Katalog pretraga za web by Marko Habuš

II. Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

INFORMACIJA O DIJAGNOSTIČKOM GENETIČKOM TESTIRANJU

Gene čko tes ranje obuhvaća medicinska ispi vanja izravnom ili neizravnom analizom gene čkoga naslijeđa (kromosomi, geni) pojedinaca sa ciljem otkrivanja ili isključivanja prisutnos nasljednih boles ili postojanje rizika za obolijevanje u budućnos od specifične genske boles . Jedinice gene čkog naslijeđa su geni te je njihov procijenjen broj u genomu čovjeka 20 000-25 000; nalaze se u jezgri svake tjelesne stanice, a nekoliko ih je smješteno i izvan jezgre, u mitohondrijima. Kodiranjem proteinske strukture tkiva i enzima, geni čine nacrt našega fizičkog postojanja (genom). Geni se sastoje od DNA, a uređeni su u 46 kromosoma tj. 22 para kromosoma i jednog para spolnih kromosoma (XX u žena, XY u muškaraca). Spolne stanice nose samo jedan element svakog para i fer lizacijom ponovno nastaju parovi. U osnovi postoje dvije razine gene čkih promjena: • kromosomske promjene: promjene u broju ili strukturi kromosoma otkrivaju se na kario pu (prikazu/fotografiji kromosoma koji se nalaze u uobičajenom redoslijedu). Neke su promjene premale da bi se mogle otkri ovom metodom • molekularne promjene: male promjene na razini jednog ili nekoliko gena nazvane »mutacije gena ili DNA« koje se ispituju molekularnim metodama. Molekularno gene čko tes ranje uvijek se odnosi na specifično pitanje (bolest) i ne može se ponudi probiranje (neizravno traganje za promjenama) genoma. Izbor pretrage ovisi o specifičnoj boles . Gene čko tes ranje pruža informacije izrazito privatne naravi i za njih je potreban formalan pisani dobrovoljni pristanak pacijenta. Gene čko tes ranje može pokaza : • da je osoba nositelj mutacije koja se može naslijedi i poveza s bolešću u potomcima

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 557

• da je osoba oboljela od speciﬁčne genske boles ili ima povišen rizik za obolijevanje u budućnos • da postoji povišen rizik za ostale članove obitelji ili za dijete koje će se tek rodi . Za gene čke pretrage je potrebna mala količina venske krvi (oko 3 mL), ne mora se bi natašte, a mogu se koris i drugi izvori (koža, mišić, amnijska tekućina). Radi upoznavanja ciljeva, posljedica i ograničenja gene čkog tes ranja preporučeno je gene čko savjetovanje od strane kvaliﬁciranog stručnjaka u gene čkim klinikama. Genetičko savjetovanje U nastavku su navedene pojedine teme koje treba objasni pacijentu, na razumljivom jeziku, prije odluke za ili pro v gene čkog tes ranja: • glavne medicinske činjenice, uključujući dijagnozu, prognozu te načine prevencije i liječenja poremećaja koji se ispituje • gene čke činjenice, zajedno s rizicima za ostale članove obitelji • vjerojatnost rezultata pretrage (ispravan rezultat ili predviđanje, ili neodređeni ili neočekivani nalazi) • rizik dobivanja nepovoljnog rezultata pretrage i mogućih posljedica za pacijenta (u slučaju prenatalne dijagnoze može bi uključen rizik suočavanja s odlukom o prekidu trudnoće, odluka o pobačaju je potpuno neovisna o odluci o pretrazi) • alterna ve gene čkom tes ranju • pravo da odbijete pretragu • moguće dobrobi i nedostaci (uključujući nerazriješena pitanja zaš te privatnos koja se ču osiguranja, banaka ili poslodavaca) • skrb pacijenta neće bi ugrožena bez obzira na odluku za ili pro v gene čkog tes ranja • informacija o mogućoj uporabi uzorka tkiva poslije tes ranja (čuva se za ponovljenu analizu na zahtjev pacijenta; banka DNA; uporaba za medicinska istraživanja; uništava se) • informacije o troškovima, a i tome jesu li pokriveni zdravstvenim osiguranjem ili ne. 558

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

KLINIČKI BOLNIČKI CENTAR ZAGREB KLINIČKI ZAVOD ZA LABORATORIJSKU DIJAGNOSTIKU MEDICINSKOGA FAKULTETA SVEUČILIŠTA U ZAGREBU Zagreb, Kišpa ćeva 12, Republika Hrvatska Potpisani pristanak prije gene čkog tes ranja Prezime:

Ime:

Datum rođenja: »Ovime potvrđujem da sam primio/la gene čko savjetovanje o gene čkim analizama na ljudima te da sam imao/la dovoljno vremena za pitanja i razmišljanje.« Ovime pristajem na to da mi se izrade naznačene gene čke pretrage: – kario p (analiza kromosoma) - prenatalna - postnatalna – molekularno tes ranje za (naziv boles ): Na uzorku sljedećeg tkiva: Moja odluka o uzorku nakon dovršetka pretrage: – ako je moguće, moj uzorak treba pohrani radi budućih analiza u mojem interesu, a samo na moj zahtjev – moj uzorak se može koris za medicinsko istraživanje: – uz moje ime – bez mog imena (anonimno). To ujedno znači da ne mogu bi informiran o eventualnim rezulta ma. – ostalo Potpis:

Mjesto i datum:

(roditelj/pravni zastupnik gdje je to primjenjivo)

Liječnik koji upućuje: »Ovoj sam osobi dao primjereno objašnjenje pretrage, izložio/la gore navedena ograničenja, te odgovorio na njena/njegova pitanja.« Puno ime i prezime: Potpis (obvezatno): Mjesto i datum: Pečat liječnika:

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 559

Kratko ime

CFTR (F508del)

CFTR (32 mutacije)

Dugo ime

CFTR (F508del), geno pizacija cis čne ﬁbroze (CF)

CFTR (32 mutacije), geno pizacija cis čne ﬁbroze (CF)

Vrsta uzorka

EDTA krv, plodova voda

Preporučena metoda

1. PCR u stvarnom vremenu 1. Oligonukleo dna ligacijska 2. PCR/RFLP/PAG analiza (OLA) 2. Reverzni dot blot (RDB)

Izražavanje rezultata

Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena

Odsutnost/prisutnost tes rane varijante gena

Ref. geno p

N/N (normalan/normalan)

N/N

Genske varijacije (tes rane varijante gena)

Aleli: F508, F508del

Mutacije: F508del, I507del, V520F, 1717-1G›A, G542X, G551D, R553X, R560T, S549R, S549N, 3849+10kbC›T, R1162X, 3659delC, W1282X, 3905ins T, N1303K, G85E, 621+1G›T, R117H, 711+1G›T, 1078delT, R347P, R347H, R334W, A455E, 1898+1G›A, 2183AA›G, 2184delA, 2789+5G›A, 3876delA, 3120+1G›A, 394delTT

Kontrola kvalitete INSTAND e.V.

CF network EQA

Literatura (kratko) Gundry CN i sur. Genet Test 1999;3:365-70. Araujo FG i sur. Braz J Med Biol Res. 2005;38(1):11-5.

Johnson MA i sur. J Mol Diagn;2007 Jul;9(3):401-7.

Mjesto obavljanja KBC Zagreb, Klinički zavod za pretrage i broj laboratorijsku dijagnos ku, telefona Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

560

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

PRSS1 R122H

AZF (mikrodelecije)

geno pizacija SRY-DAZ

Točkasta mutacija R122H gena PRSS1 za nasljedni pankrea s

AZF (mikrodelecije), Geno pizacija SRY-DAZ geno pizacija mikrodelecija kromosoma Y vezanih uz azoospermiju

EDTA krv

PCR-RFLP

1. mul pleks PCR

PCR-SSP

Odsutnost / prisutnost Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena tes rane varijante gena

Regija koja određuje spol na kromosomu Y gen za SRY potvrđen

N/N Aleli Arg122; alel His122 PRSS1

Delecije regija: AZFa, AZFb, gen za SRY nije prisutan AZFc

EMQN J Clin Invest 1998;51:115.

