Les Dossiers documentaires L’ensemble désigné sous le nom de « Dossiers documentaires pour Bouvard et Pécuchet » est une collection de pièces hétérogènes. Le corpus est à la fois excédentaire et lacunaire : excédentaire parce qu’il comporte des éléments sans rapport avec le dernier roman ; incomplet parce qu’il manque plusieurs dossiers importants (non retrouvés ou conservés ailleurs), par exemple dans les domaines de l’histoire et de la littérature. Il est d’autre part rendu complexe par la double orientation de nombreux folios, dirigés à la fois vers la genèse du premier volume et vers la confection du second en préparation. En effet, Flaubert prend des notes sur les livres nécessaires aux études de ses deux personnages ; il les synthétise parfois en « notes de notes » pour préparer les scénarios des chapitres, et il dresse des listes bibliographiques par matière. Certaines des citations relevées dans ces « notes des auteurs précédemment lus », mais aussi provenant d’autres sources, sont marquées en vue de constituer le second volume par des croix, par la mention « Copie » ou par des catégories de classements qui recoupent autrement les disciplines déjà étudiées dans le roman, par exemple « Spécimens de tous les styles », « Beautés », « Exaltation du bas ». Une grande diversité de documents constitue ces dossiers : à côté des notes de lecture, on y trouve des coupures de journaux, des prospectus, des lettres de diverses mains. Appartiennent également à ce corpus Le Dictionnaire des idées reçues et Le Catalogue des idées chics. Vaste chantier, que Flaubert prévoyait de classer en six mois…