Transposoner Robin Aasegg Araya og Harald Stranger Mjønes

Transposoner

og tilpasningsdyktighet hos planter

Foto: Kosoff |Shutterstock.com

Transposoner har blitt sett på som parasitter i genomet med skadelige eller nøytrale effekter på verten. Nå viser det seg at de også kan ha hatt en avgjørende rolle i evolusjonen.

Robin Aasegg Araya

Lektorstudent Realfag, institutt for lærerutdanning og skoleforskning, UiO

Harald Stranger Mjønes

Masterstudent institutt for biovitenskap, UiO

Transposoner omtales gjerne som «hoppende gener», og er mobile genetiske elementer med en iboende evne til å bevege seg fra én lokasjon i genomet til en annen ved transposisjon. De ble første gang beskrevet av Barbara McClintock (1950, 1953), som kalte dem «kontrollerende elementer», og mente at de var kilden til observert fargevariasjon i maiskorn. Hun mottok Nobel-prisen i fysiologi/medisin i 1983, 30 år etter hennes banebrytende arbeid som ikke ble forstått av samtidens genetikere. Etterfulgt av den raske utviklingen innen genomsekvensering, er transposoner blitt anerkjent som betydelige komponenter i genomer hos høyere eukaryoter. De utgjør 10% av genomet i den velstuderte Arabidopsis thaliana (Arabidopsis Genome, 2000), og rundt 85% i mais (Zea mays) (Baucom et al., 2009).

Tradisjonelt har transposoner blitt sett på som genom-parasitter med skadelige eller nøytrale effekter på verten, og det er kun nylig blitt vist at de kan ha hatt en avgjørende rolle i evolusjonen. Hvordan utfører disse DNA-elementene siclinn funksjon? Hvordan påvirker deres aktivitet tilpasningsdyktigheten hos stasjonære arter som planter, og hvor viktig er denne påvirkningen?

I forsøket på å belyse den evolusjonære betydningen transposoner har i plantegenomer, må vi først utdype (i) hvordan transposoner beveger seg i vertsgenomet, m.a.o. hva er hovedtrekkene i en transposisjon, og (ii) hva er konsekvensene av en transposon-insersjon i ulike områder i genomet?

Transposoner kategoriseres etter struktur og mekanisme

Det første enhetlige klassifikasjonssystemet for eukaryote transposoner ble foreslått av Wicker et al. (2007) og vil bli brukt her. Transposoner er DNA-elementer som kategoriseres etter hvilken transposisjonsmekanisme de benytter, sekvenslikheter, og strukturelt slektskap mellom elementene (Wicker et al., 2007; Kapitonov and Jurka, 2008). De deles inn i Klasse I – Retroelementer og Klasse II – DNA-type elementer. Hver klasse har flere underkategorier. Videre klassifiseres alle transposoner som enten autonome eller ikke-autonome, hvilket angir om de koder for hhv. funksjonelle proteiner for transposisjon, eller ikke.

Klasse I – Retroelementer

Retroelementene forflytter seg via et RNA-intermediat som revers-transkriberes og integreres inn i målområdet. Disse finnes utelukkende i eukaryoter. Retroelementene deles inn i (i) lang terminal repetering (LTR) retrotransposon, (ii) ikkeLTR retrotransposoner (iii) DIRSliknende elementer og (iv) Penelopeliknende elementer (Wicker et al., 2007). LTR retrotransposoner koder for alle proteiner nødvendige for transposisjon, og er de mest utbredte

Transposoner ble første gang beskrevet av Barbara McClintock (1950, 1953). I 1983 mottok hun Nobel-prisen i fysiologi/medisin for dette arbeidet. Foto: Smithsonian Institution.

retroelementene i planter (Baucom et al., 2009). Retroelementer befinner seg vanligvis i ikke-kodende regioner mellom gener og er ansvarlig for mye av variasjonen i genomstørrelse blant planter (Han et al., 2013).