Simoni M i sur. Int J Androl Nature Gene cs 1999 Oct; 22(5):292: 9. 1998;18(2):103.

KB Dubrava, OMD&G, 01/2903 151

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

KBC Split, Klinički zavod za patologiju, sudsku medicinu i citologiju, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 021/ 556-488

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 561

Kratko ime

HFE (C282Y, H63D, S65C)

ATP7B (H1069Q)

Dugo ime

HFE (C282Y, H63D, S65C), geno pizacija nasljedne hemokromatoze (HH)

ATP7B (H1069Q), geno pizacija Wilsonove boles

Vrsta uzorka

EDTA krv

Preporučena metoda

1. PCR u stvarnom vremenu 2. PCR/RFLP

Izražavanje rezultata

Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena

Ref. geno p

homozigot C282(G845)/ C282(G845) homozigot H63(C187)/ H63(C187) homozigot S65(A193)/ S65(A193)

homozigot H1069/H1069 (C3207/C3207)

Genske varijacije (tes rane varijante gena)

Aleli: C282(G845), Y282(A845), H63(C187), D63(G187), S65(A193), C65(T193)

Aleli: H1069 (C3207), Q1069 (A3207)

Kontrola kvalitete DGKL

DGKL

Literatura (kratko) Mangasser-Stephan K i sur. Clin Chem 1999;45:1875-8.

Wi H i sur. Clin Chem Lab Med 2001; 39:953-955 Kumar S i sur. Mol Cell Biochem. 2007Jan; 294(1-2):1-10

Mjesto obavljanja 1) KBC Zagreb, Klinički zavod pretrage i broj za laboratorijsku dijagnos ku, telefona Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268 2) KBC »Sestre milosrdnice«, Klinički zavod za kemiju, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/3768-432

1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268 2) KB Dubrava, OMD&G, 01/2903-151

562

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

ATP7B (sekvenciranje)

AAT (aleli S i Z)

UGT1A1 (TA6/7)

ATP7B (sekvenciranje), geno pizacija Wilsonove boles

AAT (aleli S i Z), geno pizacija nedostatka alfa-1-an tripsina

UGT1A1 (TA6/7) geno pizacija UDPglukuronil-transferaze (Gilbertov sindrom)

EDTA krv

1. PCR u stvarnom ciklička analiza vremenu zasnovana na ﬂuorescenciji/ kapilarna 2. PCR/RFLP elektroforeza

1. PCR u stvarnom vremenu 2. PCR/RFLP

Odsutnost / prisutnost Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena tes rane varijante gena

Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena

N/N

homozigot [TA]6/[TA]6

homozigot M/M

sve varijante kodirajuće Aleli: M, S, Z regije gena ATP7B i okolne intronske regije koje je moguće detek ra metodom sekvenciranja

Aleli: UGT1A1*1 ([TA]6), UGT1A1*28 ([TA]7)

EMQN

DGKL

Lam CW i sur. Clin Chem Crystal RG. J Clin Invest J Gastroenterol Hepatol 2006;52(3):517-20 1990;85:1343-52. 1999;14:960-6. Aslanidis C i sur. Clin Chem 1999;45:1872-5. KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 563

Kratko ime

DMD (analiza eksona)

SMN1, SMN2, NAIP (analiza eksona)

Dugo ime

DMD (analiza eksona), geno pizacija Duchenne/ Beckerove mišićne distroﬁje (DMD/BMD)

SMN1, SMN2, NAIP (analiza eksona), geno pizacija spinalno-mišićne atroﬁje (SMA)

Vrsta uzorka

EDTA krv, plodova voda

Preporučena metoda

1. Mul pleks PCR 1. PCR/RFLP 2. Mul pleks o ligaciji proba 2. Mul pleks o ligaciji proba ovisna ampliﬁkacija (MLPA) ovisna ampliﬁkacija (MLPA)

Izražavanje rezultata

Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena

Ref. geno p

N/N

Genske varijacije (tes rane varijante gena)

Delecije eksona: 3, 4, 6, 8, 12, Delecija/e eksona 7 i/ili 8 13, 17, 19, 43, 44, 45, 47, 48, gena SMN1 i/ili gena SMN2 i/ 50, 51, 52, 60 i promotorske ili eksona 5 gena NAIP regije Dp427m

Kontrola kvalitete EMQN

EMQN

Literatura (kratko) Chamberlain JS i sur. Nucleic Acids Res. 1988 December 9; 16(23): 11141–11156. Clemens PR i sur. Am J Hum Genet 1991;49:951-960. Lalic T i sur. Eur J Hum Genet. 2005Nov; 13(11):1231-4.

Steege G, van der i sur. Lancet 1995;345:985-6. Barišić N i sur. Clin Chem Lab Med 1998;36:667-9. Schmalbruch H i sur. Brain Pathol 2001;11:231-47.

Mjesto obavljanja KBC Zagreb, Klinički zavod za pretrage i broj laboratorijsku dijagnos ku, telefona Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

564

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

DMPK (CTG triple )

FMR1 (CGG triple )

DMPK (CTG triple ), geno pizacija FMR1 (CGG triple ), geno pizacija miotonične distroﬁje pa 1 (MD1) sindroma fragilnog X kromosoma (FRAXA)

EDTA krv, plodova voda

1. PCR/hibridizacija

Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena

5-35 CTG/5-35 CTG

<50 CGG/<50 CGG

Broj CTG tripleta: • 5–35 CTG: normalni alel • 36–49 CTG: intermedijarni alel – s brojem tripleta u ovom rasponu nisu eviden rane osobe sa simptomima boles , no moguće je povećanje broja tripleta u sljedećim generacijama povezana što može rezul ra očitovanjem simptoma boles • ≥ 50 CTG: ekspandirani alel – povezan s očitovanjem simptoma boles

Broj CGG tripleta: • < 50 CGG: normalni alel • 50–58 CGG: intermedijarni alel, moguća nestabilnost pri prijenosu na potomke, ali slučajevi prijelaza u alel s punom mutacijom nisu zabilježeni • 59–200 CGG: premutacija, nestabilna pri prijenosu na potomke, rizik od pojave simptoma u potomka je proporcionalan broju tripleta • > 200 CGG: s abnormalnom me lacijom – puna mutacija, muški potomci pokazuju simptome boles , 50-60% ženskih potomaka pokazuje simptome boles

EMQN

Martorell L i sur. Hum Mol Genet 1998;7:307-12

Brown WT i sur. JAMA 1993; 270:1569-75

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 565

Kratko ime

ZNF9 (CCTG tetraple )

HTT (CAG triple )

Dugo ime

ZNF9 (CCTG tetraple ), geno- HTT (CAG triple ), pizacija miotonične distroﬁje geno pizacija Hun ngtonove pa 2 (MD2, PROMM) koreje (HD)

Vrsta uzorka

EDTA krv

Preporučena metoda

1. PCR/hibridizacija

1. PCR/kapilarna elektroforeza 2. PCR/gel elektroforeza

Izražavanje rezultata

Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena

Ref. geno p

homozigot 104 -176 pb/104 -176 pb

<27 CAG/<27 CAG

Genske varijacije (tes rane varijante gena)

Broj parova baza: • 104–176 pb normalni alel, • 177–372 pb premutacijski alel, • > 372 pb alel s punom mutacijom

Broj CAG tripleta: • < 27 CAG: normalan rezultat • 27–35 CAG: normalan rezultat, ali može se očekiva povećanje broja tripleta u alelu u sljedećim generacijama • 36–39 CAG: mutacija prisutna, osoba može razvi simptome HD kasno ili uopće ne • ≥ 40 CAG: mutacija prisutna, simptomi će se vrlo vjerojatno očitova u ranijoj dobi

Kontrola kvalitete /

EMQN

Literatura (kratko) Liquori CL i sur. Science 2001;293:864-7.

