KLINISK MIKROBIOLOGI & INFEKTIONSMEDICIN 5. UDGAVE Niels Høiby og Åse Bengård Andersen (red.)
FADL’s Forlag
Klinisk mikrobiologi & infektionsmedicin Niels Høiby og Åse Bengård Andersen (red.) 5. udgave, 1. oplag © FADL’s Forlag 2021 ISBN 978-87-93810-09-9 Projektledelse og forlagsredaktion: Joachim Sømark Illustrationer: Birgitte Lerche Grafisk opsætning: Kathinka Fennestad, KAT·ART Omslag: Lene Nørgaard, Le Bureau Tryk: AdVerts Printed in Latvia 2021 Mekanisk, fotografisk eller anden gengivelse af denne bog eller dele heraf er kun tilladt ifølge overenskomst mellem Undervisningsministeriet og Copy-Dan. Enhver anden udnyttelse uden forlagets skriftlige samtykke er forbudt ifølge gældende dansk lov om ophavsret. Tak for review: Karoline Willum Bødker, Mikkel Bak Jensen, Nikolaj Christian Torp og Jesper Amstrup.
FADL’s Forlag Skomagergade 15, 3. sal 4000 Roskilde Besøg os på fadlforlag.dk Eller skrive til redaktion@fadlsforlag.dk
INDHOLD Forfatterliste 7
Cellevæg, cytoplasmamembran og cytoskelet
Forord
9
L-former
42
54
Bakteriekapsler og slimlag Pili = fimbriae
INTRODUKTION
Flageller
55
56
Metylenblåtfarvningen
1.
Mikrobiologiens historie i korte træk 11
Gram-farvningen Bakteriel genetik
Mikrobiologi 17
64 68
Molekylær diagnostik og typning 77 Bakteriemetabolisme
3.
62
62
Genomets plasticitet
2.
54
Infektionsmedicinske principper og strategier 25
Energiproduktion
Infektionsmedicin
Bakterievækst
Biosyntese
25
Feber 26
82
84
88 90
Dyrkning af bakterier
93
Udredning og undersøgelse ved
Antibiotika og kemoterapeutika
febersygdomme
Sterilisation og desinfektion
26
Håndtering af infektionspatienter
28
Vurdering af mikrobiologiske prøver 30
5.
Systematisk bakteriologi
143
Empirisk behandling 32
Aerobe og fakultative Gram-positive
Adjuverende og immunmodulerende
bakterier
behandling 32
Forgrenede bakterier
Immunglobuliner som post-exposure
Nocardia
profylakse eller understøttende
Syrefaste bakterier
behandling 33
Gram-positive endosporedannende stave:
Hæmopoietiske vækstfaktorer 34
Bacillus og Clostridium 180
Ændret sygdomspanorama 34
Anaerobe Gram-positive og Gram-negative kokker
143 169
170 172
192
Anaerobe Gram-negative stave
BAKTERIOLOGI
194
Aerobe Gram-negative diplokokker og kokkobaciller
4.
109
131
195
Generel bakteriologi 37
Små kræsne (eng. fastidious) Gram-
Bakteriers nukleoid 39
negative stave
Cytoplasmaet
Ikke-fermenterende Gram-negative
Endosporer
41 41
stave
209
199
Aerobe kræsne Gram-negative
Almene infektionshygiejniske
vandbakterier
forholdsregler
214
310
Fakultative anaerobe Gram-negative
Isolationsforanstaltninger
stave 216
Antibiotikaprofylakse
314
317
Krumme og skrueformede, kræsne
Infektionspatogenese
bakterier
Principper for antibiotikabehandling
238
Chlamydiales og Chlamydia
318
Grundlaget for rationel
251
Rickettsiales, Coxiella, Bartonellaceae,
antibiotikaterapi
Ehrlichia 257
Behandlingens varighed
Mycoplasmatales
327 334
Empirisk antibiotikabehandling
260
Infektioner forårsaget af alger 264
Farmakogenetik
Normalflora
Biofilm og fremmedlegeme-
– den humane mikrobiota 264
infektioner
334
341
341
Eksempler på antibiotikavalg og
6.
Klinisk bakteriologi, infektionshygiejne og antibiotika behandling 271
Hurtigmetoder
infektioner
7.
