Setelah ditetapkannya Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan (Permendibud) Nomor 87 Tahun 2013 tentang Program Pendidikan Profesi Guru Prajabatan (PPG), UNY menjadi salah satu Lembaga Pendidik Tenaga Kependidikan (LPTK) yang ditunjuk sebagai pelaksananya. Hal itu diawali dengan pemberian reward kepada mahasiswa yang telah mengabdi sebagai Sarjana Mendidik Daerah Terdepan Terluar Tertinggal (SM3T) selama setahun. PPG diniatkan untuk meningkatkan profesionalitas guru dinilai tidak adil. Pasalnya, nonkependidikan juga dapat ikut serta.