Saglik Bilimlerinde Mikrobiyoloji

SAĞLIK BİLİMLERİNDE MİKROBİYOLOJİ Editör

Doç. Dr. Özgül KISA

© 2014 Nobel Tıp Kitabevleri Tic. Ltd. Şti.

SAĞLIK BİLİMLERİNDE MİKROBİYOLOJİ Editör: Doç. Dr. Özgül KISA ISBN: 978-605-335-055-2

5846 ve 2936 sa­yı­lı Fi­kir ve Sa­nat Eser­le­ri ya­sa­sı hükümleri ge­re­ğince her­han­gi bir bö­lü­mü, res­mi ve­ya ya­zı­sı, ya­zar­ la­rın ve ya­yın­la­yı­cı­sı­nın ya­zı­lı iz­ni alın­ma­dan tek­rar­la­na­maz, ba­sı­la­maz, kop­ya­sı çı­ka­rı­la­maz, fo­to­ko­pi­si alı­na­maz ve­ya kop­ya an­la­mı ta­şı­ya­bi­le­cek hiç­bir iş­lem ya­pı­la­maz.

Yayımcı : Nobel Tıp Kitabevleri Tic. Ltd. Şti.

Millet Cad. No:111 34104 Fatih-İstanbul Yayımcı Sertifika No : 15710 Bas­kı / Cilt : No-­bel Mat­ba­acı­lık San. Tic. Ltd. Şti.

Kurtini Mevki, General Şükrü Kanatlı Cad. Ömerli - Hadımköy - İstanbul Matbaa Sertifika No : 12565 Sayfa Tasarımı - Düzenleme : Nobel Tıp Kitabevleri, Özkan Kaya : Özkan Kaya Kapak Tasarım Bas­kı Tarihi : Mayıs 2014 - İstanbul

Önsöz Mikrobiyoloji, sağlık hizmeti veren birçok meslek grubu için temel bir bilim dalıdır. Bugüne kadar “Tıbbi Mikrobiyoloji” alanında değerli hocalarımız tarafından akademisyenlere ve öğrencilere faydalı olabilecek pek çok kitap yazılmıştır. Bu kitap ise, hemşirelik fakültesi ve sağlık bilimleri fakültesi öğrencileri ve mezunlarının bu alanda ihtiyaç duydukları temel bilgileri özetleyen bir mikrobiyoloji kitabı olması amacıyla hazırlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda konu başlıklarını belirlemek, gereksinmelere yeterince cevap verememe düşüncesinden dolayı en zor basamak olmuştur. Kitabın gereksiz yere büyütülmesinden kaçınabilmek için, yazılmasına destek veren öğretim üyelerimizin görüşleri alınarak belirlenen çerçeve içerisinde konuların özetlenmesine gayret edilmiştir. Mikrobiyoloji alanında bilinmesi gereken önemli noktaları vurgulamaya, ayrıntılardan ise mümkün olduğunca kaçınılmaya özen gösterilmiştir. İlk bölümde mikrobiyolojinin temel konuları; ikinci bölümde insanlarda hastalık yapan mikroorganizmaların genel özellikleri ve laboratuvar tanısında kullanılan yöntemler; üçüncü bölümde ise hastane enfeksiyonları ve hastane enfeksiyonlarını yakından ilgilendiren konulara yer verilmiştir.

Hem bilimsel hem de Türkçe yazım kuralları açısından hatasız bir kitap hazırlayabilmek için mümkün olduğunca gayret göstermemize rağmen hatalarımızın olabileceği inancındayız. Kitapla ilgili yapılacak tüm eleştiri ve katkıları memnuniyetle karşılayacağımızı belirtmek isteriz.

Geniş kapsamlı bir bilim dalı olan mikrobiyoloji alanında bilimsel bir kitap yazmanın öneminin ve sorumluluğunun bilincinde ve ne kadar güç olabileceğinin farkında olarak bu kitabı hazırlamaya karar verdiğimde bölüm yazmayı kabul ederek beni cesaretlendiren tüm yazarlara, özellikle de kitabın her aşamasında destek olan Dr. Remzi Engin ARAZ ve Dr. Mehmet YAPAR’a sonsuz teşekkürlerimi sunarım.

Sağlık çalışanlarının mikrobiyoloji alanında özetlenmiş temel bilgileri bulabileceğine inandığımız bu kitabın sağlık alanında çalışan değerli meslek mensuplarına bilime ve insanlığa katkı sağlamasını, özellikle öğrencilere yararlı ve yol gösterici olmasını diliyoruz.

Saygılarımla, Doç. Dr. Özgül KISA

iii

Yazarlar Gülay AKARSU

Ankara Üniversitesi Tıbbi Parazitoloji B.D. Ankara

Ali ALBAY

Gülhane Askeri Tıp Akademisi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. Ankara

Funda DOĞRUMAN AL

Gazi Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. Ankara

Engin ARAZ

Gülhane Askeri Tıp Akademisi Tıbbi Parazitoloji B.D. Ankara

Nurittin ARDIÇ

Gülhane Askeri Tıp Akademisi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. Ankara

Cumhur ARTUK

Gülhane Askeri Tıp Akademisi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. Ankara

Orhan BAYLAN

Gülhane Askeri Tıp Akademisi Haydarpaşa Eğitim Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Servisi İstanbul

Mehmet BAYSALLAR

Gülhane Askeri Tıp Akademisi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. Ankara

Orhan BEDİR

Gülhane Askeri Tıp Akademisi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. Ankara

Rıza Aytaç ÇETİNKAYA

Gülhane Askeri Tıp Akademisi Kan Eğitim Merkezi ve Kan Bankası Müdürlüğü Ankara

Şengül DERBENTLİ

İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. İstanbul

Zayre ERTURAN

İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. İstanbul

Can Polat EYİGÜN

Gülhane Askeri Tıp Akademisi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. Ankara

Levent GÖRENEK

Gülhane Askeri Tıp Akademisi Haydarpaşa Eğitim Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Servisi İstanbul

Mustafa GÜNEY

Gülhane Askeri Tıp Akademisi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. Ankara

Mustafa HATİPOĞLU

Gülhane Askeri Tıp Akademisi Haydarpaşa Eğitim Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Servisi İstanbul

Selma KARABEY

İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Halk Sağlığı A.D. Hastane Enfeksiyon Kontrol Komitesi İstanbul v

vi

Yazarlar

Hatice KAYMAKÇI

Kenan ŞENER

Abdullah KILIÇ

Berksan ŞİMŞEK

Özgül KISA

Gülnur TARHAN

Emin LİMONCU

Meltem UZUN

İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Hastane Enfeksiyon Kontrol Komitesi İstanbul Gülhane Askeri Tıp Akademisi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. Ankara Gülhane Askeri Tıp Akademisi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. Ankara Celal Bayar Üniversitesi Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu Manisa

Uğur MUŞABAK

Gülhane Askeri Tıp Akademisi İmmunoloji ve Allerji Hastalıkları B.D. Ankara

Mustafa ÖZYURT

Gülhane Askeri Tıp Akademisi Haydarpaşa Eğitim Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Servisi İstanbul

