Suelos salinos: fuente de microorganismos halófilos asociados a plantas y ... Vol. 5 No. 17

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Alianzas y Tendencias - BUAP, Vol. 5, No. 17

Suelos salinos: fuente de microorganismos halófilos asociados a plantas y resistentes a metales Joseph Guevara-Luna1, Iván Arroyo-Herrera1, Yanely Bahena-Osorio1, Brenda Román-Ponce1, 2, María Soledad Vásquez-Murrieta1*. 1 Instituto Politécnico Nacional, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Prolongación Carpio y Plan de Ayala s/n, Col. Santo Tomás, Del. Miguel Hidalgo, C.P. 11340. Ciudad de México, México. 2Departamento de Microbiología y Genética, Edificio Departamental, Lab. 214, Campus Miguel de Unamuno, 37007, Salamanca, España. *Email autor corresponsal: murrieta@hotmail.com Recibido: 8 enero 2020. Aceptado: 28 enero 2020 RESUMEN La salinidad en los suelos representa una extensión de 1128 millones de hectáreas a nivel mundial, teniendo en cuenta la superficie afectada de manera natural (primaria) o inducida por el hombre (secundaria). Por lo que se estima una tendencia a aumentar en los próximos años, representando un problema en la actividad agrícola debido a los cambios fisiológicos y bioquímicos en el metabolismo de las plantas; afectando la producción de alimentos. Es por ello, que las investigaciones en la actualidad buscan nuevas maneras de restaurar o aprovechar estos suelos, como es el caso de estudiar a los microorganismos presentes y las posibles interacciones con algunas plantas. El objetivo de este trabajo es abordar la importancia de los suelos salinos y la capacidad de los microorganismos presentes mediante la activación de mecanismos de tolerancia, resistencia y promoción de crecimiento vegetal en presencia de sales y metales potencialmente tóxicos que contribuyen a minimizar los daños ocasionados. En la actualidad el uso de técnicas moleculares es una de las principales herramientas para identificar microorganismos presentes y la relación de moléculas implicadas en la resistencia hacia la presencia de sales (transportadores y síntesis de solutos compatibles). Los microorganismos halófilos pueden producir enzimas, sintetizar exopoli-sacáridos, fitohormonas y compuestos quelantes, que ayudan a algunas plantas a crecer en estos ambientes y llevar a cabo la desalinización de estos suelos. Teniendo una gran capacidad de adaptación y potencial para ser propuestos en diversos bioprocesos. Palabras clave: Halófilos, Mecanismos de tolerancia y resistencia, metales tóxicos, PGPB, salinidad, suelos salinos. ABSTRACT The salinity in soils represents an extension of 1128 million hectares worldwide, considering the area affected naturally (primary) or man-induced (secondary). Therefore, a tendency to increase in the next years is

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estimated, representing a problem in agricultural activity due to physiological and biochemical changes in plant metabolism, affecting food production. The current research looking for restore or take advantage of these soils, as is the case of studying the microorganism present and possible interactions with some plants. The objective of this work is to address aspects on the capacity of microorganisms present by activating mechanisms of tolerance, resistance and promotion of plant growth in the presence of potentially salts and toxic metals that reduce damage. Nowadays, the use of molecular techniques has been one of the main tools to identify microorganisms present and the relation the molecules involved in resistance to the presence of salts (transporters and synthesis of compatible solutes). Halophiles microorganisms can produce enzymes, synthesize extracellular polymeric substances, phytohormones and chelating compounds, help some plants to grow in these environments and also carry out a desalination of these soils. Having a great capacity to adapt and potential for be proposed in various bioprocesses. Keywords: Halophiles, Tolerance and resistance mechanisms, toxic metals, PGPB, salinity, saline soils.

INTRODUCCIÓN

Los suelos normales o no salinos, contienen

Salinización del suelo

principalmente 80% de sales de calcio o más de los

La salinización se refiere al proceso de acumulación

cationes intercambiables; generalmente el sodio se

de sales solubles en la superficie o en zonas

encuentra en un porcentaje por debajo del 5% del

cercanas a la superficie del suelo; dicho término

total de cationes [3] y presentan una conductividad

incluye suelos salinos, sódicos y alcalinos siendo el

electrolítica del extracto saturado (CEe) de 2

fenómeno más común en la degradación del suelo

deciSiemens por metro (dS m-1) a 25 °C [4]. Un

[1, 2]. La clasificación del Laboratorio de Salinidad

suelo se considera salino si su CEe supera los 4 dS

de EEUU se utiliza frecuentemente para tipificar los

m-1 (una concentración de 40 mM de NaCl,

diferentes problemas de salinidad de los suelos,

aproximadamente) a 25°C. El pH es menor de 8.5, y

basándose en dos características principales: la

presenta un porcentaje de Na intercambiable <15%

salinidad del suelo (cantidad o concentración de

del total de iones intercambiables [2, 5, 6, 7]. Los

sales solubles en agua en el suelo) y el porcentaje de

suelos salino-sódicos son aquellos cuya CEe es >4

sodio intercambiable. Con base en los criterios

dS/m

mencionados los suelos se clasifican en i) normales,

intercambiable >15% y un pH < 8.5, aunque cuando

ii) salinos, iii) salino-sódicos y iv) sódicos [3].

