7.2 Análisis de estructura poblacional

La tasa de heterocigosidad observada de las 120 líneas fue relativamente baja teniendo un valor de 0.125. Al excluir a las cruzas y los mestizos del análisis disminuyen los valores de heterocigosidad para los maíces parentales de las cuatro poblaciones. Por lo que fue necesario determinar los índices de diversidad genética para las 61 líneas parentales que representan a las cuatro poblaciones. La información respectiva de los índices de diversidad genética de las 61 líneas parentales se encuentra en el cuadro 8.

Cuadro 8. Índices de diversidad genética de las 61 líneas parentales.

Grupo

Población Amarilla del Bajío Población Amarilla del Noroeste

N° de líneas PIC Ho He

7 0.480 ± 0.087 0.036 ± 0.024 0.435 ± 0.002

9 0.482 ± 0.087 0.062 ± 0.071 0.438 ± 0.003

Población Blanca del Bajío Población Blanca del Noroeste 7 0.481 ± 0.087 0.022 ± 0.003 0.438 ± 0.005

38 0.484 ± 0.087 0.057 ± 0.072 0.438 ± 0.004

Panel completo 61 0.483 ± 0.087 0.051 ± 0.064 0.438 ± 0.004

Los valores para el PIC de los 61 individuos sugieren que los marcadores presentes en estas líneas son muy polimórficos. En cuanto a la heterocigosidad observada los valores bajos obtenidos para las 61 líneas parentales de las 4 poblaciones son normales para líneas que son endogámicas, estas tuvieron valores por encima del 94% de homocigosis.

7.2 Análisis de estructura poblacional.

Los valores de distancia genética de Rogers presentes en las 120 líneas oscilaron entre 0.014 (parental PBN24-DH24-Us / parental PBN23-DH23-Us) y 0.254 (parental PBB178 / mestizo PABXPAN155A), teniendo individuos que son más contrastantes genéticamente unos de otros. La matriz de distancia genética del panel completo de los 120 individuos se encuentra vinculada en la siguiente liga electrónica:

https://www.dropbox.com/s/0o5p9pvu2gz433u/DistGenRogersCIMMYT_R.c sv?dl=0.

A partir de la matriz de distancia genética se realizaron predicciones de posibles cruzas simples de maíz con las líneas parentales que presentaron mayor distancia genética entre sí (> 0.22), considerando que sean maíces con el mismo color de grano. Las predicciones se muestran en los cuadros 9 y 10, siendo 20 cruzas de maíz amarillo y 20 cruzas de maíz blanco respectivamente. El resto de las predicciones de las líneas parentales se encuentran en los cuadros 11 y 12 del anexo A.

Cuadro 9. Predicción de cruzas simples de maíz amarillo

Parental A

Parental B

PAN146-DH14-Us PAB226 PAN144-DH12-Us PAN133 PAN146-DH14-Us PAB223 PAN146-DH14-Us PAB218 PAN146-DH14-Us PAN133 PAN144-DH12-Us PAB236 PAN144-DH12-Us PAB226 PAN144-DH12-Us PAB223 PAN141-DH9-Us PAB226 PAN136 PAN133 PAN146-DH14-Us PAB236 PAN155A PAN133 PAN144-DH12-Us PAB218 PAN139 PAN133 PAN144-DH12-Us PAB209-DH6-Us PAB235 PAN136 PAB223 PAB226 PAN146-DH14-Us PAB209-DH6-Us PAN136 PAN146 PAB209-DH6-Us PAN133

Distancia Genética

0.230667552 0.230262825 0.229438296 0.228721721 0.227943555 0.227652527 0.225996763 0.225975751 0.225943622 0.225887527 0.225629912 0.225384895 0.225379894 0.225325965 0.225140586 0.224664329 0.224570885 0.22454497 0.224410437 0.224160695

Cuadro 10. Predicción de cruzas simples de maíz blanco

Parental A Parental B

PBN33-DH32-Us PBB187 PBN54-DH54-Us PBB178 PBN33-DH32-Us PBB183 PBN33-DH32-Us PBB183-DH6-Us PBN54-DH54-Us PBB178-DH1-Us PBN32-DH32-Us PBB187 PBN62-DH62-Us PBB183 PBN54-DH54-Us PBB187 PBN54-DH54-Us PBB198

Distancia Genética

0.239634755 0.230502973 0.230361306 0.229570423 0.229154928 0.22912937 0.229097422 0.228372132 0.228094774

PBN54-DH54-Us PBB183 PBN58-DH58-Us PBB187 PBN22-DH22-Us PBB187 PBN62-DH62-Us PBB178 PBN33-DH32-Us PBN13-DH13-Us PBN62-DH62-Us PBB187

0.22787383 0.227850441 0.227814089 0.227786527 0.227748579 0.227508602

PBN62-DH62-Us PBB183-DH6-Us PBN47-DH47-Us PBB187 PBN54-DH54-Us PBB180 0.227459558 0.227438174 0.227222565

PBN62-DH62-Us PBB198

0.227157294 PBN85-DH85-Us PBB187 0.227053931 Los resultados del análisis de estructura poblacional para las 120 líneas de maíz obtenidos con STRUCTURE para un rango de K entre 1 y 5 establecen que los individuos se agrupan en dos poblaciones al mostrar el valor más alto de Ln (P) cuando el número más probable de agrupaciones es dos, además el gráfico de ΔK presenta el pico más alto en el número dos, indicando de igual forma que existen dos poblaciones (Fig. 8 y 9). Tanto los resultados del STRUCTURE como la corrección de Evanno sugiere que las líneas analizadas están organizadas en dos poblaciones (K = 2), un grupo conformado por líneas parentales y el otro grupo conformado por cruzas y mestizos, separando las líneas más homocigotas de las más heterocigotas (Fig. 10).

Figura 8. Estructura poblacional de 120 líneas de maíz estimada con 35,770 SNPs. Valores de Ln (P) para un rango de K de 1 a 5.

Figura 9. Estructura poblacional de 120 líneas de maíz estimada con 35770 SNPs. Valores de ΔK para un rango de K de 2 a 4.

y mestizos) (cruzas Grupo 1 Grupo 2 (parentales) 120 líneas es representada por una barra 0 . Estructura poblacional de 120 líneas de maíz cuando K = 2. Cada una de las Figura 1

el vertical, que esta particionada en 2 segmentos coloreados, los nombres de cada línea se encuentran en el eje X, mientras que valor de asignación para cada grupo se encuentra en el eje Y.