Test Prenatal No Invasivo (TPNI)
¿Qué es? Método de cribado prenatal que identifica el ADN fetal (cfADN) que circula en el plasma materno e informa del riesgo de anomalías cromosómicas fetales. Trisomías mas frecuentes: T21, T18 y T14; aneuploidias sexuales: X0, XXX, XXY y XYY y síndromes de microdeleción. El ADN fetal se encuentra altamente diluido en el ADN materno, representando aproximadamente el 10 % del ADN total.7 Además existe una correlación positiva entre «fracción fetal» y la edad gestacional; y una correlación negativa con el peso materno.
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¿Cómo se analiza? El ADN fetal se encuentra altamente diluido en el ADN materno, representando aproximadamente el 10 % del ADN total.7 La determinación precisa del ADN fetal requiere de técnicas de Next generation secuencing (NGS) y estrategias de análisis bioinformáticas. Actualmente se utilizan principalmente dos métodos de análisis diferentes para realizar el TPNI:
MÉTODO DE CONTAJE por MPSS Secuenciación masiva en paralelo
ANÁLISIS DE SNPS Secuenciacion de regiones polimórficas (SNPs)
Su tecnología Único TPNI que amplifica y secuencia polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) para identificar el ADN fetal. Esta propiedad de los SNPs permite diferenciar el genotipo fetal del materno con gran precisión.
Figura 1
Utiliza algoritmo propio llamado NATUS (Next Generation Aneuploidy Test Using SNPs ) que tiene en cuenta la información obtenida de la secuenciación del ADN materno, obtenido a partir de sus leucocitos, y la secuenciación del ADN total libre (ADN materno + ADN fetal) en plasma para deducir el genotipo fetal de forma robusta incluso en fracciones fetales tan bajas como el 4%.
Sensibilidad y especificidad •
Único método de análisis que no requiere de un cromosoma de referencia para determinar el número de copias de los cromosomas fetales.
•
Permite diferenciar el genotipo materno del fetal y el único que confiere un excepcional poder de detección de la triploidía, anomalía que se estima afecta a uno de cada 1500 fetos de 10 a 14 semanas.8
•
Todo ello posibilita un mayor control de calidad, alcanzando valores de sensibilidad y especificidad > 99 %. (Ver Tabla 2).
Sensibilidad y especificidad Condici贸n T21 T18 T13 Triploidia MX
Combinado
Sensibilidad1
Especificidad1
FP2 %
FN2 %
VPP2 %
100 96 100 >99 90
100 99.9 100 >99 99.9
0.07 0.01 0.07 0 0.05
0.01 0 0 0 0
91 93 38
98.5%
99.8
0,2%
0,01%
83%
50
Tabla 2
S铆ndrome
Sensibilidad
especificidad
VPP %
FP %
22q11.2
97.8
>99
18,5.-18.34
0.385-0.764
Angelman
95.5
>99
3.83
0
Prader-Willi
93.8
>99
4.63
0
Cri-du-chat
100
>99
5.33
0.24
1p36 deletion
100
>99
173
0
Tipos de TPNI
Ventajas El análisis de SNPs proporciona resultados globales superiores en la detección de las trisomías 21, 18 y 13 y la monosomía X, así como la determinación del sexo del feto. • MENOS FALSOS POSITIVOS Menor número de procedimientos invasivos innecesarios, en comparación con los métodos de detección bioquímicos y ecográficos, además de tranquilizar a los padres en una fase temprana. Principales causas de falsos positivos son: • •
Gemelo evanescente: Panorama es el único TPNI capaz de detectarlos. Contribución materna: El análisis separado del genotipo materno permite reconocer anomalías genéticas maternas relevantes y evita la atribución incorrecta al feto.
Ventajas •
MENOS FALSOS NEGATIVOS
La baja tasa de resultados falsos negativos implica una detección más temprana de los fetos afectados que concede a padres y médicos más tiempo para prepararse. Principales causas de falsos negativos son:
• •
Baja fracción fetal: El análisis de SNP mide y ajusta el algoritmo en función de la fracción fetal. Triploidias: Solo el análisis de SNPs detecta las triploidias porque no depende del cromosoma de referencia.
Ventajas •
Informe de resultados con puntuación de riesgo personalizada y fracción fetal.
•
Único TPNI que distingue ADN fetal de ADN materno.
•
Apropiado para todos los pacientes: validado para embarazos de alto riesgo y de bajo riesgo.
•
Determinación del sexo fetal excelente.
•
Alta precisión para las microdeleciones.
•
Mas de 3.000 SNPs por cromosoma evaluado que no se ven afectados por origen étnico.
Experiencia Pacientes Edad < 35 años
Edad > 35 años
Nº Pacientes
1963
5254
Edad materna media ( años)
31,8
38,3
Fracción ADN fetal
10,6%
10,2 %
Peso materno medio( kg)
62,28
63,55
Semana gestación media
13,5
Experiencia Resultados Casos Nº casos
%
7337
Resultados cancelados/ excluidos (Haplobloques maternos , gestación múltiple, cancelados)
12
Nº casos analizados
7325
Resultados 1ª toma
7130
97,33%
Solicitud nueva muestra (Redraws)
195
2,7%
Casos con resultados
7217
98,55%
Casos sin resultado concluyente
108
1,45%
Falsos Positivos %
3
0,04%
Falsos Negativos %
2
0,03%
Alto riesgo
7217
T21 T18 T13 MX
108 13 10 11
1,5% 0,2% 0,1% 0,2%
Falsos Positivos: 1 T21, 1 T13, 1 MX (Cromosoma Y alterado motivo de la no detección en el TPNI). Falsos Negativos : 1 T21 y 1 T13. (Ambos con datos ecográficos anómalos) Principal causa de solicitud de nueva muestra: baja fracción fetal. Casos sin resultado principalmente por baja fracción fetal