de service équivalente à celle octroyée à tout pasteurien de l’institut Pasteur de Paris. 2. Pôle Protéomique : Plateforme Gel 2D 3. Pôle imagerie : En cours de développement 4. Activités et Formations Workshop : Extraction ADN, ARN sur un automate (participants, biologistes, médecins, techniciens et ingénieurs). Congrès : la plateforme, membre organisateur 2eme journées Franco-Magrebines de ParasitologieMycologie (23-31 octobre 2015, Institut Pasteur de Tunis). La plate forme a mis à la disposition de tous les utilisateurs de l’IPT des logiciels d’analyses dans les ordinateurs de la salle d’informatique.  Gene-mapper,  PDQuest-2D,  SeqScape Software v3 et v6 Collaboration dans trois projets avec des laboratoires de l’IPT Chiffres clés du service en 2015

14332 services réalisés 2 organisations ou contributions à l’organisation d’événements 3 projets en cours

163

Direction technique Composition du service Nom et Prénom Naceur El Ouni

Grade Ingénieur en Chef

Fonction/Poste Directeur de la maintenance et des services communs

Moncef Zaidi Badii Kamoun Akacha Ksouri Bechir Doufani Ines Ben Moussa Faten Saalaoui Hakim Ben Issa Moez Bali Riadh Telmoudi Wafa Agrebi Lassaad Ayadi Riadh Laajili Rakia Gouja

Ingénieur en Chef Ingénieur en Chefl Technicien principal Technicien major Technicien Technicien Technicien Technicien principal Technicien Technicien Technicien Technicien Technicien Supérieur de la santé publique Secrétaire d’administration Agent Technique Ouvrier

Sous directeur de la maintenance générale Chef de service HSE Responsable unité d’électricité Responsable unité entretien général Unité de maintenance des équipements scientifiques Gestion de la maintenance Nouvelle Unité de Production Nouvelle Unité de Production Nouvelle Unité de Production Service Métrologie Service Métrologie Service Métrologie Hygiéniste

Ghaieth Mahmoudi Arbi Rekaya Jalel Tiouiri

Gestion des immobilisations

Ezzedine Taghouti Imed Aloui Abdelkarim Hechmi Houcine Bejaoui Med Ali Rajhi Anis Hajri Khaled El Elj

Ouvrier

Unité de maintenance des équipements scientifiques Unité de maintenance des équipements scientifiques/ magasin technique Plombier/ Chauffagiste

Ouvrier Ouvrier

Responsable unité frigorifique Unité électricité

Ouvrier Ouvrier Ouvrier Ouvrier

Unité électricité Unité entretien général (peinture) Unité entretien général (peinture / menuiserie) Unité entretien général (menuiserie)

Med Ben Zakkour

Ouvrier

Nouvelle Unité de Production

Personnel ayant quitté la Direction en 2015 sans avoir été remplacés : Nom et Prénom grade Fonction/Poste antérieur Med Ali Ben Technicien Responsible maîtrise de Amara l’énergie Mohamed Hechmi Ouvrier Maintenance Unité de production Fethi Ayari Ouvrier Plomberie sanitaire -

Mode de départ Coopération technique Retraite Mutation de service

164

ENVIRONNEMENT ET MISSIONS : Le diagramme suivant donne une idée sur l’environnement et les missions de la direction technique :

Fournisseurs de nouveaux équipements

Recevoir les nouveaux équipements

Gérer et contrôler les interventions

Prestataires de services externes

Clients : Laboratoires et Services Commission Interne d’Achat

Satisfaire le client

Garantir le meilleur rapport Qualité-Prix pour l’achat des équipements

Direction Technique

Etre en vigueur avec la réglementation

Elaborer les caractéristiques des achats techniques

Respecter les limitations budgétaires

Sous-direction des Approvisionnemen ts

Etat : Ministère de la Santé & CETEM BH

Administration

Activité de la direction de la maintenance et des services communs durant l’année 2015: Plusieurs efforts ont été consentis afin d’améliorer différents aspects de la gestion, de l’entretien et de la réparation du matériel scientifique. En effet, plusieurs actions ont été entreprises axées sur la nécessité de sensibiliser davantage les parties concernées par ces questions. Il s’est agi notamment d’insister sur la nécessité d’élaborer des procédures spécifiques afin d’améliorer les capacités techniques de tous les intervenants concernés par la gestion et la maintenance des équipements scientifiques. Ceux-ci deviennent de plus en plus performants et fiables tant au niveau de l’acquisition que de l’exploitation en temps réel Une action de réaménagement, de réfection et de mise à niveau de divers bâtiments a été réalisée notamment au site de Soukra : bâtiment des Archives, LCBM. Durant l’année 2015, le nombre total de demandes de travaux reçues par la direction technique (sans compter l’unité de production) a été de 1166 demandes contre 1163 en 2014 réparti par unité comme suit :

Unité

Nombre Nombre Taux de Taux de total des d'interventions réalisation réalisation demandes réalisées 2014 2013 de travaux

Froid Maintenance des équip. Scientifiques + TP* Electricité

170

155

91%

88% 76%

317

259

82%

207

179

86%

92%

Entretien général

306

283

92%

83%

Plomberie Sanitaire

166

130

78%

1166

1006

86%

Total

83%

* TB= Téléphonie + Photocopieurs

165

Taux de réalisation des DT par unité 2014

10 0 % 90% 80% 70% Ent Gé n

60%

El e c

50%

M a i nt S c i e nt

40%

Fr oi d e t C l i m

30% 20% 10 % 0% 1

Taux de réalisation des interventions On enregistre un accroissement du taux de réalisation des demandes de travaux qui passe de 83% en 2014 à 86% en 2015 Par ailleurs, le nombre d’interventions confiées aux représentants de matériel scientifique a été réduit. En outre, certains équipements lourds et installations techniques de l’Institut sont sous contrat tels le cytomètre en flux, une convention de maintenance préventive et curative des systèmes de climatisation a permis de passer une saison estivale sans grandes réclamations. Cette approche nous a permis d’améliorer la prise en charge du matériel et notamment par l’amélioration des délais de réponses aux réclamations des divers laboratoires et par une répercussion positive sur la qualité du service rendu. Service d’Hygiène et Sécurité et Environnement : HSE Le service d’Hygiène, Sécurité et Environnement assure des missions en relation avec la prévention des risques sanitaires, l'hygiène générale des laboratoires, l'amélioration des conditions de travail du personnel et la protection de l'environnement. A cet effet, le service HSE a réalisé au cours de l'année 2015 les actions suivantes : -

La coordination des opérations de collecte et de traitement des déchets à risques infectieux (DASRI) issus de l’activité des laboratoires, La veille continue sur la propreté générale des espaces communs et des locaux de l’IPT (nettoyage, désherbage, curage des regards et des canalisations des eaux pluviales et des eaux usées, taille des arbres, nettoyage des toits des différents bâtiments, installation de nouvelles corbeilles de jardin...), La formation du personnel de l’IPT concernant les bonnes pratiques de l’hygiène des mains aux laboratoires, La désinsectisation et la lutte contre les nuisibles (blattes, rongeurs,…). L’encadrement des étudiants (stages et projets de fin d’études).

Contraintes rencontrées : Les contraintes rencontrées peuvent se résumer en ce qui suit : - Un besoin urgent en renforcement de l’équipe technique (ingénieurs et techniciens) car le taux d’encadrement reste très faible par rapport aux postes vacants dans l’organigramme de la direction de la maintenance et des services communs et notamment au niveau de la sous-direction de la maintenance générale, - Nécessité de remplacement des ouvriers partis et partant à la retraite.

166

- l’absence d’outil logiciel de GMAO permettant une meilleure efficacité et une meilleure maîtrise et gestion de l’activité, des équipements si nombreux et si diversifiés, et avoir une vision globale en temps réel de la situation. - Le Service rendu par les sociétés n’est pas toujours satisfaisant (retard dans l’intervention, prix excessifs,…) car la plupart de ces représentants n’accordent pas l’importance voulue quant à la qualité de leur service après vente : non disponibilité des pièces de rechange et personnel non qualifié avec une lenteur dans l’intervention. - Postes fonctionnels vacants. Encadrement d’étudiants et stagiaires : PFE : Etudiante INSAT : Mise en place d’une GMAO au service de maintenance des équipements de production Stages en froid et climatisation : 4 stagiaires des CSFP

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Service de Préparation de réactifs et milieux de culture 1-

Présentation des activités du service : Le laboratoire de préparation des milieux de culture et réactifs assure la production de milieux de cultures gélosés ou bouillons, réactifs et colorants et ce à partir de matières premières ou de bases déshydratées prêtes à l’emploi. Ainsi, il approvisionne les services de bactériologie, parasitologie, denrées alimentaires, contrôle des eaux, entérobactéries et le centre nationale des salmonelles, shiguelles et vibrion chloriques en ces milieux déjà cités .Le stockage de ces milieux ce fait dans une chambre froide dont la température est prélevé quotidiennement. Les lots sont livrés selon la loi du « first in first out ».des logs book sont instaurés à tous les niveaux : stock des bases déshydratés, préparation de milieu, conditionnement secondaires et primaire, autoclavage, envoi pour le contrôle, gestion de stock au niveau de la chambre froide et de la laverie.

Composition de l’équipe Nom et Prénom Pr.Ridha ben Aissa Tawfik Jendoubi Haifa ben Sedrine

Mayssa ben naceur Mouhamed el Ksouri Hassen Jouini Houda Jraidi

Position

Fonction/position

Professeur hospitalouniversitaire Infirmier principal Technicien supérieure principal

Chef de service

Infirmière Ouvrier Ouvrier Ouvrier

Infirmière Ouvrier Ouvrier Ouvrier contractuelle

Surveillant Technicien supérieure principal/ Surveillante en assurance qualité

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LISTE DES PRODUIT PREPARE PAR LE SERVICE Nous avons donc Préparé = 6071.17 litres de milieux

N° 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21. 22. 23. 24. 25. 26. 27. 28. 29. 30. 31. 32. 33. 34. 35. 36. 37. 38. 39. 40. 41. 42. 43. 44.

Nom du produit Bouillon nutritif Baird Parker Bouillon Cœur Cervelle Bouillon Staphylocoagulase Bouillon Sélénite simple Gélose Colombia Gélose Chapman Citrate de simons Gélose Drygalski Eau pep tonnée tamponnée Gélose ENDO Eau Pep tonnée Ph=7.5 Eau Pep tonnée Ph=8.5 Eau physiologique Eau distillée Eau glucosé+ chloramphénicol Gélose Nutritive Gélose Hecktoéne Hajna Kligler B.Muller Kaufmann GéloseKarmali Gélose MFC Gélose Muller Hinton Mannitol Mobilité Milieu de RAT Gélose OGA Gélose PCA B. Rappaport Vassiliadis Soja B. Rappaport Vassiliadis Gélose Slanetz G. Sabouraud Actidione+Chloramphénicol G. Sabouraud Chloramphénicol Sélénite Simple Sélénite double Concentré Gélose Salmonella Chiguella Agar Séléctif des Champignons Pathogéne Gélose TCBS Tryptonsel Gélose TSC Gélose TCS Bouillon Thioglycolate Gélose Tryptocaseine soja Gélose VRBL Gélose

Nombre du Lot 06 07 01 01 02 04 03 01 03 68 15 03 05 03 02 01

Nombre de Litre 30 120.68 2 3 6 51.2 13.5 2 30.54 1302.4 60 11 17.5 25 10 3

02 26 04 08 02 12 06 01 01 09 10 08 01 12 03

58 312.1 34.4 64 4 60 85.68 3 1 112.5 2438 80 3 60 13

02 02 02 01

6 5 31.74 3

11 16 07 01 01 01 26 29

51.83 160 166.6 3 2 0.5 337.5 275.5

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TABLEAU DES LIVRAISON PAR SERVICE Denrée alimenta ire G.VRBL Eau peptonnée . tamponné

Sce. des Eaux

Sce. Des entérobac teries

Sce. Parasitologie

Sce. Bactéri ologie

1080 2389

G.Baird parcker

235 08(100 ml)

G.OGA Tryptone sel

1680 24200

G.TSC RVS Mulluer Kauffuman G.Hajna Eau phisiologiqu e G.MH Bouillon Nutritif G.Nutritif

13600 14400 13500

250

1500 50

2750 850

700

05 150

5250 2850

150 100 260

EP (ph8, 5)

30 F 120T

137 F 250 T 1350 T 160 F 160 F 100 T

15 05(100 ml)

EP (ph7, 2) G.PCA G.Chapma n G.Sab+ Chlorophén icol G.Sab Actidionne+ Chlorophén icol Bouillon Staph Bouillon Ceur cervelle Sélénite sinple