Fatih ŞAHİNER

Gülhane Askeri Tıp Akademisi Viroloji B.D. Ankara

Gülhane Askeri Tıp Akademisi Viroloji B.D. Ankara Kasımpaşa Asker Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Servisi İstanbul Adıyaman Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. Adıyaman İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. İstanbul

Mehmet YAPAR

Gülhane Askeri Tıp Akademisi Viroloji B.D. Ankara

Soner YILMAZ

Gülhane Askeri Tıp Akademisi Kan Eğitim Merkezi ve Kan Bankası Müdürlüğü Ankara

İçindekiler I Genel Mikrobiyoloji............................................................................ 1 1 Mikrobiyolojiye Giriş . ........................................................................................................3 Mikrobiyolojinin Tarihçesi ...........................................................................................4 Mikroorganizmaların Sınıflandırılması.......................................................................5 2 Bakterilerin Genel Özellikleri...................................................................................9 Bakterilerin Sınıflandırılması.........................................................................................9 Bakterinin Yapısı...........................................................................................................10 Bakterilerin Üretilmesi.................................................................................................13 Bakterilerin Tanımlanması..........................................................................................16 Bakterilerin Boyanması................................................................................................16 3 Virolojiye Giriş........................................................................................................19 Virüslerin Genel Özellikleri.........................................................................................19 İsimlendirme ve Sınıflandırma....................................................................................19 Virüslerin Temel Yapısı Nasıldır?...............................................................................20 Virüsler Nasıl Ürer?......................................................................................................21 Virüsleri Nasıl Üretebiliriz?.........................................................................................22 Tıbbi Önemi Olan Virüsler..........................................................................................22 4 Mikolojiye Giriş......................................................................................................25 Mantarların Önemi.......................................................................................................25 Mantarların Yapısı........................................................................................................25 Mantarların Çoğalması.................................................................................................26 İnsan Mikozlarının Sınıflandırılması..........................................................................26 5 Parazitolojiye Giriş.................................................................................................29 Parazitlerin Önemi........................................................................................................29 Parazitlerin Bulaş Yolları..............................................................................................30 Parazitlerin Sınıflandırılması.......................................................................................32 Parazitlerin Patojenitesi................................................................................................35

vii

viii

İçindekiler

6 Vücudun Normal Mikrobiyal Florası.....................................................................39 Normal Floranın Faydalı ve Zararlı Etkileri..............................................................40 Deri Florası.....................................................................................................................41 Ağız Florası.....................................................................................................................41 Burun ve Nazofarinks Florası......................................................................................42 Boğaz Florası..................................................................................................................42 Soluk Borusu Florası.....................................................................................................42 Sindirim Sistemi Florası...............................................................................................42 Ürogenital Sistem Florası.............................................................................................43 Göz Florası......................................................................................................................43 Vajen Florası..................................................................................................................43 7 Klinik Örneklerin Alınması, Taşınması ve Saklanması.........................................45 Örneklerin Seçimi ve Hastadan Alınması..................................................................46 Örneklerin Laboratuvara Taşınması...........................................................................49 Kan Örnekleri................................................................................................................51 Steril Vücut Sıvısı Örnekleri........................................................................................52 Solunum Yolu Örnekleri..............................................................................................53 Kulak Örnekleri.............................................................................................................53 Göz Örnekleri................................................................................................................53 Genital Sistem Örnekleri..............................................................................................53 Gastrointestinal Sistem Örnekleri...............................................................................54 Doku, Yara ve Apse Örnekleri....................................................................................54 Üriner Sistem Örnekleri...............................................................................................54 Mikrobiyolojik Testler için Kabul Edilmeyecek Klinik Örnekler...........................54 8 Mikrobiyolojik Tanı Yöntemleri............................................................................65 Doğrudan Mikrobiyolojik Testler...............................................................................66

Makroskobik/Mikroskobik İnceleme....................................................................66

Kültür ile Etkenin İzolasyonu.................................................................................68

DoğrudanTanıda Kullanılan İmmünoserolojik Testler......................................69

Moleküler Yöntemler...............................................................................................69 Dolaylı Mikrobiyolojik Testler....................................................................................71

İmmünserolojik Testler...........................................................................................71 9 Dezenfeksiyon, Antisepsi ve Sterilizasyon.............................................................75 Temel İlkeler ve Tanımlamalar...................................................................................75 Dezenfeksiyon Yöntemleri ve Dezenfektan Seçiminde Prensipler........................76 Antiseptik Ajanlar ve Kullanımları.............................................................................80 Sterilizasyon Yöntemleri..............................................................................................80 Sterilizasyon Aşamaları ve İzlem.................................................................................84

İçindekiler

ix

10 Antimikrobiyal İlaçlar............................................................................................89 Antimikrobiyal İlaçlar ve Etki Mekanizmaları..........................................................89

Antibakteriyel İlaçlar................................................................................................89

Antimikobakteriyel İlaçlar ......................................................................................93

Antiviral İlaçlar..........................................................................................................94

Antiparaziter İlaçlar..................................................................................................96

Antifungal İlaçlar.......................................................................................................98 Antibakteriyel İlaçlara Karşı Direnç Gelişimi...........................................................99 Antimikrobiyal Duyarlılık Testleri...........................................................................100 11 Konak Parazit İlişkisi, Konak ve Mikroorganizmaya ait Faktörler..................... 103 Mikroorganizmaya Ait Faktörler..............................................................................105 Konağa Ait Faktörler...................................................................................................114 12 Temel İmmunoloji ve Bağışıklık.......................................................................... 123 Tanımlar ve Genel Özellikler.....................................................................................123 İmmün Sistemin Temel Unsurları............................................................................124 Doğal ve Edinsel Bağışıklık........................................................................................124 İmmünolojik Terimler................................................................................................127 13 Hümoral Bağışıklık............................................................................................... 131 İmmünojen, Antijen, Epitop......................................................................................131 Antikorlar (İmmünoglobulinler)..............................................................................132 Hümoral İmmün Yanıt Tipleri ve Evreleri..............................................................135 Antijen Antikor Reaksiyonları..................................................................................136 Kompleman..................................................................................................................137 İmmünolojik Terimler................................................................................................137 14 Hücresel Bağışıklık................................................................................................ 139 T Hücrelerinin Antijenleri Tanıması........................................................................139 T Lenfositlerinin Olgunlaşması.................................................................................140 15 Aşırı Duyarlılık Reaksiyonları.............................................................................. 143 Tip-I Aşırı Duyarlılık Reaksiyonu.............................................................................143 Tip-II Aşırı Duyarlılık Reaksiyonu...........................................................................145 Tip-III Aşırı Duyarlılık Reaksiyonu..........................................................................148 Tip-IV Aşırı Duyarlılık Reaksiyonu..........................................................................150 16 Aşılar ve Aşı Uygulamaları................................................................................... 153 Aktif İmmünizasyon...................................................................................................153

Bakteriyel ve Viral Aşılar.......................................................................................153

Aşı Etkileşimleri......................................................................................................155

İçindekiler

x

Aşı Takvimi.............................................................................................................155 Çocukluk Çağı Aşı Uygulamaları.........................................................................157 Erişkin Aşı Uygulamaları........................................................................................15 Seyahat Durumunda Aşı Uygulamaları..............................................................157 Pasif İmmünizasyon....................................................................................................158