Prøvetagning, forsendelse og prøvebehandling
daglig dosering ved udvalgte
272
342
Oral bakteriologi Indledning
277
385
385
Vigtige mundhulebakterier
387
Metoder til påvisning af antistoffer mod
Undersøgelse af mundhulens
bakterier
mikrobiota
278
392
Vurdering af diagnostiske test 278
Den orale mikrobiotas økologi
Sikkerhed i laboratoriet
Den dentale plaque
280
Klinisk mikrobiologi i Danmark
282
394
401
De bakterielt betingede sygdomme i
Infektion, smittekilder, smitteveje og
mundhulen
smittemåder
Karies’ mikrobiologi
283
407 408
Udbredelse af endemier, epidemier og
Betydningen af S. mutans 412
pandemier
De parodontale sygdommes
290
Infektionshygiejnens opgaver og
mikrobiologi
organisation
Endodontisk mikrobiologi
297
415 426
Sygehusinfektioner og infektionshygiejne
298
VIROLOGI
Sygehusinfektioner: Urinvejsinfektioner
302
8.
Sygehusinfektioner: Luftvejsinfektioner
302
Generel virologi Hvad er virus?
431
431
Sygehusinfektioner: Infektioner relateret til
Inddeling
brug af intravaskulære katetre 303
Replikation
Sygehusinfektioner: Postoperative
Infektionsforløbet
sårinfektioner
Diagnostik af virusinfektioner
305
Sygehusinfektioner: Gastroenteritis
307
Sygehusinfektioner: Hudinfektioner
308
431 432
Antiviral kemoterapi
434 444
437
327
9.
Systematisk virologi
451
De virale børnesygdomme
11.
451
Parasitologi Protozoer
601
601
Influenzavirus og andre
Protozoer i mave-tarm-kanalen mv.
respirationsvejsvirus
Toxoplasma gondii
459
Plasmodium spP. (malariaparasitter) 617
Picornavirus 472 Viral gastroenteritis Hepatitis-virus
474
Andre vektorbårne protozoer
482
Helminther
633
Herpesvirus-familien
Trematoder (ikter)
(herpesviridae)
Cestoder (bændelorm)
640
Nematoder (rundorm)
648
Eksotiske virus 517
Intestinale nematoder
648
Flaviviridae
Filarier
Retrovirus
495
509 517
Flaviviridae genus Flavivirus Togaviridae Filoviridae
518
Arthropoder
524 526
Register 669
Rabies-virus 527 Poxvirus
529
Prioner og prionsygdomme
530
MYKOLOGI 10. Mykologi 535 Generel mykologi 535 Systematisk mykologi Skimmelsvampe
542
561
Dimorfe svampe 569 Chromoblastomykose, mycetom og andre sjældne svampeinfektioner Svampetoksiner
584
586
Allergi og “building-related symptoms” 587 Nosokomielle infektioner forårsaget af svampe 588 Laboratorieinfektioner Antimykotika
589
590
Resistensbestemmelse Genus Pneumocystis
658
660
Parasitologisk diagnostik
526
Arenaviridae
633
654
Andre nematoder
523
Bunyaviridae
603
613
593 596
Supplerende litteratur 599
663
627
FORFATTERLISTE REDAKTØRER
Leif Percival Andersen
Niels Høiby
Overlæge
Professor, overlæge, dr.med.
Klinisk Mikrobiologisk Afdeling
Institut for Immunologi og Mikrobiologi
Rigshospitalet
Københavns Universitet & Klinisk Mikrobiologisk Afdeling
Michael Kemp
Rigshospitalet
Professor, overlæge dr. med. Syddansk Universitet
Åse Bengård Andersen
& Den Regionale Mikrobiologiske Afdeling,
Professor, overlæge, dr.med.
Region Sjælland
Infektionsmedicinsk Afdeling Rigshospitalet & Københavns Universitet
ORAL BAKTERIOLOGI Nils-Erik Fiehn
BAKTERIOLOGI
Lektor, dr.odont.
Niels Høiby
Odontologisk Institut
Professor, overlæge, dr.med.
Københavns Universitet
Institut for Immunologi og Mikrobiologi Københavns Universitet
Tove Larsen
& Klinisk Mikrobiologisk Afdeling
Lektor, ph.d.
Rigshospitalet
Oral Mikrobiologi, Odontologisk Institut Københavns Universitet
Oana Ciofu Lektor, dr.med., ph.d. Institut for Immunologi og Mikrobiologi
VIROLOGI
Københavns Universitet
Allan Randrup Thomsen Professor, dr.med.
Claus Moser
Institut for Immunologi og Mikrobiologi
Professor, overlæge, ph.d.
Københavns Universitet
Institut for Immunologi og Mikrobiologi Københavns Universitet
Jan Gerstoft
& Klinisk Mikrobiologisk Afdeling
Professor, overlæge, dr.med.
Rigshospitalet
Infektionsmedicinsk Afdeling Rigshospitalet & Københavns Universitet
Claus Bohn Christiansen
INFEKTIONSMEDICIN
Overlæge, ph.d.