487 10(100 ml)

15 05(100ml)

100

06 F (100ml) 80

520

Sce. vétérinair e

220

950

100

850

100

200 02(250ml ) 290 T 1200

170

Eau Distillé Gélose de conservatio n G.Colombia G.Manitol Mobilité Drigalski Rappaport Vassiliadise G.TCS Sélénite DCC Citrate de simonse

1100 100

20 540

255

190 200 04

300 100

Chiffres clés du service en 2015

332 lots préparés

171

Unité d'Ecologie des Systèmes Vectoriels Depuis sa création en 2002, l’Unité d’Ecologie des Systèmes Vectoriels (UESV) joue le rôle d’une plateforme d’élevage à l’Institut Pasteur de Tunis. Cette unité est une plateforme de production de phlébotomes destinés à la recherche. Elle a également la spécificité de produire des phlébotomes infectés artificiellement par des leishmanies à savoir Phlebotomus papatasi/Leishmania major et Phlebotomus perniciosus/leishmania infantum. En parallèle à la production de phlébotomes, cette unité possède également une activité de recherche sur l’écologie des phlébotomes et participe à des projets de recherche en collaboration avec des laboratoires au sein de l’IPT et avec d’autres laboratoires à l’étranger. Pourquoi les phlébotomes ? Les phlébotomes sont les vecteurs principaux des leishmanioses. En Tunisie, la leishmaniose sous ses différentes formes cliniques est la maladie à transmission vectorielle la plus importante et de ce fait elle représente un problème majeur de santé publique. Les parasites Leishmania infectant les mammifères dont l’homme sont transmis uniquement par la piqûre de femelles. But de la plateforme d’élevage Permettre aux collaborateurs scientifiques d’étudier les interactions entre les parasites Leishmania responsables des leishmanioses et leurs hôtes phlébotomes et mammifères. L’UESV produit en masse des phlébotomes du genre Phlebotomus en particulier Phlebotomus papatasi et Phlebotomus perniciosus vecteur principal respectivement de Leishmania major et Leishmania infantum. Les élevages de la plateforme répondent à différents objectifs scientifiques : 1. Certaines protéines de glandes salivaires de P. papatasi sont considérées comme vaccin contre L. major. Elles sont également utilisées comme indicateur d’exposition dans des enquêtes immuno-épidémiologiques qui tendent à montrer le degré de contact entre HommeVecteur et sa corrélation avec la protection. 2. L’utilisation du système P. papatasi/L. major dans les expériences de pré-immunisation et de challenge contre L. major dans le modèle murin. Cette méthodologie est nouvellement adoptée à travers le monde comme méthode de choix dans les expérimentations de préimmunisations et de challenges pour des essais vaccinaux. 3. L’utilisation du système P. perniciosus/L. infantum dans les expériences de pré-immunisation et de challenge contre L. infantum dans le modèle canin. 4. Le développement de pièges à bases de phéromones sexuelles de P. papatasi et de P. pernicious. 5. L’étude des interactions leishmanies/phlébovirus au niveau du vecteur et du réservoir. 6. L’impact des changements environnementaux sur l’émergence de la leishmaniose viscérale zoonotique. Infection artificielle des phlébotomes

Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction (exemple)

172

Prénom, Nom Elyes Zhioua Ifhem Chelbi Wasfi Fares Talel Ben Slimane Saifedine Cherni Mehdi Jemâai Mohamed Derbali Khalil Dachraoui Sonia Sakhria Walid Barhoumi Wael Fraihi

Position/Fonction Biologiste Principal Biologiste Adjoint Biologiste Adjoint Vétérinaire Technicien Supérieur Ouvrier Etudiant en thèse es Sciences Etudiant en thèse es Sciences Etudiant en thèse es Sciences Etudiant en thèse es Sciences Etudiant en thèse es Sciences

Autres structures pasteuriennes d’affiliation LTCII LTCII

LTCII

Chiffres clés du service en 2015

1000 services réalisés 2 publications internationales Publications 2015 Fares, W., R.N. Charrel, K. Dachraoui, L. Bichaud, W. Barhoumi, M. Derbali, S. Cherni, I. Chelbi, X. de Lamballerie, E. Zhioua. 2015. Infection of sand flies collected from different bio-geographical areas of Tunisia with phleboviruses. Acta Tropica, 141: 1-6. Qualls, W.A., Muller, G.C., Khallaayoune, K., Revay, E.E., Zhioua, E., Kravchenko, V.D., Arheart, K.L., Xue, R.D., Schlein, Y., Hausmann, A., Beier, J.C. 2015. Control of sand flies with attractive toxic sugar baits (ATSB) and potential impact on non-target organisms in Morocco. Parasites & Vectors, 8: 87.

173

Unité Spécialisée de Typage Génétique Rapport élaboré par: Rym Kefi, Sihem Ben Fadhel et Safa Romdhane. Révisé par : Olfa Messaoud, Mariem Chargui et Sonia Abdelhak Composition de l’équipe Nom et Prénom Rym KEFI Sonia ABDELHAK Olfa MESSAOUD Mariem BEN REKAYA Safa ROMDHANE Sihem BEN FADHEL Mariem CHARGUI Fatma HABACHI

Titre Maitre Assistant universitaire Biologiste Principal

Fonction/Position Responsable du Service par Intérim

Biologiste adjoint

Contrôle de qualité du diagnostic génétique des maladies rares Contrôle de qualité en post-analytique

Post-doc contractuel Technicien Supérieur Technicien Supérieur Technicien Contractuel Ouvrier

Ancien Responsable du Service

Assure la partie pré- et postanalytique Réalisation des analyses Contrôle de qualité en post-analytique Factotum

Considérations générales et pratiques : Le service de typage génétique a été crée en 1998, il a pour mission de vérifier la filiation par analyse de l'empreinte génétique. Ce service répond aux demandes de recherche de paternité dans le cadre de la loi n°98-75 du 28 octobre 1998, relative à l’attribution d’un nom patronymique aux enfants abandonnés ou de filiation inconnue. Cette loi institue pour la première fois en droit tunisien, la possibilité pour l’enfant naturel ou abandonné, d’intenter une action pour la recherche de paternité par le biais de l’analyse génétique. Les laboratoires où sont exécutées les tests de paternités doivent répondre à des exigences très strictes, en infrastructure et équipement adaptés aux techniques de biologie moléculaire, une garantie d’absence de toute contamination, des locaux assurant une confidentialité absolue, un personnel compétent tels que défini dans la circulaire n° 52/99 relative à la réalisation de la recherche de paternité par analyse d’empreintes génétiques et justifiant de travaux ou d’expérience d’un niveau suffisant dans les activités d’application de la biologie moléculaire. En plus de la vérification de la filiation par analyse de l'empreinte génétique, le service de typage génétique fourni les analyses suivantes :    

Le diagnostic moléculaire anténatal et post natal pour les maladies génétiques rares, Le contrôle de qualité des contaminations fœto-maternelle Confirmation de l’identité des personnes vivantes L’identification de reste humain sur du matériel biologique post-mortem dégradé.

Nous sommes de plus en plus sollicités par le Ministère de l’Intérieur et le Ministère de la Justice pour la détermination de profil génétique de victimes dans le cadre d’affaires criminelles, de terrorisme et d’immigrations illégales. Au cours de 2015, nous avons continué à avoir un accroissement du nombre de dossiers à traiter, sans renfort en ressources humaines. Les difficultés du service de typage génétique sont les suivantes 1-Problème de locaux : Le service de typage génétique utilise en commun avec le laboratoire de génomique biomédicale et oncogénétique (LR11IPT05) trois salles :

174

 



Un bureau pour la technicienne et le secrétariat où sont maintenus les archives du service de typage et celles du laboratoire LR11IPT05. Une salle de Pré-PCR où s’effectuent les extractions d’ADN et PCR pour le typage génétique et le diagnostic génétique ainsi que pour la laboratoire LGBMO. Cette salle héberge également la banque de matériel biologique du laboratoire ainsi que le bureau de la technicienne en charge du diagnostic génétique, d’où une sollicitation et un encombrement inadmissible pour une salle supposée être une « salle blanche ». Une salle de Post-PCR qui héberge le séquenceur automatique ABI3130, un serveur et 4 réfrigérateurs/congélateurs ce qui représente une surcharge en appareil électrique et une augmentation de la température de la salle. Les deux climatiseurs, qui fonctionnent continuellement pour maintenir une basse température de la salle, tombent souvent en panne ce qui nuit au bon fonctionnement du séquenceur automatique ABI3130 et conduit à des artéfacts dans les profils génétiques. Cela occasionne un surcout pour les réactions de génotypage.

2-Problème d’équipement: L’utilisation de locaux et des équipements en commun avec le laboratoire LR11IPT05 entraine des difficultés de gestion et une surcharge de l’utilisation de l’équipement. 3-Problème de ressource humaine:  Les chercheures du service n’ont pas été recrutées pour assurer le typage génétique. Elles assurent cette activité, bénévolement, en plus de leur activité de recherche et d’encadrement.  Il manque une personne pour l’accueil de l’expertise, la remise des Rendez- Vous et la réponse aux réclamations.  La deuxième technicienne est contractuelle sur des contrats précaires (projet de recherche qui prendra fin en décembre 2015), elle assure également une activité de routine pour le diagnostic génétique. 4-Problème de sécurité: Il n’y a pas de contrôle à l’entrée du service et les plaignants y accèdent directement. Les membres du service subissent parfois des agressions verbales et des menaces. NB : Le service de typage génétique ne pourra plus assurer correctement ses missions si une restructuration n’est pas mise en place d’urgence en lui donnant les moyens humains (du personnel dédié) et logistiques nécessaires et adéquats (locaux individualisés assurant les conditions adéquates de sécurité aussi bien pour le personnel que pour l’équipement). Prof Samir BOUBAKER : a énormément appuyé cette activité par son expérience en tant que Directeur Chargé de l’Activité de Diagnostic et de Santé Publique et Président du Comité d’Ethique de l’Institut Pasteur. M. Chedly TAYARI : a également appuyé les activités du service par son expérience juridique. Mme Amira AMMAR et M. Amor El Arbi BACCOUCHE : assurent les prélèvements sanguins. Changement du responsable du service Suite au courrier du Pr. Sonia Abdelhak daté du 6 octobre 2014, relatif à une proposition de changement du responsable du service de typage génétique et à la réunion qui s’en est suivie, tenue le 6 avril 2015 à laquelle ont participé Pr Hechmi Louzir, Pr Samir Boubaker, Pr Sonia Abdelhak et Dr Rym Kefi, il a été convenu que Dr Rym Kefi prendra la responsabilité du service de typage génétique mais jusqu’à présent il n’y a pas eu de note de service officielle déclarant cette nomination. Tableau 1: Evolution du nombre de dossiers réalisés par le service de typage génétique pour la période 2008-2015

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Hors mariage Conflit conjugal Changement de bébé Héritage Inceste Confirmation d'identité Criminalistique et médecine légale Total

2008 20

2009 12

2010 12

2011 15

2012 18

2013 17

2014 8

2015 13

0 1 1

0 0 0

1 0 1

1 2 0

1 1 0

5 44

4 37

3 46

3 49

7 88

2 88

4 100

2 70

Evolution du nombre d’analyse au cours des 8 dernières années.

