Le Virus du fruit rugueux

Le Virus du fruit rugueux de la tomate brune (ToBRFV) inquiète les producteurs Alerte

Le ToBRFV étant un virus émergent particulièrement dangereux et la tomate étant une culture importante dans la région Euro-méditerranée, l’OEPP (Organisation Européenne et Méditerranéenne pour la Protection des Plantes) a décidé en Janvier 2019 de l’ajouter à sa liste d’alerte. Hôtes La tomate et le poivron sont les 2 principaux hôtes du ToBRFV. On rapporte aussi les pétunias et plusieurs espèces de Nicotiana (p. ex. : tabac) qui développent des symptômes, tandis que certaines mauvaises herbes telles que Chenopodium spp., Chenopodiastrum murale et Solanum nigrum peuvent servir de réservoirs du virus. Il y a également un cas documenté d’infection dans l’aubergine au Mexique. Symptômes Les infections virales sont sournoises, si bien qu’une plante infectée peut paraître tout à fait saine, selon son degré de tolérance. Elle devient alors un foyer d’infection insoupçonné et peut propager la maladie aux variétés saines, mais sensibles au virus. L’occurrence et la gravité des symptômes varient en fonction des variétés et l’âge de la plante au moment de l’infection. Les symptômes les plus graves sont observés sur des plantes infectées à un jeune âge. La variété de tomates et les conditions de croissance (température et lumière) affectent également l’expression des symptômes, tout comme la charge en fruits et l’état nutritionnel. Concernant les conditions ambiantes, le virus semble plus dommageable sous abri qu’en plein champ et l’infection frappe plus sévèrement en périodes de stress comme lors des chaudes périodes estivales ou des périodes froides hivernales. Les symptômes se développent généralement dans les 12 à 18 jours suivant l’infection, et la maladie peut entraîner des pertes de rendement de 30 à 70%, voire 100% dans certains pays. Les symptômes s’apparentent beaucoup à ceux du virus de la mosaïque du Pépino (PepMV) qui est un potexvirus, ainsi qu’aux 2 autres tobamovirus (virus de la mosaïque de la tomate [ToMV] et virus de la mosaïque du tabac [TMV]). - Sur tomate • Feuilles : chloroses (jaunissement), mosaïque ou marbrure, parfois plus étroites ou filiformes. • Calices (sépales des fleurs) : brunissement et nécroses aux extrémités. • Pétioles des feuilles et pédoncules : taches nécrotiques. • Fruits : taches pâles, jaunes ou brunes avec des symptômes pouvant être rugueux; maturation inégale; fruits déformés ou irréguliers; calibre ou nombre réduits; avortement. - Sur poivron • Feuilles : jaunissement, mosaïque ou déformation. • Fruits : déformation, jaunissement ou plages nécrotiques brunes ou des rayures vertes. Tobamovirus et ToBRFV Le virus de la tomate rugueuse brune a été identifié comme faisant partie du genre Tobamovirus, qui contient également le virus de la mosaïque du tabac et le virus Découvert en Israël en 2014, le Virus du fruit rugueux de la tomate brune (Tomato Brown Rugose Fruit Virus en anglais) s’est répandu ensuite en Jordanie (2015) et en Arabie saoudite. Depuis 2018, il a atteint l’Allemagne et la Californie qui tentent de l’éradiquer, alors que le Mexique serait plus fortement touché. En 2019 s’ajoutent à la liste : la Turquie, l’Italie, la Chine, la Palestine et le Royaume-Uni. Le virus est également rapporté, mais non confirmé, aux Pays-Bas, au Chili, en Éthiopie, au Soudan et la première détection canadienne, bien que non confirmée, aurait eu lieu en Ontario (2019). Cependant, d’autres pays pourraient être concernés par la nouvelle, même si ToBRFV n’est pas encore officiellement établi.

de la mosaïque de la tomate. Ces virus sont très stables à l’extérieur de leurs hôtes végétaux, ce qui est inhabituel pour les virus végétaux. Les particules de tobamovirus peuvent survivre dans les débris des cultures, sur les outils, les piquets, les treillis métalliques, les conteneurs, les bancs de serre et les plateaux de semis pendant des mois, voire des années. Ces virus sont transmis mécaniquement dans la sève végétale infectée, ce qui signifie que tout ce qui transfère la sève végétale infectée d’une plante à une autre peut propager la maladie. Par conséquent, le ToBRFV peut être facilement disséminé pendant les opérations de production commerciale, y compris la production de semis, le repiquage, l’élagage, le palissage, le liage, la pulvérisation et la récolte. Le TMV et le ToMV sont des virus transmis par les graines, et il est possible que le ToBRFV soit transmis sur les graines de tomate. Il a également été signalé que le ToBRFV peut se propager par les bourdons.

