Numa das salas temáticas situadas no piso 2 encontra-se exposto o imponente retábulo pintado por António Nogueira por volta de 1565 para a Igreja do Espírito Santo que foi arrasada, saqueada e depois demolida em 1911. À guarda da Santa Casa da Misericórdia desde essa nefasta data, este Retábulo com três metros e oitenta e dois centímetros de comprimento por dois metros e sessenta e dois de largura foi muito provavelmente a ultima obra de António Nogueira e, certamente, o seu melhor trabalho onde se evocam oito episódios da vida de Cristo - Anunciação, Natividade, Adoração dos Reis Magos,Baptismo,Transfiguração,Ressurreição,Ascensão e Pentecostes.