Warner JP i sur. Mol Cell Probes 1993;7:235-39. Blanco S i sur. Scand J Clin Lab Invest 2008, Vol. 68, No.7:577-584.

Mjesto obavljanja KBC Zagreb, Klinički zavod za pretrage i broj laboratorijsku dijagnos ku, telefona Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

566

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

FXN (GAA triple )

ATXN (triple )

FXN (GAA triple ), geno pizacija Friedreichove ataksije (FRDA)

ATXN (triple ), geno pizacija spinocerebelarne ataksije pa I, II, III, VI, VII (SCA)

EDTA krv

1. PCR/gel elektroforeza

1. PCR/kapilarna elektroforeza 2. PCR/PAG

Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena

5-33/5-33 GAA

SCA-1: 6-35 CAG/6-35 CAG, CA-2: ≤ 31 CAG/≤31 CAG, SCA-3: ≤44 CAG/≤44 CAG, SCA-6: ≤18 CAG/≤18 CAG, SCA-7: ≤19 CAG/≤19 CAG

Broj CAG tripleta: Broj GAA tripleta: • SCA-1: 6-35 CAG normalni alel, 36-38 CAG • 5–33 GAA normalni alel, • 34–65 GAA premutacijski intermedijarni alel, 39-91 CAG alel s punom mutacijom alel, • 66–1 700 GAA alel s punom • SCA-2: ≤ 31 CAG normalni alel, ≥32 CAG alel s punom mutacijom mutacijom • SCA-3: ≤ 44 CAG normalni alel, 45-51 CAG alel sa smanjenim feno pskim izražajem boles , 52-86 CAG alel s punom mutacijom • SCA-6: ≤ 18 CAG normalni alel, 19 CAG intermedijarni alel, 20-33 CAG alel s punom mutacijom • SCA-7: ≤ 19 CAG normalni alel, 28-33 CAG mutabilni normalni alel, zbog mejotske nestabilnos moguće je da potomci asimptomatske jedinke s ovakvim alelom, naslijede ekspandirani alel 34-36 CAG alel povezan sa slabijom i kasnijom prezentacijom simptoma, ≥ 37 CAG alel s punom mutacijom EMQN

EMQN

Cossee M i sur. Proc Natl Acad Sci USA. 1997;94: 7452–7. Sharma R i sur. Ann Neurol. 2004; 56: 898–901.

Dorschner MO i sur. J Mol Diagn. 2002 May;4(2):108–113.

KBC Zagreb, Klinički zavod za KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku laboratorijsku dijagnos ku, dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu Klinička jedinica za dijagnos ku, tel. 01/2367-268 molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 567

Kratko ime

Pmp22 (delecija/duplikacija) MTTK (A8344G)

Dugo ime

Pmp22 (delecija/duplikacija), geno pizacija nasljedne motorne i senzorne neuropa je pa Charcot-Marie-Tooth (CMT1A) i nasljedne neuropa je sa sklonošću kljenu zbog pri ska (HNPP)

MTTK (A8344G), geno pizacija mioklone epilepsije vezane uz raščupana crvena vlakna (MERRF)

Vrsta uzorka

EDTA krv

Preporučena metoda

1. PCR/RFLP 1. PCR/RFLP 2. Mul pleks o ligaciji proba ovisna ampliﬁkacija (MLPA)

Izražavanje rezultata

Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena

Ref. geno p Genske varijacije (tes rane varijante gena)

Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena homozigot A8344/A8344

pična duplikacija CMT1A Aleli: A8344, G8344 gena PMP22 (rekombinantni element CMT1A-REP), delecija gena PMP 22 (element CMT1A-REP)

Kontrola kvalitete EMQN Literatura (kratko) Chance PF. Phys Med Rehabil Erol I i sur. Neuromuscul Clin N Am 2001;12:277-91. Disord. 2009;19(4):275-8.

Mjesto obavljanja KBC Zagreb, Klinički zavod za pretrage i broj laboratorijsku dijagnos ku telefona Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

568

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

MTTL1 (A3243G, T3271C) MT-ATP6 (T8993G, T8993C) PCR-STR MTTL1 (A3243G, T3271C), geno pizacija mitohondrijske encefalomiopa je, lak čke acidoze i epizoda sličnih moždanom udaru (MELAS)

MT-ATP6 (T8993G, T8993C), geno pizacija neurogene slabos mišića, ataksije i re ni s pigmentoze (NARP)

Određivanje promjene u broju kromosoma primjenom metode PCR-STR

EDTA krv

Plodova voda, EDTA krv

1. PCR/RFLP

PCR-STR

Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena

Promjene u broju kromosoma utvrđene/ nisu utvrđene

homozigot A3243/A3243 homozigot L156(T8993)/ homozigot T3271/T3271 L156(T8993) Aleli: A3243, G3243, T3271, C3271

Aleli: L156(T8993), Aleli lokusa smještenih R156(G8993), P156(C8993) na kromosomima 13, 18, 21, X i Y. Lokusi: D21S1435; D21S1414; D21S11, D21S1432, D18S858; D18S535; D18S51; D13S317, D13S742, DXS9895, GATA172D05, DXS6810, DXS6803, HPRTB

Goto Y i sur. Nature 1990;348:651-3. Wilichovski E i sur. J Neurol Sci 1998;157: 206-13.

Santorelli FM i sur. Ann Neurol. 1993; 34:827–34.

Pertl i sur., Am J Obs Gyn; 177:899-906.

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

KBC Zagreb, Klinika za Pedijatriju, Citogenetski laboratorij, Kabinet za prenatalnu dijagnos ku, tel. 01/2367 347

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 569

Kratko ime

PCR-STR

MTHFR (C677T)

Dugo ime

Određivanje podrijetla kromosoma primjenom metode PCR-STR

MTHFR (C677T), geno pizacija me lentetrahidrofolat reduktaze

Vrsta uzorka

Plodova voda, EDTA krv

EDTA krv

Preporučena metoda

PCR-STR

1. PCR u stvarnom vremenu 2. PCR/RFLP

Izražavanje rezultata

Jedan kromosom podrijetlom od oca, a drugi od majke

Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena

Ref. geno p Genske varijacije (tes rane varijante gena)

homozigot C677/C677 Aleli lokusa smještenih na Aleli: C677, T677 kromosomima čije se podrijetlo istražuje

Kontrola kvalitete

DGKL

Literatura (kratko) Petersen MB i sur., Am J Hum Genet 48; 899-906

Aslanidis C i sur. Biotechniques 1999;27:234-8.

Mjesto obavljanja KBC Zagreb, Klinika za pretrage i broj Pedijatriju, Citogenetski telefona laboratorij, Kabinet za prenatalnu dijagnos ku, tel. 01/2367 347

1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268 2) KBC »Sestre milosrdnice«, Klinički zavod za kemiju, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/3768-432 3) Hrvatski zavod za transfuzijsku medicinu, Odjel za molekularnu imunogene ku, tel. 01/4600 328 4) KBC Split, Klinički zavod za patologiju, sudsku medicinu i citologiju, Laboratorij za molekularnu dijagnos ku, tel. 021 556 488 5) Medicinski fakultet Rijeka i KBC Rijeka, Laboratorij Zavoda za patologiju, tel. 051 325 826

570

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

Apo B (C9774T, G9775A)

Apo E (aleli E2, E3 i E4)

LPL (polimorﬁzam Pvu II)

Apo B (C9774T, G9775A), geno pizacija apolipoproteina B

Apo E (aleli E2, E3 i E4), geno pizacija apolipoproteina E

LPL (polimorﬁzam Pvu II), geno pizacija lipoprotein lipaze

EDTA krv

1. PCR u stvarnom vremenu

1. PCR u stvarnom vremenu 2. PCR/RFLP

1. PCR/RFLP

Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena

homozigot C9774/C9774

homozigot Pvu -/-

Aleli: R3500 (C9774), W3500 (T9774), R3500 (G9775), Q3500 (A9775)

Aleli: E2, E3, E4

Pvu +/-

DGKL

Wilhelm J i sur. Chembiochem 2003;4:1120-8

Corder EH i sur. Science 1993;261:921-3.