hay exceso de sales, este es raramente >8.5. Por otra

a

25°C

con

un

porcentaje

de

Na

parte, un suelo se considera como sódico cuando

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presenta un porcentaje de Na intercambiable >15%,

prácticas agrícolas incorrectas debido al uso de agua

una CEe <4 dS/m a 25 °C y un pH que varía entre

salina para el riego de campos de cultivo,

8.5 y 10 [2, 3].

acompañadas a menudo de malas condiciones de

La salinidad de los suelos se debe frecuentemente al

drenado, mal manejo de los esquemas de riego,

cloruro de sodio (NaCl); sin embargo, los suelos

cambios en la vegetación o por la disposición final

salinos pueden presentar distintas combinaciones de

de desechos salinos [1, 7, 10, 12, 13]. Por las

sales, siendo comunes los cloruros (Cl-), sulfatos

características adversas, derivadas de las altas

(SO42-), nitratos (NO3-), boratos (BO33-), carbonatos

concentraciones de sales, la superficie del suelo se

(CO32-) y bicarbonatos (HCO3-) de sodio (Na+),

afecta considerablemente repercutiendo en los

calcio (Ca2+), magnesio (Mg2+), potasio (K+) y

ciclos biológicos, bioquímicos, hidrológicos y

fierro (Fe2+,

erosionales alterándolos o incluso afectándolos por

3+

) [2, 8, 9]. Los suelos fuertemente

salinos pueden incluso mostrar costras de sales

completo [10].

como el yeso (CaSO4), cloruro de sodio (NaCl), Suelos salinos en México

carbonato sódico (Na2CO3), de calcio (CaCO3) y

De acuerdo con la Organización de las Naciones

magnesio (MgCO3), entre otras [3].

Unidas para la Alimentación y la Agricultura (FAO,

El origen de la salinidad puede deberse a causas

por sus siglas en inglés), los suelos afectados por la

naturales (salinización primaria) o antropogénicas

salinización se encuentran en más de 100 países, y

(salinización secundaria). La salinización primaria

su extensión mundial es aproximadamente de mil

se desarrolla con la liberación de sales mediante naturales,

principalmente

millones de hectáreas (ha) [6]. La distribución de

por

estos suelos se extiende en todos los continentes y

meteorización física o química y transporte a partir

se estima que existen aproximadamente 412

de agua subterránea, depósitos geológicos o de la

millones de ha de cultivo afectados por salinidad y

roca madre, la cual puede ser rica en carbonatos

618 millones de Ha por sodicidad (Tabla 1),

[10]. Otro tipo de salinización primaria se debe a la

teniendo impacto en la productividad de los cultivos

acumulación a largo plazo en el suelo por la

agrícolas, principalmente por los efectos negativos

existencia previa de sales, ya que en algún momento

sobre la germinación, crecimiento vegetal y

los suelos se encontraron sumergidos bajo el lecho

rendimiento del cultivo [1, 6, 8, 14]. A nivel

marino [10, 11].

mundial, el 20% del total cultivado y el 33% de las

La salinización secundaria es aquella que se origina

tierras agrícolas irrigadas están afectadas por la alta

por la intervención humana, principalmente por

salinidad e incrementan a una razón de 10% anual,

31

Artículo de revisión

procesos


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como

resultado

de

la

baja

precipitación,

estado de Michoacán. El problema de la salinidad

evaporación superficial alta, meteorización de rocas,

en el país se presenta tanto en las zonas áridas y

riego con agua salina y prácticas de cultivo

semiáridas con riego, como a lo largo de las costas.

inadecuadas [15].

Se calcula que los suelos afectados en el país por salinidad representan alrededor del 13% (372,675 ha) de la superficie regada en los distritos de riego

Tabla 1. Distribución global de áreas afectadas por salinidad y sodicidad (Adaptado de FAO 2015). Continente

Suelos salinos

Suelos sódicos

(2.86 millones de ha), siendo la región noroeste la

Total

más afectada con el 7.6% (218,091 ha) [3, 17].

—————— (Mha) —————— África Sur de Asia Norte y Centro de Asia

122.9 82.3 91.5

86.7 1.8 120.2

209.6 84.1 211.7

Sudeste de Asia Sudamérica Norte América México/Centro América Australasia Total global

20.0 69.5 6.2 2.0

59.8 9.6 -

20.0 129.3 15.8 2.0

17.6 412.0

340.0 618.0

357.6 1030

Microorganismos halófilos Los

suelos

salinos

presentan

sus

propias

comunidades microbianas, las cuales se han adaptado a este tipo de ambientes y por lo cual se designan

como

halófilos.

