Los retos fitosanitarios, contrario a lo que algunos señalan como resueltos con tecnología, continúan apareciendo en la horticultura sinaloense y mexicana. Los nematodos se han convertido en el principal dolor de cabeza de los productores y un verdadero desafío para la industria de agroquímicos y de biológicos en México y otras partes del mundo. Los daños económicos son altísimos.
Otro de los dolores de cabeza son las plagas como el picudo del chile que en la temporada 2014-2015 en Sinaloa causó graves perjuicios.