Services Nouvellement Introduits en 2015 Le service a réalisé également 14 dossiers de diagnostic moléculaire (8 dossiers de diagnostic postnatal, 4 dossiers de diagnostic anté-natal et un dossier de vérification de la contamination fœtomaternelle). Les maladies pour lesquelles nous proposons un diagnostic moléculaire sont : les maladies héréditaires métaboliques, les surdités, les génodermatoses sévères (XP, EBD, Ichtyose). Néanmoins, ces analyses ne sont pas encore facturées. Dr Olfa Messaoud est entrain d’introduire ces analyses dans le portfolio de service de l’IPT avec l’aide du Pr. Samir Boubaker. Chiffres clés du service en 2015

242 services réalisés équivalent à 71 dossiers dont 61 dossiers payés, 8 dossiers sur caisse de l’état et 2 dossiers non payés

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Soutien logistique BibliothĂ¨que ......................................................................................................................................... 178 Direction informatique.......................................................................................................................... 180 Cellule de communication, valorisation et transfert technologique ..................................................... 184

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Bibliothèque Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Habib Karoui Ben Hassine Abdelhakim Sémia Ben Romdhane Ammari Hayet

Position/Fonction Biologiste Principal/Responsable de la bibliothèque Archiviste adjoint secrétaire Commis de la Santé Publique

La Bibliothèque de L’Institut Pasteur de Tunis est une bibliothèque scientifique spécialisée, elle renferme les documents scientifiques se rapportant essentiellement à la biologie et à la médecine. Ces publications se déclinent sur plusieurs langues (Anglais, Français, Arabe, et même en chinois,…). Les domaines d’intérêt touchent l’enseignement et la recherche en microbiologie, immunologie, parasitolologie, biologie, etc …. La Bibliothèque est en relation avec d’autres bibliothèques et centre de documentation tels que la bibliothèque de la Faculté de médecine, Centre Nationale Universitaire de Documentation Scientifique et Technique (CNUDST) et les bibliothèques universitaires et hospitalières. Son public est constitué des médecins, pharmaciens, biologistes, chercheurs, étudiants, et occasionnellement des élèves du secondaire à la recherche de documents didactiques, etc ... Fond Documentaire : La Bibliothèque de L’Institut Pasteur de Tunis est un service chargé de rassembler, organiser, conserver et mettre à la disposition des utilisateurs les outils de recherche et de documents apportant une réponse à leur demande d’information. Elle contient un fond documentaire constitué des monographies (ouvrages/livres), des périodiques, des thèses et de mémoires (DEA, Masters, Projet de Fin d’Etudes, etc…). 1/ Les livres : Les livres ou monographies sont des documents par l’assemblage de plus de 48 pages constituant une unité bibliographique il ya actuellement 930 ouvrages qui sont portés sur un registre manuel et répertoriés au sein d’une base de donnée. 2/ Les périodiques : Ce sont des publications en séries, datés et dotés d’un titre unique, dont les livraisons comprennent généralement plusieurs articles, rapportés dans un sommaire, se succédant chronologique à des intervalles de temps en principes régulièrs. Il y a actuellement une vingtaine titres de périodiques qui parviennent à l’IPT par abonnement (des commandes passées directement auprès des éditeurs ou bien par l’intermédiaire d’un diffuseur celuici se charge de l’ensemble des opérations technique et financières). Une centaine de titres parviennent par don (remise d’un document à titre gratuit ou irrévocable) ou échange avec les «Archives de l’Institut Pasteur de Tunis» (cession réciproque de document estimés de valeurs équivalentes). La présence de l’IPT dans le réseau du CNUDST a contribué à la baisse du nombre de périodiques (version papier) acquis par abonnement. 3/ Thèses et Mémoires Se sont des documents exposant une recherche scientifique originale et ses résultats, présentés à un jury dans un établissement d’enseignement supérieur officiellement habilité, et soumis à soutenance publique, en vue de l’obtention d’un grade ou d’un titre universitaire. La bibliothèque recense 120 mémoires et 95 Thèses. 4/ Actes de congrès : Prééditions ou comptes-rendus de communications scientifiques présentées à un congrès ou tout de réunion. 5/ Norme ou journal officiel de la Tunisie Ce sont des documents techniquement spécifiques approuvés par un organisme qualifié sur le plan national, qui sont accessible au public depuis 1933 jusqu’à 2008. Actuellement et depuis 2008 le JORT (Journal Officiel de la République Tunisienne) est disponible en ligne. 4/ Documents électroniques : Ce sont des documents numérisés utilisables grâce à l’informatique. Il peut s’agir de programmes de (logiciels), de fichiers de données (document de travail) tous documents qui sont capables de stocker des informations sous formes numériques ou analogiques, des textes par l’intermédiaire d’un ordinateur.

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Les accès aux documents électroniques : Editeurs commerciaux pour les quels des prix préférentiels ont été négociées comme les accès en ligne: - éditeur springer http : //www.springerlink.com - accès au revues gérés par (HINARI) plateforme affiliée à l’Organisation Mondiale de la Santé OMS : www.who.int/hinari/fr/, et qui est dédiée à la documentation liée à la recherche en santé. Accès au réseau du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique géré le Centre Nationale Universitaire de Documentation Scientifique et Technique (CNUDST) permettant l’accès par reconnaissance de l’adresse IP aux périodiques gérés par ce centre. L’avantage de cet accès en ligne ne demande pas de place pour stocker les revues. La bibliothèque peut offrir des documents physiquement dispersés sur différents sites. Les problèmes de l’achat des accès en ligne : - Un accès en ligne n’est pas un document qui fait partie du fond propre de la bibliothèque. - La bibliothèque achète un accès électronique pour quelques années seulement. Base de données : -- Mise en place et installation d’une application de gestion du fond documentaire de la bibliothèque et lancement du projet de rénovation logistique de la bibliothèque. -- Acquisition auprès de Springer (éditeur) via sa plateforme electronique de tous les ouvrages scientifques dans le domaine de la Biologie et la medecine parus au cours des années 2013-2015, cette acquisition était accompagnée de cessions de formations qui a été largement suivie par les chercheurs. -- Archivage des publications de l’IPT sur Hal-RIIP (réalisé par la Cellule de communication, valorisation et transfert technologique en 2014) : 294 notices en lignes qui enregistrent une moyenne de prés de 3000 consultations par mois. -- Mise au point d’une procédure de fonctionnement de la Bibliothèque de l’IPT en collaboration avec le service d’Assurance Qualité et la Sous Direction de l’Audit Interne. L’objet de cette procédure est d’identifier les mesures déployées par l’institut Pasteur de Tunis, au niveau de la gestion de la bibliothèque, pour réaliser la consultation sur place et l’emprunt des documents; l’acquisition de nouveaux documents pour la bibliothèque. Cette procédure s’applique à tous les utilisateurs des documents de la bibliothèque de l’IPT. -- La présence de l’IPT dans le réseau du CNUDST constitue un plus indispensable à la bonne marche et aux services rendue par la bibliothèque a ses utilisateurs. Personnel de la bibliothèque : Le personnel de la bibliothèque est constitué comme suit : - Un responsable de la bibliothèque : un Biologiste Principal qui supervise toutes les activités de la bibliothèque (acquisition, conservation, gestion du fonds documentaire, des ouvrages ou documents qui enrichissent le stock). Assure la mise en place de nouveaux outils, informatiques et électroniques pour permettre à la bibliothèque et à ses utilisateurs de rendre le flux d’information, en croissance continue, et d’être un des moteurs indispensable au progrès de la recherche à l’Institut et au pays dans le domaine des sciences et de la santé. - Un gestionnaire des documents et des archives : spécialisé en bibliothéconomie. Il répertorie et indexe les livres et le produit documentaire selon les dernières technologies disponibles et qu’il maîtrise (bases de données, logiciels de classement et de recherche), répond au besoin du public, conseille et guide les utilisateurs dans leurs recherches, éveille la sensibilité et donne le goût de la découverte de lecture et des livres. - Une commis : gestion quotidienne collabore aux tâches de conservation des documents. - Une Secrétaire : gestion quotidienne collabore aux tâches de conservation des documents. Locaux : La bibliothèque de L’I.P.T est constituée de deux parties : - La bibliothèque centrale : elle est formée d’une grande salle subdivisée en trois parties  Une salle de lecture : réservée au public, utilisateurs et au revues de l’année en cours sont disposées sur des présentoirs contre le mur.  Une salle pour ou sont classer les monographies et les thèses et DEA.  Une salle pour les périodiques reliés qui sont rangées sur les rayonnages par ordre alphabétique de titres. - La bibliothèque annexe : où sont conservées les anciennes revues datant d’avant 1990.

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Direction informatique Composition de l’équipe Prénom, Nom Wassim Ben Salah Kamel Daassi Mouna Maaroufi

Position/Fonction Analyste en informatique/Responsable informatique Analyste en informatique Technicienne en informatique

Missions de la Direction Informatique La Direction Informatique met en œuvre la politique de l’évolution du système d’Information pour répondre aux objectifs liés à la stratégie de l’institut. Elle met à la disposition de tous les acteurs de l'institut les moyens informatiques d'intérêt général permettant de développer la recherche et d'accroître l'efficacité de la gestion de l'institut. Dans ce cadre, la Direction Informatique est chargée de gérer les ressources informatiques, d'être un pôle de compétences relatif aux nouvelles technologies de l'information et de la communication et d’offrir les services associés pour l’ensemble des usagers de l’institut. La Direction Informatique a pour principales missions :  Mise en œuvre du système d’information global.  Mise en œuvre des projets informatiques de l’institut.  Maintenir et faire évoluer le système d'information,  Elaborer et mettre en œuvre la politique de sécurité des systèmes d’information, et assurer la veille sur l'évolution des risques,  Prendre en charge l’intégration des applications informatiques.  Administrer et exploiter les serveurs administratifs et communs  Gérer les serveurs d'annuaires et fournir des services numériques aux usagers (messagerie électronique, réseau sans fil, ...)  Maintenir le parc informatique, planifier les interventions d'installation, de configuration et de dépannage de matériels mis à la disposition de l'administration et des chercheurs scientifiques, et gérer les priorités,  Etablir l'inventaire du parc informatique et des logiciels en service dans tout l’institut  Gérer le réseau informatique et faire évoluer l'infrastructure matérielle dans tous les bâtiments de l’institut.  Etablir les schémas du réseau informatique.  Gérer les équipements audiovisuels et les systèmes de visioconférence (IP et RNIS),  Mettre en place une politique de sauvegarde et d'archivage des données,  Assistance des utilisateurs dans tout ce qui touche à l'informatique au sens large. Réalisations en 2015 Mise à niveau du réseau local (Création des Vlan) : Un VLAN (Virtual Local Area Network ou Virtual LAN, en français Réseau Local Virtuel) est un réseau local regroupant un ensemble de machines de façon logique et non physique. Les VLAN présentent les intérêts suivants:  Améliorer la gestion du réseau.  Optimiser la bande passante.  Séparer les flux.  Fragmentation : réduire la taille d'un domaine de broadcast,  Sécurité : permet de créer un ensemble logique isolé pour améliorer la sécurité. Plusieurs Vlan ont été définies et crées. Les Vlan sont réparties suivant la nature de trafic, date, voix ou administration. La liste illustrée dans le tableau ci-dessous présente les Vlan déployés au niveau du réseau de la l’Institut. Nom de Vlan

Vlan ID

Description

VL_Mgmt

Vlan pour gestion des équipements

VL_MgmtWifi

Vlan de gestion Wifi

VL_Intermed

Vlan intermédiaire

180

VL_Intermed_FW

Vlan intermédiaire Firewall

VL_DMZ

Vlan DMZ

VL_Server

100

Vlan des Serveurs

VL_imprimante

101

Vlan des imprimantes

VL_Chercheur

102

Vlan des chercheurs

VL_Administration VL_Paramedical

103 104

Vlan de l’administration Vlan Paramedical

VL_Guest_Data

105

Vlan data des visiteurs

VL_Etudiant

106

Vlan des Etudiants

VL_Informatique

107

Vlan des Informaticiens

VL_Formation

108

Vlan des Formations

VL_Production VL_Data_Wifi

109 111

Vlan Production Vlan Data Wifi

VL_Voix_Wifi

112

Vlan Voix Wifi

VL_Guest_Wifi

113

Vlan Visiteurs Wifi

VL_Etudiant_Wifi

114

Vlan étudiant Wifi

VL_Videosurveillance

115

Vlan Vidéo Surveillance

VL_Voix VL_Natif

201/110 674

Vlan voix Vlan par default

Mise à niveau du réseau WIFI : Un seul SSID (identificateur de réseau Wifi) qui est utilisé pour les employés de l’Institut Pasteur ainsi que pour les invités et les étudiants. Ce SSID utilise une authentification avec mot de passe partagé avec tous les utilisateurs. Ainsi, aucun suivi ne peut être assuré pour contrôler l’accès au réseau Wifi. En plus, il sera difficile de faire des changements fréquents dans le mot de passe puisque ceci implique la configuration de tous les Pc. Ainsi, si une personne aura le mot de passe (durant une visite ou via un employé de l’institut pasteur), il aura un accès au réseau sans aucun suivi ou restriction. Afin de mettre à niveau le réseau Wifi de l’institut nous avons configuré 3 SSID :  Un SSID pour les visiteurs : Cet accès sera avec mot de passe à changer fréquemment  Un SSID pour les employés : l’employé utilise le même mot de passe d’ouverture de session de Windows pour l’authentification Wifi  Un SSID pour les étudiants : Après signature d’un engagement, chaque étudiant aura son propre mot de passe pour s’authentifier au réseau Wifi Acquisition d’une nouvelle solution internet : Les internautes de l’IPT ont une activité très liée à la recherche scientifique, nécessitant des débits internet importants ; les débits actuels ne permettent pas de naviguer ou de télécharger sur internet dans des bonnes conditions. C’est pour ces raisons qu’une consultation à été lancé pour mettre à la disposition des internautes des accès internet à haut débits.