Los

halófilos

son

organismos extremófilos que hacen frente no sólo a la alta composición iónica sino también a otros factores ambientales como valores de pH alcalino,

Mha: Millones de hectáreas

baja disponibilidad de oxígeno, altas o bajas temperaturas, presencia de metales y/u otros

En México, el clima árido que predomina en la

compuestos tóxicos, etc. [18, 19].

mitad del territorio favorece la acumulación de sales

Diversas clasificaciones se han propuesto para los

solubles sobre la superficie del suelo. Las

microorganismos halófilos, siendo la de Kushner

principales áreas de suelos salinos incluyen

[20] la más aceptada, se basa en el crecimiento

extensos valles de origen lacustre y aluvial en la

óptimo de los microorganismos con respecto a la

parte árida del país desde el extremo norte hasta la

concentración

sección interna en el sur [16]. En la parte central del

clasificación, los halófilos pueden dividirse en las

país, estos suelos suelen coincidir con lagos salinos,

siguientes categorías: (i) halófilos extremos (2.5-5.9

secos completamente o secos periódicamente, como

M ∼15-32% de NaCl), (ii) halófilos moderados

el exlago de Texcoco en el Estado de México, la

(0.5-2.5 M ∼3-15% de NaCl), (iii) halófilos ligeros

laguna de Totolcingo en el estado de Puebla y las

(0.2-0.5 M ∼1-3% de NaCl), (iv) no halófilos (<0.2

cercanías de los lagos de Pátzcuaro y Cuitzeo en el

M ∼1% de NaCl) y (v) halotolerantes, los cuales no

NaCl.

Con

base

en

esta

Artículo de revisión

32

de


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requieren de NaCl para su crecimiento pero son

Mecanismos de tolerancia a la salinidad

capaces de tolerar altas concentraciones de esta y

La sobrevivencia de los microorganismos en

otras sales [21]. Además de sus requerimientos de

condiciones hipersalinas requiere adaptación celular

sal, los microorganismos halófilos pueden tolerar

y enzimática especializada para preservar el balance

pH alcalinos y sobrevivir en ambientes calientes y

osmótico

desérticos [22].

microorganismos

Los microorganismos halófilos y halotolerantes

cualquiera de las dos estrategias de supervivencia en

pueden encontrarse en cada uno de los tres

ambientes salinos: síntesis de “solutos compatibles”

dominios de la vida: Archaea, Bacteria y Eucarya.

u “osmolitos” y “salt-in” (Figura 1A) [21]. La

Las

orden

primera se encuentra presente en bacterias halófilas

Halobacteriales, familia Halobacteriaceae, son los

moderadas y halotolerantes, algunas levaduras,

halófilos

principal

algas y hongos, las células mantienen bajas

componente de la biomasa microbiana en ambientes

concentraciones de sal en su citoplasma para

como el Mar Muerto, lagos sódicos hipersalinos

balancear su potencial osmótico a través de la

como el Lago Magadi, y estanques salinos

síntesis de pequeñas moléculas orgánicas solubles

cristalizados [23]. El grupo más estudiado de

en agua [21, 22]; la segunda, conocida también

halófilos o halotolerantes dentro del dominio

como estrategia de alta concentración de sal o high-

Bacteria son probablemente los miembros de la

salt-in consiste en la acumulación intracelular de

familia Halomonadaceae (Gammaproteobacteria),

iones inorgánicos para balancear la concentración

en la cual se han descrito alrededor de 70 especies

de sal en su ambiente involucrando bombas de Cl- o

de heterótrofos aeróbicos versátiles con amplio

concentrando iones de K+ dentro de la célula [27].

intervalo de tolerancia a salinidad [24]. Dentro de

Mecanismos de promoción del crecimiento

los Firmicutes y otros phyla, los halófilos se

vegetal bajo condiciones salinas

relacionan con organismos con baja tolerancia y

En la actualidad, los problemas que presenta el

requerimientos

orden

crecimiento vegetal en los suelos salinos se ha ido

Halanaerobiales con las familias Halanaerobiaceae

agravando debido a la presencia de otras sustancias

y Halobacteroidaceae consiste generalmente de

contaminantes, como es el caso de los metales, los

bacterias halófilas anaeróbicas fermentativas [25,

cuales obstaculizan el crecimiento de plantas e

26].

influyen

por

halófilas

aerobias

excelencia.

de

Son

salinidad.

del

el

El

sobre

el

ambiente

halófilos

cambios

[27].

suelen

Los adoptar

fisicoquímicos

y

bioquímicos. Por ello, se buscan microorganismos

33

Artículo de revisión

arqueas

con


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halófilos

y

halotolerantes

que

presenten

suelo, así como la síntesis de la enzima ACC

mecanismos de resistencia y remoción de estos

desaminasa encargada de reducir los niveles de

metales (Figura 1B) y que además presenten

etileno, hormona que limita el crecimiento de las

características de promoción de crecimiento vegetal

raíces [1, 15, 28]. Arthrobacter sp., Bacillus

(PGP, por sus siglas en inglés) como una alternativa

pumilus, Halomonas sp., Nitrinicolalacis aponensis

de una agricultura sustentable (Figura 1C). Se ha

y Pseudomonas mendocina son algunos ejemplos de

demostrado que las bacterias promotoras del

microoganismos que producen IAA en presencia de

crecimiento vegetal (PGPB, por sus siglas en inglés)

sal, así mismo se relaciona los géneros Halomonas,

aisladas de hábitats salinos son más eficientes para

Herbaspirillum, Methylobacterium, Mesorhizobium,

mejorar la tolerancia de las plantas a la sal

Ochrabactrum,

comparado con aquellas aisladas de hábitats no

Rhodococcus, Serratia, Sinorhizobium, Variovorax

salinos [1, 28].

como productores de ACC desaminasa [1]. (ii) El

Pseudomonas,

Rhizobium,

mantenimiento del equilibrio osmótico mediante la regulación

de

las

concentraciones

de

iones

intracelulares Na+/H+ y K+/Na+ y la formación de solutos compatibles con la finalidad de mantener la funcionalidad

de

las

células

[1,

28,

30].