II Hava Kaynaklı Enfeksiyonlar ve Etkenleri....................... 161 17 Hava Yoluyla Bulaşan Patojenlerin Geçiş Yolları................................................ 163 18 Bakterilerin Neden Olduğu Hava Kaynaklı Enfeksiyonlar ve Etkenleri............. 165 Streptokokal Hastalıklar.............................................................................................165 Tüberküloz...................................................................................................................170 Lejyoner Hastalığı........................................................................................................174 Bakterilerin Neden Olduğu Diğer Hava Kaynaklı

Enfeksiyonlar ve Etkenleri......................................................................................177 19 Virüslerin Neden Olduğu Hava Kaynaklı Enfeksiyonlar ve Etkenleri................ 185 Soğuk Algınlığı.............................................................................................................185 Grip................................................................................................................................186 Virüslerin Neden Olduğu Diğer Hava Kaynaklı

Enfeksiyonlar ve Etkenleri......................................................................................188 20 Mantarların Neden Olduğu Hava Kaynaklı Enfeksiyonlar ve Etkenleri............. 191 Aspergilloz....................................................................................................................191 Kriptokokkoz...............................................................................................................195 Histoplazmoz...............................................................................................................198 Mantarların Neden Olduğu Diğer Hava Kaynaklı

Enfeksiyonlar ve Etkenleri.......................................................................................201

III Gıda ve Su Kaynaklı Enfeksiyonlar ve Etkenleri............ 205 21 İnsan Gastrointestinal Sistem Hastalıkları.......................................................... 207 Gastroenteritler ve Diyare..........................................................................................207 Gastrointestinal Sistem Hastalıklarının Genel Özellikleri.....................................208 22 Bakterilerin Neden Olduğu Gıda ve Su Kaynaklı

Enfeksiyonlar ve Etkenleri.................................................................................. 211 Gıda Zehirlenmeleri....................................................................................................211

Stafilokokal Gıda Zehirlenmeleri.........................................................................211

İçindekiler

xi

Botulismus...............................................................................................................213 Bacillus cereus Gıda Zehirlenmeleri.....................................................................214 Mikotoksin Gıda Zehirlenmeleri..........................................................................214 Gıda ve Su Kaynaklı Bakteriyel Enfeksiyonlar........................................................215 Salmonella Gastroenteriti ve Tifo........................................................................215 Şigelloz.....................................................................................................................216 Escherichia coli gastroenteriti...............................................................................217 Kampilobakter Enfeksiyonları..............................................................................219 Helikobakter Enfeksiyonları.................................................................................220 Bakterilerin Neden Olduğu Diğer Gıda ve Su Kaynaklı Enfeksiyonlar ve Etkenleri................................................................................222 Gıda ve Su Kaynaklı Enfeksiyonlardan Korunmada Genel Kontrol Önlemleri.......................................................................................227

23 Virüslerin Neden Olduğu Gıda ve Su Kaynaklı

Enfeksiyonlar ve Etkenleri.................................................................................. 231 Rotavirüs Enfeksiyonları............................................................................................231 Norovirüs/Sapovirüs Enfeksiyonları........................................................................233 24 Gıda ve Su Kaynaklı Paraziter Enfeksiyonlar ve Etkenleri.................................. 237 Protozoonların Neden Olduğu Gıda ve Su Kaynaklı

Enfeksiyonlar ve Etkenleri.......................................................................................239

Amebiyaz.................................................................................................................239

Giyardiyaz................................................................................................................241

Kriptosporidiyaz.....................................................................................................243

Toksoplazmoz.........................................................................................................244

Protozoonların Neden Olduğu Diğer Gıda ve Su Kaynaklı

Enfeksiyonlar ve Etkenleri..................................................................................246 Helmintlerin Neden Olduğu Gıda ve Su Kaynaklı Enfeksiyonlar

ve Etkenleri................................................................................................................248

Kistik Ekinokokkoz................................................................................................248

Helmintlerin Neden Olduğu Diğer Gıda ve Su Kaynaklı

Enfeksiyonlar ve Etkenleri..................................................................................250

IV Yara ve Deri Enfeksiyonları ve Etkenleri........................... 259 25 Yara ve Deri Enfeksiyonlarında Etkenlerin Bulaşması........................................ 261 26 Deri ile İlişkili Bakteriyel Enfeksiyonlar ve Etkenleri.......................................... 265 Anaerobik Bakteriler ile Oluşan Enfeksiyonlar.......................................................265

Tetanoz....................................................................................................................265

İçindekiler

xii

Gazlı Gangren.........................................................................................................266 Aerobik ve Fakültatif Bakteriler ile Oluşan Enfeksiyonlar....................................267

Stafilokok Enfeksiyonları.......................................................................................267

Tularemi..................................................................................................................270

Deri ile İlişkili Diğer Bakteriyel Enfeksiyonlar ve Etkenleri.............................272

27 Deri ile İlişkili Viral Enfeksiyonlar ve Etkenleri.................................................. 275 Kuduz............................................................................................................................276 Deri ile İlişkili Diğer Viral Enfeksiyonlar ve Etkenleri...........................................276 28 Deri ile İlişkili Helmint Enfeksiyonları ve Etkenleri........................................... 281 Kancalı Kurt Enfeksiyonları.......................................................................................281 Strongilodiyaz..............................................................................................................283 Şistozomiyaz.................................................................................................................285 29 Deri ile İlişkili Mantar Enfeksiyonları ve Etkenleri............................................. 293 Dermatofitler................................................................................................................293 Subkutanöz Mikozlar..................................................................................................296

V Cinsel Yolla Bulaşan Hastalıklar ve Etkenleri.............. 299 30 Cinsel Yolla Bulaşan Hastalıklar ve Korunma Yolları......................................... 301 31 Bakterilerin Neden Olduğu Cinsel Yolla Bulaşan

Hastalıklar ve Etkenleri...................................................................................... 305 Gonore..........................................................................................................................305 Sifiliz..............................................................................................................................308 Klamidya Enfeksiyonları............................................................................................310 Bakterilerin Neden Olduğu Diğer Cinsel Yolla Bulaşan

Hastalıklar ve Etkenleri............................................................................................315 32 Virüslerin Neden Olduğu Cinsel Yolla Bulaşan Hastalıklar ve Etkenleri........... 319 AIDS..............................................................................................................................319 Genital Herpes.............................................................................................................324 HPV Enfeksiyonları....................................................................................................327 33 Protozoonların Neden Olduğu Cinsel Yolla Bulaşan

Hastalıklar ve Etkenleri...................................................................................... 331 Trikomoniyaz...............................................................................................................331 34 Mayaların Neden Olduğu Cinsel Yolla Bulaşan Hastalıklar ve Etkenleri........... 335 Vajinal kandidiyaz.......................................................................................................335

İçindekiler

xiii

VI Artropod Kaynaklı Enfeksiyonlar ve Etkenleri.......................339 35 Artropod Vektörlüğü ve Bulaş Yolları................................................................. 341 36 Bakterilerin Neden Olduğu Arthropod Kaynaklı Enfeksiyonlar

ve Etkenleri......................................................................................................... 345 Veba Hastalığı..............................................................................................................345 Riketsiyozlar.................................................................................................................348 Lyme Hastalığı.............................................................................................................352 Bakterilerin Neden Olduğu Diğer Arthropod Kaynaklı