Salazar LA i sur. Clin Chim Acta 2000;300: 139-49.

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Laboratorij za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 571

Kratko ime

PON1 (M55L, Q192R)

GPIa (C807T, G873A)

ADIPOq (-11391G>A, -11377C>G)

Dugo ime

PON1 (M55L, Q192R), geno pizacija paraoksonaze

GPIa (C807T, G873A), geno pizacija glikoproteina Ia

ADIPOq (-11391G>A, -11377C>G), geno pizacija adiponek na

Vrsta uzorka

EDTA krv

Preporučena metoda

1. PCR u stvarnom 1. PCR u stvarnom 1. PCR u stvarnom vremenu vremenu vremenu 2. PCR/RFLP

Izražavanje rezultata

Odsutnost / Odsutnost / Odsutnost / prisutnost tes rane prisutnost tes rane prisutnost tes rane varijante gena varijante gena varijante gena

Ref. geno p

homozigot M55/ M55 homozigot Q192/Q192

homozigot C807/ C807, G873/G873

homozigot -11391G, -11377C

Genske varijacije (tes rane varijante gena)

Aleli: C807, T807, G873 A873

Aleli: -11391G, -11391A, -11377C, -11377G,

Kontrola kvalitete DGKL

INSTAND e.V.

Literatura (kratko) Durrington PN. Arterioscler Tromb Vasc Biol 2001;21:473-80. Harangi M i sur. Clin Chem Lab Med 2002;40:337-40.

Moshfegh K i sur. Lancet. 1999 Jan 30;353(9150): 351-4.

Schwarz PEH i sur. Diabetes Care. 2006 Jul;29(7):1645-50.

Mjesto obavljanja KBC Zagreb, Klinički pretrage i broj zavod za telefona laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

572

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

IL-6 (-174G>C)

NOS3 (T786C)

ESR1 (polimorﬁzam TA)

IL-6 (-174G>C), geno pizacija interleukina 6

NOS3 (T786C), ESR1 (polimorﬁzam TA), geno pizacija endotelne geno pizacija dušik-oksid-sintaze estrogenskog receptora

EDTA krv

1. PCR/RFLP

1. PCR/kapilarna elektroforeza

Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena

Promjene u broju dinukleo da

homozigot -174G/-174G homozigot T786/T786

homozigot 10-18 TA

Aleli: -174G, -174C

Broj TA ponavljanja: • 10-18 TA normalni alel, • 19-27 TA dugi alel

Aleli: T786, C786

Fernandez-Real JM i sur. Fa ni C i sur. Eur Heart J. Kunnas TA i sur. Hum BMC Medical gene cs 2006 Jul;27(14):1712-8. Hered. 1999 2001, 2:6 Jun;49(3):142-5.

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 573

Kratko ime

PPARγ (P12A)

KRAS (kodon 12/13)

Dugo ime

PPARγ (P12A), Geno pizacija KRAS geno pizacija peroksisom (kodon 12/13) proliferator ak viranog receptora γ

Vrsta uzorka

EDTA krv

tkivo kolorektalnog karcinoma

Preporučena metoda

1. PCR/RFLP

Alel-speciﬁčni PCR u stvarnom vremenu (ARMS)

Izražavanje rezultata

Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena

Ref. geno p

homozigot za Pro12/ Pro12

Genske varijacije (tes rane varijante gena)

Aleli: Pro12(C34), Ala12(G34)

Gly12(c.34G, c.35G), Asp12(c.35G>A), Ala12(c.35G>C), Val12(c.35G>T), Ser12(c.34G>A), Arg12(c.34G>C), Cys12(c.34G>T), Gly13(c.38G), Asp13(c.38G>A)

Kontrola kvalitete

Pathologisches Ins tut Ludwig-Maximilians Universität München

Literatura (kratko) Yen CJ i sur. Biochem Biophys Res Commun. 1997; 241(2):270-4.

Franklin WA i sur. J. Mol. Diagn 2010;12:43-50. Schubbert S i sur. Nature Rev 2007;7:295-308. Malumbres M i sur. Nat Rev Cancer. 2003;3(6):459-65.

Mjesto obavljanja KBC Zagreb, Klinički zavod pretrage i broj za laboratorijsku telefona dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268 2) KBC Split, Klinički zavod za patologiju, sudsku medicinu i citologiju, Laboratorij za molekularnu dijagnos ku, tel. 021 556 488

574

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

BRAF (V600E)

ACE (polimorﬁzam ID)

Točkasta mutacija u genu BRAF

ACE (polimorﬁzam ID), geno pizacija angiotenzin konvertaze

tkivo kolorektalnog karcinoma

EDTA krv

PCR u stvarnom vremenu

PCR

Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena

Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena homozigot I/I

V600E (1799T>A)

Aleli: I, D

DGKL

Davies H i sur. Nature 2002;417:949-54. Di Nicolantonio i sur. J Clin Oncol 2008;26:5705-12.

Staessen JA i sur. J Hypertens 1997;15:1579.

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268

1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/2367-268 2) KBC »Sestre milosrdnice«, Klinički zavod za kemiju, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/3768-432 3) KB Dubrava, OMG&G, 01/290-315 4) KBC Split, Klinički zavod za patologiju, sudsku medicinu i citologiju, Laboratorij za molekularnu dijagnos ku, tel. 021 556 488

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 575

Kratko ime

AT1R (A1166C)

CYP2D6 (*2,*3,*4,*5,*6)

Dugo ime

AT1R (A1166C), CYP2D6 (*2,*3,*4,*5,*6), geno pizacija angiotenzin II geno pizacija citokroma p 1 receptora P-450 (CYP2D6)

Vrsta uzorka

EDTA krv

Preporučena metoda

PCR/RFLP

1. PCR u stvarnom vremenu 2. PCR/RFLP 3. Višestruki alel-speciﬁčni PCR

Izražavanje rezultata

Odsutnost / prisutnost tes rane varijante gena

Prisutnost / odsutnost varijantnih alela

Ref. geno p

homozigot 1166AA

homozigot *1/*1

Genske varijacije (tes rane varijante gena)

Aleli: 1166A, 1166C

Aleli: *1, *2, *3, *4, *5, *6

Kontrola kvalitete Međulaboratorijska usporedba

DGKL

Literatura (kratko) Circula on 1999;100:1394-1399.

Pharmacogene cs 1996;6:417-21. Eur J Clin Invest 2003;33 (Suppl 2):17-22.

Mjesto obavljanja KBC Zagreb, Klinički zavod pretrage i broj za laboratorijsku telefona dijagnos ku, Klinička jedinica za farmakogenomiku i individualizaciju terapije, tel. 01/2367-266

1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za farmakogenomiku i individualizaciju terapije, tel. 01/2367-266 2) KBC »Sestre milosrdnice«, Klinički zavod za kemiju, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/3768-432

576

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

CYP2C9 (*2,*3)

CYP2C19 (*2,*3)

CYP3A4 *1B

CYP2C9 (*2,*3), geno pizacija citokroma P-450 (CYP2C9)

CYP2C19 (*2,*3), geno pizacija citokroma P-450 (CYP2C19)

CYP3A4 (*1B), geno pizacija citokroma P-450 (CYP3A4)

EDTA krv

1. PCR u stvarnom vremenu 2. PCR/RFLP

PCR/RFLP

Prisutnost / odsutnost varijantnih alela

homozigot *1/*1

Aleli: *1, *2, *3

Aleli: *1,*1B

DGKL

Pharmacogene cs 1997;7:405–9.