Relacionando géneros que producen gran cantidad de osmolitos en hábitats salinos como Azospirillum, Figura 1. Mecanismos de A) tolerancia a la osmolaridad, B) resistencia a metales y metaloides y C) promoción de crecimiento vegetal por bacteria halotolerantes y halófilas. Tomado y modificado de [1, 28, 29].

Pseudomonas, Bacillus y Rhizobium [1]. (iii) La

Las PGPB halotolerantes estimulan el crecimiento y

biopelículas que contribuyen a la protección contra

desarrollo de las plantas en condiciones de estrés

patógenos al aumentar el volumen de macroporos

(salinidad,

y

del suelo y, por lo tanto, la agregación del mismo

que

favoreciendo la unión de cationes de Na+ en las

incluyen: (i) La producción de hormonas como

raíces para evitar la translocación a las hojas; así

ácido indol acético (IAA, por sus siglas en inglés)

como la retención de nutrientes y agua [1, 15, 28].

con la finalidad de aumentar la morfología de la raíz

Algunas de las rizobacterias que se han reportado

para facilitar la absorción de nutrientes y agua del

como productoras de EPS y formadoras de

contaminación),

temperaturas

mediante

extremas

mecanismos

(EPS, por sus siglas en inglés) y la formación de

34

Artículo de revisión

sequía,

síntesis de sustancias poliméricas extracelulares


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son

Aeromonas

hydrophila/caviae,

Sesuvium portulacastrum con un menor grado de

Bacillus sp., Planococcus rifietoensis, Halomonas

estrés oxidativo en comparación con plantas

variabilis,

Enterobacter,

cultivadas en suelos estériles [1]. (vii) La síntesis de

Microbacterium y Paenibacillus [1]. (iv) La

antibióticos y metabolitos antimicóticos como

disponibilidad de nutrientes por medio de la

control biológico, de los cuales se han reportado los

solubilización de K y P a través de diversos

géneros Bacillus y Pseudomonas, estos metabolitos

mecanismos

son útiles como agentes citotóxicos, antibacterianos,

Burkholderia,

como

intercambio

iónico

y

acidificación mediante la secreción de ácidos

fitotóxicos,

orgánicos de bajo peso molecular [1, 28, 30],

antifúngicos en contra de hongos fitopatógenos

asimismo la fijación de N2 con el objetivo de

como Fusarium sambucinum, F. roseum var.

mejorar el estado nutricional de la planta [28, 30].

sambucinum, F. oxysporum, F. moniliforme, F.

Un ejemplo de ello se ha observado en el aumento

graminearum, Penicillium citrinum, Aspergillus

del contenido de fosfato del follaje de Salicornia

flavus y Botrytis cinerea [28]. De manera similar

bigelovii al inocularlo con bacterias halotolerantes

géneros bacterianos pertenecientes a Firmicutes,

como

Bacillus,

Azospirillum,

Vibrio,

Bacillus

y

antihelmínticos,

Halobacillus,

antivirales

Oceanobacillus

y

y

Phyllobacterium [1]. (v) La síntesis de compuestos

Virgibacillus se han reportado por su amplia

quelantes de Fe3+ (sideróforos) con el fin de reducir

capacidad metabólica al producir algunas enzimas

el hierro disponible y excluir a microorganismos

como

patógenos por medio de la competencia por

gelatinasas, las cuales proporcionan actividades

nutrientes [28], tal es el caso de Streptomyces,

hidrolíticas y antagónicas incluyendo a Phytoptora

aislado en un suelo salino, el cual proporcionó un

capsici, la cual presenta gran patogenicidad contra

aumento significativo en la tasa de germinación y

cultivos de interés comercial [31]. (viii) La

desarrollo en trigo [15]. (vi) La activación de

regulación positiva de genes asociados al estrés

enzimas bacterianas relacionadas con la defensa

(senescencia, deshidratación, transporte de iones o

antioxidante de plantas y la hidrólisis de paredes de

de homeostasis), del mismo modo genes que

las células fúngicas para eliminar las especies

codifican para proteínas relacionadas con el

reactivas de oxígeno (ROS) y la proliferación de

metabolismo energético y la división celular, como

fitopatógenos [1]. Un ejemplo de ello es la

es el caso de

presencia de géneros de Bacillus, Aeromonas,

agglomerans y Bacillus megaterium mediante el

Pseudomonas, Corynebacterium y Escherichia en

aumento de la expresión de los genes PIP2,

35

son:

amilasas,

DNAsas,

esterasas

y

Azospirillum brasilense, Pantoea

Artículo de revisión

biopelícula


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ZmPIP1-1, y HvPIP2-implicados en la contribución

donde se estudiaron variables como porcentaje de

de transferencia de agua a la planta mediante la

sal, pH, temperatura, fuente de carbono y metal al

producción de acuaporinas en suelos salinos [28].

cual se expone la bacteria. Encontrando que además de ayudar a la tolerancia a metales estas