Enfeksiyonlar ve Etkenleri.......................................................................................355 37 Virüslerin Neden Olduğu Arthropod Kaynaklı Enfeksiyonlar ve Etkenleri....... 357 Kırım Kongo Kanamalı Ateşi....................................................................................357 Batı Nil Virüs Enfeksiyonu........................................................................................360 Virüslerin Neden Olduğu Diğer Arthropod Kaynaklı

Enfeksiyonlar ve Etkenleri.......................................................................................361 38 Protozoonların Neden Olduğu Arthropod Kaynaklı Enfeksiyonlar

ve Etkenleri......................................................................................................... 363 Sıtma..............................................................................................................................363 Leyşmanyaz..................................................................................................................368 Protozoonların ve Helmintlerin Neden Olduğu Diğer Arthropod

Kaynaklı Enfeksiyonlar ve Etkenleri......................................................................374

VII Kan ve Kan Bileşenlerinin Transfüzyonu

ile Bulaşan Enfeksiyonlar...................................................... 379 39 Kan ve Kan Bileşenlerinin Transfüzyonu ile Bulaşan Enfeksiyonlar.................. 381 Viral Enfeksiyonlar......................................................................................................381 Bakteriyel Enfeksiyonlar.............................................................................................389 Parazit Enfeksiyonları.................................................................................................390 Mantar Enfeksiyonları................................................................................................390 Prion Enfeksiyonları ..................................................................................................390

VIII Biyolojik Savaş Ajanları............................................................ 391 40 Biyolojik Savaş Ajanları........................................................................................ 393 Biyolojik Savaş Ajanlarının Önemli Karakteristikleri............................................393 Biyolojik Silah Olarak Kullanılma Potansiyeli Bulunan Etkenler........................394

İçindekiler

xiv

Biyolojik Ajanların Bulaştırılma Yolları ve Ayırımı...............................................394 Biyolojik Ataktan Şüphelenilecek Durumlar...........................................................395 Tanı ve Korunma.........................................................................................................396

IX Hastane Enfeksiyonları............................................................... 399 41 Hastane Enfeksiyonları: Tanımlar ve Epidemiyoloji........................................... 401 Tanımlar.......................................................................................................................401 Hastane Enfeksiyonlarının Epidemiyolojisi............................................................402 42 Enfeksiyon Kontrol Komitelerinin İşleyişi.......................................................... 409 Türkiye’de Enfeksiyon Kontrol Çalışmaları............................................................409 43 Enfeksiyon Kontrolüne Yönelik Sürveyans.......................................................... 415 Sürveyans Planının Oluşturulması...........................................................................416 44 İzolasyon Önlemleri.............................................................................................. 427 Kaynak İzolasyonu......................................................................................................429 Koruyucu İzolasyon....................................................................................................434 45 El Hijyeni............................................................................................................... 435 El Yıkama ve El Antiseptiklerini Kullanma Endikasyonları.................................437 El Antiseptikleri...........................................................................................................438 El Hijyen Önlemleri ve İrritan Kontakt Dermatit..................................................441 El Hijyen Ürünlerine Bağlı Alerjik Kontakt Dermatit...........................................441 Ajanların Yan Etkilerini Azaltmak İçin Önerilen Yöntemler...............................441 46 Sağlık Çalışanlarında Enfeksiyon Kontrolü......................................................... 445 Sağlık Çalışanlarında Enfeksiyon Kontrol Programı.............................................446 Enfeksiyon Risk Durum Değerlendirilmesi.............................................................446 Enfeksiyon Kontrol Eğitimleri...................................................................................446 Enfeksiyon Kontrol Danışmanlığı............................................................................446 Bağışıklama .................................................................................................................446 Başlıca Enfeksiyon Hastalıklarına Maruz Kalma Durumundaki

İş Kısıtlamaları..........................................................................................................446 Bazı Önemli Enfeksiyon Hastalıklarından Korunma ve

Bunların Kontrolü....................................................................................................454 Bulaşıcılığı Olan Enfeksiyon Ajanlarını Önlemek İçin

Alınacak Tedbirler....................................................................................................455

İçindekiler

xv

47 Hastanelerde Akılcı Antibiyotik Kullanımı......................................................... 463 48 Hastanelerde Atık Yönetimi................................................................................. 469 Atıkların Genel Tanımı ve Sınıflandırılması...........................................................470 Hastane Atıklarının Toplanması ve Taşınması.......................................................472 Hastane Atıklarının Geçici Olarak Depolanması...................................................473 Tıbbi Atıkların Nihai Olarak Bertaraf Edilme Yerine Taşınması.........................473

Atıkların Bertarafı.......................................................................................................474 Atık Yönetim Planı Nasıl Yapılmalıdır?...................................................................476 İNDEKS........................................................................................................................ 479

Kısaltmalar AAD: Antibiyotik ile ilişkili diyare (Antibioticassociated diarrhea) ABD: Amerika Birleşik Devletleri ABO: Kan grubu sistemi (Blood group system) ACIP: Amerikan Bağışıklama Danışma Komitesi (Advisory Committee on Immunization Practices) ADCC: Antikora bağımlı hücresel sitotoksisite (Antibody‐dependent cell‐mediated cytotoxicity) ADR: Aşırı duyarlılık reaksiyonu (Hypersensitivity reaction) AIDS: Kazanılmış immün yetmezlik sendromu (Acquired immune deficiency syndrome) ALP: Alkalen fosfataz (Alkaline phosphatase) ALT: Alanin aminotransferaz (Alanine aminotransferase) Anti-DNase B: DNase B’ye karşı antikorlar APC: Antijen sunan hücre (Antigen presenting cell) ARB: Aside dirençli basil (Acid resistant bacilli) ARDS: Akut solunum yetmezliği sendromu (Acute respiratory distress syndrome) ASO: Anti- streptolizin O AST: Aspartat aminotransferaz (Aspartate aminotransferase) ATP: Adenozin trifosfat (Adenosine triphosphate) BAL: Bronkoalveolar lavaj (Bronchoalveolar lavage) BCG: Verem aşısı (Bacille Calmette Guerin) BCYE: Buffered charcoal yeast extract agar BOS: Beyin omurilik sıvısı BSA: Sığır serum albumin (Bovine serum albumin) C: Kompleman sistemi (Complement system) cagA : Sitotoksin ilişkili gen

