Nació en 1540 en Villa de Havia, Segovia. En el año 1560 aparece en las listas de Caballeros ( posiblemente de la orden de Calatrava, dato aún no confirmado) y que muy posiblemente por herencia de su padre Juan del Cubillo (conocido también como Juan del Cubillo el Viejo y citado en la nómina de de Don Fernan García de la Torre 1560) En 1561 fue nombrado notario del secreto del Tribunal de la inquisición de Sevilla, puesto que ocupó hasta el año 1569. Su trabajo consistía en anotar las declaraciones del acusado y los testigos. http://www.revistaazogue.com/inquisicion.htm http://archive.org/stream/historiacrticad04llorgoog#page/n4/mode/2up
Durante el periodo que trabajó para la inquisición se desarrollaron varios Autos de Fe que consistía en una manifestación pública en donde los condenados en un acto solemne eran abrazados nuevamente por la iglesia católica o eran castigados como herejes y esto incluía muchas veces la muerte del condenado. Durante la época en que Alonso del Cubillo trabajó para la Inquisición, se dieron varios autos de fe de gran importancia en la ciudad de Sevilla. Los principales fueron en el año 1562 y el balance fue el siguiente: 9 quemados en persona. 1 quemado en estatua y huesos desenterrados. 15 quemados en estatua. 10 reconciliados por la secta luterana 11 penitenciados por cosas de la