O Batistério: mantém-se na íntegra, acede-se pelo nártex, com seu portal ogival cuja arquivolta exterior é querenada e acabado por esfera armilar, símbolo régio, ou por portal aberto na nave lateral do lado do Evangelho, ambos com capitéis vegetalistas. Uma abóboda de cruzaria de ogivas, com bocete floral ao centro, e é baseado por colunelos assentes sobre impostas e executadas mísulas com decoração de cordame. As paredes de alvenaria pintada de branco deixam ver recortadas nos quatro topos a cruz da Ordem de Cristo e o símbolo régio da esfera armilar. Sob as cruzes, no eixo ogival, reponsam grandes armas reais portuguesas pintadas.
A ourivesaria sacra na sua maioria está exposto do Museu de Arte Sacra do Funchal, o conjunto de peças oferecidas por D. Manuel I e que em parte ainda substituem. Do tesouro da Sé, hoje também no Museu de Arte Sacra, ainda um cálice de prata dourada com esmaltes, de linguagem manuelina, uma escultura de vulto de Nossa Senhora do Rosário. As sacras são tabelas com alguns textos imutáveis da missa, colocadas sobre o altar com auxiliar de memória para o celebrante. Entre as sacras podemos ver, na de maior, um medalhão com o trigrama “ JHS “ envolvido por uma banda com uma interessante inscrição do livro de Isaías (24): “ Glorificai nas ilhas do mar o nome do Senhor”- uma alusão, talvez, à especificidade geográfica do lugar- a Ilha para a qual foram concebidas estas sacras.
Design de Margarida Medeiros
O Cadeiral dos Cónegos é uma obra manuelina de excelência e foi recentemente atribuído ao Mestre Machim Fernandes, até 1512 o cadeiral de Santa Cruz de Coimbra, com semelhanças com o do Funchal. A estrutura compositiva e decorativa do Cadeiral do Funchal têm parecenças com o da Catedral de Yuste, em Espanha, onde modelos do gótico final mostram igualmente elementos do protorrenascimento. Tem um santoral corrido ao longo da fiada de cadeiras superiores, designada aos capitulares, assentes em estreitas bases A pia de água benta da Sé, com repinte grosseiro nos dias de hoje, de recorte sextavado com base troncocónica e elemento encordoado, também em mármore brecha da Arrábida, como a mesa do altar-mor.
A nave central é separada pelo cruzeiro, da capela-mor, cuja construção foi oferecida por D.Manuel I. O arco triunfal apresenta duas arquivoltas quebradas, com elegantes capitéis, esculpidos com cenas zoomórficas. Capela-mor: Ao contrário das naves, apresenta, como nas capelas laterais, uma abóboda nervada de cruzaria de ogivas, decorada com bocetes heráldicos, em cadeia longitudinal, a esfera armilar, Cruz de Cristo e as armas reais, para além de elemento vegetalistas. Na capela-mor, ,o retábulo é a única estrutura que permanece “in situ”(Italiano), no conjunto da pintura primitiva portuguesa conhecida.