Drug Metabolism Reviews Ther Drug Monit 2002;34:83-448. J Biol 2007;29(4):412-6. Chem 1994; 269:15419-22.

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za farmakogenomiku i individualizaciju terapije, tel. 01/2367-266

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 577

Kratko ime

DPYD(IVS14+1G>A) TPMT (*2, *3A,*3C)

VKORC1(C1173T, G-1639A)

Dugo ime

DPYD (IVS14+1G>A), geno pizacija dihidropirimidin dehidrogenaze

TPMT (*2, *3A,*3C), geno pizacija opurinme ltransferaze

VKORC1(C1173T, G-1639A), geno pizacija vitamin K epoksid reduktaze

Vrsta uzorka

EDTA krv

Preporučena metoda

1. PCR u stvarnom 1. PCR u stvarnom 1. PCR u stvarnom vremenu vremenu vremenu 2. PCR/RFLP 2. PCR/RFLP 2. PCR/RFLP

Izražavanje rezultata

Prisutnost / odsutnost varijantnih alela

Ref. geno p

homozigot homozigot *1/*1 DPYD(IVS14+1GG)

homozigot 1173CC -1639GG

Genske varijacije (tes rane varijante gena)

Aleli: *DPYD(IVS14+1G) DPYD(IVS14+1A

Aleli: *1, *2, *3A,*3C

Aleli: 1173C, 1173T, -1639G, -1639A

DGKL

Kontrola kvalitete DGKL

Prisutnost / odsutnost varijantnih alela

Literatura (kratko) Clin Biochem H Mol Genet, 2010;43(3): 331-4. 1999;8(2): 367-370.

J Thromb Haemost 2006;4:1158-9. Blood 2005; 106(7): 2329-33.

Mjesto obavljanja KBC Zagreb, Klinički pretrage i broj zavod za telefona laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za farmakogenomiku i individualizaciju terapije, tel. 01/2367-266

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za farmakogenomiku i individualizaciju terapije, tel. 01/2367-266

578

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za farmakogenomiku i individualizaciju terapije, tel. 01/2367-266

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

MDR1/ABCB1 (G2677T/A, C3435T),

MRP2/ABCC2 (C-24T, G1249A

OATP1B1 (A388G, SERT (SERTPR-L/S, T521C) SERTin2-l/s)

MDR1/ABCB1 (G2677T/A, C3435T), geno pizacija P-glikoproteina mul rezistencije na lijekove

MRP2/ABCC2 (C-24T, G1249A), geno pizacija proteina mul rezistencije 2, Dubin-Johnson sindrom

OATP1B1 (A388G, T521C), geno pizacija organskog anionskog polipep da 1B1

SERT (SERTPR-L/S, SERTin2-l/s), geno pizacija serotoninskog transportera

EDTA krv

1. PCR u stvarnom 1. PCR u stvarnom 1. PCR u stvarnom 1. PCR u stvarnom vremenu vremenu vremenu vremenu 2. PCR/RFLP 2. PCR/RFLP 2. PCR/RFLP Prisutnost / odsutnost varijantnih alela

Prisutnost / odsutnost varijantnih alela

homozigot 2677GG, 3435CC

homozigot -24CC, 1249GG

homozigot 388AA, homozigot LL, ll 521TT

Aleli: 2677G, 2677T, 2677A, 3435C, 3435T

Aleli: -24C, -24T, 1249G, 1249A

Aleli: 388A, 388G, Aleli: L, S, l, s 521T, 521C

Međulaboratorijska Međulaboratorijska Međulaboratorijska Međulaboratorijska usporedba usporedba usporedba usporedba Anal Biochem 2004; 334;201-3. Fundam Clin Pharmacol 2003;17:463-9.

J Biol Chem 2001;276(40); 36923-30. Immunobiol Genomics 2006; 82(8): 1074-84.

The SEARCH Collabora ve Group, N Engl J Med.2008;359(8): 789-99

Biol Psychiatry 2002;51:723-732. Psychiatry Res 2002;111:235-239.

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za farmakogenomiku i individualizaciju terapije, tel. 01/2367-266

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 579

Kratko ime

DAT (VNTR,6-10

5HTR2c (C-759T

D2R (A1, A2)

Dugo ime

DAT (VNTR,6-10), geno pizacija dopaminskog transportera

5HTR2c (C-759T), geno pizacija serotoninskog receptora 2c

D2R (A1, A2), geno pizacija dopaminskog receptora 2

Vrsta uzorka

EDTA krv

Preporučena metoda

PCR

PCR/RFLP

Izražavanje rezultata

Prisutnost / odsutnost varijantnih alela

Ref. geno p

homozigot 10/10

homozigot -759CC 0

Genske varijacije (tes rane varijante gena)

Aleli: 6,7,8,9,10,

Aleli: -759C, -759T Aleli: A1, A2

Kontrola kvalitete Međulaboratorijska Međulaboratorijska Međulaboratorijska usporedba usporedba usporedba Literatura (kratko) Genomics 1992;14:1104-6. J Neurol Sci 2003;209:87-92.

Yuan X. Am J Med genet Diabetologia 2000; 1997;74:129-136. 43: 373– 376

Mjesto obavljanja KBC Zagreb, Klinički pretrage i broj zavod za telefona laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za farmakogenomiku i individualizaciju terapije, tel. 01/2367-266

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za farmakogenomiku i individualizaciju terapije, tel. 01/2367-266

580

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za farmakogenomiku i individualizaciju terapije, tel. 01/2367-266

runx1-runx1t1

bcr-abl1

cbfβ-myh11

Fuzijski prijepis AML1-ETO Fuzijski prijepis BCR-ABL1 RUNX1-RUNX1T1

Fuzijski prijepis CBFb-MYH11

EDTA/krv, koštana srž

RT-PCR

runx1-runx1t1 prisutan ili odsutan

bcr-abl1 prisutan ili odsutan

cbfβ-myh11 prisutan ili odsutan

NEQAS

Leukemia 1999;13:1901-28.

1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360 2) KB Dubrava, 01/2903-151 3) KBC Split, Klinički zavod za patologiju, sudsku medicinu i citologiju, Laboratorij za molekularnu dijagnos ku, tel. 021 556 488 4) Medicinski fakultet Rijeka i KBC Rijeka, Laboratorij za patologiju, tel. 051 325 826

1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367 360 2) KBC Split, Klinički zavod za patologiju, sudsku medicinu i citologiju, Laboratorij za molekularnu dijagnos ku, tel. 021 556 488 3) Medicinski fakultet Rijeka i KBC Rijeka, Laboratorij za patologiju, tel. 051 325 826

1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360 2) KB Dubrava, 01/2903-151

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 581

Kratko ime

e2a-pbx1

Ig preuredba

bcl1-IgH

Dugo ime

Fuzijski prijepis E2A-PBX1

Preuredba Klonalna preuredba gena za BCL1- IgH imunoglobulinske lance

Vrsta uzorka

EDTA/krv, koštana srž

EDTA/krv, koštana srž, paraﬁnski rez

EDTA/krv, koštana srž

Preporučena metoda

RT-PCR

PCR

Izražavanje rezultata

e2a-pbx1 prisutan klonalna Ig preuredba ili odsutan preuredba prisutna bcl1-IgH prisutna ili odsutna ili odsutna

Ref. geno p Genske varijacije (tes rane varijante gena) Kontrola kvalitete

NEQAS

Literatura (kratko) Leukemia 1999;13:1901-28.