Klasse II – DNA-type elementer

DNA-type elementer koder for transposase – et protein som utfører utkutting og insersjon av transposonet. De deles inn i enten replikativ («copy and paste») eller ikke-replikativ («cut and paste»). Dette innebærer at de ikke-replikative elementene danner et dobbelttrådet brudd ved transposisjon. Bruddet som blir etterlatt må repareres av repareringsmekanismer hos verten, og dette leder ofte til insersjoner og delesjoner, samlet omtalt som «indels», hvilket endrer sekvensen transposonet forlot (Wicker et al., 2016). De er kjent for å befinne seg inne i eller nær gener i planter (Han et al., 2013).

Transposoners innvirkning på genetisk variasjon, fitness og evolverbarhet

Transposisjon kan lede til en rekke hendelser avhengig av hvor den plasserer seg i vertsgenomet. Flere transposoner plasserer seg helt tilfeldig i genomet. Andre transposoner plasserer seg målrettet i spesifikke områder – både områder uten gener og områder der gener sitter tett. Dersom et transposon plasseres i selve genet utgjør det en potensiell trussel for verten, men også muligheter for å danne nye genfunksjoner, endret genuttrykk og dermed økt genetisk variasjon.

Transposoner varierer i aktivitetsnivå, og vertsorganismer har variabel evne til å fjerne eller hindre transposisjon. Hvis et gen inneholdende et transposon påvirker fenotypiske trekkverdier, kan det gi utslag i fitness. Disse faktorene kan bidra til en selektiv fordel eller ulempe avhengig av seleksjonspresset populasjonen er utsatt for (Bennetzen et al., 2005). Zerjal et al. (2012) oppdaget en triallel-variant i et locus hos mais assosiert med en «veldig sen blomstringstid hos hannplanter». Allelet som gir den avvikende fenotypen er påvirket av to MITE (miniature inverted-repeat transposable element)-insersjoner, og viser høy frekvens i midt-vest USA og i tropisk mais (Zerjal et al. 2012), noe som peker mot en geografisk, adaptiv funksjon.

Det er også blitt demonstrert at transposoner har en adaptiv funksjon i varianter av patogen-resistensgener hos noen typer ris (Hayashi and Yoshida, 2009). En sammenligning av et locus som er assosiert med en resistent fenotype viser at genets funksjonalitet avhenger av et retrotransposon i nærheten. Transposonet fungerer som en promoter med høy aktivitet. Interessant nok er 5’-enden av retrotransposonet undertrykt av metylering, mens 3’-enden, som vender mot det transkriberte resistensgenet, er kun delvis metylert (Hayashi and Yoshida, 2009). For transposonet er det gunstig å forbli aktivt – for verten er det gunstig å bekjempe sykdomsfremkallende inntrengere. Det lave nivået av metylering gir den høye promoter-aktiviteten, hvilket tyder på et adaptivt, koevolusjonært samspill mellom verten og transposonet.

Et interessant spørsmål er hvordan transposoner påvirker evolverbarheten i små grunnleggerpopulasjoner i møte med et nytt miljø. Bidrar for eksempel transposoner til at grunnleggerpopulasjoner på vulkanske øyer kan etablere seg og gi oppgav til nye arter? Craddock (2016) beskriver adaptiv radiasjon på vulkanske øyer som et paradoks. Grunnleggerpopulasjonen har lav genetisk varians og er sårbar for innavlsdepresjon, i kombinasjon med et stressende miljø. Selv om genetisk drift, seleksjon, og tilgjengelige nisjer spiller viktige roller i diversifisering på såkalte grunnleggerøyer, representerer mangelen på genetisk varians et problem når det kommer til å forklare genetikken bak disse prosessene. Craddock (2016) foreslår at gjentatte utbrudd av transposoner, indusert av stressende miljøfaktorer, trigger den nødvendige genetiske variasjonen. Grunnleggerpopulasjonen blir mer evolverbar, slik at den kan tilpasse seg miljøutfordringer og okkupere tilgjengelige nisjer. Hypotesen gjenstår å bli direkte testet. Det er likevel tydelig at transposoner gir en mulighet for både ekspansjon og rearrangering av genomet. Sett i sammenheng med det faktum at mange transposoner aktiveres under stressende forhold burde det oppmuntre til videre utforskning av hypotesen.