CD: Ayırım kümesi (Cluster of differentiation) CDC: Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezi (Centers for Disease Control and Prevention) CFT: Kompleman fiksasyon testleri CFU: Koloni oluşturan birim (Colony forming unit) CIN: Sefsulodin ırgasan novobiosin agar CJD: Creutzfeldt-Jakob hastalığı (CreutzfeldtJakob disease) CLSI: Klinik Laboratuvar Standartları Enstitüsü (The Clinical and Laboratory Standards Institute) CMV: Sitomegalovirüs (Cytomegalovirus) CPE: Sitopatik etki (Cytopathic effects) CPLM: Cystein pepton liver maltose besiyeri CYBH: Cinsel yolla bulaşan hastalık DaBT- İPA- Hib: Difteri, asellüler boğmaca, tetanoz, inaktif polio, H. influenza tip b aşısı (5’li karma aşı) DFA: Direkt floresan antikor (Direct fluorescent antibody) DIC: Damar içi koagülasyon (Disseminated intravascular caogulation) DNA: Deoksiribonükleik asit (Deoksiribonucleic acid) DNase B: Streptodornaz enzimi DSÖ: Dünya Sağlık Örgütü (World Health Organization) DTaP: Difteri, tetanoz, asellüler boğmaca aşısı EAggEC: Enteroagregatif E. coli EBV: Epstein-Barr virus EBVA-1: Epstein-Barr virus nuclear antigen-1 EC: Elementer cisimcik ECF: Eosinophil chemotactic factor EDTA: Etilendiamin tetra asetik asit (Ethylenediamine tetra acetic acid) EHEC: Enterohemoraijk E. coli xvii

xviii

Kısaltmalar

EIA: Enzim immün test (Enzyme Immun Assay) EIEC: Enteroinvaziv E. coli EKE: Enfeksiyon kontrol ekibi EKK: Enfeksiyon kontrol komitesi ELISA: Enzim bağlı immün sorbent test (Enzyme linked immuno sorbent assay) EPA: Amerika Birleşik Devletleri Çevre Koruma Ajansı (U.S. Environmental Protection Agency) EPEC: Enteropatojenik E. coli ETEC: Enterotoksijenik E. coli EtO: Etilen oksit (Ethylene Oxide) EZN: Erlich Ziehl-Neelsen Fab: Antijen bağlayan parça (Fragment antigen binding) Fc: Kristalize olabilen parça (Fragment crystallizable) FDA: Amerikan Gıda ve İlaç Dairesi (U.S. Food and Drug Administration) FTA-ABS: Floresan treponemal antikor absorbsiyon testi GAP: Güneydoğu Anadolu Projesi GAS: Grup A streptokoklar GGT: Gamaglutamil transferaz (Gamma glutamiltransferase) GM: Galaktomannan (Galactomannan) GM-CSF: Granulocyte macrophage colony stimulating factor GMG: Gomori metenamin gümüş boyama (Gomori methenamine silver stain) gp63: Glikoprotein 63 (Glycoprotein 63) GSBL: Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz HAART: Highly active antiretroviral theraphy HAV: Hepatit A virüs (Hepatit A virus) HB aşısı: Hepatit B aşısı HBIG: Hepatit B immunoglobulin HBsAg: Hepatit B virüsünün yüzey antijeni HBV: Hepatit B virüs (Hepatit B virus) HCV: Hepatit C virüs (Hepatit C virus) HDCV: İnsan diploit hücre kuduz aşısı (Human diploid cell rabies vaccine) HDV: Hepatit D virüs (Hepatit D virus) HE: Hastane enfeksiyonu insidans yoğunluğu HEPA: Yüksek etkinlikli parçacıklı hava (High efficiency particulate air) filtresi HEV: Hepatit E virüs (Hepatit E virus)

HGV: Hepatit G virüs (Hepatit G virus) HHV-6-8: İnsan herpes virus-6-8 (Human herpes virus-6-8) HIV: İnsan immün yetmezlik virüsü (Human immunodeficiency virus) Hib: Haemophilus influenza tip b aşısı HLA: İnsan lökosit antijenleri (Human leucocyte antigens) HPV: İnsan papillomavirüs (Human papilloma virus) HRIG: İnsan kuduz immünglobulin (Human rabies immunoglobulin) HSV: Herpes simpleks virüs (Herpes simplex virus) HTLV: İnsan T hücresi lenfotropik virüs (Human T-cell lymphotropic virus) ICTV: International Committee Taxonomy of Viruses ID: İntradermal IF: İmmünofloresan IFA: İmmünofloresan test (İmmunofluorescence assay) IFAT: İndirekt floresan antikor test (Indirect fluorescent antibody test) IFN-g: Gama interferon IFN: İnterferon Ig: İmmünoglobulin (Immunoglobulin) IHA: İndirekt hemaglütinasyon testi (Indirect hemagglutination assay) IL: İnterlökin (Interleukin) IM: İntramüsküler IPV: İnaktif polio virüs aşısı JCI: Joint Commision International KE-KDE: Kateterle ilişkili enfeksiyon hızı KKK: Kızamık, kabakulak ve kızamıkçık (Measles, mumps and rubella) aşısı KKKA: Kırım Kongo kanamalı ateşi KKKAV: Kırım Kongo kanamalı ateş virüsü KOAH: Kronik obstruktif akciğer hastalığı KOH: Potasyum hidroksit (Potassium hydroxide) KPA: Konjuge Pnömokok aşısı LAİV: Canlı attenüe influenza aşısı LCR: Ligaz zincir reaksiyonu (Ligase chain reaction) LGV: Lenfogranuloma venereum

Kısaltmalar LJ: Löwenstein-Jensen LOS: Lipooligosakkarid LPG: Lipofosfoglikan LPS: Lipopolisakkarit LTC4: Leukotriene-C4 MALT: Mukoza ilişkili lenfoid doku (Mucosa associated lenfoid tissue) MCP-1: Macrophage chemotactic protein-1 MCV: Molluskum kontagiozum virüs (Molluscum contagiosum virus) MDR-TB: Çok ilaca dirençli tüberküloz (Multidrug resistant tuberculosis) MHC: Doku uygunluk kompleksi (Major histocompatibility complex) MIF: Migration inhibiting factor MNFS: Mononükleer fagositik sistem (Mononuclear phagocytic system) MOTT: Tüberküloz dışı mikobakteriler (Mycobacterium other than tuberculosis) MRSA: Metisiline dirençli Staphylococcus aureus MSRV: Multiple sklerozis ilişkili virüs (Multiple sclerosis related virus) MSS: Merkezi sinir sistemi MSÜ: Merkezi sterilizasyon ünitesi MTBC: Mycobacterium tuberculosis kompleks NASBA: Nükleik asit dizisi tabanlı çoğalma (Nucleic acid sequence based amplification) NGÜ: Nongonokoksik üretrit (Non gonococcal urethritis) NHSN: Ulusal Sağlık Hizmeti Güvenlik Ağı (National Healtcare Safety Network) NK: Doğal katil (Natural killer) hücreler NNIS: Ulusal Nozokomiyal Enfeksiyon Sürveyans Sistemi (National Nosocomial Infections Surveillance System) NNRTI: Non-Nükleotid revers transkriptaz inhibitörleri (Non-nucleotide reverse transcriptase inhibitors) NRTI ve NtRTI: Nükleozit ve nükleotit revers transkriptaz inhibitörleri (Nucleoside/nucleotide reverse transcriptase inhibitors) NTM: Tüberküloz dışı mikobakteriler (Non tuberculous mycobacteria) OPV: Oral polio virüs aşısı OSHA: İş Güvenliği ve Sağlığı İdaresi (Occupational Safety and Healty Administration)

