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ÉTUDIER LES COMMUNAUTÉS MICROBIENNES DES PHOQUES

PUBLI-COMMUNIQUÉ

Photo ci-dessus : phoques gris dans le goulet du Grand Barachois, à Saint-Pierre-et-Miquelon. © OFB | Laurent Malthieux

La crise sanitaire mondiale que nous vivons montre l’intérêt de mieux analyser les interactions entre la faune sauvage, parfois protégée, et les activités humaines. Au Grand Barachois, sur l’îlede Miquelon, deux espèces de phoques – phoque gris Halichoerus grypus et phoque veau-marin Phoca vitulina – cohabitent et la question de leur impact sur la qualité des coquillages pourrait constituer un sujet d’inquiétude.

Le projet « Phobi », financé par la direction scientifique de l’Ifremer, vise à décrire les communautés microbiennes des phoques par des approches de métagénomique et de métabarcoding, afin de développer un marqueur spécifique des contaminations par les phoques.

Initié en 2019, ce projet a pour objectif d’appliquer des techniques innovantes de métagénomique pour décrire les communautés bactériennes et virales dans des fèces de phoque récoltées sur le littoral, à proximité des activités humaines.

Les communautés bactériennes se caractérisent ainsi par une abondance majoritaire des Firmicutes (genres Clostridium sensu stricto 1 et Peptoclostridium), suivies des Fusobacteria (essentiellement le genre Fusobacterium), ainsi que des Bacteroidetes. Ce type d’analyse, jamais réalisé jusqu’alors, a permis de discriminer un marqueur bactérien associé à ces animaux, qui trouvera une application concrète sur différents sites côtiers pour évaluer l’impact de cette contamination par des fèces de phoques.

L’analyse du virome réalisée sur ces mêmes échantillons a permis de caractériser de nouveaux génomes de virus proches de ceux détectés chez l’homme comme des virus de la famille des Caliciviridae ou Astroviridae et pour lesquels un transfert zoonotique ne pourrait être exclu.

Décrire la diversité microbienne d’échantillons prélevés dans des sites exposés à des contaminations d’origine animale et humaine constitue un challenge important à relever pour les années futures.

Référents :

Michèle Gourmelon | michele.gourmelon@ifremer.fr

Soizick Le Guyader | soizick.le.guyader@ifremer.fr

Herlé Goraguer | herle.goraguer@ifremer.fr