Stressinduserte transposoner

Det er godt dokumentert at transposoner kan endre uttrykksnivået til stress-responderende gener i planter. Dette involverer særlig endringer i et gens kontrollregion(er), hvilket påvirker transkripsjon av genet som respons på abiotisk eller biotisk stress (Grandbastien et al., 2005; Naito et al., 2009). Transposoner som plasserer seg inn i eksisterende kontrollregioner endrer uttrykket av genet. Transposoner som plasserer seg mellom en kontrollregion og det

TRANSPOSONER – BEGREPSFORKLARINGER

Delesjon – Tap av nukleotidpar i en DNA-sekvens. Omfanget av en delesjon strekker seg fra tap av ett nukleotidpar til tap av større deler av kromosomet. Insersjon – Innsetting av ett eller flere nukleotidpar i en dobbel DNA-heliks. Transkripsjon – Biosyntese av RNA-tråd fra et DNA-templat. Et bestemt DNA-segment kopieres til RNA av enzymet RNA polymerase. Promoter – En spesifikk nukleotidsekvens der RNA polymerase II binder seg for å starte transkripsjon av mRNA fra et gen. Transkripsjonsfaktor – Proteiner som bindes til spesifikke DNA sekvenser, for eksempel promotere, og derved kontrollerer om et gen skal uttrykkes eller ikke. 5’- og 3’-ende – beskriver retningen i en DNA- og RNA-enkelttråd. 5’ og 3’ kommer fra de fem karbonene i sukkergruppen (deoksyribose) i hvert enkelt nukleotid. 5’-enden og alle nukleotider ovenfor beskrives som oppstrøms, 3-enden og alle nukleotider nedenfor beskrives som nedstrøms. Transposon – et genetisk element (DNA-sekvens) som har evnen til å flytte seg fra én posisjon til en annen i genomet. Transposisjon – forflytningen av et transposon fra én posisjon til en annen i genomet. Replikative elementer – transposoner som forflytter seg ved en «copy and paste»-mekanisme, der transposonet kopierer seg selv og kopien flyttes til en ny posisjon. Ikke-replikative elementer – transposoner som forflytter seg ved en «cut and paste»mekanisme, der transposonet klipper seg ut og limes inn et nytt sted. Retroelementer – transposoner som forflytter seg via et RNA-intermediat. Transposonet blir først kopiert fra DNA til RNA, der RNA-intermediatet blir revers transkribert til ny DNA dobbeltråd som settes inn i en ny posisjon i genomet. Også kalt retrotransposon. Revers transkripsjon – syntese av DNA fra en RNA-templattråd. Syntesen blir utført av enzymet revers transkriptase. Transposase – et enzym som er kodet av et gen fra et autonomt, Klasse II transposon. Enzymet katalyserer transposisjon fra en lokasjon til en ny lokasjon. Regulerende motiver – korte nukleotidsekvenser som regulerer genuttrykk ved f eks. å fungere som bindingssete for transkripsjonsfaktorer. Evolverbarhet – en organismes evne til å respondere på rettet seleksjon på et fenotypisk trekk.

assosierte kodende området kan danne nye promotere. Studier på mais (Zea mays) viser at omtrent 20% av stress-responderende gener er lokalisert nær et transposon (Makarevitch et al., 2015). Disse transposonene er cis-regulerende sekvenser som fungerer som bindingsseter for spesifikke transkripsjonsfaktorer, og lokalt øker uttrykket av et gen (Makarevitch et al., 2015).