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Actuellement l’Institut Pasteur dispose 110 Mo de débit internet auprès de 3 fournisseurs différents avec le même coût Système de vidéosurveillance : L’institut Pasteur se propose de se doter d’une solution de sécurité physique dans son site principal, à cet effet une consultation a été lancée en fin 2014 qui a pour objectif de fournir, installer, tester et mettre un système de gestion de vidéosurveillance. L’implémentation et l’exploitation de cette solution est prévue pour le mois de juin 2015, mais sera reporté pour avril 2016 suite de méconnaissance des délais de la part du prestataire de service. . Mise à niveau du grand amphi théâtre : A l’occasion de la tenue des 2èmes journées franco-maghrébines de parasitologie-mycologies (28-31 octobre 2015) l’Institut a pris l’initiative de mettre à niveau et d’enrichir le système audio et vidéo du grand amphithéâtre. 4 micro cygnes ont été acquis accompagnés, d’une station audio et de 4 baffles. Pour plus de fluidité et une meilleure exploitation des présentations, l’IPT a également fait l’acquisition d’un ordinateur portable, d’un écran mural électrique, de deux télévisions avec support installées face à la table des modérateurs. Système d’Information 1- Application Sigep (Système intégré de gestion du budget de l’institut, des projets de recherche et documents) Une consultation a été lancée en 2012 pour la réalisation d’un espace de travail (work space) intranet destiné d’une part à la gestion budgétaire de l’institut pasteur et des projets ouverts au sein des différentes unités de recherche et des laboratoires et d’autre part pour la gestion de la documentation de l’institut. -

La phase conception (générale et détaillée) a été finalisée en mars 2013. La phase réalisation (développement et intégration) à été finalisée en septembre 2013 La phase validation à été finalisée en février 2014 Le PV de la réception provisoire de cette application à été signé en février 2014 Suite de méconnaissance des délais de la part du prestataire de service la réception définitive et la mise en production aura le mois de juin 2016

2- Solution Intranet de Gestion du Stock, des Achats Une consultation a été lancée en 2013 pour la mise en œuvre d’une solution intranet pour la gestion des achats et du stock au profit de l’institut pasteur de Tunis. -

Le contrat de ce projet a été signé en mars 2014 La réception provisoire est prévue début aout 2014 La réception définitive et la mise en production est prévue pour fin septembre 2014. Suite de méconnaissance des délais de la part du prestataire de service la réception définitive et la mise en production aura le mois de juin 2016

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3- Application Gestion des immobilisations : L’application gestion des immobilisations développée par le Centre Informatique de la Santé Public (CIMSP) est installée, son exploitation nécessite l’achèvement de la mission d’inventaire par le bureau UAT. 4- Application de Gestion des Analyses Prolab : Des évolutions et améliorations ont été appliquées sur l’application de gestion des analyses tels que : - L’intégration de la signature scannée. - Verrouillage des résultats signés sous format PDF. - Mise à jour du module commercial : suivi de l’état d’exécution/livraison des analyses - Impression par lot, par convention. - Edition des bordereaux d’envois. - Suivi et contrôle d’envois. - la centralisation de l’édition des résultats.

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Cellule de communication, valorisation et transfert technologique Hichem Ben Hassine, chargé de communication Les missions du chargé de communication de l’Institut Pasteur de Tunis ont pour objectif de promouvoir l’image et les activités de l’IPT et de participer à la diffusion du savoir en interne, au niveau national et international. Répartition du temps moyen consacré à chaque tâche de l'activité globale du chargé de communication en 2015

Relation média (Presse, TV), relation extérieure (Ministère, salons, RIIP) 15%

Participation à la rédaction et à la communication de projets institutionnels et de recherche 10%

Evénementiel (séminaires, colloques, salons) 20%

Conseil en communication 5%

Administratif (demandes diverses, suivi de dossier, relances…) 15%

Réalisation de documents de communication 10%

Réponses aux demandes d'information via pasteur.tn +réseaux sociaux 5%

Rédaction (site web, articles, communiqué, réseaux sociaux…) 20%

L’année 2015

a débuté par la participation à la réalisation du rapport d’auto-évaluation et du contrat programme 2015-2018 de l’IPT. Deux actions coordonnées par Najet Hadhri, chargé de veille et de valorisation. Ce travail a abouti à deux documents très riches en informations sur l’IPT dont l’exploitation apportera une grande valeur ajoutée à notre institution. Cette année aura également été marquée par la participation à plusieurs formations du projet PASRI en « communication et marketing de la recherche », plusieurs contributions à des commissions locales et nationales, notamment au niveau du ministère de la Santé, pour accroître la visibilité du ministère et des ses institutions, à travers notamment la mise en place d’une cellule de communication. Le chargé de communication, avec certains collègues de l’IPT a également suivi une formation hybride (en ligne et présentielle) de l’University de Washington, intitulée, « leadership and management in health ». Plusieurs grands événements nationaux et internationaux se sont déroulés en 2015 à l’IPT. A titre d’exemples, nous pouvons citer, l’Ecole de printemps : Des probabilités et des statistiques qui s’appliquent » en mars, le colloque « Leishmaniose viscérale au Maghreb » en avril, les 2èmes Journées Franco-Maghrébines de Parasitologie-Mycologie durant lesquelles un réaménagement du grand amphithéâtre a été effectué, en octobre, ainsi que les conférences d’Alain Fischer et de Philippe Kourilsy, dans le cadre de la collaboration avec l’Institut Français de Tunisie. Nous pouvons également y ajouter plusieurs visites de scolaires notamment dans le cadre du partenariat avec la fondation Youth for Science, la participation au salon des études supérieures. La logistique et la communication des ses événements a été assurée par le chargé de communication.

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Par ailleurs, depuis le milieu de l’année 2015, l’IPT a décidé d’accroître sa visibilité médiatique nationale en valorisant son expertise dans les domaines dans lesquels il exerce. Un consultant en communication a été recruté pour conseiller l’IPT et le chargé de communication dans notre rapport aux médias, qui était jugé à juste titre, défaillante, en raison d’un déficit d’implication de notre part. Cette initiative a eu rapidement pour conséquence une meilleure visibilité médias de l’IPT ainsi qu’une communication grand public plus structurée. Concernant la communication web de l’IPT qui est un aspect fondamental de notre communication, celle-ci en constant développement et nécessite de plus en plus de temps. En effet, la communication via les réseaux sociaux notamment, a augmenté l’interaction public-IPT, à en juger par le nombre de messages reçus, soit sur le contact du site web, soit sur les réseaux sociaux (entre 10 et 15 par jours). La page twitter de l’IPT Par ailleurs, l’e-reputation de l’IPT reste toujours excellente, selon le est principalement site web reputationvip.com, chargé de mesurer la réputation suivie par un public numérique d’institutions, la page Google « Institut Pasteur de Tunis » anglophone se maintient à un score de 100. Notre communication web nous permet une visibilité internationale forte et elle-même citée comme exemple au niveau du Réseau International des Instituts Pasteur. La communication web doit encore se développer pour être plus structurée, cohérente et en phase avec la réalité de l’Institut. Une refonte du site web est à ce titre prévue pour cette année 2016. Enfin, en 2015, le chargé de communication a lancé une initiative innovante à l’Institut. Il s’agit d’adopter les principes de la Recherche Responsable et Innovation (RRI). Un concept développé par la commission européenne, pour que la Recherche/Innovation soit plus ancrée dans la société et réponde davantage à ses besoins et aux défis du futur. A l’IPT cette initiative a été suivie par la création d’un comité RRI, composé de chercheurs, étudiants, administratifs et a vu le développement d’actions concrètes, telles que le Mozilla science lab, le partenariat avec la fondation Youth for Science, ainsi qu’un colloque jeunes chercheurs qui aura lieu en 2016. Cette initiative a été communiquée par le chargé de communication au niveau du Réseau International des Instituts Pasteur, lors de la session breakthrough du symposium annuel en octobre 2015 afin de sensibiliser les pasteuriens à cette nouvelle dynamique soutenue par l’IP Paris. La communication de l’IPT continue de se développer et a démontré qu’elle avait une place de plus en plus importante dans l’organisation de l’Institut et une réelle efficacité. Cependant après plus de 6 ans, l’Institut n’a toujours encore établi de cadre officiel pour cette activité, qui lui permettrait de se développer plus vite et d’être encore plus efficiente pour notre institution, au même titre que la veille, la valorisation et la transfert technologique.

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Najet Hadhri, Chargée de Veille et Valorisation Missions : - Veille aux appels projets, aux opportunités et offres de collaboration scientifique - Veille et valorisation de la production scientifique de l’Institut Pasteur de Tunis - Initiation d’une démarche de knowledge management : collecte, traitement des données et facilitation de l’accès et le partage de l’information. 1. Réalisations spécifiques 2015 - Réalisation d’une étude bibliométrique sur la production scientifique de l’IPT 2011-2014 qui a servi pour alimenter les rapports institutionnels. - Coordination des étapes de préparation et l’édition des rapports d’autoévaluation et de la proposition du nouveau contrat-programme de l’Institut Pasteur de Tunis. - Conception d’une plateforme de veille et d’outils de gestion de connaissance pour la création, la valorisation de mémoire d’entreprise. 2. Appui aux comités institutionnels  Suivi des activités du Conseil Scientifique: - Planification et organisation des réunions du CS - Appui à la DG pour la supervision et l'exécution des recommandations du CS. - Elaboration d’un tableau de bord pour le suivi des recommandations du CS. 

Soutien au comité de pilotage du programme collaboratif interne de l’IPT dans les différentes taches de gestion (communication, préparation des contrats..) et la gestion d’un portefeuille de 14 projets.



Coordination des activités du Comité d'Ethique Biomédicale: - Planification et organisation des réunions. - Élaboration d’un tableau de bord pour le suivi des dossiers et des activités du comité. - Contribution à l'élaboration des procédures de gestion et de fonctionnement du comité. - Assurer la communication et les échanges interne et externe, préparation des PV des réunions et des notifications d’avis éthique (jusqu’à mars 2015).

3. Encadrement et formation  Master 2 en Veille Technologique et Innovation à l’Université Aix Marseille : financé par le projet GENOMEDIKA : Cette formation a permis de valider les acquis professionnels de la chargée de veille relatifs aux concepts, méthodes et aux instruments de mise en place d’une activité de veille technologique. Cette formation a été aussi l’occasion de se former aux pratiques d’intelligence économique, de l’organisation et de la mise en œuvre de démarche d’innovation, du pilotage de la R&D, de la protection du patrimoine immatériel, ainsi que l’emploi des TIC requis pour ces démarches. 

Cycle agent de formation Agent de Valorisation organisée par la GIZ en partenariat avec l’ANPR.



Cycle de formation en management de la qualité, organisé par le projet PaQ et l’université Tunis El-Manar.



Participation à une visite d’étude aux structures de management de l’innovation à Strasbourg : organisée par l’ANPR et projet PASRI.



Encadrement de deux étudiants dans le cadre d’un stage de PFE pour l’obtention de diplôme de master en informatique : Le stage a porté sur le conception et le développement d’une plateforme de gestion de bases de données pour la gestion de l’information scientifique et technique avec une fonction pilote d’informatique décisionnel qui permettrait d’obtenir des

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indicateurs pour le reporting, le suivi de l’activité de recherche ainsi qu’une composante pour la veille, le partage et la dissémination de l’information. Actuellement, le projet est à un stade assez avancé avec une version pilote installée en local en attendant sa mise en ligne publique. Une base de données des publications avec un moteur de recherche intégré a été conçue en vue de reconstituer le répertoire bibliographique le plus exhaustif des publications indexées de l’IPT. La plateforme comporte aussi une deuxième base de données qui a pour rôle d’organiser et d’assurer la diffusion d’alertes sur une sélection d’appels à projets et qui est également dotée d’un moteur de recherche afin d’en faciliter la consultation et la personnalisation des requêtes. Une rubrique pour la vulgarisation et la dissémination scientifique participative est en cours d’optimisation, dont le principal livrable sera une newsletter semestrielle des publications pasteuriennes. Shéma des activités 2015, veille et valorisation

Oussama Ben Fadhel : Chargé de projet en Transfert Technologique (CPTT)/ Chargé d’Affaires en Sciences de la Vie La valorisation des résultats de la recherche est le processus mis en œuvre pour que la recherche académique ait un réel impact économique et débouche, directement ou indirectement, sur des produits ou des procédés améliorés ou nouveaux, qui pourront être exploités par des entreprises existantes ou créées à cet effet. Cette valorisation permet ainsi de mettre en relation le monde de la recherche avec le monde socioéconomique. Pour l’IPT, cela a pour conséquence • d'accélérer les progrès scientifiques, • d'améliorer la visibilité internationale des ses unités de recherche, • de maintenir la compétitivité de l’IPT dans certains domaines où il est reconnu (production de vaccins et sérums, développement de nouveaux vaccins, recherche dans le domaine de certaines maladies infectieuses), • de fournir de nouvelles sources de financement de la recherche en cas d'exploitation commerciale. • de contribuer au développement socio-économique de la Tunisie