Mecanismos de resistencia a metales

macromoléculas presentan la característica de ser

En lo que respecta a la presencia de contaminantes

bioemulsificantes [35]. De manera similar Bacillus

en los suelos, una de las características que

amylolicuefaciens forma biopelícula y tolera hasta

presentan estas bacterias y de las cuales se ha es

la

producción

de

sustancias

manteniéndolo en vacuolas para evitar cualquier

poliméricas extracelulares (EPS, por sus siglas en

daño a la célula [37].

inglés). Los EPS son macromoléculas conformadas

Actualmente los EPS se utilizan en la remoción de

por proteínas, ácidos nucleicos y polisacáridos

diversos compuestos como son: colorantes, nitratos,

sintetizados por algunos géneros microbianos y

compuestos fenólicos y metales aumentando la

estas a su vez forman parte integral de la

eficacia de remoción de sólidos suspendidos [38].

organización estructural de las biopelículas, que

Sin embargo, los microorganismos en su mayoría

confieren al microrganismo protección contra una

no logran producir EPS en un medio alcalino y

variedad de tensiones ambientales y factores como

salino. Un microorganismo que se ha demostrado

la disponibilidad de nutrientes, la composición de la

produce

comunidad microbiana, las propiedades de la

EPS

bajo

estas

condiciones

es

Oceanobacillus polygoni, la composición del EPS

superficie, así como parámetros ambientales que

dependía de la fuente de carbono empleada, y la

tienen un efecto sobre la producción [32, 33].

disponibilidad de cationes (Mg2+, Ca2+, Al3+ y Fe3+)

La presencia de esta característica también se

en el medio [39]. Las bacterias de este género se

considera como parte de los mecanismos de PGPB

han aislado a partir de halófitas como Saueda

debido a que se puede presentar de manera más

fructicosa (L.) Forssk y se han evaluado las

rápida y eficaz la colonización de la raíz [34],

capacidades de PGP (producción de IAA y

ayudando a la planta a combatir el estrés osmótico y

solubilización de fosfatos), siendo candidatas para

el estrés provocado por los metales presentes. Es

ser bioinoculante en maíz y poder contribuir en el

por ello, que actualmente, las investigaciones se han

crecimiento de esta planta en un suelo salino [40].

centrado en la optimización de los medios de

La capacidad de biosorción de metales por EPS

cultivo para la sobre producción de EPS como el

producidos por bacterias halófilas, como el género

caso de la cepa de Halobacillus sp. EG1HP4QL,

36

Artículo de revisión

investigado,

500 mM de NaCl [36], así mismo internaliza el Na+


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Halobacterium y la cianobacteria Aphanothece

los suelos se puede encontrar en forma de FeSO4 y

halophytica, han mostrado resultados eficientes en

AlSO4, estas moléculas secuestran Fe y Al

la remoción de Zn2+ y Mn2+, empleando medios de

quedando biodisponible el As, el cual puede salir

cultivo con NaCl hasta del 6%. En las bacterias

del sistema o absorberlo la planta en cuestión [45],

Gram-positivas se ha reportado principalmente este

para el caso específico de Pseudomonas fluorecens

mecanismo de resistencia contra los metales [41].

se ha observado que la producción de sideróforos

Las cepas Kocuria flava AB402 y Bacillus

confiere mayor resistencia al As en específico al ion

vietnamensis AB403 son ejemplos de la aplicación

As3+, esto se debe probablemente a que la enzima

potencial de bacterias halófilas con actividad PGP

que oxida el As3+ a As5+ es la arsenito oxidasa, la

(mediante la producción de IAA y sideróforos,

cual requiere como cofactor hierro [46], este mismo

síntesis de EPS y formación de biopelícula) y

fenómeno se ha presentado en Staphylocococus

resistentes a ambas formas de As para la

aureus y podría tener un papel en el ciclo

biorremediación de este metaloide en rizosfera de

biogeoquímico del As [47].