Målrettet insersjon i nærheten av stressresponderende gener kan være en vellykket strategi for transposonets overlevelse. Det gir en mulighet for økt fitness både hos transposonet og vertsorganismen. Naito et al. (2009) undersøkte et vanlig DNAtype-element i ris (O. sativa), nemlig mPing-elementet, som viser en preferanse for å plassere seg i nærheten av gener (særlig oppstrøms for genet). Flere av disse genene bidrar til en respons på spesifikke miljøutfordringer. mPing inneholder antatt regulerende motiver, der en vesentlig andel av motivene er stressresponderende. Transposonet tilfører nye bindingsseter for transkripsjonsfaktorer, og utvider dermed vertsgenomets repertoar i respons til disse miljøutfordringene.

Transposoner som målrettet plasserer seg i nærheten av stressresponderende gener kan selv være sensitive for stress. Ved eksponering for en stressfaktor vil transposonet aktiveres for transkripsjon og mobilisering, og gi opphav til en «eksplosjon» av mRNA-transkripter og nye insersjoner (Ito et al., 2011; Cavrak et al., 2014). Generelt vil slike mobiliseringshendelser hindres av siRNA-mediert RNA interferens (RNAi) (Sunkar et al., 2005). RNAi hindrer uttrykk eller translasjon ved å nøytralisere mRNA-transkriptet. siRNA-mutanter av A. thaliana utsatt for varmesjokk viser derimot en økning i antall insersjoner av det stressinduserte transposonet ONSEN i avkommene (Ito et al., 2011). Hva er så utfallet av en slik amplifikasjon av transposoner? Massive insersjonhendelser vil vanligvis assosieres med lavere levedyktighet hos verten. Det er derimot demonstrert at ONSEN-elementet har en preferanse for insersjon i gener som aktiveres under stressende forhold. Mange av A. thaliana mutantavkommene viste derfor en økt toleranse for ekstreme temperaturer (Ito et al., 2011). Ved senere eksponering for unormalt høye temperaturer blir transposonene aktivert på nytt. Den oppregulerte stressresponsen kan slik bli «utnyttet» av transposonet for videre mobilisering, og verten vil derfor miste kontroll over denne «inntrengeren fra et annet kromosom» (Cavrak et al., 2014). Selv om ONSEN-elementet tilfører en mekanisme for økt respons til høye temperaturer, kan manglende kontroll over et aktivert transposon lede til insersjon i uønskede, mulig skadelige regioner.

Hvor stor betydning har transposoner på tilpasning?

Transposisjoner må være arvelige hvis de skal ha en evolusjonær påvirkning. Hos planter utvikles de reproduktive organene sent i vegetativ vekst (Watson et al., 2016). Derfor vil mutasjoner anskaffet under vegetativ vekst kunne videreføres til avkom

Transposoner slik de blir inndelt i klasser og grupper.

LTR retrotransposon Klasse I – Retroelementer

ikke-LTR retrotransposon

Penelopeliknende elementer

Transposoner

DIRS-liknende elementer Klasse II – DNA-type elementer

Replikative elementer Ikke-replikative elementer

(Watson et al., 2016). Planter har nemlig ikke det som kalles «Weissmannske kimbaner».

Når er et transposon skadelig, og når er det fordelaktig for planten? Ukontrollert spredning av transposoner i plantegenomet er åpenbart ikke en fordel. Planter har utviklet mekanismer for å hindre dette, som «epigenetisk silencing» (Castelletti et al, 2014). Dette kan derimot introdusere en ny utfordring. For eksempel vil heterokromatisk «silencing» av transposoner kunne spre seg til nærliggende gener og hemme uttrykket av genene, hvilket er observert i varianter av A. thaliana (Hollister and Gaut, 2009). Silencing-mekanismene er tilsynelatende ikke-diskriminerende i valg av sekvens. Det betyr at transposoner nær vitale gener er like utsatt for å bli hemmet som transposoner nær ikke-vitale gener. Overgangen fra skadelige til fordelaktige effekter er derimot ikke svart-hvit, som nevnt i eksemplet om ONSEN-aktivitet i A. thaliana. Utfallet for både transposon og vert er bestemt av hvor transposonet limer seg inn. I tillegg vil forskjellige familier av transposoner ha ulike effekter på nærliggende områder i genomet (Han et al, 2013). Noen familier av DNA-type elementer oppregulerer nærliggende gener, mens andre familier nedregulerer dem. Det er avgjørende å ikke bare undersøke om et transposon gir en fenotypisk effekt på verten, men også ta hensyn til transposonets slektskap for å få dypere innsikt i egenskapene til spesifikke transposoner.