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2/ Activités menées par le Chargé de projet en Transfert Technologique (CPTT) en 2015 - Coordination et gestion des échanges de l'IPT avec la Direction des Applications de la Recherche et des Relations Industrielles de l'Institut Pasteur Paris, concernant les actifs de PI de l’IPT, ainsi que des projets de valorisation des résultats de recherche de l’IPT. L'IPT s'est doté entre 2009 et 2011 d'une Cellule de Communication, Valorisation et de Transfert Technologique (C2VT2), composé de trois personnes permanentes: Mme Najet Hadhri, Chargé de valorisation M. Hichem Ben Hassine : Chargé de communication ; M. Oussama Ben Fadhel : Chargé de projet en transfert technologique ; En outre l'IPT bénéficie des conseils d'un expert sénior concernant les aspects valorisation et relation avec les industriels en la personne de Mme Dorra Cherif. - l’IPT est partenaire de l’initiative, WIPO Re Search, lancée depuis 2013, par l’Organisation Mondiale de la Propriété Intellectuelle (OMPI), pour l’identification des besoins institutionnels pour l’amélioration de la valorisation de la recherche et la gestion de la propriété intellectuelle de l’Institut dans le domaine des maladies négligées. Il s’agit d’un consortium dans lequel des organismes publics et privés partagent de précieux actifs de propriété intellectuelle et de précieuses compétences avec les milieux mondiaux de la recherche en santé dans le but d’encourager la mise au point de nouveaux médicaments, vaccins et diagnostics pour traiter les maladies tropicales négligées, le paludisme et la tuberculose. Cette initiative est coordonné à l’IPT par le CATT, est a permis, à travers le réseau de l’initiative, à l’un de nos chercheurs de démarcher un bailleur de fonds (US/ NIH pour réaliser une étape de développement d’une technologie issue des résultats de recherche à l’IPT). - Planification et organisation de la visite de deux chercheurs séniors de la société Merck (USD), du 21 Septembre au 9 Octobre 2015, le Dr Ellen Minnihan dont le profil est plutôt orienté essais cliniques et grant writing et le Dr. Yang Lihu qui est un chimiste plutôt orienté drug design et discovery. Cette visite s’est déroulée dans le cadre d’un Fellowship Program http://www.bvgh.org/CurrentPrograms/Fellowship-Programs.aspx , coordonné par la BVGH (BIO Ventures for Global Health) avec qui nous avons plusieurs contacts notamment à travers l'initiative WIPO Re:Search. Ce programme a pour leitmotiv "Sharing Expertise and Developing Connections". Des réunions ont été planifiées avec la majorité des laboratoires de recherche. Suite à cette visite, plusieurs propositions de collaboration ont été émises grâce à des échanges constants du CATT avec la senior Manager Katy Graef de la BVGH. - Gestion et négociation de contrats de prestation de services, de recherche dans le cadre de collaborations internationales avec des industriels et des académiques (CDA, MOU, etc.). Plus d’une 20aine de contrats ont été gérés par le CPTT en 2015 - « Voyage d’Étude sur la Promotion d’un Écosystème d’Innovation et d’Entrepreneuriat en Tunisie à travers les Bureaux de Transfert de Technologie» Organisé par la CLDP (Commercial Law Development Program). Pour rappel l’Institut Pasteur de Tunis a été désigné par la CLDP et l’ANPR, et avec l’accord de nos propres institutions, pour la participation à cette manifestation, compte tenu de la pertinence de son programme pour les missions, les responsabilités et les activités à notre charge dans nos structures respectives. En effet, j’ai participé à la première formation du 8 au 11 avril 2013, concernant « Conférence Régionale sur l’Etablissement de Bureaux de Transfert de Technologie ». Cette deuxième formation intitulé « Séminaire sur la Gestion des Bureaux de Transfert de Technologie en Tunisie » vient compléter la première formation du mois d’avril 2013. J’ai participé à ce troisième séminaire du 1 au 5 juin 2015 à Faro, au Portugal en tant que chargé de projet en transfert technologique de l’Institut Pasteur de Tunis (IPT) étant donné nos démarches et réalisations dans le cadre de la Cellule de Communication, valorisation et de Transfert Technologique de l’IPT (ou Bureau de Transfert technologique, BuTT). - Gestion contractuelle et de la propriété intellectuelle dans le cadre du projet « Rage : Développement d’un vaccin antirabique à usage humain produit ». Négociation et gestion contractuelle dans le cadre de la collaboration avec un industriel indonésien, en coordination avec Jean Deregnaucourt de l’Institut Pasteur Paris et la DARRI. - Gestion administrative de la demande de brevet national “Use of FOXO3 activators to prevent/treat Tuberculosis in mammals”; référence du brevet TN2013/0198 déposé le 06 mai 2013 à l’INNORPI.

188

- Le CPTT a réalisé une mission en Corée du Sud du 22 au 24 décembre 2014, en réponse à l’invitation du « Korean Center for Disease Control and Prevention » (KCDC), pour établir un état des lieux concernant une éventuelle collaboration et un possible transfert technologique dans le domaine de la production du vaccin BCG. Le CPTT a coordonné avec le Directeur de la recherche scientifique de l’IPT, Pr. Helmi Mardassi une rencontre en Corée du Sud, ainsi que la représentation de l’IPT à la mission : « Technology Transfer Policies and Proven Transfer Processes » qui s’est déroulée en Korée du Sud du 12 au 28 Novembre 2015.

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Comités Comité d’éthique bio-médicale ............................................................................................................ 191 Comité qualité ...................................................................................................................................... 193 Comité de santé et sécurité au travail ................................................................................................. 195 Comité formation et stages.................................................................................................................. 196 Comité Ressources biologiques .......................................................................................................... 197 Comité de Pilotage des Programmes Collaboratifs Internes .............................................................. 200

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Comité d’éthique bio-médicale Objectifs et missions L'Institut Pasteur de Tunis a, depuis 1992, son propre Comité d’éthique. Ce comité est inscrit au sein du Bureau pour la Protection des recherches sur l’Homme (OHRP) aux Etats-Unis (numéro d'enregistrement IRB00005445, FWA00010074) et s'est engagé, selon cette inscription, à suivre la déclaration d'Helsinki pour la recherche médicale institutionnelle impliquant des sujets humains, y compris la recherche sur du matériel humain et des données identifiables. Le processus suivi par le comité d’éthique est d’examiner après demande d’autorisation de tous les candidats, leurs protocoles, objectifs et méthodologies. Le comité d’éthique doit identifier les risques (physiques, psychologiques, sociales et économiques) associés à la recherche, déterminer que ces risques seront minimisés dans la mesure du possible, identifier les bénéfices qu’apporterait cette recherche, déterminer que les risques sont raisonnables par rapport aux effets bénéfiques sur les sujets ainsi que l'importance du gain en connaissance et d’assurer que les sujets potentiels seront informés de manière précise et juste des risques ou inconforts et les bénéfices escomptés de cette recherche. Le comité d’éthique s'assure que les informations (formulaires de consentement éclairé) seront présentées aux sujets dans une langue qu'ils puissent comprendre. Les explications et les formulaires doivent être traduits dans la langue maternelle des sujets (en arabe). Une copie en français ou en anglais, selon l'organisme de financement, devrait également être donnée au comité. En fonction de tous ces paramètres, le comité d’éthique donnera sa décision : approbation, sous réserve d'approbation (en demandant au demandeur de réviser son protocole à la suite des recommandations du comité) ou refus. Composition du comité Le comité est composé de 10 membres : Pr Samir BOUBAKER, Président du Comité (IPT) Dr Abdeljelil GHRAM (IPT) Pr Mohamed CHAHED (Hôpital A. Memi Ariana) Dr Mohamed ELAYEB (IPT) Dr Hayet MOUSSA (Institut Supérieur Des Sciences Humaines Tunis) Dr Fattouma BCHIR (IPT) Dr Rym BENKHALIFA ((IPT) Dr Sami Khoufi (IPT) Pr Mounir LAMLOUM (Hôpital La Rabta) Dr Zakaria BELSAFAR (IPT) Mme Feten Ben Ali (IPT) Mme Salwa Hamrouni (Faculté de des sciences juridiques, politique et sociales) Coordination : Mme Najet Hadhri Secrétariat : Mme Olfa Arbi Activités en 2015 -

Tenue de 15 réunions plénières. Examen de 33 dossiers. Emission de 53 rapports d’évaluation au total, sous forme de correspondances préliminaires avec recommandations ou d’avis définitifs du CEBM. 2015

2014

Nombre de saisines déposées

Nombre de dossiers examinés Nombre de demandes internes Nombre de saisines externes

53 26 7

28 17 3

Expérimentation animale

Autres

Types de demandes :

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Séminaires de Formation Charte éthique et le règlement intérieur du CEBM et les modalités de soumissions des dossiers pour avis auprès du Comité : 25 février 2015 Ethique et Expérimentation animale : 12 mai 2015 Code of conduct and Infoday on biosecurity and scientific responsibility: 16 juin 2015 (en collaboration avec Robert Koch Institute – Allemagne)

Participation aux manifestations /réunions du CNEM : ●Atelier : comment élaborer un avis par un comité d’éthique ? Auto-saisine : Les Biobanques ● Atelier : Animation d’un débat éthique (Pr Didier Sicard) 26.11.2015 ●XIXème Conférence annuelle : La médecine en milieu carcéral. 27.11.2015

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Comité qualité Dans le cadre du plan de continuité de la démarche qualité de l’IPT et suite à la revue de direction du 22 Mai 2014, le Directeur Général de l’Institut Pasteur de Tunis, a décidé la création d’un comité de pilotage du système de management de la qualité (SMQ) à l’IPT. Le comité est rattaché à la Direction Générale et lui rend compte de ses activités. Les principaux Objectifs sont : -

Maintien de la démarche qualité et développement du SMQ ; Définir la politique qualité à court et à moyen terme et s’assurer de sa diffusion et sa compréhension par l’ensemble du personnel ; Poursuite de la démarche d’accréditation des laboratoires concernés.

Les pricipales missions à moyen terme: - En consolidation des travaux et efforts déjà fournis dans le cadre de la démarche de l’accréditation du laboratoire des Toxines Alimentaires, ce comité était appelé à la finalisation de cette démarche. l’IPT (MQ). - Mise en place de la documentation nécessaire (Procédure, instruction, enregistrement,….) compte tenu de l’objectif d’accréditation des laboratoires cibles. - Définir les règles de gestion documentaire appropriées et en conformité avec le SMQ. Et s’assurer de l’application de ces règles en collaboration avec les responsables des services et/ou laboratoires. La finalisation des éléments du système du management de la qualité, notamment, la finalisation de la rédaction du manuel qualité. - Programmation et réalisation des audits internes et des visites pour s’assurer de la conformité des services /laboratoires par rapport au SMQ. Composition du comité : Le comité qualité est composé des fonctions ci après. Les membres sont désignés respectivement, comme suit : Coordinateur général : Mr Mahrez Kallel  Chargés de la rédaction du manuel qualité : Mme Houda Hmida et Mr Mahrez Kallel  Chargée de la gestion documentaire: Mme Sana Chaabane  Chargée de l’audit interne (audit qualité) : Mme Imen larbi  Chargé du suivi des actions : Mr Dhafer Laouini  Chargées de la formation : Mme Ines Safra et Mme Afef Bahlous  Chargée de la métrologie : Mme Sana Masmoudi  Chargé de la communication et des répondants qualité : Mr Dhafer Laouini A rejoint l’équipe en novembre 2015 Mme Sonia Damak. Elle a été nommée responsable management de la qualité à l’IPT et a été chargée de coordonner ce comité. Activité du comité pour l’année 2015 : -

Poursuite du plan de continuité de l’activité (plan établi en 2014) Emission de la note de service de création du comité qualité qui a définit sa composition et ses objectifs Lancement de la réflexion sur la politique qualité et les processus dans le cadre de la rédaction du manuel qualité Etablissement d’un programme de formation pour les membres du comité ainsi que pour l’équipe des répondants qualité Finalisation de la liste des répondants qualité (deux personnes par structure) Réunion générale avec les répondants qualité pour la présentation des objectifs du comité et des objectifs institutionnels (Mr le Directeur Général a présenté la vision de l’institut) Révision de la procedure relative à la gestion documentaire

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Organisation d’une formation (trois jours) sur la norme ISO 17025 (exigences générales concernant la compétence des laboratoires d’étalonnages et d’essais) pour les membres du comité et les responsables des processus Organisation d’une formation (deux jours) sur la norme ISO 9001 version 2008 (systèmes de management de la qualité : exigences.) Réunion avec le responsable du laboratoire des toxines alimentaires et le Directeur Général dans le cadre d’une revue de direction pour discuter des écarts notés lors du dernier audit externe de ce laboratoire. Elaboration d’un listing des procédures générales en vigueur à diffuser aux différents services /laboratoires pour faire l’état des lieux des procédures diffusées et existantes au niveau de ces services. Participation à une formation de Capacity Bulding dans le cadre du projet PHARE (Programme d’Harmonisation de l’Administration de la Recherche et de L’Enseignement) organisée par l’Université Tunis El Manar entre le 14/09/2015 et le 19/12/2015.