suelos salinos, evitando su traslocación en plantas

La producción de ácidos orgánicos por actividad

[42]. Otras investigaciones se han enfocado en las

bacteriana ha ayudado también a la remediación de

poblaciones microbianas endófitas, donde se han

algunos suelos. En un estudio en el que se empleó a

encontrado bacterias del género Bacillus, el cual se

Pseudomonas,

ha aislado de Pteris vittata y P. multífida,

concentraciones de Pb, debido a la producción de

presentando características de PGP y estas sean

ácidos orgánicos; como el ácido cítrico, el cual tiene

posiblemente las responsables de llevar a cabo la

la función de ser un quelante de origen natural para

traslocación de As debido a que presentaron una

algunos metales [48]. En otros estudios se ha visto

tolerancia de 10 mM de As5+, de la misma manera

la necesidad de adicionar algunas fitohormonas

se ha reportado que estas bacterias pudieran tolerar

como el ácido abscísico, el cual pueden metabolizar

otros metales como Pb2+, Cd2+ y Cu2+, debido a que

las bacterias presentes en la rizosfera de las plantas

presentan algunos genes de resistencia para estos

como Rhodococcus qingshengii y disminuir los

metales [43, 44]. En estas mismas plantas se ha

niveles de Cd2+, Ni2+ y Zn2+ en suelos, además de

observado que la comunidad microbiana de la

promover la traslocación de estos en plantas de

rizosfera presenta una alta actividad de producción

Arabidopsis [49]. En otros casos, son las mismas

de sideróforos propiciando el aumento de la

bacterias quienes logran sintetizar estas moléculas

biodisponibilidad del As, ya que este metaloide en

como en el caso del ácido indol acético (IAA), el

lograron

disminuir

las

Artículo de revisión

37

se


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se

ha

como

cofactor para alguna subunidad de la enzima

Exiguobacterium aurantiacum y Bacillus firmus

cromato reductasa [54, 55]. Entre los géneros que

produciéndose en presencia y ausencia de Pb. En la

han presentado esta característica de reducción del

inoculación de estas bacterias en plantas de interés

Cr6+ a Cr3+ son: Nesterenkonia, Virgibacillus y

comercial como el maíz se ha observado que la

Planococcus [56, 57, 58]. Por otro lado, el género

concentración de Pb disminuye notablemente en

Halomonas

comparación con plantas no inoculadas con estas

características de PGP como producción de IAA

bacterias [50]. Estos ambientes han propiciado que

(152.5-167.3 µg mL-1) y solubilización de fosfatos

las

en presencia de 15% de NaCl, estas mismas

bacterias

mostrando

detectado

estén

en

en

bacterias

constante

características

han

presentado

actividades se evaluaron en presencia de metales

anterioridad y el caso de la promoción de

como Co, Ni, Hg y Ag tolerando de 0.03 a 1 mM de

crecimiento vegetal no es la excepción, un ejemplo

estos metales [59]. Por otro lado, las bacterias

de ello es lo reportado para el género Rheinheimera

Gram-negativas

sp. el cual actualmente produce hasta 250 μg mL-1

Chromohalobacter tienen mecanismos para el

de IAA en condiciones de estrés salino [51].

secuestro del metal por proteínas periplásmicas

Del género Halomonas se han reportado cepas con

[60].

amplio

resistir

como

Halomonas

y

metales.

El

La plata es uno de los metales que ha tomado

la

D

importancia y para su tratamiento se han empleado

perteneciente a este género mostró una remoción del

bacterias halotolerantes, en uno de los estudios

80% de Pb con 10% de NaCl y un 60% de Cd con

reportados, el objetivo fue reducir este metal a su

una salinidad del 1% de NaCl [52]. Por otra parte,

forma coloidal, la cual es la menos tóxica, para lo

cepas de este género han mostrado una gran

cual utilizaron la enzima nitrato reductasa de B.

eficiencia en la biotransformación de Cr6+, al

licheniformis.

asociarse al crecimiento de la bacteria [53], lo que

haloarqueas como Halococcus y Haloferax, las

hace más eficiente este proceso, ya que efluentes

cuales

con alta salinidad se han contaminado con este

específicamente a este metal [61, 62, 63].

metal. La actividad de reducción aumentó en

Otros estudios se han enfocado en aislar cepas que

presencia de Mn2+, Cu2+ y Pb2+, la actividad

presenten multiresistencia a metales [64], se reportó

sinérgica del Cu2+ en la reducción de Cr6+ se puede

que, una cepa de Halomonas presenta resistencia a

deber a que este metal puede funcionar como un

Cu debido al gen copAU y puede crecer en

exopolisacárido

para

reportadas

Halobacillus

con

potencial

no

adaptación

y

sintetizado

por

cepa

38

También

presentan

se

proteínas

han

que

empleado

se

unen

Artículo de revisión

cual


Alianzas y Tendencias - BUAP, Vol. 5, No. 17

presencia de As y Pb empleando otros mecanismos

Bacillus y Burkholderia, al estar presentes en suelos

diferentes a transportadores de membrana como:

salinos y asociados a una planta aumentan la

arsC y pbrT respectivamente. Este género ha

presencia de prolina en la planta, el cual es un

tomado igual un papel importante en el ciclo

osmoprotector [70, 71]. Estos géneros bacterianos

biogeoquímico del As, porque presenta oxidación y

de microorganismos halotolerantes se han visto

reducción de este metaloide, se ha visto que obtiene

distribuidos en la rizosfera de las plantas y su

la energía a partir de la oxidación fosforilativa de la

actividad de promoción de crecimiento vegetal

glucosa y también puede generar una vía alterna

depende mucho del medio en el que se encuentren

hacia la vía del glioxalato [65], lo que ayuda a que

[72]. Como se mencionó anteriormente, los

este tipo de microrganismo se pueda utilizar en

microorganismos halófilos se encuentran presentes

zonas costeras contaminadas con este metaloide.

en los tres dominios de vida, dentro de las Archaea,

También se ha encontrado en esta bacteria que la

el género Haloferax se ha demostrado tiene el

internalización de arsénico se lleva a cabo mediante

potencial para reducir la concentración de iones de

transportadores de fosfatos Pit y pts [66, 67], existe

Pb2+, Cr6+, Zn2+ y Ni2+ en presencia de altas

la hipótesis que a bajas concentraciones de As estos

concentraciones de salinidad (2-3 M NaCl) a través

trasportadores ingresan indiscriminadamente P o As

de la biosorción mediada por la síntesis de

[68].

exopolisacáridos [73].