Konklusjon

Med den kunnskapen som nå finnes om transposoner, synes det klart at kun å betrakte dem som enkle genom-parasitter som enten er skadelige eller ikke-funksjonelle for levende organismer, blir for enkelt. Omfanget av transposon-insersjoner og transposon-induserte mutasjoner er stort, hyppig forekommende, og ofte lokalisert nær kodende regioner (Wicker et al., 2016). Transposoner har derfor uten tvil bidratt, og bidrar fremdeles, til genetisk variasjon innad i populasjoner.

Utbrudd av transposonaktivitet kan ha enorme konsekvenser for genomet. En rekke transposoner plasserer seg spesifikt i områder tett med gener. De øker derfor evolverbarheten i populasjoner og fungerer som pådrivere i divergens mellom segregerende arter. Transposoner bidrar også til fenotypisk plastisitet i planter ved å endre regulering av genuttrykk i respons til stressfaktorer. Det synes derfor overveiende sannsynlig at transposoner påvirker tilpasningsdyktigheten hos planter i møte med miljøendringer.

Det er også behov for mer litteratur om fitnesskonsekvenser forårsaket av transposon-insersjoner. Flere sammenligninger av alleler med og uten transposoner, og kvantifisering av fitnesskomponentene som er påvirket av disse allelene, ville kunne gi bedre innsikt i seleksjon av transposoner.

Referanser

ARABIDOPSIS GENOME, I. 2000. Analysis of the genome sequence of the flowering plant

Arabidopsis thaliana. Nature, 408, 796-815

DOI: 10.1038/35048692. BAUCOM, R. S., ESTILL, J. C., CHAPARRO, C.,

UPSHAW, N., JOGI, A., DERAGON, J. M.,

WESTERMAN, R. P., SANMIGUEL, P. J. & BEN-

NETZEN, J. L. 2009. Exceptional diversity, non-random distribution, and rapid evolution of retroelements in the B73 maize genome. PLoS Genet, 5, e1000732 DOI: 10.1371/journal.pgen.1000732. BENNETZEN, J. L., MA, J. & DEVOS, K. M. 2005.

Mechanisms of recent genome size variation in flowering plants. Ann Bot, 95, 127-32 DOI: 10.1093/aob/mci008. CASTELLETTI, S., TUBEROSA, R., PINDO, M. &

SALVI, S. 2014. A MITE transposon insertion is associated with differential methylation at the maize flowering time QTL Vgt1.

G3 (Bethesda), 4, 805-12 DOI: 10.1534/ g3.114.010686. CAVRAK, V. V., LETTNER, N., JAMGE, S., KOSA-

REWICZ, A., BAYER, L. M. & MITTELSTEN

SCHEID, O. 2014. How a retrotransposon exploits the plant’s heat stress response for its activation. PLoS Genet, 10, e1004115

DOI: 10.1371/journal.pgen.1004115. CRADDOCK, E. M. 2016. Profuse evolutionary diversification and speciation on volcanic islands: transposon instability and amplification bursts explain the genetic paradox.