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Comité de santé et sécurité au travail Conformément à la note de service du 30 mars 2012, il est constitué un comité de santé et sécurité au travail (CSST) à l’Institut Pasteur de Tunis. Missions du CSST - Elaborer les projets de règlements et de prescriptions relatifs à la Santé et à la Sécurité au Travail dans l’institut. - Assurer les tâches d’information, de sensibilisation et de formation dans le domaine de la Santé et de la Sécurité au travail. - Proposer les programmes de prévention des risques professionnels au sein de l’institut et assurer le suivi de l’exécution des programmes adoptés. - Effectuer les enquêtes à l’occasion de chaque accident du travail grave ou maladie professionnelle et proposer les mesures nécessaires pour la maitrise de ses causes. Composition du CSST : Président :  Le Directeur Général ou son représentant, Membres :  La Directrice de la maintenance et des services communs  Le médecin de travail  Le Surveillant général de l’Institut  Le Chef de service d’hygiène et sécurité  Le Responsable de la Direction de la recherche  Le Responsable de la Direction médicale de la santé publique  Le Responsable de la Direction de la production  Le Responsable de la Direction du Centre de la Soukra  Les Représentants du personnel de l’IPT Ce comité de Santé et Sécurité au travail est assisté par :  Le Responsable du service qualité  Le Directeur des approvisionnements ou son représentant  Le Sous-Directeur des Etudes  Le Surveillant de la Direction du Centre de la Sokra  Un membre du service d’hygiène et sécurité  Un représentant de la Protection Civile  Un représentant de l’Institut de Santé et Sécurité au Travail Et par toute personne de l’IPT ou d’autre organisme spécialisé dans le domaine de la santé et de la sécurité au travail dont la consultation est jugée utile. Activités réalisées en 2015 1. Installation des caméras de surveillance à l’Institut (Action programmée depuis 2013) 2. Acquisition de 05 nouveaux autoclaves complémentaires pour la stérilisation et la décontamination des déchets à risque infectieux 3. Equipement des laboratoires de la rage par deux désinfecteurs à vapeur avec solutions désinfectantes à large spectre 4. Bio-nettoyage et rénovation des chambres froides vétustes de certains laboratoires de l’Institut 5. Lancement du projet d’aménagement du laboratoire de diagnostique de la rage : salle d’autopsie et chambre froide 6. Amélioration des conditions de transport des déchets de l’animalerie du laboratoire de diagnostic la rage : Emballage cartonné robuste et résistant pour contenir ces déchets 7. Projet d’aménagement de l’Entrée principale de l’Institut Pasteur: projet en cours de réalisation (plans d’architecte et dossier pour autorisation) 8. Acquisition des produits de l’hygiène des mains : gel hydro-alcoolique et savon antiseptique 9. Entretien et propreté de l’espace intérieur et extérieur de l’institut

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Comité formation et stages Composition : Dr Ali Bouattour : coordinateur Dr Mariem Ben Rekaya : membre Pr Salem Abbes : membre Considérations générales et pratiques : L’Institut Pasteur de Tunis fait partie de l’Université Tunis El Manar et de l’école doctorale « Sciences et Technologies du Vivant et Sciences de la Terre ». Par conséquent, une de ses missions est la formation. Cette formation à la recherche et par la recherche, est un des objectifs principaux des neuf laboratoires de recherche de l’IPT, financés par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique. Cette formation à l’IPT, consiste à un transfert de connaissances théorique et pratique. Pour cela, l’IPT met tout en œuvre pour que le doctorant effectue ses recherches dans les meilleures conditions, et élabore une thèse du plus haut niveau possible afin qu’il puisse réussir les concours de recrutement. De même la production scientifique de l’IPT contribue dans le rehaussement de l’image de marque et du classement de notre université. C’est ainsi qu’un nombre très important d’étudiants, en provenance de plusieurs institutions universitaires, viennent accomplir leur stage de formation à l’IPT. Pour gérer ces étudiants, un comité de formation, d’enseignement et de stages, coordonné par le Dr Ali Bouattour, a été créé en avril 2012. Ce comité est chargé de tous les aspects relatifs à la formation et aux stages à l’IPT. Il a pour tâches de définir une stratégie de formation et de gestion des étudiants stagiaires de l’institut, et l’organisation de cours et de séminaires scientifiques. En effet, durant sa thèse, le doctorant suit des formations afin d’élargir son horizon disciplinaire. Le comité propose des formations scientifiques dans divers domaines en relation avec les thématiques des laboratoires de l’IPT. Sur le plan organisationnel, le comité s’occupe des questions relatives à la formation, mais également des relations avec l’administration, d’une part, et l’école doctorale, d’autre part. Selon les laboratoires et les thématiques traitées, cet éventail de formations complémentaires inclut souvent des stages ou des cours de formation à l’étranger dans le cadre de la collaboration avec diverses institutions, notamment à travers le RIIP. Ces formations permettent également aux doctorants de valider des crédits obligatoires demandés par les écoles doctorales comme celle des Sciences et Technologie du Vivant et Sciences de la Terre (UTM). Au cours de l’année 2015, des conférences scientifiques et des ateliers portant sur des thèmes de recherche d’actualité ont été proposés aux étudiants stagiaires. Les ateliers ont concerné notamment les aspects relatifs à la biosécurité, à la biosûreté et aux bonnes pratiques du laboratoire, à la bioéthique, et à la génétique humaine. Ils ont été organisés respectivement en collaboration avec l’Institut Robert Khoch et le GIZ (Allemagne), le comité d’éthique de l’IPT et le laboratoire de Génomique biomédicale et oncogénétique. En 2015, l’IPT a accueilli près de 270 étudiants : 158 en thèse (PhD), 53 mastères, 23 projets de fin d’étude, 7 doctorants en médecine humaine et en médecine vétérinaire, 10 post-doc, 5 HU, et 4 mémoires de fin d’étude ingénieur.

196

Comité Ressources biologiques Composition de l’équipe Prénom, Nom

Position/Fonction

Abdeljelil Ghram

Biologiste Principal/Membre

Alia Benkahla

Biologiste / Membre

Houda Yacoub

Biologiste/Membre

Imen Larbi

Vétérinaire/Membre

Imen Ben DhifAllah

Biologiste Adjoint/ Membre

Dhafer Laouini

Biologiste Principal/Coordinateur

Structures pasteuriennes d’affiliation Laboratoire d’Epidémiologie et de Microbiologie Vétérinaire LR11IPT03 Laboratoire de Parasitologie Médicale, Biotechnologies et Biomolécules LR11IPT06 Laboratoire de Génomique Biomédicale et Oncogénétique LR11IPT05 Laboratoire d’Epidémiologie et de Microbiologie Vétérinaire LR11IPT03 Laboratoire d’Epidémiologie et de Génétique des Virus Hépatiques et Gastriques LR11IPT09 Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR11IPT02

L’Institut Pasteur de Tunis, toujours à l’avant garde de la Recherche en Tunisie a lancé une action pour la bonne organisation de ses ressources biologiques. Cette stratégie a pour but ultime de mieux valoriser les ressources disponibles et à venir dans un contexte international où la recherche scientifique a besoin, pour bien se faire, d’échantillons biologiques dont l’origine, les informations reliées, la traçabilité et la qualité de la conservation sont d’une importance cruciale. Ce positionnement permettra à l’Institut d’être compétitif et visible à l’échelle internationale. Ce comité de pilotage œuvre pour la mise en place d’une politique de gestion de ses ressources biologiques selon les règles éthiques et de qualité. Un comité, constitué après appel à bénévolat, a été créé fin 2014 avec pour mission : -

l’évaluation du potentiel en ressources biologiques de l’Institut, les besoins en personnel, logiciels équipements et infrastructures pour la conservation de ce ressources dans des conditions répondant aux normes nationales et internationales d’éthique et de qualité. la formation des répondants de chaque structure à la constitution de collections et à leur maintien selon les bonnes règles. Il est composé de plusieurs valences de l’Institut (recherche, qualité, éthique, etc…).

La composition et les missions de ce comité ont été entérinées par le Conseil Scientifique de l’IPT élargi aux chefs des Laboratoires de recherche. L’une des premières taches réalisées a été l’élaboration d’un questionnaire qui a permis de dresser l’état des lieux sur la qualité et la quantité des ressources biologiques disponibles et le niveau de volonté des différents responsables de ces collections à adhérer à cette démarche institutionnelle. En parallèle, le comité a adhéré à l’action entreprise par le Réseau International des Institut Pasteur, action qui tend à accompagner certaines structures de ce réseau de 33 instituts dans une meilleure gestion et conservation de leurs ressources biologiques. Dans ce cadre, le comité a obtenu un financement conséquent qui lui permettra de s’équiper d’outils de monitoring et de stockage selon les normes internationales de qualité. L’acquisition de ces équipements est en cours. Points saillants de l’analyse du questionnaire rempli selon les réponses d’une vingtaine de responsables de collections biologiques

197

2015.

Nature des collections existantes

2016.

Suivi et traçabilité des collections

2017.

Partage international

l’information

aux

niveaux

institutionnel

198

Ce questionnaire a permis de mettre en évidence plusieurs points forts des collections biologiques à l’institut (richesse, diversité des organismes et des tissus, etc), mais a mis également le doigt sur plusieurs faiblesses du système actuel (mauvaise conservation, pas de suivi des températures, pannes récurrentes de la chaine de froid, accès non sécurisé, absence de traçabilité et de duplicatas de sécurité). Les besoins exprimés par les différents responsables concernent en premier les équipements et le personnel. Il est frappant de constater que les besoins en formation pour la qualité et la gestion ainsi qu’en logiciels de gestion et de monitoring sont moins importants pour les responsables des collections.

199

Comité de Pilotage des Programmes Collaboratifs Internes Composition de l’équipe Prénom, Nom

Position/Fonction

Najet Hadhri

Assistante / Chargée de gestion du programme

Hechmi Louzir Dhafer Laouini

Directeur Général/ Président Biologiste Principal/Coordinateur

Autres structures pasteuriennes d’affiliation Cellule de communication, Valorisation et Transfert Technologique Direction Générale Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR11IPT02

Suite aux recommandations de la Direction Générale et du Conseil Scientifique de l’Institut Pasteur de Tunis en 2012, un programme de financement institutionnel pour des Projets Collaboratifs Institutionnels (PCI) suite à des appels à propositions a été lancé. Ce programme vise essentiellement à: 2018. Créer des coutumes pérennes de collaboration transversale. 2019. Préparer les jeunes chercheurs à s’investir dans une dynamique de recherche internationale. 2020. Faire émerger des axes originaux en encourageant des axes de recherches exploratoires et émergeantes. Au cours de l’année 2015, le comité de pilotage du programme s’est attelé à accomplir trois taches essentielles : 1) Collecter et évaluer les rapports des projets financés lors de la première session du programme. 2) Collecter et évaluer les rapports mi-parcours des projets financés lors de la seconde session. 3) Evaluer les projets soumis lors de la troisième session et recommandations au CS pour l’octroi des financements. Pour rappel, le programme PCI a financé sept projets lors de la première session et six programmes lors de la seconde session. Le point saillant des projets financés lors de la première session a été l’apprentissage par les différents porteurs de projets des règles de gestion (éthique et contact avec le comité institutionnel de Bioéthique Médicale, gestion financière et administrative. Le bilan scientifique de cette première session a été la communication des résultats de recherche dans plusieurs congrès nationaux et internationaux (avec des prix d’excellence), la production d’au moins trois publications internationales à comité de lecture et impactées et la soutenance de plusieurs diplômes de projets de fin d’études et de Mastères. Le bilan des projets financés lors de la seconde session évalués à mi-parcours a été également positif. Il permet de ressortir que sur les cinq projets financés par l’Institut Pasteur (un projet parmi les six préalablement financés a été retiré), il y a eu la production en une année de plus d’une dizaine de communications scientifiques dans des congrès nationaux et internationaux, la préparation pour publication de pas moins de cinq manuscrits qui seront soumis à publication dans des journaux internationaux et le soutien de quatre Mastères et deux thèses. Suite à l’appel d’offres de la troisième session, onze projets ont été déposés à temps dont neuf seulement éligibles. Ces derniers ont été évalués de façon anonyme par 21 experts internationaux (non tunisiens). A notre que le comité a contacté plus de 45 experts potentiels pour la phase d’évaluation. Le choix des experts se fait sur l’excellence de ces derniers et leur visibilité internationale, ainsi que sur leur expertise dans le sujet du projet proposé. L’évaluation scientifique des projets éligibles a permis de financer sept projets positivement jugés. Le comité projette, au cours de l’année 2016 d’organiser une journée scientifique où les porteurs de projets depuis le lancement du programme présenteront leurs travaux à la communauté scientifique pasteurienne. Il s’attèlera également à mettre en place un système en ligne pour la soumission et l’évaluation des projets futurs.