Leukemia Leukemia 2003;17:2257-317. 2003;17:2257-317.

Mjesto obavljanja KBC Zagreb, Klinički pretrage i broj zavod za telefona laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360

1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360 2) Medicinski fakultet Rijeka i KBC Rijeka, Laboratorij za patologiju, tel. 051 325 826

582

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360 2) KB Dubrava, 01/2903-151 3) Medicinski fakultet Rijeka i KBC Rijeka, Laboratorij za patologiju, tel. 051 325 826

bcl2-IgH

mllt10-mll

mll-af4

Preuredba BCL2- IgH

Fuzijski prijepis MLLT10-MLL

Fuzijski prijepis MLL-AF4

EDTA/krv, koštana srž

PCR

RT-PCR

preuredba bcl2-IgH prisutna ili odsutna

mllt10-mll prisutan ili odsutan

mll-af4 prisutan ili odsutan

Leukemia 2003;17:2257-317.

PIMS-II

Leukemia 1999;13:1901-28.

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360

1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360 2) KB Dubrava, OMD&G, 01/2903-151 3) KBC Split, Klinički zavod za patologiju, sudsku medicinu i citologiju, Laboratorij za molekularnu dijagnos ku, tel. 021 556 488 4) Medicinski fakultet Rijeka i KBC Rijeka, Laboratorij za patologiju, tel. 051 325 826

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 583

Kratko ime

mllt3-mll

npm-alk

pml-rarα

Dugo ime

Fuzijski prijepis MLLT3-MLL

Fuzijski prijepis NPM-ALK

Fuzijski prijepis PML-RAR a

Vrsta uzorka

EDTA/krv, koštana srž

Preporučena metoda

RT-PCR

Izražavanje rezultata

mllt3-mll prisutan ili odsutan

npm-alk prisutan ili pml-rarα prisutan ili odsutan odsutan

Ref. geno p Genske varijacije (tes rane varijante gena) Kontrola kvalitete

NEQAS

Literatura (kratko) PIMS-II

Leukemia 1999;13:1901-28.

Mjesto obavljanja KBC Zagreb, Klinički pretrage i broj zavod za telefona laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360

1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360 2) KB Dubrava, OMD&G, 01/2903-151

584

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

sil-tal 1

TCR g

tel-aml1

myc-IgH

Fuzijski prijepis SIL-TAL1

Fuzijski prijepis Klonalna preuredba gena za TEL-AML1 T-stanični receptor (TCR g)

EDTA/krv, koštana srž

EDTA/krv, koštana srž, paraﬁnski rez

EDTA/krv, koštana srž EDTA/krv, koštana srž

RT-PCR

PCR

RT-PCR

sil-tal 1 prisutan ili odsutan

TCR g preuredba tel-aml1 prisutan ili prisutna ili odsutna odsutan

NEQAS

PCR preuredba myc-IgH prisutna ili odsutna

NEQAS

Leukemia Leukemia Leukemia 1999;13:1901-28. 2003;17:2257-317. 1999;13:1901-28. KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360

Preuredba MYC-IgH

1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360 2) KBC Split, Klinički zavod za patologiju, sudsku medicinu i citologiju, Laboratorij za molekularnu dijagnos ku, tel. 021 556 488 3) Medicinski fakultet Rijeka i KBC Rijeka, Laboratorij za patologiju, tel. 051 325 826

Leukemia 2005;19:1391-8 1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360 2) Medicinski fakultet Rijeka i KBC Rijeka, Laboratorij za patologiju, tel. 051 325 826

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 585

Kratko ime

ﬁp1l1-pdgfrα

TCR b

mll-ell

Dugo ime

Preuredba FIP1L1-PDGFRA

Klonalna preuredba Fuzijski prijepis gena za T-stanični MLL-ELL receptor (TCR b)

Vrsta uzorka

EDTA/krv, koštana srž

EDTA/krv, koštana srž, paraﬁnski rez

EDTA/krv, koštana srž

Preporučena metoda

RT-PCR

PCR

RT-PCR

Izražavanje rezultata

ﬁp1L1-pdgfrα TCR b preuredba mll-ell prisutan ili prisutan ili odsutan prisutna ili odsutna odsutan

Ref. geno p Genske varijacije (tes rane varijante gena) Kontrola kvalitete Međulaboratorijska usporedba Literatura (kratko) Leukemia 2004;18:734-42.

Leukemia PIMS-II 2003;17:2257-317.

Mjesto obavljanja 1) KBC Zagreb, pretrage i broj Klinički zavod za telefona laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360 2) KB Dubrava, OMD&G, 01/2903-151

586

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360

ﬂt3/ITD-TKD

dek-nup214

mllt4-mll

mmset-IgH

FLT3/ duplikacija – točkasta mutacija D835

Fuzijski prijepis DEK-NUP214

Fuzijski prijepis MLLT4-MLL

Fuzijski prijepis MMSET- IgH

EDTA/krv, koštana srž EDTA/krv, koštana EDTA/krv, koštana EDTA/krv, koštana srž srž srž PCR, RT-PCR

RT-PCR

divlji p divlji p/ ITD-TKD ITD/ -

dek-nup214 prisutan ili odsutan

mllt4-mll prisutan mmset-IgH ili odsutan prisutan ili odsutan

divlji p ITD, D835, Y835

Međulaboratorijska usporedba Leukemia Leukemia 1992;6:489-94. 1996;10:1911-8. Blood 2001;97:2434-9. J Mol Diagn 2003;5:96-102

PIMS-II

Cancer Res 2000;60:4048-61

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360

1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Zavod za hematologiju i koagulaciju, tel. 01/2367-360 2) KB Dubrava, 01/2903-151

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 587

Kratko ime

mllt1-mll

dupl. mll

V617F JAK2

Dugo ime

Fuzijski prijepis MLLT1-MLL

Duplikacija MLL

Točkasta mutacija u genu za JAK2

Vrsta uzorka

EDTA/krv, koštana srž

Preporučena metoda

RT-PCR

PCR, RT-PCR

Izražavanje rezultata

mllt1-mll prisutan ili odsutan

dupl. mll prisutna V617F JAK2 prisutna ili odsutna ili odsutna

Ref. geno p

V617/V617

Genske varijacije (tes rane varijante gena)

V617, F617

Kontrola kvalitete

NEQAS

Literatura (kratko) PIMS-II

PIMS-II

Lancet 2005;365:1054-61

Mjesto obavljanja KBC Zagreb, pretrage i broj Klinički zavod za telefona laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Zavod za hematologiju i koagulaciju, tel. 01/2367-360

1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Zavod za hematologiju i koagulaciju, tel. 01/2367-360 2) KB Dubrava, 01/2903-151 3) KBC Split, Klinički zavod za patologiju, sudsku medicinu i citologiju, Laboratorij za molekularnu dijagnos ku, tel. 021 556 488 4) Medicinski fakultet Rijeka i KBC Rijeka, Laboratorij za patologiju, tel. 051 325 826

588

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

bcr-abl1, kvan ta vno

ABL1 mutacije

V617F JAK2, kvan ta vno

Fuzijski prijepis BCR-ABL1, Mutacije u kinaznom kvan ta vno području ABL1

Točkasta mutacija u genu za JAK2, kvan ta vno

EDTA/krv, koštana srž

Kvan ta vni RT-PCR u stvarnom vremenu

Direktno sekvenciranje DHPLC ASO-PCR

Kvan ta vni RT-PCR u stvarnom vremenu

bcr-abl1/abl (%)

mutacija prisutna ili odsutna

mu rani/normalni alel (%)

NEQAS Leukemia 2003;17:2318-57.