Biol Direct, 11, 44 DOI: 10.1186/s13062016-0146-1. GRANDBASTIEN, M. A., AUDEON, C., BONNI-

VARD, E., CASACUBERTA, J. M., CHALHOUB,

B., COSTA, A. P., LE, Q. H., MELAYAH, D., PE-

TIT, M., PONCET, C., TAM, S. M., VAN SLUYS,

M. A. & MHIRI, C. 2005. Stress activation and genomic impact of Tnt1 retrotransposons in Solanaceae. Cytogenet Genome Res, 110, 229-41 DOI: 10.1159/000084957. HAN, Y., QIN, S. & WESSLER, S. R. 2013. Comparison of class 2 transposable elements at superfamily resolution reveals conserved and distinct features in cereal grass genomes. BMC Genomics, 14, 71 DOI: 10.1186/1471-2164-14-71. HAYASHI, K. & YOSHIDA, H. 2009. Refunctionalization of the ancient rice blast disease resistance gene Pit by the recruitment of a retrotransposon as a promoter.

Plant J, 57, 413-25 DOI: 10.1111/j.1365313X.2008.03694.x. HOLLISTER, J. D. & GAUT, B. S. 2009. Epigenetic silencing of transposable elements: a trade-off between reduced transposition and deleterious effects on neighboring gene expression. Genome Res, 19, 1419-28

DOI: 10.1101/gr.091678.109. ITO, H., GAUBERT, H., BUCHER, E., MIROUZE, M.,

VAILLANT, I. & PASZKOWSKI, J. 2011. An siRNA pathway prevents transgenerational retrotransposition in plants subjected to stress. Nature, 472, 115-9 DOI: 10.1038/ nature09861. KAPITONOV, V. V. & JURKA, J. 2008. A universal classification of eukaryotic transposable elements implemented in Repbase. Nat

Rev Genet, 9, 411-2; author reply 414 DOI: 10.1038/nrg2165-c1. MAKAREVITCH, I., WATERS, A. J., WEST, P. T.,

STITZER, M., HIRSCH, C. N., ROSS-IBARRA,

J. & SPRINGER, N. M. 2015. Transposable elements contribute to activation of maize genes in response to abiotic stress. PLoS

Genet, 11, e1004915 DOI: 10.1371/journal. pgen.1004915. NAITO, K., ZHANG, F., TSUKIYAMA, T., SAITO,

H., HANCOCK, C. N., RICHARDSON, A. O.,

OKUMOTO, Y., TANISAKA, T. & WESSLER, S.

R. 2009. Unexpected consequences of a sudden and massive transposon amplification on rice gene expression. Nature, 461, 1130-4 DOI: 10.1038/nature08479. SUNKAR, R., GIRKE, T. & ZHU, J. K. 2005.

Identification and characterization of endogenous small interfering RNAs from rice. Nucleic Acids Res, 33, 4443-54 DOI: 10.1093/nar/gki758. WATSON, J. M., PLATZER, A., KAZDA, A.,

AKIMCHEVA, S., VALUCHOVA, S., NIZ-

HYNSKA, V., NORDBORG, M. & RIHA, K. 2016. Germline replications and somatic mutation accumulation are independent of vegetative life span in Arabidopsis. Proc

Natl Acad Sci U S A, 113, 12226-12231 DOI: 10.1073/pnas.1609686113. WICKER, T., SABOT, F., HUA-VAN, A., BENNET-

ZEN, J. L., CAPY, P., CHALHOUB, B., FLAVELL,

A., LEROY, P., MORGANTE, M., PANAUD, O.,

PAUX, E., SANMIGUEL, P. & SCHULMAN, A.

H. 2007. A unified classification system for eukaryotic transposable elements. Nat Rev

Genet, 8, 973-82 DOI: 10.1038/nrg2165. WICKER, T., YU, Y., HABERER, G., MAYER, K. F.,

MARRI, P. R., ROUNSLEY, S., CHEN, M.,

ZUCCOLO, A., PANAUD, O., WING, R. A. &

ROFFLER, S. 2016. DNA transposon activity is associated with increased mutation rates in genes of rice and other grasses.

Nat Commun, 7, 12790 DOI: 10.1038/ ncomms12790. ZERJAL, T., ROUSSELET, A., MHIRI, C., COMBES,

V., MADUR, D., GRANDBASTIEN, M. A.,

CHARCOSSET, A. & TENAILLON, M. I. 2012.