Modes de transmission Ce virus fait partie du genre Tobamovirus et est facilement transmissible par différents moyens :

Contact (mécaniquement) • Plante : tout ce qui peut transférer la sève d’un plant infecté à un autre lors des manipulations (plantation, travail sur les plants, pulvérisations, récoltes), par les restes de plantes ou matériel végétal infecté incluant les racines et le sol contaminé. • Visiteurs et travailleurs : mains, vêtements, appareils cellulaires ou autres, manipulation de fruits infectés (ex. : boîtes à lunch). • Équipements : outils de taille, contenants, boîtes, plateaux, cartons, palettes, chariots et voiturettes. • Structures : poignées de porte, lignes d’emballage et surfaces diverses. • Pollinisateurs et insectes ravageurs (broyeurs) qui se déplacent de plant en plant. Semences • Le virus reste viable plusieurs années, principalement logé en surface sur les téguments, plus rarement à l’intérieur dans l’endosperme. • On rapporte que la transmission des semences aux transplants est assez faible et que c’est finalement la manipulation des quelques plants infectés qui propagent la maladie.

Propagation • En pépinières (greffes ou boutures).

Mesures de contrôle Une fois que le virus est introduit dans une zone donnée, les mesures de contrôle sont très limitées et reposent principalement sur l’élimination des plantes infectées et sur des mesures d’hygiène strictes. Des méthodes de test (ELISA, RTPCR) sont disponibles pour détecter le virus, notamment dans la graine.

La vigilance est nécessaire pour éviter sa propagation, puisqu’il n’existe aucun moyen curatif. La PRÉVENTION et la BIOSÉCURITÉ en serre restent les meilleures alliées des producteurs. L’éradication est quasi impossible en serre, puisque sa présence est assez persistante dans l’environ- nement. En effet, ce virus est très stable en dehors des plantes hôtes et peut survivre des mois et des an- nées sur les surfaces en l’absence de plantes hôtes.

Résistance variétale Actuellement, aucune variété ne possède de gène de résistance contre ce virus. Par contre, la plu- part des variétés possèdent les gènes de résistance aux 2 autres principaux tobamovirus, dont le TMV et/ou le ToMV : 0-2 (races 0-1- 2), sans toutefois leur assurer une tolérance au virus ToBRFV. C’est différent dans le cas du poivron, puisque la résistance des variétés actuelles aux tobamovirus TMV et PMMoV semble leur conférer une certaine immunité contre le ToBR- FV. Le plus grand laboratoire public d’analyse de semences au monde à l’Université de l’IOWA (Iowa State University Seed Science- ISU-SSC) travaille actuellement avec le dé- partement de l’agriculture du Mexique pour identifier le virus et stopper sa propagation, particu- lièrement sur les semences. D’ail- leurs, propagateurs et grainetiers de partout dans le monde sont conscients du danger de trans- mission par les semences et les transplants, et prennent toutes les mesures disponibles pour désin- fecter et certifier leur matériel. Ils travaillent également de concert pour identifier les gènes de ré- sistance au ToBRFV. Cela devrait prendre quelques années avant de voir apparaître de nouvelles varié- tés résistantes sur le marché. A noter que même les variétés qui ne présentent que des symptômes bénins peuvent contenir des ni- veaux élevés de ToBRFV dans leurs tissus et peuvent servir de sources d’inoculum pour d’autres plants de tomates et de poivrons. Face aux problèmes phytosani- taires en général, beaucoup de semenciers travaillent dans des conditions hygiéniques strictes similaires afin d’empêcher l’appa- rition de nuisibles et maladies. Ils procèdent régulièrement à des inspections des champs et serres, les cultures étant également contrôlées par des organismes gouvernementaux externes de protection des végétaux. Les semences récoltées sont toujours testées quant à la présence de Tobamovirus. En ce qui concerne le test des semences, beaucoup de maisons grainières appliquent la méthode recommandée par l’ISHI pour le test des Tobamovirus qui détecte également le ToBRFV.

Gestion de la culture Il importe avant tout d’instaurer des mesures sanitaires préven- tives, puisqu’il n’existe aucune op- tion chimique ou biologique pour lutter contre les virus, mis à part des vaccins qui ont été dévelop- pés spécifiquement pour le virus de la mosaïque du Pépino dans la tomate. Les efforts pour gérer le ToBRFV se concentrent actuellement sur l’utilisation de semences et de plants repiqués propres et sur des pratiques d’hygiène strictes. Étant donné que le virus se propage fa- cilement sur les mains et les vête- ments, les travailleurs doivent être encouragés à se laver les mains régulièrement, à porter des vête- ments propres tous les jours et à désinfecter les chaussures avant et après leur entrée dans les serres, ou à porter des combinaisons je- tables et des couvre-chaussures propres et jetables en entrant dans les serres. Les travailleurs doivent se laver les mains avant et après avoir enfilé des gants. Lorsqu’ils déménagent dans de nouvelles serres, les travailleurs doivent se laver les mains et mettre de nou- veaux gants, combinaisons et couvre-chaussures. Les outils utilisés dans les opéra- tions de semis et de production de fruits doivent être régulièrement

