Sejarah PPI Belanda sebagai salah satu organisasi Perhimpunan Pelajar Indonesia tertua, dalam sejarahnya mengalami periode naik-turun. Sejak dibentuk tahun 1922 (Perhimpunan Indonesia) hingga masa kemerdekaan, PPI Belanda sangat eksis. Setelah itu diselenggarakan pertemuan pembentukan di Delft (1963) dan Wageningen (1989). Setelah periode 1998, terjadi missing link hingga 2001. Yohanes Masboi Widodo dari JONG Indonesia menuliskan kembali kisah kelahiran kembali PPI Belanda periode 2001-2005.
2001-2003: PPI Belanda Mulai Bangkit Menurut Rizal, rintisan PPI Belanda sudah dimulai sejak 2003 oleh Nuki, Apif dan kawan-kawan, serta didukung oleh atase pendidikan dan kebudayaan (atdikbud) waktu itu. Ketika itu, Pak Andi (Adikbud KBRI) sangat aktif memfasilitasi dengan mengundang PPI kota dalam sebuah konferensi di Den Hag. Di sana tercetus ide pembentukan kembali PPI belanda yang sempat 'tidur' pasca 1998, dengan pembentukan Steering Comitee pembentukan PPI-Belanda di Rotterdam. Pejabat Atdikbud berikutnya, Muhajir, juga banyak memfasilitasi PPI Belanda sehingga bisa 'kembali' menunjukkan ekistensinya di masyarakat international. “Meskipun sesudah itu, kita sendiri yang jalan dengan maksud meminimalisasi 'campur-tangan' pemerintah di pendirian PPI Belanda pada saat itu,� ujar Rizal. Menurut Nuki Agya Utama, proses pembentukan 'kembali' PPI Belanda ini tidak semulus rencana awal. Namun, dengan segala upaya mencari database, berkoordinasi, rapat-rapat, YM-an. Pada tanggal 24 Januari 2004 berlangsung rapat di sebuah aula di Arnhem, dihadiri oleh Nuki Agya Utama, Apif Hajji (mantan Ketua PPI Arnhem), Rizal Riboel dan Awan (saat itu Ketua PPI Arnhem). Albert datang bersama Reggy (Ketua PPI Rotterdam), Rully Ruliadi (wakil Ketua PPI Rotterdam) dan Khrisma Fitriasari yang kemudian menjadi Ketua PPI Rotterdam menggantikan Reggy. Pada diskusi di Arnhem, 24 Januari 2004, atase pendidikan dan kebudayaan, Muhajir menjelaskan perannya hanya sebagai perantara antara mahasiswa dengan KBRI untuk berkomunikasi, salah satunya dengan mengadakan seminar mengenai peranan pelajar dalam diplomasi NKRI. Dalam hubungannya dengan PPI Belanda, Muhajir membahas beberapa hal, antara lain: pentingnya regenerasi dan komitmen dari pelajar di Belanda terhadap PPI Belanda, keperluan dana akan dibantu oleh KBRI dan PPI Belanda diharapkan bisa berusaha untuk mencari sponsor dari pihak swasta, kelengkapan AD/ART PPI Belanda, bagaimana keinginan anggota PPI Belanda dalam hubungan dengan batasan intervensi KBRI dalam organisasi PPI Belanda, dan keinginan Atase Pendidikan dan Kebudayaan agar PPI Belanda bisa mengangkat nama Indonesia di negara-negara Eropa pada umumnya dan negara Belanda pada khususnya. Mereka sepakat untuk mendeklarasikan kembali PPI Belanda. Mereka memutuskan, pertama, struktur organisasi PPI terdiri dari Badan Koordinasi (Eksekutif) yang diketuai oleh Yurdi Yasmi (Wageningen) dan Majelis Perwakilan Anggota (Legislatif) dimana Albert F.H. Simorangkir (Rotterdam) sebagai Sekretaris Jenderal. Selain itu juga dibetuk badan Pekerja yang diketuai oleh Nuki dan Apif yang menjadi inisiator utama berdirinya lagi PPI Belanda yang sempat vakum. Kedua, Ketua PPI dan Wakil Ketua PPI berasal dari kota yang berlainan. Kota dari Ketua adalah Kota PPI Belanda (host) dan kota Wakil Ketua PPI Belanda adalah kota yg akan jadi host di tahun berikutnya. Ini dilakukan agar semua PPI Kota mempunyai sense of belonging terhadap PPI Belanda, mendorong kota-kota yang belum memiliki PPI Kota agar terdorong menjadi host PPI Belanda dan memberi waktu unutk kota berikutnya yang menjadi host agar ada waktu mempersiapkan diri menjadi host PPI Belanda pada periode berikutnya. Pada saat itu juga diputuskan untuk mengadakan rapat di KBRI Den Haag, 14 Februari 2004 yang dibatalkan dan dilakukan rapat berikutnya pada 21 Februari 2004. Rapat MPA dan KBRI di Wageningen, Sabtu, 21 Februari dengan agenda pemilihan perangkat MPA dan membahas kelengkapan PPI Belanda menuju pengesahan dan pembentukan PPI Belanda. Perangkat dimaksud adalah Garis-garis Besar Haluan Perhimpunan (GBHP), Tata Tertib MPA, Pelaksanaan sidang