Åse Bengård Andersen
Mikrobiologisk Afdeling
Professor, overlæge, dr.med.
Lunds Universitetshospital
Infektionsmedicinsk afdeling
Sverige
Rigshospitalet & Københavns Universitet
MYKOLOGI Ditte Marie Saunte
ELEKTRONMIKROSKOPIFOTOS
Lektor, overlæge, ph.d.
Jens Blom
Dermatologisk afdeling
Laboratorieleder, cand.med.
Sjællands Universitetshospital i Roskilde
Elektronmikroskopilaboratoriet
& Institut for Klinisk Medicin
Statens Serum Institut
Københavns Universitet Jytte Westergaard Maiken Cavling Arendrup
Lektor, lic.odont.
Fagchef, professor, overlæge, ph.d., dr.med.
Parodontologi, Odontologisk Institut
Afdeling for mikrobiologi og infektionskontrol
Københavns Universitet
Statens Serum Institut & Institut for Immunologi og Mikrobiologi,
Britt Winkel
Københavns Universitet
Tegner og fotograf Institut for Immunologi og Mikrobiologi
Thor Grundtvig Theander Professor, dr.med. Institut for Immunologi og Mikrobiologi Københavns Universitet Jørgen Anders Lindholm Kurtzhals Professor, overlæge, ph.d. Institut for Immunologi og Mikrobiologi Københavns Universitet & Klinisk Mikrobiologisk Afdeling Rigshospitalet
Københavns Universitet
FORORD Klinisk mikrobiologi og infektionsmedicin er den
præsenteres de vigtigste principper for profylak-
5. udgave af Basal og klinisk mikrobiologi, der ud-
se og terapi af infektionssygdomme. De vigtig-
kom første gang i 1993, og som skiftede til det nu-
ste eksamensrelevante begreber er opført i fak-
værende navn i 2008.
tabokse. Nye forfattere er kommet til, og andre
Femte udgave er blevet opdateret og revide-
er fratrådt, men kernen i forfatterteamet er den
ret, så indholdet er på højde med den teknologi-
samme som i forrige udgave af bogen. Før hvert
ske udvikling, der finder sted i disse år, og som
kapitel findes nu et kort resumé, og efter hvert
præger både profylakse, diagnostik, behandling
kapitel findes test-selv-spørgsmål – begge dele
og forståelse af patogenesen af infektionssyg-
med det formål at give den studerende de bedste
domme og af mikroorganismernes egenskaber
forudsætninger for at forstå stoffet.
og evolution.
Klinisk mikrobiologi og infektionsmedicin er
Bogen henvender sig til medicinske, odonto-
som forrige udgave yderst velillustreret, og der er
logiske, humanbiologiske, veterinærmedicinske
lagt vægt på en god og pædagogisk fremstilling
og bioanalytiske studerende og til læger og tand-
af stoffet.
læger og andre akademikere med interesse for
Klinisk mikrobiologi og infektionsmedicin præ-
klinisk mikrobiologi og infektionsmedicin. One
tenderer ikke at være en omfattende lærebog på
Health-begrebet, hvor zoonotiske sygdomme og
linje med en række udenlandske lærebøger i ge-
resistensudvikling hos bakterier medfører gen-
nerelle og specielle mikrobiologiske områder el-
sidige problemer for dyrlæger og læger, har fået
ler klinisk mikrobiologiske håndbøger. Bogen er
stigende betydning og et fælles One Health-kur-
derimod tilpasset det danske medicinske behov,
sus for dyrlæge- og lægestuderende har nu været
i lyset af at klinisk mikrobiologi er et medicinsk
obligatorisk ved Københavns Universitet, hvor
speciale, som alle danske læger har berøring med
de to studier nu begge hører under det Sund-
i deres faglige hverdag.
hedsvidenskabelige Fakultet. Bogen er tilpasset den nuværende studieordning på de fire dan-
Niels Høiby og Åse Bengård Andersen
ske medicinske fakulteter i København, Aarhus,
April 2021
Odense og Aalborg, hvor undervisningen i medicinsk mikrobiologi er blevet mere integreret med de kliniske fag, især infektionsmedicin. Derfor er infektionsmedicinske afsnit indført mange steder i bogen, ligesom det blev gjort i 4. udgave. Bogen omfatter det faglige stof, som er nødvendigt for at følge undervisningen og bestå eksamen i medicinsk mikrobiologi og – ikke mindst – for senere at kunne udnytte de kliniske mikrobiologiske afdelinger og Statens Serum Instituts afdelingers diagnostiske og terapeutiske muligheder til gavn for patienterne. Yderligere