J Mol Diagn 2009;11:4-11 Blood 2007; 109:1316-2

1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360 2) KB Dubrava, OMD&G, 01/2903-151

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 589

Kratko ime

TCR d

runx1-runx1t1, kvan ta vno

pml-rar a, kvan ta vno

Dugo ime

Fuzijski prijepis Klonalna preuredba gena za RUNX1-RUNX1T1, T-stanični receptor kvan ta vno (TCR d)

Fuzijski prijepis PML-RAR a, kvan ta vno

Vrsta uzorka

EDTA/krv, koštana srž, paraﬁnski rez

EDTA/krv, koštana srž

Preporučena metoda

PCR

Kvan ta vni Kvan ta vni RT-PCR u stvarnom RT-PCR u stvarnom vremenu vremenu

Izražavanje rezultata

TCR d preuredba runx1-runx1t1/abl pml-rarα/abl (%) prisutna ili odsutna (%)

Ref. geno p Genske varijacije (tes rane varijante gena) Kontrola kvalitete Literatura (kratko) Leukemia Leukemia 2003;17:2257-317. 2003;17:2318-57

Leukemia 2003;17:2318-57

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Zavod za hematologiju i koagulaciju, tel. 01/2367-360

590

KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

cb -myh11, kvan ta vno

FV Leiden

Fuzijski prijepis CBFb-MYH11, kvan ta vno

FV Leiden - geno pizacija polimorﬁzma G1691A

EDTA/krv, koštana srž

EDTA krv

Kvan ta vni RT-PCR u stvarnom vremenu

1. PCR u stvarnom vremenu 2. PCR/RFLP 3. PCR/SSCP

cbfβ-myh11/abl (%)

normalan gen, heterozigot, homozigot za mutaciju homozigot R506/R506 Aleli: R506, Q506

DGKL, NEQAS Leukemia 2003;17:2318-57 J Clin Invest 1994;94:2521-4. KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360

1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360 2) KBC »Sestre milosrdnice«, Klinički zavod za kemiju, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/3768-432 3) Hrvatski zavod za transfuzijsku medicinu, Odjel za molekularnu imunogene ku, tel. 01/4600 328 4) KB Dubrava, OMD&G, 01/2903-151 5) KBC Split, Klinički zavod za patologiju, sudsku medicinu i citologiju, Laboratorij za molekularnu dijagnos ku, tel. 021 556 488 6) Medicinski fakultet Rijeka i KBC Rijeka, Laboratorij za patologiju, tel. 051 325 826

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 591

Kratko ime

FII (G20210A)

Dugo ime

FII (G20210A), geno pizacija protrombina

Vrsta uzorka

EDTA krv

Preporučena metoda

1. PCR u stvarnom vremenu 2. PCR/RFLP 3. PCR/SSCP

Izražavanje rezultata

normalan gen, heterozigot, homozigot za mutaciju

Ref. geno p

homozigot G20210/G20210

Genske varijacije (tes rane varijante gena)

Aleli: G20210, A20210

Kontrola kvalitete DGKL, NEQAS Literatura (kratko) Blood 1996;88:3698-703.

Mjesto obavljanja 1) KBC Zagreb, Klinički zavod za laboratorijsku pretrage i broj dijagnos ku, Klinička jedinica za specijalnu i telefona molekularnu hematologiju, tel. 01/2367-360 2) KBC »Sestre milosrdnice«, Klinički zavod za kemiju, Klinička jedinica za molekularnu dijagnos ku, tel. 01/3768-432 3) Hrvatski zavod za transfuzijsku medicinu, Odjel za molekularnu imunogene ku, tel. 01/4600 328 4) KB Dubrava, OMD&G, 01/2903-151 5) KBC Split, Klinički zavod za patologiju, sudsku medicinu i citologiju, Laboratorij za molekularnu dijagnos ku, tel. 021 556 488 6) Medicinski fakultet Rijeka i KBC Rijeka, Laboratorij za patologiju, tel. 051 325 826

592

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

PAI-1 (4G/5G)

HLA-A, B niska rezolucija (DNA)

HLA-C niska rezolucija (DNA)

PAI-1 (4G/5G), geno pizacija inhibitora ak vatora plazminogena-1

Tipizacija HLA-A, B pizacija DNA niske rezolucije

Tipizacija HLA-C pizacija DNA niske rezolucije

EDTA krv

1. PCR u stvarnom vremenu 2. PCR/RFLP 3. PCR/SSCP

PCR-SSP (grupno-speciﬁčne početnice) komercijalni IVD testovi

homozigot ili heterozigot u brojnim mogućim kombinacijama grupa alela na lokusima A i B (npr. HLA-A*03/A*24)

homozigot ili heterozigot u brojnim mogućim kombinacijama grupa alela na lokusu C

homozigot 5G/5G

grupe alela HLA lokusa AiB

grupe alela HLA lokusa C

Aleli: 5G, 4G

polimorﬁzam u eksonima polimorﬁzam u eksonima 2 i 3 HLA gena razreda I 2 i 3 HLA gena razreda I

DGKL

DBGS, AKH Beč

American Journal of Hematology. 2002;71(2):89-93.

komercijalni testovi, IVD, komercijalni testovi, IVD, CE CE

DBGS, AKH Beč

1) KBC Zagreb, Zavod za transfuzijsku medicinu i transplantacijsku biologiju, tel. 01/2367 287 2) Hrvatski zavod za transfuzijsku medicinu, Odjel za molekularnu imunogene ku, tel. 01/4600 328

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 593

Kratko ime

HLA-A, B visoka rezolucija (DNA)

HLA-C visoka rezolucija (DNA)

HLA-DRB niska rezolucija (DNA)

Dugo ime

Tipizacija HLA-A, B - pizacija DNA visoke rezolucije

Tipizacija HLA-C pizacija DNA visoke rezolucije

Tipizacija HLA-DRB pizacija DNA niske rezolucije

Vrsta uzorka

EDTA krv

Preporučena metoda

PCR-SSP (alal-speciﬁčni primeri) komercijalni IVD testovi

PCR-SSP (grupno-speciﬁčni primeri) komercijalni IVD testovi

Izražavanje rezultata

homozigot ili heterozigot u brojnim mogućim kombinacijama alela na lokusima A i B (npr. HLA-A*03: 01/A*24:02)

homozigot ili heterozigot u brojnim mogućim kombinacijama alela na lokusu C

homozigot ili heterozigot u brojnim mogućim kombinacijama grupa alela na lokusima DRB1, 3, 4 i 5

Ref. geno p

aleli HLA lokusa AiB

aleli HLA lokusa C

grupe alela HLA lokusa DRB1, 3, 4 i 5

Genske varijacije (tes rane varijante gena)

polimorﬁzam u eksonima 2 i 3 HLA gena razreda I

polimorﬁzam u eksonu 2 HLA gena razreda II

DBGS, AKH Beč

Kontrola kvalitete DBGS, AKH Beč

Literatura (kratko) komercijalni testovi, komercijalni testovi, komercijalni IVD, CE IVD, CE testovi, IVD, CE Mjesto obavljanja 1) KBC Zagreb, pretrage i broj Zavod za telefona transfuzijsku medicinu i transplantacijsku biologiju, tel. 01/2367 287 2) Hrvatski zavod za transfuzijsku medicinu, Odjel za molekularnu imunogene ku, tel. 01/4600 328

594

1) KBC Zagreb, Zavod za transfuzijsku medicinu i transplantacijsku biologiju, tel. 01/2367 287 2) Hrvatski zavod za transfuzijsku medicinu, Odjel za molekularnu imunogene ku, tel. 01/4600 328

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

1) KBC Zagreb, Zavod za transfuzijsku medicinu i transplantacijsku biologiju, tel. 01/2367 287 2) Hrvatski zavod za transfuzijsku medicinu, Odjel za molekularnu imunogene ku, tel. 01/4600 328

