O Batistério: mantém-se na íntegra, acede-se pelo nártex, com seu portal ogival cuja arquivolta exterior é querenada e acabado por esfera armilar, símbolo régio, ou por portal aberto na nave lateral do lado do Evangelho, ambos com capitéis vegetalistas. Uma abóboda de cruzaria de ogivas, com bocete floral ao centro, e é baseado por colunelos assentes sobre impostas e executadas mísulas com decoração de cordame. As paredes de alvenaria pintada de branco deixam ver recortadas nos quatro topos a cruz da Ordem de Cristo e o símbolo régio da esfera armilar. Sob as cruzes, no eixo ogival, reponsam grandes armas reais portuguesas pintadas.
A ourivesaria sacra na sua maioria está exposto do Museu de Arte Sacra do Funchal, o conjunto de peças oferecidas por D. Manuel I e que em parte ainda substituem. Do tesouro da Sé, hoje também no Museu de Arte Sacra, ainda um cálice de prata dourada com esmaltes, de linguagem manuelina, uma escultura de vulto de Nossa Senhora do Rosário. As sacras são tabelas com alguns textos imutáveis da missa, colocadas sobre o altar com auxiliar de memória para o celebrante. Entre as sacras podemos ver, na de maior, um medalhão com o trigrama “ JHS “ envolvido por uma banda com uma interessante inscrição do livro de Isaías (24): “ Glorificai nas ilhas do mar o nome do Senhor”- uma alusão, talvez, à especificidade geográfica do lugar- a Ilha para a qual foram concebidas estas sacras.
Design de Margarida Medeiros
O Cadeiral dos Cónegos é uma obra manuelina de excelência e foi recentemente atribuído ao Mestre Machim Fernandes, até 1512 o cadeiral de Santa Cruz de Coimbra, com semelhanças com o do Funchal. A estrutura compositiva e decorativa do Cadeiral do Funchal têm parecenças com o da Catedral de Yuste, em Espanha, onde modelos do gótico final mostram igualmente elementos do protorrenascimento. Tem um santoral corrido ao longo da fiada de cadeiras superiores, designada aos capitulares, assentes em estreitas bases A pia de água benta da Sé, com repinte grosseiro nos dias de hoje, de recorte sextavado com base troncocónica e elemento encordoado, também em mármore brecha da Arrábida, como a mesa do altar-mor.
A nave central é separada pelo cruzeiro, da capela-mor, cuja construção foi oferecida por D.Manuel I. O arco triunfal apresenta duas arquivoltas quebradas, com elegantes capitéis, esculpidos com cenas zoomórficas. Capela-mor: Ao contrário das naves, apresenta, como nas capelas laterais, uma abóboda nervada de cruzaria de ogivas, decorada com bocetes heráldicos, em cadeia longitudinal, a esfera armilar, Cruz de Cristo e as armas reais, para além de elemento vegetalistas. Na capela-mor, ,o retábulo é a única estrutura que permanece “in situ”(Italiano), no conjunto da pintura primitiva portuguesa conhecida.
O Senhor Bom Jesus está no cruzeiro, num dos braços do transepto, do lado da Epistola, uma estrutura de madeira entalhada e dourada, datada de 1677, da autoria do imaginario Manuel Pereira e sua equipa. No outro lado do cruzeiro está o altar de Santo António que foi primitivamente mandado erguer em tempo do bispo D.Fernando de Távora, em 1572. Foi encomendado por Álvaro de Ornelas Savedra e sua segunda mulher Branca Fernandes de Abreu. A configuração atual data de finais do seculo XVII, ou XVIII, apresenta na seção inferior, quatro colunas pseudosalomonicas de talha esculpida.
A construção da Sé liga ao valor urbanístico para o centro administrativo da vila do Funchal, a área de crescimento de uma futura cidade de novos símbolos do poder real. Na margem a poente da vila, entre as ribeiras de Santa Luzia e São João, distante do Funchal, os artesões viviam no circulo da primitiva capela de Nossa Senhora do Calhau. D. Manuel I, clarificou acintosamente a pertença e proximidade, com a criação do bispado no Funchal, em 1514. Em 1493 o duque delimita o início das obras e denomina João Gomes como seu vedor. O projeto avançou com desânimos e falta de financiamento, com chamadas de atenção do rei, sobre a desleixada cobrança do imposto do vinho. A Alfândega retira 1000 arrobas de açúcar, para o custo das obras.
Ao alto uma elegante rosácea, com grilhagens de fino corte, desenvolvendo por motivo central uma delicada cruz de cristo, que remata também as empenas no seu eixo central, sobre base alteada. O portal em ogivas de oito arquivoltas, com o último alteado, onde se inscreve o que parece uma custodia e é rematado com as armas portuguesas. As arquivoltas do portal apresentam uma requintada decoração de folhagens e frutos nos capitéis e no penúltimo dos arcos ogivais de remate de toda a composição do portal.
A Capela de absidais apresenta arcos quebrados de elegantes capitéis com cenas vegetalistas e animais. Na frente da capela do Santíssimo, do lado da epístola, uma estrutura de talha enquadra uma pintura retangular de cantos arredondados, uma Última Ceia. Dois anjos tenentes, saídos da mão de um imaginário local, ladeiam o arco quebrado envoltos numa estrutura arquitetónica de maior simplicidade, cujo friso separa a zona superior. No alinhamento central, em baixo, o sacário de finos recortes vazados e estrutura gótico final. Ao centro, em nicho profundo sobre base coeva está a imagem de Nossa Senhora da Assunção de linguagem barroca.
Em 12 de junho de 1514 a igreja toma o título de Sé da nova diocese, por bula do Papa Leão X, sagrada no dia 18 de outubro de 1517 por D.Duarte, bispo de Dume, enviado à Madeira por D. Diogo Pinheiro, vigário geral de Ordem de Cristo. A Torre: Grande proporção e de seção quadrada, junto ao transepto do lado do Evangelho, expõe grande escadaria de acesso ao caracol,cantaria basáltica, duas salas, a primeira com abóbada nervada com bocetes e porta de arco quebrado de acesso ao antigo coro e piso no alto com vãos de arcos ogivais nas quatro direções. Terminada por eirado, com ameias de efeito decorativo, troncocónico e um coruchéu de azulejos mudéjares, monocromos, a verde, azul, branco, mel e castanho.
A Cabeceira: É forrada a cantaria vermelha, com abside facetada, com quatro contrafortes de andares escadeados, com frisos separadores, sustentando a abóboda da capela-mor. Tem gárgulas facetadas para escoamento de aguas dos terraços e acabam em pináculos troncocónicos concluídos por esferas. A cabeceira tem duas longas frestas rampeadas com arco ogival, com capiteis vegetalistas a noroeste e de cariz antropomórfico a sudoeste. A caracterização estilística deve integrar-se no sentido do gótico final, gótico quatrocentista pós- batalhino, onde uma raiz despojada ganha uma carga decorativa, sob diversas influências, princípios estilísticos multiculturais, de geografias e posições conceptuais muito diversas ou até mesmo antagónicas.