Maize genetic diversity and association mapping using transposable element insertion polymorphisms. Theor Appl

Genet, 124, 1521-37 DOI: 10.1007/s00122012-1807-9. BENNETZEN, J. L., MA, J. & DEVOS, K. M. 2005.

Mechanisms of recent genome size variation in flowering plants. Ann Bot, 95, 127-32 DOI: 10.1093/aob/mci008. CASTELLETTI, S., TUBEROSA, R., PINDO, M. &

SALVI, S. 2014. A MITE transposon insertion is associated with differential methylation at the maize flowering time QTL Vgt1.

G3 (Bethesda), 4, 805-12 DOI: 10.1534/ g3.114.010686. CAVRAK, V. V., LETTNER, N., JAMGE, S., KOSA-

REWICZ, A., BAYER, L. M. & MITTELSTEN

SCHEID, O. 2014. How a retrotransposon exploits the plant’s heat stress response for its activation. PLoS Genet, 10, e1004115

DOI: 10.1371/journal.pgen.1004115. GRANDBASTIEN, M. A., AUDEON, C., BONNI-

VARD, E., CASACUBERTA, J. M., CHALHOUB,

B., COSTA, A. P., LE, Q. H., MELAYAH, D., PE-

TIT, M., PONCET, C., TAM, S. M., VAN SLUYS,

M. A. & MHIRI, C. 2005. Stress activation and genomic impact of Tnt1 retrotransposons in Solanaceae. Cytogenet Genome Res,

110, 229-41 DOI: 10.1159/000084957. HAN, Y., QIN, S. & WESSLER, S. R. 2013. Comparison of class 2 transposable elements at superfamily resolution reveals conserved and distinct features in cereal grass genomes. BMC Genomics, 14, 71 DOI: 10.1186/1471-2164-14-71. HOLLISTER, J. D. & GAUT, B. S. 2009. Epigenetic silencing of transposable elements: a trade-off between reduced transposition and deleterious effects on neighboring gene expression. Genome Res, 19, 1419-28

DOI: 10.1101/gr.091678.109. ITO, H., GAUBERT, H., BUCHER, E., MIROUZE, M.,

VAILLANT, I. & PASZKOWSKI, J. 2011. An siRNA pathway prevents transgenerational retrotransposition in plants subjected to stress. Nature, 472, 115-9 DOI: 10.1038/ nature09861. KAPITONOV, V. V. & JURKA, J. 2008. A universal classification of eukaryotic transposable elements implemented in Repbase. Nat

Rev Genet, 9, 411-2; author reply 414 DOI: 10.1038/nrg2165-c1. NAITO, K., ZHANG, F., TSUKIYAMA, T., SAITO,

H., HANCOCK, C. N., RICHARDSON, A. O.,

OKUMOTO, Y., TANISAKA, T. & WESSLER, S.

R. 2009. Unexpected consequences of a sudden and massive transposon amplification on rice gene expression. Nature, 461, 1130-4 DOI: 10.1038/nature08479. WICKER, T., SABOT, F., HUA-VAN, A., BENNET-

ZEN, J. L., CAPY, P., CHALHOUB, B., FLAVELL,

A., LEROY, P., MORGANTE, M., PANAUD, O.,

PAUX, E., SANMIGUEL, P. & SCHULMAN, A.

H. 2007. A unified classification system for eukaryotic transposable elements. Nat Rev

Genet, 8, 973-82 DOI: 10.1038/nrg2165. WICKER, T., YU, Y., HABERER, G., MAYER, K. F.,

MARRI, P. R., ROUNSLEY, S., CHEN, M.,

ZUCCOLO, A., PANAUD, O., WING, R. A. &

ROFFLER, S. 2016. DNA transposon activity is associated with increased mutation rates in genes of rice and other grasses.

Nat Commun, 7, 12790 DOI: 10.1038/ ncomms12790.