200

Administration Direction de l’approvisionnement ........................................................................................................ 202 Sous-direction commerciale ................................................................................................................ 205 Secrétariat Permanent de la Commission de Contrôle des Marchés Publics..................................... 210

201

Direction de l’approvisionnement * Service des Achats Locaux ; * Service des achats locaux/étrangers sur projet, étrangers et opération de transit. La sous direction des achats est composée de trois cadres et huit agents (ci-dessous le détail) : Mme Rym Soltani - Sous directeur des achats Mme Sana KoudhaiAdministrateur Responsable des Achats Locaux Mr Issam Ferchichi Mme Sonia Gouili Mme Imen Chikhaoui Mme Sonia Douagi Mme Sana Slema

Mme Mouna Helal- Administrateur Responsable des achats locaux/ projet & opération de transit

Mr Riadh Ouakad Melle Zeineb Boubaker Mr Raouf Elouni

Elle a différentes missions qui ont pour objectif le lancement de la procédure d’achat et d’assurer de la livraison dans les délais prévus afin d’éviter la rupture de stocks . Les principales tâches de la sous directions des achats sont les suivantes :  Enregistrer les demandes reçues des différents laboratoires et services  Consulter les fournisseurs pour faire jouer la concurrence (demande de prix/ consultation ou appel d’offre)  Etablir un bon de commande & consultation.  Suivi des bons de commandes non satisfait dans les délais prévus (par mois).  Lancer des consultations publiées aux journaux ou envoyées directement par mai l ou fax aux fournisseurs sous plis fermé pour faire jouer la concurrence ;  Etablir les contrats

202

Elle à pour objectif l’établissement d’un tableau de bord ou un rapport d’activité contenant un nombre d’indicateurs (ci-joint le rapport).

Articles

Dépenses local sur projet

Dépenses à l’étranger

Dépenses / LOCAL

NBRE DE MONTANT COMMAN DES ACHATS DE

MONTANT NBRE DE DES ACHATS COMMANDE

NBRE DE MONTANT COMMAN DES ACHATS DE

158 621,989

376

5 063,911

719 441,646

229 1 557 046,130

Total Des Dépenses

Nombre total des commandes

Pourcentage

378

2 435 109,765

983

5 535,690

58 522,044

69 121,645

15 418,261

53 800,644

4 027,720

34 354,663

46 498,750

236

50 966,161

19 202,842

116 667,753

354

14 693,137

5 337,400

20 030,537

12 137,723

28 959,985

48 490,320

37 279,004

198

40 914,914

220

91 436,904

114 933,847

2 911,492

3 156,492

14 15

7 392,612

3 635,910

9 506,453

245,000

860,000

32 628,520

797,000

34 285,520

52 236,809

45,818

96 625,830

109

148 908,457

196

3 569,246

22 379,342

30 030,928

1 134,969

25 056,218

26 191,187

4 082,340

13 990,490

116,550

9 537,821

9 654,371

9 318,943

32 429,820

41 748,763

80,000

203

6 878,933

99 313,360

6 354,597

814 754,565

3 277,700

46 925,954

13 814,656

20 693,589

811 024,857

1 725 092,782

100

45 103,017

51 457,614

8 540,000

11 817,700

244,330

0,000

244,330

13 152,030

6 879,047

20 031,077

3 742,952

345 2 939 050,576

1216

5 073 131,140

2 434

58 Sous Total 1

427 550,237

873 1 706 530,327

PARC AUTO

30000

58 362,391

88 362,391

FORMATION

40000

54 574,380

94 574,380

106

BILLET D’AVION

43000

27 304,500

70 304,500

41 265,000

105 000,249

100

105 000,249

100

399 506,520

375

5 472 637,660

2 809

100

PRODUCTION TECHNIQUE +AMENAGEMENT Sous total 2

113000 Total Général

204

Sous-direction commerciale et promotion des activités La sous direction commerciale assure la vente des sérums et vaccins produits dans les laboratoires de l’IPT sous la supervision d’un pharmacien responsable. Par ailleurs, cette unité assure la vente d’autres produits : les animaux et le sang de poule sous la supervision d’un vétérinaire. D’autres produits sont également vendus produits par d’autres laboratoires comme le sang de cheval et le sang de mouton. La sous direction commerciale s’occupe également de l’établissement des marchés, conventions et devis, la centralisation et la facturation des bons de commandes d’analyses à terme, le suivi de toutes les réclamations clients. Elle assure aussi la mise à jour et le contrôle des prix sur l’application PROLAB. L’élaboration des procédures de ventes et de gestion des analyses sont aussi de son ressort. Elle assiste aussi le médecin responsable du service vaccination dans ses responsabilités : la mise à jour des prix de vaccins, suivi des réclamations clients et enfin centralisation et envoi des factures clients. Actuellement, elle a comme principal objectif, la recherche de nouveaux clients pour augmenter son chiffre d’affaires des analyses biologiques. Le personnel affecté à cette sous direction est composé d’un sous directeur d’un cadre gestionnaire et de trois agents. Cet objectif est difficile à atteindre car elle ne dispose pas de ressources suffisantes. 1-Les examens biologiques : Le chiffre d’affaires des analyses biologiques a connu une progression notable en 2013 par rapport aux années antérieures. Cependant en 2014, le chiffre d’affaires a baissé de 14,69 % avec une légère reprise en 2015. Ceci à cause de la baisse de l’activité du service de virologie. En effet, l’arrêt des envois des analyses sous traités à l’étranger pour le compte du CNGMO est la principale cause de la baisse du chiffre d’affaires global en 2014. Cette décision a été appliquée à partir du mois de mars 2014. Nous prévoyons une reprise de cette activité aussitôt que le CNGMO aura payé ses arriérés. Année Analyses comptant

Nbre de factures Analyses à Terme

Nbre de factures Avoirs Total net

2013 au

986 161,280 D

14 284 2 327 089,387 D

1903

2014 1 045 640,980 D

15 007 1 784 480,515 D

1580

33 496,016 D

40 097,400 D

3 279 754,651 D

2 830 121,495 D

2015 1 112 006,460 D

14 768 1 745 567,790 D

1059 7 813,360 D 2 935 574,880 D

205

3 500 000,00 3 000 000,00 2 500 000,00 2 000 000,00

Analyses au comptant

1 500 000,00

Analyses à Terme

1 000 000,00

Total Général :

500 000,00 0,00 2013 2014 2015 2013 2014 2015 2-La vaccination L’activité de vaccination a accusé une croissance de 57,8 % entre 2013 et 2014. Ceci s’explique par l’augmentation du prix d’achat des vaccins à la PCT qui ont été révisés vers la hausse suiote à cette augmentation. A titre d’exemple : le vaccin de la méningite ( Mencevac multi dose) est passé de 170,214 D en 2013 à 237,060 D en 2014, le vaccin de la fièvre jaune multidose ( Amaril Dakar ) est passé de 40,305 D en 2013 à 68,693 D en décembre 2014 . Un autre facteur a été aussi déterminant dans l’accroissement du chiffre d’affaires de cette activité est l’augmentation de la vaccination lié au pèlerinage. Entre 2014 et 2015, l’augmentation a été minime, elle a été seulement de l’ordre de 3.8%.Le chiffre d’affaires s’est maintenu en 2015 à 1 126 301,210 D 1 200 000,00 1 000 000,00 800 000,00

CA vaccination

600 000,00 400 000,00 200 000,00 0,00 2013

Année Chiffre d’affaires

2014

2013

2014

686 990,308 D

2021.

2015

1 084 555,117 D

2015 1 126 301,210 D

La Production

L’Institut Pasteur produit aussi des vaccins et sérums pour les besoins nationaux. Depuis 2013, l’activité a commencé à baisser. Le chiffre d’affaires qui était de 2 027 623, 740 D en 2013 a commencé à baisser en 2014 et s’est chiffrée à 1 763 030,034 D, soit une baisse de 13%. Entre 2013 et 2015, la baisse a atteint des proportions importantes, soit 31,6 % en l’espace de deux ans. Le chiffre d’affaires n’est plus que 1 330 945,628 D en 2015. Le chiffre d’affaires réel en 2015 étant de 1 386 745,628 D. Cette chute brutale s’explique par la baisse des ventes de sérums à la DSSB principalement le sérum Antirabique.

206

Année

2013

2014

2015

Immun BCG

555 358,570 D

558 041,509 D

609 328,628 D

BCG Intradermique

491 142,900 D

558 864,220 D

531 445,550 D

Sérums Thérapeutiques

1 173 642,270 D

678 549,305 D

245 971,450 D

Nbre de factures Avoirs

1247 192 520,000 D

1403 32 425,000D

2 027 623,740 D

1 763 030,034 D

Total Net :

1670 0,000 D 1 386 745,628 D

2 500 000,00 2 000 000,00 Immun BCG

1 500 000,00

BCG Intradermique

1 000 000,00

Sérums thérapeutiques CA Global

500 000,00 0,00 2013

2014

2015

L’histogramme ci-dessous montre une chute brutale des ventes de sérum anti viperin à la DSSB entre 2013 et 2015, de l’ordre de 78 %. Le sérum anti scorpionique a connu aussi une baisse importante durant la même période de 40,54 %. L’histogramme montre que le chiffre d’affaires du sérum antirabique a baissé de 67,86%.

207

L’évolution du chiffre d’affaires de la DSSB

400 000,00 350 000,00 300 000,00 250 000,00

SAS

200 000,00

SAV

150 000,00

SAR

100 000,00 50 000,00 0,00 2013

2014

2015

4 – Le chiffre d’affaires de la vente des animaux a été stable durant ces trois années et tourne autour d’une moyenne de 35 000 D. Ces produits animaliers sont destinés à l’expérimentation et au contrôle national des vaccins et sérums. Le principal client de l’Institut Pasteur étant le Laboratoire National de Contrôle des Médicaments. Année

2013

2014

2015

Produit Produits Animaliers

32 393,930 D

33 977,331 D

36 512,474 D

Depuis le transfert du monopole des sérums et vaccins de l’Institut Pasteur vers la Pharmacie Centrale de Tunisie située à la soukra, l’administration de l’Institut Pasteur a senti le besoin de créer un service pour assurer d’une part la vente des sérums et vaccins fabriqués par les laboratoires de l’Institut Pasteur et d’autres parts des produits animaliers dont la production et le stockage est assuré par l’unité animalière de la soukra. D’autres activités ont été touchées suite au transfert du monopole à la soukra. En effet, le personnel compétent de la direction financière et comptable, principalement le recouvrement ont aussi été transférés à la PCT. Ce vide créé au niveau du personnel a provoqué une mise en veilleuse d’une manière spontanée de l’activité de recouvrement. Depuis, la direction générale a confié cette activité au service de commercialisation et valorisation des activités et prestations de l’IPT pour relancer l’activité de recouvrement. A côté de ces deux activités, une troisième activité a été rattachée aux autres activités pour créer en 2010 la Sous direction de commercialisation et valorisation des activités et prestations de l’IPT. Cette activité souffrait d’un manque d’organisation et d’une mauvaise gestion des bons de commandes. Avec des moyens limités, le personnel de cette sous direction a pu accroître le chiffre d’affaires d‘une manière remarquable. En effet, d’un chiffre d’affaires de 1 000 000 D en 2006, il a grimpé à 3 500 000 D en 2012 pour se stabiliser à 3 200 000 D en 2013 et en 2014. En passant par 1 325 000 D en 2007 et 2008 et 1 625 000 D en 2009. (voir courbe) Ceci démontre un savoir faire dans la gestion des bons de commandes : Bon travail d’équipe Rythme de travail soutenu Bon suivi des bons de commandes et des factures A l’heure actuelle, notre objectif est développer d’avantage cette activité qui est l’une des principales activités de l’IPT à coté de l’enseignement et de la recherche. Pour atteindre cet objectif, nous devons en premier lieu renouer les liens avec les anciens clients de l’IPT et conquérir de nouveaux marchés.