xix

PAF: Platelet activating factor PAS: Periyodik asit-schiff (Periodic acid schiff) PBP: Penisilin bağlayan protein (Penicillin binding protein) PCEC: Saflaştırılmış civciv embriyo hücre kuduz aşısı (Purified chick embryo cell rabies vaccine) PCR: Polimeraz zincir reaksiyonu (Polymerase chain reaction) PCV13: Konjuge pnömokok aşısı PGD2: Prostaglandin-D2 PGÜ: Postgonokoksik üretrit (Post gonococca l urethritis) pH: Hidrojen iyon konsantrasyonu PI : Proteaz İnhibitörleri (Protease inhibitors) PID: Pelvik yangısal hastalık (Pelvic inflammatory disease) PIV: Parainfluenza virüs (Parainfluenza virus) PO: Per oral PPD: Pürifiye protein derivesi (Pürified protein derivative) PPSV23: Polisakkarid pnömokok aşısı PVA: Polivinil alkol (Polyvinyl alcohol) PVRV: Saflaştırılmış vero hücre kuduz aşısı (Purified vero rabies vaccine) PYR: L-pyrolidonil arilamidaz aktivitesi RC: Retiküler cisimcik RhD: Yeni doğan hemolitik hastalığı (Rhesus hemolytic disease) RIA: Radyoimmüno test (Radioimmunoassay) RIG: Kuduz immünglobülini (Rabies immunoglobulin) RNA: Ribonükleik asit RPR: Rapid plasma reagin testi RSV: Respiratuvar sinsityal virüs (Respiratory syncytial virus) RT-PCR: Revers transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (Reverse transcription polymerase chain reaction) SAF: Sodyum asetat asetik asit formol (Sodium acetate acetic acid formalin) SARS: Ciddi akut solunum yetmezliği virüsü (Severe acute respiratory syndrome) SC: Subkutan SÇP: Sağlık çalışanı personel SDA: İplikçik değiştirerek çoğaltma (Strand displacement amplification)

xx

Kısaltmalar

SDA: Sabouraud dextrose agar sIgA: Salgısal IgA (Sekretuar IgA) sIgE: Spesifik immünglobulin-E (Specific immunogobulin E), SPS: Sodyum polietanol sulfonat ( Sodium polyanethole sulfonate) SRS-A: Slow reactive substance of anaphylaxis TB: Tüberküloz Tc: Sitotoksik T (Cytotoxic T cell) lenfositleri TCBS: Tiyosülfatlı sitratlı safra tuzlu sukrozlu agar (Thiosulfate citrate bile salts sucrose agar) TCR: T hücre reseptörü (T cell receptor) Td: Erişkin tipi difteri tetanoz aşısı Tdap: Tetanoz, difteri ve boğmaca aşısı TdaP: Tetanoz, erişkin tipi difteri, asellüler boğmaca aşısı TDT: Tüberkülin deri testi TGFb: Transforming Growth Factor-Beta TGF: Dönüştürücü büyüme faktörü (Transforming growth factor) Th: Yardımcı T (Helper T cell ) lenfositleri TIV: Trivalan inaktive influenza aşısı TLR: Toll-like reseptör TMA: Transkripsiyon bazlı çoğaltma (Transcription mediated amplification) TNF: Tümör nekrozu faktörü (Tumor necrosis factor) TPHA: Treponema pallidum hemaglütinasyon testi TPPA: Treponema pallidum partikül aglütinasyon testi TSH: Tiroid stimüle edici hormon (Thyroid stimulating hormone)

TSP: Temas sonrası profilaksi TTV: Transfüzyonla bulaşan virüs (Transfusion transmitted virus) TYM: Tripticase yeast extract maltose besiyeri UHESA: Ulusal Hastane Enfeksiyonları Sürveyans Ağı UV: Ultraviyole (Ultraviyolet) UVGI: Ultraviyole germisidal ışınlama (Ultraviyolet germisidal irradiation) ÜSE-KAT: Sonda ile ilişkili üriner sistem enfeksiyon hızı vacA: Vakuolize edici toksin VDRL: Venereal disease research laboratory VIG: Vaccinia virüs immünglobulin (Vaccinia immunoglobulin) VISA: Vankomisine azalmış duyarlılığı olan Staphylococcus aureus (Vancomycin intermediate Staphylococcus aureus) VİP: Ventilatörle ilişkili pnömoni VRE: Vankomisine dirençli enterokoklar (Vancomycin resistant enterococci) VRSA: Vankomisine dirençli Staphylococcus aureus (Vancomycin resistant Staphylococcus aureus) VTM: Viral taşıma besiyeri (Viral transport medium) VVK: Vulvovajinal kandidiyaz VZIG: Varisella zoster immünglobulini (Varicella zoster immunoglobulin) VZV: Varicella zoster virüs (Varicella zoster virus) WNV: Batı Nil virüsü (West Nile Virus)

I

GENEL MİKROBİYOLOJİ

1

Mikrobiyolojiye Giriş Doç. Dr. Özgül KISA

Mikrobiyoloji, birçoğu ancak mikroskopta görülebilen mikroorganizmaları inceleyen bir bilim dalıdır. Bu küçük canlılar aklınıza gelebilecek hemen her yerde yaşarlar.

Mikroorganizmalar, hem hava, toprak ve su gibi dış ortamlarda hem de deri, boğaz, burun, bağırsak gibi vücudumuzun çeşitli bölgelerinde bulunabilirler. Mikroorganizmaların faydalı ve zararlı etkileri vardır. Günümüzde, tıp alanında, endüstride, tarımda ve gıda sanayisinde mikroorganizmalardan faydalanılmaktadır. Örneğin sütün yoğurt ve peynire dönüşmesi bakteriler sayesinde olmaktadır. Diğer bir bakteri türü ise bazı çöp toplama merkezlerinde metan gazı üretimi için kullanılmaktadır. Endüstride kullanılan bu bakteriler gerekli ortam koşulları sağlandığında, ortamdaki maddeleri kullanarak kendisi için enerji depolarken solunumun son ürünü olarak da metan gazını dışarı vermektedir. Biyoteknolojik yöntemlerle mikroorganizmalardan antibiyotik, vitamin ve organik çözücü üretimi de gerçekleştirilebilmektedir. Bugün hemen herkesin en azından adını duymuş olduğu penisilin antibiyotiği ve diğer bazı antibiyotikler mikroorganizmalardan yararlanılarak üretilmektedir. Ancak, mikroorganizmaların

bazıları ya toksik bileşikler üreterek ya da doğrudan enfeksiyon oluşturarak insanlarda hastalık yapmakta ve patojen olarak tanımlanmaktadırlar. Mikrobiyoloji, bu gözle görülemeyen küçük canlıların özelliklerini, yüksek canlılarla ve birbirleriyle ilişkilerini inceleyen, bunların laboratuvar ortamında üretilmesi ve çeşitli yöntemlerle izole edilmesini gösteren geniş kapsamlı bir bilim dalı olup, birçok dallara ayrılmaktadır. Bunlar; Tıbbi Mikrobiyoloji, Veteriner Mikrobiyoloji, Çevresel Mikrobiyoloji (Toprak, Tarım, Su Mikrobiyolojisi), Endüstriyel Mikrobiyoloji ve Uzay Mikrobiyolojisidir (1-4) Tıbbi Mikrobiyoloji insanlarda hastalık yapan etkenleri inceler. Bu nedenle, tıp ve tıp ile ilgili tüm meslek grupları için temel bir bilim dalıdır. Mikroorganizmaların neden olduğu hastalıklar, tüm dünyada ve ülkemizde halen önemini korumaktadır. Enfeksiyon hastalıklarının önlenmesi ve tedavisi için, etken mikroorganizmaların tanımlanması gereklidir. Enfeksiyon etkenlerinin tanısı için laboratuvar incelemelerinin yapıldığı Tıbbi Mikrobiyoloji; Genel Mikrobiyoloji, Bakteriyoloji, İmmünoloji, Viroloji, Parazitoloji ve Mikoloji alt bilim dallarını kapsamaktadır (1).