Los sitios salinos también pueden albergar bacterias Herramientas ómicas en el estudio de la

que no se han descrito con anterioridad o que se han

resistencia a metales y promoción de crecimiento

descrito y presentan características que no se han

vegetal

reportado aun, como el caso de la especie de tamaricis

descrita

por

Zhao

En la actualidad, las investigaciones basadas en el

y

uso

colaboradores [69], esta especie proviene de una

y

extremófilos para sobrevivir en estos ambientes

moléculas osmoprotectoras que también se pueden promoción

proteómica

que utilizan los microorganismos mesofílicos y

asociadas a plantas pueden inducir la formación de

de

transcriptómica,

(genómica,

permitido evidenciar las adaptaciones moleculares

como: Mn2+, Cu2+, Cd2+, Fe2+ y Pb2+. Las bacterias

factores

ómicas

metabolómica), así como el análisis de datos ha

demostró la resistencia de esta especie a metales

como

herramientas

metagenómica

halófita conocida como Tamarix chinensis Lour, se

considerar

de

[73].

de

La secuenciación de genomas y metagenomas ha

crecimiento vegetal como los géneros Arthrobacter,

proporcionado información sobre el potencial de los

39

Artículo de revisión

Salinicola


Alianzas y Tendencias - BUAP, Vol. 5, No. 17

extremófilos en la biodegradación/biorremediación

crecimiento vegetal resistentes a metales, como la

de xenobióticos mediante la actividad de genes

cepa Arthrobacter sp. PGP41, la cual es una

presentes en un proceso de biodegradación [74]. Un

bacteria resistente a Cd2+ aislada a partir de la

ejemplo de ello es Oleispira antarctica bacteria

rizosfera

psicrofílica e hidrocarbonoclasta que presenta tres

hiperacumuladora de cadmio. El genoma de la cepa

genes similares a AlkB en su genoma para la

PGP41 presenta genes candidatos relacionados con

biodegradación de alcanos, así como varios genes

actividades de promoción de crecimiento vegetal

para resistencia a los metales, lo que indica que esta

como solubilización de fosfatos, fijación de

bacteria puede sobrevivir en ambientes fríos,

nitrógeno, síntesis de sideróforos, entre otras [76].

contaminados con petróleo y metales [74]. En el

Pantoea agglomerans C1 es otro ejemplo, es una

caso de Chromohalobacter israelensis, Halomonas

bacteria aislada de la filosfera de lechuga con

zincidurans y H. xinjiangensis se investigaron

actividad PGP, de la cual se ha secuenciado su

posibles

Hg,

genoma revelando, además de la presencia de genes

encontrando que H. zincidurans pudo tolerar hasta 1

asociados a su actividad PGP, genes codificantes

mM de HgCl2, C. israelensis toleró hasta 0.5 mM

para ATPasas transportadoras/ translocadoras de Pb,

de HgCl2 y H. xinjiangensis no pudo crecer en

Cd, Zn y Hg (cueR-CopA), resistencia a As (operón

presencia de Hg. H. zincidurans presentaba más de

arsRHBC, arsR-acr3), Co, Zn (cusCFBA_cusSR,

un conjunto de genes para este metal mientras que

czcAC), Cu (copABCD_pcoR) lo que la vuelve una

H. xinjiangensis solo presentaba una enzima

bacteria con gran potencial como PGP en suelos

mercurio

contaminados con metales [77].

reductasa,

de

la

resistencia

cual

no

al

era

lo

Solanum

nigrum,

una

planta

suficientemente eficaz para tolerar la presencia del

El análisis del genoma de la cepa STB1 de Bacillus

metal en el medio [75].

megaterium mostró la presencia de elementos

Además de proporcionar información sobre la

génicos involucrados en la tolerancia a estrés

biodegradación

la

osmótico (transportadores de Na+ y Cl-, biosíntesis

secuenciación de genomas sin duda es hoy en día

y transporte de osmolitos), resistencia a metales

una poderosa herramienta que ha permitido

(transportadores para Zn2+, Co3+, Cu2+, Cd2+, Mn,

clasificar

Ni2+, As5+, Cr6+, F-, y reductasas para As5+ y Cr6+),

de

compuestos

taxonómicamente

orgánicos,

microorganismos

aislados a partir de muestras ambientales. A través

degradación

de este enfoque se han logrado ensamblar genomas

involucradas en la degradación de mesotriona,

de bacterias con capacidad de promoción de

arildialquilfosfatasas

40

de

xenobióticos

para

la

(nitroreductasas

degradación

de

Artículo de revisión

mecanismos

de


Alianzas y Tendencias - BUAP, Vol. 5, No. 17

insecticidas organoforforados), y actividades PGP

proteína CupC; la cual confiere residencia para

(biosíntesis de IAA, citoquinina, producción de

cobre. Se observó que esta proteína tenía la

poliamina,

gamma-

capacidad de unirse también a Au3+ [81], esta

aminobutírico), características que hacen de la cepa

especie también ha mostrado resistencia a Pt

STB1 candidata para su uso en técnicas de

asociado a megaplasmidos, al realizar estudios

agricultura sustentable [78].

transcriptómicos

Algunas otras ramas como la metabolómica han

citocromos c y a transglicosiladas y disminuyeron la

servido de herramienta para ayudar a entender el

expresión de proteínas que intervienen en la

comportamiento de estos microorganismos bajo

conjugación y la formación de pili y la pérdida de

condiciones

de

estrés,

producción

de

los

de

ácido

aumentó

la

expresión

de

observándose

que

la

un plásmido [82]. La sal puede provocar que se

metabolitos

depende

estimulen mecanismos de resistencia que no se han

principalmente de la especie de microorganismo.