208

La stratégie à adopter est : En premier lieu un contact téléphonique pour tâter le terrain Visiter en premier lieu les clients avec lesquels le terrain d’entente est favorable pour offrir à nouveau nos services en utilisant le mot partenariat au lieu de client. Faire toujours sentir au client Si tout va bien envoyer un premier devis au responsable pour voir sa réaction. Faire le suivi de cette offre : Saisir le moment opportun pour rappeler Son client. Concrétiser le marché en passant une convention écrite : insister sur les délais de livraison et

209

Secrétariat Permanent de la Commission de Contrôle des Marchés Publics Composition de l’équipe : Nom et Prénom Mme Raja Hamdi Mme Emna Samet Mr Dhia Eddine Mezni Mme Yousra Boufeid

Position Chef de Service Commis de la Santé Publique Ouvrier Commis de la Santé Publique

A- Mission :

        

La secrétariat permanent est chargé d’établir des rapports d’instruction des dossiers à soumettre à la commission des marchés compétentes. Il est chargé aussi de : La vérification que le dossier présenté à la commission des marchés compétente, est complète ; L’établissement de l’ordre de jour. L’établissement des convocations des membres de la commission, des représentants des services concernés et des experts éventuels. La transmission du rapport spécial et des dossiers de présentation aux membres de la commission des marchés compétente. La rédaction des décisions, notes et procès-verbaux de séances. Le suivi de l’apurement des réserves. La préparation et la passation des marchés dès lancement de l’Appel d’Offres et tout au long de la procédure de passation. Effectuer des examens approfondis des dossiers transmis aux commissions de contrôle des marchés Etablir les contrats et notifications les attributions des marchés.

B- Composition du service : -

1 chef de service et 3 agents

C- Réalisations :        

Nombre de réunions de la Commission de Contrôle des Marchés : Nombre de réunions de la Commission des achats à procédure simplifiée :3 Nombre d’appel d’offres : 4 Nombre de consultations : 5 Nombre des marchés négocié : 3 Nombre des marchés conclus : 41 Nombre des marchés résiliés : 2 Montant total de marchés conclus : 1 903 924,602 DT - Montant total des marchés de travaux : 177 186,000 DT - Montant total des marchés des équipements : 455 846,965 DT - Montant total des marchés des autres Biens et service : 1 270 891,637 DT

210

Annexes Principaux projets de recherche de lâ&#x20AC;&#x2122;Institut Pasteur de Tunis en 2015 ............................................. 212

211

Principaux projets de recherche de l’Institut Pasteur de Tunis en 2015 Projets nationaux et internationaux obtenus en 2015 Intitulé PPE_MPTR proteins at the Tuberculosis host-pathogen interface

Début –Fin

Bailleurs de fond

H. Mardassi

2015-2017

MERST

Modeling seasonal influenza and estimation of burden in Tunisia

Afif Ben Salah

2015-2018

Disease Experiences of Cutaneous Leishmaniasis patients

Afif Ben Salah

2015-2017

OMS, EM/DCD Division of Communicable Disease Control OMS

A regional training center for research on infectious diseases of poverty Poliovirus surveillance among childrens with primary immunedeficiency (iVDPVExcretors)

Afif Ben Salah

2015-2017

OMS

Pr Ridha Barbouche

2014-2015

The Task Force for Global Health CDC/Bill & Melinda Gates Foundation, Réseau Internationl des Jeffrey Modell Centers Network (JMCN)

Ridha Barbouche

2016-2018

Direction de la Coopération Internationale de Monaco

Ikram Guizani

2016-2017

Agence Universitaire pour la Francophonie

Houda Yacoub

2015-2017

ACIP

Sonia Abdelhak

2015-2016

RARE-MED

Aida Bouratbiine

2015-2018

MERST

Souha Ben Abderrazek

2015-2016

OMS

Amélioration de la prise en charge des enfants tunisiens atteints de déficits immunitaires primitifs. Génomique comparée de Leishmania infantum : Déterminants génétiques impliqués dans la pathogénie ; applications diagnostiques et stratégiques pour la lutte The impact of micro-RNAs and inflammatory pathways on stem cell fate and the regenerative process in human inherited muscle diseases Mise en place d’un réseau Méditerranéen pour l’étude des maladies génétiques rares dans la région méditerranéenne Centre d’Investigation Clinique : Hôpital Habib Thameur « Microbiote de l’organisme humain et Santé » Coordinateur Development and evaluation of a Loop Mediated Isothermal Amplification method for the diagnosis of Old world Leishmania in Tunisia Projets nationaux et internationaux en cours en 2015

Début -Fin

Development of a non-invassive breath test for early diagnosis of tropical diseases

Intitulé

F.Diouni

2014-2016

CE/H2020

Detection of tunisian influenza H9N2 virus by ultrasensitive real time aptamer I-PCR methode Système complexe et Ingénierie Médicale

I.Hmila

2014-2015

CRDF

Projet ACIP A-02-2014 « Bionomics, receptivity to Plasmodium falciparum and susceptibility to insecticides of Anopheles sergentii in the Maghreb » en partenariat avec les Instituts Pasteurs de Paris, Alger et Casablanca. « LeiSHield : A new collaborative action to determineprevalence, anticipateemergence and assess urbanisation of cutaneous and visceral leishmaniasis in LeishRIIP partener countries » Human Enterovirus A71 circulation and Epidemic risk in Africa (PTR) Structural and experimental approaches to validate Leishmania LeIF antigen as drug target and immunotherapeutic molecule Assessement of the protective effect , against Tuberculosis

Bailleurs de fond

S.Ben Miled

2014-2016

MERST

A.Bouratbine

2014-2016

RIIP

A. Bouratbine

2014-2016

RIIP

H. Triki

2014-2016

RIIP

I. Guizani

2014-2016

PTR

M. Essafi

2014-2016

Coopération bilatérale Tunisia –

212

, of new vaccine composition». Conducting interviews with cutaneous Leishmaniasis (CL) patients». Auto-Immunité : Diagnostic Assisté par ordinateur

Indien A. Ben Salah

2013-2015

M.Ben Ahmed

2013-2015

CE/IEVP, Italie-Tunisie

Med Fethi Diouani

2013-2015

Coopération scientifique bilatérale Tuniso-Turque

Med Fethi Diouani

2014-2015

CRDF

M.Essafi

2012 -2015

Programme de coopération bilatérale Tuniso-Coréenne

A.Garnaoui

2013-2016

AIRD

B.Bouhaoula

2012-2014

IEVP Tunisie-Italie

S. Guerbouj

2012-2015

Coopération Tuniso-Algérienne

B.Bouhaouala

2012-2015

Coopération Tuniso- Marocaine

N.Marrakchi

2012-2015

MERST/INSERM

M.Ben Ahmed

2013-2015

CE/IEVP, Italie-Tunisie

Amel Garnaoui

2013-2015

IRD

Amel Garnaoui

2015-2018

H2020

Strengthening the surveillance and control of influenza program implemented in tu

A.Ben Salah

2013-2018

CENTRES FOR DISEASE CONTROL AND PREVENTION

Système complexe et Ingénierie Médicale

S.Ben Miled

2014-2016

MERST

Development of label free electrochemical biosensor for influenza virus detection and neuraminidase activity assessment”; Early warning, Establishment database, risk assessment for introduction of highly pathogenic avian influenza virus in Tunisia Conception de vaccin peptidique anti-leishmanioses et développement de nouvelles technologies de biologie cellulaire pour cribler ex vivo leur efficacité à induire une protection chez l’homme Contribution à une meilleure définition des groupes d’individus susceptibles vs résistants à l’infection par leishmania Biotechnologie marine vecteur d'innovation & qualité Etude comparative de la diversité génétique de Leishmania Infantum en Algérie et en Tunisie Immunothérapie anti-envénimations scorpioniques dans les pays du Maghreb et valorisation des fractions non toxiques de venins. Peptides vipénins à activité anti-intégrines intéret dans le traitement des pathologies ischémiques de la rétintes et les DMLA Auto-Immunité : Diagnostic Assisté par ordinateur VACLEISH (JEAI-AIRD. 2013-2015) Conception de vaccin peptidique anti-leishmanioses et développement de nouvelles technologies de biologie cellulaire pour cribler ex vivo leur efficacité à induire une protection chez l’homme EUROLEISH-NET Control of leishmaniasis, from bench to bedside and community

Efficacite d'un vaccin contre la leishmaniose canine

OMS

E.Zhioua

2012-2015

MERC

A.Benkahla

2012-2017

NIH

R.Barbouche C.Ben Abdessalem S. Guerbouj

2013-2015

ACIP

2013-2015

MERST

Mathematical Models and Methods in Cell Dynamicics (M3CD)

S. Ben Miled

2013-2015

MERST

BIOVEC : Biotechnologie marine vecteur d'innovation & qualité

B.Bouhaoula

2013-2015

UE- IEVP

Peptides vipérins à activité anti-intégrines : intéret dans le traitement des pathologies ischémiques de la rétine et les DMLA.

N. Marrakchi

2013-2016

MERST

S. Abbes

2013-2015

Inserm

H3ABionet:a Sustainable African Bioinformatics network For HAfrica B-LaTAS (Tuberculose Latente à Tunis, Antananarivo et saint-louis Synthese des depenses des activites : etude comparative e la diversite genetique de leishmania infantum en algerie et en tunisie

Implication de TET 2 dans les syndrômes myéloprolifératifs, INSERM, Salem Abbes, 2013-2015

213

PTR 484: Human Enretovirus A71 circulation and epidemic risk in Africa: Charcterization and Pathogenicity of new viral genogroups

Henda TRIKI

2014-2016

PTR

Laboratoire de Référence Régional OMS pour la surveillance des poliovirus dans la région de la Méditerranée Orientale

Henda TRIKI

2015 (renouvelé tous les ans depuis 1992)

OMS

Laboratoire de Référence Régional OMS pour la surveillance des poliovirus dans la région de la Méditerranée Orientale

Henda TRIKI

2015 (renouvelé tous les ans depuis 2004)

OMS

Programmes collaboratifs internes (financés par l’Institut Pasteur de Tunis) Session/année

Projet

Chef de projet

PCI-2013-01

Développement et caractérisation des aptameres contre la bronchite infectieuse aviaire

Issam HMILA

PCI-2013-03

Assessment of the potential of vero cells grown under animal component free conditions to produce a human influenza vaccine

Samia ROUROU

PCI-2013-04

PCI-2013-05 PCI-2013-06 PCI-2013-07 PCI_2014_01

PCI_2014_02 PCI-2014-04 PCI -2014-05

PCI-2014-06-

PCI-2014-07

Coulage d’une molécule du venin de type VEGF à des nanoparticules caractérisation fonctionnelle pour le ciblage et la vectorisation vers un tissu endommagé L’Etude de la persistance virale et la régulation cellulaire T lors de la pathogénèse chez les maladies SEP en comparaison avec des sujets saints dans le but de déterminer des éventuels bio marqueurs de la maladie Epidemiological and moleculear survey for disease risk assement of salmonellosis in Tunisia Etude des facteurs de risques microbiologiques et génétiques associés à la rectocolite hémorragique(RCH) en Tunisie Développement de nanobodies modulateurs de canaux potassium de type KV dépendant du voltage: caractérisation immunohistochimique et électrophysiologique . Etude épidémiologique et génétique des formes atypiques du diabète en Tunisie. Projet pilote de creation d’un registre institutionnel de patients atteints de maladies rares. Les lectines de type C issues du venin de la vipère tunisienne Macroviperalebetina : activités anti-inflammatoires et mécanisme d’action sur les cellules myélomonocytaire humaine (THP1). Characterization of mechanisms of resistance to antibiotics in Staphylococcus and ESBL/carbapenemases producing Enterobacteriaceae recovered from bovine mastitis and research of molecular alternative to antibiotic. Development and evaluation of a real time RT-PCR assay for the detection of metapneumovirus subtypes from avian birds & the association with avian pathogenic Escherichia coli; RT-PCRMET-APEC

Zohra ALOUI

Meriam BELGHITH Nazek GALLAS Hanen Chelbi Rahma Ben Abderazek

Rym Kefi Olfa Messaoud Jed Jebali

Ahlem Jouini

Jihen Lachab

214

Remerciements L’Institut Pasteur de Tunis tient à remercier toutes les personnes qui ont participé à la rédaction du contenu de ce rapport, ainsi qu’Olfa Arbi et Hichem Ben Hassine pour sa réalisation et sa mise en forme.

215

Institut Pasteur de Tunis 13, Place Pasteur – B.P. 74 - 1002 TUNIS – BELVEDERE Tél. : (+216 71) 783 022 Fax : (+216 71) 791 833