El territorio de la subcuenca del Río Los Perros se encuentra ubicado en el Estado de Oaxaca.
El Río Los Perros nace en la Sierra de Chimalapa, en el municipio de Guevea de Humboldt atravesando los municipios de Juchitán de Zaragoza, Santa María Xadani, Asunción Ixtaltepec, El Espinal, Ixtepec y Santo Domingo Chihuitán. Donde los fenómenos perturbadores a nivel regional son de origen geológico e hidrometeorológicos.