désinfectés à l’aide de solutions d’agents de blanchiment domestique. Il a été démontré que ces désinfectants aident à prévenir la transmission mécanique de plusieurs virus de la tomate, y compris le TMV et le ToMV, ils peuvent donc également aider à réduire la propagation du ToBRFV. Il est important de surveiller la concentration des solutions désinfectantes tout au long de la journée pour garantir que la bonne concentration est maintenue. Les travailleurs devraient être regroupés pour travailler dans des zones à effet de serre spécifiques, et le mouvement des travailleurs entre les zones devrait être minimisé. Les piquets, les plateaux de semis et les surfaces des serres doivent être soigneusement nettoyés et désinfectés entre les semis. L’introduction de boîtes, de plantes et d’autres matériaux provenant de sources externes dans les serres doit être limitée. Certains producteurs demandent aux travailleurs d’éviter d’apporter au travail des aliments contenant des tomates et des poivrons, car ces articles peuvent être des sources du virus. Seules des semences et des plants sains doivent être utilisés. Les sociétés semencières testent souvent les lots de semences de tomates pour détecter la présence de tobamovirus (y compris le ToBRFV). Des méthodes de détection spécifiques sont recommandées par la Fédération internationale des semences (ISF). Les sociétés semencières peuvent appliquer des agents désinfectants sur les semences pour réduire la présence de particules virales infectieuses. Les traitements par voie humide et sèche des graines se sont également révélés efficaces pour réduire la présence de certains virus de tomate transmis par les graines. Étant donné que le ToBRFV est un virus, ces procédures peuvent également être efficaces pour réduire la présence de ce pathogène. Dans les serres contenant des plantes infectées, les spécialistes recommandent de supposez que toutes les plantes peuvent être infectées. Il faut aussi commencer par travailler dans des serres contenant uniquement des plantes saines avant de travailler dans des abris contenant des plantes suspectées d’être infectées par le ToBRFV et retirer et détruire toutes les plantes qui développent des symptômes dès que possible pour réduire le risque de propagation de la maladie. Pour minimiser l’expression des symptômes, les producteurs peuvent réduire le stress des plantes et fournir des conditions de croissance optimales. La promotion d’un bon équilibre entre la croissance générative et végétative en réduisant les charges de fruits peut aider à réduire le stress des plantes, tout comme assurer des niveaux adéquats de fertilisation aux stades critiques de la croissance.

Autres mesures préventives • Inspecter régulièrement les plants pour une détection hâtive. • En cas de doute, isoler le ou les plants suspects en les arrachant avec les racines, puis les déposer dans un sac pour éviter tout contact avec d’autres plants. • Par la suite, faire parvenir un échantillon de tissus symptomatiques à un laboratoire. • Dans le doute, restreindre l’accès et les déplacements dans la zone à risque de virus. • Éliminer et détruire (enterrer ou brûler) immédiatement les foyers infectés. Il peut être important de détruire les plants tout autour, puisqu’ils ont potentiellement été infectés lors des diverses interventions. • Dans un cas d’infection, la rotation avec une autre culture peut être une solution à envisager. Plus la rotation est longue, plus les chances sont grandes de se débarrasser du virus. • Désinfecter les couteaux et les sécateurs après chaque usage. • Installer des pédiluves et des tapis de désinfection avant d’entrer dans la serre en prenant soin de remplacer régulièrement la solution désinfectante. • Désinfecter les chariots de transport et de pulvérisation, et tout autre objet en mouvement qui entre en contact avec la culture. • Visiter toujours une zone à risque en dernier. • Entraîner le personnel à reconnaître les symptômes et les mesures d’hygiène de base pour limiter une éventuelle contagion. • Demander aux visiteurs de porter une combinaison, des gants, un bonnet et des couvre-chaussures, puis de les retirer et les jeter en sortant ou en changeant de site. • Fournir des combinaisons de travail propres au personnel; ces vêtements doivent rester sur place et être lavés avec une eau très chaude, puisqu’en théorie, ce virus est désactivé à une température plus élevée (90-100 °C durant 10 minutes) si on compare avec le virus de la mosaïque du Pépino (65-70 °C durant 10 minutes).

Détection Des méthodes comme le test ELISA (méthode immunoenzymatique) et RT-PCR (réaction en chaîne par polymérase à partir d’un échantillon d’ARN) sont actuellement disponibles, mais seul le RT-PCR spécifique au ToBRFV donne des résultats fiables. Les tests ELISA détectent les principaux virus TMV et ToMV et peuvent, par réaction croisée, détecter la présence d’un autre tobamovirus comme le ToBRFV sans l’identifier précisément.