HLA-DQ niska rezolucija (DNA)

HLA-DRB visoka rezolucija (DNA)

HLA-DQ visoka rezolucija (DNA)

Tipizacija HLA-DQ pizacija DNA niske rezolucije

Tipizacija HLA-DRB pizacija DNA visoke rezolucije

Tipizacija HLA-DQ pizacija DNA visoke rezolucije

EDTA krv

PCR-SSP (grupno-speciﬁčni primeri) komercijalni IVD testovi

PCR-SSP (alal-speciﬁčni primeri) komercijalni IVD testovi

homozigot ili heterozigot u brojnim mogućim kombinacijama grupa alela na lokusima DQA1 i DQB1

homozigot ili heterozigot u brojnim mogućim kombinacijama alela na lokusima DRB1, 3, 4 i 5

homozigot ili heterozigot u brojnim mogućim kombinacijama alela na lokusima DQA1 i DQB1

grupe alela HLA lokusa DQA1 i DQB1

aleli HLA lokusa DRB1, 3, 4 i 5

aleli HLA lokusa DQA1 i DQB1

polimorfizam u eksonu 2 polimorfizam u eksonu 2 polimorfizam u eksonu 2 HLA gena razreda II HLA gena razreda II HLA gena razreda II DBGS, AKH Beč

DBGS, AKH Beč

komercijalni testovi, IVD, CE

1) KBC Zagreb, Zavod za transfuzijsku medicinu i transplantacijsku biologiju, tel. 01/2367 287 2) Hrvatski zavod za transfuzijsku medicinu, Odjel za molekularnu imunogene ku, tel. 01/4600 328

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 595

100

Kratko ime

HLA-DP visoka rezolucija (DNA)

ABO geno p

RH geno p (C, D, E)

Dugo ime

Tipizacija HLA-DP pizacija DNA visoke rezolucije

Geno pizacija Geno pizacija eritrocitne krvne eritrocitne krvne grupe - ABO sustav grupe - Rh sustav

Vrsta uzorka

EDTA krv

Preporučena metoda

PCR-SSP (alal-speciﬁčni 1. PCR-SSP primeri) komercijalni IVD testovi

Izražavanje rezultata

homozigot ili heterozigot u brojnim mogućim kombinacijama alela na lokusima DPA1 i DPB1

homozigot ili heterozigot u svim mogućim kombinacijama (npr. A1O1 ili A1A1 ili A2B)

Ref. geno p

aleli HLA lokusa DPA1 i DPB1

polimorﬁzam homozigot ili heterozigot u svim RHD i RHCE gena mogućim kombinacijama

Genske varijacije (tes rane varijante gena)

polimorﬁzam u eksonu Aleli: A1, A2, B, O1, Aleli: C, c, E, e, 2 HLA gena razreda II O2 D, d, slabi D (14 alela), parcijalni D (34 alela)

EDTA krv 1. PCR-SSP (komercijalni test, IVD) npr. RH - D weak ( p 3) ili RH - D kat Va p 5 ili Cc D. Ee

Kontrola kvalitete DBGS, AKH Beč

NIBSC

Literatura (kratko) komercijalni testovi, IVD, CE

Blood. 1996;88:1852-6

komercijalni testovi, IVD, CE

Mjesto obavljanja 1) KBC Zagreb, Zavod za pretrage i broj transfuzijsku medicinu i telefona transplantacijsku biologiju, tel. 01/2367 287 2) Hrvatski zavod za transfuzijsku medicinu, Odjel za molekularnu imunogene ku, tel. 01/4600 328

Hrvatski zavod za transfuzijsku medicinu, Odjel za molekularnu imunogene ku, tel. 01/4600 328

596

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga

101

102

103

HPA geno p (-1, -2, -3, -5, -15)

HNA geno p (-1a, b i c)

HBV-DNA, CMV-DNA, EBV-DNA, Borrelia-DNA

HPA geno pizacija sustava

HNA geno pizacija sustava

Virusna dijagnos ka

EDTA krv

Plazma

1. PCR-SSP 2. PCR/RFLP

1. PCR u stvarnom vremenu (komercijalni testovi, IVD)

npr. HPA - 1a/b, 2 a/a, npr. HNA 1a+, b-, c3 a/a, 5 a/b

npr. HBV-DNA nije utvrđena ili utvrđeno je 2,52x104 IU/mL

homozigot a/a, b/b heterozigot a/b

nukleinska kiselina nije utvrđena

HNA-1a, b, c (poz/ neg)

Aleli: a i b na Aleli FCG3B*1, 2 i 3 bialeličnim sustavima HPA -1,-2,-3,-5 i -15

HBV - precore/core regija CMV - 105 bp regija CMV genoma EBV - 97 bp regija EBV genoma Borrelia - 16Sr DNA regije genoma

NIBSC

QCMD

Vox Sang. 1996; 71(2):121-5. Transfusion 2003; 455-460.

Transfusion. 1998; 38 komercijalni testovi, IVD, CE (2): 174-6.

Hrvatski zavod za transfuzijsku medicinu, Odjel za molekularnu imunogene ku, tel. 01/4600 328

1) Hrvatski zavod za transfuzijsku medicinu, Odjel za molekularnu imunogene ku, tel. 01/4600 328 2) KBC Split, Klinički zavod za patologiju, sudsku medicinu i citologiju, Laboratorij za molekularnu dijagnos ku, tel. 021 556 488 3) Medicinski fakultet Rijeka i KBC Rijeka, Laboratorij za patologiju, tel. 051 325 826

Molekularna dijagnostika u Hrvatskoj

| 597

104

105

Kratko ime

HCV-RNA, HIV-RNA, HGV-RNA

HCV geno p, HBV geno p, HBV DR

Dugo ime

metodom RT-PCR u stvarnom vremenu

ostale metode (PCR-SSOP)

Vrsta uzorka

Plazma

Preporučena metoda

1. RT-PCR u stvarnom vremenu (komercijalni testovi, IVD)

1. PCR-SSOP (komercijalni testovi, IVD)

Izražavanje rezultata

npr. HCV-RNA nije utvrđena HCV geno p 1b, HBV geno p ili utvrđeno je 2,52 x 104 D, utvrđena je rezistencija na IU/mL terapiju lamivudinom

Ref. geno p

nukleinska kiselina nije utvrđena

HCV geno p 1a, 1b, 2a, 2b, 2c, 3a, 3b, 3k, 4a, 4b, 4c, 4d, 4e, 4f, 4h, 5a, 5a, 6b, 6c-I HBV geno p A, B, C, D, E, F, G, H Nije utvrđena HBV rezistencija na terapiju lamivudinom, adefovirom i/ili telbbivudinom

Genske varijacije (tes rane varijante gena)

HCV - 5'UTR regija HIV HIV-1 gag gen i HIV-1 LTR regija HGV - 5'UTR regija

HCV - 5'UTR i core regija HBV - domene B i C u polimeraznom genu HBV DR mutacije u polimeraznom genu na kodonima 80, 173, 180/181, 204 i 236

Kontrola kvalitete QCMD

QCMD

Literatura (kratko) komercijalni testovi, IVD, CE komercijalni testovi, IVD, CE Mjesto obavljanja 1) Hrvatski zavod za pretrage i broj transfuzijsku medicinu, telefona Odjel za molekularnu imunogene ku, tel. 01/4600 328 2) KBC Split, Klinički zavod za patologiju, sudsku medicinu i citologiju, Laboratorij za molekularnu dijagnos ku, tel. 021 556 488 3) Medicinski fakultet Rijeka i KBC Rijeka, Laboratorij za patologiju, tel. 051 325 826

598

Katalog dijagnostičkih laboratorijskih pretraga