3

4

Sağlık Bilimlerinde Mikrobiyoloji

Birçok enfeksiyon hastalığı, cilt veya mukoz membranlar üzerinde çoğalan mikroorganizmaların kolonizasyonu ile başlar. Bu mikroorganizmalar konağı etkilemeksizin uzaklaştırılabilir. Eğer kolonize olan mikroorganizmalar, konak savunma mekanizmalarından kurtularak konak dokularında çoğalırlarsa, ortaya çıkan metabolik ürünler enfekte konak dokusunda hasar veya işlev kaybı oluşturacak şekilde bir takım patolojik reaksiyonlara neden olurlar. Buna bağlı olarak enfeksiyon hastalığı gelişir ve konakta lokal ya da sistemik belirtiler görülür. Enfeksiyon hastalığına sebep olan bu etkenlerinin tanısı için, hastalardan alınan örnekler incelenirken bakteriler, virüsler ve mantarların birlikte bulunabileceği unutulmamalı, her birisi ayrı ayrı düşünülerek gerekli testler yapılmalıdır. İnsanın doğumunu takiben başlayarak vücudun çeşitli bölgelerinde bir hafta gibi kısa bir sürede oluşan bir bakteri florası meydana gelir. Normal flora adı verilen bu mikroorganizmalar insanı hastalıklara karşı koruyan bir bariyer olarak görev yaparlar. Bu yüzden, hasta örneklerinden inceleme yapılırken o bölgenin flora elemanları varsa bunların dışındaki mikroorganizmalar tespit edilecek şekilde çalışmalar yapılmalıdır (1,3,4).

Mikrobiyolojinin Tarihçesi Mikrop terimi, bilim dünyasında ilk kez Fransız cerrahı Charles Sédillot tarafından 1878’de kullanılmıştır. Mikroplar hakkında ilk kayıt, 1665 yılında Robert Hooke’un mikroskopla yaptığı incelemeleri kapsayan Mikrographa eserindedir. İlk mikroskobu bulan kişi Hollandalı Antonie van Leeuwenhoek ise, kendi yaptığı mikroskoplarla 1674’te protozoonları ve 1676’da bakterileri

görmeyi başarmıştır. Louis Pasteur, kuduz, tavuk kolerası ve şarbon hastalıkları üzerinde korunma ve aşılama ile ilgili araştırmalar yapmış, optimal koşulların dışında üretilmeye çalışılan mikroorganizmalar da bazı değişmelerin meydana gelebileceğini, özellikle, virülansta oluşan varyasyonların, aşılama ile koruyucu etki göstereceklerini saptamıştır. Araştırmacı, hayvanlardaki antraks hastalığına karşı hazırladığı iki attenüe suşla (Pasteur 1 ve 2) bağışıklık elde etmiş ve koyunları bu hastalıktan korumuştur. Zayıflatılmış kuduz virüsünün 14 gün uygulanması ile köpeklere bağışıklık verebilmiş, 1885’te aşıyı ilk defa bir insana uygulamıştır. Ayrıca yaptığı çalışmalarla fermantasyon, pastörizasyon ve sterilizasyonun esaslarını kurmuş; bu buluş cerrahlar için parlak başarılar sağlamıştır. Robert Koch, mikroorganizmaları saf üretebilmek için katı besiyerlerini geliştirerek karışık kültürlerden saf kültürler elde etmeyi başarmıştır. Şarbon hastalığının bulaş yolunu ve etkeninin (Bacillus antracis) sporlu olduğunu da saptayan Koch’un ikinci büyük başarısı, kendi adıyla anılan tüberküloz basilini bulmasıdır. Etkeni izole etmiş ve daha sonra tüberkülozlu hastaların tanısında çok yarar sağlayan bir biyolojik madde olan “tüberkülin”i de hazırlamıştır. Pasteur ve Koch’un çalışmalarından sonra, bu bilgilerin ışığında birçok hastalık sebebi olarak bakteriler düşünülmüş, birçok bilim adamının katkılarıyla difteri, kolera, lepra, tetanoz, sifiliz ve gonore hastalığının etkenleri tanımlanmıştır. Zamanla bakteriler ve yaptıkları hastalıkların listesi giderek genişlemiştir (1,2).

Bakteriler üzerinde yapılan çalışmalardan sonra, nedenleri saptanamayan birçok hastalıklar konusunda da yoğun araştırmalar yapılmaya başlanmıştır. Bakterileri geçirmeyen filtrelerin bulunması, bu yönde-

Sağlık Bilimlerinde Mikrobiyoloji

ki incelemeleri daha kolay hale getirmiştir. Fransız bakteriyolog Charles Chamberland, bakterilerin geçişine izin vermeyen porselen bir filtre imal etmiş ve Dimitri Ivanovsky tütün mozaik hastalığının etkeninin bu süzgeçten geçebildiğini göstermiştir.

Bu süzgeçlerden geçen mikroorganizmalara filtrabl (filtreden geçebilen) virüsler adı verilmiştir. Elektron mikroskobunun 1940 yılında bilim dünyasına sunulmasını takiben virüslerin fotoğrafları çekilebilmiş ve incelemeler sonucu hücresel yapıya sahip olmadıkları anlaşılmıştır. On dokuzuncu yüzyılın ilk yarısında Almanya’da Christian Gottfried Ehrenberg, protozooloji dalını bilim dünyasına takdim etmiştir. On dokuzuncu yüzyılın ortalarında Alman bilim adamı Karl von Siebold protozoonların tek hücreli canlılar olduğunu ortaya koymuştur. Günümüzde protozonların şark çıbanı, kala-azar, sıtma gibi hastalıkları yaptığı bilinmektedir.

Mantarlar, bitkilerde olduğu gibi, insan ve hayvanlarda da çeşitli hastalıklara neden olmaktadırlar. Berg, insanlardaki Candida albicans infeksiyonları üzerinde araştırmalar yapmış ve bulgularını yayımlamıştır. Sabouraud, medikal mikoloji üzerinde çok değerli çalışmalar yapmış ve bu konuda da bir kitap yayınlamıştır (5).

Mikroorganizmaların Sınıflandırılması Mikroorganizmalar, hücresel yapıda olanlar ve hücresel yapıda olmayanlar olmak üzere ikiye ayrılır. Hücresel yapıda olan mikroorganizmalar tek hücreliler (prokaryotlar ve ökaryotlar) ve çok hücreliler (helmintler ve artropodlar) olarak iki ana başlıkta incelenirler. Hücresel yapıda olmayanlar ise virüsler, viroidler, prionlardır (3).

5

Tek Hücreli Mikroorganizmalar Prokaryotik mikroorganizmalar içinde arkebakteriler, siyanobakteriler (mavi-yeşil algler) ve bakteriler yer almaktadır. Prokaryotik hücreler ökaryotik hücrelerden daha küçüktür. Prokaryotlar, nükleer membran (çekirdek zarı), mitokondri, golgi cisimciği veya endoplazmik retikulumu bulunmayan tek bir kromozoma sahip tek hücreli mikroorganizmalardır (3,4).