reportado con anterioridad, como lo observado en

Como el caso de las cepas de Halomonas

Xanthomonas citri subsp. citri, la cual al estar en

hydrothermalis VITP9, Bacillus aquimaris VITP4,

presencia de 0.25 M de NaCl perdió factores de

Planococcus maritimus VITP21 y Virgibacillus

virulencia, pero aumentó la producción de formar

dokdonensis VITP1, las cuales al estar en presencia

biopelícula y desarrolló proteínas de protección

de sal presentan la acumulación de diaminoácidos

asociadas a este tipo de estrés [83], indicando que

como Nε-acetil-α-lisina y Nδ-acetilornitina, y de

las

solutos

adaptativos.

compatibles

como

ectoina,

prolina,

bacterias

tienen Algunas

numerosos

mecanismos

investigaciones

ya

han

glutamato y glicinbetaina [79]. También otros

combinado estas dos herramientas (metabolómica y

estudios metabolómicos se han enfocado en como

proteómica), enfocándose en qué efectos tienen las

los metales provocan daño a las células bacterianas

bacterias sobre las plantas. El género Pseudomonas

y como esto afecta su asimilación de fuentes de

puede llegar a aumentar la tasa de fotosíntesis, la

carbono, observando que algunos metales como el

producción de fitohormonas y de metabolitos, al

Al es más toxico que el Cu esto cuando se expuso a

igual que el aumento en la síntesis de proteínas que

estos metales a Pseudomonas pseudoalcaligenes

ayudan a la resistencia al estrés como sucedió con

[80]. En el caso de los metales también se han

plantas de maíz inoculadas con esta bacteria [84].

hecho estos estudios de proteómica como en el caso

Esta misma bacteria se ha utilizado en cultivos de

de la especie de Cupriavidus metallidurans, la cual

canola donde se ha observado un efecto positivo en

al estar en presencia de Au3+, ésta expresó la

la resistencia a la sal y aumentando las proteínas

41

Artículo de revisión

metabolismo


Alianzas y Tendencias - BUAP, Vol. 5, No. 17

relacionadas con la glicolisis, el ciclo de los ácidos

hacen falta investigaciones que integren las

tricarboxilicos y metabolismo de aminoácidos [85].

diferentes herramientas ómicas sobre el efecto que

Algunas

presenta la salinidad sobre la presencia de metales u

actinobacterias

como

Arthrobacter

endophyticus y Nocardiopsis alba, han provocado

otros contaminantes tóxicos.

estos mismos efectos en Arabidopsis thaliana CONCLUSIONES

permitiendo que crezca en presencia de sal y

La presente revisión se enfocó en plantear el

además con estudios transcriptómicos se encontró

panorama actual sobre la problemática de la

que probablemente algunas rutas metabólicas como

salinización de los suelos, así como la presencia de

la síntesis de carotenos, nitrógeno y glicerolípidos

contaminantes (metales) tanto a escala global como

ayuden a mitigar el estrés en esta planta inoculada

en el territorio nacional. Esta problemática se

con estas bacterias [86]. la

importancia

de

la

presenta en zonas áridas o desérticas y en suelos

meta-

agrícolas donde las prácticas de cultivo no son

transcriptómica, metaproteómica y metabolómica en

adecuadas, lo cual plantea un reto para las próximas

los estudios de biorremediación ambiental ha

décadas debido al aumento exponencial de la

destacado por reflejar respuestas a diferentes

población mundial. En estos ambientes se pueden

factores en los perfiles de expresión génica, en el potencial

de

una

comunidad

en

un

encontrar diversos microorganismos denominados

área

halófilos pertenecientes a los tres dominios de vida,

contaminada, y con la fiabilidad de en qué

siendo predominante la presencia de arqueas y

momento, cómo y qué microorganismos están

bacterias las cuales pueden presentar mecanismos

funcionando, proporcionando un monitoreo rápido y

de adaptación a elevadas concentraciones de

sensible de la respuesta de la microbiota a los

salinidad, así como a metales y, presentar

cambios en los sitios contaminados, la temperatura,

características de promoción de crecimiento vegetal,

la salinidad, el pH, los niveles de O2, así como las

lo que los coloca en el centro de atención para la

alteraciones en la composición xenobiótica. La

búsqueda de nuevos productos naturales, nuevas

metabolómica es otro enfoque que puede confirmar

estrategias en la recuperación

vías metabólicas basadas en la identificación de subproductos

generados

por

de ambientes

integrando la información obtenida a través del uso

actividades

de técnicas ómicas o como parte de una forma de

enzimáticas, que permiten el monitoreo directo de la

agricultura sustentable de los suelos afectados por

degradación y/o metabolismo de un determinado

este tipo de alteración.

compuesto xenobiótico [74]. Sin embargo, aún

42

Artículo de revisión

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Alianzas y Tendencias - BUAP, Vol. 5, No. 17

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48

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MG

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Artículo de revisión

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Alianzas y Tendencias - BUAP, Vol. 5, No. 17

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49

Artículo de revisión

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Alianzas y Tendencias - BUAP, Vol. 5, No. 17

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51

ArtĂ­culo de revisiĂłn

Alianzas y Tendencias - BUAP, Vol. 5, No. 17


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