Bakteriler: Yapısal özellikleri en iyi bilinen mikroorganizma grubudur. Büyüklükleri türlerine göre farklılık gösteren (örn., çapı 0,3 µm olan mikoplazmalar ve boyu 500 µm olan spiroketler) bakterilerin çeşitli şekilleri vardır. Mikroskobik incelemede, kok, çomak ve spiral şeklinde görülmektedirler. Mikoplazmalar hariç hemen hemen bütün bakteriler hücre membranını saran ve bakteriye şeklini veren bir hücre duvarına sahiptir. Bakteriler, büyüklük, morfoloji ve boyanma özelliklerine göre sınıflandırılırlar. Klamidya, mikoplazma ve riketsiyalar önemli karakteristik yapısal bileşenler veya metabolik yeteneklerindeki eksiklikler nedeniyle tipik bakteri grubundan farklılık gösteren prokaryotik tek hücreli mikroorganizmalardır. Klamidyalar ve riketsiyalar zorunlu hücre içi parazitidirler. Mikoplazmalar hücre duvarının olmaması nedeniyle bakterilerden, yapay besiyerlerinde üretilebilmeleri ile virüslerden ayrılmaktadırlar (3,4). Ökaryotik mikroorganizmalar içinde ise, algler, protozoonlar ve mantarlar (küfler, mayalar) yer almaktadır (3,4).

Mantarlar: Hücre yapıları bitki ve hayvan hücrelerine benzetilmektedir. Çekirdek zarı ile çevrili çok kromozomlu çekirdekleri, mitokondri, golgi cisimciği ve endoplazmik retikulumu ile ökaryotik hücrenin

6

Sağlık Bilimlerinde Mikrobiyoloji

tüm özelliklerini göstermektedir. Mantarlar fotosentez yapmayan, genellikle saprofitik ökaryot mikroorganizmalardır. Mantarlar tek hücreli, aseksüel olarak çoğalabilen maya formunda veya filamentöz, hem aseksüel hem de seksüel olarak çoğalabilen küf formunda bulunurlar. Doğada yaklaşık olarak 300.000’in üzerinde mantar türü bulunmakla beraber, sadece 300 tanesinin insanlarda hastalık oluşturduğu bilinmektedir.

Mantarların insanlara yararlı ve zararlı etkileri vardır. Özellikle, ekmek, şarap, bira, ve peynir gibi endüstriyel ürünlerin yapılmasında mayalardan faydalanılmaktadır (3,4).

Protozoonlar: Tek hücreli, fotosentetik olmayan ve hücre duvarı bulunmayan ökaryotik mikroorganizmalardır. Protozoonların birçoğu serbest yaşarlar. İnsanlarda hastalık yapanlar ise, vücudun hemen hemen bütün doku ve organlarını enfekte edebilirler ve yerleşim yerlerine göre intestinal protozoonlar, ürogenital sistem protozoonlar, kan ve doku protozoonları olarak isimlendirilirler. Aseksüel ve seksüel olarak çoğalabilirler (3,4). Çok Hücreli Mikroorganizmalar Helmintler: Vücut yapıları kompleks, omurgasız, iki tarafı simetrik çok hücreli mikroorganizmalardır. Diğer adıyla solucanlar olarak bilinen helmitler, gelişmiş organellere ve metabolizmaya sahiptir. Boyutları (birkaç milimetre ile 10 metre arasında) ve hayat döngüleri nedeniyle diğer mikroorganizmalardan ayrılırlar (3,4).

Artropodlar: Ektoparazit olarak bilinirler. Patojen mikroorganizmaları taşımaları ve konağa zarar vermeleri nedeniyle enfeksiyon etkeni olarak kabul edilmektedirler.

Enfeksiyon etkenlerini vücudunda çoğalt-

madan taşıyarak veya vücudunda çoğaltarak insanlara bulaştırabilmektedirler (3,4).

Hücresel yapıda olmayan (Asellüler) Mikroorganizmalar Hücresel yapı ve metabolizmaları bulunmadığı için konak hücrenin fonksiyon ve yapılarını bozarak hastalık oluşturan mikroorganizmalardır. Prionlar ve viroidler <5 nm, virüsler ise yaklaşık 20-300 nm büyüklüğündedir (3).

Virüsler: Bir hücre morfolojisine sahip olmayan virüsler, konak hücreye girerek onun genetik yapısındaymış gibi davranarak kendisi için gerekli yapı taşlarını sentezletip hücreye zarar veren yapılardır. Çok küçük yapıda olduklarından normal mikroskopta görülemeyip ancak elektron mikroskobunda görülebilen canlılardır. Virüslerde, genetik yapı olarak ya sadece RNA ya da DNA ve onu çevreleyen bir protein kılıf bulunur (3,4).

Viroidler: Viroidler kılıf içermeyen tek iplikli RNA’dan meydana gelmiştir. Otonom olarak hücre çekirdeğinde replike olabilirler ve bitki hastalıklarına yol açarlar. İnsanlarda hastalık oluşturup oluşturmadıkları bilinmemektedir. Hepatit D virüsünün (delta virüs) tek iplikli RNA’sının insanlarda viroid benzeri patojen olabileceği belirtilmektedir (3).

Prionlar: Prionlar ise DNA ve RNA içermeyen protein yapısında moleküllerdir. Bu enfeksiyöz partikül, insanlarda kuru, Creutzfeld-Jacop hastalığı, fatal familyal insomnia, Gertzman-Strausller sendromu ve hayvanlarda Scrapie, deli dana hastalığı, geyiklerde kronik yorgunluk sendromu, sığır ve kedilerde süngerimsi (spongioform) ensefalopati, beyin hasarıyla karakterize klinik

Sağlık Bilimlerinde Mikrobiyoloji

tablolar oluştururlar. Prionlar ısı ve dezenfektanlara çok dirençli, immün yanıt ve antikor oluşturmayan protein yapılardır (3).

Kaynaklar 1. Anadolu Üniversitesi Açıköğretim Fakültesi. Erişim tarihi: 10 Mart 2013. Available from: http:// w2.anadolu.edu.tr/aos/kitap/EHSM/1213/unite01.pdf 2. Mikrobiyolojiye Giriş. Erişim tarihi: 10 Mart 2013. Available from: http://www.deu.edu.tr/Up-

7

loadedFiles/Birimler/16928/Mikrobiyolojiye Giriş 9F.pdf 3. Hasçelik G. Enfeksiyon etkenlerinin genel özellikleri. İçinde: Topçu AW, Söyletir G, Doğanay M (Editörler). Enfeksiyon Hastalıkları ve Mikrobiyolojisi. 3. Baskı, İstanbul: Nobel Matbaacılık, 2008;3-30.

4. Harvey RA, Champe PC, Strohl WA, Rouse H, Fisher BD. Introduction to Microbiology, Microbiology. Philadelphia, USA: Lippincott, Williams and Wilkins, 2001;1-6 5. Mikrobiyoloji. Erişim tarihi: 10 Mart 2013. Available from: http://tr.wikipedia.org/wiki/Mikrobiyoloji